3SCXA

Rb69 dna polymerase triple mutant(l561a/s565g/y567a) ternary complex with dupnpp and a deoxy-terminated primer in the presence of ca2+
Total Genus 316
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
316
sequence length
903
structure length
903
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFAF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transferase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
publication title Structural Insights into Complete Metal Ion Coordination from Ternary Complexes of B Family RB69 DNA Polymerase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 5'-D(*TP*CP*AP*AP*GP*TP*AP*AP*GP*CP*AP*GP*TP*CP*CP*GP*CP*G)-
total genus 316
structure length 903
sequence length 903
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-06-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3scxA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3scxA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3scxA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3scxA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3scxA03
4E19A 4E7LA 4AHCA 3LANA 4FZZA 4FJ7A 2FBTA 2VG5A 4DWIA 2P5GA 4CK2A 1S9EA 1X9WA 4QCLA 4B9UA 2YNFA 4OGCA 3K58A 1TK5A 3NBPA 3CFOA 3LPTA 5DMRA 3RRGA 4FJKA 2I5JA 2OPQA 3KLGA 4RW7A 1RT1A 1RBTA 4Z4FA 4CJUA 1KTQA 2G8UA 1O1WA 4M41A 2F8SA 3DRSA 3LP0A 4FLXA 3JSMA 3VQDA 1ZYQA 3DLBA 3TAGA 3OYDA 1S6PA 3DLGA 3DLHA 4OPJA 4CK3A 5HRNA 4E7HA 4M3YA 5EU7A 4B8CA 2E6MA 5HROA 1RTIA 1S5JA 1WSJA 3AA3A 3NH1A 1RT4A 4PY5A 4FJXA 3NGYA 3VQ5A 4C8LA 2B6AA 4B08A 4CF8A 4FM0A 4BWJA 4DTRA 3VQ4A 2OA8A 3MXIA 1HPZA 4CEZA 4EZ6A 4FLZA 4LD0A 4JLHA 4B3OA 4YNQA 3I0RA 1L5UA 2OPSA 1RNHA 4E1MA 1C1AA 1HYSA 1VSMA 3ASMA 1S6QA 3HP6A 1BIZA 4FYDA 1RBSA 4CEDA 4IKFA 4ELVA 5JS2A 3OYLA 2E6LA 4DQSA 3RRHA 4DTOA 1C0TA 2IS3A 3L2RA 4DSFA 1HYVA 4HVJA 3K59A 4CHNA 1LWFA 2VG6A 2O4GA 1MU2A 1XHXA 4LSNA 4W5RA 3S3MA 4FM2A 4FJMA 1RTDA 2HHUA 5CY4A 4CJSA 4KKOA 4C8KA 1VRUA 1S1XA 1I3AA 5CZ2A 1FXXA 5J1EA 4DLEA 1HMVA 2BDPA 1S1WA 5J2PA 4M3TA 1ASUA 4E7JA 2HHWA 1NKCA 3SUNA 3S9HA 4DG1A 2ZE2A 4FZYA 3SV3A 4B9MA 1NK0A 4CGGA 4Z4HA 3V1OA 3VN5A 4BDPA 1B9DA 5FRNA 2EHGA 1JLFA 1VK0A 1D8YA 3K5MA 2QKKA 1EX4A 3G10A 4CHYA 5FDLA 1RCHA 3AVMA 2YKNA 4FLVA 3AO4A 3K5OA 2FC0A 4KV8A 5HBMA 1VSJA 3VQAA 1NOYA 2Z1JA 1ZBFA 4KHUA 2XHBA 1VSEA 2LSNA 4CJEA 4R5PA 3L2VA 2HHSA 1JXBA 3C6TA 2KFZA 2HB5A 1VSKA 1XC9A 1U49A 3RMBA 4M45A 4CIFA 3M8SA 3AO1A 4CIEA 3EY1A 3TR8A 4CESA 4DTMA 1BQMA 1DTTA 2IAJA 4G1QA 3AVKA 3DRPA 4CJ4A 3WNHA 4J2EA 1LW2A 3B6PA 4CF2A 3AVJA 1TK8A 2PYLA 4CJRA 2HW3A 2D0CA 3NF6A 1WAJA 4RW8A 3ULDA 3ZT2A 1Z25A 3UIQA 4GVMA 3T19A 5HRSA 4DLGA 2AJQA 3HP9A 3OYGA 2WONA 3KLHA 4F3TA 1KCFA 3TABA 3HM9A 4FLUA 2JLEA 3VQCA 4MQ3A 1ZBIA 1IKWA 4OLBA 3V1RA 2ZQBA 3QO9A 3NF8A 3PY8A 1NJZA 1CZBA 2OPRA 1C1CA 4DTJA 3E01A 5FROA 4I2QA 4KTZA 1C1BA 1L3TA 3HL8A 3ZSYA 4FJ9A 1SKWA 4C8OA 5HRRA 3DLRA 3WNEA 4CGFA 3WNGA 1XI1A 1JXEA 1DLOA 4GW6A 4WE1A 2XY5A 4CE9A 1T8EA 1N6QA 4ELTA 4O0IA 3SUQA 3OY9A 3V6DA 3O3FA 3DLKA 4DFJA 1NJYA 1ZBUA 4CF1A 3HT3A 3DOKA 1J5OA 3VQQA 3TAFA 1Q8IA 4CGIA 1HJRA 1RT5A 3CYMA 3MEEA 1FKPA 4YFUA 4HTUA 4NCBA 2EX3A 3C94A 4OLAA 1WSHA 1WSFA 4JS4A 4K8XA 1JL2A 3IRXA 4BE2A 2Y1JA 1KRPA 2KZZA 5I3UA 2KQ2A 3CFRA 3JYTA 4DTSA 4LH4A 3AVBA 3O3HA 3SZ2A 3AO3A 1SKRA 3OYFA 4IG3A 1VSLA 4KFBA 2E4LA 1WAFA 3U6FA 3DLEA 4Y1CA 1J9AA 3LWLA 4PUOA 4ZHRA 3TAQA 3V9WA 2RKIA 5C42A 4FLTA 2A1SA 1Z26A 4LH5A 4DFMA 4O55A 4CEEA 3QNOA 3SYZA 2D0BA 4NYFA 1BL3A 4E3SA 1J53A 2IC3A 1IKVA 3U3GA 4FM1A 2HHQA 4FLYA 1KVBA 1TKTA 1KSPA 3OYEA 3C95A 1U48A 3LP3A 3NH0A 2KFNA 3K5LA 3DI6A 1GOCA 4AH9A 1R0AA 3LWMA 1BI4A 3KKRA 1WLJA 3CG7A 4DU3A 3OYJA 4CFCA 2YV0X 1KVCA 3PUFA 3HXMA 1RDBA 2OPPA 3IAYA 1TL1A 1DTQA 1HNVA 5DK5A 2VWKA 1LW0A 1QS4A 3BDPA 3I0SA 2HVIA 1RDAA 2HVHA 2XY6A 2KZMA 4CJWA 4CIGA 3AO5A 4CJPA 4AHVA 2OZMA 1RTJA 4RW6A 3OYKA 3AO2A 3L3VA 1TV6A 3O3GA 4QOZB 2X6NA 4I9LA 1TAUA 3AVHA 1NOZA 3SQ0A 4KHYA 3QIPA 3AVLA 4EP4A 1NKEA 4KB0A 2PY5A 1VSIA 3RMCA 2RN2A 4Y1DA 1XHZA 3QEWA 2YHBA 3MAQA 3QEPA 1ITGA 2G8WA 4CCHA 3K57A 3LAKA 1VSFA 4CFAA 3IS9A 4BE1A 4FLWA 4FJHA 4GMJB 4DU4A 1TKXA 1UAXA 5C24A 4E7IA 4M42A 4NYNA 4M3RA 3DRRA 1TL3A 2Z1HA 1X9SA 3G0ZA 1LWEA 1KLNA 3MECA 4DSIA 1HQEA 1SL1A 1HYZA 3KK1A 2P5OA 3HYFA 4CJ5A 4Q5VA 1L3UA 4FXDA 1IG9A 1CXUA 4KHWA 1TGOA 4FW2A 2X74A 3AVAA 4F2SA 4KI6A 3F73A 3V9ZA 1GOBA 3L8BA 1N5YA 3A2FA 2F8TA 4HUFA 4QAGA 3AA2A 4B9LA 1FKOA 4KREA 3QNNA 1C0UA 4CGHA 4FJIA 4KI4A 4IFVA 4IDKA 3OS0A 3VQBA 4UQGA 5J2MA 5CYQA 1ZBHA 3ZT1A 3VQ7A 3SNNA 1A5WA 3ZCMA 4DFPA 2IDOA 1HQUA 3LZJA 2PZSA 2VWJA 5J2NA 2HHXA 3TI0A 3RMDA 3EZ5A 4KTWA 3P5JA 3HJFA 3ZSXA 3P83D 3MEDA 3QIOA 4DF8A 2GV9A 2YKMA 3OS2A 1IKYA 3V1QA 3KK3A 4ELUA 4CEOA 4W5TA 4CHQA 1YVUA 4FZXC 1RT7A 3CM5A 3TAEA 3HVTA 4C8MA 2DFHA 4B9SA 4FK0A 4CJLA 1EETA 1CLQA 3NHGA 1IH7A 4E1NA 3HK2A 4E7KA 3KJVA 3CQ8A 4CF9A 4FCYA 4FK4A 3WNFA 3OJSA 1U4BA 1RBVA 3ZSWA 2PYJA 3TAPA 3VQEA 3AV9A 3B6OA 1I39A 5KRTA 5CYMA 4IBNA 3NF9A 1NK8A 1T03A 3NAEA 3QESA 4KHQA 3AVFA 5HP1A 4XIUA 1X1PA 3AVGA 3L2QA 4FJNA 3VA0A 3P1GA 4W5QA 4KHSA 4F8RA 4KRFA 4M3UA 2VG7A 3NCIA 3M8QA 1NK6A 3V4IA 3OYNA 1U04A 1BCOA 3TAMA 4DSLA 3OYCA 1SUQA 4ID1A 1Q9YA 1Q9XA 3OYBA 2FBVA 4B9VA 2Y1IA 2G8HA 4H8KA 1S1TA 1LV5A 4DTXA 4H4MA 1S1UA 4DTUA 4KHNA 3VA3A 1YTUA 2D5RA 2DFEA 4CJVA 1VRTA 1WSEA 1U47A 3QETA 3OYAA 3KLFA 2G8IA 3PX0A 4PWDA 4CECA 4KB1A 1X9MA 1BGXT 2WOMA 4FJ8A 3ZSQA 2HHVA 4FJGA 1D5AA 1JLCA 5FRMA 1WSIA 3NH2A 4OGEA 4HCCA 3QEIA 2QKBA 4CFBA 4CHZA 1G15A 4N5SA 4J2BA 1JL1A 1RTHA 3LDSA 2IGIA 2Z1GA 4W5OA 3OYMA 3S3OA 4OKJA 1VSDA 3QERA 3TWHA 4DS4A 4LY7A 4OVLA 4CJKA 2KTQA 4KO0A 4W5NA 3S3NA 1NK7A 1RDCA 4J2DA 3C6UA 4DQRA 1NKBA 4OKKA 1REVA 3RR8A 3FFIA 4ICLA 4I2PA 3RMAA 3LZIA 4OJRA 5E41A 1IO2A 4JRQA 1EKEA 4I7FA 3K5NA 3DYAA 4DS5A 2DTUA 5D3GA 3OJUA 4RW9A 2A1RA 1SV5A 3LALA 3OVNA 2YNGA 4B9TA 4F4KA 3D45A 3VQPA 3ZT3A 2P51A 3IG1A 4CEBA 4AILC 1BCMA 2ETJA 2FBYA 3V9UA 4O0JA 1RBRA 3L2UA 3SV4A 3ZSOA 1JLGA 2QXFA 3OS1A 1VSHA 2P1JA 1RBUA 3KKSA 2ITGA 4N41A 3KLEA 5KTQA 3SCXA 4LSLA 4Z4EA 4H4OA 3HSTB 5KI6A 3MXMA 4J2AA 4AHRA 1RT6A 2HHTA 2RF2A 4DTPA 1WNSA 3ZSRA 3DM2A 4CEQA 4Z0UA 5SWMA 4M3ZA 2XRIA 1BISA 3THVA 4PA1A 4NCAA 1JLQA 1KLMA 3KD5E 2IOCA 2YNHA 3LAMA 4AHUA 1BI4B 3CM6A 1D9FA 3HPHA 1A5VA 3SI6A 4BE0A 3PV8A 4DSJA 4Q0BA 5C25A 1TKDA 4IFYA 2XY8A 5K14A 5KRSA 3SUOA 3L2WA 2B5JA 3HPGA 3DMJA 3F9KA 4C8NA 5I42A 3T1AA 2W42A 4O4GA 2NUBA 4AHTA 2Q3SA 4BDZA 2HNZA 3KIOA 3RTVA 1EP4A 3SPZA 4N47A 2QK9A 3QEXA 3NF7A 4DQQA 1NJXA 4ZTFA 1ASWA 3SQ1A 3QLHA 1QHTA 4CJ3A 4CFDA 1A5XA 4HHTA 1WN7A 3U3YA 3AVNA 3OYHA 1D9DA 2DFFA 1XWLA 2F96A 2OYQA 2HNDA 2X6SA 3NFAA 1SL0A 3PO4A 4DQIA 3KLIA 3DOLA 1NJWA 3M8PA 4DFKA 5JS1A 1EXQA 1RT3A 4CEFA 5SZTA 4DSKA 4KPYA 1WSGA 1QQCA 1BIUA 1JKHA 3EYZA 3SJJA 3ZSVA 4EP5A 3SPYA 4HUEA 3NGZA 3NGIA 3KD1E 3TARA 1GOAA 4K8ZA 4N56A 3KTQA 3ISNC 1L3SA 1RDDA 4DU1A 1SKSA 1T05A 3D0PA 1C6VA 1W9HA 1F21A 3O4NA 3ZSZA 1C0MA 2X78A 3ZT0A 4FVMA 4CGDA 4M3XA 1NK9A 2G8FA 1JLEA 1FK9A 2GUIA 1W0HA 2XO7A 3CFPA 4HUGA 3VQ8A 4JS5A 4E89A 4BWMA 3AVCA 1TVRA 3M8RA 2R7YA 2G8KA 1LAWA 4RG8A 2YNIA 4JRPA 4CEAA 3SQ4A 1UA0A 3NE6A 2ATQA 4DMNA 4NCGA 3RWUA 3ITHA 3VQ6A 4FJLA 2BANA 1Y97A 2RPIA 2G8VA 4E0DA 4PQUA 2ZD1A 1NK5A 4KAZA 5T7BA 1LWCA 1JLAA 2HNYA 3PX4A 4L8RB 4F2RA 3LP2A 3PX6A 4CERA 1QTMA 2FBXA 2Z1IA 3BGRA 4OPKA 4KTQA 4FJJA 4I9QA 1YTAA 1KVAA 3SQ2A 2GBZA 3VQ9A 1UOCA 1S1VA 5KGWA 1BHLA 1QSSA 2OZSA 1KFSA 1QE1A 1RILA 1UA1A 2D0AA 3HVRA 3I8DA 3ZT4A 3LP1A 3HPOA 1LAVA 4BACA 2XY7A 4FJ5A 1S9GA 1UWBA 1RT2A 4CJFA 3L3UA 3V81A 4ZTJA 1TK0A 4Z4GA 1IKXA 1QSYA 2DY4A 2B4JA 4FK2A 4RW4A 3RR7A 4DQPA 4O5BA 2HMIA 3QEVA 4BDYA 4IG0A 4EZ9A 1B9FA 1ASVA 4DF4A 1TKZA 3O4QA 3V9XA 4N76A 4DTNA 2YHAA 3H08A 2BGGA 4ID5A 4B8AB 4CK1A 4Z4IA 4DSEA 2JGUA 1BQNA 1CZ9A 1YT3A 4MFBA 2KW4A 4OKEA 5CZ1A 1TAQA 4CJQA 4CGJA 5KGXA 1CXQA 5HRPA 3ALYA 1HRHA 3MEGA 3AA5X 1QSLA 3V9SA 3AA4A 2O4IA 3K2PA 3LPUA 4CHOA 3KK2A 1NK4A 3NDKA 1J54A 3OYIA 4CJTA 1KFDA 4AHSA 3MXJA 1HNIA 2BE2A 4F3OA 3QINA 4O44A 4CHPA 1U45A 4HCBA 1JLBA 4Z4CA 3T3FA 1ZBLA 1T7PA 3HO1A 4M3WA 1K6YA 3TANA 3PO5A 1L3VA 4FW1A 4B9NA 1B92A 3AVIA 5HLFA 4TSXA 5J2QA 1SL2A 3SUPA 4CF0A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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1RT5A 3MEEA 2EX3A 3C94A 1TUUA 3CCEN 1IG8A 3FZFA 3CFRA 4MO4A 1MWKA 1SKRA 4JKHA 5LMNK 3OYFA 4YY3K 4IG3A 1VSLA 1WB9A 3U6FA 3DLEA 3MWTA 3LWLA 2V52B 2RKIA 5HOOA 3SYZA 4XEIA 1BL3A 4FM1A 1TKTA 1KSPA 3AGKA 1SZ2A 3LP3A 3NH0A 3DI6A 1R0AA 1XMHE 3LWMA 1MTYG 1BI4A 1WLJA 1E4GT 3KKRA 4JKFA 3OYJA 4CFCA 1KVCA 3PUFA 2O8FA 3HXMA 1DTQA 5DK5A 1QS4A 4CIGA 1OH8A 4CJPA 4RW6A 2E20A 2QWQA 3AO2A 4H5NA 2X6NA 4WFBL 3SQ0A 1QZ6A 3PIPL 1NKEA 1VSIA 3RMCA 2RN2A 3R1XA 2YHBA 3UO3A 1FZ9E 1ITGA 3THWA 2G8WA 3LAKA 1VSFA 4CFAA 5C24A 4M42A 4IO9L 1FZ4E 1V4SA 5C15A 1LWEA 3MECA 3E9OA 1S22A 3VESA 2FXUA 4DSIA 1HQEA 4CD1A 1HYZA 3KK1A 4CJ5A 4WQ5C 2F7TA 1O13A 2YJEA 3AVAA 3UKRB 5BPMA 4KI6A 2CGKA 3L8BA 3A2FA 4B9QA 3QMLA 3WQUA 2RKHA 4KREA 4DV2K 3QNNA 1C0UA 4CGHA 4FJIA 4KI4A 2IDOA 2PZSA 5C10A 1KAYA 4KTWA 3P5JA 3O1WA 3QIOA 3AAQA 3V1QA 3KK3A 4ELUA 4CEOA 4O5FA 3CCUN 4FZXC 4JD2B 5AQTA 2NRVA 4FK0A 4CJLA 2FW3A 4E7KA 4RCHA 4BVPA 3VQEA 1IJJA 4IBNA 1T03A 1Z6RA 4BRNA 3AVFA 1XVCE 3P1GA 2UU9K 4KHSA 5AQRA 4KRFA 3DXKB 1GLLO 3V4IA 5FPNA 4I6MB 2VQFK 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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