3SNNA

Rb69 dna polymerase (l561a/s565g/y567a) ternary complex with dctp opposite dg in the presence of mg2+
Total Genus 323
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
323
sequence length
903
structure length
903
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFAF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Structural Insights into Complete Metal Ion Coordination from Ternary Complexes of B Family RB69 DNA Polymerase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 5'-D(*TP*CP*AP*GP*GP*TP*AP*AP*GP*CP*AP*GP*TP*CP*CP*GP*CP*G)-
molecule tags Transferase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 323
structure length 903
sequence length 903
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-06-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3snnA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3snnA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3snnA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3snnA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3snnA03
2D0CA 5HRRA 4FYDA 3DLBA 2BANA 2KZZA 4ICLA 3ZSQA 1I39A 3AO4A 3QERA 1NK4A 1NKBA 1R0AA 1D9DA 1ZBIA 4CJLA 4KAZA 4KKOA 4CGGA 4FZYA 3SUQA 3ISNC 4FLZA 3HPOA 3AVKA 4MFBA 1GOBA 4CESA 5DK5A 4HCBA 1XHXA 4FXDA 3BDPA 4KRFA 4FJIA 1NK5A 5HRPA 3P5JA 4AILC 1RTHA 1BIZA 4G1QA 3AA2A 3SQ4A 1RDBA 1C1AA 1J5OA 3H08A 3OYFA 3S3MA 5KTQA 3M8RA 5FRMA 3THVA 1JLCA 3SV4A 4FJJA 1U04A 3M8QA 4DQRA 2PYJA 4DSLA 4OPJA 4PWDA 4FLTA 4F2RA 3V9SA 4MQ3A 1UAXA 1RTIA 1TKZA 3AA3A 3VQBA 5C25A 2P5OA 1SKSA 4LSNA 4CJSA 1NK9A 1YT3A 3DRRA 3OS2A 4O0JA 3WNFA 4DU4A 3V4IA 2E6LA 5CZ2A 1DTQA 1ZYQA 1I3AA 1TL3A 4OKJA 3O4QA 3QEVA 4CJWA 2Y1IA 4FLUA 5C42A 1NJYA 1VSJA 3OYBA 1RDAA 1S9GA 3PO4A 2QKBA 1U48A 4CF8A 3O3FA 4PA1A 3AVAA 5J2QA 4I7FA 4HUGA 4FJHA 3WNEA 4FJ5A 1CXUA 4CJTA 3K5LA 1U49A 5I3UA 3QO9A 4Z0UA 3KK3A 2B4JA 3KKSA 4W5RA 1EKEA 1B92A 1J54A 1GOAA 3HP9A 4Y1CA 4AHVA 3FFIA 4BDYA 4FCYA 1QSYA 1QTMA 1QSSA 2E6MA 2OPPA 3ITHA 4BWJA 3LP0A 1NJXA 4NCBA 4FJXA 5KGWA 2QK9A 1C1BA 1ZBFA 2HB5A 4Z4HA 4FVMA 4J2AA 2XY8A 3NGYA 3ZSXA 2G8WA 2G8IA 3TAGA 2X78A 2IS3A 1TAUA 1BQNA 3ZSRA 4B9MA 4H4MA 1IKVA 2XY6A 2HHSA 3OVNA 3LWMA 4CJFA 4CF1A 1QHTA 3AVJA 1BI4B 3NHGA 4PY5A 4GW6A 3ZSOA 2GV9A 4AHTA 3S3NA 2ETJA 1LV5A 4FJ8A 5FRNA 3NAEA 4L8RB 1Q9XA 3HXMA 1T03A 4OKEA 3SV3A 5KRSA 4FLVA 1RT7A 4DTNA 1HRHA 4CEOA 4O0IA 4OPKA 4FK0A 3QNNA 3MEEA 4CHYA 3KJVA 1UA0A 1A5VA 3MAQA 4HUFA 5HROA 3NDKA 2XHBA 3A2FA 3MXJA 3ZT0A 4LH5A 4B8CA 4CHNA 4RG8A 1JLEA 4C8MA 2Q3SA 1BHLA 1U47A 4OJRA 4KPYA 4H8KA 4CEAA 4DF8A 2F96A 1D8YA 1REVA 3O3HA 3KLHA 4DTRA 2GBZA 1KTQA 1EXQA 2VG6A 4N47A 3VQ6A 3L2VA 1S1VA 4KFBA 3CM6A 4CFBA 5K14A 2OYQA 4CHOA 4E7KA 4CIGA 3AVCA 5C24A 2G8HA 1N5YA 4OGCA 4DTMA 1W0HA 4KHSA 3K58A 2XY5A 2F8SA 3AVBA 3ZT3A 2FBXA 4CJUA 3NE6A 4J2DA 3LAMA 3DLKA 1S1XA 1D5AA 3DLRA 4CHPA 1X9SA 4BDPA 2OPSA 3LP1A 4CEEA 1RT1A 2OZMA 4N76A 1JL1A 4HCCA 3PX6A 4FM2A 2HHUA 3OY9A 3ULDA 4F4KA 1BL3A 4B9TA 1D9FA 2YV0X 3ZSYA 2HHQA 4CERA 5J2PA 4UQGA 5CZ1A 2YNGA 1B9FA 4M3XA 3AVGA 3VQPA 3DI6A 4O4GA 4DSFA 1SKWA 4W5QA 1LAWA 2G8FA 3CYMA 5JS1A 4R5PA 1MU2A 2DFFA 4E1MA 3LZJA 1LWCA 1RT6A 2O4GA 3K5NA 1NKEA 4ZTFA 1L3UA 3F9KA 4DU1A 1ITGA 5HLFA 3EYZA 4FZXC 3TABA 3OYEA 4QCLA 4IG3A 3CQ8A 4DQSA 1ZBHA 4FJ7A 1WSEA 1Q9YA 3CG7A 3NF9A 3NF6A 3OYNA 4ELUA 3P1GA 3SYZA 3RWUA 4CK1A 4DSKA 2DFHA 3RMCA 3QLHA 1HNVA 1U45A 2IC3A 4M41A 1GOCA 3OYGA 4DWIA 3QEXA 4Q0BA 3SCXA 1JLBA 4GVMA 3L2RA 2HHTA 2BDPA 2HHWA 1S9EA 4CIEA 4C8LA 3VN5A 4CIFA 3NH0A 1IKXA 2OA8A 3V1QA 1BIUA 3RTVA 4DSIA 2AJQA 4C8KA 3WNHA 3SI6A 4RW8A 4FJMA 1JXEA 3NF7A 3HT3A 3RRHA 5SWMA 1HNIA 1VRTA 1XHZA 4DTSA 4M3TA 4H4OA 5FROA 3S9HA 3VQ9A 1VSHA 1G15A 3MECA 4CF9A 1IKWA 2NUBA 4I2QA 3TI0A 4CEDA 1T05A 1LW0A 4DFJA 3ZT1A 4FZZA 2E4LA 4J2EA 2OPRA 4N41A 1WNSA 4B08A 3VQEA 3OJUA 5SZTA 4CEFA 3VQDA 3SUNA 1RT5A 3DOKA 3NFAA 1Z26A 5E41A 1C1CA 3CFRA 5CYQA 2Z1HA 4BDZA 1TKXA 4CGFA 2ITGA 3ZT4A 5KRTA 4W5TA 4DLGA 2P1JA 4FM1A 2KFNA 1JXBA 4KI4A 1CXQA 3SJJA 3PUFA 4IFVA 5CYMA 2Z1JA 1SL1A 4FK4A 3L2WA 2D5RA 2YHAA 2HNYA 3K5OA 3RMBA 4BE1A 1WSGA 5KI6A 3RMDA 4DSEA 3AVLA 1C6VA 1HMVA 5EU7A 3TR8A 4NYFA 3IAYA 4M3WA 4E0DA 2WONA 3LALA 1J9AA 4DS4A 1T7PA 4DTPA 3DRPA 4ELVA 1YVUA 2I5JA 2KTQA 2JLEA 1LWEA 5HBMA 2DFEA 1ZBUA 3C6UA 4BACA 3KD5E 4ELTA 2IOCA 4M45A 4OVLA 5DMRA 5KGXA 1X9WA 2Z1GA 5FDLA 4FJKA 3MEDA 1RDCA 3AA5X 4ZHRA 3O3GA 4E7IA 1ZBLA 1KFSA 4AH9A 2KZMA 3WNGA 1VSKA 4DS5A 3HPHA 4DTOA 1A5WA 4QAGA 4GMJB 4KI6A 1JLAA 4CF0A 2YNHA 4IFYA 3KD1E 1WSHA 3CM5A 1X9MA 3HJFA 4PUOA 3AO1A 1KVCA 4M3RA 1HQEA 1JKHA 3QIPA 4CEQA 1NK0A 3KTQA 4HTUA 4IKFA 1S1UA 4YFUA 5J2MA 1WSJA 3TARA 3VQ8A 3D45A 4QOZB 1S1WA 1TL1A 2EX3A 5J1EA 3KK1A 3B6OA 1TK8A 3C6TA 4DU3A 1NOYA 3OYHA 3KLIA 3NF8A 1B9DA 3OYKA 3L2UA 4DTJA 3QNOA 2QKKA 4O44A 3IS9A 4CGIA 1WSIA 1JLFA 5J2NA 3AV9A 3JYTA 4JS5A 3HK2A 1UA1A 4AHCA 2YNFA 4CF2A 4FJNA 4NYNA 4B8AB 1O1WA 1BQMA 3TWHA 2RN2A 3RRGA 2XRIA 4B9VA 3DLGA 3V81A 1HPZA 3DLEA 4Q5VA 1KSPA 2HHVA 2RF2A 3EY1A 3E01A 4M3ZA 3TAMA 3DRSA 1KVAA 3K2PA 2D0AA 1HYVA 1WLJA 3OYIA 1ASWA 4KTZA 2A1RA 2YKMA 4CJPA 3PV8A 4OLAA 1WN7A 3AVHA 4I9LA 3V6DA 3M8PA 1J53A 4DQPA 3HL8A 3MXMA 4KB1A 4E3SA 1JLGA 2ZE2A 2D0BA 2PYLA 4B9NA 3P83D 1EETA 2OPQA 4Z4CA 3OYLA 5D3GA 1HQUA 4O55A 4CEZA 2XY7A 1L5UA 1RBSA 1HYSA 5JS2A 1IO2A 5HRNA 1LW2A 1VRUA 3S3OA 1TKTA 1XI1A 1UWBA 2FBVA 3VQCA 4EP4A 3ASMA 4HHTA 4DFPA 3VQ5A 4I9QA 1SKRA 3VQQA 3G0ZA 4B3OA 2A1SA 3NH2A 4N56A 4KHWA 1Y97A 3SNNA 1VSMA 1X1PA 3VQ7A 3ZSVA 4N5SA 3TANA 2Z1IA 3SUOA 4RW9A 4ID5A 3G10A 3L3VA 4J2BA 3PX4A 2VG7A 4XIUA 3OYAA 1XC9A 4FLWA 5HRSA 1FK9A 1RBRA 2VWKA 4E19A 3JSMA 3LAKA 1CLQA 1W9HA 4FM0A 4FLYA 3AO2A 4CGHA 2ZD1A 3LWLA 2KFZA 4F3TA 1RNHA 3V1RA 2BE2A 2B5JA 3U3GA 2DY4A 1BCOA 1C0TA 1S6PA 4RW4A 4CEBA 5I42A 4TSXA 3DOLA 3QIOA 1S6QA 3OYCA 3DMJA 3SQ0A 3V9XA 3QINA 3CFOA 1RDDA 3SQ2A 1HJRA 4BE2A 3TAPA 4NCGA 1S1TA 4CFCA 2G8VA 1S5JA 3HVRA 3SPZA 3OYDA 4JS4A 3K57A 4KHQA 3EZ5A 2IAJA 1KVBA 1KCFA 3NCIA 1NOZA 3LPTA 3ZCMA 4KHYA 4BE0A 4ZTJA 3AO5A 3NH1A 1SL0A 2W42A 4OKKA 2KW4A 3U3YA 1L3VA 4KREA 4OLBA 1K6YA 4DSJA 3AVMA 3AVIA 4CGJA 4FLXA 4CJ5A 2Y1JA 3M8SA 4DTXA 1KRPA 1CZ9A 2VG5A 1SUQA 2RPIA 1RBUA 3ZT2A 1WSFA 4C8NA 4Z4EA 4OGEA 3U6FA 1VSEA 1XWLA 4JRQA 1SL2A 1DTTA 4CECA 1C0MA 3V9WA 3ZSWA 4DTUA 2HNZA 3O4NA 2G8KA 1EX4A 3DYAA 3HPGA 4AHRA 4JRPA 3T19A 3QEIA 3T3FA 1WAFA 4DLEA 3I8DA 4AHSA 2FBTA 5CY4A 5T7BA 1FKPA 3I0SA 4FW2A 1NJWA 4Z4FA 4Z4IA 1RCHA 1LWFA 1RBTA 3ALYA 4KHUA 2OZSA 3LPUA 4FJ9A 3NGZA 1FKOA 3SUPA 5HP1A 1N6QA 3HP6A 1TVRA 4K8XA 2YHBA 2HHXA 1EP4A 4M3UA 4Z4GA 3OJSA 3C95A 4E89A 3L3UA 1VSFA 4CJ3A 4DF4A 4CHZA 1VK0A 1LAVA 3DLHA 4DFKA 4W5NA 1RILA 4EZ9A 4YNQA 1F21A 1RT4A 3C94A 3L2QA 2PZSA 4CK2A 1VSLA 3RR8A 3SZ2A 4JLHA 4LSLA 4NCAA 4LY7A 1TKDA 4FJLA 2IDOA 3QESA 4IG0A 4CJEA 3K59A 1BISA 1NKCA 2FBYA 1BCMA 4AHUA 3HVTA 4EP5A 3L8BA 3HYFA 3V9ZA 4F2SA 4KB0A 4I2PA 4CJKA 3LZIA 4IDKA 3AO3A 3QEWA 3DM2A 4O5BA 4M42A 4F3OA 1Z25A 1RTJA 4EZ6A 1VSDA 3IG1A 1QSLA 2BGGA 1DLOA 4K8ZA 2FC0A 1FXXA 4B9LA 3HM9A 4FK2A 1Q8IA 2WOMA 3LP3A 3VQAA 1TK5A 1L3TA 3IRXA 1IKYA 4E1NA 4HUEA 4E7JA 4DG1A 3KK2A 2P51A 2IGIA 2DTUA 4KTQA 1IG9A 3V1OA 1NK7A 4KHNA 2YKNA 4LH4A 2VWJA 4M3YA 3TAQA 3OS0A 1WAJA 4CFDA 3MXIA 2GUIA 4F8RA 1TGOA 3T1AA 2ZQBA 4E7HA 1QS4A 3V9UA 3UIQA 4CJQA 2HVHA 3NBPA 2HW3A 3VQ4A 4CCHA 3SPYA 1TV6A 4CGDA 1YTAA 2P5GA 1JL2A 3KLGA 3K5MA 2JGUA 3TAFA 2O4IA 1BI4A 3RR7A 4BWMA 1NK8A 4LD0A 3KLFA 4KTWA 4KO0A 2X74A 1KFDA 4PQUA 1NJZA 2QXFA 2RKIA 4W5OA 4IBNA 4C8OA 4ID1A 4HVJA 3MEGA 3VA3A 4E7LA 1RBVA 1A5XA 4WE1A 4CJRA 2HVIA 3LDSA 3B6PA 4FW1A 1L3SA 2F8TA 4CE9A 4DQIA 1UOCA 1HYZA 3LANA 1RT3A 3OYJA 3QETA 4KV8A 3I0RA 3TAEA 2XO7A 3RMAA 2ATQA 4DMNA 4DFMA 4CJ4A 3PO5A 4CK3A 1TAQA 4RW6A 3CFPA 1SV5A 1T8EA 3KLEA 2X6NA 3KKRA 4CJVA 2LSNA 1RT2A 4RW7A 3OYMA 1RTDA 1KLNA 1ASUA 3ZSZA 1ASVA 4CFAA 3F73A 3HO1A 4B9SA 4DQQA 1QQCA 1IH7A 2X6SA 1QE1A 3KIOA 2G8UA 2PY5A 2KQ2A 1JLQA 3BGRA 4B9UA 2EHGA 2R7YA 1VSIA 1NK6A 1CZBA 1KLMA 2B6AA 2HNDA 3AA4A 3AVNA 4CHQA 1U4BA 1TK0A 2HMIA 1YTUA 2YNIA 3QEPA 3OS1A 3D0PA 3PY8A 3SQ1A 3AVFA 1BGXT 3NGIA 4FJGA 3VA0A 3PX0A 3LP2A 1C0UA 3HSTB 4Y1DA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3VA3 A;  4E7L A;  1RBV A;  1A5X A;  4WE1 A;  4CJR A;  2HVI A;  3LDS A;  3B6P A;  4FW1 A;  1L3S A;  2F8T A;  4CE9 A;  4DQI A;  1UOC A;  1HYZ A;  3LAN A;  1RT3 A;  3OYJ A;  3QET A;  4KV8 A;  3I0R A;  3TAE A;  2XO7 A;  3RMA A;  2ATQ A;  4DMN A;  4DFM A;  4CJ4 A;  3PO5 A;  4CK3 A;  1TAQ A;  4RW6 A;  3CFP A;  1SV5 A;  1T8E A;  3KLE A;  2X6N A;  3KKR A;  4CJV A;  2LSN A;  1RT2 A;  4RW7 A;  3OYM A;  1RTD A;  1KLN A;  1ASU A;  3ZSZ A;  1ASV A;  4CFA A;  3F73 A;  3HO1 A;  4B9S A;  4DQQ A;  1QQC A;  1IH7 A;  2X6S A;  1QE1 A;  3KIO A;  2G8U A;  2PY5 A;  2KQ2 A;  1JLQ A;  3BGR A;  4B9U A;  2EHG A;  2R7Y A;  1VSI A;  1NK6 A;  1CZB A;  1KLM A;  2B6A A;  2HND A;  3AA4 A;  3AVN A;  4CHQ A;  1U4B A;  1TK0 A;  2HMI A;  1YTU A;  2YNI A;  3QEP A;  3OS1 A;  3D0P A;  3PY8 A;  3SQ1 A;  3AVF A;  1BGX T;  3NGI A;  4FJG A;  3VA0 A;  3PX0 A;  3LP2 A;  1C0U A;  3HST B;  4Y1D A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3LDQ A;  2E2Q A;  2KZZ A;  3AO4 A;  1NKB A;  1R0A A;  3ZET B;  1N34 K;  2VGN A;  1SZ2 A;  4CGG A;  3ISN C;  1WBD A;  4HCB A;  5C2D A;  3FZF A;  4FXD A;  4BRI A;  5HRP A;  4AIL C;  1NGC A;  1YIT N;  5AQO A;  2P1N B;  5ADX H;  1XVC E;  4CD1 A;  3FZK A;  2HMP A;  1K8A O;  3OBW A;  4EAH D;  4LFA K;  5CHI A;  2VJ4 A;  4AKG A;  2PYJ A;  4JD2 B;  1GLE G;  4L3Q A;  3C6A A;  2PBD A;  3V9S A;  4MQ3 A;  4M7Y A;  1UAX A;  3VQB A;  1TKZ A;  5CR4 A;  4K43 A;  4LSN A;  1NGA A;  4ILH A;  4DU4 A;  3V4I A;  3UKU A;  5M1K A;  1ZYQ A;  3CJC A;  5C42 A;  3PO4 A;  2QKB A;  3O1B A;  4PA1 A;  5J2Q A;  4AI6 A;  2UUC K;  3CD6 N;  4WF9 L;  5BN9 A;  4CJT A;  3K5L A;  2A40 A;  2FYO A;  3KKS A;  1EKE A;  1B92 A;  4FCY A;  4BDY A;  4JEP A;  1OH6 A;  4BWJ A;  2WTU A;  4BG9 A;  5KGW A;  1ZBF A;  2EWS A;  4WQ5 A;  2CGL A;  1VQO N;  2IS3 A;  4B9M A;  1ZXO A;  2XY6 A;  3OVN A;  3LWM A;  3SJH A;  4FWR A;  4CF1 A;  4JI3 K;  5GAH P;  4I6M B;  1T03 A;  4FLV A;  1RT7 A;  4CEO A;  4O0I A;  3QNN A;  3KJV A;  3ZX2 A;  4JKH A;  3MCP A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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