3UIQA

Rb69 dna polymerase ternary complex containing dupnpp
Total Genus 318
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
318
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFDIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIDVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Bidentate and tridentate metal-ion coordination states within ternary complexes of RB69 DNA polymerase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DNA polymerase
molecule tags Transferase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 318
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-11-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3uiqA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3uiqA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3uiqA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3uiqA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3uiqA03
3MXMA 1EKEA 1RT2A 2KW4A 4Z4FA 3KLGA 2XRIA 5CY4A 4B8CA 2OA8A 1KLMA 4DQRA 2HVHA 1QTMA 3CQ8A 1R0AA 1D8YA 1VSMA 4FJKA 4KB1A 4DG1A 1RDBA 3HYFA 4OGCA 4JRPA 4NCAA 2DFEA 3E01A 1FXXA 4E1MA 4Q5VA 3MEDA 4DSFA 3M8RA 4DTOA 1NK7A 2E6MA 4ELVA 4CGFA 4E3SA 4CEDA 4FZYA 3G0ZA 3SUPA 3K5NA 3ULDA 1SV5A 2D0BA 3DOLA 1RBRA 4FJLA 3LP0A 3NGIA 3AO3A 3O4NA 1RILA 3OYFA 1D9FA 4OPKA 1YTUA 4DTXA 2XY5A 4CEAA 3KLEA 3PO4A 4L8RB 4CE9A 3RR7A 1Z26A 2BGGA 1JL2A 3NDKA 4CJQA 4ZTJA 4FCYA 2KZZA 5T7BA 4ICLA 4DQQA 4N56A 4FJ7A 3S3MA 1RTHA 2ITGA 2BDPA 5SZTA 4EP4A 1SKSA 4CEZA 4I7FA 3SPYA 4IBNA 3CM6A 4CGJA 1HQUA 3AO4A 3AV9A 4QOZB 1S1VA 4PWDA 1KSPA 3DRPA 4DWIA 4FLTA 2QKKA 3ISNC 2DTUA 2YKNA 1VSJA 3A2FA 1RTIA 1TK5A 5JS1A 1S1TA 3HM9A 4BDZA 3TI0A 3VQPA 4K8XA 4OPJA 4B9UA 1Q8IA 1Q9YA 1U04A 2LSNA 5C25A 2YNHA 1L3UA 3V9XA 4LY7A 1B9FA 1JLEA 4HVJA 4O44A 3EY1A 3EYZA 1ZBHA 3DRRA 3RR8A 3VQ6A 3QESA 1TV6A 1J54A 4CJWA 4CJ4A 1TKDA 1VSHA 3VQ9A 1VSEA 1RT6A 4DSIA 3MECA 2QKBA 1WSJA 2X6NA 1L5UA 2F96A 1U48A 1GOCA 3HP6A 4FK0A 3AO5A 2IOCA 4CF8A 1TVRA 3K5LA 4DQSA 4DFPA 4NCBA 4KRFA 3QEPA 4C8OA 1WLJA 4ZTFA 4E0DA 4HUGA 4OKJA 2WOMA 3NF7A 3P5JA 1HRHA 2IDOA 4OLBA 4OLAA 2KTQA 1IKYA 1LWCA 3IAYA 3TAPA 1CLQA 1HQEA 4KKOA 3HP9A 4DTUA 3SQ1A 4GVMA 3VQCA 4Y1DA 2G8IA 3NF8A 2DFFA 3M8PA 4W5TA 4CGGA 3B6OA 3SYZA 4DSKA 5E41A 4M42A 4DLGA 3O3HA 3DLHA 1JXBA 4DMNA 5CZ2A 3NGZA 4DF8A 3AVAA 1BGXT 5HRSA 3SJJA 4QAGA 1JKHA 4CJRA 1J9AA 4Z4CA 3ZSVA 3ZSRA 1U45A 3ALYA 1TKTA 3ZCMA 3I0RA 4NCGA 2W42A 4DTNA 3OS1A 1YVUA 4M3RA 3RTVA 4CECA 5C42A 1NK4A 3OYGA 3KIOA 3DLRA 2VG7A 4DS5A 3DMJA 2FBVA 5I42A 4CJPA 1NJYA 4ID5A 4M41A 1RT4A 1JLFA 3PY8A 4DFJA 1KVCA 4BWJA 1NK6A 4BACA 2VG5A 1WSIA 1BCMA 2EX3A 1VK0A 2Z1GA 4N76A 3VQQA 3OJSA 4CJTA 2Y1JA 4OKEA 1UWBA 1B9DA 3AVIA 3CFOA 1VSDA 4IFYA 2QK9A 3HT3A 1KLNA 1I39A 3JSMA 2HHSA 3KD5E 1HYZA 3K2PA 3TANA 1X1PA 1QSYA 4DTRA 3SUOA 4LSLA 3QEIA 4FLZA 1Z25A 1BIZA 3DRSA 3HL8A 1VRTA 4F2SA 3CG7A 4CIEA 4DLEA 4W5NA 4KI4A 2HHUA 5DK5A 3H08A 2Z1JA 4I2PA 5C24A 3ZSOA 4DQIA 3I0SA 4E7LA 1UA0A 3RRGA 3DOKA 5D3GA 4FVMA 3ZSZA 1REVA 1IH7A 3O3GA 1HJRA 3OYHA 3NE6A 1RDAA 4QCLA 3HPGA 2ZQBA 4IG3A 3DLEA 3HSTB 1VSKA 2XY8A 3VQ5A 4HUFA 4FLUA 2XO7A 4ELTA 4YFUA 1ZBUA 2GV9A 5FDLA 3WNHA 3U3GA 3DI6A 1L3VA 1FKOA 2HNDA 4GMJB 3ZT2A 2KFZA 3WNFA 1Q9XA 2OZSA 4E7JA 3RMCA 1D9DA 3SQ0A 3K5OA 1LWEA 4CHQA 4BE2A 1KVAA 1XHXA 1JLBA 1MU2A 1JLAA 1W0HA 4B3OA 4F3OA 4RW4A 4DTJA 3OYIA 1N5YA 4I9QA 1NOZA 1BISA 1S1XA 3LZJA 3OYMA 3CFPA 2IAJA 1SUQA 4FZXC 2G8UA 1EP4A 4AHTA 4DS4A 3KK2A 1RBSA 4MFBA 5KTQA 1B92A 3AA4A 3V81A 3VQ7A 4LH5A 2A1SA 5JS2A 4FJHA 1IKWA 3P1GA 3C6TA 3OYAA 2PZSA 4FXDA 4RG8A 3HXMA 4CEOA 3NGYA 2FC0A 1SKRA 2P5GA 3SUNA 4KHWA 4F8RA 4DQPA 4M3UA 4M3ZA 4FLWA 4DU4A 2FBYA 1SL2A 1NK9A 1X9MA 5FRNA 2DY4A 4OKKA 4AILC 1ZBFA 2YNIA 3CM5A 3L2VA 3LAKA 3RWUA 1ASWA 4HCCA 3VQ4A 3U6FA 3AVGA 4YNQA 3UIQA 1VSFA 1WN7A 5J2QA 3TABA 4CFAA 2ETJA 1FKPA 2RPIA 3V9SA 4B9SA 1ITGA 4KHUA 3B6PA 4C8NA 3TAEA 3LANA 4KFBA 2G8HA 1C0TA 4G1QA 5EU7A 2JGUA 2HHQA 1RDCA 3C95A 2GUIA 2ZD1A 3OS0A 2Z1IA 3SPZA 3QEXA 1GOAA 1GOBA 2YNGA 3V1OA 4J2EA 3VQAA 2HW3A 5K14A 2P1JA 2HHVA 2F8TA 1RBUA 3SV4A 4PQUA 3OYCA 3TWHA 1NKCA 3NFAA 4CIGA 1WAFA 3AVKA 3THVA 1LAWA 4CJ3A 3AVJA 4I2QA 4FJMA 1EETA 4E1NA 4BE0A 4FJXA 1LWFA 2O4GA 5HROA 1NK5A 1WAJA 2ZE2A 3CYMA 4N5SA 3OYNA 1T7PA 3VA3A 3QIPA 4FYDA 3ASMA 3OYKA 3K5MA 1ZBIA 3QIOA 2RF2A 2Q3SA 4PA1A 5CYQA 4CJSA 3T1AA 4CHYA 1S1WA 3NH2A 3HPOA 3D0PA 3NH0A 5KRTA 2E4LA 1BQMA 1C0UA 3NHGA 1TGOA 4K8ZA 4DTMA 1UAXA 2PY5A 1RBTA 1TAQA 3QNOA 4KHYA 1C1BA 2EHGA 4AH9A 4HTUA 4E19A 1QSLA 1WSGA 1NKEA 3TAFA 3PX0A 1T05A 1JLCA 4Q0BA 3CFRA 4N47A 3KJVA 3KLIA 4B9NA 1A5VA 3ZT0A 4E7HA 3LP2A 2R7YA 4KAZA 4M45A 4EZ9A 5CYMA 3LAMA 4M3XA 4NYFA 3ZSXA 4R5PA 1N6QA 3NBPA 3QINA 4ID1A 2Y1IA 1XI1A 1X9SA 4FZZA 3TAGA 2OPSA 4DTPA 1YT3A 4M3TA 2OZMA 1RT1A 2BE2A 4AHUA 4JRQA 1XHZA 5KGXA 4CJKA 4B9VA 1IO2A 1BHLA 2HHTA 4H8KA 4CF1A 1HNIA 3LP3A 4KHSA 2XHBA 2HNYA 2NUBA 4NYNA 3SZ2A 3OJUA 2X78A 3KLHA 3OYDA 4J2DA 4HUEA 1U4BA 1CXUA 1KTQA 1JLGA 4IDKA 3TAQA 4CJEA 4OVLA 4CJUA 3DYAA 3LALA 1RT7A 1X9WA 3BDPA 5HP1A 4GW6A 2O4IA 1U47A 3IS9A 3P83D 3AVMA 3DLKA 3FFIA 3WNGA 4CF2A 4W5OA 2B4JA 4FJNA 4KV8A 1EXQA 4AHCA 1NJXA 3AVBA 5HLFA 3ZT4A 4KO0A 4M3YA 1HMVA 1YTAA 3L2UA 1XC9A 4CHPA 2KFNA 3F9KA 3SNNA 3IRXA 1FK9A 4CHOA 4CK1A 1LW0A 3AO1A 4JS5A 4JLHA 2Z1HA 3QLHA 2OPQA 1CXQA 3K59A 1KRPA 1UOCA 3PO5A 4FJ5A 1DTTA 4BE1A 3KKRA 4FW2A 4LSNA 1VSLA 1C1CA 1K6YA 1Y97A 3KK3A 1WNSA 3JYTA 3QEVA 4KHNA 3KTQA 4PUOA 3PX4A 5FRMA 1IKXA 1QS4A 4ELUA 4W5QA 4E7IA 1DLOA 1S9EA 3OYEA 3TR8A 3QO9A 4F2RA 2I5JA 1NOYA 1LAVA 4CHZA 4CGIA 4CJFA 3ZSQA 5KRSA 2YKMA 1BI4A 1S6PA 5J2NA 4FJGA 1QHTA 1TKXA 1RT5A 2YHAA 1NKBA 1A5WA 2PYJA 4AHRA 3QNNA 3C6UA 3L8BA 3D45A 1J5OA 4CEQA 4AHVA 3VQEA 4IFVA 3HVTA 4LH4A 3C94A 3KK1A 2G8WA 4CCHA 3S9HA 1F21A 1KVBA 4WE1A 2D0CA 4FM2A 4CHNA 4CFDA 2G8FA 1ASVA 4O0JA 1ZYQA 1HYVA 4KTZA 4CEFA 4F4KA 1RTJA 3SV3A 3LP1A 3O4QA 2D0AA 4CEEA 4H4MA 1LW2A 1WSEA 3I8DA 3LWLA 4C8MA 4B08A 1CZ9A 3AVNA 3VA0A 3LZIA 4FM0A 3HO1A 2AJQA 4IG0A 1JLQA 3MAQA 1RCHA 3V6DA 5DMRA 3MXIA 2BANA 2OPPA 1HYSA 1UA1A 2D5RA 4B9TA 3DLGA 3L2QA 1S6QA 1BQNA 2GBZA 3RMDA 2VWJA 4CFBA 3K58A 2HMIA 2PYLA 2XY6A 1C1AA 3QERA 4FLYA 4KTWA 3NH1A 1C0MA 3OYLA 3OYJA 3ZSYA 3L3UA 4CGHA 3HK2A 4B9MA 2HHXA 1HNVA 1BL3A 1U49A 3KKSA 3LPUA 4RW6A 3HJFA 3G10A 4FJ8A 2DFHA 3RMBA 4O55A 1S9GA 4Z4GA 4FLXA 2IGIA 1BI4B 4HHTA 2F8SA 1TKZA 4JS4A 1C6VA 3ZT3A 2ATQA 3SQ2A 1EX4A 2E6LA 1LV5A 4DTSA 5KGWA 2OYQA 4KTQA 2HB5A 4DFKA 3MXJA 2HNZA 3T19A 3LWMA 4Z4EA 3AO2A 1JL1A 2IC3A 3VQBA 4DFMA 4KHQA 2HHWA 4J2AA 1IG9A 4H4OA 4CESA 5J1EA 4DU1A 1WSHA 3EZ5A 4M3WA 3MEGA 1G15A 4Z4HA 2QXFA 4Z4IA 1TL1A 2JLEA 3ZT1A 4FJJA 4RW8A 2B6AA 4BDYA 4DSJA 2YV0X 4E89A 2VWKA 5SWMA 1SKWA 2HVIA 1TAUA 1DTQA 3AA3A 3F73A 1WSFA 1RDDA 3S3NA 3OS2A 4KPYA 4DSEA 4W5RA 1S5JA 1NJZA 1TL3A 3L2WA 5HRRA 2A1RA 4IKFA 3DLBA 2X74A 1A5XA 4XIUA 1CZBA 3SUQA 1KFSA 4KI6A 3NCIA 4EZ6A 4TSXA 5J2PA 4J2BA 3HPHA 4ZHRA 3V9WA 1L3SA 4DSLA 3V9UA 3NF9A 1RBVA 4C8LA 4CIFA 4O5BA 3BGRA 3AVLA 3TARA 3KD1E 3NF6A 5KI6A 1NK8A 4LD0A 4DU3A 3SI6A 2B5JA 5FROA 1T03A 3ZSWA 1JXEA 5HRNA 1RTDA 3HVRA 1NJWA 4BDPA 3AVHA 3V1QA 4FLVA 3DM2A 3RMAA 3L3VA 4O0IA 4HCBA 2P51A 3VQDA 4UQGA 4OJRA 2G8KA 3AA5X 1T8EA 1SL0A 4CERA 4FW1A 2VG6A 3LDSA 2RN2A 4B8AB 2YHBA 3VQ8A 4FM1A 3SCXA 1BCOA 5J2MA 1D5AA 4CEBA 3PV8A 2P5OA 4C8KA 3K57A 3OYBA 4O4GA 3AA2A 2IS3A 3AVCA 4CJLA 3OY9A 2OPRA 3ITHA 4MQ3A 3NAEA 1J53A 5CZ1A 1IKVA 2WONA 3O3FA 1I3AA 1TK8A 3SQ4A 4DF4A 1ZBLA 3U3YA 4CGDA 4I9LA 2RKIA 3WNEA 1KCFA 1QE1A 3AVFA 4CFCA 3V9ZA 4E7KA 4AHSA 4KB0A 2YNFA 1ASUA 3VN5A 4CK3A 4FJ9A 3L2RA 3RRHA 3PX6A 3V1RA 4FK2A 3S3OA 4KREA 1RT3A 4CK2A 4CF9A 1QQCA 5HRPA 3MEEA 3IG1A 1S1UA 1VRUA 1VSIA 2KQ2A 4N41A 4Z0UA 4Y1CA 2FBXA 4CF0A 4CJVA 3PUFA 2FBTA 1TK0A 4RW9A 4B9LA 1BIUA 2KZMA 4F3TA 4EP5A 5I3UA 1RNHA 3T3FA 4CJ5A 4BWMA 3KLFA 3QETA 3LPTA 1HPZA 3V4IA 1L3TA 1QSSA 4FJIA 3M8QA 4RW7A 4OGEA 2G8VA 1KFDA 2X6SA 3M8SA 1NK0A 4PY5A 4FK4A 3TAMA 1SL1A 1O1WA 3QEWA 5HBMA 1W9HA 1XWLA 3OVNA 2XY7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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3ZLJA 3H08A 4JAXA 3I0SA 1KAZA 1REVA 4QCLA 3WXMB 3GBTA 4IG3A 1VSKA 3CCSN 4FLUA 4ELTA 3CJAA 1ZBUA 5FDLA 4DCHA 2KFZA 1Q9XA 3LDQA 3UB5A 3K5OA 5BN9A 1KVAA 3O9RA 1JLBA 1W0HA 2DEBA 4RW4A 3OYIA 2NRWA 1N5YA 3I8BA 1NOZA 2QA4N 4JKAA 1S1XA 2IAJA 4FZXC 3THXB 4OPHA 2E31A 3NMUA 4RG8A 3NGYA 2FC0A 1SKRA 4DQPA 3O9UA 4M3ZA 1SL2A 2FBYA 1N1CA 4OKKA 4PKHA 3VQ4A 3QBWA 5AQMA 3UIQA 1WN7A 3TABA 4DR4K 3B6PA 4C8NA 4K41A 4KFBA 3QFUA 4G1QA 4WQ5A 5AQLA 4DV2K 2HHQA 4ISGA 4IOAL 2Z1IA 1GOAA 1GOBA 2P1JA 1RBUA 3SV4A 4BC4A 3OYCA 3TWHA 2JHAA 4CJ3A 2D0OA 4FJMA 2QXLA 4N5SA 1YJWN 1T7PA 4FYDA 2GEMA 3QIOA 2QWQA 2RHKA 2Q3SA 4C23A 4JN4A 3DLLL 2E4LA 3NHGA 1TGOA 3FZHA 4DTMA 1TAQA 1C1BA 4KHYA 3BEXA 3GG4A 1NKEA 1JLCA 1QQNA 4FWKA 3H45C 1TUYA 4BVOA 2QWPA 1VQPN 4EZ9A 5CYMA 4IJNA 1J5EK 4R5PA 3ENHA 3QINA 1XI1A 1X9SA 2P9KB 4DTPA 4JHDB 3SAGA 1MHYG 3C7NA 3VGMA 5C15A 3E9PA 3D7EO 1HNIA 4CI6A 2HNYA 2NUBA 3OW2M 4NYNA 3SZ2A 1U4BA 3C6AA 4ILJA 3TAQA 3N4PA 4CD3A 4OVLA 1X9WA 1MHZG 3IS9A 3P83D 3AVMA 4JI6K 3NVMA 2B4JA 4V19S 3SJHA 3OHRA 4KO0A 4M3YA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3UKR B;  1QVF M;  2V7Z A;  1ILY A;  3AGR A;  3VEX A;  3KLG A;  2XRI A;  5CY4 A;  2ZM6 K;  1KLM A;  2HVH A;  4JV5 K;  1VSM A;  1EQY A;  2O8F A;  3HOS A;  3LDB A;  1XNQ K;  3T1H K;  4DSF A;  3ZET A;  4DUY K;  1HNX K;  4E3S A;  1KQS M;  3MCP A;  5EXW A;  1SV5 A;  1RBR A;  3LP0 A;  3AO3 A;  3IDH A;  4BR9 A;  2I7N A;  4DTX A;  4CEA A;  3KLE A;  4L8R B;  4CJQ A;  3MN6 A;  4FCY A;  4ICL A;  4IWV A;  4DQQ A;  3S3M A;  2ITG A;  1NMD A;  5SZT A;  4CBW A;  4JI5 K;  4IBN A;  3AO4 A;  1S1V A;  3SMS A;  4FLT A;  2YKN A;  3HM9 A;  3TI0 A;  4B9U A;  1Q8I A;  5C25 A;  1U04 A;  1L3U A;  2QWM A;  3L0Q A;  4O44 A;  5AQS A;  4BR0 A;  1TV6 A;  2FSJ A;  3I33 A;  5FPM A;  5CR4 A;  4DSI A;  4YDU A;  1IG8 A;  3K9J A;  4JD2 A;  2F96 A;  3HP6 A;  3WXJ A;  3K5L A;  4KRF A;  5BN8 A;  4BRI A;  4QS8 A;  5LY3 A;  3QEP A;  1VQ4 N;  4IDH A;  4ZTF A;  3ENB A;  2WOM A;  3NF7 A;  3P5J A;  1HRH A;  3EE9 A;  2KTQ A;  1LWC A;  4KKO A;  3SVI A;  2JWK A;  1W2B M;  2PFU A;  4DMN A;  4DF8 A;  4ISF A;  3CCM N;  5AZI A;  5HRS A;  4QAG A; 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