3QERA

Rb69 dna polymerase (l561a/s565g/y567a) ternary complex with datp opposite difluorotoluene nucleoside
Total Genus 330
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
330
sequence length
903
structure length
902
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQNRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural Basis for Differential Insertion Kinetics of dNMPs Opposite a Difluorotoluene Nucleotide Residue.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DNA polymerase
molecule tags Transferase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 330
structure length 902
sequence length 903
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-01-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3qerA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3qerA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3qerA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3qerA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3qerA03
3OVNA 1UA0A 3RR7A 3NGZA 4KHSA 3OYNA 3T19A 4CIFA 3ZSWA 4E1MA 3TAQA 2YNFA 3MEGA 1JLEA 3OYHA 5D3GA 2KZMA 2HB5A 4GW6A 3I0SA 4KREA 1TKXA 3DLRA 4OKJA 4MQ3A 4FJ7A 2BGGA 4I9LA 1RT4A 3NF7A 2Z1JA 3AVNA 4CE9A 4EZ6A 2OZSA 3TAEA 3VN5A 3LAMA 3ZSVA 4CHOA 1RT2A 2G8WA 1HNVA 3L3UA 4C8MA 3NF8A 1T03A 4DU3A 1C0MA 3O3FA 4J2EA 2B4JA 1FK9A 1VSFA 3DRSA 2X6NA 4I2QA 4OGCA 4B08A 4OVLA 5FDLA 4FVMA 4NCBA 1CXQA 3QIOA 2FBXA 3K5NA 3RMCA 4OLAA 4EZ9A 2AJQA 4CJPA 4E7IA 1UWBA 5J2NA 3TAPA 4W5TA 3VQAA 4B9UA 4FLTA 4B9LA 3VQBA 4CHQA 1IKWA 3WNGA 3EY1A 1Q8IA 4HUFA 1SKSA 1TK0A 4FJLA 1EKEA 3VQQA 4DF8A 1KVBA 3OYIA 4Z4EA 3HJFA 1RT1A 1KSPA 3IG1A 3LANA 1J5OA 3CFRA 3QNNA 1FKPA 4Z4IA 1YTUA 1DTTA 4PY5A 4M42A 3CYMA 4Z4FA 4FJXA 4F4KA 1S1UA 4N76A 3IRXA 3CM6A 1J53A 3B6PA 4GVMA 3S3MA 1IKVA 2RKIA 1B9DA 1RDBA 3DOKA 2OA8A 1TKZA 4HCBA 4CEAA 2VG6A 1VSDA 2JLEA 4NCGA 1FXXA 3T1AA 2EHGA 4B9MA 3AO5A 2YKNA 2HHWA 3KLEA 1ZBLA 3C94A 4KHNA 3OYBA 3U6FA 4DQSA 4DTRA 3NDKA 4O0JA 5CYMA 2FBYA 4BDZA 1YTAA 4FJKA 3NH0A 3ISNC 2YKMA 4IG3A 3BDPA 1JXBA 1RTIA 1VSEA 4JS4A 3QNOA 2HHVA 2Q3SA 1RBRA 3TARA 3O3HA 1VSMA 3JYTA 5DK5A 3OYJA 1X9WA 1VK0A 1LWFA 1JLAA 3C6TA 3QLHA 4IDKA 1TGOA 3HM9A 3ZT1A 2QKBA 3MAQA 2XY8A 3TAFA 3ZT2A 2DFEA 3KLHA 4AHUA 4DG1A 3AO3A 1SL1A 3JSMA 5FROA 3UIQA 1TVRA 4DFMA 2G8UA 4M45A 2NUBA 3ULDA 3SZ2A 4B9VA 4XIUA 3QERA 1S9EA 3PY8A 3V9WA 4CGHA 4NYNA 1D9FA 4DSEA 2G8HA 1UOCA 3ZSYA 3RRHA 4B9NA 3OYAA 1EETA 1S5JA 2B5JA 3P5JA 2G8VA 1A5XA 4Z4GA 4H8KA 3DLHA 1TAQA 1KVCA 4DSJA 3LALA 5CZ1A 4CF9A 1WSEA 4FLUA 4OPKA 3V9ZA 3S3OA 1IKYA 2E4LA 3L2QA 1U45A 1TK5A 2VWKA 1JXEA 4CERA 1RBSA 3QEIA 3LDSA 3MEEA 5HRRA 2O4IA 4KFBA 3AVGA 4R5PA 3P1GA 1KCFA 1NJYA 1F21A 1S1WA 5J2MA 1O1WA 2ITGA 3OYDA 5CYQA 2KW4A 5T7BA 4CFDA 1C1AA 4J2BA 2D5RA 3KKRA 3OYKA 3AA5X 1LW0A 3ZSRA 4LSNA 2HHTA 1GOCA 1VSKA 4I7FA 1IG9A 4AH9A 4CHZA 5SWMA 4PWDA 4M3YA 4CEZA 1VSIA 2BANA 1NK8A 2QXFA 4JRQA 4NYFA 3DM2A 4DFKA 3ZSOA 3KJVA 4KHYA 1Q9YA 1D9DA 1I39A 3AO1A 3SNNA 4KKOA 1C0TA 5C24A 4AHTA 3OJSA 3LP2A 2XY6A 4B8CA 3OYLA 1T8EA 1JLQA 4RW6A 4FJHA 4E7JA 2G8IA 1JLFA 2FBTA 3TAMA 1WSIA 4CGGA 5SZTA 3HPHA 4CJ4A 4C8OA 2XHBA 1ASVA 2ETJA 2YNHA 3V1OA 4DQQA 1A5WA 1JL1A 4CF1A 3K2PA 5DMRA 4W5RA 4IKFA 3ZSQA 2PYLA 3SPZA 1RBVA 4M3TA 4OKKA 2HW3A 4Y1DA 4HHTA 3V9SA 1NK5A 4E0DA 3AVJA 3LAKA 3NF9A 3CQ8A 1GOBA 1RDCA 1RBTA 4F2RA 4KTWA 4CEQA 4DLEA 4KHQA 4CJKA 3U3YA 1RNHA 4FK0A 3LZJA 3AVCA 3OY9A 3IS9A 3M8RA 5KI6A 4J2AA 1WN7A 4FLYA 2RF2A 3VQ9A 1BI4B 3PX0A 1ZBHA 4CJVA 4KB1A 1X9SA 3VQ6A 3S9HA 3MXJA 4FZXC 2OPPA 3VQDA 1HYSA 3NE6A 3SCXA 2P1JA 3VQ5A 3CG7A 3OS0A 2F8SA 3HL8A 4RW4A 3KTQA 4CCHA 1W9HA 4F3TA 2GBZA 1EP4A 3C95A 4DS4A 3AVHA 4DFPA 3P83D 4CHNA 2HHXA 3KLGA 4C8LA 4CGIA 4BE2A 4RW8A 1T7PA 1DLOA 3FFIA 4CJ5A 4CK1A 3TI0A 4Z4HA 1U4BA 3F73A 1T05A 2X6SA 3F9KA 1WNSA 1RBUA 4NCAA 3SV4A 3TABA 4G1QA 1WSHA 4C8KA 3SUPA 4KI4A 1QHTA 4F2SA 4QAGA 4UQGA 1S9GA 3ALYA 3DLGA 4DMNA 4FLXA 1C1CA 3D45A 2VWJA 3ZT0A 1BL3A 3HPGA 4C8NA 3SQ1A 2ZD1A 3L8BA 4B8AB 3NCIA 5HROA 2Z1IA 3AVAA 4FM0A 1HMVA 4DSLA 4DWIA 4RW9A 1ASUA 1RDAA 4KI6A 4CK3A 3D0PA 1WAJA 1S1TA 4FLVA 3V1RA 3KLIA 1XC9A 4CESA 3V6DA 2A1RA 4CJTA 3PX4A 3PO5A 4FW1A 3VQCA 4IFVA 2HNZA 4WE1A 3VQPA 3K5MA 1KLNA 1HPZA 4HVJA 3O3GA 1IH7A 4K8ZA 1RT7A 1N5YA 3K58A 3SQ0A 1QSLA 4KHUA 2YV0X 3AV9A 4DTNA 4OPJA 4LH4A 3SQ4A 1XHZA 1SV5A 4Q0BA 3MXMA 2JGUA 4I9QA 4E7HA 4DSKA 3L2RA 3RMBA 3OYMA 1TL3A 3TWHA 2Y1IA 3DRRA 1RTJA 4CIGA 1ITGA 3LWMA 1NK6A 4E19A 2WONA 1MU2A 2P51A 4PA1A 2F96A 4F3OA 4FW2A 4O55A 4RG8A 4KV8A 1LV5A 1QSSA 4ID5A 3RRGA 2HHQA 2ZE2A 3AVLA 4M41A 3SI6A 1Z25A 5K14A 1HJRA 3VQ4A 4CJUA 4CFBA 5HRPA 1U47A 1S1VA 1BHLA 4CIEA 4IG0A 4W5OA 3SUOA 3DLEA 3RMDA 4E7LA 4ZTJA 2GUIA 1QSYA 1R0AA 3E01A 3L2WA 2A1SA 1CXUA 3IAYA 3NFAA 3THVA 3LWLA 1BCOA 3S3NA 3SYZA 5HRSA 1S6QA 1RT6A 2FBVA 3AVBA 3NF6A 3EYZA 1L3TA 1B92A 1X9MA 1KRPA 1LW2A 2W42A 1UA1A 3OS2A 3QEVA 4E3SA 1WAFA 5FRMA 1ZBFA 4Z4CA 1BCMA 2YHAA 4CJLA 2X78A 4BACA 4KTQA 4BE0A 3DOLA 4FLZA 1NJZA 4RW7A 2X74A 3NAEA 3CM5A 3SUNA 5J1EA 3OJUA 2QKKA 4FZZA 2QK9A 4FM2A 1QQCA 1B9FA 3K5LA 3MXIA 5C42A 3K5OA 2XO7A 3HXMA 1C0UA 2RN2A 2IGIA 2F8TA 3NHGA 1J9AA 4CF2A 4M3WA 3OYGA 1N6QA 3VQ8A 4KPYA 1TKTA 4DTJA 2PZSA 1LAWA 2OZMA 4ICLA 3OYEA 3L2UA 2IAJA 4HUEA 3DLBA 1QE1A 2DFFA 3HVTA 1ASWA 1X1PA 3DLKA 3MECA 4CGFA 3L3VA 3L2VA 4FJ5A 4FK2A 3KKSA 4JRPA 4FJGA 3SV3A 1XHXA 3VQEA 1HYVA 1REVA 1RILA 3QINA 1UAXA 4AHSA 5CY4A 1QS4A 1BIZA 3M8PA 3KLFA 3NGYA 4DTPA 3QEXA 1Y97A 2PY5A 3KK2A 3HT3A 2G8KA 4CEBA 3KD1E 2OPRA 2DY4A 1ZBUA 3NH2A 3VA3A 1D8YA 4DTOA 2P5GA 1RCHA 2YNIA 2IOCA 3M8QA 4KO0A 4CEOA 4CHPA 1VRUA 3U3GA 1NK4A 3SUQA 4Y1CA 3ZSXA 2KZZA 3QEPA 3I0RA 1WLJA 4E7KA 4FJMA 4KAZA 1WSJA 2D0AA 2GV9A 3KD5E 4LD0A 4CEFA 1BI4A 3BGRA 3V1QA 4HTUA 1KVAA 3O4QA 4LY7A 1NK9A 2ATQA 3RMAA 3DI6A 4CJ3A 3RTVA 2D0BA 2P5OA 2O4GA 1SKWA 4M3UA 4TSXA 1DTQA 3AA2A 4B9TA 5JS1A 3LPTA 4M3XA 3AO2A 3PV8A 3V9UA 5CZ2A 4FJNA 2DFHA 3HYFA 1RT5A 1HRHA 4DTSA 3NBPA 4J2DA 3G0ZA 4LH5A 1EX4A 4CJEA 1HNIA 1L3VA 4KB0A 4DU1A 1VSLA 2KFZA 4CF0A 3CFPA 1L5UA 4JLHA 1CZBA 1HQUA 3TAGA 1Z26A 1FKOA 1NJWA 3RR8A 4HCCA 2OPQA 4KHWA 3AA4A 3AVIA 3M8SA 4ELUA 4FK4A 5JS2A 3LP1A 1KFDA 3QIPA 4OGEA 3ZSZA 2BDPA 3PO4A 3HSTB 4BE1A 4LSLA 4DU4A 4ELTA 4FJ8A 1NOYA 4ZTFA 4CK2A 1SKRA 1Q9XA 2IDOA 4DF4A 2HVIA 5KGWA 4W5QA 3ZCMA 2XRIA 2B6AA 1JL2A 4B9SA 3HO1A 3SQ2A 4DSFA 2IC3A 2E6MA 3WNFA 4FZYA 4M3ZA 1IKXA 1ZBIA 4AHRA 3QETA 2Z1GA 3TANA 3HK2A 1LAVA 4BDYA 2XY5A 3K57A 1C6VA 3O4NA 1U04A 1S6PA 2HNDA 1TK8A 1NKBA 4O4GA 4DLGA 4F8RA 4AHCA 3NH1A 1SL2A 1S1XA 4PQUA 3ASMA 1NJXA 4CFAA 2Y1JA 1TV6A 1A5VA 4E1NA 4DQPA 3AA3A 3AVFA 4CJFA 1W0HA 1RDDA 5KGXA 3DRPA 4KTZA 4FYDA 3WNHA 3AO4A 4CHYA 3ZT4A 4HUGA 4FCYA 1VRTA 1IO2A 2XY7A 4FJ9A 1LWEA 4EP5A 3HP9A 4OKEA 4CJRA 1RTDA 1ZYQA 2HMIA 3WNEA 5J2PA 1BGXT 3AVMA 1YVUA 4IBNA 4DTUA 4BWMA 3RWUA 1C1BA 3HP6A 1JLGA 5C25A 4MFBA 5I3UA 2KQ2A 2LSNA 4CECA 1L3UA 4W5NA 3SPYA 2HNYA 3LP0A 1JKHA 3H08A 5EU7A 4CGDA 3TR8A 4Z0UA 3V4IA 5I42A 1NK7A 1QTMA 4AILC 2I5JA 4I2PA 1TAUA 2OPSA 3AVKA 4FXDA 5HP1A 3ZT3A 3SJJA 4H4OA 4L8RB 2D0CA 1BISA 4GMJB 1LWCA 4FM1A 1RTHA 3LPUA 3OYFA 2YNGA 5KRTA 3T3FA 3QEWA 4N56A 4PUOA 1NOZA 1CLQA 2Z1HA 4CEDA 2HVHA 1KTQA 3VA0A 4DS5A 3K59A 2FC0A 4CJQA 1RT3A 3OYCA 3KIOA 4O5BA 2OYQA 1VSJA 1NK0A 5HLFA 4M3RA 1BQNA 4ZHRA 4JS5A 4DQIA 2HHUA 4ID1A 2ZQBA 1JLCA 2R7YA 4BDPA 2VG7A 1G15A 4KRFA 3QESA 4YFUA 4IFYA 3PUFA 3I8DA 4DSIA 5FRNA 3LZIA 2DTUA 4DFJA 1SUQA 4YNQA 2YHBA 3QO9A 3V81A 4DTMA 1VSHA 3NGIA 1JLBA 4FJJA 4CGJA 1I3AA 4K8XA 1XWLA 4QCLA 5KTQA 1GOAA 1K6YA 1BIUA 3LP3A 1NKEA 5HRNA 3PX6A 3EZ5A 2E6LA 5E41A 4O44A 3B6OA 1NKCA 1EXQA 1TL1A 2VG5A 4Q5VA 2RPIA 2WOMA 3VQ7A 5HBMA 4QOZB 4OJRA 3C6UA 3ITHA 3G10A 4BWJA 3KK1A 1HYZA 3MEDA 1TKDA 2BE2A 2IS3A 4H4MA 2PYJA 1D5AA 1CZ9A 3DYAA 5J2QA 3V9XA 1WSGA 4N5SA 1U48A 4N47A 4E89A 4DTXA 4FLWA 4FJIA 1SL0A 4O0IA 1XI1A 1J54A 3OS1A 2G8FA 1KFSA 4OLBA 4CJWA 4ELVA 3HPOA 3HVRA 1HQEA 4EP4A 2KTQA 1KLMA 1WSFA 4CJSA 4N41A 2KFNA 4CFCA 2EX3A 5KRSA 3KK3A 3CFOA 4DQRA 1U49A 4B3OA 2HHSA 1L3SA 1BQMA 1YT3A 4AHVA 4CEEA 3A2FA 4CF8A 3DMJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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2ASMA 2P9NB 5AQZA 4CD3A 1FZ6E 2RE2A 1A5WA 4CF1A 1N32K 3VERA 3CCRN 4IJNA 1HKBA 1NK5A 4KTWA 4CEQA 3D2FA 5AR0A 4DLEA 3D2FB 2OTJN 2UYTA 4WYBA 2YJFA 4JK8A 4FLYA 5KPZA 1BI4B 2WUSA 2BH1A 4KB1A 3S9HA 4FOEA 3MXJA 5IWAK 1VQPN 1HYSA 2A42A 3VQ5A 4CZJA 3IKMA 3HL8A 4CCHA 5BPNA 4CHNA 4CGIA 4CJ5A 5M1QA 1T05A 3F9KA 3VEYA 1RBUA 1E4GT 3TABA 1QHTA 4QAGA 2NLXA 4UQGA 3SLCA 1C1CA 4GY2B 3C6AA 1C0FA 3NCIA 1HMVA 4X65K 4DWIA 3D0PA 3THXA 4FLVA 3OGLB 3KLIA 3V1RA 3THXB 1XC9A 2A1RA 4M63C 4DR6K 3VQPA 2Q97A 1HPZA 3O08A 3O8MA 3SQ0A 2J4RA 1FJGK 4KHUA 1NU0A 1HNZK 4IT5A 2GTDA 4X64K 4AI6A 4Q0BA 1U2VA 2FF3B 4DSKA 3OYMA 2YCHA 3DRRA 4A57A 1GLAG 1ITGA 4A5BA 4E19A 3SBGA 4JHDB 2P51A 4F3OA 2F96A 4FW2A 1GLFO 4O55A 4ID5A 2A3ZA 1U47A 1HJRA 4CFBA 4CIEA 4IG0A 1QSYA 3RMDA 1FZ8E 2A1SA 1CXUA 3Q7BA 3ZLJA 3THVA 1OVQA 4V19S 3SYZA 3T1YK 3OS2A 4QS7A 5FRMA 2YHAA 1VQ5N 4GNIA 3NAEA 2MW2A 1Q81O 3H3NO 3OJUA 4MO4A 5C2DA 3K5LA 3CJ1A 3C6NB 3HXMA 2RN2A 1FZ2E 2F8TA 1J9AA 4M3WA 3H1QA 4FOIA 3EKUA 3KZBA 1QZ6A 3DLKA 4FJ5A 4JRPA 1KC8O 1S3XA 3JS6A 1ZC6A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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