3TAEA

5-hydroxycytosine paired with damp in rb69 gp43
Total Genus 299
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
299
sequence length
903
structure length
903
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title The miscoding potential of 5-hydroxycytosine arises due to template instability in the replicative polymerase active site.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DNA (5'-D(*CP*CP*(5OC)P*GP*GP*TP*AP*TP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*CP*
molecule tags Transferase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 299
structure length 903
sequence length 903
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-08-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3taeA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3taeA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3taeA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3taeA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3taeA03
1HNIA 4RG8A 4CJKA 4DQRA 4DSLA 3NAEA 3WNGA 4BDPA 3HT3A 4AILC 1BISA 3MEGA 1NKCA 1JL1A 1UAXA 1KCFA 3QEWA 3S3OA 3K58A 1U47A 4CHQA 3ZT4A 4M3UA 3OYLA 3DOLA 4LH4A 1Y97A 4KB1A 4DTJA 4XIUA 2BGGA 3V9WA 4I9QA 3NH1A 3P83D 1BHLA 3MEDA 5I3UA 3CFRA 2FBTA 3ZCMA 3S3NA 4KV8A 1KFDA 1SUQA 3QNOA 1KRPA 4PUOA 4B9LA 1HNVA 3DRRA 3RRGA 4CESA 1YVUA 4B9MA 2OPRA 4RW7A 1NJWA 1BL3A 4CGIA 5KRTA 4CIGA 3KLGA 4B3OA 4MQ3A 3OS2A 2O4IA 2QKBA 2BANA 1W9HA 1GOAA 4FJXA 2RF2A 3K2PA 2RKIA 3LALA 3TAMA 4FK2A 5HBMA 4IKFA 5KRSA 1RBUA 4KAZA 1CXQA 1JLCA 3I0SA 4CEZA 3NGYA 4E7JA 5HLFA 3RMBA 4E7LA 2Z1GA 1KFSA 2FBYA 5J2PA 1XWLA 1HYVA 3DM2A 2YV0X 4CK1A 3SV4A 2ZD1A 3K59A 1RT4A 2GV9A 4OKJA 2IAJA 5J1EA 3L2RA 1U48A 4B9UA 1NK4A 3NF8A 3KLFA 1RT6A 1S9GA 3U6FA 1D9FA 1BCOA 4BACA 3AVGA 4O44A 4M3YA 1TL1A 3DLGA 3TR8A 4HUFA 2YNHA 1DTTA 3KD1E 1LAWA 1YT3A 4OGCA 3WNEA 4J2AA 2XHBA 1S1VA 2R7YA 4F4KA 2P1JA 4Z4HA 1SKRA 4CJPA 3ZT0A 4ZHRA 1UA0A 4O4GA 2QK9A 4DU1A 4H8KA 4FLYA 4FJKA 4ELVA 2Y1JA 4Z4FA 3PY8A 3AA3A 2IDOA 2LSNA 3E01A 3B6PA 3VQBA 4CFBA 1J5OA 1C6VA 2F8SA 4OPJA 4NYNA 4KTQA 2YNGA 4H4OA 4IFYA 1BIUA 4CHPA 3DLHA 4L8RB 1FK9A 1NJZA 3QIPA 1U4BA 3OJSA 3U3YA 3L3UA 5HRSA 2VG5A 2XO7A 1SL0A 3QERA 1EETA 3L2WA 2OZMA 3SZ2A 4FLUA 2HVHA 3K5MA 4KO0A 1HYZA 3AVKA 4FJMA 1JLGA 3OYIA 4M3WA 1VSDA 4KKOA 4LH5A 4C8MA 4GMJB 4ID1A 3PO4A 4JLHA 5C25A 3VQ7A 3KTQA 4NCBA 2EX3A 4O55A 4FVMA 4E7IA 3DLBA 3IS9A 5K14A 3AVAA 1QQCA 1X1PA 2XY8A 3IRXA 1ZBUA 1R0AA 3SUNA 1B9DA 3O4QA 4IFVA 1QSSA 4KB0A 4NYFA 3C94A 5FROA 3ZSOA 5CZ1A 3OS1A 3KK1A 4E3SA 4E7KA 1TKZA 3HPHA 3OYAA 1KVCA 3AVLA 2FBXA 4HUGA 3HK2A 3NDKA 4DTOA 4OKKA 4FJ9A 5FRNA 3SJJA 1JLBA 4I2PA 5CZ2A 4DF8A 3QEPA 3TAPA 3PX0A 4Z4IA 4CGHA 3OYKA 4KHWA 2OPSA 4M42A 4MFBA 2F8TA 3ZSXA 1DTQA 1WSHA 3VQ6A 3RR7A 1RDBA 2IS3A 4BE0A 3V9XA 3B6OA 3UIQA 4JS4A 2HHSA 1IKXA 1U04A 4B8CA 1A5XA 3OYMA 3DOKA 4ELUA 1K6YA 1EXQA 3IAYA 1RT1A 1C0UA 3VQ4A 4OPKA 1U49A 1EP4A 1YTUA 1D5AA 3O3FA 4M3XA 3A2FA 1JKHA 1N5YA 4C8KA 1WAFA 1JLFA 4OJRA 4QAGA 5C24A 4CF0A 5JS2A 4DTUA 1U45A 3ZSVA 4ZTJA 1RCHA 2YKNA 3L3VA 4CJWA 1D8YA 1RTIA 2X74A 3VQPA 4AH9A 4CE9A 4CGDA 3OYHA 3K5NA 1SL1A 1KVAA 5J2QA 1N6QA 3SPYA 3IG1A 3D0PA 2E6MA 4HCCA 5T7BA 1S1XA 4QCLA 2A1SA 4J2BA 5D3GA 2VG6A 4AHUA 4CEAA 5KI6A 3L2UA 3RR8A 3ZT1A 1HPZA 1RT5A 3SQ1A 1VSHA 3DMJA 3LP1A 4J2EA 4Y1CA 3AO1A 4CF1A 3K57A 3V9ZA 3H08A 3TWHA 1S6PA 1RTHA 4B8AB 3QIOA 4E1NA 2WOMA 3SI6A 1HYSA 4I7FA 1ZBFA 1RNHA 3CG7A 3QETA 1VSEA 1NOZA 1TK8A 4W5OA 5KGXA 1J53A 1S1UA 1VSLA 4FM2A 2ZE2A 4AHTA 3EYZA 1HRHA 1NJXA 3AA4A 3D45A 3HPOA 4JRQA 1CLQA 1KTQA 3AVNA 1MU2A 3CFOA 3HVTA 4DF4A 1TKDA 2HHXA 4FM1A 1WLJA 4FYDA 1J54A 3HVRA 2HVIA 4M45A 3NF6A 4Z4CA 2HHUA 3SUQA 1QS4A 4KHSA 4ICLA 3T19A 4CEQA 4YNQA 3HSTB 4FK4A 1J9AA 4KTWA 5HRNA 3MAQA 4Z4GA 2HNZA 3HM9A 1RDAA 2HW3A 1BCMA 3ISNC 1KVBA 4FJLA 4CJFA 4DFKA 2KZMA 4KREA 1VSJA 1WSJA 5DK5A 1C1BA 1VSFA 2QKKA 4CF9A 3DRPA 4OVLA 3VQ9A 3KKSA 4C8NA 2YHAA 1X9MA 3QINA 3QEVA 2DFFA 4FM0A 3SQ2A 3LZIA 1LWEA 3WNHA 1ASUA 1JXBA 3K5OA 4DSFA 1L5UA 2X6SA 1F21A 3L2QA 4DTPA 1NKEA 4HCBA 3L8BA 4FCYA 4DLEA 3OYFA 4HUEA 3AVCA 2HHWA 4CIFA 4E19A 1B92A 4EP4A 4DLGA 3ZSQA 3KK3A 3ALYA 3NH0A 3OYDA 1RILA 1NK8A 2BE2A 3JYTA 2KFNA 3TANA 3NE6A 4O0IA 4EZ6A 1TV6A 3SUPA 1X9SA 2XY6A 3NCIA 2W42A 3P5JA 4PQUA 1Q8IA 1RBTA 4GVMA 2FC0A 3EZ5A 3S3MA 4CGJA 2BDPA 1JLQA 3SUOA 3AO5A 4OKEA 2D5RA 1SKSA 3I0RA 1RBSA 4FLZA 5CYMA 3I8DA 3VA3A 1BGXT 1T03A 5HRPA 4FJHA 4Z4EA 3FFIA 3LDSA 3SYZA 3V1QA 1NK6A 3O3HA 1IO2A 5CYQA 1VRUA 1TL3A 2OYQA 3V9SA 1LV5A 3RTVA 1ZBLA 3RMAA 3SQ0A 3TAQA 4CHYA 1NK5A 4FK0A 1ZYQA 1A5VA 4K8XA 4KTZA 3OVNA 4FZYA 1EX4A 1WSGA 4BDYA 2WONA 1S5JA 3DLEA 3WNFA 2P51A 3AVHA 2GBZA 3KD5E 2ITGA 5I42A 4LY7A 1NK7A 4DQIA 1UWBA 3AVBA 4CF8A 4FLTA 3JSMA 4E7HA 3HP6A 4ZTFA 1IG9A 4CF2A 1SV5A 4FJ8A 3KKRA 1KSPA 3G0ZA 4M3TA 1QHTA 1WSIA 2HNYA 1BI4B 4C8LA 3ITHA 3DYAA 4M3ZA 4CFCA 4KHQA 4NCAA 2G8HA 2DY4A 4DWIA 3F73A 1HJRA 1IKVA 4O0JA 4YFUA 2IGIA 4B9SA 1JLEA 4HTUA 1RDCA 3DLRA 3C95A 4FJ5A 2YHBA 2E4LA 1LW0A 1LAVA 1RT7A 4DSEA 1FKPA 1C0MA 3V4IA 2JLEA 1RDDA 4CJUA 2KZZA 3CQ8A 1Q9YA 2P5GA 1RBVA 1WN7A 2Z1JA 3PO5A 2IC3A 4FZZA 4CERA 4HHTA 1TKTA 3QEIA 4RW6A 4N56A 3PX6A 1CZ9A 3VQQA 4CEEA 3VA0A 2D0CA 4I2QA 3RMDA 2I5JA 2PZSA 1UOCA 3VQEA 3RMCA 2B6AA 4C8OA 1ZBHA 2YNIA 4IG3A 4JRPA 3M8RA 3VN5A 1WAJA 1GOCA 4OGEA 2Z1IA 3LAKA 3OYJA 4QOZB 4LSNA 2D0AA 2XY7A 1RT3A 3LANA 3T1AA 4BE1A 3NHGA 4E89A 1BIZA 1VSIA 1WSFA 3MXJA 4DU3A 4TSXA 1VK0A 4B08A 1TK5A 1ZBIA 4DTNA 3KLIA 1ASWA 5KTQA 3BDPA 3PV8A 4CJTA 2DFHA 3SPZA 3NBPA 1JLAA 1FKOA 3VQ8A 1T8EA 4N5SA 4H4MA 3M8PA 1XHZA 4FZXC 4N76A 4Q5VA 2AJQA 3VQDA 1XHXA 3OYCA 3F9KA 4CECA 4F8RA 3TAGA 4AHRA 4CJQA 1VRTA 5J2NA 3MXMA 4FLWA 4BWJA 4FJIA 4CCHA 1UA1A 4FJJA 1FXXA 1QSLA 3OY9A 3HJFA 4LD0A 4B9NA 3QESA 1S1TA 4DSKA 3LP3A 1S6QA 1NK9A 3ASMA 3V1OA 1JXEA 2Q3SA 4OLBA 4PA1A 1B9FA 4FJ7A 3ZT2A 4CJEA 3LZJA 1T7PA 2B4JA 3ULDA 1NOYA 4R5PA 3QEXA 4FLVA 4KHYA 3AVJA 4BE2A 3O4NA 1C1AA 4CJ5A 4KRFA 4CJSA 3OYGA 1HQEA 1HMVA 4OLAA 1RT2A 1Z26A 3NF9A 1O1WA 3LP0A 1QTMA 4Q0BA 4M41A 1QE1A 2HB5A 4KHNA 2RN2A 3HPGA 2DFEA 3HYFA 4G1QA 4DMNA 3L2VA 4DQSA 4AHVA 3CM5A 3AO4A 3TAFA 3LPTA 1C0TA 1L3VA 1T05A 3OS0A 3CYMA 5HROA 3THVA 2HHQA 3KK2A 2XY5A 3AO3A 1BI4A 3O3GA 3QO9A 4DTSA 1X9WA 4ELTA 4DTRA 3AV9A 1EKEA 1LWFA 1WSEA 2IOCA 3HP9A 3LAMA 3NGIA 4DTMA 3LPUA 3AVIA 3NFAA 4FW1A 1RBRA 4IDKA 4W5QA 4DSIA 1WNSA 4W5TA 2QXFA 2KTQA 3HL8A 2P5OA 3K5LA 1TKXA 4KI4A 3HXMA 4M3RA 1C1CA 3QNNA 2HMIA 3VQCA 2KFZA 1IH7A 2JGUA 1JL2A 1S9EA 4FJNA 3SCXA 2X6NA 3KLEA 1XC9A 1G15A 2KQ2A 1TK0A 2G8FA 4PWDA 1ASVA 1LW2A 4NCGA 1YTAA 2EHGA 3AVMA 4UQGA 4WE1A 3S9HA 4W5RA 3CFPA 1VSKA 4F2SA 1NJYA 3QLHA 2HHVA 4B9VA 4CHOA 3NGZA 1TVRA 1CZBA 2VG7A 3PX4A 2G8VA 1NKBA 3U3GA 4DFPA 2PYJA 3TI0A 4DG1A 4LSLA 1DLOA 2F96A 3HO1A 1BQNA 4F3OA 1I3AA 3ZSRA 3ZSZA 5CY4A 2PY5A 3MECA 3VQAA 2VWJA 4K8ZA 1W0HA 2ETJA 3BGRA 3DI6A 4FW2A 4CFAA 4RW9A 4BDZA 1L3UA 4DSJA 1TAQA 4Y1DA 1CXUA 3NF7A 4DQPA 3PUFA 2OPPA 3AVFA 5SWMA 1LWCA 1HQUA 5C42A 4CEBA 2GUIA 2HNDA 3CM6A 4CJLA 4DU4A 3RWUA 2X78A 3LWLA 3C6UA 4JS5A 3V9UA 4DS5A 2NUBA 2OPQA 3V81A 4CHZA 3ZT3A 5HP1A 2FBVA 4RW8A 3KIOA 4E1MA 4F2RA 4KHUA 4CJVA 1RTDA 3M8SA 1TAUA 2KW4A 5JS1A 3OYNA 3KLHA 3P1GA 3VQ5A 1TGOA 3NH2A 4GW6A 4FJGA 2A1RA 1KLMA 3ZSYA 3LWMA 5FRMA 2G8KA 3M8QA 5SZTA 4DTXA 3LP2A 3V6DA 4DFMA 4N47A 4CJ4A 1I39A 4DFJA 2B5JA 4EZ9A 5EU7A 4BWMA 1L3SA 1GOBA 1BQMA 4KI6A 1S1WA 4CEFA 4HVJA 2Z1HA 5KGWA 4CFDA 2PYLA 3AA5X 1XI1A 2ATQA 2XRIA 1ITGA 4EP5A 4IG0A 5J2MA 3V1RA 3SNNA 4W5NA 2OZSA 2YKMA 4AHCA 3DLKA 1NK0A 4FLXA 1A5WA 4B9TA 3DRSA 4CGGA 1VSMA 4Z0UA 3OYBA 3OYEA 3EY1A 4CGFA 3AO2A 2Y1IA 4KPYA 2E6LA 4ID5A 3TABA 2G8IA 1Z25A 4IBNA 4AHSA 4CJRA 5HRRA 4CIEA 2ZQBA 4DQQA 2G8WA 4FXDA 3T3FA 1Q9XA 3AA2A 1IKYA 3SQ4A 2DTUA 2D0BA 4CEDA 3MXIA 1SL2A 3TARA 4KFBA 4PY5A 3KJVA 3MEEA 4I9LA 1REVA 4CEOA 3TAEA 5DMRA 4CK3A 1L3TA 2G8UA 3C6TA 1KLNA 4CK2A 1SKWA 4F3TA 2RPIA 4CJ3A 3ZSWA 4J2DA 1IKWA 3G10A 4RW4A 1D9DA 3RRHA 3SV3A 3OJUA 4N41A 2HHTA 2YNFA 2VWKA 5FDLA 1RTJA 4DS4A 1QSYA 4E0DA 2O4GA 5E41A 4CHNA 4O5BA 2OA8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5ADXA 3EZWA 4AQYK 4CZEA 4NXMK 3S3OA 1U47A 4M3UA 1QVGM 3GL1A 4I9QA 3P83D 4BROA 4CZFA 2HBLA 4KV8A 1SUQA 3QNOA 3DRRA 4CESA 1NJWA 4CGIA 4EFHA 4BY9C 2RF2A 3K2PA 1Z6RA 4RTFD 5E84A 5KRSA 1RBUA 2QEXN 4KAZA 2YX6A 1CXQA 4IJAA 4E7JA 1XVEE 1YAGA 4YOYA 1FZ4E 4IDHA 4E7LA 3M5RA 5J2PA 2ZGYA 4H0TB 3WXIA 1XVBE 5E26A 3ZX2A 1RT4A 4OKJA 1U48A 1FYZE 4EP9A 3U6FA 3O1BA 2ASMA 4HUFA 1YT3A 2W6LA 4OGCA 4J2AA 1Q18A 1HKCA 4CJPA 1M90O 4DU1A 3ATUA 3L0QA 4Z4FA 3CETA 4RNGA 4NYNA 4KTQA 3V7DB 3VEWA 3O9SA 1BIUA 1E4FT 2VG5A 4FPAA 5AQGA 3FZHA 5CHIA 1IJJA 3M1FA 4XEIA 1Q82O 3AVKA 5H1SQ 4OO1J 1Q81O 1P22A 4KKOA 4C8MA 4GMJB 5C25A 1C0FA 4FVMA 3DLBA 1M1KO 2I7NA 1X1PA 2QWPA 1NGHA 2ZM6K 1B9DA 5JLHA 1QSSA 4NYFA 3AAPA 3FZMA 1VQPN 4E3SA 3THXB 4MDBA 5AZJB 4MDAA 3T1HK 4ISGA 3HK2A 3NDKA 4DTOA 3VESA 1JLBA 5CZ2A 4JI6K 3SK3A 3PX0A 3H6EA 4M42A 2IVPA 3ZSXA 1DTQA 3VQ6A 5LY3A 2IS3A 3F5TA 4BE0A 2HHSA 1IKXA 3KVGA 2UYTA 2KHOA 3MN9A 3HM8A 3NVKA 1N5YA 4M3XA 4C8KA 1WAFA 2NRHA 4K0KK 1YXQA 3L3VA 1D8YA 4CGDA 4WQ5A 1H1VA 5J2QA 4BRDA 4F9OA 4ADNA 2E6MA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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