3QESA

Rb69 dna polymerase (l561a/s565g/y567a) ternary complex with dgtp opposite difluorotoluene nucleoside
Total Genus 322
100200300400500600700800050100150200250300
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
322
sequence length
902
structure length
902
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transferase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
publication title Structural Basis for Differential Insertion Kinetics of dNMPs Opposite a Difluorotoluene Nucleotide Residue.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DNA polymerase
total genus 322
structure length 902
sequence length 902
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-01-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3qesA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3qesA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3qesA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3qesA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3qesA03
1IKYA 3OYDA 4BACA 2Z1HA 3QINA 5HBMA 4I2PA 4EZ9A 4E7HA 3T19A 3U6FA 1VSJA 3TAMA 3TAGA 1BCMA 3NGIA 2ATQA 1XHXA 4O0JA 4CJFA 3OS1A 4E3SA 1JLGA 1HNVA 1RCHA 1HJRA 1Z26A 4FJIA 2Z1IA 3D45A 4E19A 3RTVA 5C24A 4CEEA 5HRRA 2FBTA 4NYFA 3K57A 4AHRA 3OYKA 3TANA 1R0AA 4B9VA 4FYDA 4DS4A 4CECA 1VRUA 3LWLA 4Z4CA 3HPHA 3OS0A 2YKNA 4BDZA 3KD1E 4K8ZA 1LW2A 2HHTA 4FLWA 4OKKA 3KK1A 3SQ1A 3NF6A 3AVLA 2G8IA 1ZBLA 3OYCA 4CJWA 1WSFA 1X9SA 4NYNA 5KGWA 4E7JA 4G1QA 1DLOA 4KB1A 4CEQA 4DFJA 3P5JA 3L2WA 3SNNA 4YNQA 3AVMA 1KFSA 4KI4A 3AO4A 3QNOA 5EU7A 3RRHA 3PY8A 3LPTA 2G8FA 4C8NA 3KJVA 4J2BA 3LP3A 1TAUA 1SV5A 3V9XA 1NKBA 4B9NA 4FM1A 4DTMA 4IFVA 4C8KA 3RMCA 1BHLA 4CFCA 5HRSA 4HCCA 2QK9A 4OKEA 3L2VA 1UWBA 2VWJA 4H4MA 5FRNA 4HCBA 3S3MA 3NAEA 2X6SA 2G8HA 3AA3A 4I7FA 3NF9A 4BE1A 1W0HA 1NK6A 4IBNA 4DTRA 3MEDA 4HUFA 3VQBA 3VQ8A 4DSLA 4N41A 1ZBIA 4LH5A 2HHWA 4KI6A 4M3UA 1KVCA 4ICLA 2KFNA 3LP2A 2PZSA 4FLZA 5I3UA 3QEXA 1NK9A 4FZXC 4CEFA 1BIUA 4E7IA 4KREA 3SUQA 4DTPA 1RDAA 4DS5A 4LSNA 4DQRA 4FXDA 5HP1A 2X6NA 2QKBA 1U4BA 3OVNA 1HYZA 1W9HA 1Q9YA 1JL2A 1ASUA 3L2UA 4NCGA 1TL1A 1JL1A 4TSXA 5CZ2A 5K14A 1S1TA 3K5MA 4FLUA 1XHZA 4FK4A 1T03A 2OPQA 5KRSA 3LALA 3RMAA 3LWMA 3HM9A 2OA8A 4NCAA 4KTZA 3AVNA 3L3VA 3OYAA 4DFMA 5FRMA 1YVUA 3M8QA 4QAGA 4MQ3A 1F21A 2RPIA 4H4OA 3T1AA 1SL1A 2G8WA 1A5XA 1L5UA 2HVHA 1TKXA 2IAJA 3DMJA 2YNHA 4F2SA 2HHVA 3ZSYA 2YNGA 4CHZA 3AO5A 1ZBHA 4CHNA 4DU3A 4CFAA 3JYTA 4CJRA 1L3VA 4K8XA 1JXEA 4DLEA 4BDPA 2I5JA 3NH2A 2KZMA 3AA5X 4CJUA 3LANA 1LWEA 4FJ9A 1C0UA 2HMIA 4E7LA 4O5BA 4FLVA 1YTAA 3AVKA 1HYSA 4BWMA 4CHYA 4CGFA 3E01A 3LDSA 4CJSA 1S5JA 3QIOA 1TL3A 4DTUA 4DLGA 2O4IA 1C1BA 4OJRA 3VA3A 1LV5A 1J5OA 4ELTA 2HHSA 3ZSZA 1NK7A 4CFBA 3EZ5A 1CXQA 4HUEA 4QCLA 2W42A 1RT3A 3AV9A 3UIQA 1EX4A 4OGEA 4FZZA 2HHXA 3L3UA 4C8LA 3LPUA 3KK2A 1EKEA 3D0PA 1U48A 4CEBA 3BDPA 5DMRA 3I8DA 4J2AA 1D9DA 1HRHA 3QO9A 4N56A 4FW2A 5J2MA 4F4KA 2HW3A 1EP4A 2XY7A 1D8YA 3KTQA 2B6AA 4UQGA 1IKWA 4LD0A 3MAQA 3NCIA 3NH1A 4CJTA 2FBXA 1ZBUA 3ZT3A 1LWCA 1L3SA 1U49A 2P5OA 1VSFA 3O4NA 3CFPA 3SCXA 3DLEA 4OLBA 2G8UA 3QNNA 4Q0BA 3ZT4A 2Z1GA 3SV4A 2XY6A 1IG9A 4FJNA 1RT7A 4DSEA 2A1RA 3SPZA 1J54A 1TK5A 1BQMA 4FJXA 2F96A 4IFYA 3ZT1A 4ZTJA 1U47A 1FK9A 1S9GA 1QTMA 3OYBA 2YNIA 3LAMA 3C94A 4M41A 1U04A 3C6UA 1WSJA 3VQ7A 1WSIA 3OYLA 1VK0A 4E0DA 2IS3A 3DI6A 4FLYA 2ITGA 4BDYA 4EZ6A 2DTUA 1CXUA 3AA2A 3CYMA 1JLFA 4KFBA 1KLNA 3K5LA 2OYQA 3DLGA 1S1VA 4AHCA 1K6YA 2ZQBA 3O3GA 3ULDA 2QKKA 1ASWA 3S9HA 4CFDA 4I9LA 3L8BA 1RDBA 3OY9A 1RDCA 1RDDA 3DLKA 3CM6A 4KTWA 4CJEA 3HJFA 1QHTA 5CYQA 1LWFA 4CEDA 1XC9A 1ZBFA 4FZYA 4PWDA 4OGCA 1SL0A 5KGXA 1QSYA 3QIPA 3VQAA 4KB0A 4GW6A 1S6PA 4F3TA 3ZT2A 3EYZA 1S1UA 3OJSA 3I0RA 4FLXA 4M42A 1BCOA 4Y1CA 2ZD1A 4O4GA 2OZMA 2G8KA 3C6TA 4IDKA 4OPJA 4KTQA 1A5VA 3TAEA 2OZSA 2E4LA 3V81A 4QOZB 3M8PA 4B08A 2E6LA 2IOCA 2F8TA 1CLQA 1GOAA 1BL3A 5C42A 1HNIA 2KTQA 3QLHA 4RW7A 3KK3A 1Q9XA 1FKOA 1JLQA 3KD5E 1T8EA 3RR7A 1WN7A 1EETA 1VSEA 1RTIA 2D5RA 2X78A 3O4QA 1SKWA 4KHYA 4BE0A 3NF8A 1JLAA 4YFUA 4FCYA 4E7KA 3AVIA 4CF8A 4DTSA 5KTQA 4CJ3A 3NDKA 4E89A 1FKPA 5HROA 4DTJA 4WE1A 4PQUA 1J9AA 3BGRA 3TABA 3SQ2A 2P5GA 1NJYA 2GV9A 3THVA 4CIFA 4PY5A 1RBSA 1B9DA 2Y1JA 2VWKA 2OPPA 3OYJA 1UA0A 3I0SA 1REVA 1EXQA 2HNZA 1TK0A 4KAZA 1RTHA 1RILA 2XO7A 4DSJA 3CQ8A 4CJVA 1RT6A 3SQ0A 1B9FA 3V1RA 2RKIA 3PUFA 4CJPA 2HHQA 3WNHA 3HO1A 1NK4A 4R5PA 4RW4A 4CF1A 2HHUA 5HRPA 1X9MA 4W5TA 3AVAA 4H8KA 3TAFA 4NCBA 1VSLA 3FFIA 3PX4A 3CFRA 1KSPA 3IAYA 1SKSA 2D0BA 3M8SA 4Z4EA 2D0CA 1RBVA 1RBUA 4ZHRA 4CGJA 3RMBA 1UAXA 4XIUA 5J1EA 3K5OA 4JS5A 1RT1A 1NJZA 1BGXT 4C8OA 3SPYA 1TKDA 4Z4GA 1QSLA 1HYVA 1HMVA 2BE2A 3VN5A 5I42A 4FJJA 3NH0A 1I3AA 2DFFA 1JLEA 4W5OA 1YT3A 1QQCA 1J53A 1JXBA 1LAWA 2YHBA 3CG7A 3K58A 3MEGA 3PX0A 4CJLA 1JLCA 2BGGA 1RBTA 1X1PA 4O0IA 2NUBA 3ZSWA 5D3GA 2FC0A 4I9QA 2FBVA 3IS9A 3AVJA 4M3XA 3MECA 3HPGA 4CF0A 4CJQA 5C25A 2G8VA 2GBZA 3DLRA 3QEIA 3SI6A 2LSNA 1RTDA 4F3OA 2IDOA 3DRRA 3IG1A 4HHTA 2YHAA 2YNFA 4KRFA 4B9TA 3LAKA 2GUIA 1L3UA 3RR8A 3ZCMA 1G15A 4CHQA 1C1AA 1WSGA 3OYGA 1RT2A 5DK5A 2O4GA 1S1XA 4CK1A 3HP6A 4DU1A 2IGIA 3RMDA 3VQQA 4AHSA 5E41A 4CJ4A 5CYMA 3KIOA 4PUOA 4JLHA 3MXJA 1VRTA 2OPSA 1C1CA 1FXXA 4CF9A 4CIEA 2KQ2A 4FK0A 4Z4HA 4KHWA 1Y97A 4CEZA 2RF2A 3F9KA 3PX6A 4DTNA 3G10A 1KVBA 3ASMA 4IG3A 4CESA 4OLAA 1N5YA 3VQCA 2XY8A 2KW4A 3CFOA 3VQDA 4W5NA 1BQNA 1I39A 4OPKA 1U45A 1BIZA 3HVTA 3WNGA 4CF2A 3MXIA 4FM2A 1S9EA 3KLEA 2BDPA 4KHSA 3O3HA 4KHQA 3MEEA 5JS1A 1A5WA 3KKSA 1KFDA 4N76A 4CHPA 3ITHA 3U3YA 1D9FA 4ID1A 3K5NA 1NKEA 3KLIA 1TV6A 2B5JA 1Q8IA 4FJ7A 1IO2A 1WNSA 3NFAA 3QEPA 1VSKA 3LZIA 3AA4A 3QESA 3OYIA 3S3NA 4AHUA 3KLGA 4DG1A 2Q3SA 2F8SA 4J2EA 3HVRA 1QS4A 4MFBA 3DM2A 3ALYA 3NBPA 4KO0A 4W5RA 2HVIA 3VA0A 2Y1IA 3AO1A 3NGYA 4RW6A 2XY5A 4FW1A 3PO4A 4N5SA 4CGGA 3DYAA 4FJKA 4HUGA 3KLHA 3NHGA 3NF7A 4W5QA 1ZYQA 4Z4FA 4B9LA 1C0TA 3H08A 4GVMA 4O55A 3SUNA 3V1OA 3ZT0A 4KHUA 3DRPA 5CY4A 2PY5A 3ZSQA 3TI0A 4DSKA 2JLEA 3B6PA 3IRXA 4KHNA 2HNYA 4RW9A 4M3ZA 3HPOA 4DF8A 3DLHA 4OKJA 3CM5A 3HSTB 3HT3A 3AVGA 4M3TA 2XHBA 2DFEA 3OYNA 4CGDA 3OYEA 4M3RA 2HNDA 1QE1A 4M45A 4B8CA 3TR8A 1T7PA 4FJ8A 3ZSXA 4DFKA 4B9UA 3ZSOA 1XI1A 3SJJA 4AILC 3DRSA 2PYJA 3TARA 4CCHA 4DWIA 2HB5A 4GMJB 4ID5A 4FLTA 1NKCA 4BE2A 2PYLA 1VSMA 3NGZA 3RWUA 2VG6A 3V9SA 4DQQA 4DQSA 1B92A 4FJMA 5HLFA 2BANA 4AHVA 1CZ9A 3HP9A 3OYFA 2WONA 1NOZA 4CGHA 3O3FA 1RNHA 1L3TA 1NOYA 1RT5A 1NK5A 4IKFA 1C6VA 2ETJA 3OYHA 2P1JA 1DTQA 5J2QA 1UA1A 3S3OA 4CHOA 1MU2A 4AHTA 5J2NA 4B3OA 3B6OA 1BI4B 3AVCA 4E1NA 3OJUA 1WAFA 2WOMA 5T7BA 4O44A 1T05A 3RRGA 3QETA 2P51A 4Y1DA 4EP5A 3KLFA 1RBRA 3M8RA 4EP4A 3SUOA 1HQEA 4N47A 1QSSA 4Z4IA 3TAPA 1VSHA 5J2PA 2YKMA 4CK2A 4FJ5A 3NE6A 1BISA 4FJLA 1IKVA 1KRPA 5FDLA 4B9MA 4ELUA 4I2QA 5CZ1A 1TGOA 3PV8A 2VG5A 5SWMA 3V9ZA 4DQIA 1S6QA 2ZE2A 3SUPA 1JLBA 2DY4A 4CJKA 1N6QA 4DSIA 2Z1JA 3EY1A 2X74A 2XRIA 3QEVA 3P83D 3K59A 4DTXA 3TAQA 4FJGA 2EX3A 5FROA 4CIGA 2FBYA 4Z0UA 3OS2A 3K2PA 3QEWA 1UOCA 3P1GA 3V1QA 4AH9A 4JS4A 3SV3A 3DOLA 3WNFA 3MXMA 3TWHA 3C95A 1YTUA 1LW0A 4FJHA 4CE9A 1ASVA 4DSFA 4PA1A 4CEOA 5HRNA 3AO3A 4IG0A 2IC3A 1KTQA 2JGUA 1KLMA 4DU4A 4DQPA 1CZBA 4JRPA 3HYFA 4F2RA 1RT4A 4DTOA 1O1WA 3HL8A 1KCFA 1VSIA 4OVLA 2YV0X 5SZTA 4HVJA 3A2FA 1IKXA 4FM0A 1TVRA 5KRTA 3DOKA 4B9SA 5JS2A 3ZSRA 4CK3A 4ELVA 2KFZA 1Z25A 2B4JA 4KV8A 1JKHA 3VQ4A 3AVBA 4DFPA 1HPZA 1VSDA 3VQPA 3AO2A 1D5AA 4CEAA 3JSMA 4RG8A 1C0MA 3VQ5A 3F73A 3V9UA 1WSEA 3LP1A 3V6DA 1KVAA 4CGIA 3G0ZA 4KPYA 2QXFA 3AVHA 1WSHA 1ITGA 2DFHA 2RN2A 4LY7A 1NK0A 1TKZA 4B8AB 1NJXA 4KKOA 4LSLA 3L2RA 2E6MA 1GOCA 4LH4A 3PO5A 1GOBA 1SUQA 4FVMA 4C8MA 1NJWA 2R7YA 3VQEA 3DLBA 1S1WA 3VQ6A 3AVFA 4HTUA 3V9WA 4J2DA 3T3FA 4L8RB 4DMNA 4M3YA 3HXMA 3VQ9A 3L2QA 3SZ2A 4ZTFA 2OPRA 2AJQA 3KKRA 4Q5VA 4FK2A 2A1SA 2VG7A 4M3WA 3SYZA 1NK8A 2D0AA 1SL2A 1TK8A 3LZJA 1WLJA 2EHGA 1DTTA 4RW8A 4DF4A 3QERA 3OYMA 1X9WA 3HK2A 1HQUA 3LP0A 4F8RA 4E1MA 1SKRA 4JRQA 1BI4A 4CERA 2KZZA 1TAQA 3WNEA 1RTJA 1LAVA 3SQ4A 3ISNC 4BWJA 3U3GA 1XWLA 1WAJA 3ZSVA 4CJ5A 5KI6A 3V4IA 1TKTA 1IH7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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