3SUQA

Rb69 dna polymerase (y567a) ternary complex with dctp opposite 2ap (at rich sequence)
Total Genus 300
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
300
sequence length
897
structure length
897
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structure of the 2-Aminopurine-Cytosine Base Pair Formed in the Polymerase Active Site of the RB69 Y567A-DNA Polymerase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DNA polymerase
molecule tags Transferase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 300
structure length 897
sequence length 897
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-07-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3suqA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3suqA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3suqA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3suqA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3suqA03
3NBPA 3K57A 1HYZA 2F96A 4FZYA 1BCOA 4CK2A 3NAEA 2X6SA 3DLKA 4FLXA 3AV9A 3ZSYA 4M3TA 2HNDA 4N56A 4M3WA 1EKEA 2BANA 3V9ZA 3NHGA 4DTXA 2X6NA 4OKJA 2ZD1A 1C1AA 5I42A 4HCBA 4OKEA 3SUQA 4KHWA 3DLBA 2HHQA 5KTQA 4BE1A 3RRHA 3KLIA 3VN5A 3QEIA 1TAQA 4H8KA 2HW3A 1JXEA 1BISA 1SKWA 1RT7A 4AHCA 3LAKA 1VK0A 2YKMA 2FBXA 3ZT2A 4CF0A 2IGIA 2VG5A 3AO1A 4CGDA 3MAQA 1JLBA 3U6FA 4BDZA 4FVMA 1QS4A 3KIOA 4YNQA 1CXQA 3SNNA 4DS5A 4CHQA 1J5OA 1TKTA 3IG1A 3K5OA 3OYAA 4K8ZA 1RDDA 3L2UA 3A2FA 1KTQA 4ICLA 4AHSA 3C94A 1R0AA 4DQPA 3HK2A 3D45A 1LV5A 4N41A 1IKVA 3AVKA 5C25A 3OYCA 1VSEA 1QHTA 4O0IA 3L2RA 2PY5A 2HNZA 4KB1A 4FJHA 3SV4A 1BI4B 2XRIA 1GOAA 3CFPA 4ZHRA 5FRNA 4FJMA 3ZT3A 2ETJA 3CYMA 3PX6A 1HYVA 1Z25A 1HNIA 1RTJA 4LH5A 3ZCMA 1TVRA 1SL2A 1TGOA 4O5BA 4GW6A 1EETA 4DFKA 1RT5A 3TAQA 2FC0A 1ASVA 2YNFA 4N47A 4CF2A 3HM9A 3AVLA 4FJNA 4QAGA 4FK2A 1QTMA 4CJPA 3SPYA 1LWFA 1RBTA 4DSJA 2JGUA 5KGXA 4IFYA 4C8NA 3OYJA 3LPTA 1C6VA 3V9XA 1EP4A 3OYNA 4HCCA 4PQUA 2D5RA 4AHTA 4KKOA 2YNIA 2WOMA 2GBZA 4CJ5A 4KI4A 4W5RA 1U4BA 1S1UA 3V1RA 3AO4A 1NK9A 3DRPA 3P1GA 1Y97A 4BDYA 3KD1E 1NKCA 5K14A 1UWBA 3V6DA 3L3UA 1ZBHA 1FK9A 2LSNA 1NJXA 4CF8A 1X9MA 3LDSA 1RBRA 4H4MA 4DU1A 3HVTA 3V9WA 4F8RA 2WONA 4FCYA 2ZQBA 1N5YA 4E3SA 4FK4A 4CGGA 1T03A 1ZBIA 3PX4A 1RDAA 3SI6A 3CFRA 2VG6A 3VQPA 1YTUA 4AILC 1S1XA 4RW4A 4EZ9A 3VQ5A 4KHNA 3SQ4A 4CEZA 1WSFA 3OYMA 3RMDA 3KLGA 3PO5A 4F4KA 4KFBA 4CGJA 1TK0A 2VWKA 4BWJA 1JKHA 2E4LA 3VA3A 1D5AA 3MECA 4HVJA 4L8RB 4CIGA 1SL1A 3AVNA 3OYHA 4KI6A 1ZBLA 3DRRA 5HRRA 3TANA 4Z4EA 3CFOA 1RBUA 3QEVA 4KAZA 4C8OA 4CJFA 4DQQA 2OYQA 2YHAA 4G1QA 3DRSA 4CGHA 3V9UA 1SKSA 1KFDA 4MQ3A 4CEOA 1W0HA 4M3ZA 4I7FA 1CZ9A 2RN2A 1Q9YA 2BE2A 4DTRA 2X78A 3I0SA 4FW1A 4LSNA 3QNOA 4M3XA 4FZXC 3S9HA 3T19A 3F73A 4KB0A 3LPUA 4FLUA 3G10A 4B8CA 4W5QA 1VRTA 3M8SA 4DFJA 1HYSA 1J53A 1VSIA 3NCIA 3LWLA 3ALYA 4DTJA 4FJXA 1BI4A 4B9UA 4ELUA 2IOCA 1U48A 2HHTA 5KRTA 3HVRA 1BIUA 1T8EA 1C1BA 2X74A 1VSJA 2P1JA 3FFIA 4DTPA 3CQ8A 1LAWA 5JS2A 1FXXA 5J1EA 5J2QA 3OY9A 1RILA 2G8KA 3AVAA 3DLGA 5C24A 3EZ5A 1GOBA 3OS1A 3WNEA 1NK7A 1LAVA 2IAJA 1RT3A 4CHZA 1FKOA 3U3GA 3P5JA 3AVBA 4CJ3A 3MEEA 4M3UA 2KW4A 2IC3A 4LD0A 3OS0A 1HQUA 3S3OA 3ZT4A 3L2VA 1KRPA 2F8SA 2HHWA 2GUIA 4DU4A 1REVA 3HJFA 3AA3A 3DI6A 2VWJA 3QNNA 3ULDA 3RR7A 3AO3A 3OYEA 3DOLA 1UA1A 4E1MA 4E7HA 4N5SA 3C95A 3EYZA 1WSEA 4CJKA 2EHGA 3E01A 3NGYA 4IFVA 4BDPA 1BHLA 1S1TA 2E6MA 5DK5A 3SPZA 4M42A 1VSKA 3SQ2A 1IG9A 5CYQA 4CFDA 4EP5A 1JXBA 2Q3SA 3NGIA 4FLVA 1DTQA 4RW6A 3CM6A 5HP1A 4K8XA 3M8RA 3AVJA 4M45A 3CM5A 3IRXA 4AHRA 3VQ8A 3OJSA 4CK3A 4FJKA 4I2PA 4EZ6A 4DSKA 3KLFA 3NH2A 1GOCA 2P51A 2OZMA 4IDKA 1HMVA 4CJEA 3OYKA 4E7IA 4M3RA 4PY5A 3VQAA 4HTUA 3QEXA 1NOZA 3QESA 3RMBA 3C6TA 1SL0A 3V1QA 1JL1A 1JLCA 3IAYA 3HYFA 4RW9A 4CEEA 1HNVA 4KTWA 5J2MA 2A1RA 3KK1A 3RMAA 4H4OA 3RR8A 1TKXA 1X1PA 3ZSRA 4CJLA 2HHSA 4MFBA 4CEQA 4FW2A 4Z4HA 4ZTFA 4Z4IA 4DFPA 1B9FA 5HBMA 4B8AB 1RDBA 4NYNA 2FBTA 3HSTB 5EU7A 3HXMA 1RTDA 4HUEA 1WNSA 3SJJA 4FJ8A 3K2PA 4ZTJA 5DMRA 4W5OA 3OYDA 1VSHA 3AVCA 1I3AA 3K5NA 3QINA 1NK5A 3T3FA 3NFAA 3DLEA 5CYMA 4YFUA 3AVIA 4B3OA 1O1WA 3TAEA 1W9HA 3DYAA 4Z0UA 3K5LA 4HUFA 1KSPA 4RW8A 1XC9A 2P5OA 4B9TA 3QIPA 4OGEA 4CJVA 1KLNA 3MXMA 1QSSA 3AO5A 4I2QA 3TR8A 4HUGA 1RBSA 4FJLA 3C6UA 4Z4FA 2E6LA 3AA5X 3AVMA 3CG7A 4KO0A 3QETA 4GMJB 3KLEA 1S6QA 2Y1JA 3NF6A 1U04A 2EX3A 3AA4A 3AVFA 3HP9A 3VQBA 1SUQA 1WAFA 3ASMA 3HP6A 3LWMA 3SV3A 4DFMA 4NCAA 5HRNA 4FZZA 4E0DA 3DMJA 4CERA 3LP2A 4JS5A 4ELVA 1TL1A 2DFFA 3OVNA 3KJVA 2YKNA 3OYGA 4Z4GA 4CEDA 3B6PA 3THVA 3V81A 5C42A 1XI1A 1I39A 4E7KA 4FJ9A 4CJUA 4O0JA 1L3TA 4J2BA 2G8WA 3NGZA 4LY7A 4B9SA 4PUOA 2FBVA 3SCXA 2OPSA 4B9LA 2XHBA 3ZT1A 2KZZA 4JRPA 2DFHA 3LANA 4GVMA 3DLHA 3QERA 1TKDA 3JYTA 3HO1A 4F3TA 4CHOA 2KFZA 2W42A 1S5JA 3TI0A 4TSXA 1NJWA 3RTVA 4W5NA 4DS4A 3ISNC 3H08A 4CE9A 4E89A 4CESA 4FLZA 3VQQA 4CHYA 3K58A 2G8FA 3U3YA 4FJ5A 1MU2A 3EY1A 1ZBFA 3B6OA 3NH0A 1VRUA 3BGRA 5T7BA 4DQSA 3SUOA 2KFNA 5JS1A 1U47A 3M8PA 3RRGA 4E1NA 3ZT0A 3AO2A 4B9VA 3PV8A 1SV5A 2R7YA 3QEWA 3SUNA 1NKEA 4OPJA 4BACA 2D0BA 4E7JA 4O4GA 2OZSA 1SKRA 2OA8A 4XIUA 4AHVA 4J2EA 1XWLA 4CEFA 3RWUA 3DM2A 1A5XA 3O3GA 3KTQA 3WNFA 4FJGA 3L2WA 1WLJA 3ZSZA 1T7PA 2I5JA 5CZ1A 4FLYA 3TAFA 5CY4A 3O3HA 3VA0A 4R5PA 3AVHA 1U45A 3K59A 3SQ0A 3NE6A 2PYLA 2F8TA 1T05A 1LWCA 1UOCA 2ITGA 5HRSA 1JLFA 4CF9A 2OPPA 3PUFA 3ITHA 3OYLA 4FYDA 4DTUA 5J2NA 1RNHA 3F9KA 1D9FA 2Z1JA 3MXJA 1D8YA 1IH7A 3NF7A 3I0RA 3ZSVA 4CK1A 1NK8A 1X9WA 4IKFA 4M3YA 2YV0X 2IDOA 1RT4A 1TV6A 3S3NA 2PZSA 3SZ2A 4CHPA 5KI6A 2B4JA 1RDCA 1VSLA 4F2RA 1LWEA 1NJYA 4DSEA 4JLHA 3DLRA 3KLHA 4DSFA 1BCMA 3QLHA 5D3GA 2KTQA 1BQNA 3HPGA 4DF4A 4NCBA 1IKXA 4PWDA 4FK0A 3WNHA 1YVUA 2QXFA 4C8KA 1ZYQA 3NF8A 1S6PA 2O4GA 3HPOA 4KHYA 1K6YA 1C0MA 5SZTA 3KK3A 4KTZA 5CZ2A 3OS2A 1RTIA 1RCHA 4QCLA 4Y1CA 4FLTA 2XY6A 3VQDA 1J9AA 3TAMA 3ZSOA 3O4QA 4CHNA 4C8MA 4Q0BA 1X9SA 4KTQA 5I3UA 4KHUA 2Y1IA 1WSIA 4JRQA 2KQ2A 2OPRA 3LALA 2HHUA 3O3FA 1C0TA 1NK6A 3JSMA 1DLOA 1FKPA 1VSMA 1A5WA 4LH4A 4DTNA 2NUBA 3AA2A 1NK4A 1S1VA 4DG1A 1A5VA 3OJUA 1L3VA 2JLEA 4DTOA 1TL3A 1IKYA 3ZSQA 1TK8A 2YNHA 4FLWA 1HRHA 3ZSWA 3PX0A 3TAPA 3D0PA 3BDPA 1JLAA 4KHQA 1TAUA 1RT1A 1NJZA 1D9DA 3LZIA 4IG0A 2QKKA 1RT2A 3TARA 4QOZB 2YHBA 4RG8A 2FBYA 4FM2A 1NOYA 4B9MA 2DTUA 3LZJA 4KREA 1JLGA 2DFEA 1WAJA 4FM1A 3MEDA 3P83D 1TKZA 4B08A 4E19A 4KRFA 4BE0A 4DWIA 1B9DA 4NYFA 1BGXT 4IBNA 4DLEA 3VQ6A 2QK9A 5SWMA 3L3VA 4CFAA 4BE2A 3K5MA 4CF1A 5J2PA 4CJWA 4DSIA 1G15A 1C0UA 4CJTA 1BL3A 3HT3A 2XY8A 4CCHA 4CEAA 4FM0A 1YTAA 2RPIA 4OKKA 4CFBA 5E41A 4Q5VA 3V1OA 4N76A 1ASUA 3KD5E 3L8BA 4CGIA 2B6AA 4OGCA 3UIQA 1L3UA 4NCGA 4CJSA 1QE1A 1U49A 4DF8A 1WSJA 4Z4CA 4EP4A 1HQEA 2D0CA 2ZE2A 4CJ4A 4OLAA 1ASWA 1EX4A 1JLQA 1XHZA 1L5UA 1KVCA 3LP3A 4KPYA 1WN7A 1Q9XA 3VQ9A 1IO2A 2HMIA 4DQRA 4UQGA 4DSLA 1CLQA 3IS9A 1CZBA 2XY5A 4AHUA 3I8DA 1QSYA 1B92A 4CEBA 3LP1A 2G8IA 1Z26A 4O44A 4Y1DA 1BIZA 1XHXA 4CGFA 2VG7A 5KRSA 2XO7A 1LW0A 3PY8A 3PO4A 4KV8A 3OYBA 1F21A 1HPZA 1DTTA 3O4NA 3SUPA 3L2QA 1HJRA 3VQEA 4LSLA 4E7LA 4HHTA 1KCFA 4FJIA 4FJJA 1QSLA 4DQIA 3QIOA 2DY4A 1ZBUA 3DOKA 2Z1GA 4W5TA 1JL2A 3G0ZA 3OYFA 1KFSA 1N6QA 3NH1A 2XY7A 2G8VA 4F3OA 2HVHA 5KGWA 4BWMA 1BQMA 4OLBA 1WSHA 2G8HA 3SYZA 1Q8IA 3M8QA 2GV9A 4AH9A 3MEGA 1S9GA 2P5GA 3S3MA 1KVAA 1RTHA 1NKBA 5FRMA 2BDPA 4OJRA 4DU3A 3VQ7A 4CFCA 5HROA 4CJRA 1KLMA 4F2SA 3VQCA 1L3SA 2ATQA 3V4IA 3KK2A 1NK0A 3KKRA 3HL8A 1S1WA 4DLGA 3TABA 2B5JA 1WSGA 4I9LA 1UA0A 2PYJA 1TK5A 3V9SA 4M41A 4CIEA 3ZSXA 2RKIA 2G8UA 3LP0A 5HRPA 3TAGA 4I9QA 2AJQA 4B9NA 3MXIA 1ITGA 4WE1A 2BGGA 2YNGA 1JLEA 3OYIA 2KZMA 4RW7A 4J2AA 3WNGA 4DTMA 3KKSA 1S9EA 3QEPA 2A1SA 1UAXA 5HLFA 4C8LA 2RF2A 4FXDA 4DMNA 4KHSA 5FDLA 2QKBA 3NF9A 4DTSA 4CECA 3SQ1A 2Z1IA 4FJ7A 3QO9A 2HB5A 4CJQA 2O4IA 2D0AA 1VSFA 4OPKA 3RMCA 3VQ4A 2HHXA 1KVBA 4O55A 1CXUA 5FROA 3LAMA 2OPQA 1RT6A 1EXQA 1LW2A 1VSDA 4J2DA 1IKWA 4IG3A 3TWHA 3NDKA 4CIFA 1YT3A 3AVGA 2IS3A 1C1CA 4ID1A 4PA1A 4OVLA 2HHVA 1RBVA 4ID5A 2Z1HA 4JS4A 2HVIA 4ELTA 3T1AA 1J54A 3HPHA 1QQCA 2HNYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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3P38A 1FXXA 5J1EA 4R79A 3OY9A 2GELA 2ZF5O 2WBNA 4CHZA 1FKOA 2P9KA 5AQMA 1OH5A 4BC3A 3P5JA 4M3UA 1T6DA 2KW4A 5M1QA 4IFEA 3FZKA 4DU4A 3TTCA 5BRDA 2D0PA 3HBTA 3OYEA 1UA1A 4WFNL 3EYZA 4CJKA 3NGYA 1JXBA 1FZHE 1DTQA 4RW6A 3BP8A 1XL3C 3CM5A 1ESVA 4WYBA 4FJKA 5BPMA 4DSKA 5DM6L 1YAGA 3KLFA 5AQSA 3JS6A 3H3OB 4IDKA 4CJEA 4E7IA 4PY5A 4M3RA 1NMNA 4X5NA 1SL0A 3UO2A 2E2PA 3HYFA 3ENOA 1HNVA 2HBJA 4KTWA 5J2MA 3KK1A 4ZTFA 2QWRA 1ILYA 5HBMA 4NXMK 1K73O 2NZTA 4K41A 3HSTB 5AR0A 4FJ8A 5DMRA 4W5OA 4LF6K 3AVCA 1I3AA 2P9IB 3DLEA 4YFUA 3I8BA 4XH1A 3DYAA 2ITMA 1KLNA 1BO5O 3JXUA 3CETA 4JKBA 4I2QA 3TR8A 1N33K 3AARA 1N36K 3WQUA 4PKGA 4FJLA 4X64K 4GY2B 3AVMA 3VEVA 4C1NI 4BGBA 4NLBA 1U04A 3VQBA 2RHKA 3SK3A 5HRNA 4E0DA 3DMJA 3THWB 2Q36A 4JS5A 3SBGA 2CH5A 2YKNA 4Z4GA 4IXCA 1MHZG 4FJ9A 1L3TA 1XU3E 2YX6A 4B9SA 4PUOA 2FBVA 4B9LA 3ZT1A 3DLHA 4M7XA 1KAXA 5BRHA 4RL5A 3GBTA 1NJWA 1S5JA 2OVRB 4FLZA 3K58A 4FJ5A 4OPHA 3EY1A 2KFNA 3O8MA 3SUOA 3M8PA 4H0TB 4WQ5C 1SV5A 2R7YA 2A41A 4BACA 4X65K 2D0BA 2OZSA 4CBUA 5KPRA 1T44A 3D2EB 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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