3KD5E

Closed ternary complex of an rb69 gp43 fingers domain mutant complexed with an acyclic gmp terminated primer template pair and phosphonoformic acid.
Total Genus 296
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
296
sequence length
905
structure length
905
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIDVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKWVSQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQMALKVTCNSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDFSA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Phosphonoformic acid inhibits viral replication by trapping the closed form of the DNA polymerase.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule keywords DNA (5'-D(*CP*GP*TP*CP*TP*TP*AP*TP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*CP*GP*C
total genus 296
structure length 905
sequence length 905
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-10-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
E PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
E PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3kd5E05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3kd5E01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3kd5E02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3kd5E06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3kd5E03
3SI6A 1LW0A 1UAXA 4BWJA 4ZTJA 3CYMA 1YVUA 3SQ2A 4BE2A 1KSPA 4ID1A 3RMCA 1QS4A 4AHVA 2WOMA 4AHRA 4E1MA 4BE1A 4F4KA 4W5NA 3AVIA 4DFPA 4CF9A 2ATQA 1RT7A 3CG7A 1X1PA 4AHCA 1GOCA 5T7BA 2YNIA 4E7IA 3NGIA 1REVA 3M8SA 4OLAA 1KLMA 3OYDA 2IAJA 2OPRA 3I0SA 4Y1DA 4CHNA 2Y1IA 1BI4A 1O1WA 4CJVA 4HVJA 1SL2A 5KGXA 3HO1A 3LZIA 3WNFA 2KZZA 2P5GA 3SZ2A 3OYHA 3T3FA 5DMRA 3QO9A 4ELVA 1BHLA 4KHQA 4CHPA 3TAFA 4FJMA 1L3TA 2PZSA 4I2QA 2F96A 2G8FA 2QKKA 4PY5A 3DRPA 4QOZB 1JL2A 1SUQA 3QETA 5HRSA 4CHYA 4W5TA 1U45A 4CCHA 5CYMA 5K14A 1C1CA 2D0BA 3ALYA 4M45A 4FLTA 2DFFA 3LANA 4ICLA 4OVLA 3ZSYA 4CEBA 3MXMA 2VG6A 4N41A 3TAGA 4F8RA 1JXBA 1Y97A 4DTJA 1TV6A 4BDPA 3AVJA 3C6UA 1U48A 4CJTA 3LWMA 5J2QA 3DYAA 1TKTA 4FM1A 1VSIA 3VN5A 1WSGA 4RW9A 4HUGA 2HMIA 1ASWA 4FLWA 3HPHA 3B6PA 1RT1A 1WLJA 5CZ2A 2DFEA 3VQAA 3VQCA 2HW3A 4CFCA 1NKBA 1RDCA 4DU1A 2YNGA 3VA3A 4CJPA 2RN2A 4WE1A 5HRPA 1ZYQA 1VRUA 3D45A 4LH4A 3DLRA 1VSEA 4E7HA 4OJRA 3NFAA 3K59A 4KI4A 3VQDA 1XI1A 1X9WA 4W5RA 1D9DA 4FW2A 4LY7A 4OPJA 3OYEA 4FLYA 4JLHA 3TI0A 4ZHRA 2BGGA 4DWIA 1RNHA 4KV8A 3KK2A 1JLEA 4IFVA 1U49A 4YNQA 3MXJA 4H4OA 4E7JA 4FJ8A 4N47A 4Z4HA 4CGJA 3AV9A 3QEWA 1CXUA 2GUIA 2YNFA 4M3TA 3AA5X 3SCXA 4XIUA 3VQEA 1SKSA 1KFDA 4KB1A 1WSEA 2FC0A 2X74A 2XO7A 4FLZA 4YFUA 3OS1A 4W5OA 1Z26A 1JLFA 1L5UA 3DLGA 3PX0A 4DTOA 2XHBA 4EP5A 4IFYA 1C0MA 4O44A 4CJ3A 1ITGA 2FBYA 3LP1A 1TKZA 3NAEA 1BGXT 2EHGA 3H08A 1D9FA 2VG5A 4E89A 1Q9YA 3AVFA 1J5OA 5SWMA 4B9VA 4CFDA 1S1XA 3LDSA 4CE9A 3ULDA 1C0UA 1S1UA 1YT3A 1DTTA 5C42A 3L2WA 3K57A 2A1RA 4NCAA 2F8TA 3V9WA 4CHOA 2G8HA 4OKJA 2KQ2A 1KTQA 3MXIA 1QSYA 1TL1A 4MFBA 3F9KA 3T1AA 4C8OA 5KRSA 4FJKA 3HL8A 3JSMA 3AVAA 4CEEA 3HP6A 4DQIA 4BWMA 3CFOA 3L3UA 1Q9XA 4FXDA 3LZJA 3LPUA 1FKOA 4CECA 4RW8A 3LWLA 3KLEA 4CEZA 2HHWA 4L8RB 1L3VA 4B9TA 4I9QA 1ASUA 3LP2A 1JKHA 1VSFA 5HP1A 1NJWA 3PO4A 3QERA 3OYGA 4DSEA 1BIZA 2XY6A 3KLFA 3SQ4A 1BCOA 3L2QA 4B9MA 4G1QA 4CFBA 1YTAA 1B9DA 1EETA 3WNEA 4B08A 5HRNA 3QNNA 3PX6A 4H8KA 3V4IA 2JGUA 3V6DA 5JS1A 4DFJA 3MAQA 4CJQA 2W42A 3SUOA 4F2SA 3TABA 3S3MA 1RTJA 4OKEA 1IO2A 2FBTA 4Z4GA 5D3GA 4FZZA 4J2EA 4ZTFA 3P83D 3AVMA 4CJSA 4KAZA 2HHTA 4AHUA 1KFSA 4CEOA 3O3HA 3RMBA 3TANA 5HBMA 2FBXA 2ZQBA 3OS2A 4RG8A 1HYSA 3WNHA 2YHAA 4CEDA 2XY7A 3ZT3A 3OYJA 3TAEA 2KW4A 2Z1IA 2X6SA 4DSIA 3NF7A 5J2PA 3KIOA 3G10A 4IG0A 4PUOA 2E4LA 3K58A 4DFKA 3QINA 1T7PA 4FVMA 4CIFA 4FK2A 4KRFA 4CF0A 3SYZA 1KRPA 4O5BA 3ZSRA 1Q8IA 2GV9A 2D5RA 4ID5A 4KTZA 2IS3A 2DTUA 2OPPA 3HSTB 1VSHA 4N76A 3DI6A 4Z4EA 4Q0BA 3DRRA 1WSHA 3M8PA 2ZE2A 2KZMA 3UIQA 4DF8A 2E6LA 4N5SA 4KI6A 3IRXA 4DQRA 2Z1JA 1IH7A 4FJHA 4DTRA 1RDBA 4K8ZA 4QCLA 3DLBA 1SKWA 2B6AA 3BGRA 3VQQA 1LWFA 2O4GA 3KKSA 3NGYA 1QHTA 1CLQA 4OGEA 5EU7A 4AHSA 1UWBA 4E7KA 4CGIA 2Y1JA 2D0AA 1XWLA 3C95A 5KTQA 3MEEA 3ZSVA 3ZSXA 2XY8A 3RMDA 4HCBA 4CF2A 2DY4A 1XHZA 2OZSA 3VQBA 1TK0A 1NK0A 1RDDA 2B5JA 1LV5A 2G8KA 1WAJA 1IKYA 1S1TA 3NH2A 1BISA 2RPIA 5FROA 4KPYA 5FRMA 5FRNA 3AO4A 3QIPA 4LSNA 3V9ZA 1XC9A 4JRQA 4F3OA 1A5XA 1ASVA 3AVBA 1TKXA 4FLVA 3ZSWA 2HVHA 1VSJA 3PY8A 1I3AA 2OPSA 3I0RA 4KHUA 4O0JA 2WONA 1NK7A 3RRGA 1VRTA 3VA0A 5HLFA 3L2VA 4EZ6A 1K6YA 3KD5E 4CJEA 3ITHA 4C8MA 1TGOA 1R0AA 1L3UA 3IAYA 1RT4A 1RCHA 2P51A 2QXFA 4DQSA 4KHSA 2LSNA 4BDYA 3RR7A 4DFMA 4HUEA 1N5YA 4DLEA 4FJIA 1BI4B 3AVLA 3CM6A 3PUFA 4AHTA 3QEVA 3C6TA 3V81A 4FZXC 2Q3SA 4DMNA 4CJLA 1MU2A 3M8QA 4CJRA 2RF2A 2G8WA 1LAVA 1HRHA 3HM9A 1X9MA 1GOBA 1WSFA 3HYFA 4FLUA 1RT6A 4IG3A 4FW1A 4E19A 1WNSA 4DS4A 4ELUA 3V9SA 3QEXA 1G15A 4Q5VA 3EYZA 5CY4A 1T03A 4DQQA 3LP0A 4CHZA 4FJJA 4FYDA 4CEAA 3NHGA 4DS5A 4BE0A 4DSFA 1SKRA 3NH0A 1WSIA 3HP9A 1KVAA 3MECA 1JLGA 1UOCA 3AVGA 3L3VA 4FJ5A 4OLBA 2G8UA 4Y1CA 4CEFA 4B9UA 3NBPA 4M3WA 3NF8A 2R7YA 1C6VA 3EZ5A 3S9HA 1RTDA 1D8YA 1JLAA 1RBTA 4B8AB 2XY5A 4E7LA 5HRRA 4FM0A 5HROA 3WNGA 1FXXA 1SV5A 4JS5A 5J2NA 2D0CA 1HNIA 3VQ4A 3F73A 1KLNA 1CZ9A 4O4GA 3RRHA 4OGCA 1RTIA 1GOAA 4CF8A 1TAQA 4E1NA 1QSLA 2BDPA 4DU3A 3LAKA 3OVNA 3NGZA 3OYFA 1HQEA 3KLHA 4CGFA 3RR8A 3S3NA 3BDPA 1S6QA 4DTPA 4CEQA 2YKNA 3IS9A 1S9EA 4B9NA 1ZBIA 1RILA 3OJUA 2I5JA 1RDAA 1B9FA 4CJWA 3AVHA 4KFBA 3V1RA 4CERA 1JL1A 4DTSA 3OYMA 3ISNC 1NK5A 1J53A 1W0HA 4Z4FA 2HHSA 1C0TA 3TR8A 3O4QA 3THVA 4KO0A 5C25A 2OPQA 4LH5A 2GBZA 3LAMA 4Z4IA 4FZYA 4DSKA 5I42A 1FKPA 2P1JA 4DQPA 2EX3A 2NUBA 4TSXA 3NH1A 2P5OA 3L2UA 3SV3A 3O4NA 1TKDA 3SNNA 4EZ9A 4RW4A 3HK2A 2YHBA 2HHQA 4CJFA 1TAUA 1EP4A 4OKKA 1ZBLA 3ZSQA 4NCBA 3TARA 1LAWA 1T05A 4M41A 4CJ5A 2PYLA 3ZT2A 2YNHA 3SUPA 1HNVA 4CESA 2Z1GA 1VSMA 2PY5A 3SUNA 3C94A 2VWJA 3K2PA 1B92A 3AVKA 2B4JA 4QAGA 1TL3A 3O3GA 3V9XA 4C8LA 3HVTA 3KLGA 1XHXA 2VWKA 1LWCA 3KKRA 2RKIA 3ZSZA 4I2PA 3ZCMA 1LW2A 4MQ3A 3VQ7A 3DLHA 3HPGA 1HPZA 3ZT0A 3AA2A 3CFRA 4M3YA 3SUQA 2ETJA 3KK1A 4IDKA 4IKFA 1FK9A 4I7FA 1QSSA 4F2RA 1QQCA 1RBVA 1S9GA 2YV0X 4FJXA 3ZT1A 1TK8A 4HTUA 3DM2A 4J2BA 4K8XA 2JLEA 3T19A 3M8RA 3HJFA 3DRSA 4PWDA 4H4MA 1QE1A 3HT3A 4KHYA 1RT2A 3SPZA 3VQ9A 4M42A 4N56A 3OYKA 1L3SA 3AO1A 4DTMA 4GVMA 5CYQA 3OYIA 2HHXA 4RW6A 5KRTA 3DMJA 4CGDA 3QLHA 4HHTA 4KB0A 1F21A 2HNZA 1SL1A 3TWHA 1VSKA 5FDLA 1BL3A 4I9LA 4DTUA 1J9AA 2IGIA 3QNOA 4B9SA 3K5MA 3DOKA 4FJNA 3P5JA 3OYAA 4DF4A 4KHNA 2OZMA 2ITGA 5J2MA 1SL0A 2KFNA 3PV8A 2PYJA 1VSLA 2VG7A 4O0IA 1BCMA 1C1BA 4M3ZA 2OA8A 5SZTA 3KLIA 1UA0A 3IG1A 1HYZA 3VQ6A 4DLGA 3DLEA 1U04A 3NCIA 4CK1A 4DU4A 4FCYA 1U4BA 1D5AA 4M3RA 4J2DA 1DTQA 1EX4A 1WSJA 1RTHA 3OS0A 3K5LA 3U6FA 4PQUA 1S5JA 2HB5A 3HPOA 2G8IA 4OPKA 4AH9A 3AVNA 1X9SA 3U3YA 4AILC 3MEDA 1BIUA 3I8DA 4DTNA 4CF1A 1EKEA 3EY1A 3K5NA 4ELTA 3OJSA 1S6PA 2Z1HA 3SJJA 3DLKA 1TK5A 3SQ0A 1A5WA 3AA3A 4O55A 4UQGA 2QK9A 2HHUA 3OYLA 4KTQA 1NK9A 1HQUA 3AA4A 4CHQA 1RT5A 1RBUA 4DG1A 1BQNA 3KJVA 4E0DA 1S1WA 3QIOA 1CZBA 1RBSA 3V1QA 1I39A 3QEPA 3CM5A 1NKCA 3VQ8A 4JRPA 4KREA 4C8NA 1NJXA 1IKXA 3V1OA 4IBNA 3VQ5A 1J54A 3MEGA 3AO2A 5KI6A 1ZBHA 4GW6A 4Z4CA 3VQPA 4CIGA 1VSDA 3AO5A 4KTWA 1LWEA 3LALA 4CFAA 4CJUA 4E3SA 1NK6A 3QEIA 4KHWA 2XRIA 3ASMA 1A5VA 3O3FA 1C1AA 4LSLA 5KGWA 1DLOA 3SPYA 1U47A 3G0ZA 2QKBA 4J2AA 1CXQA 1Z25A 4FLXA 1TVRA 4PA1A 4JS4A 2OYQA 4BDZA 1NJYA 5JS2A 1KVBA 2FBVA 4B9LA 4NYNA 4HCCA 4F3TA 1JLCA 1HYVA 4M3UA 1ZBFA 4CK3A 3V9UA 1S1VA 3TAMA 2KTQA 4BACA 3U3GA 3JYTA 2HVIA 4W5QA 4CGGA 4FK4A 1HJRA 1JLBA 1IKVA 3KK3A 5I3UA 3NF9A 3P1GA 3KD1E 3E01A 4CK2A 1BQMA 5C24A 1YTUA 4FJ7A 2KFZA 5J1EA 1NOYA 3NE6A 2F8SA 1WAFA 3KTQA 2HHVA 1EXQA 1VK0A 2IC3A 1KVCA 4FJGA 4Z0UA 3HVRA 3K5OA 3PO5A 1UA1A 1RBRA 1RT3A 2X6NA 3SQ1A 4RW7A 2X78A 3L2RA 1IG9A 5DK5A 4FJLA 4KKOA 4FJ9A 1IKWA 4DTXA 2DFHA 2O4IA 3SV4A 5CZ1A 1ZBUA 3DOLA 1NK8A 4NCGA 3A2FA 4R5PA 3FFIA 2HNDA 1KCFA 3ZSOA 3TAPA 2IOCA 2ZD1A 3TAQA 5E41A 3CFPA 4GMJB 3B6OA 2YKMA 3NDKA 1NJZA 4DSLA 2BE2A 2BANA 3RWUA 3PX4A 3NF6A 4HUFA 4B8CA 1T8EA 4M3XA 2A1SA 3ZT4A 2IDOA 4CGHA 1NKEA 3S3OA 4NYFA 2G8VA 3L8BA 4CJ4A 3CQ8A 3AO3A 3RTVA 1HMVA 4C8KA 2AJQA 1W9HA 4CIEA 4DSJA 3QESA 1QTMA 3LPTA 1NOZA 4CJKA 4FK0A 2HNYA 3OYBA 2E6MA 3RMAA 3OYCA 1JXEA 3HXMA 4LD0A 3D0PA 4B3OA 3AVCA 3OYNA 4EP4A 3LP3A 3OY9A 1NK4A 1N6QA 1JLQA 4FM2A 1WN7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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5LJVA 3THYB 4CEZA 4BREA 2QWOA 2H3GX 4H0PA 1NJWA 4JEPA 3QERA 4DSEA 1NLVA 5M1PA 4H5VA 4NLCA 4G1QA 1B9DA 3WNEA 1HLUA 5BR9A 2D0PA 3L0QA 2CGKA 3MAQA 2W42A 2E32A 4A2BA 4F2SA 3TABA 1RTJA 4OKEA 3J7ZO 4FZZA 2NZTA 4ZTFA 2YI1A 4KAZA 3M1FA 3C7NA 5HBMA 2ZQBA 4IOXA 3EKSA 1VQ6N 4X64K 2X6SA 3KIOA 1VQMN 4PUOA 4JKEA 3K58A 4DFKA 3QINA 4FVMA 4CIFA 4BR9A 4XH1A 1KRPA 2W40A 3CJ9A 3TSQA 4ID5A 5LMUK 4KTZA 2IS3A 4CZHA 2ASMA 3DRRA 5KPZA 4KH4A 4KI6A 3IRXA 2YJEA 5AQUA 4B1XB 3C6HA 3MWTA 1T6DA 1VQ5N 4BRKA 1LWFA 2JWLA 5MLCQ 2FLOA 5EU7A 1UWBA 4CGIA 1ZC6A 2D0AA 5AZJA 5KTQA 3WQUA 1GLBG 2XY8A 5M1FA 4NLBA 2DY4A 5DM7L 3VQBA 1XHZA 4F9OA 2B5JA 2G8KA 3L4IA 1IKYA 3O9UA 3VGLA 1BISA 4KPYA 3RVCA 3LDOA 3QIPA 3V9ZA 5C2DA 5BPMA 3AVBA 4CI6A 1I3AA 1NU0A 2WONA 3RRGA 5JMVA 3VA0A 3R9PA 3UE5A 2A3ZA 2LSNA 3U9DA 3SJHA 1YXQA 1N5YA 4DLEA 3PUFA 3C6TA 1MU2A 1HRHA 1WSFA 2FF3B 2FSNA 5JLHA 4FW1A 4E19A 1WNSA 4B3SK 1NGEA 3EYZA 1VQ7N 3G71N 4BE0A 5BRFA 4DSFA 1SKRA 3HP9A 4IJNA 1JLGA 1UOCA 2P9UA 4Y1CA 1FZ2E 3NF8A 3EZ5A 1D8YA 4AKGA 1JLAA 4E7LA 4FM0A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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