3SUQA

Rb69 dna polymerase (y567a) ternary complex with dctp opposite 2ap (at rich sequence)
Total Genus 300
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
300
sequence length
897
structure length
897
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Structure of the 2-Aminopurine-Cytosine Base Pair Formed in the Polymerase Active Site of the RB69 Y567A-DNA Polymerase.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule keywords DNA polymerase
total genus 300
structure length 897
sequence length 897
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-07-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3suqA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3suqA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3suqA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3suqA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3suqA03
4NCAA 4DTPA 1HNVA 1VK0A 3CG7A 3SQ4A 4L8RB 4CFAA 4B8AB 2AJQA 2EHGA 3PUFA 4FCYA 3VA3A 5KGWA 3LP1A 3DLEA 3TR8A 2B5JA 3NGZA 1BHLA 4B9SA 5J1EA 3V1OA 4DSFA 1RDBA 3KK1A 1Y97A 4FW2A 4CHYA 1RNHA 3K5NA 2FBXA 1SKRA 4FJIA 2ZQBA 4CHZA 1JKHA 4M3ZA 2FBTA 5C24A 4W5OA 4RG8A 4CHQA 3WNGA 1T05A 1S1VA 2QK9A 3L2WA 4HUEA 1NKCA 1A5VA 3LDSA 1S6QA 1X1PA 2YHBA 3V9SA 4OKKA 4CGJA 3SV3A 4HCBA 5HRPA 1LAWA 1WN7A 4CE9A 3OYIA 4PUOA 2VG5A 4CFCA 3DOKA 3LAKA 4DQIA 3DYAA 3HVRA 1B92A 4CEEA 4CJQA 4KFBA 4Z4FA 3D0PA 4RW8A 3ITHA 4W5RA 3SYZA 1BQNA 4ZTFA 2G8IA 2G8VA 4CJKA 1S9GA 4E1NA 3LPTA 1NK7A 3K57A 1XI1A 1JL2A 1NK8A 4H4OA 4B9LA 1B9FA 3K5LA 4FLXA 1HPZA 3SQ0A 3AVLA 2G8KA 2KFNA 1RT4A 3MAQA 2F8TA 4FJ8A 3LP2A 4EP5A 2Y1IA 3RTVA 2KFZA 5C25A 4NCGA 2QKKA 1NK6A 3KK2A 4DTRA 3DLRA 3HO1A 3QO9A 3AVHA 3QERA 4CJ4A 3OJUA 4CEDA 1X9SA 4DWIA 1ZBIA 1RT3A 4CK2A 1T7PA 1X9MA 3I0SA 3TAMA 3JSMA 4OLBA 4CGGA 3QNOA 3VQCA 4BE0A 2VWJA 2OPRA 3QEVA 4DS5A 4BDYA 2YKMA 1D9FA 3AVCA 3TAFA 3ZT2A 5HROA 1NK0A 2WOMA 5CY4A 1SL1A 3VQAA 3ZSQA 3DRSA 1ASVA 4BACA 1NKBA 3B6PA 3EYZA 4EZ9A 1N5YA 2Z1JA 1J53A 1SV5A 3AO4A 3LP3A 1FKPA 3ZSOA 3OYCA 4BDZA 1RT6A 1KRPA 4Z4GA 1DTQA 4CEQA 4CGDA 1U45A 4M3UA 1TV6A 4CCHA 4J2BA 3FFIA 3U3YA 2Z1HA 3K5OA 4O0JA 4YNQA 4AHVA 3KK3A 4ZHRA 4F4KA 4N41A 4KTQA 3C6UA 4I9QA 1VSFA 3OYHA 4B3OA 3L8BA 4TSXA 4CGFA 3AA2A 3NH1A 3SUNA 4JRQA 4C8NA 3VQ8A 3P83D 1RTDA 3MECA 4E7KA 1L3UA 3OS1A 4FK0A 1LW2A 1NOZA 3AA3A 3L2QA 3UIQA 4DS4A 2HHTA 1RDDA 3K59A 4JLHA 3KLGA 4N47A 1KLNA 1S1XA 1JLQA 2YNGA 3V9WA 1LW0A 3VQ4A 2IGIA 1RT2A 4XIUA 4OKEA 2ITGA 2HNZA 3ULDA 1C0MA 3NF9A 3LZIA 2DFHA 4FZYA 1CLQA 3L3VA 3OYNA 3RWUA 3V9UA 4H4MA 1VSEA 1CXQA 4HUFA 2RPIA 2IS3A 1JXEA 4CF9A 3TAGA 3KLEA 3O3FA 3HT3A 5SZTA 1Q9XA 1TKTA 1XHXA 4DFMA 3LZJA 4AILC 5KTQA 4JS4A 2XY7A 2HMIA 3L2UA 1I3AA 3G10A 4M42A 4AHUA 3OJSA 3HXMA 1TAQA 4FJ7A 2BE2A 5I3UA 2XY5A 3KD1E 4FLYA 4CEBA 4Z4CA 3SZ2A 4GVMA 1RCHA 4J2DA 1NK5A 3HK2A 3MXMA 1HRHA 3ZSYA 1CZ9A 4CIGA 3NH2A 4DQSA 1KTQA 4CF8A 2B6AA 4LSNA 4ID5A 3HSTB 2HNYA 1ZBHA 2ETJA 4C8MA 3M8SA 4R5PA 4O5BA 4KHUA 2P51A 3AVMA 4Y1DA 3ZT0A 1QSLA 4JRPA 1J5OA 4B9UA 4KB0A 1S6PA 1KVAA 4CF1A 4B9MA 1WSHA 1WSJA 1ASWA 1IO2A 3AO2A 2VG7A 1QSSA 1HNIA 1KVCA 4E19A 5E41A 4FJJA 1XWLA 1WSIA 1BI4B 3RMCA 2X78A 4W5QA 4C8OA 1N6QA 5I42A 3F73A 3RMBA 1DLOA 4CJFA 2HHUA 4W5TA 1VSKA 4ICLA 2OPPA 2BDPA 4Z0UA 4OKJA 2IC3A 4FJXA 3VQ6A 2DTUA 3OYDA 4C8KA 4DTOA 3QETA 2OPSA 3AVIA 4ELTA 4CJTA 1S1WA 2Z1IA 3OY9A 3JYTA 4CJPA 3TAPA 4OPKA 3BDPA 3HJFA 3QINA 3ZSXA 1UWBA 1VSIA 3CQ8A 4DU1A 1HYZA 1Q9YA 2X6SA 4CGIA 4FK2A 3ZT3A 4N56A 1JL1A 3LWLA 3PV8A 1TKDA 2PYLA 3OYGA 1RDAA 1JLGA 1C1CA 4IDKA 1WAJA 2OZMA 1C0UA 4KV8A 2G8UA 5HRSA 5JS1A 3CFOA 2IDOA 4MFBA 4JS5A 5FROA 1BQMA 1I39A 3TABA 2EX3A 4KHSA 4H8KA 1RILA 1NJZA 3A2FA 1SUQA 3HVTA 3KLHA 4DTNA 2G8WA 3SUQA 2Z1GA 5CYMA 3OYAA 1ZYQA 1F21A 3WNHA 2PZSA 3OYLA 2P5GA 4G1QA 4F2RA 4CEFA 1GOAA 1TKXA 1NK9A 1HYSA 4OVLA 1IKYA 4BWMA 5CZ2A 1EETA 2Y1JA 3IAYA 3OS0A 1JLBA 2YHAA 5T7BA 1EKEA 4DFJA 4KHWA 3S3OA 3TAQA 4NYFA 4ELUA 2HHQA 1K6YA 3AVBA 2XRIA 1YTAA 4EP4A 1RBRA 3BGRA 4CGHA 4KRFA 5K14A 1JXBA 3I0RA 3CFRA 3NH0A 1BIUA 5J2QA 3NGYA 1EXQA 4FJLA 3P5JA 3HYFA 4B08A 4DSJA 4FZXC 2GUIA 1RDCA 4E0DA 3C94A 5KRTA 2FC0A 4FJMA 5J2PA 4CFBA 1RTHA 2FBYA 3V4IA 4CJ5A 3AVAA 4FW1A 2B4JA 3CFPA 1IKXA 5HP1A 2Q3SA 4KTWA 5J2MA 4I9LA 1LWEA 1RTJA 3L2VA 3L3UA 2YNFA 4YFUA 1BCMA 3HPOA 1HQEA 1QQCA 2ATQA 4KI6A 2RN2A 3I8DA 4C8LA 3QLHA 4PWDA 4HUGA 3K2PA 2RKIA 4WE1A 3IS9A 3F9KA 4B8CA 3KLFA 4QCLA 1ASUA 2GV9A 4ID1A 4M3WA 3QIPA 1TKZA 2LSNA 3DOLA 3M8QA 4Y1CA 3S9HA 3DM2A 2HW3A 1T8EA 1LV5A 1KFSA 4CEOA 1L3SA 1ZBUA 1MU2A 4N76A 1VSMA 3ZSVA 1RT7A 1UA1A 4ELVA 4FM2A 3IRXA 1TAUA 1DTTA 1L3TA 3MEEA 4RW6A 5CZ1A 3LAMA 4M3RA 1FK9A 4I7FA 4KREA 3THVA 1RBSA 1SKSA 3KKSA 2KZZA 1KFDA 1D8YA 2E6MA 3CYMA 4QAGA 3LWMA 1RTIA 4IKFA 1X9WA 4AHCA 3AVNA 3AO3A 3NDKA 4LD0A 1A5XA 4IG3A 3P1GA 4E7JA 4BDPA 1U48A 3OYJA 3TWHA 4LH5A 1WAFA 1ZBFA 3SUOA 2VG6A 3VA0A 4FYDA 1NJXA 1EP4A 2GBZA 3MXJA 3DLHA 1D5AA 1RBUA 4DSEA 3KLIA 2JGUA 4FJ5A 1BIZA 3PX0A 1EX4A 3O4NA 4HTUA 5FRNA 3DRRA 1L3VA 4CK1A 3V81A 4QOZB 4I2QA 4OLAA 5EU7A 1B9DA 1Q8IA 3QEWA 4LY7A 4DSLA 1W0HA 3NF7A 1IKVA 3HM9A 1YT3A 4KHNA 1L5UA 2IOCA 4M45A 4DSIA 1S5JA 3K5MA 1WLJA 2E4LA 5DK5A 4N5SA 2ZE2A 4OJRA 4DTUA 4FVMA 1UA0A 2RF2A 5FRMA 4KAZA 1J54A 2OYQA 3U3GA 5FDLA 4RW9A 3VQEA 1C1AA 1TK5A 1JLCA 4E1MA 4DF8A 4FJGA 3SQ1A 4IBNA 4CIFA 4DTJA 3SJJA 1SL0A 1U04A 1HYVA 4E3SA 4M3YA 4BE2A 3T3FA 2XY6A 4FLTA 2D0BA 4O44A 4BE1A 3PO5A 4M41A 5C42A 1NJYA 3NGIA 3VQ9A 2PYJA 4F3TA 2E6LA 3LP0A 4CF2A 2XHBA 1KVBA 1Z26A 3HP9A 4GMJB 1KLMA 3AVJA 4LSLA 2IAJA 3NFAA 4FK4A 2F8SA 2HVIA 3AA4A 1QTMA 3WNEA 4M3TA 3SUPA 4CHNA 1WNSA 3H08A 3VQ7A 1VRUA 4CERA 3O3HA 4CECA 2HVHA 2HHWA 1HMVA 3QNNA 3SNNA 1R0AA 1IKWA 5HRNA 4O4GA 3QEPA 5KI6A 4CJSA 3OYBA 4CJUA 1VSLA 3HP6A 1C1BA 1QS4A 4FM0A 1NJWA 3V1QA 2O4GA 2A1SA 4NCBA 4FLUA 1O1WA 3OVNA 4CJEA 3RMAA 3AVGA 3TAEA 4M3XA 4EZ6A 4BWJA 1WSGA 3KJVA 3NCIA 1QHTA 2KQ2A 3QESA 2OZSA 2VWKA 3TARA 4KB1A 2YNHA 3SPZA 1RT5A 3PX6A 4OGCA 4E7HA 4E89A 1S1TA 3OYMA 4I2PA 5HBMA 3E01A 4KHYA 1KSPA 4CEAA 4J2EA 1QSYA 3S3NA 5HLFA 3RRHA 4F3OA 2QXFA 1LAVA 3VQBA 3ZSWA 3MXIA 3SI6A 1NOYA 4IFYA 5CYQA 4CJRA 3TANA 4ZTJA 1NKEA 1A5WA 4CHOA 3O4QA 4FXDA 4DTMA 1BISA 1VSDA 3DRPA 3O3GA 2WONA 2X74A 2YNIA 2G8FA 4CJVA 1C6VA 3DLGA 3DI6A 3LANA 3ZCMA 2KZMA 3LPUA 4DLGA 1ITGA 1WSFA 2NUBA 1VSHA 4PY5A 3ASMA 1LWCA 4DG1A 2DY4A 2OPQA 3IG1A 4KTZA 3RR8A 1W9HA 3ZSZA 3SCXA 3VN5A 4FJ9A 4RW4A 4CIEA 3PY8A 3DLBA 4O55A 4FZZA 4DTXA 1UAXA 3AO5A 4DQQA 4FLVA 2HNDA 4HVJA 3NF6A 5D3GA 1GOBA 4K8ZA 3M8RA 4CHPA 3V6DA 4B9TA 1NK4A 4Z4HA 3D45A 3VQPA 3RR7A 1WSEA 3EZ5A 4FJHA 5DMRA 3AVFA 1TL1A 5KGXA 4E7IA 2QKBA 1JLEA 4DTSA 2O4IA 1C0TA 4CJ3A 2XO7A 2W42A 2YV0X 3ZSRA 5J2NA 3K58A 4E7LA 1JLAA 1YVUA 1G15A 3OYKA 2R7YA 1QE1A 3C6TA 4B9NA 1RBVA 3HPGA 2YKNA 4CESA 1TGOA 2D0AA 3DMJA 3QEXA 4FM1A 3SQ2A 1HQUA 1XHZA 1U47A 3L2RA 1XC9A 4F2SA 3CM6A 2XY8A 1ZBLA 1J9AA 4CFDA 1U49A 4AH9A 2G8HA 3MEGA 2X6NA 3AVKA 3ZT1A 4KPYA 3T1AA 1Z25A 1FKOA 3VQDA 4AHTA 4CJWA 4DFPA 3NAEA 1YTUA 1D9DA 2D0CA 2I5JA 2HHSA 4J2AA 4IFVA 3ZT4A 4CEZA 1BI4A 3NHGA 4FJKA 1RT1A 3KKRA 5JS2A 5KRSA 5HRRA 5SWMA 2DFFA 4GW6A 4HCCA 1JLFA 2ZD1A 3CM5A 1HJRA 4KKOA 3SV4A 3U6FA 4Z4EA 3VQQA 1TVRA 4CK3A 3AV9A 3V9XA 4OGEA 4NYNA 2F96A 2FBVA 1SL2A 4HHTA 3OYEA 4W5NA 2JLEA 3LALA 3QIOA 3PX4A 1U4BA 3V9ZA 2A1RA 1BGXT 2D5RA 3KTQA 3S3MA 4UQGA 3NBPA 1S1UA 4Q0BA 2OA8A 1TL3A 3HPHA 1GOCA 3NF8A 2PY5A 3RMDA 3AO1A 1IH7A 3RRGA 4IG0A 1REVA 4FLZA 1KCFA 2P5OA 4F8RA 3SPYA 3VQ5A 1BCOA 3NE6A 3KD5E 1LWFA 3V1RA 4DQPA 4KHQA 2BANA 3KIOA 4PA1A 1BL3A 4FJNA 3B6OA 1SKWA 3ALYA 1IG9A 3ISNC 4FLWA 4MQ3A 1CXUA 3M8PA 2HHVA 3HL8A 4CJLA 4RW7A 4DF4A 2KTQA 4DSKA 4PQUA 1CZBA 4DU4A 4DQRA 2HB5A 4LH4A 3DLKA 3TI0A 1TK0A 4DFKA 1VRTA 2DFEA 2KW4A 3T19A 1TK8A 4DU3A 2P1JA 3OYFA 4DMNA 3PO4A 3WNFA 3MEDA 1VSJA 4AHRA 4K8XA 3EY1A 2BGGA 1RBTA 2HHXA 4Z4IA 1T03A 4Q5VA 3AA5X 3OS2A 4B9VA 1UOCA 4DLEA 4OPJA 4AHSA 1S9EA 4O0IA 4CF0A 3QEIA 1FXXA 3C95A 3G0ZA 4KO0A 4KI4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4L8RB 2E31A 4FCYA 1FZHE 3HBTA 3TR8A 3NGZA 2HHHK 3O1WA 3CJ7A 3V1OA 1Y97A 3HRGA 4CHYA 1RNHA 4FJIA 4CHZA 1JKHA 2FBTA 4W5OA 4RG8A 1SS6A 1A5VA 4JK7A 1EQYA 2YHBA 1O13A 2YJFA 4OKKA 4HCBA 4CGJA 2VG5A 4CFCA 3LAKA 4BRIA 1B92A 3OBWA 1OKJA 3D0PA 4RW8A 3SYZA 4W5RA 4CJKA 1JCGA 4E1NA 5C10A 1XMFE 3THYB 4H4OA 3K5LA 2G8KA 2KFNA 4FJ8A 3RTVA 3FZLA 3MDQA 1J5EK 1VQ5N 3QERA 4K43A 1NGGA 4YOYA 1ZBIA 4OLBA 5JLHA 3QNOA 3VQCA 4BR7A 3TAFA 2OCEA 3T69A 3FZFA 1NKBA 4AF1A 2Z1JA 3ZX0A 3ZSOA 3OYCA 5BREA 4BDZA 2YHWA 3W3DA 4CGDA 4M3UA 1TV6A 1M1KO 4Y0WA 2QXLA 3K5OA 4YNQA 4N41A 2P9UA 4KTQA 1Q86O 4OX9K 1QZ6A 4B3OA 4ILHA 4CGFA 3NH1A 4G9ZA 3P83D 3O9TA 4WFNL 4E7KA 1G99A 1L3UA 2CGKA 1VQ9N 4DS4A 1JLQA 3FZHA 3MMVA 4XIUA 3IKMA 2DFHA 3L3VA 3RWUA 4YHHK 4H4MA 4DHYA 1VSEA 2NRVA 4EAHD 3BF1A 4CZIA 4FOIA 3CCSN 1KXPA 1TKTA 3O9RA 3T1HK 4BROA 3HXMA 4M42A 3NMUA 4MLHA 1BWFO 5JMVA 4B3MK 3KD1E 4CEBA 5EOYA 4CZFA 3VOVA 1YI2N 1WOQA 3MXMA 1CZ9A 1KTQA 4YOTA 4CBXA 1ZBHA 1HNXK 3AVMA 2QWRA 1IBLK 1HPMA 4JKGA 1WSJA 4IT5A 3AO2A 1QSSA 3TSUA 4I6JB 4E19A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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