3RMAA

Crystal structure of a replicative dna polymerase bound to dna containing thymine glycol
Total Genus 296
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
296
sequence length
903
structure length
894
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKEIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title A crystallographic study of the role of sequence context in thymine glycol bypass by a replicative DNA polymerase serendipitously sheds light on the exonuclease complex.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DNA polymerase
molecule tags Transferase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 296
structure length 894
sequence length 903
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-04-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3rmaA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3rmaA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3rmaA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3rmaA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3rmaA03
4FZXC 4W5TA 4FJGA 5C24A 3VQAA 4HUGA 4OVLA 4CF8A 3JSMA 4FLVA 2YNGA 4CHOA 3KJVA 4IG3A 3L8BA 2HHSA 3V9WA 3IS9A 4AH9A 3WNHA 1ZBIA 2YNHA 1KFSA 2KTQA 3V9ZA 4CGDA 4CHYA 2QKKA 3K5MA 2F8TA 3I8DA 3KLEA 4KTZA 4M42A 1QSSA 3LAKA 1BQMA 1ZBUA 1RTDA 1LWCA 3NBPA 4M3TA 1LAVA 4DTXA 4DG1A 1KRPA 1KCFA 3HJFA 3AVBA 2JLEA 1TL1A 3RMCA 3KKRA 1ASWA 4OLAA 4KB1A 3HO1A 1S9GA 4F4KA 3OYLA 2F96A 5CZ2A 3V9XA 4E7HA 1JLEA 4KAZA 4B08A 4DTMA 4CFCA 3P1GA 4GW6A 4BWMA 3DRRA 4DLEA 2G8WA 2HVIA 1CZBA 2KW4A 3MAQA 2E6MA 3NGIA 1BCMA 4MQ3A 3RMBA 1ASUA 4NYFA 4N5SA 1K6YA 3LZJA 4J2AA 4C8NA 3U3YA 1HYZA 1GOCA 1SL0A 1UA1A 4B9TA 4HTUA 1G15A 4CJFA 3LZIA 4ID1A 2HB5A 1R0AA 1BISA 3ZSYA 1L3UA 1QSLA 5FRNA 1BGXT 2G8FA 4PUOA 3CQ8A 2HHVA 4Z0UA 1J54A 3AVMA 3VQ4A 3OYFA 2KZZA 3LP0A 3SPZA 1WSGA 3I0SA 3OYNA 2WOMA 1VRTA 3MXIA 3VQEA 3O4QA 2IOCA 4YNQA 3NCIA 2O4GA 1NK0A 1RTJA 1BCOA 4HUFA 2XO7A 1TV6A 1KFDA 4CGIA 1L3TA 3SYZA 1SL1A 4UQGA 4DFKA 3ASMA 1HQUA 4LD0A 5HRSA 3K57A 2Q3SA 5I42A 3THVA 2XHBA 2KZMA 4DTOA 1XI1A 5C42A 3LAMA 3TAGA 3MECA 4AHUA 4CHNA 3HXMA 2X6SA 4DFJA 3K2PA 1QTMA 2OPQA 4KHUA 2XY7A 3VQ5A 1IKXA 2RKIA 3HSTB 1TK0A 1QE1A 1NJWA 1LV5A 4W5OA 1EX4A 4CHZA 1JLCA 5J1EA 3U3GA 3M8QA 4BDPA 3TARA 1S1TA 2ETJA 3H08A 1RBUA 1WSHA 4IDKA 3LPUA 4O5BA 3HP6A 3C94A 4DTSA 3NHGA 4C8OA 3QETA 4O55A 3ALYA 4FLTA 4O44A 4FJ8A 4IKFA 1WAFA 1EKEA 4FLXA 1UAXA 1WN7A 5DK5A 5HBMA 2QKBA 2IGIA 4FK2A 2XY5A 4N41A 2YNIA 4JRPA 1VSEA 3D45A 4ICLA 3O3HA 4CERA 4CEZA 3SV4A 1TK8A 4ELUA 1NK4A 4KHQA 4J2EA 4DSIA 4ZTFA 4CEOA 1ZBHA 3U6FA 3K5LA 4J2DA 2Z1HA 1SL2A 3QEWA 3TAQA 1KSPA 3OYHA 2HNZA 3DI6A 2D0AA 4Q5VA 1NK6A 2HHQA 1BHLA 4AHCA 4FXDA 4DU1A 2HVHA 5D3GA 1DTTA 4LSNA 2X78A 3VQPA 2HW3A 3ZSRA 3L3VA 1SKRA 2DFFA 4FVMA 3L2RA 4DS4A 1LWEA 3RMDA 4OKJA 1RT4A 2QXFA 3VN5A 3IG1A 3PX4A 4DFMA 4B8AB 1LW0A 3AA4A 3MXJA 2BANA 5KRSA 2VWJA 1RT3A 1TL3A 2ITGA 3I0RA 3VQ9A 3ZT0A 4CJ3A 4I2PA 4E1MA 4OGCA 4CJ4A 1JLGA 2OPRA 3LP2A 1GOAA 5KGWA 1SUQA 3V1OA 5J2MA 4W5RA 4FJJA 4M3XA 3CFOA 3VA3A 1C1BA 3WNFA 3ZSXA 3TAFA 1VRUA 4Z4CA 2IS3A 4DF4A 4DTNA 1RTHA 3MEEA 4RW6A 1JLFA 3NF8A 3VQCA 2F8SA 2IDOA 1RDCA 3SUQA 1RDAA 1FK9A 4HUEA 3HVRA 1TAUA 1D9DA 3SUOA 1I39A 5SZTA 4KFBA 4FJIA 3OYJA 2A1RA 1NKBA 3RTVA 3HVTA 1Y97A 1JLQA 1BL3A 3KKSA 1NK8A 3OJUA 4M45A 2E6LA 3L2QA 1Z25A 1S9EA 3PX0A 2YKMA 3M8RA 5FRMA 4KHYA 4GVMA 1C0MA 4ID5A 5K14A 5CYMA 3ZSQA 2DFHA 2BGGA 3AO1A 4QAGA 5EU7A 3VQ7A 4E89A 2VG5A 4KI6A 2HNDA 3TI0A 4M41A 1C0TA 1UA0A 4NCBA 4F3TA 2VG7A 3VQBA 3SNNA 4L8RB 3LANA 3NGZA 1X9MA 1WSFA 2HNYA 1NK5A 5KGXA 3MXMA 4CGHA 1ITGA 3KLHA 4FYDA 3QEPA 1LAWA 4C8MA 1NJYA 1S6QA 4B9NA 1VSKA 1RTIA 3KK1A 3SPYA 2KQ2A 5CYQA 4WE1A 3T3FA 1L3VA 3RRGA 4CIGA 1T7PA 2FC0A 3NH2A 2XY6A 2HHXA 4FZZA 2JGUA 3QIPA 4ELVA 4QOZB 1WSEA 3SUPA 4I9QA 3AVAA 3MEDA 4YFUA 1A5WA 4DSKA 1TKZA 3KIOA 1X9WA 3L2VA 3V9SA 1B9FA 3O3FA 2BDPA 4JS4A 1S1XA 4BE0A 1CXUA 4RW9A 3QLHA 3C6TA 1BI4B 3HPHA 1TAQA 3OVNA 4RW4A 4EP5A 2IC3A 1WAJA 4I7FA 4OKKA 3ZSOA 3ZT3A 1GOBA 4Z4HA 3L2WA 3D0PA 2B5JA 5J2NA 3V1RA 2Y1JA 4CJSA 3SI6A 1JLAA 1X1PA 3CM5A 4ZHRA 4CJQA 4KHSA 1N5YA 1RILA 1JXBA 3AA3A 3QNNA 1KTQA 3VQ6A 4W5NA 3F9KA 4I2QA 1F21A 1HMVA 3ZSWA 2WONA 4MFBA 4CF9A 2XRIA 4CK3A 4JLHA 3M8SA 4E3SA 4M3ZA 1IO2A 4KTWA 2OPSA 4FW1A 4FM2A 3BGRA 3EY1A 4RG8A 1NKEA 4Y1CA 3OYDA 5JS2A 1EP4A 3OS2A 5HRPA 2X74A 1NJXA 4DWIA 1VK0A 3HM9A 4DMNA 3HPOA 1S5JA 3V1QA 1RNHA 4CJUA 3F73A 3AA5X 1ZYQA 1WSJA 4FLWA 4CEDA 3T19A 1L3SA 1LWFA 3CFRA 2ATQA 1Z26A 3OYGA 4FM0A 1RBRA 2OZSA 4FJKA 3KD5E 2LSNA 3K59A 3ULDA 3DLKA 3RMAA 4E7LA 4DS5A 2P5OA 1JXEA 4DFPA 4F3OA 4JRQA 2EHGA 1RCHA 1U4BA 2KFNA 4N47A 3QNOA 1RDBA 4BACA 1ZBLA 1U47A 3FFIA 1N6QA 1VSHA 4N56A 1HYVA 4CECA 3DLEA 1JKHA 1WSIA 3IRXA 4CJRA 1C1AA 3RRHA 1NK9A 1J9AA 3ZCMA 1TKTA 4DQSA 2OYQA 2P1JA 4CFAA 2G8HA 2GV9A 2OA8A 4XIUA 3HT3A 3DM2A 1S1WA 1KVAA 2ZQBA 3PUFA 1FXXA 3K5OA 3JYTA 1RT1A 3V4IA 4OJRA 3PV8A 3ZT4A 3L3UA 1UWBA 4KHWA 3SQ1A 2GUIA 1VSFA 4CJWA 4CFBA 2HHUA 5C25A 1UOCA 3SV3A 4FCYA 1I3AA 4FJHA 3TAPA 4DSLA 2AJQA 1HNIA 3O3GA 4AHVA 1DLOA 1TGOA 4H8KA 3SQ4A 4H4MA 1QS4A 4KB0A 4N76A 1C1CA 1HJRA 3B6OA 2DY4A 3OS1A 3V9UA 3HL8A 4B8CA 5HRRA 1C0UA 2FBYA 3OYKA 4FJMA 1YTAA 3NH0A 1FKOA 3AA2A 3P5JA 5E41A 3SZ2A 4CCHA 1L5UA 3NH1A 4DTPA 2YHAA 3LP3A 3KLGA 4M3RA 1B92A 4FJ5A 3AO4A 2G8VA 2X6NA 3HYFA 3AVCA 4TSXA 5CZ1A 4R5PA 4AHTA 4LSLA 2VWKA 1ASVA 4AHRA 3WNEA 4ZTJA 1U48A 4B9VA 2E4LA 1TKXA 4PWDA 2ZE2A 4BE2A 5FROA 4KO0A 2I5JA 1U45A 2PYLA 3OYMA 4Z4IA 2A1SA 4OPKA 3TAEA 4FJ9A 1FKPA 3NDKA 3AVFA 1Q8IA 4LY7A 5J2QA 1BIUA 2Z1IA 3K5NA 1D8YA 4K8ZA 4DTRA 4DF8A 4CIFA 4M3WA 3K58A 3UIQA 4HCBA 4F8RA 3QEIA 2GBZA 2RF2A 2PY5A 1RBTA 3BDPA 3S9HA 3DRPA 3OYAA 3KD1E 3CFPA 4IFYA 4CESA 3AVHA 3S3NA 2FBVA 1RT6A 2EX3A 4GMJB 3C95A 4KV8A 5CY4A 5FDLA 5KTQA 3NFAA 1JL2A 4CJLA 2Z1GA 4NYNA 4CJKA 1X9SA 4CEBA 3QERA 5HLFA 1KLNA 2VG6A 4Q0BA 3RR7A 3ZT1A 1HPZA 4CIEA 2DTUA 3AO3A 4DLGA 4CGGA 3TWHA 3LP1A 1D9FA 1A5XA 1RDDA 3DMJA 3MEGA 4KREA 2PZSA 4B3OA 2KFZA 2RN2A 5HRNA 1KVBA 3AVJA 4O0IA 1A5VA 3QEXA 4OLBA 2OZMA 4FLYA 1U04A 4G1QA 1HQEA 1BQNA 3V6DA 1U49A 1NOYA 4NCAA 3OYCA 1J53A 3CG7A 4CJTA 1LW2A 1S6PA 4Z4FA 3QO9A 1XHXA 3NF6A 4KKOA 3IAYA 4EZ6A 1HNVA 4BE1A 4B9MA 1B9DA 3DOKA 3OYEA 4W5QA 4DTUA 3SCXA 1BI4A 3AV9A 1XHZA 4CK1A 3NAEA 1J5OA 3NGYA 3OJSA 3DLHA 1O1WA 2B6AA 2ZD1A 1BIZA 1YTUA 4RW8A 3HK2A 2OPPA 4DU4A 3DRSA 3ISNC 2P51A 1QSYA 3AVKA 2QK9A 4PY5A 4CJVA 4DU3A 1T8EA 4EZ9A 1IKWA 4QCLA 4CGFA 1SKSA 4M3YA 3QESA 1SV5A 3RWUA 4CJEA 4E7JA 4FJ7A 3AO2A 4DSFA 2G8UA 4ELTA 3EYZA 3E01A 5KRTA 3LWMA 4FJNA 3KK2A 4OPJA 3VQQA 3TABA 4HHTA 4Z4GA 3WNGA 4Y1DA 5HP1A 1S1UA 3VQDA 4E7KA 1RBVA 4OGEA 4CFDA 3S3OA 5JS1A 4C8KA 2YV0X 1XWLA 1W9HA 3AO5A 3V81A 4E0DA 3NF7A 4Z4EA 3PO5A 4LH4A 2YKNA 4O0JA 2PYJA 4LH5A 3ZSVA 4CF2A 3O4NA 3AVGA 4KHNA 3SUNA 3QEVA 1RT5A 4DQQA 3A2FA 3TR8A 3OYIA 3SQ2A 3HPGA 4FK0A 4KRFA 1HYSA 4JS5A 1S1VA 3KK3A 5J2PA 4CGJA 3SQ0A 3DYAA 2NUBA 4KPYA 4I9LA 3OY9A 3B6PA 2IAJA 2YNFA 4M3UA 4CEQA 1T03A 1VSJA 5SWMA 3DOLA 4FJXA 1RBSA 4CEAA 3VA0A 1TVRA 2D0CA 2HMIA 4J2BA 3LDSA 4DSEA 2BE2A 1VSDA 4B9SA 2D0BA 3CYMA 3PX6A 4CHQA 5I3UA 3P83D 4K8XA 3G10A 4FJLA 3S3MA 1KLMA 4HCCA 1RT7A 2R7YA 1IKVA 1XC9A 1VSMA 2P5GA 1W0HA 4CF0A 3QINA 1VSLA 1DTQA 2XY8A 3HP9A 2G8IA 1WLJA 1EXQA 1CZ9A 4FZYA 3LWLA 1TK5A 1IKYA 2DFEA 3L2UA 1Q9YA 3DLRA 4NCGA 4E7IA 4CJPA 1IH7A 1IG9A 3ZT2A 2Y1IA 1T05A 1Q9XA 3LPTA 2HHTA 3NE6A 3PO4A 3NF9A 4O4GA 4BDZA 1ZBFA 1VSIA 1CXQA 4PQUA 3DLGA 3OYBA 4E19A 1CLQA 2B4JA 2HHWA 4PA1A 4IBNA 4CK2A 4DQIA 3LALA 1NOZA 3KLFA 2G8KA 3ZSZA 1QHTA 1YT3A 1YVUA 2FBTA 1REVA 3M8PA 3EZ5A 4DSJA 5DMRA 2W42A 5KI6A 3AVIA 4H4OA 3T1AA 3ITHA 4RW7A 4DQRA 4HVJA 4FW2A 4F2SA 4OKEA 3PY8A 4FK4A 3KTQA 3AVLA 4IFVA 1MU2A 4CF1A 1NK7A 4DQPA 2RPIA 2Z1JA 4EP4A 4CEFA 1QQCA 3KLIA 4AHSA 3OS0A 1WNSA 4DTJA 3QIOA 4CEEA 4KI4A 4B9UA 1NJZA 4B9LA 4FLZA 1KVCA 3G0ZA 4CJ5A 1C6VA 3SJJA 4FM1A 4C8LA 1JL1A 3CM6A 1D5AA 1EETA 4F2RA 2O4IA 1NKCA 3TAMA 4FLUA 2YHBA 3AVNA 4KTQA 1TKDA 3C6UA 4CE9A 1RT2A 4IG0A 3RR8A 1JLBA 4CHPA 4AILC 3VQ8A 4BWJA 1HRHA 5HROA 5T7BA 1SKWA 3DLBA 4BDYA 3TANA 4E1NA 2D5RA 2FBXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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1TL3A 3BUZB 4CJ4A 3O9SA 5BR8K 1N33K 3VA3A 3QMLA 3WNFA 4Z4CA 1VRUA 4DR2K 3O1BA 4RW6A 2UU9K 1JLFA 3NF8A 3WXLA 4GKJK 2JPNA 2GUPA 3BF1A 1I39A 4KFBA 3EEQA 4JKEA 4GV9A 1NEXB 4CI6A 1Y97A 1BL3A 4M45A 4X64K 1Z25A 2OANA 2YKMA 3M8RA 5FLXO 1C0MA 3C0BA 3AO1A 2GTDA 4QAGA 3VQ7A 2HNDA 5BN8A 1C0TA 1FYZE 3KWIA 4DUZK 4L8RB 5FPNA 1X9MA 3EN9A 1LAWA 4O8KA 2OTLN 1Q18A 4B9NA 1OH6A 1YHQN 3SPYA 2KQ2A 1L3VA 2E88A 4CZLA 3L4IA 4JI4K 3CETA 4YFUA 3ZYYX 1OVYA 2JWLA 3KIOA 1IJJA 1X9WA 3L2VA 2ZGYA 1S1XA 3C6TA 1BI4B 3EL2A 3OVNA 4RW4A 3NMUA 4I7FA 3CHWA 3WXKA 1GOBA 4LF7K 4BVPA 4YOWA 5EX5A 3V1RA 3CM5A 3KWGA 1JXBA 2JH8A 1KTQA 4KHPK 3OBWA 3FZKA 1F21A 1HMVA 3ZSWA 1X3NA 1GLCG 4KTWA 4K25A 2OPSA 2YHYA 4FM2A 1BDGA 5JVHL 3CERA 4QS9A 4YOXA 1DGKN 2D1KA 3A5NC 4CBXA 3L6QA 2X74A 1NJXA 1VK0A 1EQYA 2W40A 5AQNA 4FLWA 3PSIA 2P9NA 2OZSA 3KD5E 2LSNA 3DLKA 3RMAA 2P5OA 1VQKN 2KFNA 4LFBK 3O4WA 1U47A 2Q1NA 2RKHA 4B1YB 1HYVA 2CGJA 3DLEA 3ZCMA 2P1JA 2VIXA 1FZ2E 3THWA 3PUFA 3V4IA 4IOAL 1FZ8E 4OJRA 3E66A 1BO5O 4CJWA 3SQ1A 2YB5A 1VSFA 5JVGL 5C25A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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