3SQ4A

Rb69 dna polymerase ternary complex with dttp opposite 2ap (gc rich sequence)
Total Genus 318
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
318
sequence length
902
structure length
902
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transferase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
publication title Structure of the 2-Aminopurine-Cytosine Base Pair Formed in the Polymerase Active Site of the RB69 Y567A-DNA Polymerase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DNA polymerase
total genus 318
structure length 902
sequence length 902
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-07-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3sq4A05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3sq4A01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3sq4A02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3sq4A06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3sq4A03
2HHSA 1JLGA 4E7HA 4Z0UA 2HHTA 5FROA 4DTSA 2OYQA 2AJQA 5E41A 4KHUA 1RT2A 4KHSA 4I2PA 4DU4A 3V9SA 4DS5A 1U49A 2PYLA 3LWLA 1S9GA 3SUOA 4F2RA 2Y1IA 3AVFA 1BI4A 4Z4GA 4CJ3A 4OKJA 1TV6A 3OJUA 1QSSA 3NAEA 3LP0A 4EP5A 4B9LA 1R0AA 1JLQA 2Z1GA 3SPYA 3V1RA 3PO4A 3WNEA 4PA1A 1BIZA 3VQ8A 3KLGA 4DSJA 1RDAA 2VG6A 4ICLA 2I5JA 2KW4A 3K58A 4F8RA 3KKRA 3G0ZA 2O4GA 3ZT0A 3OS2A 3DRSA 1ZBLA 4M3TA 2IDOA 3P1GA 4LD0A 4CEDA 3PX6A 1J5OA 1S1WA 4C8KA 3HPOA 3S9HA 4J2EA 3AVMA 4CECA 3ZSRA 1WSHA 1F21A 2FBYA 5D3GA 1WSFA 1KFDA 1KSPA 1NJYA 2BDPA 4FZYA 3TAMA 4Z4HA 4LSNA 4JLHA 4O4GA 1NOZA 2OPPA 3MXMA 1VSHA 1Q9YA 3VQCA 4DFPA 4DLEA 1U48A 1UAXA 1YVUA 1TKDA 2F8SA 1L3UA 4Q0BA 2HW3A 2HNDA 3DYAA 2IC3A 4M3UA 4L8RB 4KV8A 3O3HA 1S5JA 1DLOA 1RBRA 3QEVA 1RDDA 4OPKA 4M3RA 2D0BA 2HHWA 3E01A 5KRSA 1XI1A 4O0JA 4OGCA 1X1PA 1LWEA 3OVNA 3LALA 5EU7A 1T05A 1RTJA 1VSKA 2YKNA 4J2AA 5JS2A 4BE0A 3OY9A 4B9SA 1EX4A 4H4OA 4CJWA 3TAEA 3RRHA 5HROA 1TK5A 1L3SA 3I0SA 4NCAA 3SQ2A 4HCBA 1ZBFA 3SQ0A 1IH7A 1DTQA 2RN2A 1JLCA 1W9HA 3EY1A 1UWBA 1D8YA 5FDLA 2OPRA 3VQ5A 2G8KA 3IG1A 4B08A 1N5YA 3LP3A 2KZMA 2P51A 1RNHA 1EXQA 4CK2A 3MECA 3SPZA 4CHOA 3TABA 1TK8A 3P5JA 1UOCA 1NKEA 4CIGA 2ZQBA 3OYAA 3KTQA 1GOAA 3IAYA 1JKHA 3OS0A 3PX0A 3DRPA 3O3FA 3ZSZA 3ZT1A 3ZSVA 3HP6A 4I2QA 4HHTA 4ZTFA 2E6MA 1GOCA 3L8BA 3QEWA 3V9UA 3ZCMA 4PUOA 1VRTA 2YNGA 1WLJA 3LZJA 3V9XA 4B9UA 2Z1HA 1BCMA 1EETA 3C95A 3RRGA 2YKMA 3HP9A 5KTQA 4W5QA 4Z4IA 1ASUA 2ATQA 4MQ3A 2XY6A 1QHTA 1JXBA 3PUFA 3L2VA 1KRPA 4ELTA 4WE1A 2EHGA 4O55A 3WNFA 1XHXA 4FVMA 1NK8A 2XRIA 1L5UA 4DSEA 1BL3A 4LSLA 1VK0A 4TSXA 3U6FA 3NGIA 3K5OA 3MXIA 2OPSA 4RW9A 3ZT2A 4KO0A 3CM5A 3T19A 4KAZA 4IFYA 1S1XA 1SKSA 4OLAA 5CYMA 3VQQA 1A5XA 2ITGA 2RF2A 4AHUA 5HRPA 1QE1A 3T3FA 1VRUA 4FJGA 4DFJA 4KI4A 2BANA 2G8WA 1YTAA 2O4IA 2JGUA 3VQDA 4LH4A 3ALYA 4ID1A 4KI6A 1RBVA 3JYTA 3HO1A 2IOCA 4FZZA 4M3ZA 3QLHA 3M8PA 3CFRA 1Y97A 2X6NA 3RMDA 3IRXA 4FJKA 4CEZA 1WSIA 4DMNA 5HP1A 2HNZA 4YFUA 4CERA 4I9QA 3K5MA 3F73A 1KLMA 4DSIA 3QERA 4KRFA 2NUBA 3QETA 1RT3A 1XC9A 3U3GA 1VSMA 3BGRA 1U45A 2DFEA 4CJRA 4B9MA 1B92A 3AVGA 3FFIA 3K2PA 3HT3A 3MEEA 1HPZA 4CEFA 3KJVA 1LAVA 3MXJA 5KI6A 4AHVA 1RTIA 5DK5A 2RKIA 4AILC 4EZ6A 4DG1A 1RT4A 4FJJA 4FJHA 3QINA 5HBMA 4C8OA 3LZIA 3RTVA 1WSJA 2PZSA 4FJMA 4DQQA 3SYZA 4EP4A 3HYFA 4NCBA 1CXQA 3VQ6A 1S9EA 4BE1A 3MEDA 1B9FA 3NF9A 1I3AA 3OYIA 4DLGA 1WAJA 3LDSA 2D0AA 3LPTA 1TKZA 1YTUA 1S1UA 4IBNA 3DLHA 2R7YA 1S6PA 4CGDA 1L3VA 3ZT4A 4E3SA 2BGGA 4CF2A 1HNVA 1VSEA 2ETJA 3B6PA 3JSMA 2XHBA 1J54A 4H4MA 2HHXA 1RT1A 1RT7A 3S3OA 1ZYQA 5DMRA 5SWMA 3L2RA 1IO2A 4DF8A 1C1AA 3LAMA 4IG3A 4OKKA 4CF1A 3O3GA 2G8FA 1Z26A 5J1EA 3KK1A 1ZBIA 4M42A 4CEBA 4OKEA 1K6YA 1RBUA 1C0UA 3K5LA 3BDPA 4CFAA 2QK9A 3A2FA 3V9WA 4OLBA 3RWUA 4FM0A 3HVRA 3C6TA 5CZ1A 1NK9A 1IKWA 2FBTA 3QIPA 4GW6A 3SQ1A 5HRRA 1RDCA 1CZBA 3AVLA 4HUEA 4FJ7A 4E7JA 5J2QA 3TI0A 4F3TA 1HJRA 3DI6A 3RMCA 4M3WA 4DU1A 1ZBHA 2X78A 3QO9A 4UQGA 4FK2A 3L2WA 1NK6A 2D0CA 2HVIA 2QXFA 4BE2A 3K57A 3DOKA 4NYNA 3QEIA 3DRRA 3VA0A 1U04A 1KLNA 2KZZA 1SV5A 4DTRA 3TAFA 1HQEA 1VSIA 3B6OA 1WSEA 2QKKA 4K8ZA 3CFOA 1XHZA 4CHZA 1MU2A 3OJSA 2JLEA 1RT6A 3KD1E 4E89A 4Z4CA 2YNIA 4KB0A 2HHQA 3VQPA 4DTNA 2F8TA 4BDYA 4NCGA 5KRTA 4CJEA 1QSYA 4CFBA 1HRHA 2P5OA 2P5GA 2GBZA 4OPJA 3SCXA 4CGGA 2YNFA 1RTHA 1LW2A 3L3VA 3AA3A 4CJSA 4RW4A 4CHYA 1NJXA 4QOZB 4CJVA 3HPHA 4AHTA 3PV8A 5CY4A 4CJPA 4FJ5A 2XY8A 4ELUA 3AO1A 3TWHA 2GUIA 1D5AA 1JLEA 1LAWA 4HUGA 5HLFA 4Q5VA 4HUFA 3CFPA 2DTUA 1CZ9A 1JLFA 3LPUA 3SUPA 4E7LA 2HMIA 4BDPA 1BQMA 1JXEA 5FRNA 1NK0A 4HTUA 4J2DA 1JL1A 3VQBA 3ZSWA 3KLEA 2IGIA 1O1WA 1WN7A 4CJFA 3M8RA 3AA2A 2A1SA 1JLAA 4DU3A 3F9KA 5CZ2A 4CIEA 3HM9A 4DQIA 1KCFA 4F2SA 1HYVA 2KFNA 4JRQA 2VG7A 3HPGA 3TR8A 3KLFA 1VSFA 4W5NA 3L2QA 3VQ7A 1T7PA 4B8AB 4KHYA 5KGXA 4CESA 4KFBA 1BIUA 3SUQA 1C1CA 1JL2A 1WSGA 1LV5A 3RR7A 4CEEA 3DMJA 3V1QA 4FCYA 1A5WA 4FM1A 1C1BA 1FXXA 2E4LA 2ZD1A 4CK3A 4DFMA 2B5JA 3HJFA 2F96A 3KIOA 2E6LA 4O44A 1NJZA 4FJLA 2FC0A 4OJRA 5J2NA 3VQEA 1TK0A 3KK2A 4CCHA 4FLUA 1DTTA 3DLKA 4FM2A 1KFSA 3L2UA 1IKVA 4DTUA 1ASVA 2P1JA 4DS4A 2Q3SA 4HVJA 2PY5A 4CFDA 2PYJA 4E19A 4B9VA 1N6QA 4DQPA 3AVBA 2DFFA 4YNQA 4CJLA 1EKEA 3NH0A 3D45A 1REVA 3NH1A 3SUNA 1QSLA 2HVHA 3NE6A 3O4QA 4RG8A 4DSFA 4GMJB 1J9AA 4N5SA 3MAQA 4KREA 1QQCA 4R5PA 1RTDA 2LSNA 4FLWA 4DTMA 4DTJA 4KHNA 1G15A 3AVNA 3NFAA 2HB5A 4IDKA 3H08A 4OGEA 2HHVA 4KHWA 4FJXA 2WONA 4E1MA 4B9NA 1RT5A 3UIQA 3ZSYA 1T8EA 1LW0A 1KVCA 3IS9A 3VA3A 4GVMA 1C0MA 1TKXA 1SL1A 3O4NA 4FJIA 1C6VA 4CJKA 1NKBA 4CFCA 4M45A 1XWLA 3ZSXA 3DOLA 4AH9A 1VSLA 4FJNA 2YNHA 3SZ2A 1FKOA 1NKCA 3VQ4A 4CEQA 1QTMA 1NK4A 4BDZA 3AVAA 4RW7A 4DSLA 3NGYA 1S6QA 3CG7A 4IFVA 4CE9A 3SV3A 4LH5A 5K14A 3K59A 3QNNA 3HXMA 3DLGA 4DQRA 3KLIA 2B4JA 3LWMA 1TAQA 3AO3A 2HNYA 1KTQA 2XY7A 3OYLA 2G8IA 4OVLA 4EZ9A 1WAFA 2EX3A 3SI6A 1UA1A 1RDBA 3PX4A 3KLHA 4IKFA 4HCCA 2FBVA 4RW8A 2X74A 4K8XA 4W5RA 3PY8A 5C25A 3OYNA 3WNHA 4JRPA 1GOBA 4CF0A 4ZTJA 4AHSA 4M41A 1IKXA 3KKSA 4H8KA 3SNNA 4FJ9A 2YHBA 4CJUA 1KVAA 4KTZA 1UA0A 3AVHA 4J2BA 1CXUA 1Q9XA 2VWJA 3OYHA 1BQNA 3I8DA 2VG5A 5J2MA 3L3UA 3V6DA 4B8CA 3C94A 3DLRA 1TKTA 4KTWA 1X9MA 2W42A 3MEGA 1FK9A 3HSTB 3G10A 3EYZA 2G8VA 4O5BA 1X9SA 1QS4A 3V81A 4KKOA 1SUQA 4DFKA 3LAKA 3VQ9A 1KVBA 4FLXA 3V9ZA 4CJQA 2OZMA 1VSJA 2Y1JA 4ID5A 4KHQA 1EP4A 3S3NA 1U4BA 3OYGA 4E0DA 4FLYA 4CF8A 4KB1A 4DWIA 4FW1A 4M3XA 2RPIA 1Z25A 4CK1A 3KD5E 4AHCA 4G1QA 1TGOA 4B3OA 1B9DA 3ZSQA 1BCOA 4PQUA 1YT3A 4FLZA 4F3OA 4CJ4A 2OA8A 1RBSA 3THVA 4N76A 4N41A 2YHAA 1X9WA 2X6SA 4CHNA 4ELVA 3S3MA 5KGWA 2KQ2A 2G8HA 4FYDA 3AVJA 4DF4A 2OZSA 4CIFA 2DY4A 2IAJA 1RCHA 4CHPA 4DSKA 3AV9A 3NHGA 4QAGA 3OYFA 4MFBA 4KTQA 3AVCA 4CHQA 4CGHA 5I42A 4FW2A 3NF6A 1HMVA 3RMBA 1BGXT 3ITHA 2HHUA 4Y1CA 1IKYA 1HNIA 2OPQA 3SV4A 1D9FA 2YV0X 5I3UA 5HRSA 1TAUA 1CLQA 4IG0A 5C24A 3D0PA 1FKPA 4ZHRA 4FXDA 2ZE2A 1LWCA 3OYBA 4I9LA 1I39A 3V1OA 3AO4A 1T03A 4QCLA 1NK5A 2BE2A 2D5RA 3OYEA 4O0IA 1S1VA 4CEAA 4C8NA 3AA4A 3OYJA 4C8MA 3NH2A 1BI4B 2B6AA 4CJTA 3ISNC 4FJ8A 3VQAA 2IS3A 4C8LA 1IG9A 3QEXA 4FK0A 3WNGA 3DLBA 3VN5A 1TL3A 4BACA 1C0TA 4E1NA 2QKBA 2XO7A 4CF9A 4N56A 1S1TA 3RR8A 1ASWA 3AO2A 3K5NA 3OYCA 3HVTA 4M3YA 3AO5A 3NDKA 3V4IA 3LANA 1NOYA 4CGFA 3M8QA 3HL8A 1J53A 4FLVA 1RILA 3U3YA 4F4KA 2WOMA 4Y1DA 5SZTA 1JLBA 3EZ5A 3PO5A 3HK2A 2VWKA 3CQ8A 3DLEA 4E7KA 3QIOA 1HQUA 3T1AA 3SJJA 2Z1JA 3I0RA 5FRMA 2XY5A 4Z4EA 4FZXC 3KK3A 3C6UA 3OYDA 4I7FA 1SKWA 1NK7A 3SQ4A 1L3TA 4BWMA 3P83D 5JS1A 5HRNA 3ULDA 2KTQA 3NF8A 1BISA 1HYZA 2GV9A 3NCIA 3CM6A 1W0HA 4E7IA 5CYQA 1ITGA 4AHRA 4DQSA 1VSDA 3TANA 2A1RA 1D9DA 4NYFA 3ZT3A 3AVIA 4W5TA 1TVRA 1TL1A 3NF7A 1RBTA 4DTPA 1BHLA 4DTOA 1ZBUA 2KFZA 3TAPA 5C42A 3ZSOA 2FBXA 3TARA 2Z1IA 3QNOA 1A5VA 3OS1A 3TAGA 3M8SA 3LP2A 4LY7A 3ASMA 5J2PA 3LP1A 4CGJA 3CYMA 4W5OA 4JS4A 3NBPA 3NGZA 4B9TA 1HYSA 3QEPA 1WNSA 1LWFA 3AA5X 5T7BA 3RMAA 3QESA 3TAQA 4CEOA 1SL2A 4JS5A 1U47A 1SKRA 2G8UA 4N47A 3OYKA 3AVKA 3DM2A 4BWJA 4FLTA 4RW6A 4DTXA 4CGIA 4XIUA 3OYMA 4PY5A 4CJ5A 4FK4A 2DFHA 1SL0A 1Q8IA 4PWDA 1NJWA 4Z4FA 4KPYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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4JKEA 2FSJA 4H0TB 3QERA 3KVGA 4ADOA 1RT3A 2NRTA 1VSMA 3VGKA 3CXCM 2DFEA 4CJRA 1B92A 3AVGA 3FFIA 3HT3A 3CQXA 3BP8A 4XH4A 2H3GX 3PSIA 1RTIA 2O8FB 1FZ8E 4FJJA 1YXQA 1XMQK 4X5NA 5HBMA 3THXB 4C8OA 1U6ZA 1WSJA 4JI4K 1IBLK 1ZC6A 2YB5A 1QVGM 3HYFA 3MEDA 5JICA 1I3AA 4BRGA 1NNEA 1QQOA 1L3VA 3ZT4A 4E3SA 4Z94A 4DV7K 2JWLA 3J27A 2ETJA 1J54A 2YJFA 4H4MA 5KQ8A 4B1XB 2NRVA 5SWMA 2V7ZA 1C1AA 4OKKA 1Z26A 4DV5K 3O08A 2HHHK 4CEBA 1K6YA 2BTFA 3O1BA 4OLBA 4A2AA 1C0FA 5AQGA 5CZ1A 1IKWA 3SMSA 5HRRA 4FWMA 1WUAA 2D1KA 5J2QA 2FF6A 5C15A 4UQGA 4FK2A 2HVIA 4BE2A 2VGNA 4NYNA 3QEIA 4CVNE 3VEVA 1KLNA 2CH6A 4K41A 3H46O 1VSIA 4CW7B 2PFUA 4CHZA 1MU2A 5JVHL 2JLEA 2HHQA 3TTFA 2YNIA 3LDBA 5AQTA 5KRTA 4CJEA 4CFBA 1HRHA 2P5OA 2GBZA 3DWLA 4RW4A 3C0BA 3HPHA 4CJPA 4ELUA 1XMFE 5AFUA 2UUBK 3TWHA 3ZEUA 3DJCA 2QI2A 2VJ5A 1LAWA 4CZGA 2E20A 2HMIA 1BQMA 3Q7CA 1Q82O 3NMUA 1XVDE 1JL1A 2MZWB 1T6DA 1NMDA 4CJFA 2IVNA 4DQIA 2A1SA 4F2SA 4WQ5C 4CIEA 3R8EA 4F9OA 3TL8B 2WUSA 3L2QA 3VQ7A 1YIJN 5KGXA 2Q0UA 4KFBA 5LJVA 1JL2A 3GL1A 4FCYA 1FXXA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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