3SPZA

Dna polymerase(l415a/l561a/s565g/y567a) ternary complex with dupcpp opposite da (ca2+)
Total Genus 323
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
323
sequence length
903
structure length
903
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Structural Insights into Complete Metal Ion Coordination from Ternary Complexes of B Family RB69 DNA Polymerase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DNA polymerase
molecule tags Transferase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 323
structure length 903
sequence length 903
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-07-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3spzA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3spzA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3spzA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3spzA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3spzA03
1S9EA 4F8RA 4CEDA 3AVKA 3T19A 1RBVA 3OS1A 3TI0A 4EZ6A 3D45A 4RW6A 4B8CA 3NDKA 4CGJA 4UQGA 3V9XA 4KI6A 2DFEA 4B3OA 1WAJA 3QEXA 1XC9A 1NJXA 4CFCA 1RT4A 2YHBA 4KTQA 3RMCA 1BI4A 1CXUA 1TVRA 1IKWA 3P1GA 1SUQA 3AO1A 4FLUA 3O4NA 4LSNA 4DLGA 4KHQA 4CJQA 1NK0A 4KB0A 3G10A 1S6QA 4FLZA 1NKBA 4CEFA 1UAXA 4AHVA 3ZT3A 3O3HA 1TAQA 4CFAA 1C0TA 1J9AA 2XY6A 2WONA 4FJKA 4FK2A 1RTIA 4O0IA 5SZTA 3EZ5A 4OGCA 4FZYA 3TWHA 1RBSA 3HO1A 3SJJA 4FK4A 3DLHA 3AO2A 2HNDA 4QAGA 3TARA 1QQCA 5HRRA 1VSJA 2XHBA 1YVUA 4CEOA 3AVGA 4B9SA 2NUBA 1TL1A 4CEBA 2O4IA 3AO5A 3LP1A 3ZSWA 3HXMA 2YNHA 4CEAA 1TK5A 1QSLA 4DSKA 1RCHA 4FXDA 3PO4A 3SUOA 4KHYA 2D0CA 3NE6A 4CF0A 3NGYA 5I42A 1N5YA 3KK3A 2HHUA 2KQ2A 1XHXA 3RRGA 4CGIA 4CJEA 1BIUA 4OJRA 3AA5X 4DSLA 5HROA 3MAQA 3L8BA 3HPOA 1HJRA 4ICLA 2IC3A 4CJRA 3HT3A 3QO9A 4GVMA 1TK0A 2XY5A 3QINA 4OVLA 2IDOA 3NF9A 1NOZA 1RBUA 3MECA 1GOAA 3QEVA 1T7PA 3NH1A 2XY8A 1VSIA 1KSPA 4CJWA 4Y1CA 2GV9A 2VG5A 1C0MA 5FRNA 4FLVA 2X74A 3M8QA 3VQBA 3WNEA 3RTVA 1KLNA 2YNGA 3SQ4A 3L2VA 5D3GA 4IFYA 1EXQA 3O3GA 3OYMA 4AHSA 4BE0A 1FK9A 2RN2A 2D0BA 3AV9A 4OKJA 4DWIA 1U4BA 1HQEA 4FZXC 3QEPA 1FKOA 2XRIA 1UA1A 2ITGA 3OYKA 2IGIA 1A5WA 4BACA 2OPQA 1VRTA 1VSMA 3VQCA 5HRSA 3DMJA 4R5PA 3KJVA 1SKSA 2QKBA 2KFNA 3AVFA 4GMJB 1T8EA 4LH4A 3KD5E 1VSLA 4NYFA 4AH9A 1JLCA 3LAMA 3NBPA 2R7YA 4IBNA 3VA3A 1TKDA 4B9MA 4M3RA 2PYJA 3NFAA 1LAWA 4RW9A 2Y1JA 3ITHA 3AVAA 1TV6A 4DTMA 3B6OA 4E7LA 4F2SA 3QERA 1NK7A 5CY4A 3V81A 1ZYQA 3DLGA 3LANA 4NCGA 4B9VA 4DFMA 2F96A 1RTJA 5CYQA 4CHPA 1CZBA 4RG8A 5E41A 1TAUA 3QESA 1LWEA 1NJZA 5J2QA 4FVMA 3SNNA 4O4GA 2JLEA 3ASMA 3VQQA 1S1XA 1ASUA 4KAZA 4FJ9A 2X6NA 4FJHA 1EETA 3HP9A 3KKRA 3ZT4A 2ZE2A 3OYLA 3NH2A 1HYSA 1NKEA 1WSEA 3OYIA 2D5RA 4B08A 2X78A 4F2RA 3TAEA 4F3TA 1L5UA 2OZSA 2G8VA 1HNVA 3VN5A 4BWMA 4O44A 3VQ5A 2DTUA 1VSDA 4W5TA 4KB1A 4YFUA 3OYJA 1KVAA 4HHTA 4BWJA 3VA0A 4OKEA 3PX4A 1U49A 4HVJA 1BCOA 4Z4HA 1RT1A 5KI6A 2F8TA 3KLIA 3I0RA 3L3UA 3LP0A 1TKXA 1KTQA 5J2PA 4N76A 1S1TA 4DU1A 3NGZA 2HB5A 3KKSA 4JLHA 1HNIA 3V9SA 3LWMA 1LV5A 3DRRA 2OPRA 4CJSA 4AHCA 3TABA 3AVCA 4K8ZA 1U48A 3CFOA 2Y1IA 2VWJA 3SQ1A 1QHTA 3PV8A 4DTPA 2HVHA 2HVIA 4W5QA 3CFRA 3L3VA 3IRXA 1HQUA 4H4MA 1LAVA 1N6QA 4M41A 4CHNA 3ZSXA 4MQ3A 4O5BA 4IG0A 3NGIA 4NYNA 4CFBA 3PUFA 3OYFA 3OYAA 4DQSA 1LWFA 1ITGA 1SV5A 4CF9A 4M3YA 1HPZA 1F21A 3C95A 5FROA 3JSMA 3KK2A 1HYVA 5HRNA 1ZBUA 2XO7A 3PX6A 1SKRA 4HUEA 1ZBIA 2KZMA 3AVBA 2Z1JA 2HHTA 3LP2A 3M8SA 1ASVA 4CF2A 3S3OA 1L3VA 3V6DA 1A5VA 3OJSA 3NH0A 3S9HA 4HTUA 3V1OA 1KRPA 4FYDA 1FXXA 2OA8A 2FC0A 3CM5A 4C8LA 3HVRA 4O55A 4DSFA 4ELUA 3DM2A 4FLXA 1HRHA 3FFIA 3K59A 4ZTJA 3VQEA 4B8AB 3CYMA 1TK8A 1LWCA 4KKOA 3T1AA 2HHQA 4EP4A 4CHYA 3SCXA 2Q3SA 4BE1A 1D5AA 4DFKA 2A1RA 1C0UA 3SQ2A 1YT3A 3AO3A 2JGUA 1HYZA 1X9SA 1DTTA 4DTUA 1O1WA 3QNNA 4N41A 4DU4A 2YNFA 2G8HA 4H4OA 5C24A 4JS4A 4C8MA 3ZSRA 5DMRA 4DTOA 3DI6A 4CEQA 4OLAA 3AO4A 1J54A 3BGRA 1SL0A 3DRPA 3EY1A 1NKCA 4DQIA 1RDBA 3LPTA 4E7HA 3S3MA 1UWBA 4Z4EA 2ZD1A 4OKKA 2X6SA 3DLKA 4FJNA 3DOKA 4KV8A 3V1QA 2IAJA 3ZCMA 1ZBLA 4PUOA 3AVNA 4DTXA 4N47A 2PYLA 1HMVA 4F3OA 4ID1A 3OYGA 4FCYA 3SPYA 4E89A 4BE2A 5K14A 1RNHA 3ZT2A 3HL8A 2XY7A 4HCCA 2Z1IA 3DYAA 3LALA 4FJXA 3WNFA 2ATQA 4M3ZA 2B4JA 4HCBA 4C8OA 3RMDA 5EU7A 1KLMA 1TL3A 3MEDA 4KHNA 3KK1A 3HM9A 3SV4A 3MEEA 1L3TA 1XI1A 4WE1A 3PO5A 3TR8A 3OY9A 3OS0A 4ZTFA 1ZBFA 4CJVA 1WN7A 3RMAA 4CF1A 3M8PA 1A5XA 4YNQA 1Z25A 1RILA 4FK0A 3HJFA 5CZ2A 1CZ9A 2HW3A 2EX3A 2YKMA 1U47A 4DSEA 2QKKA 2DFHA 3I0SA 3M8RA 3RR7A 1C1CA 3F73A 1G15A 4KTWA 1RT6A 1S1VA 1WSIA 3NF8A 5CZ1A 3I8DA 5HRPA 3U6FA 4DTSA 1WSJA 2P51A 1RBTA 2AJQA 3MEGA 4B9NA 3V9WA 1JLFA 4QCLA 3U3YA 2OZMA 5SWMA 4CECA 2KZZA 3SUPA 4J2BA 3HP6A 3SPZA 5KGXA 4FJGA 1WNSA 1WSFA 4BDZA 1L3UA 4OLBA 1WSGA 4KFBA 3THVA 4I7FA 2HHSA 4FLYA 4Q0BA 2HMIA 4G1QA 3VQPA 3MXJA 3OYDA 1JLAA 1KVBA 1NJYA 3OS2A 1VK0A 1WAFA 1T03A 4CJKA 4FLWA 3O3FA 3AA3A 3K2PA 3AVJA 4FJMA 2EHGA 1WLJA 1D9FA 3IAYA 4W5RA 2QXFA 1BQNA 3NF6A 3RMBA 1KFDA 3VQAA 3C94A 4CIGA 4AHTA 4DF8A 1BCMA 1J53A 3KIOA 2HHVA 1TKTA 3IG1A 5FRMA 1LW2A 4RW4A 3BDPA 2F8SA 4CEZA 3AA4A 4CHOA 4FLTA 3VQ7A 4FW1A 1XWLA 3ZSZA 1NJWA 5KGWA 3ZT1A 1RT7A 2G8KA 2YHAA 2RKIA 4IFVA 1XHZA 4J2DA 4CGHA 2ZQBA 3TAPA 4HUFA 3QIOA 4CGDA 3AVLA 2G8WA 4DFJA 3MXIA 1C1BA 1ASWA 1RTHA 1UA0A 4F4KA 4PY5A 4BDYA 1B9DA 4M3TA 2RF2A 4I2PA 1Y97A 2VG6A 1JL1A 3JYTA 4C8KA 4FZZA 4O0JA 4DS5A 3G0ZA 1IKVA 4FJLA 1RBRA 2BGGA 4CGFA 3HPGA 4LSLA 3K5OA 1RDAA 4KHUA 2PZSA 1I3AA 1RDDA 3QIPA 3L2RA 1K6YA 4I9QA 1NK9A 3TAGA 3RR8A 4LH5A 4AHRA 4EZ9A 1NK4A 3NAEA 3LAKA 3VQ9A 4DF4A 3TAFA 1GOBA 4CF8A 4XIUA 4FJIA 2E4LA 1SL1A 1RTDA 3KLHA 2P1JA 4QOZB 4C8NA 4DQRA 4DTJA 1Q9XA 3QETA 1GOCA 1S6PA 2HNYA 4CEEA 4PQUA 3ZSOA 4RW7A 1BGXT 1JLEA 4DS4A 1Q8IA 2RPIA 3B6PA 3VQ4A 3SV3A 3PX0A 5HP1A 3SQ0A 2WOMA 2PY5A 1CXQA 2FBTA 3AVIA 1JXBA 5J2NA 3ISNC 2FBXA 2GBZA 3ZSVA 4CJ4A 3OYBA 1T05A 4FJ8A 1BHLA 3SUNA 4ELVA 3KLFA 4CCHA 3OYEA 3CG7A 4E1MA 4JRQA 4CHQA 4CHZA 3HYFA 3KLGA 3K58A 4KRFA 3LZJA 2P5OA 4CIEA 2G8IA 2ETJA 4E3SA 2GUIA 4CIFA 1SL2A 4KI4A 3WNGA 3L2UA 4HUGA 1D9DA 2OPSA 2VWKA 5J1EA 3ZSYA 5KRTA 3DRSA 2OYQA 3OJUA 1JKHA 3L2QA 3K5MA 2E6LA 4Z0UA 2VG7A 3HVTA 4J2EA 3LPUA 4I2QA 2IOCA 4KO0A 3AVMA 3PY8A 4FJ5A 4CJTA 1S1UA 3CM6A 3QLHA 1VRUA 3LZIA 1Q9YA 4BDPA 2W42A 2P5GA 4DTRA 3QEIA 4AILC 1W0HA 1RT3A 4E0DA 4GW6A 4CFDA 1S5JA 2I5JA 1C1AA 5JS2A 3E01A 3OYNA 1DLOA 4DSIA 2QK9A 3DLBA 3K5NA 1VSFA 1U45A 3LDSA 4KTZA 2Z1GA 3NF7A 3F9KA 1NK8A 1SKWA 1TGOA 1B9FA 4RW8A 3LWLA 4KPYA 3C6UA 3TAQA 4DLEA 4CJ5A 1REVA 4PA1A 1JL2A 4FM2A 2DFFA 4IDKA 3S3NA 2KTQA 4Y1DA 3KLEA 4FJJA 3L2WA 3H08A 4W5OA 3ZT0A 3KD1E 1RDCA 1W9HA 3QEWA 4H8KA 2BANA 1JLBA 1B92A 3V1RA 1X9WA 4FJ7A 4Z4IA 3K57A 1VSHA 3K5LA 3IS9A 1UOCA 3RRHA 2B6AA 4N56A 4I9LA 3SZ2A 4DMNA 1NK5A 4CK3A 3TANA 4IKFA 1JLQA 1CLQA 3SUQA 2FBVA 4M3XA 1X1PA 3OYHA 1U04A 5HLFA 2LSNA 4Q5VA 5JS1A 1BL3A 1ZBHA 2DY4A 1WSHA 4OPJA 3HPHA 5KTQA 3TAMA 3EYZA 4CK1A 1J5OA 1QSYA 4IG3A 2FBYA 1I39A 4DTNA 1FKPA 1LW0A 1IH7A 1IG9A 5T7BA 3VQDA 3AVHA 4PWDA 1DTQA 2B5JA 4OGEA 4B9UA 4FM0A 4M45A 2D0AA 2OPPA 4E19A 3A2FA 1C6VA 2BDPA 4N5SA 2Z1HA 2YV0X 4TSXA 1R0AA 4FM1A 3NHGA 4CJLA 2HNZA 4DG1A 3T3FA 1D8YA 4KREA 1QSSA 2HHWA 4DQPA 3VQ8A 4AHUA 4CJ3A 1VSKA 3HSTB 1JLGA 4DSJA 2YKNA 3C6TA 1X9MA 4E7IA 4NCAA 5KRSA 4K8XA 4CJFA 3AA2A 2KW4A 4E7KA 1NK6A 1L3SA 1VSEA 2O4GA 1KFSA 3V9ZA 4J2AA 1QE1A 1NOYA 2KFZA 1MU2A 2HHXA 2BE2A 3ZSQA 4KHSA 4JRPA 5DK5A 1JXEA 3P83D 3HK2A 4M42A 3LP3A 4OPKA 4ELTA 4E1NA 3O4QA 4MFBA 4NCBA 5C25A 2YNIA 3UIQA 4CJPA 5C42A 3DOLA 3V4IA 2G8FA 1BISA 5HBMA 1RT2A 4Z4FA 4ZHRA 3NCIA 4M3WA 3OVNA 4FW2A 1IKXA 5CYMA 1RT5A 1BQMA 1EX4A 1IO2A 3ALYA 3P5JA 1IKYA 4KHWA 4Z4GA 4B9TA 3ULDA 4DQQA 4DFPA 4CGGA 4ID5A 2A1SA 4Z4CA 4B9LA 1KCFA 3KTQA 3DLEA 4JS5A 1YTAA 2E6MA 3SYZA 3V9UA 3VQ6A 3MXMA 1QTMA 1S9GA 1Z26A 5FDLA 4LY7A 4CESA 4CERA 1TKZA 4CJUA 4E7JA 4W5NA 1QS4A 3QNOA 1EKEA 4EP5A 4L8RB 4LD0A 3RWUA 3CFPA 1KVCA 3U3GA 5I3UA 4CK2A 1BI4B 1YTUA 3DLRA 1S1WA 2IS3A 1EP4A 3SI6A 5J2MA 3WNHA 4CE9A 4M3UA 3OYCA 2G8UA 4DU3A 3D0PA 1BIZA 3CQ8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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3KKSA 4BGAA 1BUPA 3LWMA 1LV5A 4CJSA 2OPRA 1FZ1E 4O8KA 4DV6K 5GADP 2OANA 5BRFA 4WF9L 3CFOA 1D4XA 2HVHA 5B8HA 4W5QA 2Q0RA 4PKGA 3THYB 3EKUA 4MQ3A 4GVEA 4O5BA 4WQ4A 3NGIA 4NYNA 3N4QA 2Q1NA 2JHPA 3OYFA 1CZAN 3OYAA 3H46O 4JEPA 1ITGA 3C95A 4LF7K 2XO7A 5JLFA 4K41A 3ZYYX 2KZMA 3LM2A 3AVBA 5KPTA 2P9PA 3LP2A 3Q7CA 1NGFA 1NWKA 4CBUA 3J7ZO 4FLXA 1HRHA 3FFIA 3K59A 4BR9A 4B8AB 4EP4A 4JKBA 3SCXA 4BE1A 1D5AA 4JKFA 1C0UA 1YT3A 3VEWA 1HYZA 1KD1O 1O1WA 1KAZA 2G8HA 5IT9O 3Q7BA 5C24A 3ZSRA 3DI6A 2P9LA 3CMAN 1NKCA 4PHTX 4DQIA 3CCSN 4E7HA 4Z4EA 4BVOA 3NVKA 4FJNA 3WT0A 4BR5A 4KHPK 4BR4A 1TUUA 4CVNE 4JV5K 4U7BA 1HMVA 4F3OA 2OVRB 4YOXA 5K14A 2XY7A 4A5BA 1MHYG 3DYAA 3K9JA 1OH6A 3WNFA 3D6RA 2VIXA 4HCBA 3BY5A 3U4LA 3UE5A 1BDGA 3RMDA 5EU7A 4WQ5A 3HGKE 1XI1A 4WE1A 3OY9A 3OS0A 3J2PA 1ZBFA 1BO5O 4CF1A 4YNQA 1CZ9A 2ZGYA 2EX3A 3VEZA 4ILHA 2UXBK 4B3RK 3FZLA 1S1VA 1WSIA 3U6FA 1WSJA 1RBTA 3MEGA 4B9NA 1JLFA 3CCLN 4DR4K 4J2BA 3SPZA 5KGXA 4OLBA 1FPOA 2E2NA 3H3OB 4FVUA 3CCRN 3D7EO 4Q0BA 2QW9A 2HMIA 2UYTA 4G1QA 3MXJA 3VQPA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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