3SCXA

Rb69 dna polymerase triple mutant(l561a/s565g/y567a) ternary complex with dupnpp and a deoxy-terminated primer in the presence of ca2+
Total Genus 316
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
316
sequence length
903
structure length
903
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFAF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Structural Insights into Complete Metal Ion Coordination from Ternary Complexes of B Family RB69 DNA Polymerase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 5'-D(*TP*CP*AP*AP*GP*TP*AP*AP*GP*CP*AP*GP*TP*CP*CP*GP*CP*G)-
molecule tags Transferase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 316
structure length 903
sequence length 903
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-06-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3scxA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3scxA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3scxA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3scxA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3scxA03
1J9AA 4O44A 4M3WA 1S5JA 3SQ2A 4N76A 3SQ4A 4CFDA 2OYQA 4CCHA 4M42A 3TAMA 3AO1A 2EX3A 4DFPA 2P1JA 4FK0A 1KLMA 3SQ1A 1WN7A 2HHVA 1X9MA 4IG0A 3JSMA 3CFOA 4CJRA 4KV8A 3ZT0A 4CESA 1Q9XA 3K2PA 2OA8A 4E7KA 1HQUA 4CJVA 1I3AA 3BGRA 3KLGA 1FKPA 2FBTA 1NK0A 3SPYA 3SNNA 3LP2A 4LD0A 3OS2A 1JLQA 3V9UA 3TAQA 5HROA 1QTMA 4LH4A 4ELVA 5CY4A 3PX4A 1C1CA 2B6AA 3DRSA 3MXMA 4ELUA 2G8HA 2O4GA 4K8ZA 5J1EA 1RBTA 3L2UA 1ZBLA 1SL2A 1BCMA 4E7LA 1RTJA 4CEEA 1EXQA 1I39A 1NOZA 2YHAA 5FROA 1JLAA 5FRNA 3ZSRA 2KFZA 2WOMA 3T3FA 1KTQA 4B9MA 1JLCA 4O5BA 1A5WA 3VQ7A 4W5NA 3VQ4A 5HLFA 4KHUA 4CGJA 2YNHA 4ID5A 4DG1A 1VSIA 4B9VA 1HNVA 3NDKA 4B9SA 1CXQA 1CZ9A 4F8RA 3SQ0A 3AVCA 2XY5A 4JS4A 3T1AA 1B9DA 3B6PA 1NKCA 4R5PA 4RW6A 4HTUA 3DLEA 1ZBUA 3AVLA 4CHOA 2B5JA 3EZ5A 3SUNA 4FM2A 3DRPA 1Q9YA 4M45A 2HNDA 3TAFA 2RKIA 4ICLA 4FM1A 4FK4A 1B92A 1UA0A 3KLEA 1ZBFA 4EP4A 1HJRA 3VQQA 1TKZA 2Z1JA 1K6YA 1TL1A 2FC0A 4ZTJA 4KFBA 4L8RB 3S9HA 4AHVA 4CJSA 4FJHA 3I0RA 3NF9A 1QE1A 1IKYA 3NGZA 4CEQA 4FZXC 4J2AA 4NCGA 4GVMA 3IS9A 1VSEA 3SUQA 1DTTA 3CM5A 4CEAA 1ASUA 4CJUA 3LZJA 3OYJA 1TKTA 3LALA 1Y97A 4NYFA 4IFVA 3RWUA 2HHXA 1WSGA 5KI6A 2A1RA 2F8TA 4Z0UA 3L8BA 2Z1GA 1WLJA 4O55A 3UIQA 4W5TA 1U45A 5HBMA 3NGYA 1L3UA 4EZ6A 1BQMA 4OPKA 3RRGA 2E6MA 2F8SA 4OLAA 1W9HA 3LWMA 4JS5A 3NHGA 5E41A 2QK9A 4LH5A 3OYAA 1L3SA 1T03A 4Q5VA 3K58A 3P83D 1NK7A 1DLOA 3KIOA 1RT3A 1S6QA 1IKXA 3QEVA 4IDKA 4WE1A 1BHLA 4CHQA 2OZMA 4DF4A 2PYJA 3DLBA 4Q0BA 5KRTA 4B8CA 4H8KA 4CEFA 3KLFA 3KJVA 3V9ZA 1BCOA 2HW3A 3OY9A 2G8FA 2QKKA 2P5GA 3IAYA 3O3GA 4CGFA 3OYBA 1RT6A 4DTRA 3QNOA 1ASWA 3MECA 5CYMA 5J2MA 4IG3A 4BACA 4C8NA 4FJGA 5JS1A 3VQ5A 1Z25A 4IFYA 2D0CA 3KK1A 4FZYA 4B08A 4BWJA 3AVAA 4C8OA 4FCYA 4EP5A 4FJXA 2KZZA 3L2RA 3AO4A 1VRUA 3LPUA 1VRTA 3SYZA 2XY6A 1A5XA 1ZBHA 3AVIA 1JLBA 2XY8A 4DU1A 2D5RA 5HRSA 3M8PA 3ZSVA 2GV9A 4FJNA 1S1VA 5K14A 4CECA 2XY7A 4FJ9A 1IKWA 2IS3A 3I0SA 3LZIA 1L3TA 1SUQA 4CJ3A 1T05A 1N5YA 4FLVA 4N5SA 3AA3A 3WNHA 1C0TA 2WONA 3TR8A 2YV0X 1VSKA 3DRRA 1RT1A 2QXFA 2G8UA 3SCXA 3D0PA 4OJRA 1RCHA 2HB5A 2E4LA 2E6LA 4I2QA 4OKEA 4QAGA 3ULDA 4F4KA 3DYAA 3NH1A 4E7IA 4FLXA 2IDOA 3FFIA 4HUEA 3RR8A 4TSXA 3O4QA 1NK9A 3IG1A 2X6SA 3VQ8A 3QO9A 3V6DA 1U47A 4DQIA 1VSFA 3VN5A 1GOCA 4FK2A 3LANA 4M3YA 1C0MA 3MEEA 4HUFA 3VA0A 2HHUA 1HNIA 4RW7A 4I9LA 3KK2A 3PY8A 3S3MA 1J5OA 1QSYA 3MEDA 3HSTB 4ELTA 2A1SA 1KVBA 2BANA 4W5QA 1KSPA 2F96A 4KHWA 3SJJA 3OJUA 2G8IA 2ETJA 3C94A 2X74A 4CJKA 3HP9A 4J2EA 2Q3SA 3OYDA 2KFNA 4XIUA 1QSLA 2OPQA 1TGOA 3TABA 1RNHA 1J54A 1VSHA 5HRRA 3C95A 4B9LA 2G8VA 3JYTA 4DTSA 3AVMA 4Z4GA 3B6OA 2DFFA 1KCFA 3DI6A 4DMNA 3S3OA 4BDYA 3PV8A 1TAUA 3LAKA 3VQPA 4KPYA 2R7YA 4LY7A 3K5LA 1F21A 1R0AA 1JL1A 4AHUA 1D5AA 4DSLA 4CJPA 4BE2A 4CJ5A 4BE1A 2HVIA 4CJWA 2HHWA 2Y1IA 2QKBA 4W5OA 4IBNA 3NGIA 3SUOA 4MQ3A 3NF6A 1SL0A 4DSJA 2HHSA 3U3YA 4DLEA 5CZ2A 3RRHA 4AH9A 3AO5A 1IG9A 2YHBA 3HVRA 3DLKA 4CJQA 4FZZA 3ZSOA 4FJMA 4CGDA 1GOBA 4OPJA 3K5NA 4E7JA 3QERA 4CFCA 4M3RA 3OYKA 1TKXA 4HHTA 4CEDA 1S1UA 4AHRA 3CG7A 5C25A 4OKKA 5D3GA 4FYDA 1KRPA 4I7FA 4F2SA 5J2QA 4FM0A 5JS2A 4AHTA 4DQSA 1RTIA 2VG5A 1RT5A 1KFDA 3DLGA 3VQCA 4DS5A 1T8EA 3KD1E 4F3OA 4O4GA 4KTZA 4C8MA 3KKSA 3MXJA 2HMIA 4OGCA 3AVKA 3DMJA 1RT4A 3CM6A 3OYNA 3QIPA 2BGGA 1SKSA 3HPHA 3MEGA 1KVAA 1EP4A 1JXBA 3ZSQA 4E7HA 3TAPA 4B9TA 4FLUA 3OYMA 3HO1A 3ZSZA 1VSJA 1QS4A 1A5VA 3CQ8A 4H4MA 3LP1A 1KFSA 1C0UA 2VWKA 1IO2A 4I2PA 3HM9A 1HPZA 2HNYA 3ZT1A 3SV3A 3SZ2A 2HHQA 3EYZA 3ZT4A 4FW1A 4ID1A 1BL3A 1NK8A 3QEWA 4KHQA 3QIOA 1XC9A 1U4BA 1U48A 2ZQBA 2I5JA 1S6PA 1JLGA 1X9SA 5HP1A 4DSIA 1Z26A 3F9KA 1T7PA 1LAWA 1GOAA 3NH0A 2KTQA 3QNNA 4DTMA 4M3XA 4FJ7A 3AVHA 1RDAA 1WAFA 5CZ1A 4CK3A 2Z1HA 4DTPA 4CEBA 3RR7A 5I3UA 1KLNA 2RPIA 4B9UA 3AA4A 3U3GA 3S3NA 3L2WA 2DTUA 1S1WA 1HMVA 3WNGA 4K8XA 4CHZA 1NK4A 1TK5A 5J2PA 4N56A 4KTQA 5FDLA 1VSLA 4FLTA 1WSHA 3O4NA 3ALYA 3QETA 2D0AA 3DOLA 4M3UA 3SV4A 3V4IA 3IRXA 1RTDA 2DFEA 3DLRA 4DLGA 2YNIA 2Z1IA 2OPSA 4KTWA 3M8SA 1VK0A 4RW9A 4Z4CA 1RBUA 3NF7A 2FBYA 1UOCA 3HL8A 5SWMA 1BQNA 4QOZB 1TAQA 3V81A 3V9XA 4JLHA 3OYHA 3CFPA 1RT7A 3AVGA 3OYLA 1Q8IA 1YTUA 4FJIA 4M3ZA 3NCIA 1EETA 4E1MA 1JL2A 1W0HA 3AVJA 4QCLA 4FJLA 3WNFA 1TK0A 4CERA 4GMJB 5J2NA 3ASMA 4DS4A 3LP0A 4CHNA 3AV9A 1TL3A 1UWBA 1REVA 2KQ2A 1XI1A 1LW0A 4KI6A 2ZE2A 4FXDA 4CHPA 4KB1A 2D0BA 1TV6A 3ZCMA 1EKEA 3HXMA 4RG8A 3O3HA 4I9QA 4KB0A 4FJKA 3M8RA 3C6TA 1ZYQA 4CIEA 3OS0A 1NKEA 3QEXA 3PX6A 3NBPA 1WNSA 3THVA 4AILC 3PX0A 3V1RA 4CK1A 4NCBA 4FJ8A 4CJFA 2W42A 3ISNC 4CFBA 4DTXA 4Z4EA 3TARA 1RBSA 4FLZA 1LWEA 3P1GA 4ZTFA 3V9WA 1IKVA 1X1PA 4KI4A 4FW2A 1BGXT 1XWLA 2YKMA 3NH2A 4BDPA 3DOKA 4DFKA 2FBXA 4J2DA 3SI6A 3AVFA 3LPTA 3ZSYA 2BE2A 3HP6A 5KRSA 3K59A 1NJYA 5CYQA 4FJJA 4FLWA 3PO5A 2GUIA 3AO3A 1S9EA 4BWMA 1YT3A 3P5JA 4CEOA 1HQEA 4CK2A 3DM2A 4CIGA 3WNEA 4CF2A 4DWIA 4Z4IA 4AHCA 4J2BA 4C8KA 1VSMA 4DSEA 3NFAA 1S1XA 3SPZA 4B8AB 2XO7A 1L3VA 3V9SA 3A2FA 4CFAA 1X9WA 4LSLA 1SL1A 1HYVA 1HYSA 4PUOA 4DFJA 3V1QA 2OZSA 1WSJA 3ITHA 1BIUA 4KO0A 1NK6A 3K5OA 4YNQA 3QLHA 1QHTA 5SZTA 1N6QA 1U04A 1RDDA 4Z4FA 4M3TA 2ITGA 4JRPA 2JLEA 4AHSA 3PO4A 4CJEA 5HRPA 4CJTA 1RBVA 3PUFA 3AVNA 1RBRA 2VG7A 2YNFA 2Y1JA 3TANA 3H08A 5DK5A 4W5RA 3G0ZA 1TVRA 4G1QA 4HCCA 1IH7A 1S9GA 1SV5A 1WSEA 1LWCA 3K5MA 4KREA 4M41A 4KHNA 2B4JA 3MAQA 1KVCA 1QSSA 3OYIA 4CEZA 4O0JA 5C24A 1FXXA 3RMBA 2EHGA 1RTHA 2PYLA 5T7BA 1YTAA 3HYFA 2G8WA 3CYMA 1LAVA 4N47A 4KHYA 4CF0A 4E1NA 3TAEA 3HK2A 1ZBIA 3AO2A 4Y1DA 1S1TA 3KD5E 3QEPA 3HT3A 2YKNA 3G10A 4Z4HA 1C6VA 4EZ9A 1L5UA 1BI4B 3LP3A 1CLQA 3LWLA 5KGWA 1HRHA 1VSDA 2RN2A 2BDPA 1XHZA 1WSFA 4E89A 2VWJA 1LW2A 4DSKA 2O4IA 3OYCA 1WAJA 2IOCA 4CF1A 3AA5X 1G15A 4NCAA 1EX4A 4YFUA 1DTQA 1RDCA 3O3FA 4HUGA 5FRMA 2X6NA 4CIFA 2X78A 3L2QA 1D8YA 4OKJA 4E3SA 3M8QA 1B9FA 2KZMA 4DQPA 3K57A 3NE6A 1U49A 2XHBA 1ASVA 1XHXA 3BDPA 4E0DA 4PA1A 2DY4A 1BISA 4CGIA 4DTJA 3EY1A 4CGGA 2JGUA 4BE0A 3QEIA 3NF8A 3U6FA 1TKDA 3SUPA 4E19A 3VQDA 4CE9A 3OYFA 4DQQA 3V1OA 4JRQA 4OVLA 1UAXA 2FBVA 3OVNA 4CGHA 3L3VA 2LSNA 4NYNA 4CHYA 1JLEA 3HVTA 5KGXA 1J53A 5C42A 3OYGA 1CZBA 2YNGA 4CF9A 1D9DA 1LWFA 2AJQA 4FLYA 2PY5A 2IAJA 4N41A 4F3TA 4DU4A 3AA2A 2G8KA 3MXIA 1ITGA 1SKWA 4IKFA 1BI4A 2RF2A 3LAMA 3E01A 1FKOA 3VA3A 3L2VA 3HPGA 4RW4A 3VQ6A 3HPOA 3RTVA 4OGEA 1C1AA 3KKRA 3L3UA 4ZHRA 4BDZA 1NJZA 3CFRA 2XRIA 1JLFA 2IGIA 3I8DA 4KRFA 4HVJA 3VQBA 2ZD1A 4FVMA 1NJWA 2GBZA 2OPPA 4CJLA 4B3OA 3OS1A 1MU2A 4B9NA 4DSFA 3TI0A 5I42A 3F73A 3KLIA 3TAGA 1RILA 1JXEA 3ZSXA 3HJFA 4CJ4A 4HCBA 3NAEA 1RT2A 1NKBA 3T19A 1CXUA 4DU3A 4KKOA 4LSNA 1QQCA 3TWHA 3KK3A 4DTOA 3VQAA 3KLHA 4C8LA 2HNZA 2KW4A 4PY5A 1TK8A 4DTUA 4DQRA 4CF8A 3LDSA 5KTQA 1YVUA 2HHTA 1FK9A 5HRNA 3D45A 3ZT2A 2ATQA 1NK5A 3RMCA 4DF8A 3DLHA 4PWDA 5EU7A 2OPRA 3VQ9A 2PZSA 1D9FA 3KTQA 2HVHA 2VG6A 4MFBA 4UQGA 4DFMA 2DFHA 4O0IA 1C1BA 5DMRA 2P5OA 1LV5A 2P51A 3RMAA 1HYZA 4Y1CA 4DTNA 4F2RA 1RDBA 3ZSWA 3RMDA 4H4OA 1NOYA 4PQUA 3VQEA 3OYEA 4GW6A 3OJSA 2IC3A 3ZT3A 4KAZA 4OLBA 4RW8A 1JKHA 3C6UA 3QINA 1SKRA 3QESA 1WSIA 1UA1A 4FJ5A 4KHSA 1BIZA 1NJXA 2NUBA 1O1WA 3AVBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3KLI A;  3TAG A;  1RIL A;  1JXE A;  3ZSX A;  3HJF A;  4CJ4 A;  4HCB A;  3NAE A;  1RT2 A;  1NKB A;  3T19 A;  1CXU A;  4DU3 A;  4KKO A;  4LSN A;  1QQC A;  3TWH A;  3KK3 A;  4DTO A;  3VQA A;  3KLH A;  4C8L A;  2HNZ A;  2KW4 A;  4PY5 A;  1TK8 A;  4DTU A;  4DQR A;  4CF8 A;  3LDS A;  5KTQ A;  1YVU A;  2HHT A;  1FK9 A;  5HRN A;  3D45 A;  3ZT2 A;  2ATQ A;  1NK5 A;  3RMC A;  4DF8 A;  3DLH A;  4PWD A;  5EU7 A;  2OPR A;  3VQ9 A;  2PZS A;  1D9F A;  3KTQ A;  2HVH A;  2VG6 A;  4MFB A;  4UQG A;  4DFM A;  2DFH A;  4O0I A;  1C1B A;  5DMR A;  2P5O A;  1LV5 A;  2P51 A;  3RMA A;  1HYZ A;  4Y1C A;  4DTN A;  4F2R A;  1RDB A;  3ZSW A;  3RMD A;  4H4O A;  1NOY A;  4PQU A;  3VQE A;  3OYE A;  4GW6 A;  3OJS A;  2IC3 A;  3ZT3 A;  4KAZ A;  4OLB A;  4RW8 A;  1JKH A;  3C6U A;  3QIN A;  1SKR A;  3QES A;  1WSI A;  1UA1 A;  4FJ5 A;  4KHS A;  1BIZ A;  1NJX A;  2NUB A;  1O1W A;  3AVB A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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