3SJJA

Rb69 dna polymerase triple mutant (l561a/s565g/y567a) ternary complex with dupnpp and a deoxy-terminated primer in the presence of mn2+
Total Genus 309
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
309
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Structural Insights into Complete Metal Ion Coordination from Ternary Complexes of B Family RB69 DNA Polymerase.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule keywords DNA polymerase
total genus 309
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-06-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3sjjA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3sjjA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3sjjA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3sjjA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3sjjA03
1JLFA 2XY6A 1VSHA 4E7JA 3HSTB 3ZT1A 1KVCA 3AA4A 3IS9A 4DU1A 3P83D 1EETA 1YVUA 3NCIA 3T1AA 4CEQA 3B6PA 4AHVA 1B92A 3LP2A 1LWFA 1JLBA 1MU2A 3M8QA 3OYBA 4K8ZA 5HRNA 1EXQA 3AA5X 4FVMA 2IC3A 1WSGA 3ITHA 1VSIA 5HRRA 4W5RA 4F8RA 3VQBA 2G8VA 4ICLA 3EYZA 1U45A 3HJFA 2VG6A 2VG7A 4KAZA 4FJ9A 4Z4EA 1VSLA 4M42A 2OPPA 3I8DA 4DQRA 1U48A 4E1NA 4NCAA 4B9NA 5DMRA 4ELUA 3P5JA 4I2PA 2G8IA 3L2QA 4EZ9A 3K5LA 3O4NA 4CFDA 2ITGA 5KGXA 5FRNA 1C0UA 3NH1A 4FLXA 3QESA 4IG3A 2B5JA 3ZSOA 2FC0A 1SL1A 2Z1JA 2HHTA 4HVJA 4QCLA 3OYMA 1KSPA 3HL8A 1BI4A 4FJMA 1NJYA 4CF9A 3L3UA 3SPYA 1LWCA 4E7IA 1Q8IA 1JKHA 1VSEA 3ZSRA 4OGEA 3SUNA 2KFZA 3CQ8A 4FLYA 5HBMA 1UWBA 5C24A 4NCBA 5FRMA 3LDSA 3ZT2A 4JRQA 1NK8A 3OYNA 4FM2A 3QNOA 3L2RA 4CEOA 1IG9A 3MEDA 3KIOA 3OS1A 1QHTA 4CGGA 3OS0A 1WSIA 3U6FA 4RW6A 3AVKA 3KLHA 4NCGA 1ZYQA 4B9MA 4KFBA 4Y1CA 1GOBA 1NKCA 3OVNA 1KLNA 1RTHA 1FXXA 1KFDA 3MEGA 4ZTJA 4L8RB 4O55A 1S1WA 4CE9A 2HHXA 4GVMA 4HUFA 3NDKA 1UOCA 3WNFA 1YTAA 3F73A 3SUPA 1BIUA 3H08A 4AHRA 4DS5A 1IKYA 3AVFA 4CHYA 3ZSXA 1RTDA 4AHTA 1TK8A 1DTQA 1RDCA 1RILA 3NGIA 5C25A 1XC9A 4E1MA 3HVTA 4Q5VA 2XY5A 3RR7A 1BGXT 3AVCA 3ALYA 1TKDA 3V9SA 3AO5A 3K2PA 1IKVA 1S1TA 2DTUA 2QKKA 3HM9A 4CK3A 3MECA 1TAQA 4IDKA 3K59A 4E7LA 3DLHA 4HTUA 5FDLA 4DTSA 1A5VA 4OVLA 5CYMA 1TV6A 1JLCA 4OGCA 1ITGA 2DY4A 4BE1A 1ASVA 1C1CA 1JL1A 1SUQA 1W0HA 1VRTA 3C6TA 1ZBIA 5KI6A 5C42A 4DTOA 3DRRA 1KRPA 4DG1A 3HVRA 1HQEA 5CZ2A 4CK2A 2YNFA 1B9FA 4KV8A 4H4OA 4O44A 4KB0A 4BDPA 3RR8A 3THVA 3OYFA 5J2MA 4DSJA 4KTZA 4FLZA 1LW2A 1L5UA 3AO1A 1NK7A 2YHAA 3EZ5A 2KZMA 4TSXA 4PA1A 3SQ0A 5CYQA 5KRSA 1W9HA 1F21A 2OYQA 3C6UA 3LAMA 1QSSA 4LSLA 3VQEA 1IKXA 3V9XA 4DS4A 3PO5A 4CFCA 5KTQA 1L3VA 1HYZA 1S5JA 4F4KA 1A5XA 1CXQA 4GW6A 4BACA 4CJRA 3SQ1A 4CF1A 1QE1A 1JLGA 3LP1A 2BANA 2X74A 3LZIA 4IFYA 1S9EA 3O4QA 4CJ3A 3RMDA 3LWLA 1Y97A 1LV5A 1KFSA 4E0DA 2P1JA 4C8MA 3SUOA 3O3HA 2X6SA 1BQNA 4ZHRA 4BDYA 1JXBA 4CF0A 3RRHA 2HB5A 3PY8A 4B9VA 1QTMA 4OPKA 1T7PA 2Q3SA 3NF6A 3G0ZA 2Y1JA 3V9UA 4FLVA 1NJZA 4K8XA 3QEVA 3V81A 1L3UA 4KPYA 3SZ2A 4CEBA 1RT7A 3PV8A 4DSEA 1NJWA 4M45A 3QETA 1I39A 4RW7A 3LAKA 3HT3A 4NYNA 4KREA 2HHSA 4BE2A 3QEIA 2HVIA 2FBYA 4J2EA 1ASUA 3LPUA 3V1QA 2QK9A 2E6LA 1NKBA 1JLQA 4E19A 4I2QA 2IAJA 3F9KA 5J1EA 3VQ6A 1G15A 4FJIA 3L2WA 4CEEA 2G8UA 2B4JA 4FW2A 4CJPA 4B08A 3AA3A 4H8KA 2Z1HA 2G8KA 2VG5A 2KZZA 4PUOA 4W5QA 1NK6A 4LY7A 3MXIA 3KLFA 4WE1A 2IGIA 2GBZA 3V4IA 5HLFA 2A1RA 3RRGA 1VK0A 3NE6A 4PWDA 4RW9A 3VQCA 1U4BA 1T03A 4O4GA 5J2NA 4Z4GA 5E41A 4QAGA 4I9QA 2HNDA 1JXEA 3FFIA 2F96A 3KLIA 4O0JA 1SL2A 3PX0A 2OPQA 1EKEA 3HP9A 3AO2A 4ID5A 3T19A 3ZSVA 1RT1A 3AVGA 2OA8A 3DLBA 4DTJA 3QIOA 2YNHA 4Y1DA 3AVJA 2FBXA 1RT2A 3NF8A 1C1AA 4YNQA 3OYHA 4M3ZA 3MXJA 4JS4A 5HP1A 1R0AA 4FZYA 4FK2A 3LANA 1XI1A 2JGUA 4DTXA 4OKKA 1VSKA 4CF8A 1HYVA 1WSFA 3WNGA 4CJFA 4O0IA 3K57A 4JRPA 1FKOA 4FJXA 4B9UA 4OKEA 3VQ8A 3AVMA 3TAEA 4CGJA 5J2QA 3OYJA 3S3OA 4B8CA 4DWIA 4KRFA 2ZQBA 4CJKA 4FJ5A 4FCYA 2VWJA 1X9WA 4KHQA 1X1PA 2EHGA 3KK2A 1U49A 1Q9XA 4FLTA 4FLUA 3E01A 5K14A 2LSNA 1XHXA 3V1OA 3DYAA 3WNHA 1YTUA 3L2UA 1WAFA 3NH2A 3WNEA 4G1QA 5HRPA 1ZBLA 3L8BA 4GMJB 1N5YA 4DTMA 4DF4A 3KKSA 3O3FA 3TAFA 3IAYA 4M3RA 1NK5A 4KHSA 4DMNA 1T8EA 4DQIA 1QSYA 4KTWA 2KFNA 2P5OA 2OPRA 3V1RA 3IG1A 1QS4A 4CJ5A 4BDZA 3SNNA 3D45A 3NGYA 4J2DA 4CCHA 1KVBA 2ETJA 2RPIA 4CJ4A 4F2SA 4NYFA 4PQUA 3RTVA 1BL3A 2QXFA 3VN5A 4EZ6A 4FLWA 2KW4A 4HCCA 1Z25A 1NK4A 1S1UA 4CERA 1TVRA 1I3AA 3D0PA 4CK1A 1CZ9A 3BGRA 4RW4A 1J54A 2A1SA 4M3YA 2WOMA 3KD1E 4AH9A 3DLKA 1A5WA 3QEWA 4AHCA 4F3OA 1EX4A 1WSEA 4RG8A 3KLGA 4AHSA 4M3UA 3NBPA 3VQAA 3S3NA 4KHWA 3LPTA 4ID1A 3VA0A 4FK0A 4KI4A 1REVA 1NK0A 2BDPA 3AV9A 1BCOA 2B6AA 4B8AB 4CEFA 4DFMA 4DFJA 3SJJA 2Y1IA 2ATQA 2ZE2A 3QINA 3PX6A 2O4IA 3QO9A 4M3TA 4FJHA 4B9TA 2QKBA 3LALA 1S6QA 2WONA 3VQQA 3V9WA 3UIQA 1O1WA 4DFKA 3OYIA 3OYEA 1NJXA 4KI6A 4EP4A 1CLQA 3AVHA 3HP6A 4HUEA 3TABA 4IKFA 1RDAA 1IO2A 2VWKA 1Q9YA 3NAEA 4BWJA 1CXUA 3ZT3A 1RBRA 3TR8A 1HQUA 2XO7A 1NKEA 2YNIA 1J9AA 4DU4A 1S9GA 2G8WA 1LW0A 2G8FA 3PO4A 3TAQA 2DFHA 4HCBA 1RT6A 2GUIA 1BI4B 4JS5A 2D5RA 4DSFA 2HHWA 1RTJA 4CEDA 4CJSA 4KB1A 2RKIA 3VQ7A 3OS2A 4EP5A 4FJNA 4CJTA 5SZTA 3T3FA 5SWMA 2HHQA 3ZT0A 1QSLA 3I0SA 2OZMA 4UQGA 5FROA 4DQPA 4OLBA 3SCXA 4HUGA 4Z4IA 4B9SA 4DQSA 3KTQA 3NHGA 2HNYA 3TANA 3SYZA 4FJ7A 1S1XA 4FXDA 1SV5A 3ISNC 3LP0A 5JS1A 1BCMA 2GV9A 4H4MA 3VQDA 4W5NA 2FBTA 4CJUA 3DOKA 3CFPA 3TARA 1KVAA 3QNNA 1RBSA 4FZZA 4M3XA 4C8OA 3RWUA 3MEEA 4M41A 1TKZA 3LZJA 4C8LA 1HJRA 3ZT4A 2DFFA 2IDOA 4CJQA 2F8TA 3DM2A 3AVLA 2YHBA 4FYDA 2XHBA 2R7YA 3DLEA 4DSIA 3TAGA 1RDDA 4CFBA 1SKWA 1J53A 3HXMA 2X78A 3SQ4A 4IG0A 3M8RA 3MAQA 1U47A 4IFVA 1BHLA 1SKSA 1TKTA 1DLOA 2ZD1A 3P1GA 3HK2A 1VSJA 1X9MA 3JYTA 4Z4FA 4CJLA 3OYDA 1TGOA 4FJ8A 1RTIA 2XRIA 4XIUA 5HROA 1RBUA 5KRTA 4OLAA 3VQ4A 4FJKA 4DTRA 3M8PA 1S1VA 4CEZA 4J2AA 1BQMA 2HVHA 3K58A 1L3SA 4HHTA 4B9LA 1HYSA 3AVIA 4E3SA 1VSFA 4KHUA 2P5GA 1JLAA 3SQ2A 3AO4A 5I42A 4RW8A 1KCFA 3QLHA 4DU3A 3ZSYA 4FJGA 4O5BA 5JS2A 5HRSA 4I7FA 3V9ZA 2XY7A 2G8HA 4I9LA 4PY5A 2YNGA 4FZXC 1LAVA 5CY4A 2AJQA 3ZCMA 1FKPA 3QERA 1WSJA 2YKMA 3LP3A 4OJRA 2KQ2A 3AVNA 2XY8A 3K5MA 3KJVA 1JLEA 1RT4A 4M3WA 3HPHA 2Z1IA 1BIZA 4Z4CA 5KGWA 4DQQA 3OJUA 3CG7A 2X6NA 4LSNA 4CGIA 4N47A 4CJVA 4FM1A 4DLEA 3SPZA 1VSMA 2YKNA 3AVAA 3L2VA 2D0AA 3KK1A 3HO1A 4J2BA 1YT3A 4F2RA 3PX4A 1LWEA 5EU7A 4AILC 5I3UA 1GOAA 1XWLA 5CZ1A 3CM5A 1X9SA 3BDPA 3OYAA 3TWHA 1RCHA 2PZSA 4C8KA 2I5JA 4DSKA 2HHUA 2PYJA 3KD5E 3CFRA 3DRPA 3QEXA 3OJSA 4FJLA 1GOCA 4CEAA 2RN2A 4W5TA 1XHZA 1N6QA 1TK5A 2IS3A 3C95A 1BISA 3CYMA 4ZTFA 3B6OA 4MQ3A 4E7HA 1D8YA 1TL1A 2YV0X 3CFOA 1RT5A 3V6DA 1DTTA 2P51A 4N41A 4FJJA 2BE2A 3RMAA 3NGZA 3OYKA 3VQ9A 4KHYA 2PY5A 1TAUA 4YFUA 1HMVA 1HPZA 1D5AA 3NFAA 4CF2A 3KK3A 3DLRA 4ELVA 4FK4A 1FK9A 3VQPA 4CHOA 3SV3A 1L3TA 3A2FA 4KKOA 4CGHA 1NOZA 1D9DA 3CM6A 2D0CA 3G10A 1J5OA 1CZBA 3TI0A 4FM0A 1WSHA 4C8NA 3ULDA 4DTPA 1JL2A 2EX3A 4N76A 1UA1A 1HNVA 1UA0A 1ZBFA 4CIFA 3O3GA 1C0TA 1KTQA 1VRUA 3RMBA 5DK5A 2KTQA 2F8SA 3OY9A 3K5OA 1RDBA 1VSDA 1IKWA 1K6YA 1Z26A 2IOCA 3LWMA 3U3YA 1LAWA 1D9FA 1SL0A 3S3MA 5T7BA 4CHPA 3ASMA 1QQCA 4DLGA 3RMCA 4BE0A 4KO0A 3TAPA 2HMIA 3SV4A 3HPOA 2HNZA 1TKXA 3KKRA 3M8SA 1S6PA 1TK0A 4N56A 1T05A 1UAXA 3VQ5A 1B9DA 2BGGA 1IH7A 1NOYA 3DOLA 4LH4A 4CECA 1HNIA 3DI6A 4CHZA 1WN7A 1RT3A 4R5PA 3NF7A 5D3GA 4FW1A 5J2PA 2NUBA 4DSLA 3DLGA 3OYLA 4E7KA 1C0MA 3OYGA 3K5NA 1WAJA 3DMJA 3HYFA 3IRXA 4CFAA 4E89A 3NF9A 4F3TA 4CHQA 4Z4HA 4N5SA 1RBTA 3AA2A 3SUQA 4OKJA 3DRSA 3OYCA 4DTUA 3L3VA 1HRHA 3I0RA 4BWMA 4CGDA 2W42A 3S9HA 4CJEA 3ZSWA 4CIEA 4JLHA 1RNHA 3EY1A 2RF2A 1TL3A 1C1BA 4MFBA 4CIGA 2OZSA 3C94A 3TAMA 4CGFA 1NK9A 4QOZB 1U04A 1ZBUA 3AVBA 4DTNA 3MXMA 1RBVA 2E4LA 4KHNA 4AHUA 4KTQA 1ZBHA 4DFPA 2HHVA 2O4GA 2FBVA 3U3GA 3NH0A 2D0BA 3PUFA 4Q0BA 1C6VA 4IBNA 4CJWA 3QEPA 3HPGA 2DFEA 1KLMA 2OPSA 2Z1GA 3AO3A 3SI6A 4LH5A 4OPJA 2PYLA 4B3OA 2E6MA 3JSMA 1WNSA 1ASWA 3ZSZA 1SKRA 4CESA 4DF8A 3KLEA 3ZSQA 4LD0A 4W5OA 1EP4A 4Z0UA 4CHNA 3VA3A 4ELTA 2HW3A 1WLJA 3QIPA 2JLEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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2FXUA 1QE1A 1JLGA 3A8YA 3LP1A 4CF1A 3LZIA 1S9EA 1NGFA 4E0DA 2NLXA 4WFNL 1BQNA 3RRHA 4CF0A 3FR0A 4OPKA 5AQGA 1T7PA 1VQ5N 5AZIB 4FLVA 4BR5A 3C6HA 3A5LC 3U8XA 3CD6N 1V4SA 3A0IX 4A2AA 2E2PA 2O8BB 4DSEA 3LDQA 1I39A 4RW7A 3HT3A 4KREA 4NYNA 4M7YA 3QEIA 4BGAA 5LL6Z 2QK9A 4EAHD 4E19A 4LF5K 3WQUA 1YI2N 1G15A 4CEEA 3AA3A 1HNZK 4H5RA 3J7AP 2JHAA 3MXIA 4WE1A 2A1RA 4PWDA 3PIPL 3VEOA 1U4BA 5BR8K 3MN7A 1JCFA 3THWA 5J2NA 4Z4GA 5E41A 3FFIA 3LDNA 2OPQA 1EKEA 3HP9A 1RT1A 4DTJA 4Y1DA 3AVJA 4A62A 3MXJA 3BY5A 3LANA 1XI1A 3LD8A 3WNGA 4CJFA 3K57A 1QQMA 3TAEA 4CGJA 4FWPA 4CJKA 2EHGA 1U49A 4UY8O 2PBDA 1XHXA 3CIPA 3VERA 3M1FA 3WNHA 3WNEA 1BO5O 4G1QA 4GMJB 4PKGA 1N5YA 5LJWA 1QSYA 2JPNA 2KFNA 2O8EB 1QS4A 2V51B 4WFBL 4CJ5A 2BUPA 1K73O 1FS1A 1U2VA 2F7TA 4CJ4A 3WUHA 1QZ6A 3AGKA 3R9PA 3RTVA 4EZ6A 3VEZA 3D7EO 5GAEP 3LDPA 1QHAA 3CQXA 4CK1A 3SAGA 3P39A 3QDKA 1N32K 4FWSA 2QWRA 3DLKA 3THXA 3NBPA 3S3NA 3VA0A 2BDPA 1FW6A 4B8AB 4CEFA 4CVNE 3TSPA 3PX6A 2HHSA 3SJJA 4RL5A 2O4IA 3QINA 4B9TA 4H5VA 4IFEA 3CCQN 3CCLN 1NJXA 4EPHA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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