3QEIA

Rb69 dna polymerase (l561a/s565g/y567a) ternary complex with dctp opposite difluorotoluene nucleoside
Total Genus 321
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
321
sequence length
903
structure length
903
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural Basis for Differential Insertion Kinetics of dNMPs Opposite a Difluorotoluene Nucleotide Residue.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule keywords DNA polymerase
total genus 321
structure length 903
sequence length 903
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-01-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3qeiA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3qeiA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3qeiA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3qeiA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3qeiA03
1NKEA 4I7FA 4FM2A 4HTUA 3T19A 3RTVA 3I0RA 1L3TA 3UIQA 1S1VA 2OPSA 3DI6A 3ITHA 3NH0A 3O4NA 3QEVA 3SJJA 4UQGA 3KK2A 5SWMA 5HLFA 1LV5A 1TK0A 1NJXA 3VQBA 1YTUA 1U45A 3L2WA 3TANA 2DTUA 1NK0A 4OLBA 2F8SA 4DTNA 3VA3A 5DK5A 5J1EA 2E4LA 4FJNA 4N41A 4Z4CA 2KW4A 3NBPA 1Q9YA 3LP0A 3VQDA 2G8FA 1Q8IA 1RT6A 4KPYA 4K8XA 4I9QA 4C8NA 1L5UA 3D0PA 3DLBA 1SUQA 4CGGA 1RBTA 5CZ1A 4EZ6A 4F4KA 3AVBA 2E6MA 4OPKA 3HPOA 4BDYA 1F21A 2O4GA 2P51A 4LSLA 3K5NA 1RT1A 4HHTA 1S6QA 3BDPA 4CERA 3VA0A 3AVGA 4CESA 3RR7A 2F96A 3CQ8A 3VQ5A 1N6QA 1D9FA 4KI6A 3K5OA 4WE1A 4G1QA 1RTHA 1VRTA 4CEBA 4XIUA 3LZIA 3O4QA 3LP2A 1U47A 3KIOA 4DQSA 2XY5A 1KLNA 3DRRA 4OGCA 4H8KA 1A5VA 2RF2A 3KD1E 3V4IA 5CYMA 4CHZA 4YFUA 3KLGA 4I2PA 1HQUA 3MEEA 1JLGA 3H08A 4FJ5A 4DS4A 4DSFA 1JKHA 4KHYA 4KTWA 4FZXC 1S1XA 1X9WA 3C6UA 4O0IA 3WNFA 1BISA 4DF8A 3DRSA 4KO0A 4AHTA 4BACA 4CFCA 4DSEA 3K59A 3NE6A 4FJ9A 4AHRA 4LSNA 1N5YA 1VSEA 1L3UA 4M3XA 1A5WA 1XHXA 4FLWA 1ZBUA 3KKRA 3DLKA 5DMRA 1TKZA 2RPIA 4CEOA 4YNQA 3OS0A 2G8UA 5FRMA 4KAZA 2GBZA 2Y1IA 2D0CA 1B9DA 1BQNA 3RMBA 3P1GA 4FJLA 3IAYA 2GV9A 3AO5A 1HYVA 1VSHA 1U48A 5FRNA 4FZZA 4ICLA 2FC0A 1RDCA 1C1AA 3NF6A 3QEPA 3ZSVA 1RCHA 3F73A 1RT5A 4I2QA 3ZSXA 1L3VA 4HVJA 2YV0X 4Z4EA 5J2NA 3EY1A 2KTQA 1NJYA 4MQ3A 1JLQA 1W9HA 4FK0A 1BI4B 3K2PA 4L8RB 2EX3A 1LAVA 2B4JA 4M3RA 4CJKA 1IG9A 1C6VA 2VG5A 3KKSA 3AVHA 3OYIA 1TK5A 2DFHA 4DLGA 3SPZA 4IDKA 1HMVA 3P5JA 1VSIA 4M42A 4LH5A 1C1CA 1KVAA 2BGGA 4M3YA 4E3SA 3VQ4A 1IH7A 5HRSA 3O3GA 4BWJA 4CIEA 4IKFA 4CJLA 4Y1DA 1NK8A 1LWFA 1LAWA 4CHOA 3CYMA 3CM6A 2YHBA 3ZT4A 2D0BA 4W5RA 3OYHA 2KFZA 5I3UA 2FBTA 2OZMA 4CK3A 1IKXA 4DMNA 1RT2A 4DQIA 4FJHA 3KK1A 1VSDA 4M45A 4ELTA 1TAQA 1TKDA 1IO2A 1RDBA 1LWCA 4CEZA 2HHVA 1ASWA 3LAMA 1EKEA 4CFAA 1JXEA 1QSYA 1VSMA 4OKJA 1K6YA 2HHXA 2P5OA 1DLOA 4B9UA 1BQMA 1KVCA 3HP9A 3KLEA 4KHWA 3K58A 4B9SA 3OYLA 3KLIA 4CEQA 2HNDA 3CM5A 1WAFA 1BCMA 4E7JA 1KFDA 2VG6A 3NGIA 1VSKA 4IBNA 4OKEA 1GOBA 4J2AA 4CF1A 3V1QA 1JLCA 3WNGA 3G0ZA 2QKBA 1GOCA 2IC3A 1UOCA 3SZ2A 1WNSA 1O1WA 4O5BA 2A1SA 2W42A 3S3NA 3TAPA 3TARA 4DSKA 5K14A 4M3UA 1RDAA 3MEGA 1W0HA 4CHNA 3O3FA 3THVA 3VQ9A 1KSPA 3DLRA 4J2EA 3TAGA 2X6SA 5HRNA 3OYCA 4CJ5A 3FFIA 4M3WA 1NOYA 4DLEA 2G8WA 3OYNA 4B8CA 3DLEA 3QEXA 4DU1A 4FZYA 4CGDA 1C1BA 3HM9A 4NCAA 2OZSA 3D45A 4KKOA 2NUBA 2VG7A 4FJGA 2Y1JA 4C8OA 4K8ZA 3L2VA 1B9FA 4KFBA 3V81A 3AVLA 5HP1A 3NFAA 3O3HA 2G8IA 2Z1GA 1GOAA 1CXUA 3AVJA 3LPUA 1MU2A 3VQ8A 4AH9A 3NAEA 1SV5A 2VWKA 2XO7A 1ZYQA 4OKKA 1NKBA 3AVMA 4QCLA 4CIGA 4CHYA 4DTXA 4RW9A 4CF9A 4BE1A 4QOZB 3OVNA 1T03A 3L8BA 3LWLA 2X78A 3TAEA 1RBSA 1FKOA 3DOKA 4CJFA 4J2DA 3HVRA 1L3SA 4Y1CA 3SUNA 4O44A 1RNHA 1TKTA 3NF8A 4M3ZA 3L2QA 5J2MA 1JLEA 3PX4A 1SKRA 1ASUA 3IRXA 4FM1A 3MXMA 3DRPA 5SZTA 2ATQA 1ZBLA 4KRFA 4CHQA 4KREA 3B6OA 5FROA 3A2FA 1EP4A 4F2SA 2IS3A 3B6PA 2P1JA 3AO3A 3LPTA 1Z25A 4E0DA 4Z4HA 5FDLA 4R5PA 3PO5A 3CG7A 1KVBA 3VQ6A 2FBXA 4GMJB 4FJIA 4CJTA 4C8KA 2PZSA 5HRRA 4DSJA 4HCCA 3V9XA 4DSIA 4ZHRA 1NK7A 1YVUA 1UWBA 3NHGA 1LW2A 2OA8A 4JS4A 1HYZA 4B9LA 3QERA 4F8RA 3OYAA 4DQRA 4CEFA 4KB1A 3K5MA 4M41A 2HNYA 3M8PA 1CLQA 4CK1A 4FJ8A 2YNGA 3VQPA 3LP3A 4CJEA 5J2PA 1FXXA 4TSXA 1ZBFA 4DFKA 2HHTA 2YKMA 1DTQA 4BE2A 3HO1A 3EZ5A 4RW6A 4CGIA 1ITGA 4IFYA 3DLHA 4AHSA 4BE0A 3CFOA 4E19A 4CFBA 1U4BA 2HVHA 1UA1A 4JRQA 1JLFA 1WSGA 2X74A 4CJPA 3V1RA 4E7LA 1SL1A 3ZSZA 4PQUA 3S3MA 3SUOA 4IG3A 5T7BA 3OYJA 3ALYA 3L3UA 1KTQA 4DG1A 2O4IA 1I3AA 3M8RA 3V1OA 1S1TA 3QNOA 1NKCA 3HK2A 4OGEA 3V6DA 1UA0A 1KFSA 2HW3A 4LY7A 1REVA 4CECA 2KZZA 4DTSA 2EHGA 1Y97A 2WONA 4DQQA 1XHZA 3SCXA 3SQ2A 4E7IA 4DF4A 3ZSYA 5KRSA 3IS9A 5C42A 4NCGA 1TAUA 3AA4A 3TWHA 4KHSA 3AVAA 1CXQA 4FJ7A 4KHNA 1NK5A 1BIZA 2OPRA 4PUOA 1EETA 2DY4A 2E6LA 2RN2A 4N47A 4HUGA 4DS5A 4EZ9A 4KB0A 3ASMA 1WSFA 3AA2A 4BDPA 2G8VA 2LSNA 4ID1A 2X6NA 5HRPA 1VSJA 3OYEA 3HJFA 3V9WA 2HMIA 1S6PA 2Z1IA 2IDOA 4E7KA 3PX6A 3NGYA 1TKXA 4RW8A 2XHBA 3F9KA 4F3OA 4FLTA 2I5JA 3NCIA 2XY7A 4CE9A 1XWLA 1Q9XA 3LZJA 3QIOA 1T8EA 3VN5A 3OS1A 1J9AA 4QAGA 4EP4A 5KRTA 2XY8A 2PYJA 3MEDA 3M8QA 1C0MA 2YNHA 4HUEA 4E7HA 3OYDA 3I8DA 2OPPA 1FK9A 2YNFA 4B9MA 4F3TA 1KRPA 1WSEA 2FBVA 3DM2A 4PA1A 3LWMA 4N5SA 4B9NA 4F2RA 4CEAA 2P5GA 2KZMA 2HHWA 2PY5A 3PY8A 5CY4A 4KV8A 5C24A 3SV4A 1HNVA 3CFRA 3ZT2A 4DTRA 3U3GA 4FM0A 4IFVA 5KGXA 3OYKA 1X9MA 1VSFA 3MECA 1NK9A 4CF8A 3OY9A 1HJRA 4C8LA 4Z0UA 4CFDA 4DWIA 4KTQA 3V9SA 4AILC 3V9ZA 3TABA 3HSTB 4CJWA 1T7PA 3RMAA 4NYNA 3WNEA 5KGWA 3ZSWA 3OYBA 4CJSA 4E1NA 4RW4A 4CF2A 1I39A 4E89A 2BE2A 3RMCA 4HUFA 1XI1A 4OLAA 1RTDA 1SL0A 1JXBA 5HROA 2IOCA 2IAJA 3SQ1A 3QETA 3TAMA 4W5NA 2BANA 4FCYA 1S9GA 3OYGA 2XY6A 1KLMA 4ELUA 3TAFA 1S9EA 4O55A 5D3GA 4ELVA 3ZSRA 3VQQA 4FLVA 1UAXA 4CF0A 3SNNA 3HXMA 3T3FA 1ZBHA 5C25A 1NK4A 2FBYA 4CEEA 4DFJA 2KFNA 4DTMA 1J54A 3SV3A 1RBUA 1TV6A 3AVCA 4DQPA 3KLHA 4BWMA 1WSHA 1BI4A 3ZSOA 3NF7A 3L3VA 4H4OA 4OJRA 4MFBA 3L2RA 3QIPA 4CJ4A 2BDPA 4CEDA 3V9UA 2GUIA 2QKKA 3T1AA 4W5OA 3S9HA 4N56A 3NH2A 2R7YA 1TK8A 1QSSA 3SI6A 1X1PA 3AVNA 3QLHA 1RTIA 2G8KA 1SKSA 3SQ4A 3AVKA 3SUPA 4DU3A 2HB5A 1J53A 1CZ9A 3QINA 1RT4A 1LWEA 3MAQA 4DTOA 2HNZA 4B08A 1TL3A 3PUFA 3AV9A 1SL2A 2Z1HA 4FJXA 1QS4A 3SQ0A 2YKNA 3LAKA 1WAJA 1C0TA 3JYTA 1SKWA 1R0AA 2WOMA 4IG0A 2D5RA 3HL8A 4DFPA 1QQCA 3AVIA 3P83D 3QEIA 3VQEA 1BHLA 1JL1A 4NYFA 3VQCA 4B3OA 3AO2A 3KJVA 3ZCMA 3VQAA 2ETJA 3LANA 1HQEA 1HRHA 4Z4IA 3ISNC 4DTJA 1IKYA 1IKVA 1QE1A 4GW6A 3RWUA 4NCBA 4CK2A 3SPYA 4CGFA 4KI4A 3I0SA 1XC9A 4CJUA 3NF9A 1NJZA 2QXFA 2ITGA 2JLEA 3QEWA 3K5LA 4KHQA 1TGOA 1HNIA 4FXDA 1CZBA 1QSLA 1G15A 4GVMA 4Z4FA 1DTTA 2KQ2A 2OYQA 4CJQA 4CGJA 4ZTFA 3KLFA 5E41A 4FJMA 3ZT1A 4KTZA 2AJQA 4CJRA 5KTQA 1LW0A 2ZD1A 3NH1A 1JLAA 1TVRA 1A5XA 1S1WA 4E1MA 1VRUA 3G10A 1QHTA 1YT3A 3RRHA 3LALA 4C8MA 3TI0A 1NJWA 5EU7A 4DU4A 1D8YA 2PYLA 1EXQA 4DTPA 4B9VA 2OPQA 1Z26A 1KCFA 4O0JA 3OJUA 3RRGA 1WSJA 2HHQA 4H4MA 1BGXT 3AVFA 3HVTA 4Q0BA 1EX4A 2Q3SA 1S1UA 3KD5E 4FK4A 4O4GA 2IGIA 1X9SA 5CYQA 4DFMA 3SUQA 1D5AA 3DOLA 2DFFA 4FW1A 3C95A 2XRIA 1FKPA 1U49A 1RDDA 4CGHA 4DTUA 3OYFA 1B92A 4LD0A 4AHUA 5CZ2A 4CJVA 3BGRA 4CJ3A 3DLGA 3ULDA 2F8TA 1HPZA 4PWDA 5J2QA 2B6AA 4B9TA 1RBRA 3OS2A 3HPHA 3WNHA 4FLUA 4ID5A 1VK0A 3C6TA 5HBMA 1BL3A 2ZE2A 4DSLA 5KI6A 4FLZA 1RBVA 4Z4GA 4FYDA 3KTQA 3U6FA 4FLXA 3PV8A 4OVLA 3RMDA 3LP1A 2QK9A 1JLBA 4RG8A 3MXIA 2DFEA 4JRPA 3OYMA 4CHPA 3DYAA 1HYSA 2HHSA 4KHUA 3M8SA 2G8HA 2Z1JA 5JS1A 3L2UA 4Q5VA 3TAQA 3KK3A 1J5OA 2HHUA 3U3YA 1BCOA 3ZT0A 1RT7A 3DMJA 3E01A 3K57A 1RILA 3AA5X 4FVMA 2D0AA 4HCBA 3AA3A 3MXJA 1C0UA 1JL2A 4JLHA 3ZT3A 2HVIA 4B8AB 3CFPA 2RKIA 3TR8A 3HT3A 4BDZA 3QO9A 3LDSA 4FJKA 1RTJA 4CCHA 4AHVA 3VQ7A 4RW7A 3NGZA 1TL1A 3AO4A 3S3OA 3OJSA 4FK2A 3RR8A 4CIFA 3HP6A 3QESA 4M3TA 5I42A 1WSIA 2YNIA 1ZBIA 4J2BA 4LH4A 1WLJA 4FW2A 1ASVA 3PO4A 1NK6A 2A1RA 1S5JA 1IKWA 3ZSQA 2VWJA 4AHCA 3AO1A 3C94A 4N76A 1RT3A 1D9DA 3JSMA 3NDKA 4OPJA 4I9LA 4EP5A 1QTMA 4PY5A 2ZQBA 2B5JA 2YHAA 3HPGA 1U04A 1WN7A 3HYFA 3SYZA 1BIUA 1VSLA 2JGUA 1NOZA 4FJJA 3EYZA 5JS2A 3PX0A 4W5QA 4FLYA 4W5TA 3QNNA 4JS5A 1YTAA 4ZTJA 1T05A 3IG1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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