3RWUA

Rb69 dna polymerase (y567a) ternary complex with datp opposite difluorotoluene nucleoside
Total Genus 328
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
328
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transferase/dna
molecule keywords DNA polymerase
publication title Hydrogen-Bonding Capability of a Templating Difluorotoluene Nucleotide Residue in an RB69 DNA Polymerase Ternary Complex.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 328
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-05-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3rwuA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3rwuA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3rwuA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3rwuA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3rwuA03
1ZBUA 5FROA 4E1MA 2YNIA 1TK5A 1HQEA 4CGDA 2YKMA 1CXQA 4CF8A 4CK2A 1BISA 1A5XA 4FM2A 1HMVA 4W5RA 3OJUA 4DSJA 5JS1A 2X74A 1BCMA 3DM2A 3DLKA 1SL0A 3PX0A 1VSJA 1VSDA 3ZSOA 4DWIA 3DRPA 3ZSRA 1MU2A 3SUPA 4KHNA 2YHAA 4DF8A 1EKEA 3AVHA 1SUQA 4CGJA 3V9UA 3MXIA 3PX6A 3NE6A 1NJWA 4FJGA 4AH9A 1U4BA 4CEZA 4CFDA 5I42A 4CJEA 4UQGA 3NDKA 1CXUA 1JKHA 3I0RA 1KVBA 4G1QA 3SZ2A 4DQPA 3MXMA 3SCXA 5E41A 4GVMA 4FJMA 3OS0A 3CYMA 4HUEA 3KTQA 4HCCA 4CFAA 4FLUA 3TAQA 4FXDA 3D0PA 4AHRA 3AA2A 4PY5A 1RTDA 1J53A 3FFIA 3NGZA 4CJUA 1NKEA 1J5OA 2VWKA 1CZBA 5JS2A 4EZ9A 4M42A 3KIOA 4CF0A 4DTJA 3HJFA 4OVLA 4Z0UA 2G8WA 4DSLA 4DQIA 3AVBA 4Y1DA 4M3ZA 1RBRA 4KHWA 2B6AA 2FBYA 1WSHA 4RW8A 4KTZA 1JLFA 4KKOA 1X9WA 3LANA 1S1VA 2Q3SA 4KHUA 2IOCA 3HM9A 1UA0A 4HCBA 4ID1A 3AO3A 4E19A 3DYAA 4F2SA 1FK9A 4PA1A 4DSFA 5FRNA 4J2AA 1YT3A 1A5WA 1BIZA 3HVTA 3O3GA 2FBTA 4EP4A 1Z26A 3AVJA 2GV9A 3S3OA 4B9LA 4KPYA 4DTOA 1HNVA 1ZYQA 3ZSYA 1WSIA 5EU7A 5J1EA 1NJYA 4YFUA 3IAYA 4M45A 4O0IA 2HMIA 4FM1A 3LPTA 1RBUA 4AHCA 4FK4A 1HQUA 3I8DA 5KGXA 1GOAA 1QE1A 4JLHA 1RDAA 3O3FA 4CJVA 3AA5X 3JSMA 3TAFA 1U47A 4E7KA 3K5MA 1CZ9A 3HL8A 3S3MA 2F8TA 4E7LA 3L3VA 3VQAA 3SV4A 3VQCA 2OZSA 4KTWA 3DLBA 1TK0A 4CHPA 4BE1A 4ZTFA 1DLOA 2WOMA 2R7YA 4DU1A 3SQ1A 2P51A 2FBXA 4B9SA 4Q0BA 4DFMA 1KLMA 4F2RA 4W5TA 2F8SA 5HROA 3UIQA 1J54A 1HPZA 1XHZA 1NOYA 3P5JA 4FJJA 1KCFA 3QNOA 3CM6A 3DLEA 3VQ9A 4C8OA 1L3SA 3O4QA 2BGGA 4DU4A 2HHUA 4FLZA 3NFAA 1RBSA 3ZT1A 1SKWA 3NF9A 2AJQA 2B5JA 2GBZA 1IKWA 1S9GA 3TR8A 4FZXC 4FCYA 2JGUA 3DRRA 4I2QA 5SWMA 3SUQA 5HP1A 2KFNA 1XC9A 3U3GA 4CJLA 3DLHA 4LSNA 1RCHA 2HW3A 4CE9A 4N47A 4CJ5A 3HO1A 3K2PA 4PWDA 3WNFA 2DY4A 3EYZA 4YNQA 3V9WA 4DS4A 1D9FA 4OKKA 3QERA 4M3RA 3E01A 4LH5A 4BWMA 2G8HA 2G8UA 2ETJA 3S3NA 3M8SA 4CF2A 3ZT2A 4CEBA 1IO2A 3CM5A 4E1NA 3O3HA 4O4GA 4DSKA 4OLBA 1N6QA 4CGIA 3L2QA 5KI6A 4FJ9A 4CEQA 3LZIA 4J2BA 4DS5A 4KI6A 3AO1A 4C8LA 3ZT4A 3IRXA 3TI0A 4CCHA 1ZBIA 3RMAA 4DFPA 5J2MA 4KFBA 1C6VA 3T1AA 2HNDA 1LV5A 1C1BA 1IKYA 4DQQA 1NK6A 4HTUA 3OYLA 1ASWA 1HJRA 3VQ5A 4FM0A 4CF1A 3QNNA 1TKXA 4JS5A 3QETA 3OYHA 5DK5A 1BI4B 1ASVA 4CJ4A 1VRUA 3TANA 1ASUA 3PX4A 1NJZA 3LZJA 3U6FA 1QSSA 4CGGA 2HHTA 3OYMA 3BGRA 4KHQA 3QESA 1RILA 1BGXT 3I0SA 5C25A 5KRSA 3VQPA 4FZYA 3OS1A 3WNHA 4ELVA 3OS2A 4RW4A 4LD0A 1NOZA 4IG3A 3VQ4A 3ZCMA 3S9HA 3NBPA 3RMBA 2FC0A 3VN5A 1KFSA 2HHQA 5K14A 2G8FA 3DRSA 1T7PA 2OA8A 1O1WA 3ISNC 1RTJA 3TARA 1C0UA 3NGYA 2BDPA 4CIGA 1HYVA 1J9AA 1LW2A 5I3UA 3SQ2A 4CESA 5HLFA 1YTAA 3MEEA 3RTVA 2XY7A 1U45A 1LWFA 3SUOA 1RBTA 3AVAA 3LWMA 4CJPA 1NK8A 4B9MA 3WNGA 3V9XA 2G8IA 3QEVA 4OLAA 1EP4A 4K8ZA 1Q9YA 4OPJA 1WAJA 5CZ1A 4B08A 2QXFA 2KTQA 3ASMA 3V1QA 3LWLA 4RW9A 3V4IA 4CHOA 2JLEA 4KB0A 2DFFA 2X6NA 3KKSA 2HVIA 4B3OA 4B8CA 3SJJA 1GOCA 4B9TA 4DF4A 4FW2A 2DFHA 4Z4FA 4FJXA 3D45A 5CY4A 3L3UA 4LSLA 2O4GA 3OYNA 4FLXA 2RN2A 1VSFA 4LH4A 4DU3A 3L2VA 3NAEA 3HYFA 4NYFA 4KHYA 2GUIA 1UWBA 4FJ7A 3MXJA 4RG8A 3OYIA 1JLEA 3AVLA 1TAQA 4F4KA 1YTUA 4DTXA 3HPHA 4Z4HA 1WNSA 3LP1A 1HRHA 1RDDA 4E7HA 4KB1A 4DMNA 4FK0A 1QTMA 4ELTA 1SV5A 1TGOA 1EETA 3HP9A 3EY1A 1BIUA 3OYKA 4CEAA 3LDSA 3NHGA 4C8NA 2A1RA 2KFZA 3TAMA 4KHSA 4CJWA 3RR8A 1QS4A 1BI4A 3F9KA 2E6MA 3KK1A 4IDKA 3JYTA 2XY8A 1DTQA 3VQDA 3TABA 1CLQA 4EP5A 5CYQA 4IFVA 4JRPA 3L8BA 3CFRA 2A1SA 2ATQA 3THVA 5HRSA 2IAJA 3SQ0A 1JLBA 4N41A 3AVFA 4M41A 3ITHA 4FZZA 3SQ4A 4I7FA 4FJNA 2ZE2A 1S5JA 1BHLA 4IBNA 1BQMA 1F21A 4BDYA 3LP0A 4AHSA 2KZZA 1Y97A 1TL3A 1Q9XA 3ALYA 4GMJB 3ZSWA 1RT1A 4CJRA 4FLTA 1SL2A 3G0ZA 4GW6A 1TKTA 1T03A 1RDBA 3PO4A 1L3TA 4E0DA 4I9QA 1UAXA 1W9HA 3HVRA 3EZ5A 2W42A 3K5LA 1GOBA 2E6LA 1LAVA 2ZQBA 4O55A 4I2PA 3LALA 2PY5A 3ZSXA 4CGFA 3AVCA 4CIEA 4F3OA 1TK8A 4ICLA 3OYJA 3QINA 3QLHA 4Z4IA 3CFOA 1U48A 3ZT3A 4DTPA 2IDOA 4HVJA 3VA3A 2D0AA 3RR7A 1NKBA 1KSPA 2E4LA 3HPOA 4DFKA 3CFPA 3F73A 4R5PA 3PUFA 1RT2A 4FLVA 1VSLA 4CERA 2X6SA 2G8KA 1RBVA 1B92A 1S9EA 3QEIA 1B9FA 1B9DA 2LSNA 4CK3A 1TVRA 4DLEA 4L8RB 3MEDA 2HHWA 4RW7A 1C1AA 3OJSA 3DMJA 2NUBA 1IKXA 2RKIA 3RMDA 4IKFA 3T19A 3VQBA 3C6UA 1QSLA 1XWLA 2OZMA 5HBMA 3BDPA 3OYEA 4W5NA 4O44A 4CEFA 4W5QA 2XRIA 5SZTA 3PV8A 4FJLA 3HT3A 4H8KA 4Z4CA 1X9SA 4E7IA 1NJXA 4PUOA 4CJKA 3M8PA 3KJVA 4FJ8A 4BWJA 5T7BA 5D3GA 1JLQA 1ITGA 3B6OA 2Y1IA 2WONA 2RF2A 2VWJA 1Q8IA 4BE0A 1RDCA 1VRTA 1RTHA 3QEPA 3G10A 4QAGA 3OYDA 1NK9A 4AHTA 3PO5A 1LWEA 2PYLA 4FJKA 1RTIA 4O0JA 2IC3A 3KKRA 1NK5A 4CHQA 1JL2A 3KLFA 3TAPA 1L5UA 3OYBA 1L3UA 4N76A 1I3AA 2P1JA 4CF9A 3MEGA 1WLJA 3IG1A 3V1RA 3KK2A 3RRHA 1FXXA 1VSKA 3SPZA 2Z1HA 2DFEA 3O4NA 1D9DA 1C0MA 2YKNA 1YVUA 1SKSA 1KRPA 4KRFA 1RNHA 1DTTA 4PQUA 2YNHA 3A2FA 1KFDA 4FJHA 1RT3A 3IS9A 3MAQA 4K8XA 1K6YA 2OYQA 4M3TA 1RT6A 2P5OA 2Z1JA 3AV9A 3H08A 3LAKA 4OJRA 1KVCA 4CFCA 3KLEA 4AHVA 3V9SA 2OPQA 3CQ8A 2HHVA 2BANA 1NKCA 2KZMA 2B4JA 1C1CA 1WSGA 4JS4A 1D5AA 3SUNA 3SI6A 4NCBA 1UA1A 4HUFA 2BE2A 5CYMA 1NK4A 1KLNA 3HP6A 1WN7A 4Q5VA 1QQCA 4E89A 2KQ2A 5KGWA 3OYAA 2G8VA 4NCAA 1JXEA 3SYZA 4RW6A 2I5JA 1QHTA 3T3FA 3SNNA 4DQRA 1SL1A 1JLCA 1KVAA 5J2PA 3ZSVA 1X9MA 2HB5A 1S1WA 3ULDA 4IG0A 4EZ6A 1LWCA 1D8YA 3TAEA 4TSXA 4QOZB 5FDLA 3DI6A 3AO4A 1WSEA 4MFBA 3OYCA 2VG6A 3ZSQA 3C94A 1VSHA 5DMRA 3ZT0A 3P1GA 4CJFA 3DLGA 3NH1A 3VQ7A 2HNYA 3KD1E 4Z4GA 5HRNA 4M3UA 3QEXA 3DLRA 4H4MA 3AVIA 2HHSA 4CECA 1IKVA 4KO0A 2DTUA 4DSIA 1JLGA 2Z1GA 3HK2A 3HSTB 2Z1IA 3AA3A 2PZSA 1TL1A 2YHBA 4ELUA 1TAUA 2OPRA 3AVNA 1TKDA 3VQ8A 1XHXA 3ZSZA 2XY5A 4M3WA 3HPGA 4F8RA 4QCLA 4BDZA 4DSEA 1W0HA 1A5VA 2OPPA 3M8QA 4AILC 3NGIA 1FKPA 2EHGA 2RPIA 3LP3A 1WSFA 4DTUA 2XHBA 3LP2A 4HHTA 4B9NA 3RWUA 1JLAA 3NF7A 3AA4A 3NF6A 1VSIA 4CGHA 2PYJA 4DLGA 3DOKA 1S1UA 3K59A 2P5GA 4KAZA 1RT4A 4C8KA 1G15A 3KD5E 4FLYA 1TKZA 1U49A 3K5OA 1BCOA 2HHXA 4ID5A 4KREA 4ZHRA 4CJQA 1IG9A 1HYZA 4CK1A 4JRQA 2X78A 4FYDA 4CHZA 2QKKA 3L2RA 1VSMA 3QEWA 4B8AB 3L2WA 1ZBLA 3MECA 1TV6A 3K5NA 2VG5A 1LAWA 5J2QA 3B6PA 3V6DA 4KV8A 2F96A 1X1PA 2QK9A 4Z4EA 3OVNA 3P83D 3LAMA 4N56A 3HXMA 5KRTA 1I39A 3SV3A 2D0CA 4J2EA 1WAFA 1FKOA 4FLWA 1HYSA 1REVA 4B9VA 1S6QA 2HVHA 1S1XA 2YNFA 3TAGA 4HUGA 4CIFA 1Z25A 1JXBA 4NCGA 4FJ5A 4OKEA 3OYFA 2Y1JA 1VSEA 3VQ6A 4FVMA 4FW1A 3NF8A 4OKJA 2FBVA 1RT7A 3L2UA 1NK0A 4OPKA 3KLHA 4M3YA 4CHNA 4E3SA 3VQQA 2ITGA 3RRGA 1T05A 4FK2A 4KI4A 4FJIA 3VA0A 4E7JA 4BDPA 4DTNA 4OGEA 4CJTA 2IGIA 4AHUA 5KTQA 4CHYA 3NH2A 2QKBA 4KTQA 3C95A 1EXQA 4WE1A 3K57A 4CEOA 5J2NA 3U3YA 1S6PA 3PY8A 4DFJA 3OY9A 1N5YA 3KLIA 1WSJA 1JL1A 3V1OA 2IS3A 2ZD1A 2OPSA 2O4IA 4ZTJA 3SPYA 4DQSA 3NCIA 4BE2A 4BACA 3TWHA 3AVKA 4DTSA 3CG7A 5HRPA 4W5OA 2XY6A 4C8MA 4O5BA 4DTRA 1T8EA 3RMCA 2KW4A 4I9LA 3VQEA 4CFBA 3DOLA 4CEDA 1SKRA 1LW0A 4LY7A 4XIUA 1QSYA 3V9ZA 3QIPA 4OGCA 3AVMA 5C42A 1L3VA 1R0AA 3LPUA 1KTQA 1ZBFA 2YV0X 4IFYA 1NK7A 4CJ3A 4B9UA 1VK0A 2HNZA 3AO2A 5FRMA 3V81A 1IH7A 3KLGA 3NH0A 1BQNA 4CJSA 1BL3A 3KK3A 1S1TA 4N5SA 4CEEA 3M8RA 4Y1CA 2YNGA 3AVGA 3K58A 5C24A 1RT5A 1EX4A 3WNEA 3C6TA 4MQ3A 4NYNA 5CZ2A 4DTMA 5HRRA 1XI1A 3OYGA 2D5RA 4DG1A 4J2DA 4M3XA 1UOCA 2VG7A 4H4OA 1U04A 1C0TA 3QO9A 3QIOA 1HNIA 2D0BA 2XO7A 2EX3A 1ZBHA 3AO5A 4F3TA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 2OPS A;  2O4I A;  4ZTJ A;  3SPY A;  4DQS A;  3NCI A;  4BE2 A;  4BAC A;  3TWH A;  3AVK A;  4DTS A;  3CG7 A;  5HRP A;  4W5O A;  2XY6 A;  4C8M A;  4O5B A;  4DTR A;  1T8E A;  3RMC A;  2KW4 A;  4I9L A;  3VQE A;  4CFB A;  3DOL A;  4CED A;  1SKR A;  1LW0 A;  4LY7 A;  4XIU A;  1QSY A;  3V9Z A;  3QIP A;  4OGC A;  3AVM A;  5C42 A;  1L3V A;  1R0A A;  3LPU A;  1KTQ A;  1ZBF A;  2YV0 X;  4IFY A;  1NK7 A;  4CJ3 A;  4B9U A;  1VK0 A;  2HNZ A;  3AO2 A;  5FRM A;  3V81 A;  1IH7 A;  3KLG A;  3NH0 A;  1BQN A;  4CJS A;  1BL3 A;  3KK3 A;  1S1T A;  4N5S A;  4CEE A;  3M8R A;  4Y1C A;  2YNG A;  3AVG A;  3K58 A;  5C24 A;  1RT5 A;  1EX4 A;  3WNE A;  3C6T A;  4MQ3 A;  4NYN A;  5CZ2 A;  4DTM A;  5HRR A;  1XI1 A;  3OYG A;  2D5R A;  4DG1 A;  4J2D A;  4M3X A;  1UOC A;  2VG7 A;  4H4O A;  1U04 A;  1C0T A;  3QO9 A;  3QIO A;  1HNI A;  2D0B A;  2XO7 A;  2EX3 A;  1ZBH A;  3AO5 A;  4F3T A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3BF3 A;  2YNI A;  1FZ1 E;  2GTD A;  2YKM A;  3ENH A;  5LJW A;  1HMV A;  1QZ6 A;  4IJA A;  1OH7 A;  3DRP A;  1U2V B;  1MU2 A;  2YHA A;  4FO0 A;  1NGB A;  1GLD G;  1RGI A;  1XVG E;  1ATN A;  4X5M A;  5BRF A;  4E1J A;  3G25 A;  2HOE A;  1CXU A;  2O8D A;  1NWK A;  5M1K A;  5E41 A;  3OS0 A;  1RDU A;  3CYM A;  4GNI A;  3KTQ A;  4FLU A;  1G99 A;  1P90 A;  3KIO A;  3E4Y A;  3JAM O;  1NGH A;  4DSL A;  4Y1D A;  1RBR A;  3ZET B;  3SBG A;  3CC7 N;  1J6Z A;  4A2A A;  2QW9 A;  4CZF A;  3LAN A;  2Q36 A;  2Q3S A;  4KHU A;  2IOC A;  1E4G T;  1UA0 A;  4FWQ A;  4H5R A;  4E19 A;  3DYA A;  4F2S A;  5FRN A;  4IOA L;  3HVT A;  3PSF A;  5BRH A;  3AVJ A;  5H37 A;  1HNV A;  1ZYQ A;  3ZSY A;  1WSI A;  1VQO N;  1WUA A;  4BRD A;  2P9K B;  5J1E A;  2HMI A;  4M45 A;  3VTH A;  4AHC A;  5IWA K;  4FK4 A;  1HQU A;  3ZYY X;  3I8D A;  1RDA A;  3TAF A;  1U47 A;  3K5M A;  1CZ9 A;  1XMO K;  4EHU A;  3AGR A;  5BN9 A;  3O9U A;  1TK0 A;  3SMP A;  4ZTF A;  2JWK A;  3SQ1 A;  2P51 A;  1KLM A;  3CC4 N;  5AQX A;  1J54 A;  2E31 A;  1GLB G; 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