3NE6A

Rb69 dna polymerase (s565g/y567a) ternary complex with dctp opposite dg
Total Genus 322
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
322
sequence length
903
structure length
903
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Variation in Mutation Rates Caused by RB69pol Fidelity Mutants Can Be Rationalized on the Basis of Their Kinetic Behavior and Crystal Structures.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule keywords DNA polymerase
total genus 322
structure length 903
sequence length 903
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-06-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3ne6A05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3ne6A01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3ne6A02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3ne6A06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3ne6A03
4ZTJA 4KHWA 1NJXA 1L3VA 4AH9A 1KLNA 1EX4A 4DU4A 4OPKA 4PUOA 3PO4A 1VRUA 3RR7A 4E7JA 3NH0A 3PO5A 1TV6A 1RDBA 4FK2A 3OYJA 4J2EA 3HL8A 3OVNA 3WNFA 1U47A 1X9WA 1WSJA 5JS2A 3VQBA 3ZSWA 3V9UA 2G8FA 4CK1A 4JRPA 4DQIA 3LDSA 1S1TA 4CJKA 4Z4EA 1LWCA 4FW2A 4CK3A 2XHBA 4PA1A 3OYAA 4CESA 2AJQA 1UOCA 1RDCA 3U3GA 4UQGA 4E19A 3QEWA 1TAQA 4CJ4A 1YTUA 3V9XA 4KFBA 2FBYA 1TK8A 3V1OA 4AHUA 4DWIA 4F2RA 2F8TA 4BWMA 2DFHA 3SUPA 1SKSA 4OGCA 3TAMA 3A2FA 1QE1A 3BGRA 1RT1A 4LH4A 1T8EA 1A5WA 4EZ9A 4DTJA 1J5OA 2FC0A 1RT5A 2A1RA 1BIUA 1LAWA 4FJIA 1S1UA 3SPYA 4DFPA 3PV8A 5E41A 1TK0A 1REVA 3L2QA 4FJ8A 4DQPA 1VSIA 3I0RA 4FVMA 3L2WA 1U4BA 3IS9A 2B4JA 1HYZA 4LSNA 4M3ZA 3SI6A 3QEXA 4CERA 3LP1A 1TKDA 3AO1A 5C25A 3HPGA 3VQ7A 1VSLA 3KLGA 1QSYA 3RMBA 4CJVA 3RMAA 3JYTA 3OYGA 2KTQA 4N76A 4B9TA 3D45A 3ZSOA 3V9ZA 4B3OA 4DSKA 3VQ5A 4B9NA 4OGEA 3KK2A 4JRQA 4CHYA 5JS1A 4DU3A 1ZBFA 2E4LA 1TL3A 3AVFA 1BL3A 1EXQA 3I8DA 1RBUA 1S9EA 3CQ8A 1NOZA 1KVBA 2GUIA 2IS3A 1HQEA 3DRSA 1EETA 4QAGA 2ZD1A 3LAKA 4B9VA 4KB1A 4CGHA 2EX3A 1N6QA 4FJKA 1Q9YA 4DLGA 1VK0A 4H4OA 4ZHRA 3V6DA 1SKRA 1D8YA 4J2AA 1W0HA 4Y1DA 1D9DA 3TI0A 4IBNA 3AV9A 3AVJA 1WSEA 3U3YA 1FK9A 4RW6A 4FLUA 3AVGA 4CFBA 3AVNA 4CFDA 4CF9A 1IKXA 1IO2A 3AA4A 4DS5A 2PZSA 4CEDA 2YNGA 4J2BA 1U48A 3P83D 3JSMA 1KVCA 4E3SA 3K5LA 4BACA 4DU1A 3V1RA 1BCOA 2HHTA 2JGUA 2XRIA 4H8KA 3E01A 3K5NA 3SPZA 1BGXT 1UAXA 4DFJA 1LAVA 1ITGA 3HO1A 4DTNA 2OZMA 1BI4A 1J53A 3H08A 3NF6A 2HW3A 1VSJA 1IKYA 5KRTA 1QS4A 2ETJA 1NK5A 1NKBA 2YKMA 4RW4A 1B9DA 1S6QA 4DTMA 1D5AA 2OPPA 5HROA 4IDKA 3WNHA 4YFUA 1RBRA 1NK0A 1QTMA 2IDOA 3L3UA 3HXMA 3P5JA 1SKWA 4CJRA 1A5XA 1NK4A 4KHQA 3CG7A 3ZT3A 4FJ5A 2XY5A 3K57A 3DLEA 3V81A 4B08A 4CJLA 4Z4GA 4JS5A 1EKEA 3MXIA 1VSFA 1NK8A 3C94A 3LWMA 5J1EA 4MQ3A 4E7IA 3ZT0A 2E6MA 4CIGA 4M3RA 1C1CA 1S1XA 1WLJA 1O1WA 3LZIA 4CECA 2W42A 3RWUA 1FKOA 4HUFA 3LP2A 3HP6A 2XO7A 4LD0A 5KRSA 4KV8A 1IKVA 5CYMA 3EYZA 4BE2A 3DOLA 3KK3A 2HHQA 2D0BA 1C1AA 2OYQA 3T1AA 3DLRA 1NJZA 3NCIA 3TAEA 1VSEA 2QXFA 4O55A 3QIOA 4CEBA 1SV5A 1X1PA 3C6TA 3VQ9A 4CEAA 1HNVA 2B5JA 3K2PA 4CJSA 4E7KA 3DI6A 1KSPA 3OYDA 4CEOA 3HT3A 2PYLA 4F4KA 1LV5A 4C8MA 1XHXA 4DFMA 1J9AA 2F96A 1X9MA 2HVIA 4PQUA 1NOYA 1VSHA 5HLFA 1Z26A 3ZSYA 4FW1A 4CEEA 4O0IA 4HUGA 1SUQA 4Z0UA 4HVJA 1I3AA 3KLHA 2Z1HA 1DTQA 4CCHA 3RMDA 3IG1A 3MEEA 4FJ7A 4DQSA 3HJFA 4CJPA 3SYZA 1QQCA 4DQRA 1F21A 4KRFA 4C8OA 5DMRA 4Q5VA 3D0PA 3KLFA 2YKNA 3CYMA 5C42A 1RDAA 1BHLA 3OYBA 1FXXA 1RTHA 2HVHA 1G15A 3OYEA 1W9HA 1JLFA 4FM2A 1RTJA 1RT6A 4CIEA 3EZ5A 3RTVA 3NAEA 3T19A 4E7LA 2YNIA 3O3FA 3KKRA 4BDYA 2IGIA 4DSEA 4M41A 4O0JA 4W5OA 1WSFA 4E1MA 3SV4A 2BDPA 4CFAA 5FDLA 4KPYA 3AVKA 4FZZA 3ZT4A 4FCYA 1TK5A 1N5YA 4F3TA 1TVRA 4CJFA 3NGZA 1RILA 3HPOA 4ZTFA 1X9SA 4FZXC 4JS4A 3MEDA 1QHTA 4KO0A 5HP1A 2BANA 4CJQA 2G8VA 1HRHA 3AO4A 4FJLA 4FM1A 1C0TA 3VA0A 4CFCA 4DSFA 4DTUA 3WNGA 1U45A 3DRRA 1WSIA 4BWJA 1GOBA 2G8UA 3THVA 1J54A 4CHPA 3MXMA 1A5VA 3KIOA 1U49A 3NH1A 1VSDA 4DFKA 1RT3A 3ITHA 4M42A 1TKTA 4FJGA 1Z25A 2FBVA 2VG5A 1SL2A 3HPHA 3BDPA 2KZMA 3QIPA 4N41A 2WONA 5CZ1A 3ZSZA 1L3SA 4ELUA 3SZ2A 3SNNA 4M45A 1K6YA 1B92A 2RPIA 4I9LA 2YHAA 2QKBA 4OKKA 1KRPA 4FLYA 1JLQA 4DQQA 1JLCA 3M8RA 5CY4A 4CGGA 1NJYA 2OPSA 4DMNA 1HPZA 4NYFA 3O4QA 4DTOA 1IKWA 1CLQA 3AVIA 3QEVA 3PX0A 3QO9A 2ATQA 2XY8A 2QKKA 4EP4A 3OS2A 5D3GA 4KHNA 1LW0A 4I2PA 3M8SA 3AA5X 1KCFA 3ZCMA 1WSHA 1NK7A 4KHUA 3CFOA 4KKOA 4O44A 3V9WA 4CE9A 3NF7A 1VSKA 1RTDA 4DTXA 4CJ5A 4XIUA 3RR8A 1ZBHA 3NF8A 3TANA 3OYLA 2O4GA 2X78A 1JL2A 4ELVA 2YHBA 3NF9A 3L8BA 2ITGA 4LY7A 5T7BA 1ASVA 1I39A 3K58A 1T05A 2XY6A 4Z4FA 3TWHA 4L8RB 3OYFA 3V4IA 1JLBA 3OJSA 1C0MA 3QEPA 3S9HA 1VRTA 4FJJA 4E1NA 4KTZA 4ELTA 3PX6A 3WNEA 3DM2A 3DLGA 5HRPA 3RRGA 4IKFA 2VG6A 1CZBA 4C8NA 4DSJA 4AILC 2OPQA 3QINA 3QLHA 4H4MA 3F73A 4CHQA 4HUEA 1L5UA 4FM0A 4FXDA 4F8RA 3AO3A 3AVBA 2P1JA 3LZJA 4E7HA 5SZTA 4HTUA 3ZSXA 3KLIA 3QEIA 2D0CA 3VQ8A 4FLWA 1S1WA 1WSGA 2D5RA 2Z1GA 3HVTA 3AA2A 3M8QA 5I42A 4FJMA 1T7PA 3AVLA 4FLXA 4LH5A 4K8ZA 4IFVA 2DTUA 3ZSQA 3VA3A 1RBVA 3DYAA 4B9LA 5HRSA 3UIQA 2KQ2A 4C8LA 1UA0A 3HSTB 3SQ2A 4WE1A 5J2MA 1KFDA 1JXEA 3LAMA 3MAQA 4KI4A 4CGFA 3K5MA 1L3UA 4I9QA 3L2VA 3M8PA 2P51A 4ID5A 4RW9A 5C24A 2E6LA 4DF4A 1WAJA 4F3OA 4KAZA 4M3UA 1RNHA 4HCCA 4NCGA 1ZBIA 2O4IA 4CF0A 3VQDA 5J2PA 2X6SA 4Z4HA 4BE0A 3G0ZA 1HQUA 3L2RA 3I0SA 3KTQA 3DOKA 1T03A 2RN2A 3OYHA 4DS4A 5HBMA 3TABA 4FJXA 1BQMA 1C1BA 2A1SA 4CGJA 1LWEA 2KFNA 2X74A 4CGDA 1RTIA 2ZE2A 2Y1IA 2I5JA 2JLEA 2HHVA 2X6NA 4DF8A 4OVLA 4DTRA 4MFBA 4F2SA 4Z4CA 2PYJA 4OPJA 5HRRA 3HK2A 1IG9A 3ASMA 3FFIA 2ZQBA 1WAFA 3DLKA 1ZBUA 3NE6A 2HB5A 4B9MA 3HP9A 3DLHA 4CJEA 3LP0A 4HHTA 4DLEA 2G8HA 3NGYA 1BCMA 4CEZA 2VWKA 4LSLA 4DTSA 4O5BA 2XY7A 3RRHA 4G1QA 3VQEA 4E89A 4CIFA 1ASWA 3LPTA 3EY1A 2HHUA 4KTQA 4PY5A 3OYIA 3OJUA 1QSLA 3VQCA 4DSIA 4KTWA 2HMIA 2VWJA 4OLAA 3CFRA 2Z1IA 1DLOA 4I7FA 4OKJA 4B9UA 1L3TA 4E0DA 3KK1A 3QESA 3ZSVA 3VN5A 3SQ4A 4M3YA 4FK0A 3IAYA 4EZ6A 1IH7A 1LW2A 2KW4A 3PUFA 3TARA 4FZYA 1DTTA 4CEFA 1YVUA 3K5OA 5FRMA 3OYKA 2KZZA 2HNDA 1QSSA 1ZYQA 1WNSA 3SQ1A 1GOCA 1BIZA 3KKSA 4DG1A 5CYQA 3B6OA 5J2NA 2LSNA 3U6FA 1UA1A 4CJUA 4W5QA 2Z1JA 1KVAA 3AVHA 4DTPA 4B9SA 3QERA 3SV3A 1SL1A 1BQNA 3V1QA 1RBTA 2WOMA 3G10A 1JLGA 3C95A 4J2DA 3CM5A 4JLHA 3LPUA 3IRXA 2IOCA 3HYFA 3VQAA 4YNQA 3B6PA 3SJJA 3SUNA 3O3HA 4N56A 4CHNA 2B6AA 5CZ2A 3MEGA 2NUBA 4IG3A 4OKEA 4BDZA 5I3UA 1SL0A 4C8KA 4PWDA 4QCLA 3F9KA 3CM6A 1RT7A 4IFYA 3VQ6A 3LWLA 1TGOA 1RT2A 1NK9A 1KFSA 4CHOA 3TR8A 1R0AA 2RF2A 1RT4A 3ZSRA 1EP4A 4K8XA 2VG7A 4BE1A 3AO2A 4GMJB 1NK6A 4KB0A 3NGIA 2HHXA 1XC9A 2HNZA 5EU7A 4CF8A 4AHSA 4KREA 4O4GA 4DSLA 5SWMA 4W5NA 3ULDA 2QK9A 1HYSA 3AVMA 1Q8IA 3NHGA 2KFZA 4GW6A 1FKPA 3VQQA 3NDKA 1RBSA 2IAJA 1MU2A 2P5OA 4CGIA 4BDPA 1XHZA 4ID1A 3AO5A 3TAGA 1ASUA 3SUQA 4N47A 5HRNA 3OS0A 2OZSA 1BISA 4TSXA 1HJRA 3AVAA 1HNIA 4RW7A 4R5PA 4NYNA 1BI4B 4ICLA 1CZ9A 3TAQA 1TAUA 4N5SA 1S9GA 1KLMA 4W5RA 1S1VA 4KHSA 3HM9A 2RKIA 4Q0BA 1TL1A 2G8WA 2BE2A 3C6UA 2Y1JA 4CK2A 1HYVA 4EP5A 1S6PA 3AVCA 4CHZA 3P1GA 3TAFA 4AHRA 3LALA 4B8CA 3VQPA 3ZT2A 3PY8A 3O4NA 5J2QA 3QETA 1JKHA 1RCHA 3NH2A 3L3VA 3KD5E 3PX4A 2G8IA 2YNFA 4KI6A 1Q9XA 3NBPA 3AA3A 4CJWA 1NKCA 2PY5A 5KI6A 5KGWA 1CXUA 3SUOA 3QNOA 2P5GA 1C0UA 2DFFA 3T3FA 1HMVA 2G8KA 3DMJA 2FBXA 4RG8A 4FJ9A 4FLVA 1JL1A 4NCAA 2HHWA 3ALYA 4KHYA 2GBZA 1XI1A 2R7YA 3TAPA 4FK4A 1JLAA 4HCBA 4FLTA 1VSMA 1JLEA 4CF1A 2BGGA 1D9FA 1YT3A 2EHGA 4CEQA 1UWBA 3S3NA 4OLBA 3OYMA 1TKZA 2OA8A 2F8SA 1KTQA 2D0AA 4CJ3A 2DY4A 4CJTA 4Z4IA 1S5JA 4W5TA 4M3XA 3V9SA 3ZT1A 1LWFA 3LANA 4OJRA 1ZBLA 2GV9A 3L2UA 1NKEA 5FROA 3S3MA 1TKXA 4CF2A 4FJHA 1U04A 4FJNA 3O3GA 3ISNC 3HVRA 3DRPA 1C6VA 3QNNA 5KGXA 2DFEA 1RDDA 3MECA 2FBTA 1NJWA 1WN7A 3SCXA 1Y97A 3OYCA 4RW8A 2YV0X 3KLEA 3DLBA 3CFPA 4FLZA 3NFAA 4NCBA 1YTAA 3VQ4A 4GVMA 3OS1A 2Q3SA 3OYNA 3K59A 4FYDA 4QOZB 4M3TA 4Y1CA 5DK5A 5KTQA 3RMCA 2IC3A 3MXJA 5K14A 1B9FA 1XWLA 1GOAA 3OY9A 4AHCA 3KJVA 1CXQA 2OPRA 4I2QA 4IG0A 2HHSA 3SQ0A 4M3WA 4AHTA 4B8AB 5FRNA 3S3OA 2YNHA 4AHVA 3KD1E 3LP3A 1JXBA 2HNYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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1WLJA 2W42A 3LZIA 1FKOA 4MDAA 4NXNK 5IREA 5KRSA 5HOOA 4Y0WA 5CYMA 3DOLA 3DLRA 4FWLA 3TAEA 2QXFA 3QIOA 3TSPA 3B8AX 3N1BA 2RCUA 2B5JA 3CJ1A 1NNEA 3BVOA 1KSPA 1E4FT 4CEOA 3HT3A 2JH8A 4F4KA 4C8MA 1XHXA 2MMBA 3HOTA 4DUZK 5HLFA 5C0YA 1Z26A 3ZSYA 4FW1A 4BC3A 4CCHA 4FJ7A 1NU0A 3UKUA 5FLXO 1F21A 4KRFA 4C8OA 1I94K 3KLFA 4RWTA 2HF3A 2UUBK 2E32A 4OPHA 4H5NA 1G15A 2O8FA 3RTVA 4WQ4C 3C6AA 5TKWA 4E7LA 2IGIA 4O0JA 1QZ5A 4KPYA 2OVRB 4FZZA 3S41A 2D0PA 3AVKA 1N5YA 1TVRA 2P9IB 1RILA 1X9SA 5AQXA 4JS4A 2BANA 3AO4A 4FJLA 4FM1A 1OKJA 4XH1A 4DSFA 1U45A 3TU5A 3L0MA 3O9RA 4CHPA 3MXMA 3HGLA 2JQTA 3HM8A 3VF2A 1Z6RA 4FJGA 2HBMA 1TYQB 1IBLK 3BDPA 2WONA 5CZ1A 1L3SA 4ELUA 3SNNA 1FZHE 1K6YA 1U6ZA 3EKUA 1N1CA 4H5TA 1JLQA 3GL1A 2P1OB 4DMNA 3O1WA 3L2OB 3PX0A 3QO9A 4FWNA 4AQYK 3D2FA 4NXMK 3OS2A 5D3GA 2PFVA 2B8IA 3AA5X 4KHUA 3CFOA 4O44A 1VQON 3RR8A 1ZBHA 4JKCA 1XVGE 2O4GA 1JL2A 2AA4A 4DV3K 1T05A 2XY6A 4Z4FA 4YOUA 1JLBA 3S9HA 4JEPA 1VRTA 2CH5A 2E2PA 3VETA 3L4QA 4IKFA 2ASMA 1GLCG 2VG6A 1CZBA 4C8NA 3QINA 5EVZA 4ADOA 2P1JA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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