3SNNA

Rb69 dna polymerase (l561a/s565g/y567a) ternary complex with dctp opposite dg in the presence of mg2+
Total Genus 323
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
323
sequence length
903
structure length
903
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFAF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Structural Insights into Complete Metal Ion Coordination from Ternary Complexes of B Family RB69 DNA Polymerase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 5'-D(*TP*CP*AP*GP*GP*TP*AP*AP*GP*CP*AP*GP*TP*CP*CP*GP*CP*G)-
molecule tags Transferase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 323
structure length 903
sequence length 903
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-06-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3snnA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3snnA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3snnA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3snnA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3snnA03
2GUIA 3P83D 4OGEA 4CGGA 3I0RA 3CG7A 3RR8A 3O4NA 1UAXA 4Z4CA 4KRFA 4FZZA 3L3UA 3ZT4A 3SNNA 4KHNA 5E41A 2DY4A 3SV4A 3KLEA 3K5LA 2KQ2A 3KKRA 2RN2A 3SQ0A 4B9SA 4E7IA 4DQQA 5KTQA 1WSFA 4E1NA 3VQAA 2YHBA 4F3OA 1YTAA 4AHCA 1YVUA 4O5BA 3KK1A 3AVNA 3K59A 4W5RA 2RKIA 1UA0A 1U48A 3IAYA 3V1QA 2Z1HA 3AVBA 4IFYA 3QO9A 3K5NA 3V9WA 4DFMA 3S3OA 1TKTA 5HRSA 1CXUA 1WSEA 5KGWA 1S1VA 4B9UA 2HVHA 4JRQA 3S9HA 1WSIA 1NOYA 2FC0A 1RT4A 3CFPA 1REVA 3QEWA 3LZJA 2Q3SA 4CEQA 3ALYA 4E7JA 4CF0A 4CGDA 3QEPA 4CFDA 4DSJA 3KLGA 4HUFA 1JLQA 3EY1A 2Z1IA 1TK5A 2PYJA 2FBYA 3LDSA 3D0PA 4FJXA 1BGXT 3VQEA 3AO3A 4ELVA 1HRHA 3JSMA 5FRMA 1WAJA 2VWKA 1U45A 3HPGA 2WOMA 4KB1A 3DI6A 1TKXA 5JS2A 4NCAA 3NF6A 1IO2A 1FK9A 1SUQA 4LY7A 1ZBFA 4CJWA 2FBXA 4FW2A 1RDCA 2IAJA 4OKJA 4DU4A 4M3UA 4JRPA 1WAFA 2YV0X 1XWLA 1JL1A 2P5GA 1TGOA 1G15A 4H8KA 4CESA 2XHBA 4O0IA 1VSIA 3AO2A 4AHSA 1HYVA 5KRTA 3OYHA 4FXDA 3RR7A 4CJ5A 3VQ7A 4Z4HA 2VG7A 4BWJA 4CJUA 2HHWA 3OYIA 4FLWA 4KHQA 3AA4A 4LD0A 5HROA 1N6QA 1HQUA 4FM1A 4FCYA 3NH0A 3VQ6A 4CF8A 2YNIA 3HYFA 4KTQA 1KVCA 3K2PA 4I2QA 4IG0A 4DLGA 1JXEA 3T1AA 3JYTA 3MEGA 4O44A 3DOLA 4FW1A 5HRRA 2GBZA 2X74A 4LH4A 4QAGA 3OY9A 4PWDA 4L8RB 1T7PA 1RTHA 2OPPA 3ZSRA 4OPJA 1MU2A 4FVMA 4DTXA 4FJGA 3ULDA 1JLAA 3OS0A 4JLHA 3SCXA 3SUQA 3AVKA 4DU3A 4FM0A 3AA5X 3AV9A 4KHWA 4B8AB 2D5RA 2ATQA 4CGFA 4M3XA 4RG8A 4KHUA 3KK2A 5J2QA 3KLFA 3LZIA 1JLEA 1TL1A 3OYFA 1WN7A 1TK8A 4HUEA 3FFIA 3KLIA 4IDKA 4MQ3A 1LWCA 3OYJA 2OA8A 1WSJA 4ID5A 3VQPA 3DLBA 1NK5A 3V1RA 4FJLA 3LWLA 3V9ZA 2PY5A 2E4LA 3RRGA 3KD5E 2I5JA 2YNGA 3VA0A 1O1WA 3PO4A 4OLAA 4CHYA 3L2WA 1KRPA 3LWMA 1RNHA 3U6FA 4CEFA 3KLHA 3L2UA 4DSFA 2Y1IA 3CFRA 4AHRA 4KPYA 2BE2A 4NYNA 3VQ8A 3MXMA 1D5AA 3QLHA 3VQ9A 5J1EA 4FYDA 4DQIA 4M45A 3AVGA 2IS3A 3CYMA 3HSTB 4IKFA 1BI4A 4DSIA 3OJSA 1RTDA 4FJ5A 3NGZA 4YNQA 3OJUA 3VN5A 1RBUA 4CHPA 3TAQA 1XC9A 4FJ8A 1VSEA 1TL3A 3WNGA 4Z4EA 2HHSA 4CK1A 2OZMA 2ZD1A 1BQMA 1HNVA 4ZHRA 1NK7A 2JLEA 1NJYA 1NJXA 3SUOA 1KLMA 4FJ7A 1RBRA 3P1GA 3SUPA 4CE9A 1RTIA 1L3TA 4B3OA 1EP4A 3DM2A 4ZTFA 3AVLA 5CZ1A 4FK2A 4KHYA 4Y1CA 1IKXA 4CIGA 1CLQA 4IFVA 1TV6A 4DLEA 4JS4A 3V6DA 1NJWA 2YKNA 4K8ZA 3ZT1A 4B9VA 1NK9A 3HP6A 3K5OA 4HVJA 2HMIA 3VQBA 3AVMA 4I9LA 2G8KA 2X6NA 1EKEA 1HYZA 2RF2A 5HRNA 2WONA 4B8CA 4KFBA 1C0MA 4PA1A 3HPHA 3VQ5A 3S3MA 2XY6A 1D9FA 3LAKA 5DK5A 3O3FA 4CHOA 4W5OA 3ISNC 1KSPA 4ID1A 4O0JA 4DS4A 1KCFA 2D0AA 5HLFA 3LP0A 1X9MA 4F2RA 3QERA 4FLVA 4E89A 5KGXA 1CXQA 2FBTA 4BE0A 3K58A 4B9TA 1U04A 4ELTA 1JLGA 4JS5A 3NF8A 1HMVA 1RDAA 1Z26A 2P51A 3AVHA 2DFHA 3NFAA 4LSLA 4OPKA 4KREA 1S1TA 2IC3A 4DMNA 2QK9A 4KI4A 2IDOA 2XY5A 4NCBA 3QNNA 4CERA 3QETA 1I3AA 2D0CA 1KTQA 1UOCA 2ETJA 4FJHA 3HT3A 4DSEA 4PUOA 4PY5A 4CJ3A 4DTRA 4BDPA 1ZYQA 4N47A 3ZT3A 1C1CA 3PX0A 4NCGA 3OYEA 4AILC 3SJJA 3CM6A 3NH1A 3RMCA 1VK0A 1C0UA 2E6LA 1UA1A 2F8SA 2O4GA 1C1AA 3NE6A 1QS4A 1SKRA 1FKPA 3HP9A 3OYBA 1TK0A 4LH5A 1TAUA 4IG3A 4CFCA 3DLGA 4Z0UA 4HHTA 4FLTA 3WNHA 2F96A 2YKMA 4Q5VA 1VSDA 3M8RA 1VSHA 4FJIA 1GOAA 2HNDA 5HRPA 1T05A 1B92A 1DLOA 1D9DA 1VSJA 1X9WA 1B9FA 4DQPA 1HPZA 3PY8A 4J2DA 3QINA 4N76A 3F73A 1ZBLA 2OYQA 1S1WA 4B9LA 4CEOA 3OYAA 3SUNA 4W5TA 4J2EA 1NKBA 2Z1GA 2KW4A 3A2FA 1BIZA 4CJVA 2QKBA 2A1RA 1WSGA 3LP2A 4Z4FA 4B9MA 4DTJA 3NF9A 4J2BA 5K14A 1LWFA 3PO5A 3NBPA 3ZSQA 3RMDA 2A1SA 1N5YA 3SV3A 4E7HA 4FLXA 3VQ4A 1W0HA 1JLBA 3LPTA 4CEZA 5J2MA 3NHGA 5SWMA 4Y1DA 3PUFA 4CJQA 2W42A 4CK3A 3CFOA 4DSLA 4KI6A 2E6MA 3NGYA 1WSHA 3T19A 4E7LA 3HK2A 5CY4A 3NGIA 3L2RA 2XO7A 3H08A 3UIQA 3AVJA 2B4JA 4K8XA 2O4IA 4DU1A 1ITGA 3TAGA 4RW7A 1U4BA 1DTTA 1RDDA 3F9KA 4Z4IA 4CGHA 4BDZA 5D3GA 5I3UA 1L3UA 4J2AA 1K6YA 4CGIA 5C42A 4XIUA 2VWJA 2G8UA 1IH7A 1RBVA 4GVMA 5DMRA 2P1JA 1ZBHA 3QESA 3WNEA 3L2QA 3M8QA 2HVIA 5EU7A 4OKKA 3KTQA 1ASVA 3O3HA 2DTUA 3MEDA 3OYNA 2P5OA 4AHUA 4C8LA 1J53A 1RCHA 2BDPA 4KV8A 4DS5A 1SL1A 3K5MA 4CFAA 4DG1A 4KTWA 2ZE2A 4CEAA 4CCHA 1Q9XA 1A5VA 3IRXA 1RBTA 3TABA 3MECA 2PYLA 2HHTA 3NDKA 4OVLA 2FBVA 4CIEA 3HO1A 3HJFA 4CEEA 1L5UA 1QTMA 4E0DA 2X6SA 4TSXA 2AJQA 3SI6A 3KJVA 1RT5A 3QEXA 4M3ZA 4W5QA 3ZSXA 1VSLA 3VA3A 2VG6A 4EZ9A 2KFNA 4FJ9A 3C6TA 4AHVA 3B6PA 1W9HA 2B5JA 1ZBUA 4AHTA 5T7BA 1S6PA 2GV9A 4CF1A 2G8IA 3ZT0A 4O4GA 2Z1JA 3TI0A 4KB0A 4ICLA 4CHQA 1T03A 3SQ1A 3QEIA 3IG1A 5FROA 3K57A 2LSNA 1NKCA 1TKZA 4DFKA 1JXBA 4F4KA 3C6UA 4PQUA 4CJTA 4FLYA 4CK2A 4AH9A 4CJ4A 2OPQA 4CJFA 4FK0A 1Q8IA 4DTMA 2IGIA 3CM5A 2G8VA 3IS9A 2HNZA 4CGJA 3P5JA 4FZXC 1Z25A 1BL3A 4W5NA 4HCCA 5CZ2A 1JKHA 4DTPA 1B9DA 4RW8A 3D45A 4DFPA 2KFZA 2HHXA 4M3TA 4FJMA 5FRNA 3OYMA 4DSKA 3TAEA 1EETA 1BIUA 1KLNA 4DTUA 3ZCMA 2BGGA 4FJKA 3V4IA 4RW9A 3DYAA 3L3VA 3OS2A 1DTQA 1KVAA 2IOCA 1CZBA 3OYKA 1EX4A 3CQ8A 3AVCA 3QIOA 4RW6A 3V9SA 1L3SA 1QHTA 3DRRA 1T8EA 4N41A 5CYQA 4B08A 2OZSA 1EXQA 4M41A 4RW4A 1BISA 4CJEA 2HHUA 1QE1A 3LANA 3TARA 3ITHA 1NOZA 1LAVA 3I0SA 3WNFA 1TKDA 2PZSA 3BDPA 1RT6A 3NH2A 1VRTA 3M8SA 1BCOA 4DWIA 2YNFA 1HJRA 3PV8A 2XY7A 3ZSOA 1IG9A 1SV5A 3E01A 4E19A 3SPZA 1FKOA 4BE1A 3B6OA 3PX4A 2QKKA 2NUBA 1TVRA 4DTNA 4Z4GA 4BACA 3KD1E 1LWEA 2EX3A 2VG5A 4GMJB 4DQSA 4B9NA 5SZTA 2OPRA 4F2SA 3QNOA 1VSFA 3OYLA 3RWUA 3ASMA 4EP5A 2ITGA 2QXFA 2HHVA 3ZSVA 1KVBA 4M3RA 3EYZA 3AO4A 3RRHA 1NKEA 3G0ZA 4GW6A 2B6AA 4H4MA 3L2VA 1X9SA 3V81A 2KZMA 1KFDA 4FLUA 4OKEA 2R7YA 3MXIA 3HPOA 1XI1A 4M3WA 4LSNA 3DMJA 4O55A 1IKVA 3ZSZA 2XY8A 2DFEA 1BHLA 1HNIA 1BI4B 3ZSYA 1U47A 4UQGA 4CFBA 1HYSA 4H4OA 3U3YA 1XHXA 4KTZA 1BQNA 4DTOA 3DLEA 1RDBA 4CEDA 4I9QA 1D8YA 1FXXA 4F3TA 1LV5A 3RMBA 4CHNA 1R0AA 1RILA 4F8RA 2KTQA 1J5OA 1ZBIA 3VQQA 3KK3A 3SZ2A 3BGRA 3AVAA 1S1UA 5C25A 2G8HA 1S9EA 1NK0A 1LW2A 1QSLA 4KAZA 1SL0A 1VSKA 3ZT2A 3TAPA 4HUGA 3LAMA 1VRUA 3NF7A 3PX6A 4NYFA 3C94A 1X1PA 1I39A 1Y97A 3ZSWA 5JS1A 3DRSA 3EZ5A 3G10A 4WE1A 1UWBA 4FM2A 1A5XA 3TAFA 1IKYA 5J2PA 3MXJA 3SYZA 1ASUA 1J9AA 3RTVA 1NK4A 3LPUA 2D0BA 1C1BA 1GOCA 4ZTJA 1GOBA 2HB5A 1L3VA 2EHGA 4DF4A 3C95A 1QSSA 1RT3A 1S6QA 4ELUA 4OGCA 3OS1A 1RBSA 1RT1A 4BDYA 3QIPA 4CJSA 1TAQA 2OPSA 2G8FA 3V9XA 4BE2A 1C6VA 5J2NA 4KKOA 1RT7A 4M42A 1QQCA 1YT3A 4G1QA 3O4QA 1YTUA 1LAWA 4IBNA 4R5PA 4EZ6A 1S9GA 4C8OA 3SQ4A 2RPIA 3SPYA 3TANA 2F8TA 4M3YA 1XHZA 4CECA 1VSMA 3VQCA 4CJRA 4C8KA 1WNSA 1A5WA 2BANA 3DLRA 1F21A 3TWHA 1S5JA 3LP3A 1LW0A 3TR8A 4N5SA 5HP1A 3M8PA 3NAEA 1S1XA 1BCMA 2HNYA 4CEBA 2HHQA 1RT2A 4OLBA 3U3GA 4KHSA 4EP4A 2DFFA 3OYGA 1ASWA 3AA2A 3HM9A 3L8BA 3MAQA 1RTJA 2XRIA 4E7KA 3RMAA 1U49A 2Y1JA 5KRSA 3AVIA 3AO1A 1C0TA 4FJJA 5C24A 3DLKA 2YNHA 5CYMA 4FJNA 2ZQBA 4QOZB 4FK4A 5FDLA 1SKWA 4I7FA 3OYDA 3DLHA 4CF9A 1JL2A 3V1OA 4QCLA 3T3FA 1JLFA 4CHZA 3AVFA 3THVA 4OJRA 4CF2A 4I2PA 4E1MA 1WLJA 3HVRA 3DOKA 4DFJA 4FZYA 3LALA 3OVNA 4MFBA 5HBMA 4C8MA 3SQ2A 3LP1A 4HCBA 3HVTA 4DF8A 3KIOA 2YHAA 2X78A 3MEEA 1IKWA 1JLCA 4CJPA 4YFUA 3HXMA 3AA3A 3HL8A 3NCIA 5I42A 2G8WA 4N56A 4CJLA 4FLZA 3TAMA 3I8DA 1HQEA 1QSYA 4Q0BA 3OYCA 3AO5A 4C8NA 4CIFA 5KI6A 1NJZA 4HTUA 1SL2A 4DQRA 4CJKA 1KFSA 4BWMA 4DTSA 3V9UA 2HW3A 4E3SA 2KZZA 3QEVA 1NK8A 1CZ9A 3KKSA 2JGUA 1NK6A 3DRPA 4KO0A 3S3NA 3O3GA 1J54A 1SKSA 3VQDA 1Q9YA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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