3S9HA

Rb69 dna polymerase triple mutant(l561a/s565g/y567a) ternary complex with dupnpp and a dideoxy-terminated primer in the presence of ca2+
Total Genus 324
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
324
sequence length
903
structure length
903
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural Insights into Complete Metal Ion Coordination from Ternary Complexes of B Family RB69 DNA Polymerase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 5'-D(*TP*CP*AP*AP*GP*TP*AP*AP*GP*CP*AP*GP*TP*CP*CP*GP*CP*G)-
molecule tags Transferase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 324
structure length 903
sequence length 903
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-06-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3s9hA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3s9hA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3s9hA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3s9hA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3s9hA03
3SI6A 4CF2A 3V9XA 3HM9A 1GOBA 3VQEA 4O55A 4KHSA 4OJRA 1NK6A 4HTUA 3SQ0A 2W42A 4DFMA 2PY5A 1JLEA 4M3UA 1Z25A 4AH9A 3NE6A 5JS1A 3QEIA 4CESA 2ZD1A 2X74A 1DTQA 3PX6A 4C8KA 3V1QA 4B9SA 5J2PA 1A5WA 1S6QA 1LAVA 3S3NA 1HNIA 1ZBFA 4F3OA 2OZMA 2IDOA 1ZBUA 3HVTA 1J9AA 3MEDA 1TV6A 3MXMA 1EXQA 5I3UA 4G1QA 5KI6A 3NH1A 4GVMA 3K2PA 3IAYA 3SPZA 3AO4A 3LAKA 3ZSOA 3MXJA 3HPGA 3P1GA 1KRPA 1HQUA 1BCMA 5E41A 3ZSRA 3F9KA 3G0ZA 4CJFA 4DQQA 3G10A 3TAGA 3I0SA 2VG7A 3QO9A 3OYFA 3O4QA 4M41A 1Y97A 3E01A 3VQ6A 2HNYA 1Q9YA 4O44A 3L2RA 2G8FA 3NAEA 5KGWA 3ZT0A 1XHZA 3JSMA 4CJQA 2FC0A 3AVBA 1VSEA 3EYZA 3AVMA 4CIFA 1D9DA 4CJPA 3VA0A 3T3FA 2FBYA 3V81A 3RMAA 2GUIA 2KTQA 4DS5A 3AO1A 3AVJA 3IRXA 2BANA 3T19A 1NK9A 2G8UA 2KFZA 1JLQA 4CGFA 3NH0A 1RBUA 3K59A 2HHSA 1KLNA 4CHOA 3KK3A 4O0IA 3K5MA 1SKRA 4CJRA 4RW9A 3WNEA 4CCHA 3C95A 4Z4HA 4M3WA 5FRMA 1YTUA 3PX4A 2IGIA 3I8DA 1L3SA 2PYJA 4QOZB 2YKMA 4E19A 4OPJA 2G8HA 1RCHA 3H08A 1VSKA 4FJXA 1C0MA 1TAUA 1ITGA 4FK4A 1U04A 4B8AB 1VSLA 1RNHA 4C8NA 2DFFA 3OJUA 4KPYA 4CJ4A 1BI4A 1B9DA 1FKPA 4H4OA 2HVHA 4CIEA 2Z1JA 2KQ2A 4DTOA 4ZHRA 1U48A 1C6VA 2YHBA 3ZCMA 3NGZA 5FRNA 4O5BA 5HP1A 5EU7A 4HCBA 4GMJB 5D3GA 2X6SA 3AVIA 3ZT1A 3RR7A 3RTVA 4QAGA 4CGIA 1ASVA 1BISA 4DTPA 1X1PA 3DMJA 3HSTB 4HVJA 3O3GA 1VSHA 3LWLA 1LAWA 3OS1A 5K14A 4AHUA 4DQSA 4DQPA 1CZBA 3QEWA 3SPYA 3O3HA 3KK1A 1CXUA 4OLAA 4O4GA 4CEAA 4CECA 4F2RA 1TGOA 4CJSA 4DSJA 1RT4A 2ZE2A 4KHQA 3NF7A 4FJNA 2DFEA 3MEGA 3TR8A 1JL1A 1HRHA 1HPZA 5HROA 2R7YA 3O3FA 2P51A 4FLUA 3HPHA 1TKXA 2G8VA 4CEFA 4CGHA 4I7FA 4KO0A 2G8KA 3RR8A 3OYEA 3WNFA 4F4KA 1L3UA 2D5RA 2YNFA 4FLYA 1RTHA 4FM1A 3KIOA 4DF4A 1JL2A 1EP4A 3OS2A 1BIZA 3TAQA 4HUEA 2AJQA 4KTZA 4CERA 2XY5A 4AHSA 3HYFA 4PUOA 2KFNA 1NOYA 3NCIA 2RN2A 1NK5A 4CFBA 4DSLA 1J54A 3D45A 3B6OA 1J53A 3VQQA 4E7IA 4ELTA 4IDKA 3L2WA 4HCCA 3V6DA 1HYVA 1TL1A 4IFYA 4CE9A 5KTQA 3OYDA 4Z4GA 3THVA 1Q8IA 4DU3A 1U47A 4M42A 3C6TA 3VQDA 3KLEA 1B92A 4QCLA 4KAZA 3SV3A 4CGDA 4KV8A 4E1NA 5C25A 1RT2A 3OYHA 4JS5A 2KZZA 2A1RA 1WSHA 1VSFA 4CEBA 3DLEA 4FW1A 1TKDA 3PO4A 4FK2A 4BWJA 4Z4EA 2HNZA 4FLXA 1WN7A 3AVHA 4KI4A 3HP9A 1Z26A 4CF0A 1YT3A 1D8YA 1YTAA 4CEDA 3AVNA 4KHYA 5I42A 3BGRA 2VG6A 2HHWA 3PX0A 4DQIA 3B6PA 4FLTA 4DFJA 3ITHA 4E7JA 4B9LA 3WNGA 3AVGA 4Q5VA 3ALYA 3NF6A 4DFKA 5CYMA 3NF8A 4AHTA 1R0AA 3BDPA 4DU4A 2E6MA 1JLCA 5HBMA 3ISNC 1UWBA 3HVRA 1Q9XA 4AHCA 3DM2A 3OYMA 4HHTA 1RDDA 2FBXA 3TAMA 4FZXC 4CEZA 4CK2A 3ZT2A 1RT6A 4FVMA 4CFAA 2OZSA 1JXBA 5KRTA 2B4JA 4KHUA 2Y1JA 1NJZA 1SL1A 2HHQA 3QESA 1T05A 3SUPA 3HT3A 1JLFA 4FXDA 3NF9A 3VQ5A 1EX4A 4CK1A 1RT7A 4CGGA 3QERA 3ASMA 1O1WA 4KHNA 3NFAA 5KGXA 5DK5A 2VWJA 4Z0UA 4EP5A 3M8SA 4HUGA 1BI4B 3KLIA 1SKSA 1NKCA 4CGJA 4NCAA 1NK8A 1L3VA 2F8TA 4CJTA 1LV5A 2RKIA 3VQAA 3OYIA 2OYQA 3K5LA 5J1EA 3NDKA 3AVKA 3OYNA 1RT3A 2HHUA 4F8RA 3SQ4A 4CHYA 4CHQA 3V9SA 1S9EA 4ELUA 1B9FA 2F96A 4OGEA 4J2EA 3L3UA 4W5QA 3K5NA 3NGYA 2YNIA 4BWMA 1KVAA 4RW6A 3U3GA 3QNOA 3QIPA 1XC9A 1TK8A 1UOCA 2D0BA 2HB5A 1NJYA 4B8CA 3QEVA 1RILA 3SV4A 4LH5A 4DSIA 4XIUA 4DLGA 3AA5X 2XY6A 1JXEA 3CM6A 4ID1A 2D0CA 4CHNA 1EETA 4CJKA 4UQGA 1KTQA 4B3OA 4MFBA 1FXXA 2ZQBA 4KTQA 1VRUA 3AA2A 4KKOA 5J2NA 1ZBHA 5HLFA 3M8PA 3QEPA 2HHTA 4FLWA 1LWCA 3DRSA 1VSDA 2QXFA 5FROA 1KVBA 4MQ3A 4I9QA 1RT1A 3OYGA 4M3RA 4EP4A 3O4NA 4DQRA 4LSNA 5C24A 5C42A 1SL2A 1VSMA 3QEXA 4Y1DA 2OPRA 2PYLA 4FJKA 3OY9A 3KJVA 3L2VA 1XHXA 1TKZA 3CQ8A 1T7PA 2EHGA 3TWHA 3S9HA 4Q0BA 1QSLA 3NGIA 1REVA 3KD5E 3ZT3A 4CF9A 4FJ7A 3SUOA 3VQ7A 3VQ8A 4B9MA 1WAFA 4J2AA 2P5OA 4F3TA 1FK9A 1NJWA 1QE1A 2QKBA 3P5JA 4ICLA 2YKNA 1EKEA 4W5RA 2O4GA 3AV9A 1KSPA 3SNNA 1WSGA 5SWMA 3TANA 3M8QA 1RTIA 3VA3A 3DLRA 2OPSA 1ASWA 2DY4A 3V9WA 1A5VA 1BL3A 4CJLA 1HYZA 2HMIA 3KLHA 1YVUA 4DTXA 1TKTA 1RTJA 1RDCA 5T7BA 1T8EA 4FJIA 3VN5A 3CFOA 3AA3A 4BACA 4FLVA 3V4IA 2G8IA 1IKVA 5HRRA 3QIOA 4DTMA 3VQ4A 1BGXT 3OYKA 3CYMA 4BDZA 2OA8A 3DLBA 3L8BA 3HO1A 1HYSA 1BQNA 2Z1IA 3AO2A 2P5GA 2B5JA 4FLZA 2FBVA 3ULDA 1UA1A 1S1WA 3SQ1A 4NCBA 1RBTA 1VSJA 1S5JA 4Z4IA 3AVLA 4JS4A 1WAJA 1S1UA 2EX3A 3RMBA 1T03A 4BE2A 3CM5A 3S3OA 1X9SA 1RBVA 3IS9A 4B9TA 1L5UA 4AILC 3ZSYA 3NH2A 1LWFA 4Z4CA 1QTMA 1D5AA 1S6PA 3QINA 4FJ5A 4LY7A 1BHLA 1VK0A 2ETJA 4C8LA 3TABA 4FM2A 1JLAA 2IOCA 4RW4A 5DMRA 4NYNA 4KHWA 2XY7A 3K5OA 4IKFA 3LDSA 5CZ2A 4HUFA 3I0RA 1WSJA 3UIQA 4ELVA 3QNNA 2BGGA 4BDYA 3RRHA 4TSXA 2Y1IA 3K57A 1J5OA 3OVNA 3NBPA 3VQ9A 3OS0A 4PQUA 3LP3A 1CLQA 4KRFA 3OYCA 3S3MA 4KB1A 3ZSQA 4CIGA 2YNGA 5CYQA 1L3TA 1HMVA 3P83D 4FZYA 1QSYA 4Z4FA 1BIUA 4FJGA 4E7KA 3L2UA 4CF8A 2D0AA 1K6YA 1U45A 3C6UA 4DF8A 4LD0A 1NK0A 1VSIA 1IKYA 2NUBA 4GW6A 4R5PA 3DI6A 1RDAA 3KLGA 4M3YA 1SV5A 4B9VA 2FBTA 3CFPA 4ZTJA 4DTNA 4FJJA 1FKOA 2PZSA 4DSEA 1G15A 1RDBA 3PUFA 4FJMA 1TK5A 4C8OA 3TARA 3AVAA 4BE0A 4I9LA 1LW0A 2RF2A 4CJEA 1C1AA 3SZ2A 4FYDA 2E4LA 4FJLA 2XY8A 3CG7A 4IBNA 3DLHA 1TAQA 4DLEA 4KFBA 1GOCA 3LANA 1X9WA 4CJVA 4N41A 3SYZA 2BDPA 2Z1GA 4CF1A 4L8RB 1C1CA 2XRIA 3ZSZA 1D9FA 5FDLA 1WSIA 4AHVA 1I39A 5HRSA 4CJ5A 1S1TA 4FW2A 4CEQA 1RBSA 3V1OA 5HRNA 3DRRA 2IAJA 3TAFA 2OPPA 3QLHA 1WLJA 4CHZA 3TI0A 2GV9A 4M3ZA 3AA4A 4CJUA 1QSSA 3MAQA 4DS4A 3RMCA 3SUQA 3A2FA 4DFPA 4DWIA 1U4BA 3LAMA 1KLMA 4F2SA 2YNHA 3HXMA 4N5SA 1GOAA 1N5YA 3D0PA 4H4MA 1QS4A 4J2BA 4OVLA 3PY8A 3RMDA 1LWEA 3SJJA 1RT5A 1W9HA 4CJ3A 1XI1A 3U6FA 3KK2A 3AO3A 2YV0X 2E6LA 3V1RA 4I2PA 1NKEA 4FJ8A 3QETA 3DLGA 2ATQA 1C0UA 2JLEA 4H8KA 3VQBA 3KKSA 3C94A 1KCFA 1ZBIA 2X78A 4I2QA 4M3XA 3PO5A 1SL0A 4E0DA 1C1BA 1KFDA 3ZSXA 4JRQA 1ASUA 2RPIA 4CHPA 1SKWA 1LW2A 2GBZA 4W5NA 3F73A 1DLOA 2IC3A 4RW8A 2O4IA 3MXIA 2Q3SA 5KRSA 3JYTA 4E89A 3DLKA 2JGUA 4E3SA 4LH4A 5HRPA 4YNQA 3K58A 1S9GA 4NCGA 4EZ6A 3LP1A 3T1AA 2HVIA 4C8MA 4CEOA 1HQEA 4Y1CA 4JLHA 4DTRA 4CFCA 2I5JA 3NHGA 3OJSA 3AO5A 4DSKA 3OYLA 2HHXA 4E7HA 4B08A 3KLFA 1I3AA 3FFIA 3OYBA 2X6NA 4CK3A 1HNVA 2KW4A 5CY4A 1IKXA 3ZT4A 1VRTA 4FCYA 1X9MA 3HPOA 1NOZA 2Z1HA 2XO7A 1IG9A 1W0HA 4OKEA 4DU1A 4YFUA 1NJXA 4RW7A 4OPKA 4ID5A 4O0JA 4JRPA 2G8WA 2DFHA 3HJFA 2BE2A 2HHVA 4DSFA 4OLBA 3V9UA 2HNDA 4IG3A 3LWMA 3PV8A 3KKRA 2XHBA 4LSLA 4CEEA 1QHTA 2YHAA 4KB0A 2IS3A 3IG1A 1U49A 4BE1A 1CZ9A 3MECA 4WE1A 3DYAA 5JS2A 2QKKA 4KTWA 1NK7A 4K8XA 1S1XA 3U3YA 4PWDA 2F8SA 4B9UA 5SZTA 1DTTA 4DTUA 3ZSWA 3HK2A 3OYJA 2KZMA 4E7LA 1TVRA 4K8ZA 4DMNA 4EZ9A 4B9NA 3LP2A 1NKBA 1WSEA 3EZ5A 1MU2A 4FM0A 1JKHA 1TK0A 3HP6A 3SUNA 3V9ZA 4M45A 4KI6A 1UAXA 4J2DA 1F21A 1RBRA 5J2MA 3LZJA 2P1JA 3LPTA 1KVCA 3VQCA 3TAPA 1KFSA 2WOMA 4KREA 4W5TA 4N56A 2QK9A 3LPUA 3EY1A 1IKWA 4FZZA 4CJWA 3ZSVA 2WONA 4CFDA 1WNSA 4OKJA 4IFVA 4RG8A 4DTSA 4FK0A 1QQCA 1WSFA 3WNHA 2B6AA 3LALA 4OGCA 1TL3A 1ZBLA 5J2QA 3LZIA 4OKKA 3TAEA 1BQMA 2A1SA 2VWKA 3AVCA 1N6QA 4N47A 3RRGA 2HW3A 2LSNA 4W5OA 1CXQA 4FJ9A 1XWLA 1BCOA 3OYAA 3KD1E 1SUQA 4IG0A 2DTUA 2ITGA 4DG1A 1RTDA 3KTQA 4BDPA 3DOLA 4ZTFA 1S1VA 1JLGA 3AVFA 1ZYQA 1C0TA 3VQPA 3SCXA 4FJHA 3HL8A 4N76A 4PY5A 2OPQA 4AHRA 3RWUA 1NK4A 1JLBA 3MEEA 5CZ1A 4DTJA 1IH7A 3SQ2A 1IO2A 4M3TA 1A5XA 2VG5A 3DRPA 3L3VA 4E1MA 1UA0A 3CFRA 1HJRA 3L2QA 4NYFA 3LP0A 3M8RA 4PA1A 3DOKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3HI0A 3SAHA 4O55A 1KAYA 1S3XA 2QWRA 5A2QO 3LM2A 2PY5A 2A41A 4M3UA 3NE6A 5E26A 4DV7K 4C8KA 5I9EB 4B9SA 4IT5A 4K25A 5J2PA 3PIPL 1LAVA 5CE3A 1O13A 1HKCA 3MX5A 2IDOA 3MEDA 2FW3A 1EWQA 1EXQA 5I3UA 4G1QA 2VGMA 3NH1A 3HOSA 3AO4A 3FGUA 3LAKA 1BCMA 3VEYA 3F9KA 3FFKB 4CJFA 4DQQA 1Z6RA 3G10A 4FWMA 1Y97A 3VQ6A 1Q9YA 4JYAK 3ZT0A 1U2VB 3AVBA 4DR3K 4MDAA 3HBTA 4LFAK 1JLQA 3P38A 4CGFA 2HHSA 4CJRA 5FRMA 5C15A 4YOUA 1IG8A 4BC2A 1S22A 3WXJA 4FWQA 1TAUA 1U04A 3OJUA 2KQ2A 1C6VA 3T1YK 2QKBA 4DR6K 5D3GA 4HCBA 4RNGA 3N4QA 5EU7A 3W3DA 3N4PA 5HP1A 4IOAL 3ZT1A 3WXMB 4QAGA 4CGIA 1BISA 3QICA 1X1PA 3HSTB 3DMJA 4HVJA 3FZHA 3VGLA 3OS1A 4DQSA 1P22A 1HUXA 3QEWA 4H5TA 3Q7CA 4CECA 4FWKA 4KHPK 4F2RA 4DSJA 4KHQA 3NF7A 2GWKA 4ILGB 1DT9A 4JK8A 4DV1K 1KD1O 1TKXA 3NMUA 3ZEUB 4CEFA 3CCRN 3AAPA 4X65K 2D5RA 4BR9A 2HOEA 1EP4A 3OS2A 4HUEA 4JK9A 2JWKA 2A42A 3HYFA 4B1VA 3J27A 1J53A 4HCCA 1NLVA 1TL1A 3UE5A 3JAMO 3J7ZO 4KAZA 5M1OA 4DV4K 3GOIA 1RT2A 3OYHA 2KZZA 2O8CA 2A1RA 2RKHA 3I33A 2OVQB 2E2NA 4CEBA 3EZWA 1TKDA 3PO4A 2PAVA 4NLCA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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