3CQ8A

Ternary complex of the l415f mutant rb69 exo(-)polymerase
Total Genus 309
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
309
sequence length
902
structure length
902
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSFYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Characterization of a replicative DNA polymerase mutant with reduced fidelity and increased translesion synthesis capacity.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase/dna
source organism Enterobacteria phage
molecule keywords DNA (5'-D(*DAP*DCP*DAP*DGP*DGP*DTP*DAP*DAP*DGP*DCP*DAP*DGP*D
total genus 309
structure length 902
sequence length 902
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2008-04-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3cq8A05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3cq8A01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3cq8A02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3cq8A06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3cq8A03
5HROA 4AHCA 2HVIA 3OYIA 3MEEA 2EHGA 1BHLA 4JLHA 4E89A 3K5OA 3AVHA 2VWKA 4DF8A 1CZ9A 1C1CA 3ITHA 1VSKA 3DI6A 3G10A 5HBMA 1JKHA 4CF1A 3HYFA 3OYGA 3FFIA 3SYZA 3NF9A 3QNOA 1TKTA 3D45A 4OKKA 4TSXA 2KZMA 4JS4A 4OKEA 2WONA 1B9DA 3VQ4A 2P1JA 1YTUA 1RT2A 3WNEA 4F3OA 4DTRA 3P1GA 4GW6A 1K6YA 3AA5X 2GV9A 1BI4B 4FLUA 3NF8A 2A1SA 4H8KA 4Z4CA 3CFRA 3KKSA 4M42A 2B4JA 4CGJA 1X9SA 4AHTA 1LAWA 1CXQA 1KLMA 1NOZA 1EKEA 1WSHA 2IS3A 1RNHA 3NF7A 3L8BA 4B8AB 4Z4EA 4CESA 3QNNA 4FJHA 3IAYA 3LAKA 5HRPA 4DLEA 1S1TA 4CEBA 3OYNA 3CM6A 5CZ2A 3OYHA 1ZBIA 3IG1A 1WLJA 3DLEA 1NK7A 1RTHA 3TAMA 4DTUA 2HHUA 2RKIA 1IO2A 2ZE2A 4M3UA 4CJ5A 1A5VA 1TL1A 2HNYA 3TWHA 4F4KA 1RTDA 1S6QA 3L2QA 1HQEA 3ZT1A 1NK6A 1QE1A 2RN2A 4FK2A 3TANA 3F9KA 3M8QA 2ATQA 1RDAA 1J9AA 2G8WA 1TVRA 1VRTA 3CM5A 2XY5A 1LV5A 1KVCA 2E4LA 5FRNA 3ALYA 3UIQA 3LALA 3AVIA 3QEIA 3ZT3A 3BDPA 4ELUA 4J2AA 4BDYA 3SUOA 3VQ9A 3QO9A 5HRSA 3DLGA 4CHPA 1VSIA 3VQEA 1J5OA 3QEWA 4FM1A 1LW2A 4CFBA 1VSJA 3ZSXA 3OYBA 4RW9A 4DSEA 3HXMA 2KQ2A 3M8PA 1NK4A 4IKFA 1CLQA 1VSLA 1BI4A 4LSNA 3LZJA 1TGOA 3LP2A 4CK1A 4E7IA 4B9TA 4KFBA 2NUBA 4NCBA 4HUFA 2F96A 1D5AA 3KLFA 4BE1A 2Q3SA 1U4BA 1JLEA 1JL2A 2BANA 1B9FA 1BL3A 1WSJA 4PQUA 4Z4IA 2G8FA 4FM2A 2P51A 1R0AA 4G1QA 3S3NA 3KLIA 1X9WA 4FCYA 1HYSA 2OA8A 4CF2A 3AVMA 4O0IA 1UA1A 1RT5A 2Y1IA 1FKPA 1G15A 3O4NA 3BGRA 2P5GA 1C6VA 3ZSWA 4OVLA 1A5WA 3OYCA 3M8SA 1SL1A 1BGXT 4DQPA 4DWIA 3KK2A 2QK9A 1S1WA 4FJLA 4Z4HA 2IC3A 1EXQA 1UA0A 4FM0A 3CYMA 3ZCMA 4Z4GA 2HHTA 2KW4A 1RDCA 3O4QA 4HHTA 2G8VA 3PX6A 1DLOA 2FBVA 2OPPA 3NE6A 1LW0A 3DLKA 4M3TA 3KLGA 1FKOA 1LWCA 3SUPA 5C24A 3I8DA 3VQBA 5E41A 4BE2A 1TK5A 4O55A 1NJYA 2OPRA 3AVNA 1QSLA 3MXJA 1RCHA 3V9SA 1RDBA 3AO1A 4N56A 3DLBA 1WN7A 1Q9XA 1XWLA 1SUQA 1JXEA 2DFHA 4CERA 3OYKA 1XHXA 4DTSA 1D8YA 3QESA 3QEPA 1N5YA 3LZIA 3SQ2A 3ZSQA 4F2SA 2Z1HA 3HK2A 1TAQA 4LY7A 3NDKA 4FJ9A 3RMAA 4AHRA 4CJFA 1KFSA 4LH4A 3ZSYA 1Z25A 3TAGA 1W0HA 4FJ5A 2RPIA 5JS2A 1Q8IA 3LP3A 4CHYA 3TAPA 4CEZA 4RW6A 4DU3A 3K59A 5HRRA 3VA3A 4DQRA 5D3GA 4Z4FA 5KRTA 1X1PA 4B9SA 3TABA 2YNIA 2RF2A 3ZSRA 4JRQA 2ZQBA 4BE0A 4DSLA 4KHNA 4QCLA 4AH9A 4C8KA 1L3VA 2R7YA 3NGIA 2HW3A 2E6MA 1QHTA 5DMRA 3AO2A 3K5MA 3C6UA 4CJPA 4IFYA 4W5OA 2YNGA 4CFCA 1IG9A 3NAEA 1TKDA 2YHBA 5FRMA 4OLAA 1HRHA 2OPSA 3QLHA 4KHQA 3H08A 1NJWA 3P5JA 1TK8A 2KZZA 2X6NA 1NK8A 1XHZA 3MECA 3HL8A 4GMJB 3OS2A 2P5OA 4EP4A 4DTJA 3RTVA 4CGDA 4XIUA 1IKYA 1JLAA 4NYFA 4M45A 4DFMA 3HM9A 4Q5VA 3D0PA 5J1EA 3HJFA 1DTQA 3MXIA 4IG0A 3MXMA 4FJJA 1NJXA 4FJGA 4MFBA 4H4MA 3TR8A 3NFAA 1EX4A 1U47A 2D0AA 4DTNA 3KJVA 4E7LA 4FJNA 2XO7A 1XI1A 3DOLA 1I3AA 3KK1A 1N6QA 3L2UA 4FJKA 1L3SA 1C1AA 2FBYA 3OYMA 1GOAA 3OVNA 2YNHA 4FJIA 4CJEA 4CHQA 1HYVA 3PX4A 4DFPA 2B5JA 4CIFA 3ULDA 4K8ZA 2VG5A 4BWMA 5I3UA 4NCAA 4HCBA 1QTMA 2VWJA 2JGUA 2OYQA 1WSEA 3U3GA 3L2VA 3V9XA 4PUOA 3A2FA 3TAQA 5HP1A 3LP0A 1SKRA 3HT3A 4Q0BA 2HNZA 4KI6A 3NGZA 1RT4A 1KTQA 4RW4A 4B9NA 1S5JA 3THVA 4DSIA 3LPUA 4W5NA 2Z1GA 3KKRA 2PY5A 4JRPA 4E3SA 3SUNA 1FXXA 4YFUA 1VSHA 3L3UA 1KRPA 1C1BA 4KHUA 2YKMA 2YV0X 3QIPA 3VQAA 4HVJA 2X6SA 1RTIA 4HUGA 1U49A 1HYZA 1X9MA 2HNDA 2DFEA 1HQUA 3AVBA 1NKBA 2A1RA 4B9UA 4CFDA 2OPQA 4CHNA 3AVCA 1XC9A 1KSPA 3PV8A 3LWLA 3SZ2A 2BGGA 3OJSA 4KTZA 4KREA 4BACA 4CEFA 3LDSA 2HB5A 3V1QA 4E1MA 2GBZA 3SQ4A 2D5RA 2YKNA 4DS4A 1ZBHA 2VG7A 2DY4A 3P83D 4DMNA 4KRFA 5KI6A 5HRNA 3MEGA 1S9GA 3DMJA 3RRHA 2YNFA 4CIGA 4DSFA 4E7KA 3QEXA 1ITGA 1ZBUA 4E1NA 4W5RA 3V4IA 3V6DA 1JL1A 3C95A 4CJSA 3QETA 1RBRA 4OJRA 4E7JA 4Z0UA 4F8RA 1BISA 3OY9A 1BCOA 3NH1A 2XY8A 2W42A 3CFOA 3T19A 4CGHA 3TI0A 4CJ4A 3O3HA 4M3ZA 1JLQA 4MQ3A 1WSIA 1J54A 3OYAA 4DQQA 2OZSA 1L5UA 3KD5E 4FJ7A 4L8RB 1IKVA 4I9LA 1BIZA 5EU7A 4N5SA 1C0MA 3O3GA 3F73A 3RRGA 4CJUA 4KAZA 2I5JA 4DSKA 1RT7A 3DYAA 4C8OA 3V1RA 4M41A 4C8MA 3DRRA 5J2QA 1KFDA 1LAVA 1WSGA 3K58A 3LP1A 1GOCA 5C42A 1S1VA 3AVFA 2KFZA 1S9EA 1T05A 1O1WA 5KRSA 3PY8A 1REVA 1TV6A 1YTAA 3C94A 4C8LA 1SL2A 1HNIA 2QKBA 1TAUA 3NBPA 3AVAA 1NJZA 1NK9A 3V81A 2QXFA 4DTOA 3CFPA 4CGFA 4OLBA 4B9VA 1NKEA 3QEVA 2DTUA 2DFFA 4O0JA 3K2PA 3HPGA 2FBXA 3S3OA 4ZTFA 4FK4A 5FDLA 4CJVA 3HP9A 4FVMA 3ZT4A 1L3TA 4I9QA 3VQCA 4UQGA 2ITGA 4J2BA 4DTPA 4FLZA 2Z1JA 3HPOA 3TAEA 2D0CA 3K5LA 4F2RA 1IH7A 4CEOA 3V9WA 1WNSA 1HMVA 1TK0A 4KTQA 4I2QA 3HPHA 3AO5A 1VSMA 1YVUA 2OZMA 4NCGA 3AVJA 4ZHRA 3AO3A 5KGWA 1VRUA 4FZZA 5KTQA 4FLVA 4IDKA 3LAMA 2PYJA 3SPYA 2YHAA 4HUEA 3NH2A 4CEQA 3VQ5A 3RR7A 4KB1A 1EETA 3K5NA 4ID1A 4KKOA 4H4OA 3VQQA 1RBSA 1UOCA 3G0ZA 4F3TA 3VQPA 4OKJA 4I7FA 4IFVA 4GVMA 3HP6A 3V9ZA 5J2NA 4OPKA 4KHSA 1VSDA 1Y97A 1RILA 2VG6A 4DU4A 1RTJA 3ZT0A 4QOZB 3M8RA 4KB0A 3E01A 4Y1DA 3C6TA 1F21A 1MU2A 3RMBA 2E6LA 3T1AA 3OYFA 4HTUA 1B92A 2HHSA 1RDDA 2IDOA 4NYNA 5CYMA 1BQMA 4OPJA 1LWEA 1NK5A 4OGCA 4FJ8A 5CZ1A 4CJRA 4DFKA 2JLEA 2F8SA 3SCXA 4KV8A 1JXBA 4O4GA 4FW1A 1NK0A 4CEDA 3SI6A 3OS1A 3I0SA 2HVHA 3AVGA 3L2RA 3QIOA 3ASMA 3L2WA 3HO1A 4FLTA 3RMCA 4CHOA 4N76A 4W5TA 1Q9YA 4ICLA 3OYJA 4DQSA 1QQCA 3NCIA 4CJ3A 3SV3A 1EP4A 1TL3A 3ZSZA 3L3VA 3V9UA 3SUQA 4DF4A 4PWDA 2HMIA 1KLNA 3OYEA 2PYLA 4BDZA 4KHYA 3ZSVA 3U6FA 3RR8A 5I42A 4FJMA 1S1UA 2BE2A 2Y1JA 2HHVA 1CXUA 1RT3A 2IGIA 4W5QA 3RMDA 1Z26A 2D0BA 4RW7A 4Y1CA 3JSMA 4B3OA 5T7BA 4FJXA 2F8TA 4LD0A 3SQ0A 3WNGA 4CEAA 4CJQA 4CK3A 1D9FA 1SV5A 3SNNA 1C0TA 1VSFA 1U04A 2ETJA 1UAXA 1W9HA 1JLFA 1ASUA 4BWJA 3HVRA 1SKSA 4OGEA 3KLHA 3AV9A 3OYDA 3NHGA 5CYQA 1ZBFA 4HCCA 1A5XA 5C25A 5SZTA 4CJKA 4ELVA 4KHWA 1YT3A 2GUIA 3DOKA 4WE1A 2BDPA 4FXDA 1D9DA 1JLBA 5JS1A 3S3MA 3MAQA 4CE9A 4M3RA 2G8HA 3LPTA 4CJWA 1WAFA 1BIUA 4RW8A 4M3YA 3MEDA 3PO4A 2IOCA 3KTQA 2XHBA 3O3FA 1LWFA 1TKZA 1S6PA 3RWUA 2EX3A 2FBTA 3TARA 2KFNA 3LANA 1HNVA 4KTWA 4ZTJA 5KGXA 3VQDA 1BCMA 2HHWA 4DTMA 3LWMA 5CY4A 3AVKA 4DU1A 1S1XA 4CIEA 3EYZA 1KCFA 1ZYQA 1VK0A 1RBVA 3OYLA 2HHXA 4ELTA 2G8UA 3ZT2A 1KVBA 3AA4A 3HVTA 4IG3A 4PA1A 4AILC 1CZBA 4AHUA 3SQ1A 2PZSA 3IS9A 4N47A 4PY5A 3PO5A 3SJJA 1QS4A 4IBNA 1JLCA 3VQ6A 4CJTA 4CEEA 3OS0A 4JS5A 4N41A 1BQNA 5DK5A 4J2EA 3HSTB 1J53A 1HJRA 1WSFA 4DTXA 3NGYA 3VN5A 4CECA 3SV4A 4LSLA 3B6PA 1GOBA 1IKXA 4E0DA 3CQ8A 4M3WA 3TAFA 4B08A 4CCHA 1FK9A 3NH0A 4E7HA 3NF6A 2AJQA 4RG8A 1U45A 2LSNA 2XRIA 1L3UA 1QSSA 1T7PA 2X74A 3ZSOA 3DLHA 4FW2A 4KPYA 4FYDA 4YNQA 2B6AA 2IAJA 5SWMA 3T3FA 4FLWA 4CGGA 4DSJA 4FZXC 4O44A 1UWBA 4CF9A 4FZYA 2FC0A 1QSYA 3S9HA 1U48A 4CGIA 5J2PA 4O5BA 2O4GA 2X78A 5FROA 4R5PA 5HLFA 1NOYA 4AHSA 4CJLA 1ASVA 4EZ9A 4AHVA 3WNHA 1RT6A 5K14A 4B8CA 3U3YA 4BDPA 1DTTA 2O4IA 1C0UA 3DLRA 3PUFA 3DRSA 3K57A 4DG1A 3DM2A 4KI4A 1TKXA 3VQ7A 4B9LA 3ISNC 3KIOA 4EP5A 1JLGA 1KVAA 4QAGA 4CF0A 3DRPA 4DLGA 4DS5A 3PX0A 3QERA 3B6OA 1RT1A 4M3XA 4C8NA 1SKWA 3I0RA 3CG7A 1VSEA 4DQIA 1NKCA 4LH5A 4DFJA 3KD1E 3VA0A 3AO4A 1WAJA 4E19A 3EZ5A 3QINA 2G8KA 4ID5A 3AA3A 1ZBLA 4B9MA 3AVLA 2QKKA 3KLEA 4K8XA 1T8EA 4KO0A 3EY1A 3SPZA 4J2DA 3V1OA 4I2PA 4CK2A 2G8IA 2HHQA 2XY6A 3JYTA 4FLYA 2ZD1A 3WNFA 3OJUA 4CFAA 1I39A 2WOMA 3IRXA 3VQ8A 2XY7A 2Z1IA 1RBUA 1HPZA 4FK0A 1IKWA 1RBTA 1ASWA 3AA2A 4CF8A 5J2MA 4FLXA 1SL0A 4CHZA 4EZ6A 2KTQA 1T03A 3KK3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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2RF2A 2ZQBA 4KHNA 4C8KA 1L3VA 4U7BA 4WFNL 4NXMK 4IFYA 4JI3K 3AAQA 5EX5A 4KHQA 1YAGA 3P5JA 3HSCA 1FZ6E 1NK8A 4YOWA 3SMSA 4XIUA 4BRPA 4A5AA 5LJVA 4Q5VA 2F4VK 3MXMA 4FJGA 3NFAA 1EX4A 4LC9B 3F9MA 3O9UA 1C1AA 4CZMA 4JHDB 3L4IA 2UUAK 3OVNA 4CHQA 3PX4A 5FPMA 5BN9A 4K8ZA 4NCAA 3O9RA 3TTCA 4HCBA 1GLEG 1QTMA 1BA0A 2VWJA 2JGUA 4DR5K 1WSEA 3U3GA 4PUOA 3V9XA 3A2FA 3LDLA 3TAQA 3ENOA 3SK3A 4Q0BA 4KI6A 4H0PA 3NGZA 1ZXOA 3M3ZA 4RW4A 4B9NA 3LPUA 4KH5A 3KKRA 4BR2A 2PY5A 3N1BA 2ITMA 4YFUA 3I56N 1GLCG 2P9IB 4HUGA 2X6SA 3JS6A 4PKGA 2HNDA 3D7EO 3AVBA 2IVOA 3AVCA 4CHNA 1XC9A 1SQKA 2BGGA 3OJSA 4BRAA 3CPWM 3V1QA 2GBZA 3SQ4A 3IMXA 2E1YA 2VG7A 5HRNA 5C2FA 4A59A 2YNFA 2NRVA 4W5RA 3V4IA 3C95A 1RBRA 1BCOA 2W42A 5M1KA 2NRTA 4CGHA 4JI5K 2V7ZA 2CGJA 3MWPA 3OHRA 1EO1A 4LFBK 3OYAA 4FO0A 4RTFD 2OZSA 3KD5E 4FJ7A 5CE3A 5HL7L 4I9LA 3RRGA 3F73A 1C0MA 2P9IA 4KAZA 4JKBA 4DV7K 4C8OA 4M41A 2NRZA 1NGDA 1LAVA 3K58A 2CGLA 4H5NA 5C42A 1S1VA 1T05A 2NRWA 1REVA 3QDKA 5I9EB 3C94A 4ADNA 3BF1A 4FOIA 2QKBA 1P22A 1NJZA 5IZ7A 2QXFA 4IJNA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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