3SCXA

Rb69 dna polymerase triple mutant(l561a/s565g/y567a) ternary complex with dupnpp and a deoxy-terminated primer in the presence of ca2+
Total Genus 316
100200300400500600700800900050100150200250300
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
316
sequence length
903
structure length
903
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFAF
100200300400500600700800900800600400200
050100150200250300Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transferase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
publication title Structural Insights into Complete Metal Ion Coordination from Ternary Complexes of B Family RB69 DNA Polymerase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 5'-D(*TP*CP*AP*AP*GP*TP*AP*AP*GP*CP*AP*GP*TP*CP*CP*GP*CP*G)-
total genus 316
structure length 903
sequence length 903
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-06-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3scxA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3scxA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3scxA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3scxA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3scxA03
4M3XA 3K5OA 2B5JA 4KV8A 4BDPA 1JKHA 3CM6A 4Z4EA 1U45A 4OLBA 2OA8A 4QAGA 4KI4A 4DU3A 4RW4A 3U3YA 4I2QA 1NJZA 5KGXA 2PYJA 1BI4A 3C6TA 4DSFA 3UIQA 1BIZA 3ZSQA 4E1NA 1IKVA 3OYAA 1YTAA 3OYNA 3NAEA 4M3WA 1A5WA 1EP4A 4Z4FA 2O4IA 4OGEA 2I5JA 1NJWA 1TKDA 1SKWA 4C8OA 4QCLA 2HHWA 4ID1A 4FCYA 3QINA 2OPSA 2KQ2A 3DI6A 3HPHA 3VQAA 1WSGA 3CYMA 1LWCA 4CJ4A 4E7JA 4J2AA 3VQ8A 4YNQA 1WAJA 4HUFA 4BE1A 3SV3A 2Y1IA 2P1JA 2X6NA 3DLEA 3V9XA 4DTMA 1JLAA 3SQ2A 3K5MA 4CJPA 2Y1JA 3KLFA 1RT5A 1ZBIA 3LWLA 1D5AA 1KVBA 1JL2A 1RT3A 4CJ5A 1GOCA 4CGDA 4KHNA 4CK2A 4OKJA 3KLEA 3KK2A 4DF4A 1ZBLA 3QIOA 1U47A 2B4JA 1D9FA 2ITGA 3DRSA 4DF8A 4LSLA 2QKBA 3JSMA 2G8FA 4AHVA 3B6OA 3G0ZA 4DU1A 3TWHA 2KFZA 1T7PA 1RBSA 1VSMA 1YVUA 4CF8A 3L2RA 4ELTA 1DLOA 2X78A 3V9ZA 5FROA 1HJRA 5HBMA 1HYSA 1NK6A 4FYDA 2RKIA 3QEIA 3NGZA 4F3TA 1FKOA 1IKYA 3ZSWA 2BE2A 1L5UA 1Q9XA 5KGWA 4JS5A 4Q0BA 3I0RA 2OZSA 3OYHA 3OJUA 1RTHA 3RR7A 3OYMA 1TAQA 3AVBA 4DSIA 4CK1A 3MXMA 1VSEA 3D0PA 4E7KA 1NK4A 4XIUA 3HM9A 3P83D 2Z1HA 4BWJA 5KRSA 3TAGA 4GW6A 1HQUA 5CZ1A 2LSNA 4CEEA 3SYZA 4FK4A 4O4GA 1HNVA 3C94A 4C8NA 1QSSA 5CYQA 1F21A 1LAVA 3VQCA 4B9MA 3VQ4A 3CFOA 4FJ7A 1VSIA 4E1MA 4CJKA 1CXQA 4CEQA 3KK3A 1J5OA 4DTJA 4CEDA 1SV5A 3OYKA 1IG9A 3P5JA 3K57A 3B6PA 3EZ5A 5HRPA 1Q9YA 2BANA 1ZBFA 4W5QA 4FW1A 3NCIA 1ASVA 1RBVA 4CEAA 3V81A 4HCCA 3CFPA 1C1CA 4CJEA 4DTSA 3TANA 1VSFA 3OYGA 1LWEA 4M3RA 3AVIA 3SPZA 4F2SA 4ID5A 3WNFA 1MU2A 3NF6A 3LZIA 3AA4A 3T19A 3OYJA 3QO9A 4EP4A 1J54A 3QNNA 1J53A 1S1UA 3P1GA 4E7LA 3NGIA 4BDZA 3PUFA 4DLGA 3S3NA 3AO4A 4PA1A 3V6DA 4I9LA 3NF9A 3SPYA 4FJXA 4K8ZA 1XWLA 2RPIA 2VG7A 1NK0A 1QSLA 3L2WA 4FK2A 4N5SA 4F4KA 4CF0A 3DYAA 4EZ9A 3SQ0A 3TAEA 4B8CA 3LP3A 2P5GA 2XO7A 3K5LA 1SL1A 3NH1A 3WNEA 1NJYA 4CGGA 4GVMA 1TL1A 3AVHA 3MAQA 3ZSXA 4KB1A 3VQQA 2F96A 3RMDA 3DOLA 4H4OA 4LH4A 2VG6A 3ZT1A 2VWKA 1RBUA 4IKFA 4Z4IA 3HT3A 2D0AA 4B3OA 3MEEA 4LSNA 1WLJA 4KKOA 3ITHA 4H8KA 3TAMA 3V9UA 1KTQA 4ELVA 3HK2A 1RT1A 4OPKA 3O3FA 2YHAA 3OS1A 4NCAA 2YNIA 3VQPA 4I2PA 4RW7A 4BE2A 2QK9A 3HO1A 3TAFA 3ZCMA 4CGIA 1A5VA 3SUQA 3LWMA 1NJXA 4FJGA 3I0SA 1NK7A 4N56A 4M45A 3IS9A 3NGYA 4DTNA 4FM2A 2OZMA 4CIGA 3M8QA 1LV5A 3SUPA 1NKEA 1S9EA 3RRHA 1QQCA 1VSJA 4CE9A 4OPJA 3VA0A 4KHUA 2YNHA 4DTXA 4CGFA 2HHUA 5JS2A 3LALA 5C24A 1W0HA 4FJ5A 4W5RA 3SV4A 4B9NA 4J2DA 3AA5X 3QESA 1ZBUA 3SQ1A 3QERA 5FRNA 5I42A 3RTVA 3KTQA 2DFHA 2Z1JA 1HQEA 1RTIA 3CQ8A 1TAUA 3OS0A 4DU4A 3V9SA 4DS4A 4FLUA 3F73A 2G8WA 1RNHA 3AO2A 4AH9A 4CHPA 4CFBA 2EX3A 2JGUA 5CZ2A 4L8RB 4B9VA 4KHQA 4FZYA 3M8PA 3NFAA 2BDPA 3LP0A 4O0JA 3CFRA 3DMJA 4ZTFA 1TKZA 2PYLA 2G8IA 4CHYA 3D45A 2BGGA 4DSJA 1IKXA 1B9FA 3MXIA 1D9DA 4CJ3A 2HHSA 4CJLA 3VQEA 4OGCA 3ZT3A 2OPQA 2YHBA 4AILC 3CG7A 3IG1A 4PY5A 2IS3A 5JS1A 2GUIA 4NYFA 3MECA 4OJRA 3ZSYA 3NH0A 2JLEA 3DRPA 3AVKA 4E0DA 1FK9A 2EHGA 3S9HA 3HYFA 1NOYA 3ALYA 1CLQA 2A1RA 3LDSA 1WSJA 4DQPA 4J2BA 3A2FA 3HJFA 4C8LA 4CECA 5HROA 4DTOA 4JRPA 5HP1A 4CJVA 3OS2A 2RN2A 3L8BA 1JXBA 2VG5A 3AO5A 4IFVA 3ZSVA 2HMIA 2HHXA 2HVIA 2OPPA 1K6YA 5J2NA 1QTMA 3NE6A 1T05A 4AHTA 5FRMA 2Q3SA 1HPZA 4JLHA 4JRQA 2E4LA 1TVRA 4M3ZA 1YT3A 1RCHA 4IBNA 3L2UA 4WE1A 3KJVA 3PX4A 1RBTA 3QLHA 1XC9A 1ZBHA 3LANA 1B92A 3HL8A 1SL2A 4CF9A 3VA3A 3LAMA 2G8VA 1JL1A 1DTTA 4J2EA 4FM1A 1WNSA 4PUOA 4FXDA 4M41A 1RTDA 4EZ6A 4KHWA 4B08A 1QE1A 3AVLA 4CIEA 4KFBA 1HMVA 5I3UA 1R0AA 3QEXA 3C6UA 3DM2A 3DRRA 4DSLA 1EX4A 4CHOA 1CZBA 1KFDA 3DLKA 1FXXA 4ZTJA 1XI1A 3KKRA 3DOKA 2HNYA 4M3YA 4IG3A 4OKEA 4CFCA 4CESA 4CEOA 2Z1GA 4W5TA 1N6QA 3RR8A 4PWDA 1VSHA 1B9DA 1O1WA 4Z0UA 3VQ9A 4JS4A 4E7IA 2HNDA 3V1QA 3E01A 3V9WA 4FJIA 3K58A 4DS5A 1WSIA 1TK0A 1GOBA 4FJLA 1LWFA 1WSFA 2NUBA 1TGOA 4KTZA 1T03A 2ZQBA 3ZSZA 3SNNA 1RT4A 1TKXA 3QEVA 2E6LA 3VQ6A 4CFAA 2KTQA 4AHSA 4O44A 1VK0A 1RDBA 4ZHRA 5J2MA 4CJQA 4HUEA 5T7BA 3CM5A 2QXFA 4FK0A 1U48A 4TSXA 1FKPA 3ZT2A 3SCXA 2PZSA 3K5NA 4Y1CA 4O5BA 4W5OA 2R7YA 1LW0A 4N76A 2YNFA 4F8RA 4DTUA 2WOMA 3G10A 2HB5A 2D0BA 2ZD1A 4CK3A 1IH7A 1L3TA 4KTQA 3SI6A 4DWIA 3ZT4A 4CF1A 5J1EA 4E89A 3SUNA 4Y1DA 1L3UA 3IRXA 1X9WA 4KAZA 3HVTA 1TK5A 2FBXA 4M3UA 1RTJA 4BDYA 4DSEA 4M42A 3BGRA 3NH2A 3O4QA 2X74A 2KZMA 4B9UA 4CJFA 3O4NA 2XHBA 4Z4GA 1Y97A 3AVNA 2FBTA 1JLGA 1BISA 3DLBA 3WNGA 5J2QA 4E19A 4FLXA 3NF7A 1UA1A 3RMAA 3ZSOA 4FLYA 4CJRA 5J2PA 3T1AA 4PQUA 1EETA 1RDAA 4FJMA 5CYMA 3ZT0A 4DFPA 5HRSA 1C0MA 1NK9A 3LP1A 1D8YA 3HVRA 2YV0X 3ASMA 3QIPA 3KIOA 4CJUA 1WN7A 1VSLA 4QOZB 1W9HA 2XY7A 1ASUA 4AHCA 1UOCA 1SKRA 1Q8IA 4CF2A 2ATQA 4B8AB 2VWJA 4MQ3A 4FLTA 3KLIA 1UAXA 3T3FA 3KLGA 3VQBA 1IKWA 3PO5A 2IAJA 1SKSA 2D0CA 1JLFA 2GBZA 3TI0A 1S1TA 1NKBA 1SL0A 4CCHA 4UQGA 1C1AA 4FLZA 2W42A 3QETA 3KD1E 4ELUA 2ZE2A 1Z25A 4M3TA 1BGXT 4I9QA 2KW4A 2YKMA 3FFIA 4H4MA 2IC3A 4HHTA 1TK8A 4CEBA 3V1RA 3VN5A 4DTRA 4OVLA 4O0IA 4HVJA 4W5NA 2D5RA 1S6PA 3NF8A 3KD5E 1BCOA 3M8RA 1ASWA 2F8SA 3KK1A 3WNHA 1C0TA 1WSEA 4G1QA 1RBRA 4BE0A 1U04A 3AV9A 3S3MA 3OYCA 3O3GA 1UWBA 2IOCA 3JYTA 3ZSRA 4RW8A 4NCBA 1X9SA 3TAQA 2YNGA 3HP9A 1CXUA 3LPTA 1VRUA 2Z1IA 3L2VA 4FJJA 4CJSA 3MEDA 3NBPA 4OLAA 3DLRA 2HHQA 2HHTA 3SUOA 3L3VA 3OYEA 2B6AA 1J9AA 4N47A 3THVA 3HPOA 3K2PA 3L2QA 2G8HA 3PY8A 4HCBA 4KPYA 5FDLA 3TABA 1QHTA 1YTUA 4F3OA 2XRIA 3OVNA 3EYZA 2FC0A 1HYZA 5D3GA 2G8KA 4BACA 1RDCA 3AVMA 4CFDA 3KLHA 5E41A 3ISNC 3MXJA 4MFBA 3OJSA 4KB0A 2E6MA 3KKSA 1JLQA 2DFEA 4FM0A 4IFYA 4CHNA 3SZ2A 4FJNA 1JLEA 1A5XA 2X6SA 1I39A 1WAFA 4CJTA 3OYBA 1S1XA 1S9GA 1U49A 1VRTA 2XY6A 4KRFA 3RRGA 3OYLA 4FZZA 3ULDA 3TAPA 1RT6A 1KVAA 3TR8A 5SWMA 2ETJA 2HNZA 1HNIA 4CIFA 5HLFA 5DMRA 4DG1A 3AO1A 3PX0A 4CGHA 4DTPA 3M8SA 1C0UA 4NCGA 4HUGA 4B9LA 2G8UA 4Z4CA 4DQIA 4K8XA 3PX6A 3TARA 5KI6A 4CEZA 2AJQA 1BIUA 2DY4A 3HP6A 3QEWA 1CZ9A 3C95A 2IDOA 1KLMA 4IDKA 4CERA 2KZZA 1KLNA 5SZTA 1UA0A 5KRTA 1X9MA 4KI6A 4FLWA 1NOZA 2WONA 4NYNA 4YFUA 3OYIA 1X1PA 4DLEA 4FJKA 3MEGA 1Z26A 4FJHA 1C6VA 1REVA 3RWUA 1RT7A 4DFKA 1C1BA 1EKEA 4F2RA 4EP5A 4IG0A 4CEFA 4RW9A 4FJ9A 1RDDA 3AVGA 4Q5VA 3F9KA 1HRHA 1QS4A 4N41A 4E7HA 5K14A 3AA2A 1XHXA 3HXMA 4Z4HA 3PO4A 2F8TA 3OYFA 3QNOA 2XY5A 1TKTA 3LAKA 4CGJA 2OPRA 1N5YA 5CY4A 3SQ4A 2DFFA 5HRRA 1RT2A 4KHSA 1NKCA 2QKKA 2A1SA 1QSYA 4DSKA 1L3SA 4KTWA 1SUQA 3OYDA 4C8MA 2DTUA 3QEPA 4OKKA 1DTQA 4B9TA 3SJJA 1KSPA 1HYVA 1JXEA 5KTQA 4KREA 3IAYA 2IGIA 4I7FA 3V1OA 4AHRA 5C25A 1BHLA 4LD0A 3VQ5A 1S1VA 4KO0A 1KVCA 4HTUA 5EU7A 3LP2A 4C8KA 4ICLA 1KRPA 3DLGA 2HVHA 3U3GA 1LAWA 4FVMA 4RW6A 4DQRA 1S1WA 3LPUA 3U6FA 1XHZA 4CHQA 1S5JA 3I8DA 4B9SA 3HSTB 1I3AA 1NK8A 1LW2A 2RF2A 3VQ7A 3EY1A 2P5OA 4FLVA 5HRNA 1ITGA 1TL3A 4O55A 5DK5A 4DMNA 2FBVA 3V4IA 1GOAA 3VQDA 2FBYA 4LY7A 2P51A 2HHVA 4FJ8A 3OY9A 3L3UA 1BCMA 3NHGA 1EXQA 3AVJA 4LH5A 1T8EA 4BWMA 2OYQA 1BL3A 1ZYQA 2YKNA 3RMBA 3PV8A 1NK5A 5C42A 1JLCA 3AA3A 4GMJB 3AVFA 1S6QA 3S3OA 2XY8A 2PY5A 4CHZA 2GV9A 3HPGA 1BQNA 3O3HA 1RILA 3NDKA 2KFNA 1TV6A 4CJWA 1L3VA 1WSHA 3AVCA 1JLBA 1BQMA 1BI4B 4KHYA 4FZXC 2HW3A 4DQQA 4DQSA 3BDPA 1VSKA 1KCFA 4FW2A 3K59A 3H08A 1KFSA 1IO2A 4E3SA 4AHUA 3LZJA 3RMCA 2O4GA 4RG8A 3AO3A 3AVAA 1U4BA 3DLHA 4R5PA 1G15A 4DFJA 4DFMA 1VSDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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3SUPA 5ADXH 2P1PB 5B8HA 2HHUA 3SBTA 1W0HA 1YF5L 5JICA 4BR5A 1XC3A 4B3TK 3TTCA 2Z1JA 2HMPA 3CQ8A 1TAUA 2QWQA 3V9SA 4FLUA 3U9ZA 3F73A 3AO2A 5JVGL 4CFBA 5CZ2A 4B9VA 1NMDA 1Z05A 3C6AA 4X64K 4BRMA 3LP0A 1OH6A 2P9NB 1TKZA 4I6MB 4O8KA 2BGGA 2GEMA 4YOWA 3MXIA 3WXKA 4CJLA 4K42A 3ZT3A 3QMLA 5LJWA 5AQYA 3CG7A 3IG1A 2NNWA 3GDQA 4OJRA 2JLEA 4E0DA 3HYFA 4IO8A 1NOYA 1CLQA 4WFBL 4DQPA 4J2BA 1P90A 4C8LA 3THYA 4JRPA 4M7YA 3L8BA 4IFVA 4NB4A 2OPPA 3ZX3A 2VWBA 2VQEK 1QZ6A 2Q3SA 3MMVA 3DAWA 3N4PA 4PHTX 2QI2A 3C6OB 1XC9A 1ZBHA 3LANA 1B92A 4U7BA 1FYZE 4PUOA 1RTDA 3BZCA 5IBKB 1QE1A 1HPMA 5I3UA 1HMVA 1R0AA 3C6UA 4X65K 4JKAA 1EX4A 1FZ8E 1XI1A 3HK2A 2HNYA 4M3YA 4CFCA 2P9PB 4BG9A 5AJ3K 4IJAA 1D4XA 1TK0A 2E31A 4FJLA 4IOCL 1WSFA 2NUBA 1T03A 2ZQBA 3SNNA 5H1SQ 4O44A 1VK0A 4H5RA 5AQKA 4BQZA 2O8CA 2PZSA 3ZT2A 3SCXA 3LDOA 3Q7CA 3I8BA 1OVQA 4N76A 4J8FA 2HB5A 4GY2B 1IH7A 1L3TA 1G99A 4DWIA 4Y1DA 1L3UA 3IRXA 3HVTA 2PFVA 1X9JA 4GKKK 1XUPO 4BR9A 3CCSN 4DSEA 3CCEN 3L4QA 3O4QA 3BY5A 3UO3A 3P31A 2XHBA 1Y97A 4WQ5A 2PAVA 4FLXA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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