3SUNA

Rb69 dna polymerase (y567a) ternary complex with dttp opposite 2ap (at rich sequence)
Total Genus 314
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
314
sequence length
895
structure length
895
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Structure of the 2-Aminopurine-Cytosine Base Pair Formed in the Polymerase Active Site of the RB69 Y567A-DNA Polymerase.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule keywords DNA polymerase
total genus 314
structure length 895
sequence length 895
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-07-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3sunA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3sunA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3sunA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3sunA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3sunA03
3CQ8A 3LANA 4FLYA 1CZBA 1JLFA 1HPZA 3AVIA 3O4NA 5DMRA 2PY5A 4B9VA 3MEEA 3ZSOA 3HM9A 4OPKA 1IO2A 3V9UA 4KB0A 4DS5A 4JS5A 4Q0BA 3MAQA 1NJWA 2G8FA 1RCHA 1RTJA 3HVRA 5D3GA 3TWHA 3OYKA 4DQRA 3IS9A 1L3VA 3QNOA 4G1QA 1BI4A 3NAEA 3G10A 3CM6A 3NF7A 3NGZA 4BE0A 3LPTA 4F8RA 4PQUA 1QHTA 1XC9A 3HK2A 1YVUA 2B5JA 2FBVA 4GW6A 5KGXA 2HHUA 1VSDA 4OKKA 5T7BA 4FLTA 2P51A 3S3OA 3AVKA 1Q8IA 4CHPA 1RDDA 3BGRA 1D5AA 1B9DA 3DI6A 2IC3A 4OKEA 3VQPA 1Y97A 1J5OA 4CGDA 4CEFA 3WNGA 1VSEA 4CIGA 3PX6A 2EHGA 2F96A 1BI4B 3SUOA 4IDKA 1LWEA 1WLJA 3LAKA 1TL3A 4OKJA 2YKMA 3NH2A 4RW7A 4BDPA 5FRMA 4CJFA 1XHXA 4Z0UA 3OY9A 1NK5A 4CJVA 4W5NA 3OS2A 3A2FA 1WSJA 2WONA 4M3XA 3O3GA 1I39A 1BIUA 4HTUA 3EYZA 3F73A 1T05A 1RT3A 4BE1A 4KREA 2X6NA 1L3UA 2G8IA 3G0ZA 3L2WA 1WSEA 2VG7A 2QXFA 4FJLA 1JKHA 4HCCA 2OA8A 1ZBUA 2HHQA 3OYMA 4RW9A 3AVGA 4FM0A 4DQPA 4M3RA 1QSYA 1ZBFA 1VSIA 3VA3A 4CHZA 3MXIA 1NJZA 2HHTA 5HRRA 1UA0A 4KHWA 3MEGA 4HVJA 2B4JA 1DTTA 4FW2A 3QERA 4KHUA 1VSHA 3CM5A 4KV8A 3S3NA 4CCHA 4TSXA 1QS4A 2A1RA 1S1XA 4AHCA 3VQ9A 3L2QA 4J2AA 4LSNA 3NH0A 3QLHA 4RW6A 4O0IA 3OVNA 4KTWA 3DM2A 4B8AB 2D0CA 4N47A 4DTJA 3ALYA 2PYJA 3RR8A 5EU7A 1RNHA 3RRHA 3VQEA 1ASVA 1RTHA 3THVA 3OYFA 5J2MA 3T19A 2ITGA 4FJXA 2Z1GA 4DWIA 4M41A 4OPJA 1C0TA 3QESA 4KI4A 3BDPA 1C1CA 1QQCA 1IKXA 3AVNA 3M8SA 2DY4A 1ITGA 2XHBA 1UOCA 2E4LA 4K8XA 3TR8A 4W5OA 4DFJA 1C0UA 2YNIA 3JYTA 4Z4CA 4DFKA 4CJQA 3NDKA 3TARA 5HRSA 1RBUA 1CXQA 1XWLA 4H4MA 4IKFA 4EZ6A 1KFSA 3AO5A 3DOLA 1A5VA 1YTAA 4UQGA 3K58A 3S9HA 3HXMA 1YT3A 1TK8A 2GV9A 1KFDA 1NK8A 4FJ5A 2P5OA 4M3ZA 3QINA 2YNHA 4O0JA 1S5JA 4K8ZA 1QSSA 4CJSA 2OZMA 4KTZA 2XY8A 3OJUA 3KIOA 2OPSA 3RMDA 1N5YA 3ZT4A 1KSPA 1ASWA 1LW2A 1RBVA 1KLMA 5J1EA 3FFIA 4CEOA 1WSFA 1KRPA 1JLGA 4ZTJA 2KW4A 3QETA 3SUPA 5C24A 3ISNC 4HUGA 4M45A 1S9GA 4CF9A 2DTUA 4CECA 4OLAA 1RDAA 4CF2A 3UIQA 3V6DA 4F3OA 2KTQA 4FK2A 4OLBA 2QKKA 1NOYA 3TAQA 1TKXA 1SUQA 3HPHA 3PO4A 4E1MA 4CHYA 1KCFA 2BE2A 3M8PA 1HQUA 5KRTA 2AJQA 4EP5A 3V9SA 1KTQA 3SNNA 3TAFA 5K14A 1RBTA 4MQ3A 3T3FA 5J2PA 2D5RA 3SUQA 1LAWA 3VQ4A 3V81A 2KFNA 1D8YA 1SL1A 1BISA 1NKEA 1SL2A 2YHAA 1TVRA 4ICLA 4IG3A 1LAVA 4LH5A 1L5UA 4FJNA 1B92A 1HYVA 3VA0A 1G15A 5FROA 3PY8A 3HJFA 4KRFA 4FYDA 3NGYA 4ELTA 4N41A 1WSIA 3NF6A 4ELVA 3KK2A 2YHBA 1U47A 3L2VA 4DFMA 2PZSA 4E7KA 2E6MA 1UA1A 4FZYA 4M42A 1J9AA 4E7HA 1BCMA 3ZT1A 3IG1A 1LWCA 3KTQA 1GOCA 4CGJA 4E19A 2XY6A 1ZBIA 1VSKA 1JLAA 2VWKA 4DSJA 4PWDA 3SQ4A 5KTQA 3LPUA 3K57A 1X9WA 4WE1A 4JS4A 4B9TA 1BIZA 2IS3A 3KJVA 3KLHA 1LV5A 1QSLA 4OGEA 3LDSA 4FM2A 4CJ5A 4FJJA 4ID1A 4ELUA 4DU4A 2Z1JA 3L3UA 5CZ2A 4DSFA 4BE2A 4E7LA 4C8OA 1TKZA 1ZBHA 1GOAA 2ZE2A 4M3WA 4N56A 1KVAA 1C0MA 4IFYA 3ZSRA 2BGGA 3DRSA 3SV3A 4BWMA 4DU1A 3QEVA 1T7PA 4CFDA 4AHTA 4F3TA 1RTDA 3S3MA 3AA3A 4OJRA 1SKSA 3TAEA 4CK1A 4KAZA 2QKBA 3SQ2A 3H08A 3IRXA 1JXBA 3OYIA 1SKWA 4B9UA 4O4GA 1NK9A 1EX4A 1VSMA 4CEEA 2HVIA 3DRRA 5JS2A 3NF9A 3OYGA 1RT5A 2HHVA 3T1AA 4KFBA 4OGCA 4DTXA 2Z1IA 1FXXA 1U4BA 4YFUA 5FRNA 2G8WA 2XY5A 1UWBA 1Z26A 1HNIA 2DFFA 4DMNA 5HP1A 1ZBLA 3HO1A 4FLVA 3P83D 4YNQA 4LY7A 1Q9XA 4B08A 5DK5A 3VQ5A 3L2UA 1RT2A 2A1SA 3RTVA 4FJ7A 3KKSA 3EZ5A 3AVHA 5HLFA 3VQDA 4CHQA 2HNYA 2KZZA 4I2QA 3QEXA 2IGIA 1TL1A 4KTQA 1WSHA 1RDBA 1RT1A 5SWMA 3RRGA 3DLHA 1TV6A 4DTUA 3SQ0A 2F8TA 4DTRA 4DTPA 3ZT2A 2JLEA 3EY1A 3CFOA 4LSLA 3ZT3A 2NUBA 1W0HA 4C8NA 4CK2A 1XI1A 4B3OA 2IDOA 2OPQA 4AILC 4W5RA 2HW3A 3HPOA 3DLGA 3K2PA 4DQIA 3HT3A 2FBXA 4HUEA 4N76A 4FXDA 1HRHA 3TANA 4B9LA 3PX4A 4E0DA 3MXJA 3AV9A 3HYFA 5C42A 3D0PA 3VQBA 1KLNA 1CLQA 1S1WA 3QIOA 2GUIA 4KHQA 2VG6A 4AHRA 4QOZB 3KLIA 2OPPA 2QK9A 2PYLA 1EP4A 4Z4FA 1NK6A 2BANA 4AHUA 4KO0A 1C1AA 3SPYA 3O3FA 3AO2A 1WN7A 1BL3A 3LWLA 1C6VA 3CG7A 3OYEA 4BACA 2YNFA 3VN5A 4CFCA 3F9KA 4Z4HA 3VQQA 4J2BA 3M8QA 3LP2A 3L2RA 3ZSWA 2VWJA 4F2SA 4I9QA 1S9EA 4JRQA 1X9SA 4CEAA 1FKOA 1X9MA 2DFEA 4CHNA 3NE6A 1S6QA 3LP0A 3V1RA 4HHTA 4DQSA 2FC0A 2XY7A 4CK3A 2W42A 3LAMA 4M3YA 3KLGA 1HYZA 4E1NA 3LP3A 3DMJA 4CJKA 2ZQBA 4BDZA 2Q3SA 3SQ1A 2O4IA 4FJ9A 1S1TA 3C94A 3HL8A 3DRPA 4CHOA 4FJHA 3VQCA 4DTOA 2OYQA 1F21A 4CEBA 4FLZA 1NJYA 4EZ9A 3LZIA 5I42A 3L8BA 4CE9A 3C95A 4CEZA 3AVBA 3AO4A 1IG9A 2B6AA 3KKRA 3TAPA 3V9WA 4FZXC 4RG8A 3K5MA 1HQEA 2DFHA 3NGIA 2FBTA 4FJ8A 1NK4A 4FJMA 4M3UA 3VQ7A 1RTIA 3KD1E 5KGWA 4BWJA 2RKIA 3V9XA 4FM1A 2Y1IA 4DSKA 3DOKA 3NHGA 3VQ6A 3LZJA 2ATQA 4FJKA 2XRIA 1EXQA 1FKPA 3HSTB 3LALA 3ULDA 1T03A 5JS1A 2HMIA 1JLBA 4CGGA 3PUFA 3AVCA 4DLEA 5KRSA 2E6LA 3OYHA 1VSFA 1BHLA 3TI0A 3CFPA 1VSLA 2D0BA 2I5JA 4KKOA 3L3VA 1Q9YA 3SJJA 1W9HA 2WOMA 1SL0A 3KD5E 3AVJA 4IG0A 1KVBA 4CF0A 3I8DA 2GBZA 3OYLA 1NOZA 3AA2A 4M3TA 1VRUA 2X74A 2P5GA 1KVCA 3AVAA 1WAJA 1VK0A 1BGXT 4Y1DA 3ASMA 4CGHA 1TAUA 4GMJB 3SYZA 3K5NA 1UAXA 5J2QA 4AHSA 3QEIA 1D9DA 4O44A 3V1QA 3WNFA 1RT6A 4CGFA 1QTMA 3V4IA 3ZSYA 3LP1A 1U45A 4DTNA 1RILA 1JL1A 4R5PA 1C1BA 3U3YA 2X78A 3AO3A 1MU2A 2O4GA 1A5XA 3B6PA 4CF1A 3SI6A 3LWMA 5I3UA 1T8EA 1N6QA 1IKYA 1JLQA 4KB1A 3NF8A 1CXUA 1K6YA 1REVA 3VQAA 4B9NA 3ITHA 2RF2A 4NCGA 2KQ2A 5HRNA 4DSLA 4KPYA 4I9LA 4DTSA 1GOBA 3AA4A 5CY4A 1DTQA 4JLHA 4PY5A 3RWUA 4CJWA 1TAQA 4CJLA 2P1JA 3ZSZA 3KLFA 4DTMA 1RBSA 1U49A 3MXMA 3U3GA 4QCLA 3I0SA 2X6SA 4CJ4A 4NCAA 3IAYA 3TAMA 1JXEA 3NFAA 4FK4A 4Z4EA 4DSIA 3DYAA 3OS0A 1SV5A 3KLEA 4N5SA 3RR7A 2JGUA 5SZTA 4HCBA 3TABA 4Z4GA 2HHWA 4E7IA 2IOCA 3QEPA 2RPIA 3B6OA 3PO5A 1A5WA 4CFBA 3OYNA 1LWFA 1J53A 3CFRA 2G8UA 4H8KA 2KZMA 1TK0A 1HJRA 3AA5X 4AHVA 3AO1A 5HBMA 4E7JA 1NKBA 1IH7A 4Q5VA 1RDCA 4CF8A 4FK0A 4F4KA 1J54A 4DG1A 4DSEA 1TGOA 4CESA 5J2NA 3HPGA 3OYBA 1BQMA 2G8HA 4KHNA 4FJGA 3QEWA 3C6UA 3K5OA 4LH4A 1X1PA 1ASUA 2FBYA 3RMCA 3M8RA 4HUFA 4IFVA 1HYSA 4ZHRA 2HNDA 1NKCA 2LSNA 4GVMA 3U6FA 1JLEA 3SPZA 5KI6A 4B8CA 3E01A 4NYFA 4Y1CA 4KI6A 3MECA 3CYMA 3SZ2A 2HHSA 3C6TA 3AVLA 1TKDA 1L3SA 4CJEA 4CIFA 5CZ1A 3OYCA 1NK7A 2HHXA 3VQ8A 2RN2A 4BDYA 4CGIA 1U48A 3OYAA 3HP9A 1HNVA 4AH9A 3NCIA 3OS1A 2XO7A 2G8VA 3DLRA 2D0AA 3SV4A 3DLEA 1U04A 4C8MA 4KHYA 1EKEA 2IAJA 4J2DA 1JL2A 1VSJA 3QO9A 4H4OA 1LW0A 4CEQA 4FJIA 1BQNA 4CFAA 5E41A 2OPRA 2HB5A 3HP6A 1VRTA 5CYQA 3OJSA 4RW4A 3PX0A 3D45A 5FDLA 2KFZA 1S1VA 2F8SA 4ID5A 3RMAA 2ZD1A 4JRPA 4O5BA 4NYNA 4RW8A 3OYJA 2HVHA 3AVMA 1WAFA 1BCOA 2ETJA 1ZYQA 4FLWA 1Z25A 3P5JA 1QE1A 4Z4IA 3QNNA 1S6PA 3ZT0A 4CJPA 2Y1JA 3MEDA 1XHZA 2R7YA 4CJ3A 2G8KA 4CJRA 2VG5A 1WNSA 1S1UA 1WSGA 3NBPA 4EP4A 4C8KA 4L8RB 2OZSA 1O1WA 3I0RA 3O4QA 3SUNA 2YV0X 3P1GA 4DU3A 4PA1A 3WNHA 4E89A 3K59A 1IKVA 4DS4A 1NK0A 1NJXA 4NCBA 4MFBA 3ZCMA 4CJUA 3K5LA 3AVFA 4DQQA 1EETA 1D9FA 4FLXA 3QIPA 4CJTA 4F2RA 3SCXA 4XIUA 1R0AA 3HVTA 3TAGA 1TKTA 3V9ZA 2EX3A 3OYDA 4I2PA 4IBNA 3NH1A 3JSMA 1SKRA 4C8LA 2Z1HA 4W5TA 3KK3A 2YNGA 2YKNA 1YTUA 1B9FA 3KK1A 1JLCA 1I3AA 4FVMA 1L3TA 1IKWA 4OVLA 2HNZA 4FZZA 3ZSQA 3V1OA 4DFPA 4J2EA 4DF8A 3ZSXA 5HRPA 4B9MA 3O3HA 1HMVA 4W5QA 4I7FA 4ZTFA 3DLBA 3WNEA 4E3SA 5CYMA 5C25A 4B9SA 4KHSA 4FW1A 1RT4A 5HROA 4DF4A 1TK5A 3DLKA 4CEDA 1DLOA 3PV8A 1CZ9A 4DLGA 1RT7A 4O55A 4LD0A 4PUOA 3ZSVA 4QAGA 4FCYA 1RBRA 2BDPA 3RMBA 4CIEA 4FLUA 1FK9A 4CERA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CQ8A 3LANA 1CZBA 1JLFA 4H5TA 1HPZA 5DMRA 2PY5A 4B1VA 3D6RA 4B1UB 4EHUA 1IO2A 4OPKA 5JICA 3HM9A 4DS5A 4KB0A 3BVOA 4XH5A 3FZFA 1Q18A 1RTJA 2BH1A 3IS9A 5LY3A 3NAEA 3G10A 3GG4A 3AGKA 4F8RA 1HNWK 2Q97A 4FLTA 4X5NA 3BGRA 1Y97A 3DLLL 3WNGA 5BPLA 5IWAK 3EZWA 4DUZK 4BROA 4OPHA 4RW7A 4BDPA 3OGLB 4Z0UA 3OY9A 3UO3A 3A2FA 1I39A 1WBDA 3F73A 1T05A 4KREA 1L3UA 2QA4N 3G0ZA 3GOIA 4FPAA 4FJLA 3O9QA 2HHQA 3HTVA 2E2NA 1ZBFA 1VSIA 1Q81O 1LCUA 4CHZA 1UA0A 3MEGA 4BR5A 2B4JA 3O8MA 4I6MA 3S3NA 4TSXA 1DT9A 1QS4A 2CGJA 3VQ9A 4LSNA 3QLHA 4KTWA 1VQ5N 2YHXA 3CMAN 4N47A 3ALYA 2PYJA 4DKWA 5EU7A 2JQTA 3J81O 1RNHA 3THXA 3VQEA 3THVA 1C0TA 1E4GT 1XVDE 4I6MB 4JN4A 1NLVA 1C1CA 1QQCA 3CCQN 4QS7A 2XHBA 2E4LA 3J27A 1C0UA 4WYBA 2YNIA 5AQZA 4A59A 3JYTA 3NDKA 1RBUA 3THXB 1KFSA 1X3NA 1A5VA 4M7XA 4IO9L 1YTAA 1NGCA 3S9HA 1YT3A 1TK8A 2ZJRL 3CCSN 4DV7K 3BUZB 3R8EA 5ADXA 1S5JA 3RMDA 4CZFA 3ZT4A 4JEPA 1LW2A 1KLMA 3DXMA 2AP1A 1FYZE 2KW4A 3SUPA 4JHDA 4ISGA 2DTUA 4CECA 1RDAA 3V6DA 3C7NA 1BDGA 3O9RA 4OLBA 1NOYA 4JV5K 1TKXA 1SUQA 4CHYA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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