3RMCA

Crystal structure of a replicative dna polymerase bound to dna containing thymine glycol
Total Genus 278
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
278
sequence length
902
structure length
902
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title A crystallographic study of the role of sequence context in thymine glycol bypass by a replicative DNA polymerase serendipitously sheds light on the exonuclease complex.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DNA polymerase
molecule tags Transferase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 278
structure length 902
sequence length 902
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-04-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3rmcA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3rmcA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3rmcA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3rmcA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3rmcA03
5HRRA 4GVMA 3DM2A 3HO1A 4CJVA 4DTMA 1R0AA 3CQ8A 1RDAA 4CECA 5SWMA 5I42A 1I39A 3WNGA 4QCLA 5EU7A 3ZCMA 3NDKA 1RT7A 2G8VA 3OYIA 4KFBA 5J2MA 4LY7A 2WONA 1GOCA 3KD5E 5CY4A 4E7IA 4DTNA 1WAJA 4RW6A 3U3GA 2Z1IA 4OPJA 2R7YA 4FLTA 4Z4CA 3TANA 4DU4A 2ITGA 3G0ZA 3IG1A 1C6VA 1RTJA 3TAQA 4CHPA 1CZ9A 3OYLA 3SQ0A 5HP1A 3L2WA 3PX4A 4NCBA 4QOZB 4PWDA 2YKMA 1C1AA 1D9DA 4O5BA 2FC0A 4W5NA 4DG1A 4N5SA 2B6AA 1BCMA 1XI1A 4PY5A 4B9TA 4RG8A 4DSEA 1I3AA 4PQUA 1HNIA 1JLEA 1WLJA 1WSJA 3WNFA 3KKRA 3LZIA 2FBYA 2HHSA 3ZSOA 1HJRA 1SV5A 3AVCA 4LH4A 5I3UA 4CFBA 4Q5VA 3KLIA 4ICLA 1JLGA 4CE9A 2E6MA 3LWMA 4O0JA 1LAWA 4CJFA 4CERA 1NJWA 4FXDA 2DFHA 2F8TA 1BIUA 4OKJA 1SUQA 4FJNA 4BWJA 3K58A 4B9NA 3NH1A 3V9ZA 5FRNA 2IC3A 3TWHA 3AO2A 1L3SA 2OZMA 1U49A 4M42A 3O3HA 4HTUA 3IAYA 1KRPA 4CJ3A 1KVCA 1NK0A 3QIPA 5FRMA 4JS4A 4W5TA 1K6YA 4E1MA 4DLEA 4KHNA 3OYJA 3AO3A 4OGCA 2F8SA 3NGYA 1L3UA 1T7PA 1S9EA 4E0DA 4R5PA 1Q9YA 2B4JA 3L3VA 4W5OA 1RT4A 4KKOA 1DTQA 4EP4A 5KTQA 1UA1A 1YTUA 4F2RA 4DSJA 3QINA 3V9SA 1U04A 3AVLA 4DSIA 3SQ2A 3TABA 2OZSA 4CIFA 5KI6A 3K5NA 3DLRA 1SKRA 1ZBLA 5HRPA 4FJHA 3RTVA 3UIQA 2P51A 3ULDA 1L3TA 2I5JA 4FLUA 4IFVA 4CFDA 1JLCA 1FKPA 4J2BA 4B08A 4DF8A 1HYVA 3NGIA 3DOLA 4CFAA 1NOZA 3VQDA 5J2QA 3TR8A 3ITHA 3PO5A 4KHWA 3KLFA 4EZ6A 1BI4B 2NUBA 5FDLA 4C8NA 4DFPA 4HHTA 1KTQA 1RT6A 2IGIA 1N6QA 4EP5A 4OLAA 4OVLA 4DFKA 4CF8A 3K2PA 2OPSA 2VG7A 2XY6A 4N76A 1J9AA 3BGRA 3SV3A 3MXMA 4Z4GA 5KRTA 4E7HA 4ELTA 1KVAA 4DSLA 1FXXA 1HRHA 2YV0X 3LPUA 3VQQA 3OS0A 4DTJA 1NJXA 2OA8A 2A1SA 3OYHA 4M45A 4K8XA 2HVIA 1D5AA 3S3MA 4M41A 3NH0A 4FJLA 4FJJA 4KB1A 2D0BA 1S1TA 1U4BA 3EYZA 4H4OA 1TKXA 3I0SA 1VSKA 3OJSA 3OYAA 4NYNA 3AA2A 3AVAA 4KI4A 3NF9A 3MXIA 1C1CA 4E7LA 4I2PA 3ZSRA 5KGWA 4CEOA 4AHUA 3KKSA 3SPZA 2ZE2A 1B9DA 4YNQA 1KFSA 1ZBFA 4B8AB 3HPGA 4CEQA 1QS4A 1JLAA 4ID5A 3WNEA 1N5YA 3WNHA 3K5MA 3AVBA 1B9FA 3ISNC 4AHVA 1X1PA 5E41A 1C0MA 3THVA 3K59A 1VSLA 4BE1A 3P83D 1TK0A 1NKBA 3QERA 4O44A 4FZXC 2XY5A 3F9KA 3KLHA 4E7JA 1NK6A 1RBTA 1D9FA 2FBVA 4KTWA 1RDDA 3AV9A 3MEEA 3NF7A 4CIGA 3U3YA 4ELVA 3V4IA 4E1NA 4Y1CA 4FLWA 3V1RA 3KTQA 3OJUA 1JLQA 2PYLA 4AHRA 1EKEA 4RW9A 5CYMA 1S1WA 3DOKA 4DS5A 3SQ1A 4IBNA 4FCYA 4ELUA 4CGDA 1WSHA 3AA4A 3PX6A 3PY8A 2Z1HA 3AVMA 5HROA 3C94A 4I7FA 4DTXA 4B9VA 4OLBA 4CJSA 4FJMA 5HBMA 1J5OA 1BCOA 2KZZA 1ZBHA 1RTIA 3M8QA 4HUFA 1IO2A 3SUNA 1QTMA 3DRPA 4CJWA 4NCAA 3OYEA 3ZT4A 2P1JA 4DSKA 1KLNA 1HPZA 1VSHA 3D45A 4CJEA 3T19A 3V81A 2G8HA 2KFNA 3AO4A 4LSNA 4FM1A 3ZT0A 4IKFA 3SQ4A 4B3OA 3QEVA 4FJ9A 5JS1A 3SUPA 3NCIA 1VRUA 3SZ2A 3AA5X 3ASMA 2RKIA 4ZTFA 4K8ZA 1VSEA 3ZT2A 3OYFA 4CF9A 4JS5A 4TSXA 4C8LA 3NAEA 3MXJA 2YNFA 3QEIA 1IH7A 2IAJA 3LAMA 4DQPA 5D3GA 3TAGA 1GOBA 4C8MA 3O4QA 4KHYA 3RMDA 4W5QA 4DQQA 1XC9A 1BIZA 1X9WA 3QNOA 1HQEA 3DRRA 3P5JA 1C1BA 4CHYA 1WSEA 4Z4EA 4CIEA 3DRSA 4DTPA 4RW7A 2HHXA 2HW3A 1WSFA 2JLEA 4QAGA 4AILC 4XIUA 2RF2A 3VQBA 1BQMA 4DQRA 4RW4A 4CCHA 3RMBA 3OYBA 4E3SA 1JLBA 4N56A 1FK9A 1XHXA 2XY7A 4DTSA 2JGUA 4I9LA 3LP2A 4HUEA 3HPOA 3TAMA 3OYGA 4F2SA 2YKNA 1DTTA 5CZ2A 5KGXA 4HCCA 1TKDA 1ZBIA 3V1QA 3V9WA 3TAPA 3NH2A 4DLGA 3DLEA 3EY1A 3B6OA 1SL1A 2B5JA 1EETA 3DLGA 3SUOA 1RBRA 3QETA 1C0TA 1KFDA 2GV9A 3V9XA 3SUQA 1TK5A 1CLQA 3ZSZA 3HJFA 2HHQA 4CJTA 3CFRA 1MU2A 1LWEA 3QEPA 3L3UA 1JXEA 2D5RA 3BDPA 4FLVA 3VA0A 3RRHA 1ZBUA 3CM6A 2VWJA 1Y97A 3LPTA 3VQ7A 4DU3A 1X9MA 2O4IA 3LP0A 3LWLA 1HMVA 3KLEA 3MAQA 3EZ5A 2Y1JA 2DY4A 1HNVA 1Z25A 4O55A 1BQNA 1RBUA 4M3ZA 2PZSA 2HHTA 1TGOA 3ZSYA 2GBZA 3KK2A 5HRNA 4BE0A 4FW1A 3U6FA 2A1RA 1A5WA 4FM0A 2YHBA 4E89A 2VWKA 4WE1A 2EX3A 4AHTA 2OPPA 2YNHA 3HP9A 2BDPA 3M8SA 4F4KA 4Z0UA 2IOCA 3AVJA 3OS2A 4OJRA 3VQEA 1S9GA 1TKTA 1VK0A 1J53A 3VQCA 4DS4A 3V6DA 4AHSA 3RMCA 3TAEA 3C6UA 1L5UA 5HLFA 2X6NA 5FROA 3K5OA 1ZYQA 1WNSA 2IDOA 4CEBA 2FBTA 4M3WA 3VN5A 1S1XA 4LH5A 4CK1A 4HUGA 1DLOA 3VQ6A 5J2NA 2OPQA 3OS1A 4DFJA 1QHTA 1NK5A 4N41A 1JL2A 1LW2A 5DMRA 3LZJA 3ZSXA 1NJYA 4B8CA 3QEWA 5CZ1A 4CHZA 4KREA 2G8KA 4I2QA 1CXQA 2Q3SA 3VA3A 3SJJA 3QO9A 4CGJA 1A5VA 1KSPA 2X74A 3AVHA 3QLHA 2KW4A 3HVTA 1VSDA 3RR8A 4M3XA 1RDBA 3KJVA 1UWBA 3RR7A 1WN7A 2FBXA 5JS2A 3QESA 1D8YA 2KFZA 3AA3A 3M8RA 1X9SA 4H8KA 3G10A 4CGGA 1QSSA 2QKBA 4I9QA 3MECA 3KIOA 4CF2A 3CYMA 4B9MA 1UOCA 4LD0A 1TL3A 2X6SA 2YNGA 3L2UA 4C8OA 2DFFA 5SZTA 3LP1A 2KZMA 2EHGA 2ZQBA 4N47A 3HK2A 3OYKA 1CZBA 2G8WA 2QK9A 1Q8IA 1CXUA 1S6QA 3V1OA 4CJUA 1WAFA 3TI0A 1XHZA 3H08A 1TV6A 3ALYA 3RRGA 4KTQA 3OYNA 2AJQA 1NK7A 1TAQA 3FFIA 4BACA 1B92A 4CHQA 2BE2A 1T8EA 3AVIA 2G8UA 2G8FA 4MFBA 2F96A 1IKWA 4KPYA 1LWCA 4KO0A 3OY9A 1SKSA 1SL0A 4BWMA 1NJZA 1VRTA 1BHLA 1S5JA 1RBSA 2RN2A 1T03A 1SKWA 2RPIA 4L8RB 3HSTB 1S1VA 4G1QA 1O1WA 1RBVA 3VQ4A 4Z4HA 4YFUA 3JSMA 1RDCA 2WOMA 4IG3A 3ZSVA 4JRQA 4PUOA 4FJXA 4CJRA 1REVA 4CK2A 2P5OA 3L8BA 5K14A 2W42A 3DLHA 4FJ8A 5HRSA 4B9UA 3AO5A 4FJKA 3B6PA 2DTUA 1FKOA 4FK4A 1JXBA 1LAVA 2IS3A 4O0IA 4DFMA 1UA0A 2Z1GA 1XWLA 2YHAA 4NCGA 3CM5A 4FZZA 4AH9A 3O3GA 3LALA 3CFOA 2PY5A 5C42A 1LWFA 1W0HA 3NFAA 4CEAA 1LV5A 4J2EA 1TVRA 4PA1A 1QQCA 3S9HA 3P1GA 4DMNA 1VSJA 4OPKA 2HB5A 3M8PA 1RNHA 3C6TA 3NBPA 3I0RA 2XO7A 1HYSA 5DK5A 3L2QA 4CJPA 3E01A 2X78A 1RTHA 1A5XA 3OVNA 1J54A 4FLYA 2O4GA 1RCHA 5J2PA 4FJ7A 2KQ2A 3SPYA 3I8DA 3VQAA 4DQIA 4KRFA 4CEFA 3OYMA 3DLKA 2PYJA 1Z26A 1BL3A 3S3NA 2DFEA 3A2FA 1WSGA 4FZYA 1BGXT 2QXFA 3DI6A 1HYZA 3VQ9A 1ITGA 2HHVA 4JRPA 2ATQA 3OYCA 3F73A 4E19A 1WSIA 3VQ8A 1S1UA 3RWUA 4DWIA 4HCBA 3T1AA 4BE2A 2D0CA 3DMJA 4CESA 4B9SA 4GW6A 3ZSQA 3NHGA 3SNNA 1RT3A 1YT3A 4FLZA 4BDPA 2HNYA 4CGFA 1F21A 4DTOA 3LDSA 4CGIA 3MEGA 4Z4IA 1NKEA 4FK0A 2LSNA 3KK1A 4DSFA 2XHBA 4IFYA 1YTAA 1NK4A 4KHSA 4Y1DA 4NYFA 3V9UA 3C95A 1ASUA 2XY8A 4BDYA 1IKYA 4GMJB 4J2AA 2D0AA 2Z1JA 4CJQA 3S3OA 1U47A 3HP6A 4FM2A 3HL8A 4H4MA 4RW8A 3VQPA 3ZT1A 3QNNA 3T3FA 4MQ3A 3HYFA 4DU1A 1RT5A 1Q9XA 3PUFA 4FJ5A 1S6PA 4CEZA 3QEXA 4JLHA 3DLBA 4KAZA 4BDZA 4AHCA 3D0PA 3PX0A 4DF4A 4CGHA 4M3TA 1U45A 3SYZA 3SCXA 3IS9A 1IG9A 1KVBA 4LSLA 1T05A 2P5GA 2ETJA 4FLXA 4CJ5A 1L3VA 1RILA 3ZT3A 3AO1A 3CFPA 2VG6A 1QSYA 1ASVA 4CJLA 3HPHA 3NF6A 4CHNA 3OYDA 4W5RA 2E4LA 3HXMA 1EP4A 1KCFA 5C25A 1YVUA 4E7KA 4DTUA 1QSLA 3KK3A 4DTRA 3TARA 5C24A 4C8KA 1EX4A 4KTZA 1W9HA 3CG7A 4KI6A 4OGEA 4F3TA 5T7BA 2KTQA 3KLGA 4CHOA 3L2RA 3K5LA 4F8RA 4CFCA 3K57A 1NK8A 4FVMA 3O4NA 2Y1IA 2HVHA 3HT3A 4O4GA 3HVRA 1TKZA 3RMAA 1QE1A 3DYAA 4B9LA 4CJKA 4IDKA 3TAFA 1TK8A 1GOAA 2HNDA 4M3RA 3KD1E 4ZHRA 3PV8A 2HMIA 2OPRA 4ZTJA 1RT1A 1JL1A 3VQ5A 3NE6A 3HM9A 4EZ9A 3NF8A 1BI4A 4KV8A 4Q0BA 4M3UA 3MEDA 1NK9A 1NKCA 3SI6A 3QIOA 1TL1A 1IKVA 2E6LA 2BANA 1JKHA 4CF1A 2BGGA 4OKEA 3JYTA 1ASWA 4OKKA 3AVGA 1SL2A 1RT2A 2HHUA 3IRXA 1U48A 2OYQA 4FJIA 4FW2A 4CJ4A 4KB0A 1TAUA 2QKKA 1KLMA 1LW0A 1VSIA 3LANA 3SV4A 2HNZA 1G15A 1NOYA 3AVKA 1IKXA 4FK2A 4IG0A 4Z4FA 3NGZA 2ZD1A 3ZSWA 4CEEA 4FYDA 1JLFA 4KHQA 1UAXA 4J2DA 1C0UA 4HVJA 2XRIA 3AVFA 3LP3A 2HHWA 1VSFA 2VG5A 5CYQA 4CEDA 1EXQA 1RTDA 5J1EA 4FJGA 1BISA 2GUIA 4ID1A 3L2VA 1HQUA 5KRSA 1VSMA 4UQGA 4KHUA 3PO4A 2YNIA 4CF0A 4F3OA 3O3FA 3AVNA 4CK3A 2G8IA 4M3YA 3LAKA 4DQSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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