3QNNA

Rb69 dna polymerase (y567a) ternary complex with dgt opposite 3tco
Total Genus 319
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
319
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Using a Fluorescent Cytosine Analogue tC(o) To Probe the Effect of the Y567 to Ala Substitution on the Preinsertion Steps of dNMP Incorporation by RB69 DNA Polymerase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DNA polymerase
molecule tags Transferase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 319
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-02-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3qnnA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3qnnA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3qnnA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3qnnA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3qnnA03
1BCMA 3KD1E 1XWLA 4CEEA 1RDCA 3DOLA 4DQIA 1S1UA 2VG7A 4DTSA 3QEPA 4AILC 1KVCA 1W0HA 2E6MA 1QQCA 2ATQA 3KLEA 4GMJB 2D0AA 2LSNA 4FM0A 3HP9A 3K5OA 4O0JA 1B9FA 1I3AA 1KRPA 1HQEA 1J53A 3KD5E 1NK0A 4R5PA 3AVCA 2DY4A 3HSTB 2BDPA 4CJPA 3SQ2A 2XHBA 4KHSA 3S3MA 4FZZA 2YNFA 4JLHA 5HRSA 1RT1A 3KLGA 3AA4A 4E7HA 4IKFA 4IFVA 4PA1A 1WSEA 2HHSA 3ZSXA 1Q9XA 1VSLA 1A5VA 4CK3A 3HP6A 3MEEA 2KZZA 3AVNA 1GOCA 1NK6A 4I9LA 3L2WA 1TK0A 4DTPA 5C42A 2WONA 3NF8A 1R0AA 2IS3A 1ZBUA 4DU1A 3DOKA 4CGJA 5SZTA 1SL2A 3HK2A 2HHXA 3RRGA 4OGEA 2VWKA 3LP0A 2ITGA 4CJ3A 4FK0A 4DQSA 4CIGA 3ULDA 4QOZB 1IH7A 4CEAA 4CCHA 3KLIA 1QE1A 3OYCA 4C8LA 3HPHA 3SJJA 3NBPA 3ZSVA 3NDKA 3VQ4A 1RDDA 1L3VA 4KB1A 3NE6A 4AHRA 4AHCA 3SNNA 1LAVA 2GUIA 1C0UA 4AHUA 3EZ5A 4JS4A 4BACA 1D8YA 3CM5A 4Y1DA 4B8CA 4DSEA 1RTDA 2G8IA 1G15A 4CIEA 3SCXA 3QNNA 4B9UA 4DWIA 2A1RA 4KI4A 1WSJA 4E7IA 4DTNA 5EU7A 3OYHA 3PO5A 3SPYA 4Z0UA 1JLFA 3AVKA 1VSJA 3C6TA 3C95A 3AVMA 2O4IA 3B6OA 1HPZA 1TAUA 4PWDA 3LPUA 4OJRA 3V1QA 3V9WA 4CHOA 1TK5A 4ELUA 2OYQA 3BGRA 3HT3A 2Q3SA 4GVMA 4JRQA 4KHWA 5C24A 5J2QA 3QEVA 4FJ7A 3MECA 1VRTA 3PY8A 3OYBA 4DSLA 4ID1A 4FJNA 3DRPA 3M8PA 3TARA 4CK2A 1ITGA 1NJYA 5HLFA 4E0DA 2X78A 3EY1A 3K2PA 1NJXA 1NJZA 3HJFA 3LANA 3AVHA 3WNEA 3QERA 3KLFA 3AVFA 3IRXA 4I9QA 3ZT0A 4CJRA 1NK9A 4PUOA 1HNVA 1N5YA 3C94A 4OLBA 2JGUA 1FKOA 4NYNA 4DS4A 2OPPA 2HHQA 4M3RA 3M8QA 3OS2A 3TANA 4O0IA 3KLHA 1CXQA 1IG9A 4FM1A 2WOMA 3SUNA 4W5QA 1IKXA 3K57A 3K58A 4E7LA 2Z1GA 3T3FA 4N76A 1Q9YA 4FLWA 4C8KA 1B9DA 5KRSA 4TSXA 1ZBFA 3A2FA 3LP1A 1D9DA 3SUQA 3L3UA 4J2EA 4IBNA 3WNGA 1CZBA 1VSHA 4CEDA 3TAQA 3RTVA 5CYMA 1WSFA 3NF6A 3LP3A 3ZSYA 4DTRA 4B9NA 4PQUA 3AV9A 2G8VA 4B08A 1Z25A 3HM9A 3V1OA 3QLHA 3OS1A 4FW1A 3OYDA 3DYAA 3KK1A 3WNFA 4DQRA 5J2NA 1WAFA 4LD0A 4F3OA 4M3UA 1XHXA 4CF0A 2F96A 5DK5A 4MFBA 4FJMA 4N56A 1EETA 3MXIA 3O4NA 4I2QA 3ZSRA 5FDLA 4BDYA 4FCYA 1VSKA 3AVIA 1CLQA 3VQBA 5C25A 5KTQA 1JLEA 1B92A 1VSFA 4RG8A 3V9ZA 4DSFA 4L8RB 4DTMA 3QESA 1WNSA 3ZSOA 1U45A 3QEXA 4LH4A 1S1TA 4E1NA 4Z4FA 4FJ5A 2X6SA 1UOCA 1X9SA 1BI4A 3HYFA 3L2RA 1J9AA 3OYGA 2PYLA 1ZBIA 3OYKA 4ZHRA 1C0MA 1O1WA 2YHBA 5CZ1A 2HHTA 4KB0A 2HVHA 4FJHA 1SKWA 3AA3A 4FJXA 1S9EA 1JXEA 4QAGA 4M3WA 1D5AA 1EKEA 1RDBA 3D45A 4CERA 4CF8A 3KJVA 4ZTFA 3AVBA 3KKRA 1VSMA 1BQMA 4AHTA 3SI6A 3SQ4A 4FK4A 4CJEA 3LWLA 3S3OA 5KRTA 4B9LA 5D3GA 5JS2A 3PO4A 4B3OA 4FVMA 1FKPA 4RW6A 1HMVA 4EP4A 5DMRA 2P5OA 2KFNA 2G8FA 4K8ZA 4HCCA 4FLYA 5HRNA 2Z1JA 5HBMA 3QETA 1J54A 1TL1A 3QEWA 3SV3A 1RTIA 4Z4EA 3NGIA 2YNIA 3D0PA 3SV4A 5J2MA 3NF7A 1VSDA 2BANA 3LZJA 1TVRA 1HNIA 1UA0A 3BDPA 2YNHA 3VQPA 3F9KA 2ZD1A 3NFAA 3QNOA 5J2PA 2QK9A 1ZYQA 3SYZA 3TAGA 3VN5A 2KZMA 3RMDA 2B6AA 3OYLA 3OYNA 4CHZA 3TI0A 4KTQA 1ASVA 3NAEA 3CFRA 4NYFA 4CF1A 1NKCA 1L5UA 4CFAA 3AA2A 4NCAA 2O4GA 3SQ1A 1KLMA 4CIFA 4HHTA 1RDAA 3CFPA 4K8XA 2F8TA 5HP1A 5I3UA 2YNGA 4XIUA 1T7PA 1JLGA 1JLBA 1T8EA 4F8RA 3LAKA 4CJFA 4DLEA 4CE9A 1KSPA 3MEDA 3SZ2A 1EXQA 1HYSA 5SWMA 1REVA 1MU2A 3VQDA 3ITHA 4DLGA 3DLGA 3LPTA 2DTUA 4KFBA 3AO5A 3ZT4A 4CECA 2GV9A 1NOZA 1WLJA 3I0SA 4O4GA 3LWMA 4M41A 4CJQA 3PV8A 2QXFA 4H4MA 4I7FA 4HCBA 1WAJA 1L3UA 3V1RA 4W5OA 2P1JA 2Z1HA 4FM2A 3VQ8A 1F21A 2FBVA 4H8KA 5KGXA 3OYEA 3OYJA 3JSMA 1SL0A 4DSJA 4HUFA 3HVTA 2NUBA 2Z1IA 3HO1A 4FJKA 5HRPA 3NH1A 1BQNA 1CXUA 3ZT2A 2G8HA 4QCLA 1S6PA 4Y1CA 1YVUA 2DFHA 3MXJA 4CEBA 1C6VA 3V4IA 1C0TA 3ALYA 4N41A 4LH5A 3DI6A 3PX6A 1JL2A 4Q0BA 2HHUA 4DFKA 4FJ8A 2ETJA 4RW4A 4KPYA 2AJQA 3PUFA 4DF8A 4OGCA 4FJ9A 4M3TA 4OPJA 4Z4CA 4IDKA 2RKIA 2VG6A 1DTQA 2KFZA 3RWUA 1W9HA 4CEZA 1UAXA 3OYFA 3TAPA 4M3ZA 1SV5A 1U04A 2HNYA 4C8NA 4DMNA 4IG0A 3RRHA 5CYQA 3E01A 3KIOA 1ZBHA 3DLBA 1BHLA 3NCIA 1X9MA 5K14A 1NKBA 4DQPA 3V9XA 1WSHA 4DF4A 2HMIA 3RR8A 4PY5A 1IKYA 4LY7A 1RT7A 1RBUA 5CZ2A 4KHYA 1U49A 1U48A 1J5OA 3LALA 2HHVA 4EZ6A 1RBVA 1KFDA 1LAWA 3ZSWA 2IAJA 1RCHA 4CFCA 1LWFA 4Z4IA 3P83D 1U4BA 1KVAA 3KTQA 1NK5A 1BGXT 4OKJA 2HHWA 2D0BA 4FJLA 4DTXA 1C1AA 2HB5A 2G8WA 4F2RA 3OY9A 1A5WA 2Y1JA 4AH9A 4OPKA 1BIZA 4CEOA 2OPSA 4LSNA 3THVA 3OJUA 1QSSA 2HW3A 2D0CA 4W5RA 4KKOA 2RN2A 2E4LA 1X1PA 3DMJA 4ELVA 4CJVA 2OZMA 4EP5A 2HNZA 4DSIA 2KW4A 3AO4A 3LZIA 3OS0A 5FRNA 2BGGA 4E19A 3CYMA 5KGWA 1QSYA 4F3TA 3QINA 4ELTA 4DFJA 3VQ6A 1ASUA 3K5NA 4DTOA 3V9UA 2EX3A 1D9FA 2YHAA 4FLTA 5FROA 4KHUA 1BCOA 1A5XA 4RW9A 3U3YA 1FK9A 2I5JA 3AO1A 1TGOA 2RPIA 4YNQA 4GW6A 4OKEA 4CF2A 4ZTJA 4B9VA 4DS5A 1BL3A 5HRRA 4Z4GA 3ZCMA 3SQ0A 1JLAA 4FJJA 4C8MA 1LW0A 3VQ7A 3L3VA 1EX4A 3DRRA 4UQGA 4CJSA 1S6QA 4KI6A 1TKZA 3C6UA 4FLVA 4BE0A 2DFFA 4CJLA 1SL1A 4M3YA 2PY5A 2KTQA 1RBTA 3S9HA 3ZSZA 4B9SA 1ZBLA 3KK2A 1QSLA 4CK1A 5FRMA 3NGZA 3CFOA 4CJKA 1IO2A 4E3SA 4CHQA 4DU3A 4KRFA 3VQAA 3LAMA 2IOCA 3HPOA 3DM2A 1VSIA 4M42A 2PYJA 1KCFA 2IC3A 3MXMA 3L8BA 5JS1A 3DLKA 2QKBA 3F73A 3G10A 4CGFA 2B4JA 5HROA 1T05A 2IGIA 4CJ5A 1HYVA 1Z26A 4BDPA 3NHGA 3M8SA 2OPQA 3P5JA 4E7KA 4CHYA 1YTAA 4CHNA 1WSIA 4FK2A 3AVLA 5J1EA 4O5BA 3IG1A 3IS9A 1NOYA 2A1SA 4CGHA 4CJ4A 2FC0A 3HPGA 3L2UA 4DSKA 4OLAA 1LW2A 5KI6A 4B9TA 1VK0A 4W5NA 3CQ8A 4LSLA 4KHQA 3I0RA 3LDSA 4M45A 3V6DA 3FFIA 3TWHA 3NF9A 3VQQA 3QEIA 1S5JA 4AHVA 4ICLA 3DLRA 1UWBA 3T19A 5T7BA 3KKSA 3NH0A 3RMBA 3VQ9A 3G0ZA 3PX4A 2P51A 3HL8A 3TABA 2P5GA 4OVLA 4Z4HA 3HXMA 1S1XA 2E6LA 3KK3A 4O44A 1TKDA 4DTJA 2EHGA 3NGYA 4AHSA 4E1MA 4FYDA 1RTHA 1NK7A 4FJIA 4O55A 2JLEA 2XY6A 1TKXA 3V81A 1S1VA 2Y1IA 4FZYA 3AVGA 4IG3A 3EYZA 3AVJA 4CEQA 1SKSA 1RT3A 4FLZA 1RNHA 3OVNA 4DQQA 4BE1A 1HRHA 1RT2A 1YTUA 3O3GA 3MEGA 4CGDA 1NKEA 1SUQA 3RR7A 3VQEA 1C1BA 3RMCA 3ZSQA 1T03A 3CM6A 2OA8A 1IKWA 1TL3A 1IKVA 1HJRA 4DG1A 3I8DA 3L2VA 3P1GA 3O3FA 4J2BA 2XY7A 1ASWA 4RW7A 4C8OA 4FZXC 4FLUA 2YKNA 2FBYA 2HNDA 5CY4A 4KV8A 2VWJA 1LV5A 1WN7A 4E89A 1S9GA 3DLEA 2XO7A 3V9SA 3U3GA 3O4QA 4KREA 4DFPA 3S3NA 2HVIA 3LP2A 3QIOA 1QTMA 1JKHA 4KTWA 3DRSA 3VA0A 4KHNA 3OYIA 3IAYA 4KO0A 1LWEA 4HUEA 1NK8A 3ASMA 1BISA 1K6YA 4G1QA 4RW8A 2D5RA 3NH2A 5I42A 1QS4A 4BE2A 2G8UA 4BWJA 1RTJA 1UA1A 1FXXA 3OJSA 3TAMA 3DLHA 4CGGA 3K5LA 3SUOA 4DFMA 4IFYA 1YT3A 3ZT3A 1NK4A 3ISNC 1EP4A 1CZ9A 1RT4A 2BE2A 4N47A 2QKKA 1RBSA 1KVBA 3K5MA 4M3XA 3VQ5A 1I39A 1N6QA 2KQ2A 1SKRA 2ZQBA 3AVAA 3VQCA 4CF9A 4HUGA 1KFSA 2FBXA 4J2DA 2B5JA 4DTUA 2GBZA 4HVJA 3AA5X 3H08A 4CJWA 2FBTA 2R7YA 3TAEA 2ZE2A 4JRPA 1Y97A 3VA3A 3SPZA 4E7JA 1Q8IA 1KLNA 4BWMA 3UIQA 1JXBA 1BI4B 3ZT1A 2W42A 1KTQA 1WSGA 4NCGA 1L3TA 3CG7A 4OKKA 1TKTA 2VG5A 4HTUA 4N5SA 4MQ3A 2YKMA 4B9MA 3WNHA 1BIUA 4J2AA 4H4OA 3JYTA 1XC9A 1RT6A 3L2QA 3MAQA 1JLCA 4Q5VA 4F2SA 4W5TA 4JS5A 4FW2A 3T1AA 3K59A 4CEFA 3U6FA 1XHZA 4CESA 1GOAA 4DU4A 1DLOA 1RT5A 2XY8A 4CGIA 4KTZA 3AO3A 1C1CA 2OPRA 1TK8A 4B8AB 3M8RA 4NCBA 3QO9A 3OYMA 1HQUA 3SUPA 1LWCA 2XRIA 3AO2A 1NJWA 1X9WA 3TAFA 2X6NA 2DFEA 1VRUA 1HYZA 2X74A 3O3HA 4BDZA 1U47A 2G8KA 2F8SA 3RMAA 4I2PA 4FLXA 4KAZA 1GOBA 1TV6A 2RF2A 3OYAA 4CFBA 2PZSA 2OZSA 2XY5A 4FJGA 2IDOA 5E41A 3QIPA 1DTTA 4CFDA 4CHPA 1VSEA 1JL1A 1JLQA 1QHTA 4CJTA 3PX0A 4EZ9A 1TAQA 3TR8A 4ID5A 1L3SA 3B6PA 1RBRA 4YFUA 4F4KA 1S1WA 4FXDA 1XI1A 4WE1A 1RILA 4CJUA 2YV0X 3HVRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1BCM A;  5CR4 A;  1LOT B;  3VGM A;  1XVC E;  4K25 A;  1QQC A;  2PAV A;  4GMJ B;  2A5X A;  4O0J A;  4FM0 A;  3I56 N;  1B9F A;  1KRP A;  3KD5 E;  4R5P A;  3E1Y A;  4Z94 A;  1FZI E;  2BDP A;  2QWP A;  2ITM A;  3S3M A;  4FZZ A;  5HRS A;  3KLG A;  4E7H A;  3ATU A;  3E4W A;  3ZSX A;  3CCV N;  2E1Z A;  2O8D B;  3FZK A;  4DTP A;  5BRF A;  3PLA A;  4DU1 A;  1SL2 A;  2HHX A;  3HK2 A;  2UUC K;  2B8I A;  3LP0 A;  1IJJ A;  4FK0 A;  4DQS A;  4CIG A;  4QOZ B;  2YJF A;  1QE1 A;  3OYC A;  3NMU A;  2JWL A;  3ZSV A;  3VQ4 A;  1RDD A;  3EZ5 A;  1LAV A;  1NG9 A;  2GUI A;  4DUZ K;  1S72 N;  3G6E N;  3SCX A;  2IVO A;  4AM6 A;  1Q18 A;  1JLF A;  3C6T A;  1VQM N;  3CQX A;  3B6O A;  2O8B B;  4PWD A;  2ZGZ A;  3LPU A;  3V9W A;  4CHO A;  4ELU A;  4JRQ A;  4FJ7 A;  1MA9 B;  4FPB A;  4DSL A;  3TAR A;  3SAG A;  5HLF A;  4E0D A;  3EY1 A;  3KLF A;  4BRH A;  4CJR A;  4K41 A;  1WBB A;  2P9K B;  3RSE B;  3D2E B;  3C94 A;  4NYN A;  3K0S A;  3EZW A;  3CC7 N;  4M3R A;  3OS2 A;  3TAN A;  3SLC A;  2WOM A;  1XMH E;  2P9S A;  1Q9Y A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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