3SI6A

Rb69 dna polymerase triple mutant (l561a/s565g/y567a) ternary complex with dupnpp and a deoxy-terminated primer in the presence of mg2+
Total Genus 321
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
321
sequence length
903
structure length
903
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFAF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural Insights into Complete Metal Ion Coordination from Ternary Complexes of B Family RB69 DNA Polymerase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 5'-D(*TP*CP*AP*AP*GP*TP*AP*AP*GP*CP*AP*GP*TP*CP*CP*GP*CP*G)-
molecule tags Transferase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 321
structure length 903
sequence length 903
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-06-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3si6A05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3si6A01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3si6A02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3si6A06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3si6A03
4B08A 3DLKA 1JLEA 1U47A 4HHTA 5CY4A 4Z4FA 4W5NA 1TAQA 4I7FA 1BQMA 3DI6A 2HHTA 1S6PA 3KLFA 4FYDA 1SV5A 1NKCA 2XRIA 3CQ8A 2YNFA 1RTDA 2RF2A 3EY1A 3DMJA 3PY8A 1KTQA 4CGDA 1CZBA 3OYDA 4DS5A 5K14A 2G8VA 4PWDA 4QOZB 3NFAA 2R7YA 3L3VA 4KFBA 3F73A 4CF0A 3AO3A 1DTTA 2RPIA 3AV9A 3KLIA 4PA1A 4E7IA 5KI6A 2PYJA 4BDZA 1BI4B 1KSPA 1A5WA 4IBNA 1S1XA 3C94A 3SUPA 1IG9A 1B92A 1EKEA 2ITGA 4NYFA 3VQ6A 3ZCMA 4DSFA 4EZ6A 4CECA 3QERA 4DMNA 1D9FA 3ZSQA 3NHGA 3OYAA 3F9KA 3RR7A 1JLCA 1TAUA 3SJJA 1RDAA 2HNYA 2IOCA 1T8EA 1HQUA 1RBVA 3DLEA 2Y1JA 5HP1A 3IS9A 1VSHA 1QSYA 4Q0BA 2Q3SA 3LPTA 5CZ1A 3NDKA 3OYIA 2EX3A 3SQ1A 3ZSZA 3TAFA 1XWLA 3L2UA 4QAGA 3QEVA 3FFIA 2PY5A 3ALYA 4KHWA 3OYKA 1U45A 3KTQA 1IKYA 4DTPA 4FJJA 4W5RA 5I3UA 1NJZA 3IAYA 3P83D 4KI4A 3KK2A 4AHUA 1SKRA 3LZJA 2XY5A 4Z4GA 4AHSA 3K2PA 3QNOA 1KLMA 1HYZA 1XC9A 4ELUA 3MAQA 3NF9A 3QIOA 1F21A 3PO5A 4OPKA 4I2PA 3AVBA 4DWIA 3VQ5A 4CJSA 4FJ9A 4F2RA 3AVFA 3K5LA 3LP2A 3KLHA 2BDPA 3HYFA 4FLVA 4DQPA 1RT7A 3O3GA 4GVMA 3DOLA 3SI6A 1NKBA 4FJGA 3HSTB 3NBPA 4CF1A 4W5QA 3T3FA 4CJKA 2Y1IA 4CEZA 1L3VA 4RG8A 4F4KA 3PX6A 5E41A 3NH0A 4ICLA 3HP6A 1X1PA 4DS4A 3SUOA 1ZBLA 3LDSA 1NKEA 4Y1CA 3VQ4A 2ZD1A 4EP5A 4CIEA 4DQQA 1ASWA 3ZSWA 3QETA 4JRQA 1U04A 5KGWA 1X9SA 2ATQA 3RWUA 4RW7A 3SQ0A 3TABA 4J2BA 4KHQA 5C24A 3VA0A 4LD0A 3L3UA 2PYLA 4DSKA 3RMAA 4H4MA 1KRPA 2DTUA 1MU2A 1WLJA 3NF6A 3AO4A 5EU7A 1IKWA 4CGGA 1JL1A 4CK2A 4DTUA 2OPQA 2JGUA 1DLOA 1S1WA 4CERA 3HL8A 4M3UA 4CEEA 1WSIA 4FK4A 1C1BA 4E19A 2HVIA 4CK3A 1BL3A 2HHQA 1J53A 1NK0A 3OYBA 2O4IA 1KVBA 4CIGA 1NK4A 1J54A 5DMRA 1R0AA 4E3SA 2I5JA 5FDLA 4CJEA 3V9ZA 4HUGA 1TK0A 1C6VA 3RRGA 4W5TA 2EHGA 3TANA 1ZYQA 5HRNA 4CFCA 4ZTFA 4RW8A 4I9LA 3WNHA 4DLGA 3OVNA 3CM5A 4CF9A 3AA5X 4BE1A 3LAMA 1S1UA 3TI0A 1WSFA 4KV8A 5J2NA 3QEXA 2LSNA 3LP1A 4BDYA 1ITGA 3RTVA 4NCGA 4OLBA 2B4JA 4OKKA 3S3OA 4WE1A 4M42A 2HHUA 1Q8IA 3ZSVA 3LWLA 2G8UA 2FBYA 3ULDA 3RMCA 5D3GA 2QK9A 1HYSA 1FK9A 3DRSA 1JLGA 4IFVA 3OJUA 4JRPA 4B3OA 4MFBA 1IKVA 3VA3A 3QEPA 1BCMA 4CEDA 1X9MA 4G1QA 5DK5A 4FXDA 3AVLA 1GOCA 4CE9A 4BACA 3MXMA 1NJXA 1GOBA 3KLGA 3HK2A 1JLQA 2KZZA 4DTRA 1IKXA 1ASUA 3LWMA 1RTIA 1RT2A 3VQQA 4DQIA 3AVAA 1VSDA 3OS0A 4DSLA 4LH4A 3G0ZA 4CFDA 4GW6A 4DFKA 4FJHA 4B9TA 3LPUA 1HMVA 4CHNA 3H08A 4CJ4A 4F2SA 2B5JA 2ETJA 3NAEA 3KD5E 5FRNA 4E7JA 3SPYA 1TV6A 3K5NA 4MQ3A 3NF8A 1SKSA 4DTOA 4CJLA 4DTSA 1J9AA 4FJNA 1Z25A 2WOMA 2XY6A 3OS2A 2YHAA 4FZXC 3SNNA 1K6YA 3HJFA 4M3WA 1HNVA 4HVJA 1SL0A 3DLHA 3K5MA 3HVRA 3L2WA 1BGXT 2DFHA 4DU3A 1IO2A 1QE1A 3KK1A 4KB1A 3A2FA 4B9LA 3QEIA 4Z4IA 3PX4A 1YTAA 3NCIA 2NUBA 3OY9A 4E1NA 4OLAA 3M8SA 1LAVA 3NGIA 2A1SA 1NOZA 4B9NA 4CCHA 3TAGA 3L8BA 1HNIA 3QINA 3DLRA 1NJYA 1CXQA 4YNQA 1DTQA 4OPJA 3SUQA 1JKHA 1RTHA 4IG3A 4CFAA 1VRUA 5KGXA 3AVKA 1EX4A 4RW6A 2VG5A 4AHTA 3HT3A 3L2RA 1B9FA 1WSJA 2O4GA 3O4QA 3AVGA 3AO1A 4O55A 1IH7A 3M8QA 3NE6A 3VQ8A 5SWMA 1BCOA 1VSIA 1BISA 4FZYA 1RT1A 2E4LA 3B6OA 1L3TA 1LWEA 1TL3A 1QQCA 2IS3A 4CEFA 4ZHRA 4OKJA 2VG7A 1L3UA 2HMIA 5CYMA 4N41A 1VSEA 4B9MA 4C8OA 5HRRA 4FM1A 4CHQA 4M3TA 3TARA 4CHZA 1JL2A 1ZBFA 1KFSA 3P5JA 1BHLA 3OYJA 2FBVA 2QKKA 5J2QA 4FJ5A 2VWKA 3KKSA 2G8HA 4E0DA 4FJXA 3AA4A 1HQEA 4CJUA 1D9DA 2RN2A 1JLBA 1S5JA 2OPPA 4KI6A 3S3MA 3DRRA 4HTUA 3V9XA 4O5BA 4DSJA 2Z1HA 1UA1A 1L3SA 4BWMA 3QLHA 3QO9A 4J2EA 3SZ2A 4BWJA 3U6FA 3P1GA 4FLTA 4CJ3A 1EP4A 4Q5VA 4J2AA 3DLGA 2OZMA 1JXEA 1RILA 5FROA 3VN5A 2QKBA 1YT3A 4CHOA 3VQ7A 4ID1A 4FLYA 3EZ5A 3OYEA 1EXQA 4RW4A 5J2MA 1LV5A 4FW1A 3VQPA 2OA8A 1W0HA 3OYFA 4IKFA 3DRPA 4UQGA 2OPRA 4CGHA 2BE2A 3U3GA 1FXXA 3C6TA 1QSSA 1XHXA 3I0SA 2IAJA 2Z1GA 1WNSA 1QTMA 2XHBA 3C6UA 2YHBA 1A5XA 4Z0UA 1W9HA 3V6DA 1TKDA 4KB0A 4KHUA 1UWBA 3DOKA 3V1OA 3ZT2A 3RRHA 4HCBA 1TK5A 3MEGA 1WN7A 3KLEA 3NF7A 1WAJA 1WAFA 4H4OA 1YTUA 1BQNA 3ITHA 5J1EA 5KTQA 1ZBHA 2DFFA 1VRTA 1U4BA 1NK7A 3KJVA 1U49A 4R5PA 2BGGA 1KFDA 3HVTA 4DSIA 4NYNA 3WNFA 2OPSA 1C0TA 3NGZA 1TVRA 4CGIA 2FBXA 4Z4CA 4F3OA 4M3RA 4CHPA 3OYGA 5C25A 4FJKA 3K57A 3BGRA 1UOCA 2FC0A 3AVMA 4LY7A 3HXMA 1EETA 2HHWA 4FJLA 3MEEA 2HVHA 3S3NA 1C1CA 3QIPA 4DFPA 1VSMA 2PZSA 1KCFA 1Z26A 4B9UA 1RDBA 4DTXA 3OYCA 2OZSA 4IDKA 1A5VA 3EYZA 4N76A 5T7BA 3OJSA 3IG1A 4GMJB 4I2QA 4FVMA 3I0RA 4BE2A 3LZIA 1VSKA 3OYHA 3CFOA 1ASVA 2AJQA 4DSEA 3QEWA 4DTJA 1S1VA 2X74A 4O44A 1BIZA 1RBUA 2A1RA 1TGOA 3K5OA 4CJRA 3MXIA 2FBTA 2KFZA 4KTQA 4FLXA 4Z4EA 4L8RB 4E1MA 2GUIA 5SZTA 3TAMA 3THVA 3DYAA 5JS1A 3K59A 3ZSYA 5KRTA 1S1TA 4DQSA 2E6MA 5KRSA 2BANA 3WNGA 3ZSOA 4K8XA 1Q9XA 2G8IA 4FM0A 4FJ8A 4FK2A 4CEAA 1J5OA 4F3TA 4CEOA 3SQ4A 3V81A 4FJIA 4KREA 4DTNA 1FKPA 3PUFA 3V1RA 3HM9A 3VQBA 4OKEA 3AVIA 4EP4A 4DU4A 4YFUA 1RDCA 2P5GA 4BDPA 1SUQA 2D0BA 1VSLA 2YNIA 4C8LA 4O0IA 3V4IA 1WSHA 4KPYA 4HUEA 4E7KA 1N5YA 2P51A 1TKTA 2DY4A 2G8FA 2D0CA 2YNGA 3ZSRA 4N56A 1C0UA 4E7HA 1WSGA 2VWJA 3TR8A 3ZT3A 1Q9YA 3SUNA 2G8KA 4NCBA 4AILC 1KVAA 1VSFA 4E7LA 4OJRA 1B9DA 1UA0A 3HO1A 1LW2A 3HPOA 1RT3A 1U48A 3BDPA 4H8KA 3OS1A 4CF2A 3CM6A 4PY5A 3M8PA 4CJPA 1BI4A 2E6LA 4BE0A 4N5SA 3V9SA 1RT4A 3U3YA 1LWCA 3LALA 3KIOA 3IRXA 3TWHA 2QXFA 3DLBA 3SCXA 1RCHA 4CK1A 3TAEA 4M3YA 1RNHA 4KHYA 2X6SA 4CJTA 3HP9A 3VQCA 3ZT1A 5HRPA 4J2DA 1JLFA 4DFMA 3AO2A 3MEDA 1XI1A 2HB5A 4IG0A 1O1WA 1RTJA 4CESA 1TKZA 4M45A 2RKIA 2X78A 2YKNA 1S6QA 1NK8A 3OYLA 4PUOA 3TAPA 2HHXA 4DFJA 4I9QA 1S9EA 2Z1IA 4CJFA 1N6QA 4CIFA 1KLNA 1D5AA 4LSNA 4CEQA 4EZ9A 1TK8A 1L5UA 4KRFA 4N47A 1T03A 4HCCA 1FKOA 3NGYA 1I3AA 3AVJA 4OGCA 1SL2A 4JS5A 1Y97A 2XO7A 2W42A 2F8TA 2F96A 4AHRA 5FRMA 3D0PA 2ZE2A 3I8DA 2P1JA 3QESA 3G10A 3LAKA 3PV8A 1LWFA 3RMBA 3AO5A 1I39A 1RBTA 5HBMA 3B6PA 1BIUA 4M3XA 4QCLA 4KHNA 4DTMA 3UIQA 1YVUA 3KD1E 4FLWA 1RT6A 3SQ2A 2X6NA 4AHCA 3CG7A 3E01A 3O3HA 3V9WA 1C0MA 3K58A 4Z4HA 2ZQBA 2F8SA 1C1AA 3VQEA 1LW0A 4F8RA 4NCAA 1KVCA 3LANA 3ZSXA 3L2QA 3ZT4A 1JXBA 4TSXA 1SL1A 2KTQA 5CYQA 1NK6A 3M8RA 3CYMA 1T05A 2XY8A 2B6AA 2IC3A 4JLHA 3RMDA 1ZBIA 2Z1JA 4CF8A 2KW4A 1QS4A 2DFEA 1VSJA 4RW9A 3SYZA 4AHVA 4AH9A 4FLUA 1G15A 3V9UA 1NJWA 4FLZA 3MXJA 4B8CA 5J2PA 5CZ2A 5HLFA 2YKMA 4KKOA 4ID5A 4CJWA 1T7PA 1UAXA 4FJMA 2WONA 4W5OA 2HNZA 4FM2A 4HUFA 4DF4A 4KAZA 4DQRA 3S9HA 3CFPA 3D45A 3T19A 4XIUA 2HW3A 4M41A 3LP0A 4C8KA 3AVCA 1XHZA 4B8AB 2D5RA 2GBZA 2KZMA 1ZBUA 2HHVA 3AA2A 3AVNA 3WNEA 3SV4A 5HROA 1CXUA 2VG6A 2IDOA 3C95A 4OGEA 4DU1A 5HRSA 4B9VA 1CZ9A 1GOAA 1SKWA 4CJVA 3AA3A 3O4NA 4CGFA 4LSLA 4E89A 4FW2A 4KO0A 3QNNA 3HPHA 3T1AA 3NH1A 4FK0A 3PX0A 2P5OA 3DM2A 2HHSA 3JSMA 3RR8A 1LAWA 2XY7A 4IFYA 2HNDA 4FCYA 3TAQA 4O4GA 4C8NA 4CGJA 4FZZA 4CEBA 1S9GA 2KQ2A 3SPZA 2OYQA 4FJ7A 1QHTA 4CJQA 4CFBA 1NOYA 1HRHA 4DLEA 4KHSA 2G8WA 2KFNA 3KKRA 1X9WA 3SV3A 3V1QA 1WSEA 1VK0A 3OYMA 1RT5A 4ELTA 4CHYA 4ZTJA 4B9SA 3PO4A 1HPZA 1TKXA 5C42A 1HJRA 2JLEA 1TL1A 5JS2A 3ZT0A 2GV9A 2D0AA 4C8MA 4DG1A 3L2VA 4DF8A 5I42A 3AVHA 3MECA 3VQ9A 3JYTA 3HPGA 3ISNC 4LH5A 4M3ZA 1HYVA 3LP3A 3CFRA 3NH2A 3KK3A 1QSLA 4ELVA 1RDDA 4K8ZA 1RBSA 4Y1DA 1D8YA 1JLAA 4KTWA 4PQUA 2YV0X 1RBRA 2IGIA 4KTZA 1NK5A 1REVA 4CJ5A 3OYNA 4OVLA 3ASMA 3O3FA 2YNHA 4JS4A 3VQDA 4O0JA 3VQAA 1CLQA 1NK9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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