3QESA

Rb69 dna polymerase (l561a/s565g/y567a) ternary complex with dgtp opposite difluorotoluene nucleoside
Total Genus 322
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
322
sequence length
902
structure length
902
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural Basis for Differential Insertion Kinetics of dNMPs Opposite a Difluorotoluene Nucleotide Residue.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DNA polymerase
molecule tags Transferase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 322
structure length 902
sequence length 902
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-01-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3qesA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3qesA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3qesA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3qesA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3qesA03
2HNZA 2B5JA 4IG0A 4NYFA 4FJ9A 3MEEA 1KLNA 3CYMA 4B9MA 3NGYA 2WONA 3L2WA 4CIFA 1EKEA 1XC9A 4DU4A 3I0SA 3CFPA 4FM2A 1LWEA 4CHZA 4IFVA 5KTQA 3KK1A 3HXMA 2G8KA 3VQ7A 1S9EA 1S6PA 1TK8A 4CIGA 3AA3A 3IAYA 2OYQA 1HRHA 2YNHA 2F8SA 2HVHA 1XWLA 1Q9XA 3V9SA 4O55A 4GW6A 4W5RA 2HW3A 3FFIA 3G10A 4CEZA 1ZBUA 3RTVA 1NJYA 4F8RA 3OYCA 3QERA 1JLEA 2KW4A 3OYHA 1JXEA 4RW4A 3QO9A 1Q9YA 4DSEA 2KTQA 1D5AA 2P1JA 1QHTA 1ASUA 3TAPA 1JL1A 4DSIA 4AHRA 1WAFA 3WNHA 4ELTA 1BCOA 4FJ8A 4FJHA 1WSJA 3MECA 4JS4A 4G1QA 4EP5A 1T03A 4DU1A 2KFZA 1YVUA 4DTRA 1CXUA 3VQ4A 2IS3A 1N6QA 4DTJA 3BGRA 4DSKA 1TGOA 3LWLA 3HYFA 1HYVA 1GOCA 4FLWA 4LH5A 3AA5X 3LP0A 4FZZA 4KRFA 1X9WA 1I3AA 3TAFA 4PY5A 1ZBIA 2PYLA 3LAMA 3S9HA 4XIUA 1IG9A 4RW8A 1REVA 1HNIA 3DLRA 4KHQA 3V81A 1Z25A 1A5VA 1SL1A 3OS1A 3QNOA 2I5JA 4CECA 4ZHRA 3UIQA 1BL3A 1U47A 4C8LA 3ZSOA 4KKOA 4Q0BA 3M8SA 1NK5A 3TWHA 3HPOA 4FJMA 2ZQBA 1WSHA 4CF1A 4CF8A 4CJTA 4NCGA 1L3TA 4DQRA 4CEFA 5I42A 2PZSA 3HT3A 2G8UA 4B9UA 3OY9A 4BDPA 1BQMA 2OZMA 4B9NA 3TAGA 3SQ0A 5C25A 4F2SA 1TK0A 5SZTA 3HL8A 4FCYA 1XHZA 2X78A 1L3UA 3NF6A 3AVBA 4O0JA 4PWDA 1NK0A 3QEVA 1CZ9A 1JXBA 3SJJA 1UA0A 4HCBA 2B4JA 2KZMA 4KTZA 3V4IA 4AHTA 1FXXA 3WNFA 1TKTA 1NK7A 4PA1A 2OPQA 1TAQA 3AVGA 4RW9A 3LWMA 3ALYA 2O4IA 1HMVA 1WSGA 1RT3A 3RRGA 1VRUA 4M3UA 4CEOA 3D0PA 4M3WA 4O0IA 2HNDA 4DFKA 3M8PA 1B9DA 1KVBA 2E4LA 1JLQA 2Q3SA 4GMJB 4I2PA 1J5OA 4CJUA 4RG8A 3QETA 1RT1A 3M8QA 4CJFA 1LWCA 2Z1HA 3DOLA 1LWFA 4N41A 4LD0A 1RT5A 4NYNA 1KVAA 3K57A 2EX3A 3O4NA 4DFMA 3T1AA 1TL3A 3VQPA 3LDSA 1S6QA 3RMDA 3NHGA 3AVCA 3G0ZA 3ZSYA 4CGGA 2A1SA 2QK9A 1RBSA 2BANA 4CJLA 4KHYA 1CZBA 1KVCA 2KZZA 3SI6A 1RNHA 3LZIA 4HHTA 4CGJA 3KKSA 5KI6A 3SUNA 2WOMA 3RRHA 1RT4A 5SWMA 2G8WA 3OYIA 4HCCA 3KLFA 2RKIA 1NK8A 4DF8A 3PY8A 1F21A 3D45A 3ZSRA 4E89A 4J2AA 1NJZA 1BISA 3AO2A 3OYFA 1HYZA 1U45A 4C8OA 4MQ3A 1LV5A 3K5OA 3KJVA 3PO4A 1ASWA 2OPPA 2Z1GA 4KHNA 3DRSA 2HHXA 3KLIA 4BE1A 4FLZA 2YKNA 4IKFA 4Z4FA 4DLGA 4CIEA 4DSJA 4YFUA 3CFOA 3QIPA 3TAEA 1HPZA 1SV5A 5FRMA 1HQEA 3DRRA 4FJXA 4ELVA 3NF7A 4FJKA 3PX6A 4CJKA 2A1RA 1I39A 1R0AA 3KTQA 1NJWA 4KAZA 4M3RA 1VSDA 2EHGA 2YHAA 4GVMA 4CGIA 3QEWA 3QIOA 3TI0A 2BDPA 2YNIA 3MXMA 3QEPA 4J2BA 4WE1A 1J53A 4CESA 4N47A 3VA3A 1KFSA 1C0MA 1W9HA 4OPKA 2OPSA 4CF9A 2RF2A 1NK6A 4CGFA 4O44A 3OYMA 1D9DA 3P5JA 5KRTA 1U48A 4F2RA 4QOZB 4W5NA 3SUOA 1L3VA 2F8TA 3NBPA 4KFBA 4B08A 1X9MA 3I0RA 2GBZA 4DTSA 4TSXA 1S1VA 3JSMA 4QCLA 3DLBA 1D8YA 3RMAA 5HRRA 2JGUA 4E1MA 3C6UA 3SCXA 2RPIA 2FBTA 3ZT4A 2DY4A 3ZT0A 4BDYA 3O3HA 1W0HA 2VWKA 4BACA 3AVJA 4KPYA 3KK2A 4KHUA 3SUQA 3DYAA 1IKVA 1BGXT 4ICLA 3DRPA 4IDKA 3V1OA 3OS2A 1HNVA 3PV8A 4CJPA 2PYJA 2HHUA 4DTNA 4FJJA 2VG6A 4DTXA 3BDPA 4H4MA 1C1BA 3L3VA 4CEEA 1WLJA 3OYAA 1QSSA 4Z4EA 3TABA 3NGZA 2D0BA 1T7PA 4NCAA 3LP2A 2FBXA 3ZSXA 4BE0A 4N5SA 1RT2A 2FBYA 3AO4A 3SNNA 4JLHA 4IFYA 4FM1A 4M41A 1NOZA 3NE6A 1C6VA 1JL2A 1ZBHA 5I3UA 3OYKA 3HSTB 3L2VA 4KREA 4FM0A 1S5JA 4CGDA 2R7YA 4Y1DA 1KLMA 2GUIA 3V6DA 1QS4A 3VQEA 3VQ6A 4KO0A 4FK0A 2ETJA 4L8RB 5T7BA 1TAUA 4CEDA 3IG1A 4QAGA 2YV0X 5FROA 4FJNA 4KHSA 3ITHA 4FK2A 2G8IA 3CM5A 5CYQA 4JRQA 3V9ZA 1RTIA 4IBNA 3AVLA 3NF9A 2VWJA 3IRXA 2IC3A 5C24A 1VSJA 1ZYQA 1TV6A 3PO5A 1C1CA 1WSEA 4KB1A 3DI6A 3NFAA 2FBVA 5CY4A 1T8EA 1X1PA 3OYJA 4DQPA 4CJVA 1IKXA 4B3OA 4ZTFA 4FLXA 3HM9A 3LALA 2XHBA 2XY8A 5C42A 3SV4A 5J2QA 1NOYA 4KV8A 2HVIA 4E3SA 2GV9A 4ID1A 1S1UA 1QTMA 4CHNA 3OYGA 1NK4A 1UWBA 4DTMA 3V1QA 1RILA 3WNGA 5HBMA 4CHOA 4CF2A 2X6NA 5J2NA 4AHUA 2HHVA 5K14A 3MXJA 4I7FA 4DLEA 1U49A 4ELUA 3SQ2A 3HVRA 1QSYA 2G8VA 3ASMA 4I2QA 3K5MA 4LSNA 2AJQA 2XO7A 1QQCA 4HTUA 3RMCA 4J2EA 3DOKA 3KLGA 3K5NA 3AA2A 5J1EA 4OGEA 3P1GA 3PX4A 4E7JA 4M3ZA 2HNYA 1Y97A 2QKKA 1KTQA 3DM2A 2VG7A 1JLFA 1RCHA 3HP6A 1S1TA 1UOCA 3EZ5A 4E0DA 4F4KA 1LAWA 3DMJA 4OKKA 3AVKA 3ZSVA 2P5GA 1TKXA 3TAQA 1NKBA 4FZXC 2ZE2A 4M3XA 4OGCA 5HRPA 3VQCA 3U6FA 4W5TA 3O3GA 1U4BA 1YTAA 4NCBA 3KKRA 2E6MA 5FDLA 1T05A 1RDAA 1EXQA 3F73A 3S3MA 1BHLA 1BI4A 1VSLA 3TAMA 3NF8A 2IGIA 3DLEA 1EETA 1EX4A 3KLEA 4FK4A 1FK9A 3C95A 4M42A 1VSKA 4OPJA 3V9UA 3V9XA 4DQSA 4KTQA 4CFCA 1WSFA 4CJRA 2QXFA 1RT7A 4CJ3A 3OYEA 4M3YA 2OPRA 3VQ5A 1ASVA 3MEDA 3L2RA 4HUEA 3THVA 1IKYA 5CZ2A 1Z26A 3ZCMA 4CEBA 4DG1A 4FZYA 1UA1A 1N5YA 2X6SA 1RDDA 4BWMA 3WNEA 4CE9A 2G8FA 1LW0A 4FVMA 5E41A 4F3TA 3CQ8A 3VN5A 1IH7A 3K58A 4DFJA 4B9LA 3RWUA 1A5WA 1CXQA 2DFFA 4E19A 3DLHA 1BQNA 1B92A 3AVIA 3ISNC 3AVAA 3L2QA 3VA0A 5JS1A 4LY7A 2HB5A 3OYDA 4Z4GA 3AVFA 1KRPA 1NKCA 4DTUA 4DSFA 4R5PA 5HP1A 2XY5A 4Y1CA 1BIZA 4O5BA 4DMNA 2QKBA 3K5LA 4LSLA 2Y1IA 3QLHA 3VQBA 3HVTA 3LP1A 3L3UA 5CYMA 3ZT2A 3OYLA 4Z0UA 4AHVA 4B9TA 1FKOA 4M45A 1TVRA 1RDBA 2JLEA 3AO5A 1JLAA 4BDZA 1NK9A 1C1AA 3MXIA 3KD5E 2HHWA 3RR7A 4AHSA 3VQ8A 3MAQA 1HJRA 4EP4A 1KSPA 2W42A 2D5RA 1XHXA 4DFPA 2F96A 3CFRA 4B8AB 3HPGA 3U3YA 2P51A 2LSNA 4BE2A 4IG3A 1Q8IA 4Z4CA 2KFNA 5DMRA 3QEIA 4Z4HA 2P5OA 5EU7A 3LP3A 1RBVA 4K8ZA 3AA4A 5KGWA 5HLFA 4Z4IA 1IO2A 4OKEA 3S3NA 4CK1A 1YTUA 3S3OA 4HVJA 1K6YA 2YNFA 3AO3A 3OJUA 1VSIA 3HPHA 1TK5A 1NJXA 1JLCA 3LPTA 1A5XA 3M8RA 4B9VA 4ZTJA 2PY5A 4DS4A 3NGIA 4J2DA 1TL1A 5HROA 1ZBFA 2IAJA 3K59A 1GOBA 1RBUA 4DWIA 2ATQA 4FW1A 2ZD1A 4CF0A 1MU2A 4AH9A 4CJEA 3OYBA 4C8KA 3TARA 5J2MA 4KHWA 2Z1IA 3VQ9A 4CFAA 3PUFA 4FJ7A 3SYZA 2XY6A 3ZSWA 3SQ4A 1RTDA 1JLBA 1S1WA 4DF4A 2O4GA 1X9SA 1L3SA 2HHQA 1LAVA 3HK2A 4Q5VA 4OJRA 4RW7A 5KGXA 4C8NA 3EYZA 3I8DA 4FLUA 3P83D 3KLHA 4YNQA 2HHSA 1VSEA 3CM6A 1KCFA 1SKRA 4KB0A 4DSLA 3K2PA 4FLTA 1YT3A 1VSHA 4B9SA 4EZ6A 1ITGA 4HUGA 2YNGA 4B8CA 1XI1A 1CLQA 2ITGA 3AV9A 4UQGA 3TANA 3LAKA 3QINA 2YHBA 1VRTA 4C8MA 3KK3A 4CJ5A 1WAJA 1S9GA 2RN2A 4FLVA 4N76A 3SUPA 1S1XA 4CFBA 2HMIA 1TKDA 3DLGA 4CJQA 2DFEA 3VQQA 4CHYA 4HUFA 5D3GA 3HP9A 2XRIA 3ZT1A 4CJWA 4DQQA 3RMBA 2NUBA 3VQDA 1SUQA 3TR8A 3OS0A 4JS5A 3ZSZA 2Y1JA 1G15A 3JYTA 3LANA 2HHTA 3L8BA 1L5UA 3V9WA 2KQ2A 1EP4A 3A2FA 1SL0A 4DU3A 1TKZA 1HYSA 4DTOA 5HRNA 4FJ5A 1VSMA 3OYNA 4E7LA 2OZSA 3T19A 3VQAA 4FJIA 4OVLA 1B9FA 3NAEA 3U3GA 3O3FA 1VSFA 5J2PA 1QSLA 1LW2A 4DTPA 3QEXA 4FJGA 1J9AA 4FLYA 3NCIA 2D0CA 3LPUA 3HO1A 3O4QA 1C0UA 4PUOA 1JKHA 3SZ2A 4OLAA 5KRSA 3B6OA 1DLOA 1SKWA 4JRPA 3RR8A 3AVNA 3CG7A 2DTUA 5JS2A 1BCMA 1SKSA 3LZJA 4EZ9A 3KIOA 4CFDA 4OLBA 4CHPA 4K8XA 3AVHA 3C6TA 3ZSQA 4CJ4A 3NDKA 2BE2A 2E6LA 4FYDA 1VK0A 4E7HA 2Z1JA 3H08A 3SPZA 2YKMA 1IKWA 2DFHA 3EY1A 1WN7A 4CEAA 1BIUA 3DLKA 1J54A 4O4GA 1U04A 4W5QA 2B6AA 1KFDA 1RBRA 3V1RA 2X74A 3E01A 4ID5A 4KI6A 1WNSA 1BI4B 4DS5A 4BWJA 3T3FA 5CZ1A 1UAXA 3ZT3A 4CGHA 3SV3A 1FKPA 3QESA 3F9KA 3KD1E 4E7KA 3OVNA 1ZBLA 3NH0A 1DTTA 3NH1A 2IDOA 1RTJA 2FC0A 1HQUA 4DQIA 4CERA 4M3TA 3L2UA 5DK5A 3AO1A 3NH2A 4I9QA 4H4OA 3MEGA 1WSIA 4E7IA 4CCHA 4W5OA 1O1WA 1DTQA 4FW2A 3HJFA 4E1NA 2D0AA 1JLGA 4FJLA 4PQUA 2IOCA 5HRSA 4FXDA 3B6PA 1RT6A 4OKJA 4F3OA 4CJSA 4AILC 1NKEA 2G8HA 1RBTA 4H8KA 4N56A 4AHCA 3C94A 5FRNA 3SPYA 1C0TA 1SL2A 3OJSA 2OA8A 3PX0A 1D9FA 3QNNA 2BGGA 1RTHA 4RW6A 4MFBA 4CEQA 4CK2A 4KI4A 1RDCA 3ULDA 3IS9A 3AVMA 1GOAA 4KTWA 2XY7A 3SQ1A 1QE1A 4LH4A 4CK3A 4I9LA 4CHQA 2VG5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4IG0A 1VQKN 1KLNA 3LDOA 3NGYA 1OH5A 3CD6N 1XC9A 3MN9A 3THXA 4PL7A 3CFPA 4FM2A 3QFPA 4CIGA 3AA3A 3U8XA 2F8SA 2HVHA 4GW6A 3G10A 4HWIA 4GAMC 4K42A 3RTVA 1HPMA 3OYCA 2CH6A 3Q7CA 4DV3K 4M7XA 3OHRA 3I55N 4AHRA 1WAFA 3BP8A 4ELTA 1FYZE 3MECA 3HTVA 2IS3A 1N6QA 2P1PB 1TGOA 1ZBSA 2O8DB 4LH5A 4H0XB 3AA5X 4WYBA 4RNGA 3ZETB 3FGUA 2PYLA 3LAMA 1HNIA 2VIXA 4PHTX 1A5VA 4DV7K 3OS1A 4ZHRA 3L4IA 2AP1A 4BR7A 2NRWA 2VCPA 2ZQBA 4CF8A 5AQKA 1L3TA 2PZSA 4AM6A 3HT3A 1VQMN 3OY9A 1QVGM 5C25A 4JKDA 5JMVA 1XVBE 1U2VA 3HL8A 1TYQA 2X78A 4EP9A 3QEVA 3R3LA 1EWRA 2FW3A 3V4IA 1FXXA 2NRXA 3HM8A 1FZ5E 4PA1A 3ALYA 3O8MA 1HMVA 1WSGA 1RT3A 3THWB 2E4LA 5LMNK 4GMJB 4C1NK 1LWCA 2Z1HA 3RSEB 1RT5A 2Q31A 4E4BA 4DFMA 1TL3A 3VQPA 3AVCA 3G0ZA 2P9KB 3ZSYA 1FZ3E 4CGGA 1RBSA 2BANA 2VGNA 1CZBA 4MDAA 1GLLO 2P9PB 3LZIA 2ZJPL 3SUNA 2WOMA 3RRHA 1RT4A 5SWMA 5M1FA 5JLHA 3OYIA 4HCCA 3KLFA 1N32K 1NK8A 3PY8A 1F21A 3ZEUB 1NJZA 1NM1A 3OYFA 1U45A 4C8OA 2DPNA 1LV5A 3KJVA 2P1QB 2O8BB 3KLIA 1OH6A 4Z4FA 4YFUA 3CFOA 3VF2A 1HPZA 3F9MA 4FJXA 3PX6A 4CJKA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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