3SPYA

Rb69 dna polymerase(l415a/l561a/s565g/y567a) ternary complex with dupcpp opposite da
Total Genus 324
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
324
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural Insights into Complete Metal Ion Coordination from Ternary Complexes of B Family RB69 DNA Polymerase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DNA polymerase
molecule tags Transferase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 324
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-07-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3spyA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3spyA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3spyA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3spyA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3spyA03
3P83D 4CHZA 1ZBHA 1BIZA 3BGRA 4CJ4A 2D5RA 1MU2A 1EX4A 3QNOA 4BE0A 3AVFA 2IAJA 3CM5A 3O4QA 1BHLA 1QHTA 1JLAA 3ITHA 4FW1A 4CJEA 3SUPA 4Z4FA 1X1PA 3VN5A 2R7YA 2Y1JA 3LPTA 4RW4A 3VQ9A 4CEOA 1S9EA 3QEVA 3U3YA 4IDKA 1NK9A 1VSHA 1UWBA 3U6FA 3SPYA 1L3VA 1RT2A 4C8OA 2A1SA 3MECA 4L8RB 4M41A 1JXEA 1CZ9A 1JL1A 4FZXC 1C1BA 1S6PA 3HPOA 3D0PA 3ZT4A 1UA0A 2DFHA 4QOZB 4HCCA 4CIEA 3RWUA 2HVIA 2KZZA 4M3WA 4CEFA 4F8RA 4KHNA 3DRPA 4IKFA 1G15A 4HUGA 3DLEA 4HTUA 2Y1IA 1KLMA 4B8CA 4AILC 1ZYQA 3SYZA 3CFRA 4M3TA 1RILA 2YNGA 4B9LA 4LSLA 4E0DA 3F73A 3OYEA 3AO1A 4CJTA 2B6AA 1TV6A 3AO4A 4LD0A 3SQ0A 2IC3A 1VSDA 3AA3A 3B6PA 4KREA 4M3YA 1SL1A 2PYJA 4ELTA 1QSLA 3HXMA 2BE2A 4LY7A 4CEZA 1NK5A 4AHCA 1GOBA 4DU4A 1VSIA 2HW3A 4O44A 3AVKA 1WLJA 3SQ4A 3QETA 2DTUA 3VQ4A 3KTQA 1RT6A 3A2FA 4DTMA 5KTQA 2X6SA 1HMVA 4Y1CA 4KHSA 5FRNA 2HHVA 1RT1A 1LWEA 1RTJA 1S6QA 4ELVA 1WNSA 1BCMA 4PA1A 3JSMA 3PX0A 4NCBA 1VSMA 3HVTA 1RTIA 3P5JA 1RDAA 4QCLA 1VSJA 3VQDA 3PO5A 2KFNA 2G8KA 4FJ9A 2BGGA 3UIQA 4CFDA 2B4JA 4BE1A 2OZSA 3CG7A 3ZSYA 3LP2A 4B9VA 4FXDA 3KLGA 3AVHA 3IAYA 1L5UA 1SKRA 1J53A 3T19A 4AHUA 3V9ZA 1YTUA 4F3TA 3RMDA 1VRUA 4R5PA 1FKPA 4DFJA 3OVNA 3SI6A 4F3OA 3OYNA 1CZBA 4DSLA 1TKXA 4W5NA 4Y1DA 5HP1A 4KB0A 3S9HA 3B6OA 1NK8A 2OA8A 3VA3A 2D0BA 4CJSA 1TKDA 4E19A 1VSKA 2IS3A 4FJ7A 4FK2A 2A1RA 3LAKA 3MEEA 1JLBA 1FK9A 2OPSA 3RMBA 2WOMA 1L3UA 3QERA 4Z0UA 5FRMA 2O4IA 4F2RA 5KRSA 1GOCA 3DOLA 3ZSVA 2HHQA 5SZTA 5EU7A 1QTMA 3LP1A 4AHTA 3E01A 1C1AA 3JYTA 3ZSZA 1NK6A 3AVJA 4FZYA 4Z4EA 2JGUA 1Y97A 2HNDA 3MEDA 3TARA 5JS1A 2F8SA 1KVAA 2VG5A 4CIFA 4CF8A 3WNEA 1UOCA 1KVBA 3L2QA 3V9SA 3SZ2A 3TAPA 2JLEA 3OYJA 1RT5A 4CJFA 4E7JA 4CCHA 1NOYA 3AO5A 5HLFA 2F96A 4E7IA 2Q3SA 4CEDA 1JL2A 1RCHA 3NBPA 4IG3A 4B9TA 1Q9YA 1ZBUA 3ZSWA 1ITGA 1SV5A 3DMJA 3TAFA 1ZBIA 2DFEA 3NH1A 5J1EA 1QS4A 1W0HA 5HRSA 4CESA 4Z4GA 4B3OA 1RDBA 3DLBA 3DM2A 3FFIA 3SUOA 1ASWA 3NCIA 3ZT1A 3AVNA 4ZHRA 4E7LA 3RRHA 1UA1A 1HPZA 2KTQA 4F4KA 1HNVA 3L8BA 2Z1JA 3AVIA 4RG8A 5CYMA 4CGHA 1VSFA 2OZMA 1BGXT 3V1QA 4E3SA 3KD5E 1C1CA 5DK5A 4OKEA 3HP9A 3QIPA 4CECA 3HP6A 3V6DA 1KFSA 1HYSA 4CK3A 1TK5A 1X9WA 1TAUA 3AVGA 4AHVA 1D5AA 2FBTA 4DSJA 3DRRA 5HRRA 4KHWA 4OGCA 4FLUA 1R0AA 1S1TA 4GMJB 1WN7A 4I7FA 3VQEA 3KLEA 4DTXA 4J2AA 2PY5A 3SPZA 3L2WA 4I9LA 3KK3A 1J9AA 4E7HA 4CEQA 4FLZA 3K2PA 4M45A 1J54A 1RT3A 3L2RA 4DSIA 3LALA 4FJXA 2VG6A 3LAMA 1QSYA 4F2SA 4C8LA 4DWIA 1D9DA 4I9QA 4KRFA 3K58A 2VWJA 3WNHA 3EY1A 4DQSA 3OJSA 1XC9A 1KRPA 4KHQA 4FJMA 3QESA 1BIUA 1Q8IA 2OPQA 4CIGA 1SL2A 5KRTA 2IGIA 3RTVA 3ULDA 2QXFA 4UQGA 4E89A 3BDPA 2ZE2A 1A5VA 3SCXA 4CJQA 3L3VA 3SQ1A 4BDYA 1BI4A 2XHBA 4C8NA 2OYQA 1C0MA 3LP0A 3VQ5A 1NK0A 1RBVA 3HYFA 3LDSA 3OS2A 3I8DA 4QAGA 2BDPA 1X9SA 2IOCA 2ZD1A 1DLOA 4RW6A 1ZBFA 1JLEA 2HVHA 3CYMA 4FZZA 1JLGA 1S1UA 5J2QA 3S3MA 1U49A 1RT4A 4FLXA 1VSEA 1N6QA 5C25A 3KK1A 2PYLA 3PO4A 4B9NA 4DS4A 4NCAA 4J2EA 4DQRA 3M8PA 4RW7A 4FK4A 1D8YA 3VQ7A 1CLQA 1RTDA 3QINA 3SNNA 4FLYA 4FJHA 1KFDA 2WONA 1RBSA 3KLIA 4H4MA 4Q5VA 3KD1E 2RKIA 1BISA 5E41A 4RW9A 3AVCA 1TKTA 3LZIA 1XI1A 4IFVA 3V81A 3H08A 4FJ8A 4KHUA 1WSGA 1YVUA 1IO2A 4CHNA 2YKNA 3KKSA 3O3GA 1VSLA 2HNYA 1TL3A 3VQ6A 4AH9A 4CFAA 4NCGA 3V1OA 1WSEA 3V9UA 4CJWA 2D0CA 1QQCA 1EP4A 3TANA 1KCFA 4E1NA 4NYNA 2GBZA 4OVLA 1TKZA 5C42A 1SKSA 2B5JA 1NKEA 1QSSA 4LSNA 4CEAA 3HSTB 3OYFA 1WSJA 3NF6A 4M42A 3MAQA 4OPKA 3KJVA 4B9UA 4HCBA 2X78A 4PWDA 3DOKA 3HJFA 1D9FA 3WNFA 1FKOA 4CJUA 3AVBA 2XY6A 3T1AA 1RBTA 3AVLA 3ALYA 4RW8A 3LZJA 3VQPA 3QLHA 4EZ6A 3NAEA 3PY8A 1REVA 3ZCMA 1S1XA 3L3UA 4OGEA 3QEXA 1EETA 3OYKA 4CK2A 2P5GA 4CF1A 3RR8A 2DY4A 3AVAA 4N56A 3AVMA 1EXQA 4BWMA 1C0UA 2PZSA 2HHTA 4DQPA 1WSHA 4OLBA 4YNQA 1IKYA 4B08A 4CERA 2YNHA 3QIOA 1GOAA 2LSNA 4MQ3A 3NGYA 3S3OA 1NJYA 1B92A 1LAWA 1VK0A 4O4GA 5DMRA 3VQCA 3VQ8A 1UAXA 1F21A 4DFKA 4CJRA 4JRQA 2YHBA 4DTJA 3DLRA 5CY4A 4OJRA 1JLQA 4O55A 4CJPA 4CF9A 4DF4A 1C6VA 1LWFA 4DTRA 4W5RA 2Z1IA 3K5MA 1WAJA 4O5BA 4DTUA 4EP4A 4FK0A 4HVJA 3K5LA 1Q9XA 2HHXA 4OKKA 3RRGA 4BACA 2FBYA 2YKMA 3ZT3A 3OYIA 3OYBA 3K57A 1TK8A 3MXIA 2KZMA 3CM6A 4B9SA 2YV0X 1EKEA 1NJWA 4CHOA 2YNIA 4CFCA 3DYAA 4DTPA 1XHZA 1ZBLA 3O3FA 5KGWA 4M3RA 4CEEA 3NF9A 4Z4CA 4TSXA 4IFYA 3OYHA 3AO2A 2NUBA 3T3FA 2KFZA 3WNGA 3C6TA 3MXJA 4FLVA 3G0ZA 4M3XA 2RN2A 1ASVA 3VQBA 2ATQA 2YNFA 3ASMA 2VWKA 2ITGA 3SUNA 4DF8A 1HQUA 5D3GA 4I2PA 4IBNA 3V4IA 3SUQA 1RTHA 4DSEA 4OPJA 3VQQA 3LWLA 2I5JA 3RR7A 1FXXA 4Z4IA 4ZTFA 1LW2A 1T05A 2XY8A 4J2BA 4CJ5A 4GW6A 3O4NA 4HUFA 1TVRA 1U04A 1J5OA 3NHGA 1XWLA 2E4LA 1B9FA 5FROA 1RDDA 2FBXA 3M8QA 4ID1A 4FYDA 2OPPA 4KV8A 3HPGA 3TWHA 5HBMA 4BDZA 3KIOA 4DTSA 2YHAA 3U3GA 4BE2A 4HHTA 3DRSA 3IRXA 4FM1A 4K8ZA 3CQ8A 4FM0A 3EZ5A 3TR8A 1IKVA 1B9DA 1QE1A 4KHYA 1RT7A 3PUFA 4H4OA 3I0SA 1LWCA 3C94A 1JLFA 2XRIA 4LH5A 3L2UA 1WSFA 2RF2A 1L3SA 1S1VA 4JRPA 3LWMA 1O1WA 4B9MA 2HHWA 2E6MA 4FJIA 2P51A 4J2DA 3ISNC 4CGJA 5J2PA 3HM9A 4KFBA 1SKWA 5J2NA 2ZQBA 3MEGA 2BANA 4EP5A 1TGOA 1JXBA 1U4BA 1DTQA 3SV4A 4OLAA 3O3HA 3PX6A 1BCOA 1S9GA 3D45A 4CHPA 3OYLA 3V1RA 1IKWA 3HK2A 3SJJA 2O4GA 3TAGA 3TABA 4B8AB 4DU3A 1JLCA 2X74A 4DG1A 4AHSA 4AHRA 4W5TA 4DU1A 4DSKA 3LPUA 2X6NA 4FW2A 4DTOA 3V9XA 1L3TA 1RBUA 1YTAA 4FJKA 1DTTA 5KGXA 4CF0A 4WE1A 5C24A 2W42A 1LAVA 4FJGA 4KO0A 4G1QA 4E1MA 2D0AA 4LH4A 1WSIA 3QEWA 4JS5A 3PV8A 4KPYA 3OYMA 2XY5A 4PY5A 4O0JA 4Z4HA 3OS1A 1NJZA 3TAEA 1Z26A 4CHYA 1RBRA 3NGIA 1A5WA 2FBVA 1CXUA 3OYGA 5JS2A 3PX4A 1I3AA 4DLGA 4DS5A 2F8TA 4FVMA 4DFMA 2DFFA 4M3UA 4CHQA 3DLGA 3SV3A 1NKBA 4CK1A 2XY7A 1HJRA 4HUEA 1WAFA 3AV9A 3TI0A 1HYVA 4MFBA 4N47A 4O0IA 3NH0A 4FJNA 4M3ZA 2HNZA 2G8UA 2Z1GA 3CFOA 3ZSXA 3KLHA 4I2QA 4BDPA 3HVRA 1K6YA 3AA4A 1IG9A 3NFAA 4W5OA 1KSPA 1KVCA 2KQ2A 2HHUA 2IDOA 3CFPA 4KI6A 3OYAA 1RNHA 3DI6A 5I3UA 2OPRA 2GUIA 4K8XA 3TAQA 3NDKA 1IKXA 3AA2A 5CYQA 3HL8A 3LANA 3NH2A 1A5XA 1NK4A 4KI4A 4H8KA 4FLWA 3KKRA 2G8VA 3M8RA 3MXMA 3DLHA 2E6LA 5SWMA 4DQQA 4GVMA 4NYFA 2ETJA 3F9KA 3NF8A 1ASUA 4BWJA 3P1GA 3HPHA 1IH7A 4KTZA 4C8MA 3C6UA 4CGFA 5KI6A 3LP3A 3ZSQA 4FJLA 3OYDA 3NGZA 4N76A 5CZ2A 5K14A 1VRTA 4FJJA 1NJXA 1JKHA 4CGGA 4CEBA 5HRPA 4E7KA 2HB5A 5CZ1A 5J2MA 1XHXA 3IG1A 4FJ5A 1LW0A 4YFUA 4KB1A 5FDLA 5T7BA 4CGDA 2G8FA 4KTWA 3I0RA 2GV9A 2Z1HA 4DLEA 2RPIA 3RMCA 4DQIA 3OYCA 3VA0A 3K5OA 4JLHA 1KLNA 1C0TA 4Q0BA 2P5OA 5HRNA 1HRHA 1TK0A 4PUOA 2G8WA 3G10A 1U45A 3K5NA 1HNIA 1S1WA 4IG0A 3KLFA 1T8EA 3OS0A 1BL3A 3QO9A 3NF7A 1TAQA 3V9WA 2QKBA 3AO3A 3VQAA 4FCYA 4PQUA 4KTQA 2P1JA 3M8SA 1NOZA 1NKCA 2HHSA 3ZSOA 5I42A 2HMIA 3NE6A 4CJ3A 3OY9A 3ZT2A 1X9MA 1N5YA 3TAMA 4EZ9A 4CJKA 5HROA 3K59A 4KKOA 1NK7A 4DMNA 2QKKA 1Z25A 3S3NA 4ICLA 2AJQA 1BQNA 4FM2A 3EYZA 1RDCA 1SUQA 4ID5A 4DSFA 1HQEA 4N5SA 3SQ2A 4DTNA 4CE9A 2VG7A 4OKJA 3IS9A 3QNNA 2FC0A 1T03A 1YT3A 3AA5X 4CFBA 4N41A 3ZT0A 4CJLA 3HT3A 1BI4B 1U48A 1KTQA 3QEIA 3KK2A 1U47A 2EHGA 3HO1A 2G8IA 3L2VA 4W5QA 2QK9A 2KW4A 1S5JA 3C95A 4CF2A 1TL1A 4DFPA 4ZTJA 3OJUA 4XIUA 1I39A 1T7PA 4CGIA 2EX3A 1CXQA 3ZSRA 3DLKA 4C8KA 1W9HA 2XO7A 4ELUA 3THVA 3QEPA 4KAZA 4CJVA 2G8HA 4FLTA 4JS4A 1LV5A 1SL0A 1HYZA 3RMAA 1BQMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1Z6RA 2D5RA 4BE0A 4BG9A 3O4QA 1BHLA 1JLAA 4Z4FA 3W3DA 3VN5A 3CETA 3QEVA 1VSHA 4FSVA 1RDWX 4CZKA 4EHTA 4U7BA 4C8OA 4M7XA 4K25A 4CVNE 1CZ9A 4BRIA 3CC2N 1S6PA 1YJWN 4CIEA 5AJ3K 4F8RA 3IMXA 1G15A 4GV3A 3P38A 2Y1IA 2QWQA 4DQ8A 3PSFA 4M3TA 2YNGA 2UU9K 3ULEA 3A5NC 1TV6A 3AO4A 3SQ0A 3AA3A 2PYJA 4DU4A 4Y0WA 3THYA 4RCHA 4CBXA 3SQ4A 3KTQA 3OTOK 5KTQA 2X6SA 4Y1CA 5FRNA 2HHVA 1LWEA 2UXBK 4PA1A 1BCMA 3CI5A 4AM7A 3PX0A 1RTIA 1RDAA 3HBTA 4BROA 4NLBA 2KFNA 2BGGA 3UIQA 4FWMA 3ZX2A 3CG7A 3J81O 2O8EB 3C6PB 4BRNA 1SKRA 5JLFA 2AP1A 4AHUA 1MHZG 1HNXK 3U4LA 3RMDA 1VRUA 3L6QA 4BGBA 3SI6A 4F3OA 4W5NA 3S9HA 4YORA 2OPSA 3RMBA 2WOMA 4YOVA 3QERA 1I94K 3E01A 3JYTA 3N1EA 3ZSZA 2CGJA 3AVJA 3IDHA 1Y97A 3TARA 4IDHA 2IVNA 2ZWHA 4CF8A 4GVEA 3SZ2A 3TAPA 3OYJA 2NRWA 4XH1A 4CCHA 4ILJA 1WBBA 1HUXA 1RCHA 4IG3A 1YAGA 2JPNA 1SV5A 1GLCG 4XEIA 4PKGA 3NH1A 1KAYA 1W0HA 1YHQN 4CESA 4H0VB 3FFIA 3SUOA 3NCIA 5M1OA 4DR7K 4RL5A 1N32K 3AVIA 4RG8A 2W6KA 5CYMA 1HKBA 1C1CA 4BR0A 4CECA 3VEVA 3JS6A 3V6DA 1X3NA 4CK3A 4AHVA 5AQWA 1XMFE 4DSJA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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