3KD5E

Closed ternary complex of an rb69 gp43 fingers domain mutant complexed with an acyclic gmp terminated primer template pair and phosphonoformic acid.
Total Genus 296
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
296
sequence length
905
structure length
905
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIDVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKWVSQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQMALKVTCNSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDFSA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transferase/dna
molecule keywords DNA (5'-D(*CP*GP*TP*CP*TP*TP*AP*TP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*CP*GP*C
publication title Phosphonoformic acid inhibits viral replication by trapping the closed form of the DNA polymerase.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 296
structure length 905
sequence length 905
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-10-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
E PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
E PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3kd5E05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3kd5E01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3kd5E02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3kd5E06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3kd5E03
3CM5A 4M41A 3T1AA 1NKCA 4I2QA 1CZBA 5FRNA 4FJKA 3KD5E 1XWLA 3AVHA 1NKEA 2HHSA 1T8EA 1HRHA 3PY8A 2PYJA 3TI0A 4IFYA 1DLOA 2HNZA 4AH9A 3V9ZA 4C8MA 1FK9A 1C1BA 1WSFA 5KTQA 5HLFA 4FJ9A 3CG7A 2HHTA 2AJQA 2OPQA 4IFVA 3HP9A 4DTXA 3O3GA 4CESA 4F4KA 3M8SA 4OVLA 2P1JA 1IH7A 3BGRA 3K58A 4B3OA 1VK0A 4OGEA 4UQGA 4OLBA 4CGIA 4B9VA 1JLAA 4DLGA 1A5VA 1BQMA 3MEDA 3OS2A 5CYQA 1ZBHA 3OY9A 3CQ8A 4BE0A 3TANA 3TAEA 3DLGA 3THVA 3AVFA 4W5TA 3HPGA 5K14A 1FKPA 2D5RA 1KVBA 3V1RA 2IGIA 3AV9A 1WAFA 4W5OA 2OZSA 1JLQA 3I0SA 3KKSA 2IDOA 3L3VA 1SKRA 4CFBA 1RTDA 3QEWA 4KTQA 4CEBA 5HRRA 3MAQA 4PQUA 3EY1A 3RTVA 4CJRA 1FKOA 4HUGA 3DLHA 2IS3A 2VG5A 3LZIA 3KD1E 1SL1A 4DU3A 3DMJA 1LW2A 4FVMA 3OYMA 1NK9A 2VG7A 1HQUA 2KFZA 4IG0A 1G15A 1U48A 4E19A 3MXJA 2D0AA 1JLBA 3K5OA 1YVUA 4JS4A 3TARA 3D45A 2HHWA 1VSMA 4CEZA 3LDSA 3OYBA 2VWJA 4DF4A 3QINA 4LH4A 3P1GA 4CJ3A 1HNVA 2YHAA 3ISNC 3NH2A 3OYGA 5J2MA 4QCLA 3SQ1A 3NCIA 4ICLA 1RDBA 1QSSA 3ZCMA 3U3YA 3L2UA 1RCHA 3FFIA 4NYNA 3AVMA 4JRPA 3NDKA 2Z1JA 3HM9A 2G8VA 5HROA 3HPOA 2NUBA 2Z1IA 3AVAA 4BWJA 4BE1A 4OGCA 1D9FA 3KTQA 2Y1JA 4DFPA 1XI1A 3KLGA 3SNNA 1CZ9A 3AVLA 3ASMA 3H08A 3V6DA 1C0MA 2RN2A 4EP4A 3NHGA 4Z4CA 3JSMA 2ETJA 3VQ9A 1NK0A 4M45A 4FJGA 2PZSA 4ID5A 1LW0A 1KVCA 3LPUA 4B9LA 1X9MA 4CEFA 4KRFA 3ZSQA 1QQCA 3ALYA 3NGYA 1GOBA 2GUIA 4CIGA 1ZBLA 1ASUA 2F8SA 3TAGA 3TR8A 3LP3A 1RTJA 1CXQA 4DF8A 4C8OA 4FK2A 3VQPA 1SV5A 4OKEA 2VWKA 1HYSA 3T3FA 4RW4A 3OYJA 4CEOA 4N41A 3DLEA 3ZSRA 4Q5VA 1T7PA 4NCBA 5HRPA 4HUFA 1BHLA 1JLFA 1VRTA 4DMNA 1IKXA 4ELTA 4DQSA 4M3XA 4F8RA 3SYZA 3OYDA 3QEXA 4LD0A 2ZE2A 4F2RA 1JLGA 1NJYA 4QAGA 3KK2A 3NF8A 1RBTA 2WONA 1RT7A 3PX0A 1QSYA 3ZT3A 3AVBA 4RW8A 3ZT1A 1A5XA 4CK1A 2I5JA 4KREA 1KFSA 4CJ4A 1I39A 4CIEA 4M3YA 2P5OA 1VSFA 4CK2A 1TKTA 4RW6A 3NAEA 1KTQA 4DQIA 1NJXA 3O4QA 3QNOA 1TKXA 2YHBA 2RF2A 1J53A 4KFBA 3TWHA 4C8KA 4DFJA 1TKDA 4FK0A 4K8XA 3OJSA 1GOCA 4DWIA 3LAMA 2HHQA 4IG3A 1FXXA 1EETA 2QKBA 4FJ7A 4O0JA 4RW7A 3V81A 4FK4A 2YNIA 4E1MA 1QTMA 2HNYA 3LWMA 3O3HA 1LAVA 3L2QA 3LP0A 5D3GA 3AVIA 3F73A 2YNFA 3LZJA 4QOZB 5HRSA 2QKKA 4DFMA 1BQNA 1IKWA 4CJUA 4NCAA 4DSLA 1ZBUA 4CJVA 4E7HA 3RRGA 1LWEA 4KTZA 5HP1A 1LWCA 4CEDA 2X74A 3AVJA 5CYMA 3HYFA 4E7KA 1SUQA 2WOMA 3QESA 1RDCA 5E41A 4CGGA 5I42A 1NK8A 1L3VA 3DYAA 1QSLA 4O0IA 4CHZA 3OYEA 3HPHA 4LH5A 4CF2A 4LSNA 4FLUA 4KO0A 5SZTA 4FLZA 4DTNA 3DLRA 4KV8A 4FZZA 3RMDA 3ZSWA 4CF8A 3K5MA 3DLKA 4KHWA 4E7IA 2X6NA 1KVAA 3NGZA 2LSNA 4J2AA 3A2FA 4CERA 2KQ2A 3L2WA 1CXUA 4M3WA 1SL2A 1KCFA 2DFEA 4DS5A 1TK5A 1B92A 3VN5A 2G8FA 3AVCA 4FJXA 3IRXA 4BDYA 2G8KA 1BIZA 1HMVA 3RRHA 5J2NA 1A5WA 1BISA 3AA2A 3MECA 4B08A 3RMBA 2Z1GA 3CM6A 3SPYA 5FROA 1SKSA 1T03A 2O4IA 3T19A 3V9SA 4KTWA 1TKZA 3PX6A 4OJRA 1ITGA 3CYMA 4J2BA 2PY5A 3RR7A 1WN7A 4DQQA 1VSEA 1JXBA 4FW1A 2OPRA 3PUFA 1TAQA 1NK5A 1HNIA 4BWMA 1W9HA 4FYDA 2B6AA 3PV8A 3U3GA 4GVMA 3OYFA 4G1QA 3HK2A 3NE6A 5JS1A 4DSKA 4CIFA 4AHSA 1Q8IA 3M8PA 1DTTA 4FLVA 3HJFA 1VSLA 3KIOA 3VA0A 1EX4A 1ZBIA 3C94A 3SI6A 4DLEA 2XY6A 1Y97A 4CGFA 4OPKA 2EHGA 4W5NA 3L2RA 1IKVA 2XY5A 4CJEA 1RBRA 3ZT4A 4KHQA 3F9KA 1RBUA 4ID1A 4OKJA 4CF9A 1S1WA 3K5NA 2YV0X 4KHYA 4Z4EA 3VQBA 3AO5A 3HT3A 3BDPA 1QE1A 1TAUA 1B9FA 4DTUA 5KGWA 3NH1A 5DMRA 4N76A 4N56A 3KJVA 4FJ8A 2HHUA 4E3SA 3I8DA 1D8YA 4I9LA 4FJMA 1JL1A 4CHYA 1U4BA 2Z1HA 3AVKA 2G8IA 1C1AA 4KB1A 5EU7A 3C95A 2IAJA 4FJHA 4CGJA 2XO7A 4ZTFA 2QXFA 3QLHA 2XHBA 1VSDA 4B9MA 4FM1A 3QIOA 5HBMA 4KI6A 5FDLA 1TVRA 4B9NA 5C25A 2KZMA 2VG6A 1TL1A 4R5PA 1VSJA 4C8NA 3M8RA 3HL8A 1B9DA 1BIUA 3DI6A 4I7FA 2HW3A 4KB0A 1REVA 2HVHA 5J2PA 4Y1DA 4HCCA 2FBTA 3ZSOA 2D0CA 1F21A 5DK5A 4E1NA 1WSJA 4B8CA 1JL2A 3DM2A 1U49A 4CE9A 4DSFA 1ASWA 3QO9A 4ZHRA 3KLHA 1HYVA 4OLAA 3QEVA 1BCMA 2OPPA 3I0RA 3S3OA 2P51A 3VQ7A 2G8UA 3SV4A 4FJJA 4GMJB 5I3UA 2G8WA 4E0DA 3LANA 3NFAA 3LALA 3TAMA 1KSPA 4JLHA 2O4GA 4PUOA 4PWDA 2HB5A 1VRUA 2A1SA 4DTPA 4XIUA 3IAYA 3OYNA 1X1PA 3V9WA 4CGHA 3SV3A 1C1CA 1XHZA 1UWBA 4C8LA 2DY4A 2BANA 3LPTA 5J1EA 2OPSA 4I2PA 1X9SA 1S9EA 1W0HA 3QEIA 1ZYQA 1RTHA 4FLXA 5C24A 4CJFA 4KHNA 1S1VA 3RR8A 3SJJA 2Y1IA 3VQQA 3MXIA 2FC0A 3WNEA 3KK1A 2HHVA 4FM0A 1SL0A 1RT4A 3QETA 4RW9A 4CECA 4F3TA 2HVIA 1KLMA 1QS4A 2YKMA 3ZSXA 4KAZA 5JS2A 1HQEA 3DOLA 5HRNA 3TAFA 3EZ5A 1L5UA 2HMIA 4CFCA 1RT3A 3PO4A 1Q9XA 1BCOA 2ITGA 4AHUA 3NBPA 4DTJA 4KI4A 1JXEA 1WSIA 4HTUA 3D0PA 4DS4A 2OA8A 1S1UA 3SUNA 1WNSA 1VSIA 2B4JA 4TSXA 3WNHA 3LWLA 3VQEA 4J2DA 1N6QA 1WSEA 4O4GA 4E89A 3O4NA 4DU4A 3AO3A 4DSEA 4RG8A 4CK3A 3ZT0A 4CJQA 2XY7A 1RDDA 4PA1A 1U47A 4KKOA 3PX4A 3S9HA 1LWFA 3DRSA 4CJSA 1J5OA 3CFRA 3ZSYA 4H4MA 4FM2A 3U6FA 3S3NA 4AHTA 2P5GA 4DSIA 4FLTA 4O44A 3B6OA 4M3TA 4HHTA 1UA1A 4M3UA 1TL3A 2FBVA 2JLEA 4FW2A 4YNQA 3SQ0A 4DG1A 1KRPA 1VSKA 5SWMA 2FBXA 1WSGA 3V4IA 4DU1A 4J2EA 3NF6A 1EKEA 3LP1A 1HYZA 1S1XA 4BACA 4NYFA 3QNNA 2FBYA 1O1WA 4M3RA 3AO2A 3EYZA 3S3MA 2X78A 1WLJA 3KLFA 4CJ5A 2Q3SA 3LP2A 1U45A 2ZD1A 1D5AA 1ASVA 1UAXA 3RWUA 2X6SA 3VQAA 3HXMA 3L2VA 4E7LA 4B9SA 4GW6A 1JLCA 1IKYA 1NK6A 4B8AB 4BE2A 1S1TA 3ZSVA 4Z4FA 4DTSA 1IG9A 1S9GA 3HP6A 1N5YA 4O5BA 1R0AA 4M3ZA 1BGXT 5KRTA 1RILA 3ITHA 3V9XA 1RT5A 4FJ5A 3JYTA 1L3SA 2PYLA 3RMAA 3VQDA 4IKFA 4CFDA 2OYQA 3ZT2A 2ATQA 4BDZA 1WSHA 3TAPA 1HPZA 4PY5A 4CHPA 4DTMA 4OPJA 4AHVA 1IO2A 1GOAA 1RBVA 4JRQA 4CF1A 3DLBA 1SKWA 4HCBA 1KLNA 1JLEA 3DOKA 1L3UA 4CCHA 5T7BA 1K6YA 1LAWA 1TK0A 3QEPA 1XHXA 3NF9A 3MEGA 1T05A 5CZ1A 4E7JA 3B6PA 4FJNA 3OVNA 5KI6A 1VSHA 3KLIA 4KHSA 3V9UA 2E6LA 3K57A 4CJLA 3OS1A 2BGGA 2KFNA 3KLEA 4ZTJA 3SZ2A 4DFKA 3KKRA 4H4OA 4W5QA 4IDKA 3HSTB 4JS5A 4F3OA 3NH0A 4ELUA 3SUQA 4DQRA 1YTUA 3SQ2A 4BDPA 4B9UA 3SCXA 4FJLA 3QIPA 4O55A 3PO5A 4FXDA 2E6MA 4DTOA 1BI4B 2E4LA 2YNHA 4OKKA 5J2QA 4Z0UA 1JKHA 2IOCA 3OYKA 1HJRA 3ULDA 4MFBA 3OS0A 4IBNA 3CFPA 3HO1A 3AVGA 3E01A 3OJUA 4LY7A 1Q9YA 2DFHA 3VA3A 3AO4A 4CHQA 4CJWA 2OZMA 4FJIA 1RDAA 3L3UA 4DTRA 1RT1A 2D0BA 1Z26A 2ZQBA 3AA3A 4AHRA 3AA4A 4CEEA 3SUPA 3WNGA 4N5SA 2JGUA 4B9TA 3IG1A 1X9WA 5CZ2A 3NF7A 3SPZA 3NGIA 4I9QA 4K8ZA 4W5RA 3AVNA 2HNDA 1YTAA 4Z4HA 3G10A 3O3FA 1XC9A 3OYLA 3OYHA 1J54A 4Q0BA 1UOCA 2XRIA 3C6UA 3DRRA 4FLWA 1EP4A 1NKBA 3L8BA 4HUEA 2GV9A 1ZBFA 2KTQA 4KHUA 2BE2A 1RNHA 2RKIA 4N47A 4FCYA 2IC3A 1BI4A 4L8RB 3IS9A 2F8TA 4Z4GA 2B5JA 3VQCA 2KZZA 3K2PA 4CEQA 3HVRA 1NOZA 3TABA 2YNGA 3AO1A 4EP5A 3OYAA 1NJWA 4EZ6A 4FZYA 4NCGA 4CFAA 3V1QA 1Z25A 1NK7A 1TV6A 1LV5A 4ELVA 3QERA 3SQ4A 1NOYA 3KK3A 3CFOA 4FLYA 5CY4A 3ZSZA 1D9DA 2KW4A 3K5LA 2W42A 4WE1A 1NK4A 2R7YA 1NJZA 4AILC 1S6PA 2XY8A 3VQ5A 1TGOA 3K59A 3LAKA 1MU2A 4KPYA 3DRPA 3OYIA 1I3AA 2GBZA 4AHCA 1S6QA 3HVTA 3UIQA 4CJTA 3RMCA 3AA5X 4Z4IA 4CJPA 4CGDA 2YKNA 4LSLA 2A1RA 3WNFA 4CHNA 1CLQA 3P83D 3VQ6A 3VQ8A 1L3TA 4HVJA 1EXQA 5C42A 1BL3A 1RTIA 2RPIA 3V1OA 4CF0A 4CHOA 4CJKA 1C0UA 1RT6A 4YFUA 1RBSA 1U04A 4MQ3A 2BDPA 5KRSA 3SUOA 1YT3A 4Y1CA 4DQPA 3OYCA 4EZ9A 2DTUA 1KFDA 1C0TA 4CEAA 2EX3A 2F96A 1RT2A 3MXMA 2DFFA 4M42A 5FRMA 1C6VA 2HHXA 3G0ZA 4F2SA 4FZXC 1S5JA 2G8HA 3VQ4A 1QHTA 3P5JA 4H8KA 1TK8A 3M8QA 3TAQA 2QK9A 1WAJA 3MEEA 4DSJA 3C6TA 1J9AA 1UA0A 1DTQA 5KGXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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1GOCA 1FXXA 2P9KA 2HNYA 3LWMA 1LAVA 3BF3A 3L2QA 3LP0A 3LZJA 4NCAA 4DSLA 4CJVA 5IZ7A 1LWEA 4KAZA 3AAQA 4AKIA 3SMPA 3DYAA 1QSLA 2UU9K 4O0IA 3OYEA 3HPHA 3D6RA 2E32A 4FLUA 4KO0A 5SZTA 4E7IA 3K5MA 4KHWA 4GKKK 1XVGE 3A2FA 3L2WA 4M3WA 5GAGP 4DS5A 3AVCA 3RRHA 1A5WA 1H1VA 3GE1A 3CM6A 5FROA 3SPYA 1SKSA 3FZFA 3T19A 5JLHA 4JHDA 3LD8A 2Q1NA 1NNEA 3CYMA 3FZHA 3IKMA 4FYDA 3U3GA 5IWAK 1FJGK 1XMOK 5JS1A 4AHSA 4JYAK 4FLVA 1VSLA 3VA0A 3P31A 1ZBIA 3C94A 4DLEA 1TUUA 3OW2M 1IBLK 3L2RA 4KHQA 3HGLA 1RBUA 3F9KA 1S1WA 3QFUA 3U9ZA 2P9PB 5M1PA 4RCHA 5F0XA 5DMRA 4K0KK 4N56A 4E3SA 1D8YA 4FJMA 1JL1A 1HPMA 4KB1A 4CGJA 2IAJA 5JICA 2XO7A 4FM1A 3QIOA 4BVPA 3MN7A 1TVRA 3L2OB 5C25A 1QVFM 3HL8A 1BIUA 4I7FA 1XMFE 2HVHA 4HCCA 2D0CA 4E1NA 1OVQA 4YOTA 3CCJN 5AQLA 3DM2A 3MN6A 4CE9A 3TJYA 3MWPA 2OPPA 2P1QB 3WXIA 4GMJB 5I3UA 3BY5A 2G8WA 4E0DA 5AQHA 4FWNA 4AM7A 1KSPA 4JLHA 3L0QA 4PUOA 4PWDA 1C0FA 4XIUA 3SV3A 1UWBA 2OPSA 4I2PA 4CZJA 3DAWA 4NLBA 3DXKA 2BTFA 5JVGL 2QEXN 4EAHD 4KHNA 3SJJA 3B8AX 3VQQA 3T1YK 3SLCA 3MXIA 3KK1A 4FM0A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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