3QEXA

Rb69 dna polymerase (l561a/s565g/y567a) ternary complex with dgtp opposite dt
Total Genus 325
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
325
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Hydrogen-Bonding Capability of Difluorotoluene Nucleoside in Replication Complexes
rcsb
molecule keywords DNA polymerase
molecule tags Transferase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 325
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-01-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3qexA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3qexA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3qexA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3qexA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3qexA03
3QEXA 4B3OA 4NYFA 4PWDA 1WLJA 4O44A 1U48A 4FK4A 1SV5A 4LH5A 3AVHA 1WSEA 1VSKA 3DLRA 3SJJA 3K5MA 4F3TA 4CJQA 4XIUA 3K58A 2OA8A 4DSJA 3OJUA 4CJ5A 2VG6A 1BIZA 1I3AA 4CK1A 3KD5E 3SUQA 1LWCA 4QCLA 2HHSA 3IRXA 4NCAA 4FLUA 3OYEA 4DFJA 3BDPA 4AILC 2D0CA 3OJSA 1JLBA 1RT5A 3TARA 2Y1JA 4CFDA 1QSSA 3KLIA 1X9MA 4JS5A 1JLAA 4YNQA 3RRGA 3U6FA 1TAUA 1KVBA 3QO9A 3B6PA 3QERA 4WE1A 1VRTA 4Z4GA 2Z1JA 2FBVA 2X74A 4CF8A 1RT4A 4NCBA 3VQ4A 3V1OA 1DTQA 3S3MA 4M3XA 1UAXA 4DG1A 3CG7A 1S1WA 2IGIA 3QIOA 1RBSA 3ZSXA 5J2QA 2YKNA 1NK7A 3OS0A 3LWMA 4KHYA 4KFBA 2VG7A 2YNGA 3D0PA 2RN2A 3KK1A 3SPYA 2RPIA 3SQ4A 1RILA 1RTIA 4ZTFA 4HCBA 3KK2A 4DF8A 3I0RA 3M8SA 4B9MA 1RTJA 1A5VA 1KCFA 1KFDA 3O4NA 4IBNA 2ITGA 4IFYA 3EY1A 3IG1A 4KHSA 1IKWA 1HNVA 1MU2A 2JLEA 4R5PA 3WNGA 4KRFA 4DF4A 3D45A 4FXDA 2KTQA 1XWLA 3NF9A 3ULDA 3MXJA 1RBTA 3WNEA 1W0HA 3OS1A 1SL1A 2HHTA 3KK3A 2I5JA 3AVKA 3SV3A 1VSEA 5JS2A 3HPGA 1IKVA 3AV9A 1ASWA 4FJJA 4KI4A 3OYNA 1RBUA 3TAPA 3LALA 3QNOA 4FJLA 4HUEA 3QEIA 3LP0A 4UQGA 3QIPA 2NUBA 4CGJA 4CHQA 3KLEA 1NJZA 4E7LA 2D5RA 1RDBA 2A1SA 3K5NA 4I9QA 3HVRA 3V9XA 1ZYQA 4DTRA 2G8UA 5CZ1A 4KTZA 4CJSA 4F3OA 1RTHA 3AVBA 1SL2A 1L3VA 4K8ZA 3HVTA 3NGYA 3DMJA 1NOYA 3A2FA 1KLMA 3OYLA 1WAFA 5T7BA 4I2PA 4FW1A 1BQMA 3TAMA 1GOAA 3VN5A 4CHPA 3PX6A 2RF2A 2XRIA 3V1RA 2G8FA 1VSDA 2HHWA 1UOCA 3I0SA 4E7IA 4FJ9A 3LANA 3SNNA 5I3UA 1RT1A 1BL3A 4M3YA 3ITHA 4AHRA 3L3VA 4QOZB 3PUFA 4ID5A 4RG8A 4H8KA 4FLYA 3K2PA 1SKSA 4FM0A 4DQQA 3AVNA 4DTPA 2YKMA 3AA5X 4YFUA 4CEBA 1WNSA 3AA3A 5KTQA 3C95A 1J53A 3L3UA 3SV4A 3PY8A 4DSKA 4OLAA 3CFOA 4DTMA 3VQ6A 3VQBA 3VQCA 3CM6A 2HVHA 1F21A 2IAJA 3OYDA 1CXQA 3NHGA 3CYMA 2YHBA 4OPJA 3ALYA 4DFKA 4FCYA 2VG5A 5CY4A 2F8TA 1IKXA 2VWKA 4KTQA 4EZ9A 2XY5A 1LWFA 3V9UA 4FK2A 1JLGA 1U47A 1NJWA 2XY6A 4W5OA 4IFVA 1RT3A 2OPPA 2GBZA 4FJIA 3SQ0A 3O4QA 1U4BA 3C6TA 4CJTA 3OYKA 1BHLA 4CEFA 3TANA 3ZSYA 4DSLA 2FC0A 4CJRA 3VQ9A 1EP4A 3ZSVA 4DQRA 4PY5A 1Y97A 3LDSA 3CFPA 1RTDA 2E6MA 1RT6A 2DFFA 5FRNA 4E1NA 2B4JA 3S3NA 2O4IA 2HHQA 3KTQA 4DTOA 4J2EA 4W5TA 1RT7A 4C8MA 5C24A 3V9WA 1D9FA 4AH9A 1X9WA 2GUIA 5DK5A 4FJKA 4N47A 3ZSZA 2EHGA 4GMJB 1S5JA 3ZT2A 4CJ4A 3WNFA 1C1CA 3DLKA 1FXXA 4IDKA 3AA4A 3DRRA 1B92A 4FLVA 4GVMA 4CJLA 4CJ3A 1RNHA 3AVIA 3MEGA 4OJRA 2XO7A 3QEWA 1VSIA 1D5AA 3TAFA 1TKZA 1WSGA 4F2RA 2OPQA 3AVJA 1CLQA 2Z1IA 5HLFA 3AVAA 3T3FA 1HJRA 3RMAA 3VQ8A 1ZBLA 1SKRA 2VWJA 4FM2A 3DYAA 3KKSA 2ATQA 2XY8A 3P5JA 1TGOA 4C8NA 4E7KA 1NKEA 4IKFA 1CXUA 3HK2A 4M3TA 1S9EA 4B8CA 2P5GA 4DLGA 3V81A 3SI6A 2HHVA 4PA1A 4F8RA 4E89A 4CECA 4DMNA 4KB1A 3VQQA 4CGHA 4CF2A 3OYCA 4DSIA 2KZMA 1ITGA 3SUOA 3CM5A 2QXFA 1C0MA 1C0UA 3C94A 3OS2A 4FW2A 1QQCA 4I7FA 3OYJA 3PV8A 2RKIA 4CGIA 4W5RA 3L2QA 1X9SA 4NCGA 4CGDA 2LSNA 4B08A 5HRNA 3AVLA 4AHTA 1KRPA 4E7HA 2IDOA 4CK2A 4CHYA 3EYZA 4HUFA 4N41A 3QEVA 3QNNA 1Q8IA 1QS4A 4ID1A 1SUQA 4C8OA 3KD1E 1RBVA 1CZ9A 3PX4A 3AO2A 4DU1A 4LSNA 4Z4EA 3HP9A 1QSLA 2E6LA 3BGRA 3VQ5A 2F8SA 2F96A 3KKRA 3NBPA 4CGFA 4DS5A 3TWHA 1Q9YA 4CHNA 3NCIA 2KW4A 3AO5A 1NJYA 3ZT3A 4TSXA 4KREA 2X6SA 1FKOA 3HYFA 4CF1A 1YT3A 3NFAA 3LZJA 1UA1A 2P5OA 4Z4CA 3F73A 1S1UA 3SCXA 3LZIA 3G0ZA 3MEEA 3V9SA 1WSIA 3UIQA 3PO5A 2OZSA 1ASUA 5KRTA 2KFZA 1QHTA 4K8XA 2G8VA 3HSTB 4IG0A 2WONA 5FROA 1L3UA 1D8YA 1JKHA 5CYQA 1TKDA 1NKBA 4FJXA 4M45A 2JGUA 3KJVA 1I39A 5CYMA 4M42A 4LD0A 4CERA 3ASMA 1TK0A 3NDKA 1KVAA 3T1AA 3NGIA 2DFHA 4CIFA 4E7JA 3RR7A 3ZSWA 3MEDA 3HT3A 3HP6A 1NJXA 4DSEA 3PX0A 2G8IA 1KVCA 3L8BA 1Z25A 3M8RA 3QEPA 1IG9A 1EKEA 4OKEA 3ZCMA 4O0IA 5J1EA 4FVMA 1BISA 1GOBA 5D3GA 1JL2A 3SQ2A 1LW0A 1BI4A 2DFEA 4BACA 1L3TA 3OYFA 2DTUA 2YHAA 4Z0UA 3LPTA 4PQUA 1TVRA 3HXMA 4CFBA 4FK0A 3ISNC 4M3ZA 3IS9A 3HPOA 2O4GA 3JYTA 1GOCA 3V1QA 4Z4HA 4M41A 1RDCA 4BWJA 1ZBHA 2ZE2A 1YVUA 3G10A 4CEEA 2QKKA 4KHNA 1DTTA 4DFMA 3KIOA 4Z4IA 3O3FA 5FRMA 3TR8A 1BIUA 4MFBA 4BE2A 2P1JA 3AVGA 3OYBA 2OPSA 3V6DA 3NH0A 4CF9A 1ASVA 1ZBFA 3LAMA 4FJGA 4CJEA 2Z1GA 1FK9A 1B9FA 4CEAA 1VSHA 4HHTA 3DI6A 3NGZA 2IC3A 1TKXA 4AHUA 1HQEA 3P83D 1X1PA 2HNDA 4I2QA 1YTUA 1TV6A 3F9KA 5EU7A 4KAZA 4KV8A 1IKYA 3DLBA 3SYZA 1FKPA 1EETA 4GW6A 2G8HA 1TL3A 2OZMA 1EXQA 2B5JA 2D0BA 3P1GA 4KHWA 4W5NA 3RTVA 1VSFA 3DRPA 2WOMA 4RW7A 4B9TA 3IAYA 1TKTA 2EX3A 3M8PA 1VSLA 3QETA 1KSPA 2YV0X 1XI1A 1TAQA 4KHQA 2Y1IA 3AO3A 1HNIA 1NK4A 1TL1A 4MQ3A 4JS4A 4FZZA 3NF7A 4C8KA 1XHZA 1S6PA 4KO0A 4JRPA 2HMIA 1LW2A 1TK5A 1T03A 4CCHA 3HPHA 4FLXA 4OKKA 3L2UA 2HHUA 5J2MA 4LSLA 4CEZA 4LY7A 3E01A 4F2SA 4DTJA 1WSJA 1BQNA 3TAEA 1NOZA 4CEOA 1NK9A 1RDDA 3CFRA 2FBTA 4B9SA 3M8QA 3T19A 1S1VA 3HJFA 4CEDA 4CJVA 3TAGA 5KI6A 2E4LA 4L8RB 4M3WA 2DY4A 3LP2A 5J2PA 4ZHRA 3SQ1A 3C6UA 4W5QA 4CK3A 1KLNA 2YNIA 3NF8A 1IH7A 1HYZA 4EZ6A 3AO4A 4BWMA 4FJ7A 2PYLA 3LAKA 4ELUA 4O4GA 4FJNA 2D0AA 3VQ7A 1WSFA 3VA0A 3DM2A 1S9GA 4OGEA 3NAEA 3K5OA 4FYDA 4E19A 2OPRA 2ETJA 3HL8A 1BI4B 1U49A 4AHVA 4B9NA 1EX4A 1WAJA 3SUPA 2Q3SA 2B6AA 3JSMA 3MECA 4BE0A 2G8KA 4E3SA 1C6VA 3L2WA 4CHOA 3QLHA 2HB5A 3VQEA 1C1AA 3TABA 1RBRA 3AVCA 3K59A 1K6YA 1QTMA 1UA0A 2HNYA 1WN7A 4OLBA 1J54A 4PUOA 4NYNA 4CF0A 3S9HA 4BDZA 5HBMA 4FLZA 5KRSA 3KLHA 3OVNA 5SWMA 2QKBA 3O3GA 4DSFA 1G15A 4Y1CA 3VA3A 4CJWA 5C25A 3O3HA 2PYJA 4RW6A 4CJKA 1XHXA 4DS4A 3DOKA 4KB0A 4E1MA 4CEQA 3CQ8A 2XY7A 1HPZA 4AHSA 2X6NA 3B6OA 4DU3A 1LAVA 3OY9A 4CJUA 1LWEA 3NH1A 4BDYA 3ZSRA 2BDPA 2PY5A 3DOLA 3TI0A 4KPYA 3V4IA 5KGXA 3LP1A 4B9LA 3ZSOA 1RDAA 3DLHA 2KFNA 3QESA 4AHCA 1KTQA 1ZBUA 2YNHA 4JRQA 1NK6A 1JLFA 3QINA 4RW4A 4N76A 1L5UA 4DTNA 4RW8A 2ZQBA 4O0JA 4OPKA 3S3OA 1VSMA 1T8EA 1IO2A 4QAGA 4KI6A 4OVLA 1R0AA 4I9LA 5HP1A 4G1QA 1VRUA 4FZXC 3L2VA 4ICLA 4DQPA 4J2BA 1BCOA 4DQSA 2IS3A 5K14A 1Q9XA 4HTUA 1KFSA 4HCCA 3SZ2A 1UWBA 1L3SA 1NK5A 1N6QA 1BCMA 4O55A 3OYAA 2KQ2A 4DTUA 1NKCA 2G8WA 1T7PA 4IG3A 4M3RA 3WNHA 1HYSA 2FBYA 3NH2A 4CIEA 2BGGA 3U3GA 2OYQA 5JS1A 1S1XA 3LWLA 4KKOA 3OYMA 2W42A 3HO1A 2YNFA 5HRRA 5HRSA 4DWIA 3K57A 4JLHA 3PO4A 2Z1HA 3NF6A 2ZD1A 4BDPA 2FBXA 1QSYA 4C8LA 4ELTA 5KGWA 3ZSQA 4DU4A 2A1RA 5SZTA 4DLEA 1YTAA 1XC9A 4OKJA 5C42A 3MXIA 4CIGA 1Z26A 4FZYA 3NE6A 1QE1A 3OYGA 4CE9A 4CHZA 1JLEA 4CJFA 1BGXT 4H4OA 3U3YA 3KLFA 2HHXA 1HYVA 2IOCA 4DTSA 4FJ8A 5E41A 4ZTJA 1LAWA 2QK9A 1VSJA 3SPZA 2BE2A 5DMRA 3K5LA 5HROA 3MAQA 1JLCA 1J5OA 3AVFA 4J2AA 1RCHA 2BANA 4FLTA 4Y1DA 4O5BA 1U45A 1W9HA 4FJMA 2GV9A 3DLEA 5CZ2A 3FFIA 3VQDA 4Z4FA 3ZT0A 2HW3A 3EZ5A 4CESA 2R7YA 1VK0A 3OYHA 4M3UA 1DLOA 5J2NA 1HMVA 4FJ5A 1S6QA 3DRSA 4N56A 1S1TA 4CJPA 1N5YA 4CGGA 4B9VA 1JLQA 2HNZA 5I42A 1JL1A 1ZBIA 1LV5A 1D9DA 1NK0A 3RMBA 4DTXA 1A5XA 3RR8A 1HQUA 3RMDA 1JXEA 3AO1A 1SL0A 3VQAA 4HUGA 1SKWA 3RMCA 1REVA 4B8AB 4DQIA 4KHUA 4CFCA 4EP4A 1U04A 3OYIA 2HVIA 3I8DA 3RRHA 3TAQA 4RW9A 1C1BA 3HM9A 4N5SA 1RT2A 4OGCA 4FM1A 3RWUA 2XHBA 1O1WA 4H4MA 4KTWA 4HVJA 4BE1A 3THVA 1TK8A 1T05A 3L2RA 2KZZA 4FJHA 2P51A 4EP5A 4Q0BA 4ELVA 1B9DA 3DLGA 1WSHA 3LP3A 3MXMA 1NK8A 3SUNA 3AA2A 4CFAA 4B9UA 3LPUA 1J9AA 3KLGA 3VQPA 1A5WA 5FDLA 5HRPA 4FLWA 3V9ZA 1CZBA 2PZSA 1HRHA 3ZT1A 4E0DA 2X78A 3H08A 4F4KA 1C0TA 4DFPA 3ZT4A 2AJQA 1JXBA 4LH4A 4J2DA 3AVMA 4Q5VA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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3FFKB 3CPEA 2JPNA 5F0XA 3KK7A 2GUIA 4N47A 2H3GX 3CERA 3EZWA 2EHGA 4B3MK 1S5JA 4YOTA 2CGLA 1C1CA 1FXXA 3J7YP 3DRRA 1B92A 3C65A 4F9OA 4FLVA 5H37A 4CJLA 3MEGA 3QEWA 1BO5O 1WSGA 4JEPA 4BC2A 2QEXN 4DR7K 1HJRA 3RMAA 3VQ8A 4DV7K 2P9PB 3SK3A 4FM2A 3P5JA 4BRLA 2IIRA 4IKFA 3HK2A 2E31A 4B8CA 4DLGA 4PA1A 4WYBA 1Q7YO 4BRHA 3G4SN 3EL2A 3CM5A 1KXPA 3OS2A 2PFUA 2E5LK 2RKIA 4FOEA 4CGDA 3IDHA 3HOTA 1KRPA 2IDOA 4CK2A 4GNIA 5AQSA 1Q8IA 4ID1A 4O5FA 3MDQA 1SUQA 5ADXA 3OHRA 3KD1E 2GWJA 1CZ9A 3AO2A 4Z4EA 3BGRA 5BREA 2F96A 3BZCA 3NBPA 4CGFA 5IT9O 3UKUB 4HTLA 4JI8K 3AO5A 3ZT3A 4LFBK 2X6SA 4CF1A 2P5OA 4LFAK 2A6AA 2E8AA 5GINA 3G0ZA 3LZIA 2W40A 3M5RA 3V9SA 5EOYA 4JI6K 2OZSA 1ASUA 2G8VA 3M3ZA 3A0IX 1L3UA 1D8YA 1JKHA 1NGEA 4FJXA 4ILHA 1KAXA 3OGLB 4CZKA 2W41A 3MX2A 4CZJA 1FYZE 4V19S 2DFHA 1NJXA 3ZEUA 4DR4K 3PX0A 3K2OA 3A5NC 3QEPA 3E1YA 4BRDA 4GVEA 4FO0A 1BISA 4BC3A 1H1VA 3LPTA 5C2FA 4BRNA 3HXMA 4CFBA 4FK0A 3R8EA 1RFQA 3A8YA 3HPOA 4Z4HA 4MDBA 4M41A 4OPAA 1YVUA 4CEEA 4KHNA 3UKRA 3CC7N 4DFMA 3C6AA 1T6CA 4BE2A 3AVGA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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