3CFRA

Structure of the replicating complex of a pol alpha family dna polymerase, ternary complex 2
Total Genus 317
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
317
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFDIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIDVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Insights into base selectivity from the structures of an RB69 DNA Polymerase triple mutant
rcsb
molecule tags Transferase/dna
source organism Bacteriophage rb69
molecule keywords DNA (5'-D(*DTP*DCP*DAP*DAP*DGP*DTP*DAP*DAP*DGP*DCP*DAP*DGP*D
total genus 317
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2008-03-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3cfrA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3cfrA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3cfrA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3cfrA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3cfrA03
4GVMA 1D5AA 1VRUA 1RBRA 2DFEA 4LSNA 3MXIA 1C6VA 4F2SA 2KFNA 3F73A 4Z4EA 4CECA 4E7IA 1S9EA 3T19A 2JGUA 4DF8A 4NCBA 1IH7A 1WSHA 3QIOA 1SL2A 1FKPA 1HQUA 3QIPA 1QTMA 3PY8A 1W0HA 3LAMA 4FJLA 4CGIA 5KI6A 3RWUA 4F4KA 4B9LA 2YNHA 4CHNA 3L8BA 3LANA 4OKKA 1NJXA 4KO0A 2E6LA 5HBMA 3MAQA 3KLGA 1BISA 2P5OA 3OYEA 4CESA 1BIZA 4I2QA 4CJTA 3ZCMA 4N5SA 1WAJA 1UA1A 3ZT0A 4F2RA 4PA1A 3UIQA 2OPRA 3SQ0A 3C95A 4OLAA 3TAMA 1EP4A 4UQGA 1DTQA 3MEGA 4DTRA 2IC3A 2HNDA 3PUFA 4DSEA 3BGRA 4CJQA 1Q8IA 1KLMA 1JXEA 4IDKA 5J2NA 4E7JA 3PO4A 1SV5A 4B8CA 3AVBA 4CJUA 1VK0A 4DTOA 1TKXA 5CYQA 2B4JA 1NK4A 4FW2A 3KLIA 4OKJA 2KZZA 3OYFA 3SQ4A 1SKWA 1SKRA 2QKBA 1HRHA 4N56A 1YTAA 1B92A 1JLGA 4AHVA 3S3OA 3VQ5A 4Q0BA 3DLGA 1HYVA 4PY5A 3RTVA 3LPTA 1ITGA 4EZ6A 1EKEA 1WSFA 4DTUA 1IKYA 1KFDA 4M3TA 3L2QA 1TK5A 4JRPA 4DSKA 3IS9A 3OYBA 4RW4A 3VQAA 3SUNA 2QKKA 1CXQA 3A2FA 1DLOA 3LZJA 3P83D 1TKDA 4FJKA 1NOYA 4FLYA 2XY5A 3RRGA 1RBUA 4J2AA 1HQEA 1LAWA 4CJSA 3NDKA 2HB5A 5KGXA 3OYKA 3KD1E 2IGIA 2D0AA 1KSPA 4DLEA 1JLEA 4CJLA 1EX4A 1J54A 1T8EA 2OPPA 4FM2A 4JS4A 3SQ1A 4KI6A 4CF0A 2FBXA 4O4GA 4CEOA 4FLWA 3WNFA 2PY5A 3SPYA 2GBZA 4CERA 4BE0A 3TAGA 4HCBA 4KREA 4RW8A 2E6MA 1LW0A 2O4GA 4AHUA 5HRPA 3S9HA 1RBVA 2B6AA 2X6NA 3QETA 3ITHA 3OJUA 3VA3A 2RF2A 3S3NA 1SL1A 2KFZA 4B9TA 3PV8A 1RDDA 3DLBA 1NK5A 2HHXA 4W5RA 3OS1A 4CGFA 3AVLA 4CFCA 4CJFA 1RTJA 3TAPA 3DM2A 3G10A 2W42A 4AHCA 3AO4A 3M8QA 2A1SA 3AVAA 2DFHA 2VG6A 1ZBIA 3HJFA 4IKFA 4ZHRA 1D9FA 1RT4A 4Z4CA 4LD0A 2GUIA 4PQUA 4FJHA 3OYGA 1JXBA 4E3SA 3TAFA 4NYNA 4E7KA 3CM5A 4CEDA 4J2DA 3NF7A 3T3FA 4DSFA 3SUQA 2LSNA 3K58A 3V1QA 3V9SA 2YV0X 2OPSA 1NK8A 4N76A 1RT3A 1C1CA 4DQIA 3CFRA 3SV4A 4ZTFA 1JLCA 3CYMA 3ASMA 1L3SA 2BGGA 4QCLA 1LAVA 3P1GA 4W5NA 1RTDA 3AVIA 3LP1A 2PYLA 4M3XA 4O5BA 2WONA 2XRIA 4M41A 4GW6A 3RMBA 3KLFA 3I8DA 3K57A 1SKSA 4EZ9A 2ZD1A 3QEPA 3KK1A 1BI4B 1RT1A 1JL2A 4CJKA 1SUQA 1IKXA 3AA5X 1WAFA 2IOCA 3QNNA 3IG1A 4KAZA 5C24A 3TR8A 3L2RA 1LV5A 2FBVA 1BIUA 1JLFA 1S1TA 4K8ZA 3ISNC 1TV6A 4CFBA 3NH0A 4B3OA 2KTQA 1C0MA 3DRPA 4E19A 5SWMA 2HHQA 3NH2A 3VQ6A 1QQCA 1S6PA 3ZT4A 1QSLA 3D0PA 1NOZA 4Z4GA 3L2WA 1VSHA 3TWHA 3OY9A 4KI4A 3HM9A 4CHYA 5J2QA 1XI1A 1XHZA 3KTQA 1MU2A 2B5JA 4CK1A 1C0TA 3VQ9A 1NJZA 3PO5A 4B9UA 4C8OA 4H4MA 3DLHA 3IAYA 3CG7A 4CJRA 3AVFA 4CK3A 1L5UA 5EU7A 5J1EA 4CHPA 1NKEA 3OJSA 3WNHA 3THVA 1T7PA 3VQQA 4AH9A 5HRNA 3OYNA 1RT5A 1YT3A 3LALA 4CFAA 3OYJA 4DQSA 5HLFA 4RG8A 4J2BA 4FJ7A 2HHUA 3NE6A 4AHSA 4W5QA 4JRQA 2ATQA 1C1BA 4CEEA 4DQPA 3M8RA 4DTMA 1C1AA 4YNQA 4DFJA 3NFAA 4HUFA 3V81A 3SZ2A 1S1VA 2HNZA 2PZSA 4CJWA 3NGYA 1CXUA 3OVNA 1RILA 1Z25A 1KVCA 3U6FA 4KHSA 1TK0A 3BDPA 4KTZA 2PYJA 3EYZA 4M3WA 3KKSA 3LP2A 3DLKA 3PX6A 1ZYQA 2OYQA 4E0DA 3QO9A 1BQNA 4ELTA 4CHZA 1XC9A 4XIUA 2P5GA 4AHTA 2E4LA 1HYZA 1YVUA 4CEBA 1ASUA 2WOMA 3SUOA 4CF9A 4HUGA 4AILC 3AA3A 1IKWA 2XHBA 4FYDA 4KB0A 1IO2A 4QAGA 4DTJA 3EY1A 4FLTA 1GOCA 3AVHA 1KCFA 5KRSA 2FC0A 1TGOA 3KIOA 4IG3A 4FK0A 4E1MA 4DU1A 3T1AA 3ZSYA 3OYMA 1KRPA 4ID1A 4CGHA 3AVJA 3IRXA 4DWIA 3JYTA 1RDAA 5CYMA 1A5WA 1TK8A 4FJGA 1TL1A 3JSMA 1RDCA 4RW6A 3RMDA 3TAEA 1VSLA 2D5RA 1HYSA 1U49A 1T05A 4CEZA 5DMRA 3SCXA 4KHYA 4Z4IA 5HRRA 2EX3A 5T7BA 2D0CA 5JS1A 3HT3A 4QOZB 2HHWA 1S6QA 4KRFA 2FBYA 3DLRA 3E01A 1KVBA 4KV8A 2VG5A 2JLEA 1XHXA 2NUBA 4CJEA 1GOAA 4CF2A 3DLEA 2BANA 3MECA 4FJ9A 4CE9A 3D45A 4DU3A 2Y1IA 3HO1A 4FLXA 4E7LA 3LDSA 4CJPA 4BACA 1RNHA 2Z1JA 1G15A 3TARA 3NAEA 2AJQA 3AO1A 2KQ2A 3HSTB 4MFBA 1VSDA 4FXDA 2YKMA 3ZSRA 3ZT2A 5J2PA 4Z4HA 4B9VA 2KZMA 2G8WA 3AV9A 4DSLA 3HK2A 1QS4A 3NCIA 3LP0A 2P51A 3KJVA 2HMIA 2HVIA 2Z1IA 1I3AA 4L8RB 4NCAA 4CJ5A 3PX4A 1TKZA 3ZSXA 5CZ2A 3V9XA 2G8IA 1UOCA 4CF1A 2IAJA 1J9AA 2YNGA 3KK3A 3QEVA 3LAKA 4CGGA 1X9WA 1KTQA 4KHNA 3FFIA 4IG0A 3OYLA 1FK9A 4DSIA 3C6UA 5HRSA 1N6QA 4FZXC 4DG1A 3AA2A 4HVJA 2RPIA 4HCCA 3ZSZA 5D3GA 4FM0A 1HPZA 4B8AB 4B9SA 1RBTA 1VSEA 1WSEA 3LPUA 4BE2A 4M3YA 4FK4A 3NF9A 4TSXA 3VA0A 2R7YA 4FVMA 2HHTA 4FJ5A 3AA4A 3OYCA 1C0UA 3K5NA 2XO7A 1U4BA 4FK2A 3O3FA 3MEEA 4FJJA 4JS5A 1TVRA 2VWJA 3WNEA 3ZT3A 3B6PA 1SL0A 1EXQA 4K8XA 1K6YA 3AVCA 2G8UA 1TAUA 1HNIA 4CJVA 2Y1JA 2RN2A 4F3TA 1ZBHA 3CQ8A 1WSIA 1WSJA 2O4IA 3QERA 1TL3A 1UAXA 4CHOA 1L3VA 4LH4A 2YNIA 2XY7A 4F3OA 1BCMA 1JKHA 1BHLA 2X74A 4KTQA 3RMCA 3V9ZA 3SNNA 1HMVA 4OPJA 4O55A 5I42A 2QK9A 3QNOA 4C8MA 3TANA 4FLVA 4BWMA 2I5JA 2Q3SA 4B08A 4I2PA 4FW1A 1F21A 3OS2A 4CIEA 1JL1A 2P1JA 3KK2A 3V6DA 4PWDA 3HPOA 1VSMA 4LH5A 2G8FA 3CM6A 3OYDA 4R5PA 1RTHA 3VQBA 1RBSA 3HPGA 1NK7A 1B9FA 3L2VA 1KLNA 4C8NA 3LWMA 1RCHA 3VQPA 3VQ8A 3LP3A 4B9NA 2D0BA 4FJ8A 1CLQA 2HVHA 1DTTA 2X78A 3ALYA 3NF8A 1VSFA 4G1QA 1JLBA 3V9UA 2F8TA 4M3RA 3KKRA 2DY4A 4I9LA 3C6TA 1S5JA 3HP9A 4CHQA 1XWLA 4DU4A 5JS2A 4N47A 4O44A 3TABA 5C42A 3O4QA 3PX0A 3K5MA 3F9KA 2YHAA 4OKEA 1X9MA 4CIGA 4DFKA 1JLAA 4CEFA 4DFMA 1LWEA 1S1WA 1QE1A 4M45A 2Z1HA 1NJYA 4KKOA 3ULDA 1TAQA 4PUOA 4HTUA 1YTUA 3DOKA 3DYAA 4BDZA 4M3ZA 3V9WA 4OPKA 1WLJA 3I0RA 2QXFA 5KRTA 4CF8A 1LW2A 2GV9A 5CZ1A 1U45A 4BWJA 4DSJA 3K2PA 4GMJB 3H08A 5FRNA 4C8KA 4EP5A 1CZBA 1VSJA 5FDLA 3DRRA 5HP1A 1ZBLA 3VQDA 3VQ7A 4CJ3A 4W5OA 4I7FA 1R0AA 2RKIA 3QINA 4E1NA 3SI6A 2IDOA 4W5TA 1UA0A 4JLHA 4DTNA 4FZZA 3LZIA 3QESA 3EZ5A 5HROA 2BDPA 3RR7A 3C94A 3HVTA 4N41A 5K14A 5FRMA 3KLEA 4KTWA 1U47A 3MEDA 3KLHA 1KFSA 1GOBA 1A5VA 1FXXA 1VSKA 3HYFA 4ICLA 4OLBA 4H8KA 3QEXA 3NBPA 5SZTA 3AVKA 1A5XA 3RMAA 4CK2A 3HPHA 2ETJA 4WE1A 3K5OA 1IKVA 3HL8A 3O3HA 1Q9YA 1U48A 1ZBUA 4LY7A 4OGCA 4FJMA 2A1RA 1QSSA 4B9MA 1S1XA 3HVRA 4F8RA 3L2UA 3V4IA 3RRHA 5C25A 2F8SA 1HJRA 1D8YA 4DTXA 1HNVA 1J53A 1S1UA 1BCOA 1FKOA 1LWCA 4FCYA 1L3UA 4Q5VA 2YKNA 1VSIA 1W9HA 4FJIA 3SUPA 3MXMA 1O1WA 1NK6A 4Z0UA 1NJWA 2G8VA 3B6OA 3DI6A 3MXJA 4OGEA 5KTQA 3OYAA 3NH1A 3QEWA 3VQCA 3L3UA 3M8PA 2OZSA 1BQMA 4H4OA 1ASWA 4FM1A 4DS4A 2G8HA 4M3UA 3NHGA 4DTSA 3TI0A 1RT6A 1RDBA 4YFUA 3QLHA 3K59A 3VQEA 2OZMA 4CGJA 4RW7A 3RR8A 4NYFA 1ASVA 4KHQA 2VG7A 2YNFA 4IBNA 3ZT1A 4I9QA 4FJXA 2ITGA 3U3YA 1REVA 4OVLA 3SJJA 1BL3A 3L3VA 4FLUA 2HHVA 3I0SA 2YHBA 3WNGA 1S9GA 3KD5E 4Y1DA 3P5JA 1ZBFA 2HHSA 3SQ2A 4C8LA 5J2MA 1B9DA 3DOLA 1L3TA 4DMNA 5DK5A 2G8KA 4O0IA 4DQRA 2F96A 4CFDA 4EP4A 3DMJA 4DF4A 4KFBA 4OJRA 4KHUA 4ELVA 4MQ3A 1JLQA 1RT7A 4ID5A 4KPYA 3SYZA 3CFOA 3NGZA 3CFPA 1QHTA 2XY8A 3AO2A 5FROA 3VQ4A 3TAQA 5KGWA 3S3MA 1Y97A 3ZSWA 4FJNA 5E41A 3DRSA 3O3GA 1X1PA 3K5LA 3NF6A 4DLGA 3QEIA 2HNYA 5CY4A 4DFPA 3O4NA 3V1RA 1D9DA 1J5OA 3V1OA 1NK9A 2X6SA 4BE1A 1NKCA 3ZSOA 4DS5A 1BGXT 2KW4A 3AVNA 3AVGA 3G0ZA 4DQQA 1NKBA 1WN7A 4O0JA 3OS0A 2Z1GA 4KB1A 4CJ4A 1QSYA 4ELUA 3AO3A 4FZYA 4IFVA 2DFFA 4E7HA 1TKTA 2VWKA 1WNSA 1WSGA 2OPQA 1U04A 3LWLA 2OA8A 4RW9A 1UWBA 4Y1CA 1EETA 4HUEA 4HHTA 3VN5A 5I3UA 3NGIA 4CEAA 3HXMA 4DTPA 4KHWA 3U3GA 3SV3A 2XY6A 1NK0A 4BDPA 4CCHA 4BDYA 2DTUA 1T03A 1Q9XA 4NCGA 3OYIA 2BE2A 1RT2A 1LWFA 4AHRA 2FBTA 1Z26A 2EHGA 2IS3A 1CZ9A 1RTIA 3SPZA 2ZE2A 3ZSVA 3HP6A 1N5YA 1KVAA 4IFYA 1VRTA 4J2EA 1X9SA 1I39A 2ZQBA 4CGDA 4CIFA 3ZSQA 4M42A 3AO5A 3OYHA 3M8SA 4Z4FA 2HW3A 1IG9A 3AVMA 1BI4A 4ZTJA 4CEQA 4LSLA 4FLZA 4E89A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 4BE1 A;  1NKC A;  3ZSO A;  4DS5 A;  1BGX T;  2KW4 A;  3AVN A;  3AVG A;  3G0Z A;  4DQQ A;  1NKB A;  1WN7 A;  4O0J A;  3OS0 A;  2Z1G A;  4KB1 A;  4CJ4 A;  1QSY A;  4ELU A;  3AO3 A;  4FZY A;  4IFV A;  2DFF A;  4E7H A;  1TKT A;  2VWK A;  1WNS A;  1WSG A;  2OPQ A;  1U04 A;  3LWL A;  2OA8 A;  4RW9 A;  1UWB A;  4Y1C A;  1EET A;  4HUE A;  4HHT A;  3VN5 A;  5I3U A;  3NGI A;  4CEA A;  3HXM A;  4DTP A;  4KHW A;  3U3G A;  3SV3 A;  2XY6 A;  1NK0 A;  4BDP A;  4CCH A;  4BDY A;  2DTU A;  1T03 A;  1Q9X A;  4NCG A;  3OYI A;  2BE2 A;  1RT2 A;  1LWF A;  4AHR A;  2FBT A;  1Z26 A;  2EHG A;  2IS3 A;  1CZ9 A;  1RTI A;  3SPZ A;  2ZE2 A;  3ZSV A;  3HP6 A;  1N5Y A;  1KVA A;  4IFY A;  1VRT A;  4J2E A;  1X9S A;  1I39 A;  2ZQB A;  4CGD A;  4CIF A;  3ZSQ A;  4M42 A;  3AO5 A;  3OYH A;  3M8S A;  4Z4F A;  2HW3 A;  1IG9 A;  3AVM A;  1BI4 A;  4ZTJ A;  4CEQ A;  4LSL A;  4FLZ A;  4E89 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4GVM A;  3D6R A;  4F2S A;  1C6V A;  5DM6 L;  4Z4E A;  3G4S N;  4E7I A;  2KKZ A;  3L1N A;  1WSH A;  3A5L C;  1FKP A;  5BPL A;  3O8M A;  2P9K B;  4A2A A;  1QTM A;  4FJL A;  4PKG A;  4BQZ A;  5JMV A;  1QVF M;  1GLB G;  4KO0 A;  3FFK B;  5AZI A;  3N1B A;  4CES A;  1BIZ A;  3R1X A;  1VQ7 N;  3ID6 A;  3C95 A;  2HBM A;  4DHY A;  3C6O B;  3IUC A;  3AAR A;  2JHA A;  4CJQ A;  3I55 N;  4E7J A;  3PO4 A;  4YOT A;  4BGB A;  4CJU A;  4GKK K;  1TKX A;  3THX A;  4IFE A;  1NK4 A;  3P31 A;  4FW2 A;  3SQ4 A;  2IVP A;  3VQ5 A;  1E4G T;  1N1C A;  4PY5 A;  4EZ6 A;  1ITG A;  1TUY A;  4DTU A;  3QB0 A;  4DSK A;  1KAY A;  3IS9 A;  3MK6 A;  3OYB A;  1NMD A;  1CXQ A;  1DLO A;  3RRG A;  4FJK A;  1RBU A;  1LAW A;  3OYK A;  3H45 C;  1XC3 A;  4BRG A;  2BH1 A;  3MCA B;  3SQ1 A;  4CF0 A;  2PY5 A;  2GBZ A;  3N1E A;  4BG8 A;  2E6M A;  4AHU A;  3CCV N;  5HRP A;  3S9H A;  1RBV A;  1SL1 A;  2RF2 A;  1S22 A;  4W5R A;  3PLA A;  3AVL A;  4CJF A;  4DR5 K;  1O13 A;  3DM2 A;  3G10 A;  3VGM A;  4AHC A;  3AO4 A;  3M8Q A;  4FPA A;  3AVA A; 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