3SJJA

Rb69 dna polymerase triple mutant (l561a/s565g/y567a) ternary complex with dupnpp and a deoxy-terminated primer in the presence of mn2+
Total Genus 309
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
309
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transferase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
publication title Structural Insights into Complete Metal Ion Coordination from Ternary Complexes of B Family RB69 DNA Polymerase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DNA polymerase
total genus 309
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-06-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3sjjA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3sjjA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3sjjA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3sjjA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3sjjA03
3OYCA 4FLXA 4JLHA 1JKHA 3O3FA 3VN5A 4R5PA 1WNSA 3HO1A 4AHUA 3ZT2A 4CIGA 1HNIA 4FJ9A 3OYEA 5CZ1A 4Z4EA 3H08A 4KKOA 4Y1CA 1L3TA 1QSSA 3SUOA 4M45A 2DTUA 4BE1A 1WSFA 2WONA 1YT3A 4Z4GA 1I3AA 3CFRA 4K8ZA 1C1AA 1F21A 4FVMA 4FLUA 1IKWA 4B8AB 3SZ2A 3ISNC 3SV4A 4N76A 1VSLA 3CYMA 3CM6A 4HUFA 1NKEA 1LW0A 3I8DA 2PYLA 4CECA 1WSJA 3V1OA 1JLBA 1IH7A 4FJKA 2E6MA 4KPYA 3G0ZA 4DFJA 4NCAA 3QERA 4HHTA 2RKIA 3B6OA 1NOZA 2A1SA 4CF9A 4NCBA 1TKDA 1C1CA 1SL1A 4HCBA 2X78A 1UOCA 3ALYA 4LSLA 4RW8A 1RDAA 3AO2A 3K2PA 4CCHA 4CJWA 5C24A 3MXJA 3KIOA 3S3OA 4M3TA 3V1QA 1NK8A 2HHXA 1NK7A 2OZSA 4OVLA 2LSNA 3KJVA 2Y1IA 4DTRA 3SCXA 3SI6A 1KVAA 4CHQA 3NH1A 3TANA 4KHQA 4O55A 3AO1A 1BCOA 4KHYA 4MQ3A 1NK6A 4E1NA 1JLAA 4CJSA 4Z0UA 4E7LA 1IO2A 1JLEA 4E19A 4CJPA 1TK8A 2HHTA 3LANA 4ID5A 5SZTA 4GMJB 4ID1A 3NGYA 2XY8A 5HRSA 1CLQA 3HT3A 1ZBHA 3DYAA 3P83D 2X6NA 1WAFA 2BE2A 3CQ8A 3DRPA 4CJFA 1HYVA 2PY5A 4KHSA 3KD1E 5K14A 4B08A 4B9UA 1VSIA 3V9ZA 4DQPA 1U47A 1I39A 3S9HA 1KCFA 1D9FA 4KAZA 1Q9YA 2ZQBA 1RDDA 4DSEA 4W5OA 4CEDA 2ETJA 1B9FA 1HYSA 3TAFA 1GOBA 4ELVA 1NJZA 3K5NA 4W5RA 3PO5A 3IS9A 3RRHA 4KHNA 1L3VA 3ASMA 2HMIA 4E0DA 5HBMA 2X74A 3AA3A 4CFBA 4DTUA 1HQUA 4LSNA 5FDLA 1RBRA 1VSJA 3LWMA 1QHTA 2FBXA 3NF9A 1L3SA 4PUOA 1FK9A 3JYTA 3ZSOA 1U49A 4DQIA 4FXDA 4KO0A 4Z4HA 4DF8A 1EXQA 4DQQA 4DSLA 1FXXA 5HRRA 3NHGA 3ZT4A 2YV0X 3VQEA 4AHCA 4EZ6A 4CHYA 2YHAA 3TAQA 4KREA 3QIPA 1N6QA 2QKKA 4OKKA 2F8TA 5FROA 3LZIA 1HMVA 3OYIA 4KHWA 1JL1A 2D0AA 4JRQA 1ASUA 1RNHA 4CF1A 3NH2A 4CE9A 2QKBA 2B4JA 4FLYA 4JS5A 3HP9A 3V81A 3SJJA 1Q9XA 3IAYA 4FK2A 1SV5A 1S1XA 2AJQA 1D5AA 1ZBUA 1T7PA 4CFDA 3OYLA 1A5VA 2G8WA 4M3WA 2EHGA 3AVJA 3O4NA 4B9LA 4QAGA 4GW6A 1BGXT 4DTNA 3U3GA 3VQ6A 2HHSA 1RDBA 2HHQA 1RT3A 4C8LA 1TAUA 3AVHA 1X9MA 3SQ4A 4FJ5A 3VQ4A 3OYGA 3QESA 1ZBFA 3AVCA 4FM2A 5JS1A 1BHLA 2HNYA 2VWKA 4DS5A 3QNNA 1LAWA 2KFZA 1L5UA 4E7JA 3DMJA 1ZBIA 4C8MA 4KHUA 4KTZA 1LV5A 3QEWA 2GBZA 3HPOA 4J2DA 5J2QA 3DLEA 4CK1A 1ITGA 3U3YA 4KB1A 3ZSZA 2FBVA 3AA5X 1VRTA 4CJ4A 3OYKA 1A5WA 2EX3A 4CEZA 4NCGA 3K58A 3G10A 4IG3A 3LALA 3AO4A 1JLFA 4KFBA 4ELUA 3P5JA 4DSFA 1BL3A 3AVFA 4CFAA 1XC9A 4KTQA 1TK0A 4AILC 3L2UA 1HNVA 4DQRA 3TI0A 4I9QA 3VA0A 5FRMA 3ZCMA 5C25A 4DU3A 4DG1A 2HNDA 3OY9A 2JGUA 2Y1JA 3SPYA 1W9HA 1X9WA 1S6QA 3KKSA 3VQQA 3ZT1A 5EU7A 4BWMA 3KD5E 1RT7A 4FK0A 3ZSQA 1TK5A 1C0UA 1U04A 3F73A 3ZSRA 3WNFA 1NJXA 4M3YA 1WN7A 2YKMA 4DTJA 3VQBA 3OYHA 3KK1A 3QIOA 4LD0A 1NOYA 4I2QA 1RCHA 3DI6A 4HUEA 1SKRA 2F96A 3AVMA 1ASVA 1QE1A 4FJ8A 4FJXA 4KI4A 2IC3A 3C6UA 3D45A 4M3ZA 3CG7A 3EYZA 3E01A 4CIEA 1LW2A 2XRIA 2Z1GA 4CEBA 1T8EA 2D5RA 1T05A 4Z4IA 3BGRA 3T3FA 1NJYA 2KZMA 4FJ7A 4NYFA 4DTOA 4PA1A 4RG8A 2B5JA 4I2PA 2P51A 3PUFA 3AV9A 1ZBLA 4GVMA 1YVUA 4CK3A 3V4IA 3D0PA 4KI6A 3HP6A 1IG9A 1RT1A 3AO5A 3VA3A 4O0JA 3FFIA 4CGGA 3K5MA 1KVBA 2FBTA 2YNHA 2A1RA 4C8OA 4CGDA 4CK2A 3F9KA 4DLEA 1RTIA 4I7FA 2XY7A 1KSPA 1J5OA 4F2SA 1WAJA 4FJGA 4BDPA 2IDOA 4CJVA 1KFDA 3HL8A 3OYMA 4JS4A 3PX0A 1NK0A 4L8RB 1HJRA 3EZ5A 1SL0A 3NF6A 2VG5A 5HRPA 1KFSA 1WSGA 1BIZA 3CM5A 1O1WA 3V9UA 3K5OA 1RBVA 4FZZA 4DTPA 3SQ2A 1TL3A 4CJTA 4FYDA 4FLWA 3C6TA 3VQPA 2RN2A 4CJQA 3O3GA 1QTMA 2XY6A 1Y97A 4DLGA 2O4GA 1B92A 1EKEA 1S1VA 2IAJA 2X6SA 5SWMA 2OA8A 4HCCA 4KV8A 2RPIA 1JXBA 4TSXA 4O5BA 2OPQA 4OGCA 4BACA 4NYNA 2G8HA 2XO7A 4AHTA 2RF2A 3SUPA 3TWHA 3ZT3A 4B9VA 2OZMA 3TARA 3RMCA 4AHSA 1NK4A 1X1PA 1BI4B 4CEAA 5CZ2A 3HPHA 2VG6A 3IRXA 4FJIA 4CF8A 3U6FA 2YNGA 1R0AA 2W42A 3SNNA 1S6PA 1TKXA 1QSYA 2DFHA 3SUQA 4FJJA 3AVGA 2R7YA 1HYZA 4CEEA 5HROA 4W5NA 3SQ0A 2DY4A 3AA4A 4J2AA 4FZXC 2HNZA 1VSDA 4B9TA 3KLIA 1UAXA 3NAEA 2HVHA 4E7HA 3M8RA 1WSIA 4WE1A 2D0CA 3NDKA 1BIUA 1VSMA 3PX4A 4FZYA 4C8NA 4O0IA 1WSEA 4CJ3A 3ITHA 5FRNA 2KTQA 4DSJA 4O44A 3K5LA 5KRSA 3KK3A 3AVLA 1VSEA 1BI4A 2Z1JA 4OGEA 3VQDA 3OYJA 4M3XA 1RT2A 4BE2A 1S1WA 3RTVA 3V9SA 5HLFA 1KLNA 3KLGA 4LH5A 4CJKA 3QNOA 1JLCA 3MEEA 5C42A 4H4MA 2BGGA 1C1BA 3WNHA 3QEIA 2YNFA 4FCYA 1TKZA 2HVIA 1RILA 4FW2A 4OKJA 3NGZA 1XHZA 1EP4A 3DRRA 3WNGA 2G8UA 3RR7A 4E1MA 1LWCA 4FM0A 2G8IA 3LWLA 4W5TA 2KQ2A 1JLQA 1TAQA 4DTMA 3C94A 3P1GA 5J1EA 1VSFA 4W5QA 3L2RA 3MECA 1NKBA 3HPGA 4CJ5A 3PY8A 4DSIA 4IDKA 1IKVA 3PV8A 4F8RA 4Q5VA 4MFBA 1QQCA 1XHXA 4N47A 3KTQA 4FM1A 2P1JA 1EX4A 1XWLA 2QXFA 4FLVA 5KI6A 4PY5A 2OPPA 3NBPA 2P5GA 2JLEA 1Z25A 4RW4A 4DTSA 4J2EA 4CIFA 1CZ9A 2KFNA 4OJRA 3CFPA 5J2NA 1A5XA 1YTUA 1HPZA 3PX6A 3NF7A 1CZBA 4FJLA 1KLMA 4EP4A 5E41A 3SQ1A 4RW7A 2IOCA 4J2BA 2OPRA 4ZHRA 5CY4A 1B9DA 1TV6A 1RBUA 1RT4A 1N5YA 4DWIA 2BANA 3ZSXA 4CJRA 3OJSA 1BQMA 3NCIA 2I5JA 3AVKA 5I42A 3DLHA 1XI1A 1IKYA 1RTDA 3UIQA 2NUBA 4N5SA 3SV3A 3S3MA 4E7KA 3ZSVA 3MXIA 3O3HA 3L2VA 3QETA 1DTQA 4RW6A 4FK4A 4CF2A 1NJWA 2G8KA 3DLRA 3HYFA 3TR8A 3V9XA 3L8BA 3LPTA 1C0TA 2PZSA 1TKTA 4LH4A 2D0BA 3QINA 3TAEA 4AH9A 4CGFA 3DLBA 4CGHA 4IG0A 3HJFA 4N41A 1JXEA 3LP2A 4EP5A 5HP1A 1U45A 4B9MA 1C6VA 1WLJA 4FLZA 4ELTA 1QSLA 3LPUA 1UA0A 2HHWA 3K59A 4ZTJA 4M42A 1VSKA 1RTJA 3OVNA 1HRHA 4AHVA 3AO3A 1ASWA 4HVJA 3L2QA 1Z26A 3O4QA 4M41A 1EETA 3CFOA 2XY5A 4CERA 4Y1DA 1GOAA 3HM9A 3QEVA 4BE0A 4FJNA 4M3RA 3RMAA 2G8VA 3T19A 2E4LA 1IKXA 3ZT0A 3LZJA 5KGWA 1S5JA 3V1RA 3QEPA 1W0HA 1SKWA 3LP1A 4H8KA 3OS2A 2HHUA 1JL2A 1RBSA 1T03A 2HB5A 4E7IA 3THVA 4B9SA 3C95A 4B3OA 4FJMA 1VRUA 1ZYQA 3OYDA 3MAQA 3LAKA 1KTQA 3TABA 2Z1HA 3AVIA 5KRTA 3KK2A 4I9LA 4B9NA 1CXQA 2IS3A 4OPKA 4QOZB 3VQ5A 1RDCA 1U4BA 3LP0A 3SUNA 2G8FA 2IGIA 1S1TA 3VQ7A 3NF8A 1DLOA 3VQCA 3KLEA 3KLHA 3K57A 1D9DA 5CYMA 2GUIA 4XIUA 2KW4A 3ULDA 3DOLA 4YNQA 3AVNA 1KRPA 3OS1A 2ZE2A 3TAGA 1VSHA 4CFCA 2Z1IA 4CJUA 3QEXA 4LY7A 3RMBA 2XHBA 2OPSA 4HUGA 3OYFA 2WOMA 3DOKA 4CESA 2Q3SA 3RR8A 4DSKA 1TGOA 1VK0A 4HTUA 3AVAA 1L3UA 3M8SA 2HHVA 3M8QA 3RRGA 4DU1A 2E6LA 1NK9A 3OYBA 1RT5A 3S3NA 3SPZA 3BDPA 3A2FA 1HQEA 3RMDA 4FJHA 1RT6A 3OS0A 3V6DA 1YTAA 2GV9A 3HXMA 1RTHA 1NKCA 4Q0BA 1TVRA 4O4GA 2OYQA 1LWFA 4CGJA 3AA2A 2ZD1A 1UA1A 1U48A 3V9WA 2VWJA 3OYAA 1C0MA 3NGIA 3JSMA 4DFPA 4KRFA 1RBTA 5DMRA 3VQ8A 4CHNA 4PQUA 4IFVA 3DM2A 4H4OA 4EZ9A 4BDYA 4OLAA 1S9EA 3KLFA 3TAMA 1X9SA 4CGIA 4FLTA 1KVCA 4N56A 5JS2A 3HVRA 4DTXA 3L3UA 4Z4CA 3B6PA 4CHPA 2FBYA 3L2WA 1Q8IA 1BCMA 4CJLA 1S9GA 3I0RA 4F4KA 4RW9A 3ZSWA 3AVBA 5KGXA 1NK5A 4G1QA 4Z4FA 2YHBA 2P5OA 2DFEA 3L3VA 3QLHA 4ICLA 4CEFA 4DFKA 2YNIA 1BQNA 5J2PA 1FKPA 1J54A 3QO9A 3LP3A 4F3TA 3MEGA 1LWEA 4M3UA 3DLGA 4ZTFA 2O4IA 3NH0A 1CXUA 2DFFA 3DLKA 4OKEA 4KB0A 4FW1A 3LAMA 4IFYA 4CJEA 1D8YA 5T7BA 4F2RA 3I0SA 3M8PA 3WNEA 4CEQA 3VQ9A 4OPJA 1SKSA 1REVA 4K8XA 4OLBA 1UWBA 4IKFA 1BISA 3TAPA 1J9AA 1S1UA 4IBNA 3RWUA 1JLGA 1MU2A 5J2MA 3HK2A 2VG7A 1SL2A 2ITGA 5I3UA 4PWDA 4KTWA 1TL1A 3ZSYA 4DMNA 1LAVA 3KKRA 3EY1A 5KTQA 4CF0A 1J53A 4C8KA 4CEOA 5HRNA 5CYQA 3LDSA 3MXMA 4E3SA 2BDPA 3OYNA 2FC0A 3NE6A 3T1AA 4E89A 1DTTA 4JRPA 1K6YA 4DF4A 2QK9A 4DS4A 3HSTB 1WSHA 3HVTA 5DK5A 4B8CA 4UQGA 5D3GA 4F3OA 3NFAA 2HW3A 1GOCA 1FKOA 3IG1A 4DFMA 4CHZA 4CHOA 2PYJA 3PO4A 2B6AA 4YFUA 4BDZA 4AHRA 1G15A 3DRSA 2ATQA 3MEDA 2YKNA 4DQSA 2KZZA 1SUQA 4QCLA 1QS4A 3OJUA 3VQAA 3SYZA 4BWJA 2F8SA 4DU4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3OYC A;  3OGM B;  3C65 A;  3RSE B;  1MHY G;  4DUY K;  4BRN A;  4Z4E A;  4CZM A;  1QSS A;  1L3T A;  4M45 A;  2P9P B;  4Z4G A;  4M7X A;  3CFR A;  4B8A B;  1IKW A;  2PAV A;  3CYM A;  3QIC A;  4BRP A;  2P9K A;  1LW0 A;  3D6R A;  2PYL A;  1WSJ A;  1YXQ A;  2E6M A;  3SMP A;  4DFJ A;  1IBK K;  4NCA A;  1QQM A;  1NOZ A;  4NCB A;  3RSE A;  3CI5 A;  4IXC A;  1RDA A;  3AO2 A;  4IFE A;  2FXU A;  4M3T A;  4BRQ A;  3KJV A;  5C2D A;  3CHW A;  5F2R A;  1KVA A;  3MKS B;  5F1X A;  4KHQ A;  3AO1 A;  5ADX A;  1OH5 A;  1E3M A;  4KHY A;  4Z0U A;  1IO2 A;  1YJ9 N;  4CJP A;  2HHT A;  1ZBH A;  3HT3 A;  3P83 D;  2X6N A;  5AQP A;  2BE2 A;  5H37 A;  1HYV A;  4KHS A;  4BVP A;  5KQ8 A;  3WQU A;  4B9U A;  4DQP A;  1WBD A;  3M6G A;  2O8B B;  1Q9Y A;  4W5O A;  1B9F A;  4X66 K;  3IS9 A;  5FPD A;  3FZH A;  3ASM A;  3AAR A;  3AA3 A;  3VEO A;  1QHT A;  2YJE A;  1FZ1 E;  4GAM C;  3C6A A;  4PUO A;  3TSU A;  4KO0 A;  4Z4H A;  3CD6 N;  1IV0 A;  1EXQ A;  4DSL A;  1FXX A;  3L0M A;  3NHG A;  3ZT4 A;  3VQE A;  4K42 A;  2O8B A;  3OA9 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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