3S9HA

Rb69 dna polymerase triple mutant(l561a/s565g/y567a) ternary complex with dupnpp and a dideoxy-terminated primer in the presence of ca2+
Total Genus 324
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
324
sequence length
903
structure length
903
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transferase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
publication title Structural Insights into Complete Metal Ion Coordination from Ternary Complexes of B Family RB69 DNA Polymerase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 5'-D(*TP*CP*AP*AP*GP*TP*AP*AP*GP*CP*AP*GP*TP*CP*CP*GP*CP*G)-
total genus 324
structure length 903
sequence length 903
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-06-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3s9hA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3s9hA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3s9hA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3s9hA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3s9hA03
1WAJA 5KGWA 4DF8A 1IKVA 1VSEA 2G8IA 3ZSZA 1TAQA 4OKKA 4FJXA 3VQEA 3ZSQA 4AHTA 3OYMA 3B6OA 4CESA 4CFBA 1JL1A 4CE9A 2HW3A 3QERA 4QCLA 3NE6A 1HQEA 2BE2A 4I7FA 4CEOA 4FYDA 5HRNA 4BDPA 1NK5A 4IBNA 1TKTA 4Q5VA 3L2UA 4IG3A 3ASMA 1FKOA 4CGHA 1MU2A 3LZJA 4FJNA 4CHQA 4XIUA 1SL2A 1C6VA 1TL3A 4ICLA 4CJ4A 3EYZA 4AILC 5SWMA 4C8MA 3KD1E 4CHNA 1I3AA 4KO0A 4DTRA 4O55A 5KRSA 3V9XA 4B9VA 1D9FA 1TVRA 4KI6A 4DFMA 1WLJA 3OS2A 4F4KA 3OYAA 4F3TA 3HM9A 1JLGA 3RRHA 2KQ2A 3T3FA 3TANA 4ZTJA 3DMJA 4NCBA 1BI4A 3ZT2A 1LW0A 4DQIA 4FZYA 4CF9A 4E19A 3ZT3A 4FVMA 1JLCA 3AVLA 3QESA 1NK8A 1S1UA 5HRSA 2XY6A 1RT7A 4DTNA 3NH0A 2ZD1A 3HVRA 5C25A 2HHSA 3RMCA 5D3GA 2P5OA 1NKCA 1NJZA 4C8KA 1N6QA 3AVIA 4CFAA 3LAKA 1F21A 1GOAA 4ELUA 2QKBA 2PY5A 3NBPA 1U47A 3MXIA 3OVNA 1W9HA 3K59A 3SYZA 1X9MA 3KKSA 2HMIA 3HP9A 3OJSA 4F3OA 4R5PA 1NK0A 3HYFA 1WAFA 3ALYA 1Q9YA 2KTQA 1SKWA 2X6SA 3TI0A 1ASVA 4LH5A 1UWBA 3F73A 3SCXA 2GBZA 5CYQA 1S6QA 2D0AA 1W0HA 4BDYA 1QSLA 2EX3A 1EXQA 2WONA 4I2QA 4FLUA 5K14A 3SI6A 1YTAA 4KTWA 3OYLA 4HTUA 3SPZA 1IKYA 1EP4A 5C42A 4EP4A 2HHQA 1LAVA 4CF8A 1ASUA 2A1SA 4KFBA 3OYDA 1HRHA 3LP0A 3QETA 3DI6A 4ZTFA 3KTQA 3RMDA 3IS9A 3JSMA 4M3WA 1IKWA 3WNGA 1VSIA 4QOZB 3IRXA 3NF7A 4CF2A 3OYCA 4J2AA 2IOCA 5FROA 2DFHA 3LWLA 4E7KA 3ISNC 1X9WA 2GV9A 3KLFA 2G8WA 4CJQA 4B9SA 4ELVA 3L2VA 4M3UA 3V9UA 1ZBHA 5E41A 3OYHA 2E6LA 4FJMA 2IGIA 4KHYA 3AVHA 3LP3A 3VQ8A 3K5LA 1TK0A 4N5SA 2XRIA 1A5WA 2IAJA 3H08A 3NFAA 3V1OA 1TK8A 1Z25A 1JLFA 1JXBA 4Z4GA 4OVLA 1JLAA 1R0AA 3AVJA 3LDSA 2G8FA 1KCFA 2F8SA 2ITGA 2HHTA 4EZ6A 3NAEA 1RBSA 3DYAA 3VN5A 4DG1A 4JRPA 4HUEA 1NKEA 4IFVA 3ZCMA 1J5OA 2R7YA 1WSJA 3O3HA 1BIZA 1T8EA 1VK0A 4CFCA 1KTQA 1DLOA 3OS1A 3SJJA 1TGOA 3NF9A 3CM5A 3P1GA 2ETJA 4E89A 4GVMA 1IO2A 1BI4B 1WSIA 4DSFA 1N5YA 1ITGA 3MXJA 3OYJA 2XO7A 3S3MA 1KLMA 4FK4A 1QE1A 1S1WA 2BANA 3OYFA 1NJWA 2VWKA 1VSDA 2HB5A 3PX6A 1NJYA 1B9DA 5CZ2A 3U6FA 5KI6A 3NF6A 4E7IA 1RTDA 1S1VA 3I0SA 3VQQA 4ID1A 3CM6A 1S9EA 4CIGA 4CJ5A 4DU1A 1RDCA 3DRRA 3HPGA 4KI4A 3QINA 3L8BA 3AVNA 4OKJA 2HNDA 1RDBA 1C1BA 4RW7A 3OJUA 5JS1A 4K8XA 4KV8A 3TAEA 4KB0A 4BWMA 4NYFA 1RBTA 3RWUA 4CJVA 4FJ5A 3KLHA 4W5TA 4JRQA 3MEDA 1KRPA 2WOMA 3K2PA 4CJEA 4TSXA 2OA8A 1L3UA 4FM2A 2YNFA 1LAWA 2IC3A 1XI1A 1DTQA 3AVBA 4J2BA 3OYBA 1SL0A 4WE1A 1HQUA 3NHGA 1UOCA 3D45A 4IDKA 4CEDA 4N56A 5C24A 4CGDA 4W5RA 1U45A 4CK1A 3HPHA 4FW1A 3PO4A 3CFRA 4NCAA 4C8LA 5KRTA 3AVAA 3M8QA 4DLEA 5I3UA 1RTJA 3KK1A 5FRMA 5DK5A 3NH1A 4BE2A 3EZ5A 4HVJA 1BQNA 4CGJA 2B5JA 1VRUA 1NK7A 1FK9A 2YV0X 4FJGA 1BGXT 5KGXA 3PV8A 4HHTA 1SL1A 2EHGA 4RW9A 4LD0A 3ZSOA 2YNIA 3O3FA 4IFYA 4DQQA 3KK3A 4HCBA 1RNHA 2FC0A 5CYMA 3PY8A 4M3ZA 1Y97A 2LSNA 4DLGA 3VQDA 3V9ZA 2JLEA 1VSJA 1Z26A 1J53A 3VQ5A 3O4QA 1RTIA 3AO2A 2PZSA 1WSFA 3AO5A 3QEIA 5J1EA 4FLZA 4DFJA 4CHZA 3K5MA 2Y1JA 3L3UA 4L8RB 3DLEA 1T7PA 3SUQA 3VQ6A 4CF1A 1G15A 3L3VA 4OJRA 3DLBA 4CF0A 2I5JA 3QLHA 3ZT1A 4W5QA 3T19A 3K58A 3TWHA 1X1PA 4FLTA 3TARA 4CK2A 4CECA 3OYIA 4ZHRA 5HROA 4JS4A 4CFDA 1Q8IA 4FLXA 4BACA 4M3TA 4DU4A 3L2QA 3LWMA 3CG7A 4CEQA 3V9SA 3MEEA 3QNNA 4OGEA 1NK4A 1RBUA 3O3GA 1KVAA 2VG7A 3LPUA 4QAGA 1SKSA 1CXUA 1L3VA 3V81A 4RG8A 2D0BA 1JL2A 1D5AA 4O4GA 1UA0A 2FBTA 3CYMA 3VQAA 4KRFA 4DTSA 4KHSA 1ZBIA 1SUQA 4Y1DA 3S3OA 3SUPA 3HP6A 3SQ1A 3ITHA 4Y1CA 4AH9A 2HHVA 2HVHA 4M42A 4DSIA 4PUOA 1S6PA 1K6YA 4EP5A 4CJTA 3ULDA 3VQ9A 3DRPA 3PX4A 1NJXA 1IKXA 4F2RA 4FZZA 5J2QA 3DRSA 1HNVA 3C95A 2FBYA 4FJHA 5HP1A 1XC9A 2QKKA 1B9FA 1HMVA 3AVFA 3VQPA 3CFPA 1RT4A 1NOYA 1YT3A 2X6NA 4NYNA 3NCIA 4CHPA 2KZMA 3VA3A 4N41A 4FJKA 4KTQA 3AVGA 3FFIA 5HRRA 4M41A 2JGUA 2KW4A 2BGGA 4DWIA 3T1AA 4Z4IA 4DFKA 4C8OA 4DTPA 4FW2A 3HXMA 1HPZA 2E6MA 2NUBA 3QIPA 4FLYA 4CEBA 4MQ3A 4FLVA 3SUNA 1WN7A 3VA0A 3MECA 5HRPA 1C0MA 3KIOA 1Q9XA 4H4OA 3LP1A 4M45A 2F96A 4M3YA 4YNQA 3AA3A 1RTHA 4CJSA 1RCHA 2HNYA 4CJ3A 2Z1IA 3VQBA 4W5OA 3OYGA 2ATQA 4DTUA 1RBRA 4FJ7A 3S3NA 3OY9A 1LWFA 1HNIA 4IG0A 4KHWA 4IKFA 3NGYA 5T7BA 3NF8A 4DMNA 2KFNA 1BISA 1BCMA 3MEGA 4Z0UA 3O4NA 2YHAA 1X9SA 2BDPA 4CHYA 3I0RA 4E3SA 1ZBUA 3I8DA 1VSFA 4E7LA 2X78A 3DLKA 4HUFA 4DQRA 4CIFA 3HT3A 1QSYA 4E1MA 2HHXA 2YKNA 4HCCA 4CK3A 1HYVA 4AHVA 3HPOA 4CERA 5CY4A 3TAQA 1D8YA 4B9TA 4CCHA 3KD5E 2OPRA 1NOZA 1JLQA 2RN2A 4BE0A 3VQ7A 3TAPA 1YTUA 4B3OA 1QTMA 2YNHA 3DLHA 4W5NA 3THVA 1BCOA 4DTXA 1LWEA 1VSHA 4LY7A 1RT2A 5J2MA 4DSKA 4DS5A 3QIOA 3L2RA 4CJLA 4CGFA 1WSHA 3F9KA 1BHLA 4N76A 4KHNA 2E4LA 4RW8A 3OS0A 3AO3A 1YVUA 4BWJA 2XY5A 1GOBA 4C8NA 1QQCA 4B9MA 1HYSA 1EETA 3NDKA 4FJJA 1S1TA 2FBXA 1RILA 4DTOA 3KLIA 5EU7A 1REVA 3CFOA 4H8KA 4J2DA 3HO1A 5CZ1A 3VQ4A 3V9WA 4KKOA 4CGIA 2DFEA 4B8AB 3QNOA 5FRNA 1LV5A 2B6AA 4FLWA 1TL1A 2IDOA 1RBVA 4FK2A 1RT6A 1IG9A 2G8UA 1U4BA 3C6UA 4GW6A 3SUOA 2F8TA 1KVBA 3E01A 1RT5A 1LW2A 3ZSVA 3MAQA 3D0PA 3AVMA 3AO1A 3SV3A 3BGRA 3SNNA 2QXFA 2XHBA 1XWLA 4DFPA 5JS2A 4CGGA 3RMAA 4CJWA 1C1CA 3WNEA 2OPQA 4KPYA 4CJRA 2QK9A 4PQUA 1L3SA 2Z1HA 2YNGA 4O0JA 4CJFA 1JKHA 3ZT0A 3V4IA 4JLHA 1T05A 1TKDA 4MFBA 2O4IA 4CEZA 3IAYA 3M8PA 3WNHA 3QEWA 2OZSA 4E0DA 2RF2A 1C0UA 4F8RA 1TV6A 4CHOA 4CEEA 3MXMA 2G8KA 3HVTA 4O5BA 2D0CA 2Z1GA 2DFFA 3AA5X 1GOCA 3RMBA 1RT1A 2RKIA 2Q3SA 5DMRA 4CIEA 3SQ0A 1VSLA 1J9AA 3ZSWA 3M8SA 3KJVA 3S9HA 1BL3A 3LANA 3G0ZA 4Q0BA 3RRGA 1IH7A 4G1QA 4RW4A 3BDPA 1ZBFA 3RR7A 4EZ9A 4FJ9A 4OLBA 4FJLA 3LAMA 2G8VA 2HVIA 4CJUA 3QEXA 1RT3A 1WSEA 3G10A 4AHRA 3M8RA 3LALA 3B6PA 4DSEA 1BIUA 1WSGA 3LPTA 2YKMA 4OKEA 2OZMA 4KHUA 4FM0A 1TKXA 1VSMA 3SQ4A 3VQCA 4NCGA 2D5RA 1ZYQA 1XHZA 3HJFA 4OGCA 1UAXA 3SQ2A 4YFUA 5KTQA 3AA2A 2ZQBA 1ZBLA 2P5GA 2HHUA 2OPPA 1U49A 1KFDA 1CLQA 1NK6A 2AJQA 4LSNA 3DLGA 1D9DA 3C94A 1B92A 4CJKA 3U3GA 4B9UA 2DTUA 2O4GA 1WNSA 2PYLA 2W42A 4B9LA 5I42A 3ZT4A 4E7JA 4ELTA 2RPIA 2VG5A 4AHSA 3OYKA 4DSLA 2PYJA 1ASWA 1KLNA 4CJPA 1CZ9A 2OYQA 1CZBA 3V1RA 4AHUA 4J2EA 3NGZA 1JLBA 1RDAA 3PX0A 1SKRA 3AA4A 5SZTA 4FK0A 4UQGA 1CXQA 2OPSA 3C6TA 4BDZA 1QSSA 1LWCA 3AVKA 1C0TA 1A5VA 3IG1A 3SV4A 1U04A 1EKEA 2VWJA 3TAGA 1RDDA 2P51A 3HL8A 4K8ZA 3UIQA 3LZIA 4I9LA 1A5XA 3DOKA 1U48A 2ZE2A 1KSPA 5J2PA 1O1WA 3A2FA 1L5UA 4DF4A 4F2SA 1SV5A 4FXDA 3QEPA 1NK9A 1VRTA 3AV9A 2FBVA 3HSTB 1NKBA 4DU3A 2IS3A 3HK2A 3JYTA 4KAZA 2YHBA 3RR8A 1S1XA 4E1NA 4I2PA 1L3TA 5FDLA 2KFZA 1QHTA 3P83D 2B4JA 3CQ8A 2DY4A 2X74A 4B8CA 4FZXC 3NH2A 3K5NA 3PUFA 4GMJB 4JS5A 4Z4HA 2Y1IA 1QS4A 3KLGA 4DS4A 4ID5A 4LH4A 4B9NA 4CEAA 3TABA 2VG6A 3K5OA 4PA1A 2XY7A 3PO5A 3TR8A 4Z4EA 4AHCA 3ZSXA 1TK5A 4FJ8A 1XHXA 4O44A 4E7HA 1TAUA 3ZSRA 4BE1A 1VSKA 3WNFA 3TAMA 3L2WA 4OPJA 1DTTA 2HHWA 3KKRA 2HNZA 3DOLA 1I39A 3SZ2A 3RTVA 1BQMA 1FKPA 4O0IA 3K57A 2Z1JA 4CEFA 1T03A 1FXXA 4B08A 5J2NA 5HLFA 1S5JA 3OYEA 4PWDA 2XY8A 4RW6A 3KLEA 1J54A 4KHQA 4OPKA 4PY5A 4DSJA 4FM1A 4H4MA 3DLRA 3SPYA 4Z4CA 3QO9A 1HJRA 3P5JA 1EX4A 4I9QA 3AVCA 3NGIA 3EY1A 4M3RA 4N47A 4Z4FA 3KK2A 2P1JA 4HUGA 1C1AA 4DQPA 1HYZA 3ZSYA 5HBMA 4LSLA 4DQSA 1UA1A 3OYNA 2KZZA 3U3YA 3TAFA 4KTZA 1JXEA 1TKZA 4OLAA 3AO4A 3V1QA 3QEVA 1KFSA 3DM2A 2GUIA 4KREA 4FCYA 4M3XA 4DTJA 2A1RA 3LP2A 1JLEA 3V6DA 1S9GA 4FJIA 2G8HA 1KVCA 4DTMA 4KB1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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5AQGA 3TU5A 3N1EA 4NYFA 3KLHA 4W5TA 4YORA 3E4WA 2GUPA 2RKHA 2WOMA 1KRPA 4BRMA 4DV1K 4FM2A 1DTQA 4H5NA 3OYBA 1HQUA 2K5SA 3NHGA 1UOCA 4KH4A 1VQKN 4CEDA 4W5RA 4CK1A 3HPHA 3THYA 4A61A 4DLEA 5M1QA 5ADXA 3NH1A 5C0YA 3VENA 1C0FA 3KVGA 3PV8A 2EHGA 2YNIA 5AQVA 4BRKA 3OHRA 4HCBA 5GAEP 2FC0A 4GNIA 2LSNA 4YDUA 3E9PA 2RE2A 3EN9A 4B3SK 3O4QA 4DV0K 2W41A 4FWNA 5AR0A 4GKJK 4DFJA 1Q18A 4B1UB 4DQ8A 3L3UA 2O8BA 3ZETA 3SUQA 2KHOA 1G15A 5KQ8A 4CF0A 2I5JA 4KH5A 2VCPA 5HROA 4ZHRA 3CCLN 4JS4A 2LF3A 1H1VA 2QWOA 3O9SA 1NGCA 4M3TA 4BACA 3V9SA 3SJHA 1HR0K 3T7ZA 1RBUA 1KVAA 3LPUA 4JKEA 4BR4A 3J7YP 2D0BA 4DTSA 4KHSA 1ZBIA 4FSVA 4Y1DA 3WEEB 3CMAN 2FYOA 4M7YA 4DV6K 4PUOA 4EP5A 3MKSB 2ITMA 3ULDA 3DRPA 3PX4A 4F2RA 1HNVA 2DEBA 1HMVA 3H45C 4LF7K 2KZMA 3NCIA 3O9TA 4N41A 4FJKA 3N4QA 3FFIA 5HRRA 4KTQA 4DWIA 4Z4IA 1YVNA 3HXMA 1HPZA 2OANA 3P31A 3THYB 3SUNA 4JV5K 3MECA 2OTJN 4BRDA 3KIOA 3HOTA 4M3YA 3NVMA 3AA3A 5AFUA 3WXMB 4BVOA 4W5OA 1VQMN 3AY9A 3N4PA 3ZX0A 4FJ7A 1LWFA 1HNIA 4IKFA 3NGYA 3NF8A 4DMNA 3R3LA 4Z0UA 1X9SA 1EWRA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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