3SNNA

Rb69 dna polymerase (l561a/s565g/y567a) ternary complex with dctp opposite dg in the presence of mg2+
Total Genus 323
100200300400500600700800900050100150200250300
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
323
sequence length
903
structure length
903
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFAF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transferase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
publication title Structural Insights into Complete Metal Ion Coordination from Ternary Complexes of B Family RB69 DNA Polymerase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 5'-D(*TP*CP*AP*GP*GP*TP*AP*AP*GP*CP*AP*GP*TP*CP*CP*GP*CP*G)-
total genus 323
structure length 903
sequence length 903
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-06-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3snnA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3snnA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3snnA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3snnA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3snnA03
1ASWA 1TV6A 1WSIA 2LSNA 1WAJA 1C1AA 3AV9A 1TL3A 2FBVA 2G8FA 2HW3A 4CGDA 1O1WA 4CHYA 3ITHA 1RILA 4O0IA 1VSIA 4M3XA 4DU4A 3RWUA 3G0ZA 3SZ2A 3JYTA 3ZSXA 1I3AA 2O4IA 4KO0A 3V4IA 4Z4EA 3QLHA 1NK5A 4M3TA 3VQAA 3KK1A 4GVMA 4IFYA 2B4JA 4FZZA 4AH9A 4FXDA 1CZ9A 1IH7A 3U6FA 4PQUA 3VA3A 3QNNA 3RMDA 4FCYA 1NK9A 3PY8A 4HUEA 1NKEA 3F9KA 3ASMA 1U45A 5HBMA 3PX0A 4KPYA 2G8HA 1VSLA 1UA1A 4F3OA 1JLCA 1SUQA 4Q5VA 3C6UA 3SCXA 3G10A 4FK4A 3CYMA 4KKOA 2KZMA 1HYSA 2NUBA 3TAQA 3U3GA 3NFAA 3OYGA 4DQQA 2F8TA 5CYMA 1N6QA 3OVNA 3RR7A 4OGCA 1T03A 1X9WA 5KRSA 2F96A 4CK3A 2FBYA 2D0AA 4OLBA 1IKWA 1TVRA 1FKPA 2BE2A 2FBXA 4EZ9A 1JL2A 3BGRA 4E1NA 1A5XA 4OJRA 4CEFA 1IG9A 1Y97A 4DSIA 1BGXT 4RW4A 1BQMA 4CK1A 2ATQA 2FBTA 1VSDA 1DLOA 3CFPA 2E4LA 1HNIA 1SV5A 4J2BA 1HYVA 1NOZA 1QE1A 1WSJA 4C8MA 4XIUA 5I3UA 3CM5A 3T19A 1S1UA 3S3NA 1KFDA 4E7KA 4GW6A 3LDSA 4RW8A 3OYJA 5J2MA 4DWIA 2OA8A 5HRNA 3AVCA 1WN7A 1BISA 4CF8A 3KLGA 4CGGA 4B9UA 4OLAA 1RT1A 3ALYA 4AHCA 3I0SA 4DTNA 3ZSQA 3KLFA 1ZYQA 3EZ5A 3ZT0A 4DQPA 1UAXA 3JSMA 4FM0A 4OGEA 3NF6A 4N47A 4CF9A 1RT2A 2ETJA 1S1WA 2X6SA 3OYAA 4FM2A 4FK2A 1GOCA 2YHAA 5FDLA 4FLTA 3SPYA 4FK0A 3AVIA 3WNEA 4HHTA 4Z4HA 2HHTA 4CFDA 2Y1JA 4Z4GA 1KVBA 4G1QA 4AHTA 5KGXA 3OYEA 1WSFA 4CJ4A 2YHBA 2OZSA 2YNFA 4EP4A 2XY7A 4B3OA 1TGOA 3MEGA 2A1RA 5KI6A 1UWBA 4DF8A 2HB5A 4ZHRA 1F21A 3KD5E 1LWFA 4E7IA 4NCBA 4B8CA 4DU3A 4CK2A 4Q0BA 2PYJA 4DTRA 4KTZA 3OYLA 3LAMA 1KLNA 4PY5A 3HVTA 3VQDA 3NGIA 3PX6A 1NK6A 1D9DA 2HHUA 1EXQA 4FJXA 3RTVA 4AHUA 1BI4B 3HK2A 4DSEA 1TKXA 3V9UA 4BWMA 4Z4FA 4FLZA 3V9XA 1A5VA 3K5OA 3M8QA 4DQRA 2HNDA 3V1QA 3OJSA 4E0DA 1REVA 3L3UA 3LP1A 4PWDA 4CJUA 5FROA 3TAGA 1WSHA 3HT3A 4FVMA 3VQCA 3A2FA 3E01A 4CGJA 4DTXA 4CJKA 3AO5A 3AA4A 2BGGA 1HMVA 2YKNA 4CE9A 3LANA 3KD1E 3V9ZA 3WNFA 4KAZA 4FYDA 2G8KA 3LP0A 1RBSA 1KLMA 4KFBA 4BE2A 4FJ8A 2GUIA 1S1XA 2HHXA 2DFEA 2RF2A 3OYNA 4IDKA 4ELTA 3LWLA 2QXFA 4OKKA 4DFMA 3S3MA 4K8XA 3WNHA 4O5BA 4CJ5A 2JLEA 4Z0UA 2HHVA 4C8OA 1KSPA 4FJHA 2YNIA 3L3VA 4KB0A 1HQEA 3FFIA 3PV8A 3OYDA 1CXUA 1Q8IA 1W0HA 1D8YA 1LWEA 2IDOA 4E89A 3DLBA 1RBTA 3LPTA 1ASUA 5KGWA 4AHVA 4F4KA 3OYKA 1RDCA 3SV4A 1WSEA 3QEVA 3SUOA 3VQ9A 1T05A 2P51A 2IOCA 2OPQA 4KHNA 3AVMA 3UIQA 4CGFA 4DTSA 1VSKA 1J5OA 4ELVA 5JS1A 3HYFA 1SKSA 1ZBUA 3RMCA 3SPZA 2G8WA 3NGZA 3TAMA 5KTQA 3K58A 3AA2A 2X6NA 4DQIA 3AVGA 3HO1A 3IS9A 4DU1A 1IKXA 2YNHA 4DTUA 1JLGA 3LZJA 3QEPA 4LSLA 4CJFA 4CHZA 4LSNA 4CJRA 4ICLA 1X9SA 4CGIA 4I2PA 3EY1A 2KW4A 3T3FA 3DRRA 3LALA 4E7JA 4J2DA 4DS5A 3VQEA 3KIOA 3SQ1A 3QEWA 4W5OA 2B6AA 3V1RA 3OYHA 3HPOA 5J2NA 4DTMA 2IS3A 3H08A 1C0TA 2D5RA 5FRMA 3NHGA 3VQ7A 3TABA 1C6VA 5HLFA 2VG5A 4FW2A 1RT4A 2FC0A 3KLEA 5HRPA 3HP6A 1B9FA 3DI6A 4IBNA 3ZSRA 1L3UA 2O4GA 4CF2A 4KI4A 1C1BA 4O4GA 4OVLA 4CJ3A 5HRSA 3HL8A 5CZ1A 4AILC 1NJYA 3RMBA 1EKEA 3AVBA 3AVJA 4N56A 1K6YA 2DY4A 3AO3A 4B9NA 4MFBA 4HUFA 4N5SA 2E6LA 1XHZA 3ZSOA 4RW9A 4KHSA 1JXEA 4FJ7A 4J2EA 1B9DA 2VG6A 1C0MA 2ZE2A 4DSJA 4YNQA 4CJTA 4CIEA 1JLFA 1BL3A 1S9GA 2GV9A 4LH4A 3VQ6A 3NH1A 1ZBLA 2KFZA 1IKVA 1T7PA 4M3UA 3K5MA 4DTPA 1BCOA 3SYZA 3AVNA 4FLVA 1DTTA 1RCHA 4CECA 3L2VA 4E7LA 3B6PA 4DSFA 4CHNA 3PX4A 1YTAA 1NJWA 4O0JA 1L3VA 4IKFA 1IKYA 3C94A 4JLHA 3NF9A 1SL0A 2ZQBA 3NE6A 4K8ZA 1VSJA 4BWJA 3EYZA 3V6DA 3B6OA 3TI0A 2B5JA 1B92A 3MAQA 3QO9A 1CZBA 3ZSWA 2DTUA 4NCAA 4E19A 4FLYA 1XWLA 1R0AA 3TAFA 3DRPA 1LW2A 5HRRA 3AO1A 4C8KA 4B9LA 5E41A 4CFCA 4FJ9A 3MXJA 2Z1JA 3C95A 3THVA 1BIZA 4JRPA 4R5PA 1QSSA 3DLRA 4B9SA 1JLAA 4ID1A 1Q9YA 4CGHA 2JGUA 4E7HA 4B9TA 4I9LA 2HNZA 1NK0A 4DLGA 4ZTFA 4B9VA 4F8RA 2HMIA 3KLIA 2D0BA 3C6TA 2X74A 3SUQA 2HNYA 2Z1HA 1U49A 1SKRA 4JRQA 3HPHA 3I0RA 4IFVA 1L3SA 3VQPA 1ITGA 2YV0X 4KTWA 3M8RA 3L2QA 3TAEA 4DS4A 3NDKA 3LWMA 2KQ2A 4CFBA 4HVJA 1KCFA 1TKTA 4N76A 3AO2A 3SI6A 1JLQA 3WNGA 2KZZA 1SL1A 1SKWA 5J1EA 3TANA 2KTQA 1RT7A 4DFPA 1HRHA 3HXMA 3OS2A 5T7BA 2HVHA 2OZMA 1UOCA 1S9EA 4DSLA 1FXXA 2XY8A 3ZSZA 4W5TA 5HP1A 5CY4A 4CJVA 3SQ0A 4IG3A 3L2RA 4CEDA 5HROA 4KI6A 3VN5A 1XHXA 3O4QA 5I42A 3CFRA 1NJXA 4HCBA 1TKZA 4CHPA 4KV8A 1BHLA 1WAFA 4I2QA 4CEOA 2WOMA 4OPKA 4I9QA 4FJNA 1VSFA 3V9SA 4FJGA 1WNSA 2PY5A 1HPZA 1XI1A 1RDAA 4FLWA 1W9HA 5DK5A 1A5WA 3OS1A 3I8DA 5SZTA 3L2UA 4FZYA 3QIOA 4KHYA 1JLBA 1VK0A 2GBZA 2IGIA 3DOLA 3LAKA 1QHTA 4WE1A 4CIGA 5FRNA 1RTJA 3O3GA 4DFJA 4PUOA 3HPGA 3S9HA 4FLUA 2YKMA 1BQNA 1ZBFA 3HSTB 2VG7A 2I5JA 3K2PA 4QAGA 4F2SA 1EX4A 2F8SA 1NOYA 3ZSVA 4KHQA 1JL1A 1KTQA 2YNGA 4DG1A 1KFSA 2P1JA 4CJWA 1YT3A 1KRPA 2XO7A 3MECA 4DF4A 1RBVA 2QKKA 3RR8A 4FZXC 4RW6A 3QESA 1G15A 4C8LA 3K59A 3TAPA 3RRHA 4DMNA 5D3GA 4Z4IA 2P5OA 3HJFA 1NK8A 3NAEA 2X78A 4L8RB 2HVIA 2WONA 2D0CA 3OYBA 5EU7A 4CJLA 2DFHA 1YVUA 2G8VA 1IO2A 3ZSYA 2P5GA 3ZCMA 4CJPA 4CEAA 4M3RA 3CQ8A 4LY7A 4IG0A 3VQ4A 3VQBA 3QETA 4W5RA 4CERA 3AA5X 4CHQA 4KTQA 5SWMA 3D45A 1J53A 2PYLA 4H4OA 1HNVA 3P5JA 4LH5A 4NCGA 1J54A 3DLHA 3OYIA 3LP2A 1BI4A 1CXQA 3VA0A 1YTUA 2HHQA 1RT6A 4W5NA 3OYMA 3QERA 1VRTA 4M3ZA 4Y1DA 2XRIA 3SNNA 2OYQA 3K5LA 1HQUA 3M8SA 3O3HA 1RTIA 1JLEA 2VWKA 1ZBHA 3DLKA 1U4BA 1QTMA 1L5UA 3AVFA 4CIFA 3TARA 3QNOA 4ID5A 1U04A 1TK0A 4KB1A 3AVKA 2XY6A 3RMAA 2KFNA 1DTQA 3QEXA 4NYNA 1FK9A 1HYZA 1JKHA 3CM6A 2IC3A 1LAVA 5C42A 3IG1A 1C0UA 1VSMA 4TSXA 3KK2A 1D9FA 3AA3A 4MQ3A 4NYFA 4CEQA 4CF1A 4CESA 4J2AA 2G8UA 2QKBA 5J2QA 1ZBIA 3AVLA 1S1VA 3NF8A 3VQ8A 4Y1CA 3DOKA 4AHSA 4UQGA 4RW7A 1TL1A 4BE1A 3ZT1A 4CFAA 3OY9A 5CYQA 2BDPA 4BACA 1TAUA 3HP9A 2G8IA 4F3TA 2R7YA 3QEIA 3KJVA 2RN2A 1WLJA 4H4MA 3KLHA 1CLQA 4CCHA 4OKEA 2OPRA 2Q3SA 4BDYA 1FKOA 1ASVA 4PA1A 5K14A 3MXIA 2XHBA 1VRUA 3OJUA 1N5YA 4KREA 3KKSA 3K5NA 3L2WA 4JS5A 4O44A 4KHUA 2E6MA 3IRXA 1D5AA 2XY5A 4DTOA 4QOZB 1NK7A 2HHWA 3L8BA 1GOBA 3DMJA 4LD0A 1Z25A 3P83D 5CZ2A 4E3SA 3LZIA 4FJMA 4B8AB 4CEEA 4I7FA 4CF0A 4DFKA 1S5JA 4M3YA 2IAJA 3CG7A 3O4NA 3KKRA 3KTQA 3NH0A 1QSLA 4JS4A 2Z1GA 1U47A 1HJRA 1J9AA 3KK3A 3SJJA 4EP5A 3HM9A 3PO4A 4C8NA 4FM1A 1BCMA 1LW0A 5J2PA 3F73A 3NGYA 1RDDA 4H8KA 3V9WA 3SUNA 3OYCA 5JS2A 4BE0A 4CEBA 1MU2A 1S1TA 1QSYA 2DFFA 4ZTJA 1S6PA 1LAWA 1NK4A 1Q9XA 4KRFA 3OYFA 3V1OA 4QCLA 3ZT4A 3P1GA 1GOAA 1RBUA 4BDZA 4FJJA 2PZSA 2QK9A 2AJQA 3NCIA 1WSGA 2Y1IA 4HUGA 3DYAA 1KVCA 5KRTA 4M45A 1T8EA 1TKDA 1KVAA 1QQCA 4DTJA 4FLXA 2EHGA 4AHRA 1RBRA 1RDBA 1TK8A 1JXBA 4FJIA 1NKBA 4ELUA 4GMJB 3K57A 3D0PA 4M3WA 4B08A 2Z1IA 3O3FA 3TR8A 1UA0A 3TWHA 3VQQA 4DSKA 4M41A 3SQ2A 3DRSA 4RG8A 5C24A 3PO5A 1NJZA 4B9MA 1RT5A 3MEDA 2EX3A 3VQ5A 2ITGA 1RT3A 3AVHA 3QIPA 1X9MA 1SL2A 1EETA 3CFOA 4FW1A 4CJEA 4DQSA 3NBPA 4YFUA 1RNHA 3DLGA 3M8PA 1C1CA 1X1PA 3ZT2A 4OKJA 2OPPA 3SQ4A 1L3TA 3DLEA 4E1MA 1XC9A 3AVAA 3V81A 4CJQA 1RTHA 5C25A 4FJLA 1BIUA 1Z26A 3DM2A 2W42A 3MXMA 1LV5A 3SUPA 1RTDA 2VWJA 3NF7A 4FJKA 4N41A 1EP4A 4EZ6A 3RRGA 3LP3A 1I39A 2RKIA 4DLEA 4HCCA 2BANA 4Z4CA 3ISNC 4O55A 5DMRA 3BDPA 3LPUA 3MEEA 3HVRA 3U3YA 1NKCA 4F2RA 4FJ5A 4CJSA 4W5QA 1TAQA 1VSEA 1VSHA 2RPIA 4OPJA 3SV3A 3S3OA 3AO4A 1LWCA 4M42A 3PUFA 3IAYA 1S6QA 3OS0A 2OPSA 4HTUA 4BDPA 4CEZA 4CHOA 2A1SA 3ZT3A 3ULDA 2ZD1A 1QS4A 3QINA 3T1AA 1TK5A 1U48A 4KHWA 2HHSA 3NH2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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1WSEA 2IOCA 3AVMA 5AQQA 4CGFA 3VENA 1VSKA 3VPZA 1QQNA 5C10A 3TAMA 2VGNA 5KTQA 3AA2A 2A3ZA 3Q7BA 4DU1A 2UYTA 3LZJA 4QNDA 4MO5A 1P8ZA 4B3MK 4I2PA 3CCQN 2O8EB 3DRRA 3LALA 4E7JA 4BVOA 5LJVA 3OYHA 2B6AA 3T1YK 3NHGA 3TABA 4BC4A 1C6VA 5HLFA 2FC0A 1B9FA 4IBNA 4K43A 5IWAK 1MTYG 1C0FA 2O4GA 5M1PA 2HMPA 1LDKE 3BZKA 4DV3K 2OVQB 4AILC 1NJYA 3J7AP 3QB0A 4BRQA 2DY4A 1JW2A 4H0PA 4BRAA 4B9NA 4HUFA 3ZSOA 1JJ2M 3AGKA 3CCLN 4CJ7A 3D2EA 5AQMA 3SLCA 2ZE2A 4DSJA 1JLFA 1S9GA 4LH4A 2KFZA 3MKSB 1IKVA 3LL3A 3K5MA 4AF1A 1T6DA 3AVNA 4EP9A 3B6PA 3H45C 4CHNA 3PX4A 1NJWA 4IKFA 3MX5A 5AZJA 1FZ4E 3NF9A 4IXCA 3LDBA 1I94K 3I55N 3B6OA 1YJNN 1SZ2A 2V7ZA 4JKCA 1MA9B 3DJCA 3QO9A 4KH4A 4E19A 4FLYA 3WXKA 1R0AA 3TAFA 4JI0K 5E41A 4FJ9A 3THVA 1BIZA 5LJWA 1QSSA 4CGHA 4I9LA 4BRHA 2X74A 4C1NK 2UUCK 2HNYA 3PIPL 5AQXA 2CGLA 4IWVA 4JRQA 3BY5A 4H5VA 3G71N 2VQFK 3P39A 4KBOA 4GV3A 3HTVA 5GAHP 4X5NA 3M8RA 3TAEA 4QS9A 4I6MB 4N76A 2A40A 4H5WA 3TSPA 5T7BA 2OZMA 3DXKB 5HP1A 4IG3A 1XVFE 3VN5A 3CFRA 1NJXA 1BHLA 4CEOA 4AQYK 1FW6A 2VCPA 4I9QA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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