3CFPA

Structure of the replicating complex of a pol alpha family dna polymerase, ternary complex 1
Total Genus 316
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
316
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFDIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIDVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Insights into base selectivity from the structures of an RB69 DNA Polymerase triple mutant
rcsb
molecule tags Transferase/dna
source organism Bacteriophage rb69
molecule keywords DNA (5'-D(*DAP*DCP*DAP*DGP*DGP*DTP*DAP*DAP*DGP*DCP*DAP*DGP*D
total genus 316
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2008-03-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3cfpA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3cfpA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3cfpA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3cfpA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3cfpA03
1VSDA 3WNGA 2FC0A 3ZSRA 3SYZA 3PO5A 3OJUA 4E7KA 4PWDA 2HHTA 3VQ8A 4DTUA 1JXEA 2Z1IA 3MXMA 3AVLA 4RW9A 4KTQA 1TKZA 1IG9A 4DTXA 1S5JA 3DYAA 3KKRA 4PUOA 1JLGA 3SV4A 2P5GA 3DLEA 3HVRA 4E7JA 1LW2A 4KI6A 1BQNA 1UOCA 2ETJA 1WAFA 3AVAA 4JRQA 1T03A 4FZXC 3QINA 3SCXA 4KHYA 1ASUA 3ALYA 3MXIA 3AVCA 5FDLA 3NH0A 4KTWA 3ZT2A 1U4BA 1RTJA 4CESA 4E1NA 1VSHA 2BANA 2X6NA 4J2DA 4CGGA 1I3AA 3TWHA 2NUBA 4CJ5A 4IFYA 5CZ2A 3HP9A 4OPJA 4CHYA 3K59A 2LSNA 3CFOA 4CF8A 1IH7A 3NGZA 2HVIA 4IKFA 2ZD1A 5HRNA 1UA1A 4G1QA 3V9ZA 1TK5A 3D45A 1C6VA 4PQUA 4C8MA 3V4IA 3LP1A 1S1VA 4C8KA 3DRSA 4CGHA 1VRTA 4KHWA 3L2QA 3SUQA 3G0ZA 2QK9A 3T19A 3NGIA 3V1RA 4DQPA 4Z4CA 3WNEA 4WE1A 4CF1A 4DS4A 1NK6A 4OVLA 2PY5A 3RMDA 4CJ4A 4K8ZA 1NK4A 2O4GA 5KRTA 3CFPA 3KJVA 4CECA 3PX0A 1JL2A 4Z4IA 5EU7A 2HHQA 1HYSA 1HYVA 3IS9A 4CHQA 2XRIA 3FFIA 2E6MA 1JLEA 4GMJB 4CEZA 4HHTA 4BDZA 2XY7A 3K2PA 1JLQA 1NKBA 4M3UA 4DTOA 3ZT3A 3G10A 5KI6A 4EP5A 1NOYA 4FK4A 4CJKA 1WLJA 3T3FA 3KIOA 4IG3A 4F2RA 4HCCA 4J2BA 3V9WA 2JGUA 3QETA 1JL1A 1J53A 3HL8A 1EKEA 4E19A 3T1AA 2QXFA 3KK3A 4NYFA 4CEFA 4W5RA 3PX4A 1RBVA 4C8LA 1D9FA 1Q8IA 1L3UA 1O1WA 1YTAA 1RDBA 1JLCA 4CJRA 4FJ9A 1XC9A 1NK0A 3QEXA 1RTDA 4CHPA 3M8QA 4DWIA 3QERA 4KRFA 1S1XA 3IRXA 1HPZA 1WSGA 2D0CA 3NF8A 1NK7A 4C8NA 4IDKA 4EZ9A 4FM0A 1KVBA 3V9SA 3O3GA 5J2PA 1WSJA 2JLEA 2G8UA 3SUOA 1I39A 4FK2A 1Y97A 3TAMA 1QTMA 2HNDA 4CFCA 3TAPA 3S3MA 1IKXA 1EETA 2YKNA 3NE6A 2KQ2A 1RDCA 4ELUA 3HJFA 3NH2A 2Z1HA 4FJXA 3CYMA 5FROA 2OZSA 1TGOA 3RRHA 4AH9A 1REVA 4M3XA 1LWFA 1SV5A 2KZMA 4E7LA 1EP4A 2QKKA 4JRPA 2HVHA 1XI1A 4DSIA 1TL3A 1SL1A 1KLMA 4DTSA 1ITGA 2RKIA 4AHTA 3VN5A 2W42A 4DQRA 2HHSA 4KHNA 4FW1A 2ITGA 3DLKA 1RCHA 3OYNA 3OYFA 4KPYA 1CZBA 1DTTA 3C95A 1XHXA 5HRRA 1JLAA 4M3WA 3CQ8A 3P5JA 5HRSA 4CGJA 3SQ1A 4FLZA 2FBTA 4CK1A 3DI6A 4LSNA 1RBUA 1HYZA 3ZT0A 4BE1A 4FZZA 1SKRA 1S1UA 3QO9A 5J2NA 1SKWA 3QNOA 2AJQA 3QIOA 1UAXA 4ICLA 2B4JA 3SI6A 3K57A 3KKSA 4CEAA 1IKVA 4OKEA 3JYTA 3RR8A 2EHGA 1X9WA 3VQEA 3NF7A 3AV9A 4FW2A 1U47A 1C1BA 2YKMA 2XO7A 2OYQA 2Z1GA 5I42A 3ZSQA 3F73A 2R7YA 2B5JA 3U6FA 1VSEA 3LAKA 3O3HA 4DU4A 1BHLA 4LH5A 4KFBA 4Z0UA 4BWMA 3IG1A 4EP4A 3V9XA 3PUFA 3KLGA 5DK5A 3KK2A 3OYKA 4FYDA 3MEEA 2VWKA 4M41A 3AO2A 1A5WA 4ZHRA 3QEVA 1RBTA 3UIQA 3OS2A 4E0DA 3NH1A 4Z4GA 3AVBA 3QESA 3VQ6A 3V6DA 4HCBA 1RT5A 2RF2A 2F8SA 2KTQA 4CEBA 1CXQA 3TI0A 3DLBA 3CM6A 4CF9A 4B9SA 5JS2A 3B6OA 3NHGA 4I2QA 1SL2A 3E01A 1J9AA 1B9DA 4BDPA 1YTUA 3AO5A 2F8TA 3MAQA 3OYIA 5E41A 1NJWA 3C6UA 4CEOA 1ZBIA 3QIPA 2Y1IA 4IFVA 3HM9A 2RN2A 3DRRA 3OYHA 2HHWA 2IOCA 4H4MA 4O0IA 5I3UA 1BIZA 4QCLA 1T7PA 4N5SA 3NFAA 3L2VA 1HQUA 4W5TA 1GOCA 4B3OA 2ZQBA 1HQEA 3DLGA 4Z4HA 3NF9A 1S6PA 1VSFA 2OPPA 3L8BA 4L8RB 5DMRA 3VA0A 5HLFA 3SPYA 4N47A 1TK0A 4O4GA 1W9HA 1LW0A 1RT6A 3DM2A 5KGWA 1NK9A 3TANA 4KV8A 1HMVA 3B6PA 4OKKA 3TR8A 4DTJA 4NCGA 4KI4A 5CY4A 2OPQA 1VRUA 1C1AA 4OGEA 1G15A 5J1EA 4ELVA 1QSSA 1LAVA 4DSJA 4FJNA 3OY9A 4CK3A 3ITHA 4FJGA 1RNHA 3AO4A 1NKEA 5CYQA 4FLXA 3V9UA 1NJZA 3RWUA 1F21A 1FXXA 1RT7A 2D0BA 4CJWA 3OYJA 3LAMA 3EZ5A 1RILA 4FJJA 1SUQA 2GV9A 5K14A 4MQ3A 1NOZA 5J2QA 1RBSA 1U45A 3QNNA 2PYJA 2F96A 4OGCA 3TAFA 4FM1A 2HHXA 1KSPA 2D5RA 2HHUA 4CGIA 1RTIA 1BCMA 1CLQA 1BIUA 3NGYA 4B08A 2BE2A 3ZSWA 3RR7A 1WSFA 3TARA 4DQSA 3L2UA 2GUIA 3DLHA 4W5QA 3NF6A 1IKWA 1U48A 4FLWA 5T7BA 2IC3A 4OJRA 1HNIA 4ZTJA 3HSTB 4O5BA 4H8KA 4YFUA 3OYCA 1LV5A 1WN7A 4CIGA 3SJJA 4QOZB 3HYFA 3P1GA 5KTQA 1JKHA 3OYMA 4AHUA 1QE1A 4AHCA 4AHRA 3K58A 1GOAA 3TAGA 2DY4A 4OPKA 2DFHA 1RT2A 1TAUA 1IO2A 4Q5VA 2Z1JA 4M3ZA 4FJHA 3S9HA 1HNVA 1WSEA 3AA3A 4DTNA 1BI4B 4CJVA 2PZSA 2WONA 1HRHA 2EX3A 4BDYA 4DTMA 3OYBA 3OYLA 4W5NA 3L3VA 4I7FA 2YNFA 4FXDA 3HPHA 2XHBA 4K8XA 3M8SA 3TAEA 3TAQA 5C42A 1L3SA 3VQ5A 3VQBA 1S6QA 3SQ4A 4OLBA 3LDSA 4CHNA 3K5NA 3V1OA 3S3OA 1A5VA 3WNFA 4RG8A 3VQ7A 4C8OA 1HJRA 1X9SA 4KO0A 4Y1CA 4CHZA 4CF2A 3AVJA 5SZTA 1BQMA 4FCYA 1VSMA 2ZE2A 4CE9A 2HHVA 2IS3A 4ZTFA 1Q9XA 4FJIA 4RW8A 4BE2A 1SKSA 4NCAA 4BE0A 4F4KA 4EZ6A 3SPZA 2FBVA 2HNZA 1ZBHA 4LD0A 3VQ9A 4CJTA 3KTQA 4I9LA 3LZJA 3KD1E 3SUNA 4DTRA 2DFFA 2XY8A 3ZSZA 4JS5A 1T05A 1BI4A 3OYDA 4DQQA 5C25A 1VSLA 3VQPA 4BACA 2YHAA 2YHBA 1T8EA 3D0PA 4O0JA 3ASMA 3ZCMA 3LPTA 4HVJA 4B9UA 2Q3SA 1WNSA 1XWLA 3ZT4A 2VG6A 4CK2A 1X1PA 4E7HA 5FRMA 4DU3A 2ATQA 1KFDA 4CGFA 3AO3A 4FM2A 2KFZA 4FK0A 1TK8A 1GOBA 2KW4A 4CIFA 1Q9YA 3OYEA 4CJQA 3QEPA 1C0UA 1MU2A 4RW4A 3NBPA 4MFBA 4CEQA 2A1RA 1ZBLA 2G8FA 3ZSYA 1KLNA 3I0SA 3AVHA 2IDOA 5HP1A 4CJSA 4M3YA 3QEIA 3AVNA 3K5MA 1KVCA 4B9TA 4Z4FA 4N76A 1C0MA 3PV8A 2HNYA 4ID1A 3NDKA 3AO1A 3CFRA 3K5OA 3F9KA 4CEEA 4DFKA 3BGRA 2G8VA 4B9NA 1Z25A 4PA1A 4CJ3A 1J54A 3KLIA 1RTHA 3SQ2A 4KHSA 2G8WA 4KTZA 4CIEA 1Z26A 3C6TA 5SWMA 2I5JA 1D5AA 4UQGA 4GVMA 4DLEA 3THVA 3LALA 1S1WA 3RMCA 2E6LA 3DRPA 1VK0A 4FLVA 4IBNA 3RRGA 5FRNA 3DOKA 2YNIA 3O3FA 2HB5A 3RMBA 1JLFA 3KLHA 5J2MA 4OKJA 4CJFA 3SZ2A 3BDPA 1TKDA 1RDAA 4J2AA 1RDDA 1QQCA 4YNQA 3OS0A 2P1JA 4LY7A 4DF4A 1YVUA 4O55A 1K6YA 1ZYQA 4DF8A 3H08A 4HUGA 4LH4A 1TVRA 2Y1JA 1QS4A 1ZBFA 3DMJA 3VQQA 1VSKA 3HT3A 1NJYA 3HPGA 4W5OA 3KK1A 4FJLA 1TKXA 3VQDA 1UA0A 4ID5A 4F2SA 2GBZA 1LWEA 3CM5A 1QSLA 4FJ7A 4FJ5A 4CFAA 2HW3A 4DSKA 1QHTA 1FKOA 3L2WA 3KD5E 3JSMA 3IAYA 4CFBA 4DG1A 1B92A 3OYAA 4B9VA 4CERA 1QSYA 4FJMA 4F3TA 1IKYA 4RW7A 5C24A 4CGDA 3DOLA 4CJLA 3AVMA 2IAJA 1S1TA 4M45A 4DLGA 1NKCA 2P51A 5HBMA 2IGIA 2OPRA 1ASVA 4FLTA 2VG5A 4BWJA 3U3GA 4DFJA 1C0TA 3AA2A 3SNNA 2BGGA 4J2EA 3C94A 1KRPA 3RMAA 5D3GA 1RT3A 1TV6A 4ELTA 4B8AB 3V81A 4N41A 4JLHA 4E7IA 3P83D 4JS4A 4DU1A 3O4QA 3CG7A 2A1SA 1KVAA 4Q0BA 3ZSXA 1X9MA 4DSFA 4DFMA 2G8KA 4CJPA 3HO1A 3TABA 3LWLA 3I0RA 2QKBA 3AA4A 2O4IA 1VSIA 4I9QA 1RT1A 3LWMA 4LSLA 4QAGA 1WSIA 1L3VA 3SUPA 3ULDA 2BDPA 1RT4A 1EX4A 1FKPA 1XHZA 1DTQA 1DLOA 3PY8A 2E4LA 3ISNC 4F3OA 3I8DA 2DFEA 4NCBA 4DTPA 4AHVA 4CFDA 3HPOA 1U04A 4AHSA 3L2RA 1KFSA 3LP0A 3M8PA 4M3TA 1S9GA 4GW6A 4O44A 2DTUA 4CJEA 1EXQA 4XIUA 1BCOA 3S3NA 4OLAA 4N56A 3VQAA 4DS5A 3EY1A 3MECA 4KB0A 3NCIA 2X74A 4FLUA 3U3YA 1KTQA 4PY5A 3OJSA 4CHOA 3WNHA 3QEWA 1FK9A 4E89A 4HUFA 3HXMA 2G8IA 3DLRA 4DSLA 3LP3A 1U49A 3HP6A 2YNGA 3O4NA 2B6AA 3MEGA 3MXJA 4FJ8A 3EYZA 4FZYA 5CYMA 1TAQA 3OYGA 2YNHA 3SV3A 2X78A 3VA3A 1D9DA 1NJXA 4Y1DA 3AVIA 4CCHA 4RW6A 4HTUA 5JS1A 4DFPA 4F8RA 4B9MA 1VSJA 4R5PA 4CJUA 1BISA 1D8YA 4B8CA 2RPIA 1WAJA 1TL1A 1L3TA 1L5UA 1ZBUA 2KZZA 4E3SA 2X6SA 3OVNA 3VQCA 3OS1A 4FLYA 1WSHA 3AA5X 1N5YA 1LWCA 2FBYA 4CEDA 5HRPA 2HMIA 4I2PA 1R0AA 4HUEA 1TKTA 2KFNA 3ZT1A 3M8RA 4IG0A 4M3RA 4KREA 4KB1A 4KAZA 4FJKA 4KHUA 1BGXT 1BL3A 4E1MA 1JLBA 3KLEA 3AVKA 2G8HA 3PO4A 4TSXA 3HK2A 3VQ4A 4DQIA 3MEDA 4B9LA 4DMNA 1LAWA 4FVMA 2D0AA 4CF0A 3HVTA 1N6QA 4DSEA 3LANA 2WOMA 1KCFA 2P5OA 4KKOA 1SL0A 4AILC 2OPSA 3ZSOA 2XY6A 1JXBA 1UWBA 1NK8A 4KHQA 1A5XA 3ZSVA 3LP2A 2OA8A 3AVFA 1YT3A 2OZMA 1B9FA 3K5LA 1NK5A 3LZIA 1CZ9A 3RTVA 1ASWA 4H4OA 3LPUA 3PX6A 3QLHA 5KGXA 3KLFA 2YV0X 3L3UA 5CZ1A 3V1QA 3AVGA 4NYNA 1RBRA 1W0HA 1S9EA 3A2FA 2VWJA 1CXUA 5HROA 3SQ0A 1J5OA 3NAEA 4M42A 2FBXA 2XY5A 2VG7A 2PYLA 1C1CA 5KRSA 4Z4EA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1VSD A;  2FC0 A;  4BRC A;  3OJU A;  5JLH A;  4IWV A;  3VQ8 A;  3TJY A;  4QS9 A;  2NNW A;  1IG9 A;  1S5J A;  4LFB K;  3CME N;  1QQN A;  2P5G A;  3DLE A;  4E7J A;  5AQF A;  1BQN A;  4CD1 A;  2OVR B;  4KHY A;  3QDK A;  4FWN A;  4CES A;  3WEE A;  2BAN A;  1VQP N;  1I3A A;  3CJB A;  3LDP A;  4ADN A;  4CJ5 A;  3HP9 A;  4CHY A;  3CFO A;  5KPZ A;  3D2F B;  5AQZ A;  3OGM B;  4FWL A;  4H0X B;  1XUP O;  3V9Z A;  1TK5 A;  4EAH D;  3V4I A;  1WB9 A;  3HI0 A;  4JKH A;  3DRS A;  2K5S A;  3L2Q A;  3SUQ A;  2YX6 A;  3T19 A;  3NGI A;  3V1R A;  4B9L A;  4JV5 K;  4WE1 A;  1NK6 A;  2UXD K;  4CJ4 A;  2Q0U A;  3U9Z A;  3OW2 M;  1QZ6 A;  2W6L A;  3CFP A;  5KRT A;  4FVU A;  1HYS A;  4CEZ A;  1FZH E;  4WQ4 A;  1V4S A;  3QIC A;  4J8F A;  4JKB A;  2AP1 A;  4EP5 A;  3KIO A;  4DR2 K;  3V9W A;  5AQM A;  3KK3 A;  4NYF A;  3DWL A;  4W5R A;  3CJ7 A;  1D9F A;  3D2F A;  1U2V B;  4FJ9 A;  3FZL A;  4DWI A;  1EO1 A;  4KRF A;  1ATN A;  1WSG A;  2D0C A;  4MLE A;  4IDK A;  3SBG A;  4FM0 A;  3V9S A;  3O3G A;  4B1U B;  3EKS A;  3ATV A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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