3QEXA

Rb69 dna polymerase (l561a/s565g/y567a) ternary complex with dgtp opposite dt
Total Genus 325
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
325
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transferase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
publication title Hydrogen-Bonding Capability of Difluorotoluene Nucleoside in Replication Complexes
rcsb
molecule keywords DNA polymerase
total genus 325
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-01-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3qexA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3qexA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3qexA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3qexA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3qexA03
4KB1A 1LWEA 3ZSZA 3OYKA 1S6PA 3AVIA 4CHYA 4DFKA 1LWFA 1NOZA 1O1WA 4CHOA 1A5WA 4LH5A 3P5JA 1KVCA 3UIQA 2B4JA 2E6MA 3NF8A 4KV8A 4OJRA 3OYAA 1WSEA 3OYJA 1S1WA 3VQEA 3S3NA 4IKFA 3LP0A 1WAJA 1WSHA 3M8QA 3ZSOA 4KO0A 3NH2A 1NOYA 3S9HA 4Z4EA 1S1UA 3NGZA 4FLZA 2DFHA 2EHGA 2KW4A 4KTWA 3QLHA 4NCGA 4HUEA 1IKYA 4RW9A 4BE1A 2G8FA 3T1AA 1RCHA 3ZSXA 3K57A 1JL1A 4KTZA 2Z1GA 3V4IA 3D0PA 4AHTA 3OYGA 2HNZA 3ZSVA 4I2PA 4FXDA 1G15A 1C1CA 3VQQA 3CFPA 4FLWA 1VSFA 4KI6A 1LWCA 1XWLA 3KKSA 4XIUA 1NK4A 1BQMA 1S1VA 1QSLA 4C8OA 4IG0A 3OYNA 4DU1A 2IC3A 4DWIA 2XY7A 4DSLA 4QCLA 4CIGA 1RT3A 5CY4A 4FJ8A 1LW0A 4FLVA 4HUGA 1T8EA 4CHQA 2RF2A 3L3VA 5KI6A 3MEGA 4OKKA 4DS4A 2OZSA 2VG6A 1XC9A 3ULDA 4CJTA 3K5LA 3VQ4A 2OPSA 3HM9A 3LZIA 2YNHA 3IRXA 4J2DA 2GBZA 2YNGA 3V9SA 3F73A 4BDYA 1ASWA 1NKEA 4EZ6A 4UQGA 2KFZA 3RMDA 2DTUA 4DQPA 1DLOA 1DTTA 3SI6A 3O3GA 1ASUA 2YV0X 3L3UA 4OGCA 4DQSA 3C94A 1GOCA 3V9WA 3LAMA 1VSIA 5CZ1A 4W5NA 3AO4A 3NGYA 3SJJA 3VA3A 4NYNA 4DQRA 4E0DA 4Q0BA 1D9FA 3VA0A 4LSLA 1K6YA 1RBRA 4M3WA 1ZBFA 1BI4B 3WNEA 3U3YA 1RBVA 1U4BA 4DF8A 2KFNA 2OPRA 3T3FA 1NJWA 3I0SA 5SZTA 1XHZA 1U04A 4Y1CA 1BCMA 3LAKA 2WOMA 3U6FA 3S3MA 5KTQA 3KLIA 4E7IA 5C24A 1WSJA 2EX3A 1JKHA 4DU3A 2QKKA 1LAVA 3KD1E 3SPYA 2YNFA 4N76A 4CEAA 1TGOA 4CESA 1IO2A 4B9VA 1NK8A 2P51A 3QO9A 4E7JA 4B9NA 3PX0A 4M3UA 1NK9A 4J2AA 4H4MA 4IBNA 2ZE2A 4DF4A 1IKXA 1RDBA 1FK9A 4J2EA 4DTRA 3OYHA 3SQ2A 4LD0A 4CHNA 1TL3A 4HHTA 1YVUA 3CYMA 4TSXA 4Q5VA 5J2QA 5KGXA 2XY5A 2HB5A 4M3RA 5E41A 2F8TA 2DFEA 3S3OA 3AA4A 4RG8A 3VQ7A 3ZSQA 4KTQA 4B8CA 3CM6A 3DLGA 4DFMA 2XHBA 4CJPA 2ETJA 1SKSA 4E19A 1SUQA 4C8LA 2KZZA 3VQBA 4ID5A 2DFFA 2DY4A 3HYFA 2BDPA 4J2BA 3AVFA 4KHSA 2B5JA 1UWBA 3CFRA 1MU2A 3RRGA 3B6PA 4Z0UA 3A2FA 4CJ5A 3AA2A 1TK8A 2YHBA 4B9SA 4DTOA 4NCBA 1D9DA 3I0RA 3M8SA 3T19A 1VSKA 3K5NA 2A1RA 2I5JA 3OYEA 2X74A 2HHUA 1J9AA 3AVMA 4I7FA 3HT3A 1BHLA 3DLRA 3HPHA 4AHCA 1ZBUA 3TAMA 3OYIA 4CEQA 3L2QA 4AH9A 5HROA 2D0CA 4ZTFA 4B9UA 4DQIA 3K59A 1T05A 1JLQA 3CFOA 4JS4A 3RRHA 4HCCA 1JLAA 4F2RA 4F4KA 3TAEA 4I9QA 2NUBA 4OVLA 5C42A 3EY1A 3TARA 1WSFA 1LAWA 4FJLA 1RDCA 4N5SA 3ZT2A 1CZBA 4BACA 4DTSA 3AO2A 3G0ZA 5SWMA 4FJNA 2HNYA 2WONA 3SPZA 3ZCMA 3V1RA 1C6VA 3NH1A 3AV9A 1BIUA 2GUIA 2FBTA 4CJ4A 4FVMA 2IGIA 3V9XA 4EZ9A 2KZMA 2VG7A 1VK0A 5CYMA 2YKNA 4M3YA 1B9DA 4DFJA 1D5AA 1C1BA 4KAZA 3SQ0A 1QQCA 1XHXA 4CHPA 1XI1A 4F3TA 4M3XA 1N6QA 3H08A 3K58A 2QKBA 3DYAA 4NYFA 3WNFA 1QSYA 2BANA 3KJVA 4IG3A 2HHWA 1S6QA 3TAPA 1ASVA 4FJ9A 3OYFA 1VSJA 3L8BA 3P83D 4IDKA 4FK2A 4KHUA 5J1EA 1VSDA 4CGGA 3OJUA 4FLYA 3KKRA 1NK7A 2O4IA 2P5OA 3M8RA 3V81A 5HRRA 4W5OA 1NJXA 3NF9A 3OYDA 3PV8A 2FC0A 4H4OA 3SV4A 3DLKA 3KTQA 4FLTA 4KHQA 2AJQA 4JLHA 2E4LA 2F8SA 1NKCA 3NGIA 1CLQA 1B9FA 3O4NA 3TAQA 4FJXA 1S1TA 3KLEA 3AVAA 4O5BA 1UA0A 4KFBA 4FM0A 4F3OA 4DTPA 2D5RA 1BL3A 3AVKA 3V1OA 2PZSA 2JLEA 5HRPA 4CF0A 1HRHA 4DU4A 4I9LA 3HP6A 4AHRA 1QSSA 3HPOA 1RTJA 3VQCA 1RT1A 2HHTA 4JRQA 4FJGA 5K14A 4PWDA 2HVHA 1RDAA 3HL8A 3P1GA 4N41A 1ZBLA 3IAYA 1QS4A 5I42A 3VN5A 4CK3A 1TK0A 1J54A 1WSIA 4M41A 3LZJA 4ZHRA 4F8RA 1TKZA 4DSEA 3HK2A 4B3OA 4YNQA 1C0UA 3LP2A 4FW2A 2FBVA 1L3VA 1NK6A 3MECA 3ZSYA 2P1JA 3I8DA 1RT4A 3THVA 3ISNC 1GOBA 3OVNA 4DS5A 1TKDA 3SQ1A 3MXMA 4CJQA 1VRUA 1RTHA 4FW1A 4LH4A 1W0HA 3LWLA 3SV3A 4PUOA 2X6SA 3MEEA 4OLBA 1WAFA 4W5TA 1NK5A 1F21A 4BDZA 2PYJA 3PO4A 4CGHA 3RWUA 3ITHA 4W5RA 4FK4A 3KK1A 3O3HA 3O3FA 4IFVA 4CJSA 4B8AB 3M8PA 4QAGA 1EETA 4NCAA 3LDSA 2VG5A 4FJHA 4CEOA 4GVMA 2XY8A 3SUQA 1JLGA 3AA3A 3OYCA 2Y1JA 3NH0A 1CZ9A 3DMJA 4FCYA 2G8HA 3ASMA 4FLXA 4CFBA 3RR7A 4CFAA 1A5XA 3DI6A 3KLGA 2G8IA 4CF2A 2XO7A 3DLBA 1YTAA 3K2PA 4GW6A 4ICLA 1JLFA 1L3SA 3JYTA 3E01A 1R0AA 1QTMA 1S5JA 1TK5A 5FRNA 1QE1A 3CQ8A 3IS9A 4M45A 2HHXA 5C25A 1FKOA 3DRPA 1RBSA 1HMVA 3D45A 3DRRA 3G10A 3L2RA 2GV9A 4E1NA 4HTUA 4E3SA 1U47A 1VSEA 4CK2A 1BQNA 1Z25A 5CYQA 4DG1A 4BE0A 1ITGA 2Z1IA 3NDKA 3LWMA 4CJKA 5I3UA 1HYSA 3VQ9A 4Z4GA 5T7BA 4DFPA 5KGWA 1ZBHA 1RT7A 3IG1A 3KIOA 1EX4A 1BIZA 4DTNA 1U48A 3SNNA 4RW6A 4FJKA 4CJ3A 2XRIA 3L2WA 5KRSA 1VRTA 4OKEA 2KTQA 2FBYA 3FFIA 3QNNA 2D0AA 1TAUA 5HLFA 2G8WA 3AVHA 2PYLA 3TR8A 4K8XA 2VWKA 3QIPA 3VQAA 1W9HA 1JXEA 5DMRA 4DTMA 3AO3A 3V6DA 2LSNA 1KRPA 3VQ6A 3SUPA 1U45A 4KHNA 3F9KA 4O55A 4CGDA 3MXJA 4CIEA 4FLUA 4MFBA 2HMIA 3L2VA 4M3TA 1WN7A 4FM1A 4CF9A 4W5QA 2G8VA 2IDOA 5JS2A 4FZZA 2RKIA 2ZQBA 1SL1A 3AO5A 4CJRA 2HVIA 1RT5A 1WLJA 3NE6A 1QHTA 4E7KA 4HUFA 2G8UA 2R7YA 3NCIA 1BGXT 4EP4A 3V1QA 1JLCA 2A1SA 4RW4A 3CM5A 5J2PA 4R5PA 3KK3A 1EP4A 1S1XA 3QETA 4KB0A 5JS1A 3TANA 1FXXA 1N5YA 1IG9A 5D3GA 4CJEA 4AILC 2IS3A 4Y1DA 1NJZA 1UOCA 1L5UA 4DTXA 1RT6A 3SUOA 3DLEA 3ZT4A 3U3GA 1X9SA 3RMAA 1ZYQA 1SKRA 3QEIA 1BISA 2BE2A 4CEEA 5CZ2A 3OS1A 3V9UA 1RTDA 1CXUA 2KQ2A 4CFDA 2OPQA 3LPTA 4CJUA 4KPYA 2P5GA 4KHWA 1EXQA 3AVBA 3JSMA 4CE9A 1WNSA 4DLEA 2O4GA 3OY9A 1Y97A 1KVAA 4O44A 3MEDA 4DSKA 2RN2A 4OPJA 2YNIA 3BDPA 1RT2A 4CERA 4WE1A 4AHUA 1X1PA 4LSNA 1HNIA 3WNGA 2HNDA 2FBXA 3OJSA 1LW2A 4C8NA 3OS0A 3MAQA 4PY5A 4YFUA 4CEFA 3KLFA 1NK0A 4N47A 3AVCA 2ATQA 4CF8A 1SL0A 3MXIA 2OZMA 4B9MA 1WSGA 2B6AA 2Z1HA 2IOCA 3WNHA 1Z26A 3HVRA 3C6UA 4CEDA 3QEXA 4BE2A 2Q3SA 4LY7A 3SQ4A 3ALYA 3B6OA 3HPGA 3O4QA 1I3AA 4O4GA 2ITGA 3AVJA 4CJVA 3LP1A 2Y1IA 3TI0A 4RW7A 1TL1A 4C8MA 4PA1A 4HVJA 1RILA 3HO1A 3TABA 3QEPA 1HYVA 5HP1A 3OYLA 3PO5A 4MQ3A 2IAJA 1B92A 3LP3A 1NKBA 2PY5A 1UAXA 3AO1A 1SKWA 4H8KA 1J53A 4FJJA 1HNVA 2BGGA 1TKTA 1YTUA 2YHAA 4DSIA 2JGUA 1BCOA 2VWJA 1KFDA 4CIFA 2OYQA 4DMNA 1KFSA 4ELVA 2YKMA 3DM2A 1T03A 1FKPA 4ELUA 3OS2A 1SV5A 3ZSWA 4CHZA 3L2UA 4K8ZA 3PX4A 4B9TA 2X6NA 3SZ2A 4GMJB 1JXBA 3AVGA 4KKOA 2RPIA 5J2NA 3OYMA 3PUFA 3VQ8A 4JRPA 4ZTJA 3KD5E 5KRTA 4I2QA 1A5VA 4CK1A 3RMCA 2QK9A 4CJWA 3VQDA 1JL2A 1X9MA 1J5OA 1CXQA 4CEZA 3K5OA 5HRSA 1VSMA 4DSJA 4ELTA 3AVLA 3HXMA 4FZYA 1KLMA 3NBPA 4E1MA 4E89A 4Z4CA 2HW3A 2W42A 3KLHA 5DK5A 1Q9YA 1T7PA 3DRSA 1JLBA 1KTQA 4FJ7A 4O0IA 1TKXA 1RBUA 3QESA 4DSFA 1UA1A 3QEWA 1I39A 4BWJA 1KCFA 4O0JA 1SL2A 1VSHA 4CFCA 1RNHA 1ZBIA 4DQQA 1GOAA 3ZT3A 3DLHA 4G1QA 1U49A 1C0MA 3VQ5A 5FROA 1S9GA 4M42A 2D0BA 4DTUA 3RMBA 4CGFA 4HCBA 3QNOA 3NFAA 2HHVA 3KK2A 1NJYA 5EU7A 3HJFA 4IFYA 4OPKA 4L8RB 3HVTA 4FJIA 3AVNA 4FJ5A 3BGRA 4OGEA 2G8KA 3QIOA 2QXFA 1HQUA 4CJFA 2Z1JA 3K5MA 1D8YA 1DTQA 3SYZA 1KSPA 4QOZB 5J2MA 4KREA 4OLAA 3SUNA 3HP9A 4RW8A 3SCXA 4B9LA 4AHVA 4FM2A 3LALA 1YT3A 3QEVA 3V9ZA 2OA8A 4KHYA 4KRFA 4FYDA 4FJMA 1HPZA 1EKEA 1JLEA 5HBMA 4Z4FA 2HHSA 4BDPA 4CEBA 3TAFA 2HHQA 5FRMA 4Z4HA 2XY6A 3NF7A 4M3ZA 4FK0A 1TVRA 5HRNA 3TWHA 3PY8A 3QERA 1HJRA 1RTIA 2E6LA 4DTJA 5FDLA 4CECA 3LANA 4CGJA 4JS5A 1X9WA 4F2SA 2OPPA 1BI4A 3CG7A 3QINA 1IH7A 1HYZA 4ID1A 3ZT0A 4CGIA 1KLNA 1REVA 1VSLA 2X78A 3AA5X 3HSTB 3EYZA 4PQUA 3C6TA 1TV6A 3DOKA 1Q8IA 3OYBA 1S9EA 4B08A 3RTVA 3RR8A 4OKJA 3VQPA 4CF1A 3TAGA 3NAEA 1C0TA 1KVBA 3NF6A 4Z4IA 4CJLA 4EP5A 4N56A 4FZXC 4E7HA 2ZD1A 1TAQA 3C95A 1L3UA 1IKWA 2F96A 1IKVA 3NHGA 1LV5A 4KI4A 1RDDA 3ZT1A 4BWMA 3LPUA 4DLGA 1RBTA 1Q9XA 1C1AA 3DOLA 3PX6A 4AHSA 4E7LA 1L3TA 3ZSRA 4CCHA 4C8KA 1HQEA 3EZ5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4JHDB 4KB1A 1LWEA 3ZSZA 2FF3B 4DFKA 5FLXO 3HI0A 1NOZA 1O1WA 3P5JA 1J6ZA 1KVCA 3OYAA 3NF8A 1NGHA 1S1WA 3VQEA 4XEIA 3K9JA 4B3RK 1EQYA 4JK8A 4Z4EA 3K9KA 3NGZA 4X64K 1IBMK 2KW4A 4NCGA 2WTUA 2PBDA 2G8FA 2Z1GA 2E2OA 4H5VA 3ZX2A 4I2PA 3CFPA 4FLWA 1LWCA 1XWLA 1NK4A 1BQMA 1MDUB 4DWIA 1Q18A 2E88A 1EO1A 1RT3A 1SAZA 4B1YB 1BUPA 4HUGA 4CHQA 3L3VA 5IBKB 4OKKA 3NVKA 1XC9A 1JCEA 3BY5A 5AQVA 3ULDA 1EWQA 1VQ7N 3LZIA 3LL3A 4J2DA 2GBZA 2QW9A 1XVGE 4JKDA 5KPTA 1Q81O 1BDGA 2DTUA 4FOIA 4RL5A 2DPNA 4X5MA 1ASUA 4OGCA 3KZBA 3MX2A 1VSIA 3NGYA 1HX1A 3VA0A 1GLFO 4M3WA 2KFNA 4JKBA 2OPRA 1XHZA 2GWKA 1BCMA 2WOMA 3BZCA 3KLIA 4DKWA 2VJ5A 3LDBA 1HNXK 3LDOA 4DU3A 1LAVA 3KD1E 3SPYA 4CEAA 1TGOA 1TUYA 1IO2A 4LF4K 3EZWA 2P51A 3QO9A 3PX0A 3EKUA 4J2AA 4IBNA 1OH6A 3A5OC 1IKXA 3CCMN 4DTRA 3G25A 3OYHA 1GLLO 4LD0A 2E8AA 4MO4A 3FGUA 2ASPA 2FLOA 2H4TA 4DQ8A 2OVRB 1K8AO 2DFEA 1KAZA 4RG8A 4PL8A 4FOEA 4B8CA 1FPOA 4A57A 4E19A 4DV4K 4F9OA 2DY4A 2BDPA 1HR0K 2CGLA 2B5JA 1UWBA 1MU2A 2JQTA 4BRHA 4Z0UA 1TK8A 4B9SA 2VJ4A 2YHBA 3R9PA 4DTOA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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