3QETA

Rb69 dna polymerase (l561a/s565g/y567a) ternary complex with dttp opposite dt
Total Genus 329
100200300400500600700800900050100150200250300
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
329
sequence length
903
structure length
903
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF
Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transferase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
publication title Hydrogen-Bonding Capability of Difluorotoluene Nucleoside in Replication Complexes
rcsb
molecule keywords DNA polymerase
total genus 329
structure length 903
sequence length 903
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-01-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3qetA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3qetA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3qetA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3qetA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3qetA03
3SI6A 4CEEA 3P5JA 5CZ2A 4B08A 4CJEA 1KFSA 4F8RA 4I2PA 3O3HA 2YNGA 4BE1A 4FZYA 2O4IA 3THVA 1BISA 1T7PA 1HYVA 1KLMA 1RNHA 4CEAA 1HPZA 3BGRA 3M8PA 2RKIA 1KRPA 4E7HA 1BGXT 4KHSA 4KPYA 1NKCA 4DS4A 1RTHA 4CF2A 3SQ1A 4H8KA 5KGXA 3K2PA 4CGHA 3SPYA 1JXEA 1QE1A 1S6QA 1SL2A 1XHXA 4CF8A 4BE0A 1C1BA 4RW9A 4DTXA 5HBMA 3S3NA 3CFPA 4E3SA 1JL1A 3BDPA 4M3ZA 3OVNA 4L8RB 4FM0A 1EKEA 4DFMA 2EX3A 2HHUA 1WLJA 4Z4CA 3PO4A 4AHRA 1RTDA 4KRFA 1HNVA 4CK1A 3HP6A 4FLTA 4Z4FA 4Z4HA 3MEDA 3NDKA 1KSPA 4FJ8A 3O4NA 3P1GA 4FZZA 1YTAA 5FDLA 3A2FA 4F2SA 3AO3A 3AO1A 3LZIA 5I42A 1WSJA 4B8CA 4JS4A 2KZMA 4FM2A 4FLVA 1A5XA 1W0HA 3SUNA 4BWMA 4E1MA 1JLFA 1NKEA 1VK0A 2G8IA 4FJIA 1WNSA 3ISNC 3QETA 1LW2A 2HNYA 3OYBA 5C24A 3SPZA 2VG5A 5HRPA 3QEIA 2IDOA 3LP2A 3TAQA 1J5OA 1EP4A 4GVMA 1VRTA 4CFAA 3LPTA 5CZ1A 4BDZA 3NGIA 3IAYA 3SCXA 3AVNA 1JXBA 3HL8A 4HUEA 3WNEA 1VSIA 3LWLA 2KFZA 3NE6A 3TAEA 2D5RA 3LPUA 4R5PA 2PY5A 4DU1A 1T8EA 4FVMA 4DSIA 4KAZA 3VQ4A 3HO1A 3AVFA 4HUFA 3CG7A 4F3TA 2HHTA 3EYZA 1W9HA 1HYZA 3VQEA 4CEQA 3T3FA 4DS5A 4DFKA 1T05A 4FJ7A 2PYJA 4OLAA 1TKTA 4KI6A 5I3UA 4DTNA 2RF2A 3AVKA 1WAJA 3DLHA 2HHWA 4FXDA 3KLGA 5DK5A 2OPRA 3DRRA 1RT3A 1IKWA 3L2QA 3E01A 2D0AA 1RBRA 3FFIA 1QS4A 4ZTJA 3L8BA 4DSKA 1FXXA 2XY5A 4PY5A 2HW3A 1TKXA 4F2RA 3C6UA 4FJHA 3AO5A 3CYMA 3MEEA 4KO0A 3V1RA 4CFDA 5HRSA 4NYNA 4DQRA 2Q3SA 3ZT2A 2KZZA 4CK2A 3LDSA 1LWEA 1LWCA 1KVCA 3NH2A 1VSDA 3L3UA 4B8AB 1X9MA 3ZSZA 4GW6A 4FK4A 1N5YA 4CIEA 1SKWA 3KK1A 3QNOA 4DQIA 4F4KA 1TGOA 3C94A 3DMJA 4ELTA 1S9GA 4FLUA 2Z1HA 5KRSA 1XWLA 4KI4A 4KHWA 4FW2A 2Y1IA 3WNHA 1QSYA 3TI0A 1KLNA 4HVJA 2FC0A 3K5MA 3KD1E 2FBVA 1NJYA 4M3TA 1NK9A 3MECA 4C8NA 4CERA 4KHUA 1NJZA 4EZ9A 3AO2A 1RT4A 1L3TA 1RBTA 4AHSA 3PV8A 3TABA 3CM6A 3DM2A 4CEFA 3OYNA 3OYLA 4JRQA 1C6VA 3V4IA 2ATQA 1K6YA 3KLIA 3NHGA 4W5TA 4ZTFA 2HMIA 1QSSA 5CYQA 2X78A 3SV4A 3L2VA 4G1QA 3ZSQA 1KTQA 1YT3A 1FKPA 5E41A 4B9NA 4B9LA 4H4MA 4C8OA 3WNGA 3ZT4A 2D0CA 1HNIA 3IG1A 3QIOA 4KTZA 1Z26A 1ZYQA 3VQ7A 2B6AA 4OPJA 5HP1A 4OKEA 3PY8A 5FRMA 4ELVA 4BWJA 4Q5VA 3QEXA 3AV9A 1NK5A 3V1QA 4FW1A 3SQ2A 1RDCA 1GOAA 3VQDA 4DSFA 1Q9XA 4KHYA 1BQMA 2Z1JA 4CESA 4E1NA 3RR8A 4C8LA 3SUPA 3ZT1A 1RT2A 1S5JA 3SUOA 2YKNA 4NCBA 3L3VA 4BE2A 3ZSRA 1NKBA 3O3FA 1YTUA 3UIQA 3RRGA 4B3OA 1IH7A 3AVBA 1JLBA 1NJWA 4FYDA 3TAMA 2PYLA 3AVHA 2O4GA 4CHYA 3NH1A 1NOZA 4OLBA 2KQ2A 4HCCA 2QXFA 4MQ3A 3VQAA 1VSHA 3AVIA 3NF9A 1RTIA 3PX4A 4CIGA 1HRHA 2XY6A 2IGIA 3LZJA 3AA3A 1T03A 4FLZA 3QEWA 2YNHA 4M3XA 4O0JA 4DG1A 1XI1A 4QCLA 1Q9YA 4PA1A 3KK2A 2EHGA 4I9QA 1UWBA 3QLHA 3G10A 4EP5A 2VG7A 4CK3A 3OYJA 1QTMA 2KFNA 3AO4A 3HYFA 3V1OA 1BIZA 3L2UA 4DLEA 4N76A 1UA1A 4CGJA 2B4JA 5HRRA 4W5RA 4YFUA 2D0BA 1U49A 1RT6A 3CFOA 4FLYA 4AILC 2HNDA 3KK3A 2ZQBA 3U6FA 4DSJA 4HCBA 2QK9A 4CJLA 4CHZA 3M8QA 1IKXA 4N56A 2X74A 4W5QA 1VSFA 4FJMA 4FK0A 1TL3A 3LAKA 3ZSXA 1BL3A 3KIOA 1Q8IA 3LP0A 2BANA 1D9DA 4FM1A 5FROA 4DLGA 4KV8A 1TK8A 3RMDA 3VQPA 4Z4IA 1WSFA 4CECA 3ZSYA 1S1WA 1WAFA 3HK2A 1JLQA 4OGCA 1J9AA 4N47A 3KD5E 3AVLA 4DTPA 4FJNA 3D45A 4OKKA 3V9ZA 2Y1JA 3VQ5A 3K5LA 1KVBA 5CY4A 3PUFA 3DOKA 3OYCA 1G15A 1LW0A 3H08A 1X9SA 4DFJA 4J2AA 3NCIA 1DTTA 2F96A 4DWIA 1D9FA 1S1XA 4ELUA 2P51A 4DSLA 3HPOA 1L3SA 1RT7A 4N5SA 3HP9A 4XIUA 4AHTA 4CE9A 3NF7A 5K14A 3NF6A 4Z4GA 4Q0BA 4CJ4A 4YNQA 4M41A 3ZT0A 2KW4A 3AA5X 3OY9A 4KHQA 4E7LA 4OPKA 2WONA 2VWJA 1SUQA 1TVRA 4N41A 1Z25A 3AVCA 4CGFA 1UAXA 3L2WA 1L5UA 3IRXA 3K5NA 1HMVA 1TAQA 3SQ0A 1C1CA 1JLGA 4ICLA 2YNFA 1ASWA 4RW4A 3ZSWA 1NK0A 5KI6A 5J2NA 2G8WA 3NGYA 4CGIA 4OJRA 4KB1A 4ID5A 3M8SA 2OPSA 4O55A 4CJUA 2G8KA 1BI4B 4CEOA 1ZBFA 4CEDA 3JSMA 3S9HA 2OYQA 2XRIA 3HJFA 4OGEA 4FLXA 4TSXA 3VQCA 5J2QA 3D0PA 1KCFA 1BQNA 4CGGA 3RR7A 1KFDA 1EX4A 2QKKA 2HHVA 3IS9A 3QEPA 2P5OA 4CHOA 1JKHA 1NOYA 4J2DA 1CLQA 3RMBA 3TR8A 1RDBA 2BE2A 4RW8A 1HYSA 1VRUA 4CJWA 4J2EA 3LP3A 1O1WA 1CXQA 1RCHA 1TK0A 3SUQA 1RDDA 2OZMA 2RPIA 2YKMA 2X6SA 3NAEA 2HB5A 2QKBA 1ASVA 2LSNA 4QOZB 4Z0UA 5CYMA 1SV5A 3AVMA 3OYHA 5EU7A 5J2PA 1J53A 4DTJA 4NCGA 3SV3A 1QQCA 3O4QA 4CEBA 3ITHA 4LSNA 4DU4A 4CJ5A 3F73A 3OJSA 4DTSA 4LH4A 4HTUA 4KTQA 1FK9A 2RN2A 3LANA 3OYAA 1U47A 3DRSA 4I7FA 2IC3A 3NFAA 3OJUA 2ZE2A 4FK2A 2DFFA 3SQ4A 4GMJB 3KLHA 1RBVA 4E7KA 4DQQA 1SL0A 4IG3A 4CIFA 3RMAA 5KTQA 4K8ZA 1RT1A 4I9LA 4ID1A 5HRNA 2I5JA 4M3YA 4C8MA 1S6PA 2BGGA 3AVAA 3AA4A 4RG8A 4NYFA 2F8TA 4FJJA 4CJ3A 1TAUA 3NGZA 1WSIA 4CJFA 4Y1DA 3HPGA 3I0RA 3VN5A 2OA8A 3DRPA 1DLOA 1ZBLA 1VSEA 2VWKA 3VQBA 4UQGA 2HHSA 2HHQA 1DTQA 5DMRA 1U48A 3KKRA 4IG0A 4B9TA 1IO2A 5D3GA 4CEZA 1KVAA 1XC9A 1VSKA 4B9UA 4FJGA 1GOCA 1RDAA 3KLFA 4DQPA 2WOMA 2JGUA 2Z1GA 2ZD1A 3DLKA 3U3YA 3KTQA 4HHTA 3K59A 3MXIA 1BCMA 1XHZA 3PO5A 3DOLA 2FBYA 3K5OA 3OYMA 1HQEA 4CJKA 3L2RA 3LAMA 1BCOA 3OS1A 3QIPA 2FBTA 4AHVA 3V9WA 2OPQA 1D5AA 2HNZA 4CF1A 1U45A 4DTMA 2BDPA 3LALA 2VG6A 4LD0A 3QNNA 1TKZA 4H4OA 4O44A 4B9MA 1CXUA 3VQ6A 5KRTA 3ZCMA 1C0MA 1JLAA 1RT5A 2NUBA 3I0SA 4JLHA 5J2MA 4Z4EA 1TK5A 1NK4A 1BIUA 4KTWA 2E6LA 4KREA 4DSEA 2ETJA 3K58A 3TWHA 3O3GA 3RRHA 3HXMA 1JL2A 4CFBA 1B92A 1CZBA 1ZBIA 1IKYA 3MEGA 3VA3A 4CJVA 1S1UA 1L3VA 4CGDA 3KKSA 2DFEA 3U3GA 4DQSA 1UOCA 3DLBA 3TANA 1S1TA 4O0IA 1D8YA 5KGWA 2HVIA 1MU2A 3NH0A 3T1AA 5C25A 1B9DA 4DF4A 3QEVA 4CF9A 4M3WA 4O5BA 3V9SA 2IAJA 3V6DA 2KTQA 1C0UA 4O4GA 1CZ9A 1A5VA 1X9WA 3HVRA 3PX0A 4F3OA 3V81A 1C0TA 1REVA 1GOBA 4FJ5A 4E19A 1S9EA 1JLCA 3M8RA 3V9XA 3DYAA 4E0DA 3SNNA 2E6MA 1VSJA 5T7BA 3P83D 3OYDA 3KJVA 2G8HA 4C8KA 4M3UA 2IS3A 1IKVA 3MXJA 4I2QA 4CHPA 5J1EA 1BHLA 3OYKA 2GBZA 3HT3A 1WSHA 1JLEA 1U04A 2ITGA 4DFPA 4M3RA 1A5WA 1QHTA 3OYIA 1HJRA 4E7IA 3CFRA 2G8UA 1EXQA 3QERA 1WSEA 2JLEA 1RTJA 3CM5A 3NBPA 4IFYA 4DMNA 3ULDA 5C42A 4HUGA 4Y1CA 2DTUA 4AHCA 1YVUA 3AVGA 4QAGA 2R7YA 4DTRA 3QESA 1C1AA 4W5NA 1I39A 1VSLA 2X6NA 3EZ5A 1LAWA 3NF8A 4DU3A 4EZ6A 4J2BA 1NK8A 3OS0A 3LP1A 1SKRA 5FRNA 3V9UA 3HPHA 3AVJA 4CF0A 3WNFA 2G8VA 4RW6A 3HVTA 4FJXA 2E4LA 4KHNA 4EP4A 4PUOA 2AJQA 1ZBUA 4E89A 3QO9A 2XHBA 4JS5A 4WE1A 3TAPA 1L3UA 3SZ2A 3RTVA 1SKSA 3OYFA 1TL1A 3MAQA 3RWUA 1S1VA 2P1JA 4FJ9A 3SJJA 3C6TA 4BDYA 1R0AA 4BDPA 4B9VA 3OS2A 5JS1A 4FJLA 2G8FA 4LH5A 3ALYA 1N6QA 2GV9A 3S3MA 3AA2A 4FCYA 1I3AA 2IOCA 5SWMA 1NJXA 2HHXA 3DLRA 3ASMA 1HQUA 1RILA 1VSMA 3LWMA 1J54A 3B6PA 1LWFA 3DLGA 1TKDA 1X1PA 3DI6A 1UA0A 4NCAA 1ASUA 4CJQA 1IG9A 3KLEA 4K8XA 3OYGA 4DF8A 4CHNA 4RW7A 2YHAA 1LAVA 1NK7A 1F21A 2FBXA 2XY8A 4DTOA 4BACA 3CQ8A 4CHQA 4FLWA 4IKFA 3G0ZA 1EETA 1B9FA 1ZBHA 2HVHA 2XY7A 1WN7A 3PX6A 4B9SA 4PWDA 4ZHRA 2GUIA 2OPPA 4KFBA 3T19A 3ZSOA 2YHBA 2DFHA 4FJKA 3TAGA 4AHUA 1NK6A 2B5JA 4LY7A 5HROA 3ZSVA 1ITGA 3SYZA 4CFCA 3VA0A 3MXMA 1SL1A 3F9KA 3ZT3A 4IBNA 3S3OA 3HM9A 4FZXC 1WSGA 4IDKA 3TARA 4CJTA 2P5GA 2DY4A 2A1SA 3HSTB 2XO7A 1TV6A 4CJPA 1QSLA 3TAFA 4W5OA 4DTUA 5JS2A 2A1RA 1U4BA 3B6OA 4IFVA 4OKJA 4CJSA 5SZTA 3EY1A 2W42A 3K57A 2PZSA 4CCHA 2F8SA 3C95A 4OVLA 4AH9A 2OZSA 1RBSA 4CJRA 4PQUA 4M45A 2Z1IA 1BI4A 4KKOA 1FKOA 4JRPA 4MFBA 5HLFA 4M42A 3QINA 4LSLA 1RBUA 3OYEA 3JYTA 3I8DA 4KB0A 2YNIA 1Y97A 4E7JA 2YV0X 3DLEA 1LV5A 3VQQA 3RMCA 3VQ9A 3VQ8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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4C8LA 3RR8A 4B1XB 4YORA 1NGIA 2YKNA 4OPHA 3J7ZO 1JCGA 4O5FA 2P9KA 3AVBA 1JLBA 4LF4K 3K9JA 4FYDA 3RSEA 5LJWA 3EL2A 2O4GA 3N4QA 1NOZA 4OLBA 2QXFA 2F7TA 4MQ3A 5GAEP 3NF9A 1FYZE 1T03A 3QDKA 4BGBA 4DG1A 4QCLA 3KK2A 3G10A 4LFAK 4A2BA 4IT5A 3SAHA 3BZKA 1IV0A 4DR4K 2D0BA 3WSOA 2ZQBA 1S3XA 4DSJA 2QK9A 3AAQA 5FPEA 1VSFA 4FK0A 3ZSXA 3CCEN 1Q8IA 4FM1A 4KV8A 5B8HA 3DWLA 3VQPA 1WSFA 2HBLA 3W0LA 2F9TA 3ZETB 4IJNA 4N47A 2P9LA 4FWNA 4FJNA 3D45A 4OKKA 4ILGB 5CY4A 4YOUA 4J2AA 2P9IB 1DTTA 4DWIA 1BU6O 4AM7A 3HP9A 4AHTA 3NF7A 5JLFA 5K14A 2FXUA 3LDPA 4CJ4A 1HKCA 1YJWN 4N41A 4YOYA 1KAZA 1L5UA 1HMVA 1JLGA 4ICLA 1T3VA 2YNFA 4RW4A 1OVYA 3WXLA 4BR4A 3WEEA 4FL9A 4CGIA 4YY3K 4B3MK 3BP8A 4PL7A 4O8KA 3H6EA 4FLXA 3FZKA 4XH1A 5J2QA 1FZ2E 4H0PA 1KCFA 3OTOK 3D0PA 1Z6RA 1KFDA 2QKKA 1HNXK 3QEPA 2P5OA 5LY3A 1JKHA 4J2DA 1CLQA 2HF3A 2BE2A 4RW8A 4J2EA 2LF6A 1CXQA 2RPIA 2Q0UA 2YKMA 3UKUA 4IOXA 4WQ5C 5GADP 2HB5A 5AQZA 4QOZB 1SV5A 3AGRA 4DTJA 3SV3A 3CJ1A 3O4QA 4JKHA 4LH4A 1FW6A 3OYAA 1I94K 3DRSA 2ZE2A 2DFFA 1YUWA 1RBVA 1SL0A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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