3RWUA

Rb69 dna polymerase (y567a) ternary complex with datp opposite difluorotoluene nucleoside
Total Genus 328
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
328
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Hydrogen-Bonding Capability of a Templating Difluorotoluene Nucleotide Residue in an RB69 DNA Polymerase Ternary Complex.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DNA polymerase
molecule tags Transferase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 328
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-05-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3rwuA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3rwuA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3rwuA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3rwuA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3rwuA03
4FJGA 3DMJA 4QAGA 4CJWA 3ZT1A 4I2PA 1T05A 1HMVA 1KVBA 3C6TA 4BACA 1BGXT 3HL8A 1TAQA 3TARA 1D9DA 4W5OA 4CEFA 4FJKA 1EKEA 3NF6A 4H4MA 3PY8A 3MEEA 5CZ1A 2DY4A 4KHQA 1W9HA 3DRSA 3LAMA 3VQAA 3MEGA 3OYEA 3EY1A 4DTPA 4CFDA 4DFMA 1NJWA 4PWDA 4KTZA 3AVAA 3K59A 2DFFA 2E6LA 5HP1A 2A1RA 1NK9A 3DRRA 4E0DA 1TL1A 1BL3A 3HP9A 2QXFA 3MAQA 1O1WA 2P1JA 3SQ2A 1Q9YA 3K5LA 4DQQA 1BIZA 1RDAA 3QETA 3OYFA 3HM9A 4FJ9A 3HO1A 4B3OA 3SZ2A 2PYLA 4E7KA 4CJLA 4KAZA 1B9DA 3OYBA 3ASMA 1JXBA 3UIQA 4FJJA 1NJXA 4DU4A 3SYZA 2WONA 1RTIA 4AHRA 1KTQA 1SKSA 3RR8A 4GW6A 2HNDA 4CGGA 1L3SA 3OYAA 2HHXA 1C0UA 2D0CA 1DTTA 4LSLA 4N76A 2I5JA 1U45A 3QNNA 3V9ZA 5KI6A 3OJUA 1KVCA 1UA1A 3V1QA 1JXEA 1U47A 4Z4CA 4M3RA 1J9AA 1LV5A 2D0AA 3TAGA 2ZE2A 3L3UA 2QKKA 2PY5A 1NK6A 3VA3A 4FJ8A 3NGIA 4E89A 4CEOA 1XWLA 3SQ0A 3RMCA 2RN2A 4FK2A 1S1XA 4EP5A 3PV8A 1X9WA 2F8SA 1TAUA 4YFUA 1U48A 3SUQA 3O3FA 4HVJA 1S1UA 4KPYA 4LD0A 4LY7A 1TKZA 3ZSXA 2E6MA 1F21A 2EX3A 3T1AA 4BE0A 1NJZA 3L8BA 2HVHA 4JS5A 1IKVA 4M3WA 4BWJA 2P5OA 3VQ8A 1KVAA 5CY4A 2JGUA 3D45A 2G8WA 2FBYA 3VQPA 3QEXA 1S5JA 3IS9A 3SCXA 2KW4A 1VSMA 2P51A 3TAPA 2DFHA 3ITHA 4F4KA 3AA2A 3DOKA 4PUOA 1WAFA 1B9FA 4J2BA 3BGRA 4DLGA 1UWBA 4CF0A 3CFOA 3QEPA 1FK9A 4AHTA 5HRNA 4NYNA 3RTVA 4NCAA 3LWLA 4M3UA 1C1BA 3IRXA 4AHVA 4N41A 4KTWA 1XHZA 2XRIA 4CIEA 3DLHA 3JYTA 4DU3A 3B6PA 4Y1CA 4DF4A 4E1NA 4MQ3A 4B9SA 2BGGA 4M45A 3AVHA 3P83D 3L2RA 4ZTJA 2AJQA 3OS0A 1TKXA 3RR7A 1IO2A 4HHTA 3K57A 2KZMA 4B9UA 3CG7A 4FM2A 3AVBA 3E01A 5FRNA 1ITGA 1U4BA 4Y1DA 3VQEA 1FKPA 4B9TA 4DTSA 2HVIA 1EXQA 4B8AB 4HCBA 1T03A 3O3HA 3V9WA 1JLEA 3AVFA 4DLEA 3I8DA 1QS4A 4KKOA 4F2SA 1JLAA 2BANA 3NH1A 4B9NA 2KTQA 1S6PA 3ZSWA 4E3SA 2OPSA 1EETA 3OYHA 1I3AA 1SV5A 2HNYA 3SV3A 4CHZA 3I0RA 4HUEA 4O0IA 4KHNA 1RT6A 4FLXA 4HTUA 1L3VA 4FJLA 2GV9A 2YNFA 3TAQA 3OYJA 2R7YA 2FBXA 3EZ5A 4FJNA 2HNZA 4GVMA 1KSPA 3LZJA 1IKWA 4KO0A 4FLYA 3CM6A 3KLIA 1Z26A 3NGZA 2BDPA 4C8LA 4M42A 1RT3A 2X74A 4DSLA 2OZMA 1LWEA 3S9HA 5KGWA 4CJPA 4FCYA 4CHOA 2ETJA 4R5PA 4C8MA 4DQRA 4CK2A 4CFAA 3OYKA 3AVGA 1IH7A 3WNEA 4KHSA 3NCIA 1TKTA 1LW0A 1VSKA 3DLEA 3DOLA 4JS4A 1ZBFA 4OLBA 4JRPA 3SV4A 4DTJA 2OA8A 4KHWA 3P1GA 1R0AA 4FLWA 2Z1GA 4O55A 4CIGA 5J1EA 3G10A 1WAJA 3NAEA 3KIOA 3MXMA 4DTMA 3S3OA 4Q5VA 3AO3A 1VSFA 1JKHA 1ZBHA 2F8TA 5J2QA 1QSYA 2BE2A 3SNNA 3HPGA 4CJUA 3OJSA 4DQPA 1ASVA 1VK0A 3OYMA 1JL2A 4CJQA 1X1PA 4HCCA 4FZZA 5FROA 1VSEA 1FKOA 1C1AA 1KFDA 1IKYA 3FFIA 1S1VA 1CZBA 2P5GA 1JL1A 2G8VA 3AV9A 1TK0A 2YNGA 5I42A 2IC3A 1JLFA 3KLEA 4JRQA 2G8FA 4C8KA 1NK4A 4BWMA 2Y1JA 2YV0X 3L2QA 3TWHA 1W0HA 2HHVA 3C95A 3ZT3A 5DMRA 1Q8IA 4CGDA 1EX4A 1YTUA 1RDCA 4CJ3A 5HROA 3HJFA 3VQ6A 3L2WA 1X9SA 2LSNA 4C8OA 1DLOA 2VG5A 4CF8A 2W42A 4CJ4A 4Z4EA 5KGXA 3HT3A 5EU7A 5CYMA 4Z4IA 4OJRA 1A5XA 2VG7A 4CEDA 1J54A 2HHUA 1SKRA 3TAFA 1T8EA 1YT3A 4FK4A 1BI4A 3NF9A 4RW7A 4FJXA 1BIUA 4G1QA 4PY5A 2OYQA 3LP3A 1C6VA 4DQSA 1S1WA 1NK0A 4CGHA 2Y1IA 3QESA 5K14A 5J2NA 3AO2A 4DSJA 4DTNA 4DG1A 4W5QA 3F9KA 4N56A 4DF8A 1D8YA 4GMJB 4DS4A 3PX6A 4CF2A 4HUGA 1Z25A 1RBVA 4FJHA 2YKNA 1SL1A 3P5JA 3RRHA 3ZSZA 4CJVA 3OS2A 2B5JA 1JLBA 1TGOA 1CXUA 3QEWA 4M3TA 3OYGA 1UA0A 3C6UA 3CFPA 3IAYA 3QEVA 1UOCA 3DLGA 4EZ9A 3H08A 3KK1A 4KB1A 4B9LA 1QQCA 1SUQA 1HNIA 3DRPA 1HYVA 5J2MA 5CZ2A 1U04A 3ZSOA 4KFBA 3ISNC 1RDBA 1CLQA 3CFRA 2Z1HA 4CERA 4ID5A 4BDZA 3HXMA 4O5BA 4RW6A 1HPZA 2Z1JA 3PO4A 2HW3A 2B4JA 3TABA 4RW4A 1KLMA 3IG1A 1SL2A 4N5SA 3QNOA 2IOCA 3O4NA 3WNHA 4E1MA 3ZSVA 1HQEA 3M8QA 3VQCA 4E7JA 4CGIA 4DU1A 2DTUA 4CF1A 2RF2A 1CXQA 4DQIA 2WOMA 1G15A 1YVUA 1ZBLA 2B6AA 3LP1A 3VN5A 3NFAA 2YNHA 2ITGA 2ZQBA 2VG6A 3AVIA 4CHYA 3ULDA 4J2EA 3T19A 4PQUA 4B08A 5SZTA 4AH9A 5KRSA 3VQDA 1D5AA 2X6SA 3PUFA 1BCMA 3AVKA 5DK5A 1S9EA 3VQ4A 4DFJA 4JLHA 3LDSA 1VSIA 4FLUA 1S6QA 1GOCA 4LSNA 3HVTA 4OGEA 2G8UA 4DSIA 1JLGA 4FLVA 1VRTA 3S3MA 3OYCA 2QK9A 2VWJA 4K8ZA 3NGYA 1KFSA 2FBVA 1KRPA 4F3OA 4QCLA 1NKBA 4FZXC 4CHPA 2KQ2A 1BCOA 5HRRA 4CK1A 4OPKA 3HP6A 2G8HA 4CEAA 3V9XA 4B8CA 2IS3A 3SUPA 5D3GA 4LH5A 3T3FA 1VSHA 1KLNA 3PO5A 4B9VA 4F8RA 4W5NA 4MFBA 5HBMA 4EP4A 2G8KA 5J2PA 5C42A 3SJJA 2OZSA 2XY8A 1J53A 3AVNA 3MEDA 4CECA 1LAWA 1SKWA 2XY7A 1BHLA 1GOBA 1L5UA 1VRUA 3KKSA 4CFBA 4XIUA 1QE1A 3DLRA 4RG8A 2HHQA 4OVLA 1HYSA 4TSXA 3AA4A 3BDPA 4CJKA 2D5RA 2DFEA 3V4IA 2RKIA 3VQ9A 4IFVA 3L2UA 1RBTA 3LANA 1L3UA 3TR8A 4H4OA 3D0PA 1LWFA 1S1TA 2YHBA 1EP4A 3LZIA 4RW8A 2GBZA 4ELUA 2QKBA 4KRFA 3SQ1A 4N47A 4J2AA 1TV6A 2YNIA 4CESA 1RT5A 3K58A 1BI4B 1WSIA 4IDKA 4FXDA 1WSEA 4OGCA 2ATQA 3AVCA 3L3VA 2O4GA 4FYDA 4CJRA 4KTQA 4CF9A 3LPUA 2E4LA 3HSTB 3OYDA 3AA3A 3QIOA 4O0JA 3V1RA 4QOZB 1RDDA 4WE1A 2KFNA 3AA5X 1WNSA 1C0MA 2NUBA 2YHAA 4CCHA 3TI0A 1IG9A 3K5MA 4FJ7A 5HRPA 1REVA 3CM5A 3WNGA 3K5NA 1QSLA 4M3YA 2OPPA 3V1OA 3EYZA 4FJ5A 3G0ZA 2RPIA 4CJTA 3AVMA 2XY6A 1N6QA 1ZBUA 2FC0A 2IDOA 4FW1A 4O4GA 4IKFA 3KJVA 3HPHA 3LP2A 3MXJA 4F2RA 3MECA 4RW9A 4IG3A 1MU2A 4DTRA 1WSHA 3DLKA 4LH4A 3VQ5A 3SUNA 1SL0A 4FJMA 3U6FA 4DFPA 1NOYA 4FVMA 3AO5A 3QIPA 4FK0A 4DTOA 1VSDA 3DYAA 3OVNA 3VA0A 4NYFA 1LAVA 4IBNA 3V9SA 3I0SA 3OYLA 4E7LA 5C25A 1NJYA 1X9MA 4EZ6A 3JSMA 3HPOA 3TAEA 1WLJA 2XO7A 2X6NA 3NHGA 3CYMA 3NE6A 4E7IA 4I7FA 3HVRA 3V9UA 3LAKA 1NK7A 1IKXA 4M3XA 1HNVA 4B9MA 1RBRA 3VQBA 4FZYA 3AVLA 1TVRA 3L2VA 4ZTFA 1NOZA 1HRHA 1Y97A 3KK2A 2D0BA 4Z4GA 1C0TA 3LPTA 5I3UA 4OKKA 4UQGA 3HK2A 4CEQA 3KLHA 2KFZA 3K2PA 5KTQA 3QLHA 2HHWA 4E19A 2A1SA 4ICLA 4CEZA 3VQ7A 3KD5E 1HQUA 4KI6A 1RBUA 2Z1IA 4BDYA 4FLTA 2HMIA 4ELTA 2EHGA 3DM2A 3M8PA 4AHUA 2HB5A 1CZ9A 1ASUA 2JLEA 4OKEA 3B6OA 3HYFA 1RTHA 1BQMA 4OPJA 3K5OA 1JLCA 3ALYA 4I9LA 1RTJA 3PX0A 1JLQA 4KHUA 2Q3SA 1NKEA 3KKRA 2XHBA 1ZYQA 1RTDA 1D9FA 1HYZA 4F3TA 2F96A 1LWCA 1RNHA 1C1CA 1I39A 4IG0A 5JS2A 4KI4A 3ZSQA 1NKCA 4DTUA 3NDKA 3NF8A 3M8SA 4M3ZA 4KREA 3NF7A 3SPZA 4BE2A 4DFKA 4DSKA 4CGJA 5SWMA 1A5VA 3RMAA 1XI1A 4DWIA 1NK8A 1N5YA 4FW2A 1QHTA 1VSLA 4IFYA 4KB0A 4C8NA 1ASWA 4HUFA 5HLFA 4L8RB 4CK3A 4FM1A 1NK5A 3SQ4A 3LP0A 5JS1A 1XC9A 4CIFA 4Z4FA 1RBSA 2FBTA 3QINA 1TKDA 4CJEA 4OLAA 5HRSA 1UAXA 3KLGA 4NCBA 4CFCA 4AILC 3QO9A 5KRTA 3SI6A 3NH0A 1RT7A 3TAMA 1WSGA 4CJFA 1ZBIA 4ELVA 3O3GA 4J2DA 4I9QA 1GOAA 4I2QA 1HJRA 3ZSYA 4BDPA 2HHTA 3SUOA 1K6YA 1XHXA 5CYQA 4BE1A 4M41A 4CEBA 5T7BA 4CJ5A 4FM0A 3QEIA 2IAJA 1QSSA 4Q0BA 4OKJA 2KZZA 4YNQA 2PZSA 1WN7A 3RWUA 3DI6A 3OS1A 3SPYA 4CE9A 3OYIA 3PX4A 3AVJA 4FLZA 3S3NA 4CEEA 1J5OA 1T7PA 3KTQA 1RT4A 4KHYA 3NBPA 4O44A 3V81A 3LALA 1RILA 3RMDA 4E7HA 1WSJA 3CQ8A 4CHQA 3ZT0A 4DTXA 1DTQA 1RT2A 1S9GA 4Z0UA 3KD1E 4ZHRA 1BISA 3MXIA 1TK8A 4W5RA 3DLBA 2HHSA 4KV8A 1VSJA 3WNFA 2G8IA 2XY5A 4NCGA 4DS5A 1YTAA 4DSEA 2IGIA 4PA1A 3ZT4A 3M8RA 4FJIA 1Q9XA 5E41A 2PYJA 3RRGA 3KK3A 3A2FA 3ZT2A 2O4IA 3U3GA 4K8XA 1TK5A 1A5WA 2ZD1A 2OPRA 3OY9A 3VQQA 3O4QA 1KCFA 4CHNA 5C24A 3RMBA 2YKMA 4AHSA 3AO1A 1TL3A 3V6DA 1U49A 2VWKA 1WSFA 2X78A 1RT1A 3THVA 4ID1A 5FRMA 3C94A 4Z4HA 1RCHA 1FXXA 2OPQA 5FDLA 4DMNA 3KLFA 3U3YA 3NH2A 3AO4A 2GUIA 3ZSRA 3TANA 1B92A 4H8KA 4AHCA 4W5TA 1L3TA 3OYNA 4CJSA 3LWMA 1LW2A 1QTMA 4CGFA 1BQNA 3ZCMA 3QERA 3F73A 4DSFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1T05 A;  3N4Q A;  1TAQ A;  3W3D A;  3CCU N;  4CEF A;  4KHQ A;  4CBX A;  3VQA A;  3TSU A;  5BR8 K;  4O8U A;  3OYE A;  3EY1 A;  2O8E B;  3VES A;  2E6L A;  2A1R A;  4B3R K;  4CBU A;  3HP9 A;  3L0M A;  3T1Y K;  3GBT A;  2IVN A;  3C6H A;  4NXM K;  3ASM A;  3UIQ A;  4K0K K;  1KTQ A;  3E9O A;  2QWR A;  2HND A;  4CGG A;  1L3S A;  1C0U A;  1DTT A;  5FPD A;  3I8B A;  4Z94 A;  1UA1 A;  1SS6 A;  4Z4C A;  4B1V A;  2NNW A;  3QFU A;  2ZE2 A;  2RCU A;  1YI2 N;  2P1Q B;  4YHH K;  1S1X A;  3F73 A;  3O3F A;  1S1U A;  4KPY A;  4WF9 L;  1TKZ A;  4LFC K;  3P38 A;  4JS5 A;  2P5O A;  3VQ8 A;  3SLC A;  2WTU A;  2P9I B;  4BRN A;  4XH1 A;  2NLX A;  3D45 A;  4BRF A;  2FBY A;  3CCM N;  2UU9 K;  1NG9 A;  3HGK E;  1VSM A;  1EWQ A;  3TAP A;  4BG9 A;  2DFH A;  4EP9 A;  4F4K A;  4DV7 K;  1WBB A;  3AA2 A;  1B9F A;  3CFO A;  3WEE A;  4YOV A;  4AHV A;  3IRX A;  4KTW A;  4CIE A;  3DLH A;  4DF4 A;  4Y1C A;  3WXM B;  2Q1N A;  1OH8 A;  3I56 N;  2J4R A;  5M1O A;  3SBG A;  3P83 D;  3OS0 A;  2KZM A;  3M5R A;  1ZBS A;  1JCG A;  4B8A B; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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