3QEXA

Rb69 dna polymerase (l561a/s565g/y567a) ternary complex with dgtp opposite dt
Total Genus 325
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
325
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Hydrogen-Bonding Capability of Difluorotoluene Nucleoside in Replication Complexes
rcsb
molecule keywords DNA polymerase
molecule tags Transferase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 325
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-01-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3qexA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3qexA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3qexA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3qexA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3qexA03
2FC0A 3HPGA 4DFKA 4JS5A 4F2SA 1B9FA 2DTUA 3BGRA 3OJUA 4FZZA 4FJHA 3NF8A 3P1GA 1NK7A 3VQQA 3TAFA 4NYFA 4OKKA 2HHVA 4N47A 2YNHA 4JRPA 4CGGA 5CYMA 1SKWA 4KTQA 2RKIA 4CEAA 3EY1A 4NCAA 3VQBA 5J2PA 4B08A 3QNNA 3ZT1A 3I8DA 5HP1A 1RTJA 2BANA 2Z1HA 4TSXA 1ASVA 4Z0UA 3TAMA 2G8UA 3WNFA 1HQUA 4IDKA 3VQ5A 1GOAA 3T3FA 1QSYA 1IH7A 4AHRA 3K58A 1VRUA 1X9WA 3ALYA 1NK0A 4B9NA 4KKOA 3DLGA 4MFBA 4CJSA 1HQEA 4H4OA 3VQ8A 1ZBIA 3KKRA 2Z1GA 4DQSA 1WNSA 1S5JA 1RT4A 3V9WA 1HNIA 3VQCA 2KFNA 1EP4A 3O3FA 1U49A 3NE6A 4FM2A 3KKSA 1TKTA 1RILA 3IAYA 4ELVA 3HYFA 4AH9A 1RDAA 1SUQA 2D0AA 2P5OA 3SQ0A 4FLTA 3QIPA 3KLFA 3ULDA 3DM2A 4DTRA 3SPYA 1C6VA 3T19A 2WOMA 4M3TA 1EETA 3MXJA 4CHQA 4OPKA 1UAXA 3K59A 3L2QA 4FYDA 3G0ZA 4CJRA 1RBVA 2FBXA 4DF4A 4DG1A 1TVRA 3LPTA 4AHCA 1T03A 4DTSA 3VQAA 2Z1JA 3CQ8A 3SCXA 1WN7A 4Y1CA 4E1NA 2A1RA 5FRNA 1NOZA 3QEWA 1REVA 4CJVA 3B6PA 3MEEA 2DFEA 1ZBLA 4CJTA 3ZSXA 4DU1A 4B9TA 4PUOA 1S1TA 4DTNA 4FK0A 1WSFA 1KVBA 2QXFA 1QTMA 2HVIA 3SV4A 2X6NA 3KK2A 4C8NA 4O0IA 1EKEA 3QESA 3CM5A 4KV8A 3V4IA 1KTQA 2QK9A 1VSEA 3C6UA 1T05A 1T8EA 2A1SA 3LALA 4NCGA 4FLYA 5K14A 3ZT4A 2XY6A 4UQGA 4CF9A 4F3OA 3AA4A 3ZCMA 2OZMA 1X1PA 1ZBHA 1RT6A 2HNYA 4NCBA 2WONA 2IOCA 1IO2A 2B6AA 1LAWA 3LWMA 4DFMA 4IBNA 2IGIA 1RBSA 4E3SA 1K6YA 3LZIA 3PUFA 5KGXA 1ASWA 3DLKA 3NF7A 4CGDA 1J54A 3P5JA 4BE2A 3S3OA 4G1QA 1C1BA 4R5PA 3V1RA 4FJ5A 1FKOA 4OVLA 1S1XA 2BDPA 4FJLA 2NUBA 2YHBA 4CFDA 3OS1A 4KHUA 1EX4A 4CF1A 1C0TA 1JXEA 4M3YA 3HM9A 4LSNA 1S1WA 3O4NA 4K8ZA 2KW4A 5KRSA 4F3TA 5JS2A 4FJKA 3PX6A 1FKPA 3E01A 1NK5A 1BQNA 4CE9A 3JSMA 5HROA 3FFIA 4F4KA 4W5TA 3ASMA 4QAGA 1SL0A 1HPZA 3ZSYA 3NF9A 4CERA 5J2MA 2IS3A 2G8IA 4HTUA 1WAFA 3QEVA 3ISNC 5KRTA 1C1CA 1CZ9A 2FBVA 3LP0A 3TAPA 1D9FA 3OYAA 2XY8A 2VG5A 3AVIA 1C0MA 4E0DA 3NGIA 2HMIA 3SNNA 1YTUA 3DOLA 1S1VA 2HHSA 1NKCA 1YT3A 5JS1A 2KFZA 1D5AA 3ZT2A 3K5LA 1RT7A 2XY7A 1F21A 3AVCA 5D3GA 4KFBA 2IDOA 4HUFA 3TAQA 3AVNA 5KTQA 4NYNA 1C0UA 4DTUA 1CXUA 2FBTA 3VQPA 1RBRA 4FCYA 4BWMA 3K5OA 4LD0A 4FM0A 4JS4A 5KI6A 3O3HA 2Q3SA 5FROA 3RR8A 2Y1JA 1DTQA 2E6MA 1VSFA 3RMDA 3V9ZA 3OYFA 3OS2A 1NJWA 2EHGA 4GW6A 2OPPA 4DWIA 3OYIA 4FJMA 1RDBA 3S9HA 1JLFA 2X74A 2ZE2A 4GVMA 4H4MA 3DYAA 3HT3A 3M8SA 1TAQA 1RTDA 1KFSA 1KSPA 3G10A 3NGZA 5C25A 1NJYA 1NKBA 2G8FA 5I42A 3M8RA 4OJRA 3OYKA 2G8VA 3U3YA 4OGEA 4EP4A 3CM6A 5T7BA 4OKJA 3ZSRA 3LAKA 3NF6A 2HNZA 3HXMA 4FVMA 4CHPA 1VRTA 1XHZA 2GBZA 2HHTA 4KB0A 4B9MA 4FJ9A 1U47A 3AO5A 1BL3A 4DQPA 4CJKA 3DLRA 4CF0A 1HMVA 5C24A 4HUEA 4ID5A 4H8KA 1S9EA 4CJ3A 3MECA 2E4LA 3AA5X 4BDZA 3OYCA 1RDCA 1L3SA 1WSEA 4EP5A 4Z4FA 1ZYQA 1KLMA 2G8HA 3OYEA 3HPOA 1RT3A 3T1AA 4B8CA 4DSKA 3SUOA 3H08A 4M42A 3LPUA 1D8YA 3K2PA 1RT2A 2Y1IA 1XHXA 1XC9A 4DFPA 4AILC 4FJJA 4J2EA 3SV3A 1SL1A 4KTWA 5E41A 1NJZA 3S3NA 2PY5A 4DSEA 2O4GA 4CESA 4CJUA 2ZQBA 1LWFA 3HVTA 4CIFA 1X9MA 3MAQA 4N41A 4CIEA 1VSJA 2HW3A 3ZSWA 4AHSA 4LY7A 5J1EA 3VA3A 1BIZA 2YHAA 5DMRA 2R7YA 4FW1A 3CG7A 1S6PA 4CIGA 1TL3A 3HP6A 1LW0A 3RRHA 3OYLA 4E7JA 4C8KA 3MEGA 4O44A 3CFRA 3AVJA 3NFAA 5EU7A 1IKYA 1RTIA 3AVBA 1TAUA 4DS5A 4E7KA 3A2FA 1NK9A 1SKSA 3PX4A 1NK6A 1Y97A 3QO9A 4BDPA 3M8PA 1UOCA 1CXQA 1BGXT 1TV6A 1A5VA 1CLQA 4E7HA 5HRNA 3KK1A 4PY5A 4O0JA 3LDSA 3ZT0A 1BI4A 2VG7A 3QETA 4CHOA 5SZTA 2F8SA 4HCBA 2RPIA 3QERA 3F73A 4CJ5A 2P51A 2JGUA 2OPSA 4CGHA 3RTVA 3AV9A 4O55A 3SYZA 3KLEA 2GUIA 4E7IA 4DTOA 4CEZA 3K5NA 4DMNA 3DOKA 3AO3A 1QE1A 4J2DA 1A5WA 1HYVA 5C42A 3OYJA 4CFAA 1NK4A 3LZJA 3SQ4A 1JXBA 4CK2A 4W5NA 4B9VA 4C8MA 4I9LA 2QKBA 4CCHA 1Z25A 4Z4HA 3NHGA 3RWUA 4CFBA 3V9UA 1A5XA 3PV8A 4CF2A 1LV5A 4AHUA 4DFJA 1VSIA 4IFYA 1W0HA 4O4GA 3SJJA 3V81A 1JLEA 4KO0A 1TKDA 1JLCA 1YVUA 3VA0A 3HJFA 2YNFA 1KLNA 2KZZA 3PX0A 1HJRA 1I39A 4CEFA 4PA1A 1O1WA 1WSGA 3EZ5A 4DTXA 4M45A 3DLBA 4DLGA 3DRSA 2OA8A 4E7LA 3RMCA 4K8XA 3SQ2A 1BCOA 3TWHA 4OPJA 4F2RA 1I3AA 3RMBA 3I0RA 3OS0A 3OYGA 2IAJA 1VSLA 2E6LA 2EX3A 3SQ1A 3SPZA 2JLEA 4I2QA 1TKZA 1ZBFA 1TKXA 3OVNA 4CF8A 3HPHA 4CGFA 3SZ2A 4DSIA 3LWLA 3C95A 3NCIA 1UA0A 3SUQA 1T7PA 4CFCA 2P1JA 3AO1A 1L3UA 4DTPA 1G15A 3HP9A 4KHWA 5DK5A 4ZHRA 1X9SA 4KI6A 3CFOA 4FZYA 3AA3A 3DRPA 4C8OA 4KB1A 2QKKA 1KCFA 5FDLA 2VWKA 1KRPA 4KI4A 4FLZA 4KHSA 5HRRA 3V9XA 4BDYA 1RT1A 1RT5A 3VQ4A 3VQDA 1Q8IA 2VG6A 1FK9A 4AHTA 3MXMA 1N5YA 3WNHA 3WNGA 1Q9XA 1FXXA 4RG8A 3L2RA 4PQUA 3OYBA 2D5RA 3KJVA 4DQRA 3NH0A 3JYTA 3HVRA 3ZT3A 4E19A 4XIUA 3V6DA 4Q5VA 4LH4A 1YTAA 4IG0A 3ZSVA 4FK4A 4HCCA 1RTHA 4JRQA 4IKFA 3V1OA 1WAJA 4FJGA 4FLVA 5KGWA 4B8AB 2OZSA 3L3VA 4RW7A 4Z4CA 1J5OA 3PO5A 1TK0A 1IKXA 3K5MA 1RDDA 4RW4A 4ZTJA 2BGGA 2HB5A 4B9UA 4FLXA 1JLQA 3KD5E 1L3TA 1GOBA 5CYQA 3TABA 3OYMA 3KD1E 1J53A 5I3UA 3AA2A 4B9SA 4LH5A 2RN2A 2Z1IA 3RR7A 1C1AA 3LANA 3NBPA 3L2WA 2OYQA 4CK3A 1L5UA 3HSTB 1QHTA 1RCHA 1LWCA 1WSIA 4CHYA 3OY9A 4QCLA 2HVHA 3QEXA 3KIOA 4ZTFA 1IKWA 4CEQA 3OJSA 3AVMA 2XRIA 5CY4A 3AVKA 4CJLA 2BE2A 4CEBA 2YKMA 1IKVA 3M8QA 4KHQA 4CJWA 5SWMA 3V1QA 3KK3A 4M41A 4BE0A 4Y1DA 2B4JA 4W5RA 1D9DA 3HL8A 2YKNA 4GMJB 1MU2A 2PZSA 3C6TA 4CJFA 1BI4B 1TL1A 2KQ2A 3IRXA 1U48A 4KPYA 4FJ7A 4HUGA 1WSJA 3QEPA 3SUPA 1TK8A 1SV5A 2G8KA 2IC3A 4KHNA 1VSKA 2RF2A 1ITGA 3DLEA 3S3MA 3DLHA 3KTQA 4CEOA 1L3VA 4CJEA 2X78A 3QINA 1KVCA 1LAVA 4DTMA 1GOCA 3AVLA 4BACA 3OYHA 1JKHA 1LW2A 4FLWA 2HHQA 1UWBA 1QSLA 1N6QA 4KTZA 4LSLA 1WSHA 1NOYA 2D0CA 4CJPA 1W9HA 5CZ1A 1RNHA 1XI1A 3K57A 1HYSA 1Q9YA 3QNOA 3MEDA 2HHWA 4FJ8A 3LP2A 4CGJA 4PWDA 4KHYA 4FK2A 3KLIA 4OKEA 5J2NA 1BQMA 1B9DA 2XHBA 1SKRA 4W5OA 1VSHA 2GV9A 1XWLA 1J9AA 4IFVA 4DSJA 3DMJA 4O5BA 2O4IA 4M3UA 4HVJA 3D0PA 2HHUA 3OYNA 1KFDA 2ZD1A 2YNGA 4ELTA 3SI6A 4DU4A 4M3XA 4CHNA 3MXIA 1U4BA 1S1UA 3TAEA 4KAZA 3IS9A 1Z26A 3OYDA 2XY5A 3CFPA 4RW8A 3NAEA 3THVA 4RW9A 3L8BA 2VWJA 3VN5A 2B5JA 3AVHA 4CHZA 3QIOA 3DRRA 4JLHA 4M3WA 4CGIA 3KLGA 4CEDA 2XO7A 4F8RA 4QOZB 1CZBA 1HYZA 1IG9A 4YFUA 4KREA 4FLUA 4N56A 3ZSZA 3L3UA 3NH2A 1BISA 1S9GA 2D0BA 1HNVA 2ITGA 4RW6A 4DTJA 4B3OA 1DTTA 1JL2A 3TR8A 4FJXA 3QLHA 3PY8A 4J2AA 2W42A 4OLAA 3L2UA 3IG1A 4HHTA 3NDKA 2KTQA 4FM1A 3B6OA 3HO1A 4M3RA 4DLEA 4CJQA 2DY4A 3U3GA 4Z4GA 4MQ3A 3VQ9A 2ATQA 2OPRA 3U6FA 1NK8A 4OLBA 4C8LA 3ZSQA 1ASUA 1JLGA 4YNQA 4BE1A 4OGCA 3D45A 3ZSOA 3PO4A 1EXQA 1DLOA 4DU3A 1VSDA 4BWJA 2LSNA 3QEIA 3HK2A 3I0SA 1UA1A 3AO2A 4N5SA 4CJ4A 3L2VA 1U45A 1ZBUA 3AVGA 4CECA 4E1MA 5HLFA 1SL2A 1BCMA 4DF8A 4FJNA 1TGOA 3VQ6A 4ICLA 3O3GA 3VQ7A 4CEEA 4EZ9A 1U04A 3KLHA 2OPQA 3RMAA 4IG3A 3LAMA 4FJIA 3AVAA 4DQIA 2DFFA 2X6SA 4DSFA 1VK0A 2PYJA 2FBYA 4L8RB 3AO4A 3BDPA 5HRPA 4DSLA 4KRFA 3TANA 4ELUA 1HRHA 1JL1A 1RBUA 4J2BA 3O4QA 3NH1A 3NGYA 4I9QA 3DI6A 3SUNA 2PYLA 1NJXA 3F9KA 1TK5A 4M3ZA 4DQQA 1QSSA 2HNDA 1B92A 2G8WA 1KVAA 3CYMA 4I2PA 2P5GA 4EZ6A 1JLBA 5J2QA 4Z4IA 3V9SA 4CK1A 2YNIA 3UIQA 1RBTA 4W5QA 1WLJA 3AVFA 3TARA 5HRSA 1NKEA 4N76A 1R0AA 2AJQA 1BIUA 2F8TA 2ETJA 3VQEA 1LWEA 3WNEA 2DFHA 3EYZA 3TI0A 4FZXC 1BHLA 4FW2A 5CZ2A 1QQCA 5FRMA 1S6QA 4ID1A 3ITHA 3C94A 4DS4A 1VSMA 3P83D 2I5JA 4E89A 4Z4EA 2HHXA 5HBMA 3RRGA 3LP3A 4WE1A 4B9LA 3TAGA 3LP1A 4AHVA 1JLAA 2KZMA 4I7FA 2YV0X 4FXDA 4Q0BA 2F96A 1QS4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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1FW6A 3RR8A 2Y1JA 1DTQA 2E6MA 3H1VX 1RGIA 3OYFA 4GW6A 4JHDB 3TSPA 3VETA 3IUCA 3DYAA 3M8SA 1TAQA 1RTDA 3F9MA 4O8KA 3L4IA 5I42A 5ADXH 3LM9A 4BR0A 2G8VA 2D0OA 3M3ZA 4CBXA 3HXMA 2P9SA 3A5LC 4C1NK 1XHZA 2GBZA 4FO0A 1U47A 1BL3A 4I6MB 4DQPA 4CJKA 4CF0A 5F2RA 3CJ7A 1Q81O 4X5MA 3H46O 5JICA 1KLMA 1MHYG 4KHPK 3HPOA 3VGMA 3LPUA 1RT2A 2FYOA 1XC9A 2FW3A 1RDWX 4J2EA 4DFPA 1YIJN 1R59O 4KTWA 5E41A 4ILHA 3J27A 1WOQA 4ADOA 1LWFA 1Q7YO 5AQGA 1VSJA 3ZSWA 3VA3A 4LY7A 5FLXO 2R7YA 3VF4A 4QNCA 1TL3A 4JD2A 4B1XB 5H1SQ 3OYLA 4E7JA 2W6LA 3ZX3A 2CGJA 3NFAA 4NLCA 1IKYA 3TSQA 4DS5A 3A2FA 2VJ4A 1A5VA 4E7HA 5GIOA 4PY5A 4O0JA 3ZT0A 3CCLN 1BI4A 3BF3A 2P9PA 4HCBA 2RPIA 5AQJA 3F73A 3I56N 2OPSA 3AV9A 4O8UA 1HJOA 2VJ5A 3H45C 1HYVA 4B9VA 5JLHA 2O8CB 4I9LA 1K8KB 3NHGA 1C0FA 1VSIA 4IFYA 1HPMA 1YVUA 2YNFA 1DT9A 1QVFM 1NGFA 4LFBK 4DR7K 4M45A 4LC9B 3LDQA 3DRSA 3CXCM 3RMCA 3SQ2A 2PAVA 4F2RA 2FF3B 3I0RA 3OS0A 4FWKA 5BREA 3FZFA 1ZBFA 3OVNA 3HPHA 3SUQA 5LJWA 4CFCA 3HP9A 1G15A 5DK5A 4JK7A 4KI6A 3CFOA 4DV2K 3AA3A 1KD1O 3GG4A 4KB1A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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