3UIQA

Rb69 dna polymerase ternary complex containing dupnpp
Total Genus 318
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
318
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
b'MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFDIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIDVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords DNA polymerase
publication title Bidentate and tridentate metal-ion coordination states within ternary complexes of RB69 DNA polymerase.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
total genus 318
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-11-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3uiqA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3uiqA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3uiqA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3uiqA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3uiqA03
5J1EA 4IG0A 1LWCA 1Q8IA 4DS5A 3QESA 4FLUA 3C6TA 3TARA 1XHZA 4N47A 2G8WA 4HCBA 2E4LA 4KI6A 1NK6A 3LPUA 4I2PA 5K14A 1QSLA 4CJTA 1KVBA 4CHOA 3LDSA 3OJSA 1W9HA 1X9WA 4OKKA 3D0PA 1WSHA 3ZCMA 1KSPA 3AO2A 4CK3A 4CEQA 3LZJA 4DQIA 1RDCA 4QAGA 4BDYA 1ASWA 3OS1A 3TAMA 2QKBA 3TABA 4LH5A 2Z1JA 1X9SA 4E1NA 2PYLA 1KCFA 3DOKA 2OPSA 3V1RA 5HLFA 3L2UA 5C24A 3NH1A 1TL1A 3ZSZA 2IS3A 2OPPA 4DWIA 3OVNA 3SQ0A 3LP2A 3VQPA 3LALA 1WN7A 4LH4A 1NKEA 1IH7A 4FJHA 3NH2A 3AO1A 1LAVA 3PX6A 4KTWA 4ELUA 4FM1A 4F3OA 4HHTA 4CEDA 2RN2A 1RBTA 4J2DA 1TKTA 4O5BA 4CEBA 1S6QA 4W5RA 3O3FA 4DU1A 4DTUA 1SUQA 4Z4CA 2B6AA 1JLAA 1U45A 4FJJA 3SV4A 1YTUA 1U49A 2IAJA 3AVKA 3SZ2A 2YKNA 3L3UA 2ZD1A 1EXQA 3ALYA 1UOCA 1K6YA 4H4OA 5J2QA 1XC9A 3MEDA 1N6QA 3KKSA 1HPZA 3QEWA 2NUBA 1NKCA 2KTQA 2IC3A 3MXIA 4W5OA 1BI4A 4OVLA 5HBMA 2FBYA 4CK1A 3QIPA 3V4IA 4B9VA 3S3NA 1C1CA 4B9NA 1RDDA 3QIOA 2HHTA 4NYNA 4Z4GA 3OS0A 3KK3A 3KLHA 3SUQA 3G0ZA 4B9UA 4CJQA 3MXJA 4LD0A 2ITGA 3EY1A 4DU3A 4KAZA 5KGXA 3TAPA 1UWBA 3QLHA 4R5PA 1BCMA 3VA3A 1TV6A 3V6DA 2Y1JA 1KFDA 1L3SA 4DU4A 2OZMA 1RDBA 2BE2A 4NYFA 1RT1A 3ITHA 3LANA 4MFBA 3AVMA 4J2AA 1ZBUA 1HQUA 4FJGA 5EU7A 5DMRA 4CGGA 4CE9A 3S3MA 1DTQA 1BIUA 1XHXA 4PUOA 4JS5A 3OYDA 4E1MA 3NAEA 4IFYA 4HUGA 1ASUA 3LP1A 1N5YA 3AA5X 4BDPA 2KW4A 1T03A 4CECA 4J2EA 3HT3A 1GOBA 2HHQA 3VQCA 2G8FA 1D8YA 2QK9A 1LWFA 4IBNA 4DSLA 3QETA 2VG5A 5HRRA 1J54A 4JS4A 4CFBA 3DOLA 3HPGA 2I5JA 3MEGA 4FM2A 3TI0A 3HL8A 4CGFA 1JLBA 4FXDA 4CHNA 3AVHA 3HO1A 2YNIA 3RWUA 3AVCA 3ZT0A 3V81A 4QCLA 1EKEA 3H08A 1UA0A 2PY5A 4CERA 2B5JA 2P1JA 3OYJA 3V9SA 1TK5A 1JLFA 3DLEA 4FVMA 3UIQA 1GOCA 1LAWA 3NGYA 2PZSA 4B9MA 5J2NA 3HSTB 1RBRA 4EZ9A 3DLKA 2P51A 1VRTA 1O1WA 3IRXA 3ZSWA 4CJ5A 4FW2A 2HB5A 4CF1A 3M8PA 3V9XA 3HJFA 4FK4A 4CJFA 1NJWA 2ETJA 1LWEA 3RR7A 3TAEA 1QE1A 3TAGA 4I2QA 3SV3A 4E7HA 3OJUA 5FRNA 2GV9A 4O0JA 2OZSA 2E6MA 4BWMA 1BQNA 1IO2A 1NK7A 1RNHA 5FROA 4DSFA 1WAJA 3HVTA 4CHYA 4E7KA 3OYNA 3ZSQA 4M3XA 1VK0A 2QXFA 5D3GA 3TANA 1BCOA 1X1PA 3OY9A 4Z4EA 1L3VA 1RILA 1YVUA 4FK0A 4FJ9A 3LPTA 4KKOA 4RW8A 1JLEA 4O55A 1NJYA 3QO9A 3KTQA 2HHUA 3NH0A 4RW4A 3ZSYA 1FKOA 5HRPA 3OS2A 3T3FA 1ZYQA 1TAUA 4KHUA 4FLWA 2GUIA 3SPZA 3EZ5A 4KTQA 3OYFA 1LW0A 3OYBA 2R7YA 1RCHA 2YNGA 3O3HA 4KHQA 3NF6A 4FK2A 4M3TA 3G10A 1WLJA 4CJKA 4DQSA 1RTHA 3PX0A 1B9FA 1T7PA 2DFEA 2VG6A 3ZT1A 1TK8A 4O0IA 4AH9A 2RF2A 1Z26A 3VQ5A 1C0TA 4CJRA 1MU2A 4EP5A 4DS4A 3OYEA 3B6PA 2FC0A 3VQ9A 4C8NA 1Y97A 3ZSOA 3HPOA 2OPRA 5KTQA 3C6UA 4JRQA 4HTUA 3RTVA 1VSFA 2XY6A 1CLQA 3PX4A 1FKPA 3ZSVA 3WNEA 4K8ZA 3VN5A 1JLGA 2X6SA 3DMJA 4CFCA 1J53A 3PV8A 1CXQA 1NK8A 4DF4A 3NE6A 1J5OA 4IKFA 3V1OA 1LV5A 1C6VA 2XRIA 3E01A 1S5JA 3KLFA 1U04A 2RPIA 3LP0A 1VSLA 2X78A 3AVJA 3AVNA 5FDLA 3ZT4A 4HUFA 2D0BA 4DTMA 1A5XA 2VG7A 3AVGA 3O4NA 3L2VA 1D5AA 3RMAA 1XI1A 2B4JA 4CHQA 4E0DA 2XY7A 1C1AA 2G8KA 2KFNA 4IFVA 4FZYA 3VQEA 4CF9A 1NKBA 1JXEA 4G1QA 5SZTA 3K58A 3L2WA 1WSFA 1U47A 4AILC 1TVRA 3NCIA 4WE1A 4PQUA 3HYFA 3AA2A 2X74A 1DLOA 2DTUA 2FBVA 4N5SA 5HROA 1IG9A 4CEEA 1L3TA 1S1WA 3RRGA 4KRFA 1T05A 1QTMA 4C8OA 5HRNA 1HNIA 3S9HA 4KI4A 4FZZA 3AO4A 4OLBA 4OKEA 5CZ1A 3MECA 3SQ1A 3LWMA 3QEXA 3DRSA 4M42A 3L3VA 4IG3A 3DLGA 3DLBA 3I0SA 4E7JA 1HJRA 4CJEA 3OYKA 3U6FA 1NK4A 1NOYA 3NBPA 4DTOA 4FLTA 3RMCA 4CFDA 3L8BA 1L5UA 3PO4A 3DM2A 3AA4A 4B3OA 4Q5VA 4FJNA 2D0CA 3QEPA 1RDAA 4BE1A 3HPHA 4KHYA 1JKHA 2D5RA 1C0UA 3FFIA 4FJMA 3CFOA 1JL2A 3KD1E 1BI4B 4DTXA 4GW6A 4HCCA 1SL1A 4XIUA 3VQ7A 4DSJA 3NF7A 3IAYA 3PUFA 1FK9A 3C94A 4ID5A 5FRMA 2HW3A 1WSJA 3KJVA 4EZ6A 2F96A 4CJWA 5DK5A 4NCBA 3D45A 1VSIA 2HNDA 1TK0A 1KRPA 3SCXA 4FJIA 1HYZA 4CJSA 3IS9A 3L2QA 3U3YA 1RTJA 4FJKA 4KTZA 3OYLA 1ZBIA 3OYGA 1WNSA 3HP9A 1VSKA 3K57A 1EP4A 4FJ7A 2D0AA 4CEOA 2BGGA 4UQGA 3DRRA 3VQBA 4W5TA 1TGOA 1A5WA 1CXUA 4KFBA 4B9LA 1BQMA 2G8IA 1L3UA 3HXMA 4F8RA 3CM6A 2HHVA 3V9ZA 4FCYA 4CJUA 2IGIA 4DG1A 4IDKA 2G8VA 3SYZA 4KREA 4CIFA 1VSJA 4BE2A 3AVFA 3CYMA 2EHGA 5J2PA 4DQPA 4M3WA 4KO0A 1EX4A 4OGEA 4B8AB 3LP3A 3KLEA 3F9KA 2A1SA 3OYCA 4FJ5A 4DTNA 4TSXA 3KK2A 1ASVA 3AVIA 4FJ8A 4CESA 4CJVA 3OYAA 3S3OA 1RTDA 3SUNA 5JS1A 2XO7A 3QEVA 1EETA 3T1AA 4DSKA 1A5VA 2Z1GA 5T7BA 4CIGA 1TKDA 2Z1IA 3VQDA 3LWLA 3SUOA 2Q3SA 2KZZA 4BWJA 5E41A 1HMVA 3SJJA 4FZXC 3KD5E 1SV5A 1LW2A 4E3SA 5HP1A 2KQ2A 1HYSA 4CIEA 3VQ6A 1NK0A 4M3ZA 3WNGA 2WOMA 4RW6A 3ZT3A 3L2RA 4FJXA 1IKWA 4O4GA 1HYVA 1HNVA 1SKRA 1YTAA 4E7IA 2GBZA 3BGRA 2W42A 4E89A 3O3GA 3V9WA 2ZE2A 1B92A 2P5GA 5CZ2A 1D9FA 4Z4IA 3ISNC 3ULDA 4ELTA 3DYAA 4ID1A 4LSNA 3VQQA 5J2MA 1Z25A 4DTPA 4DMNA 4PY5A 3M8SA 3KKRA 3MXMA 1VSEA 1XWLA 2OPQA 2YHAA 4CCHA 2AJQA 2HVIA 2DY4A 1TKZA 3M8QA 5HRSA 4DQQA 1TKXA 3F73A 3TAFA 2O4IA 1QQCA 4CGDA 2G8HA 4CJ4A 4DTRA 1CZ9A 2YV0X 3NDKA 1WAFA 4GMJB 4KV8A 2YNFA 3O4QA 3ZSRA 4F3TA 3CFRA 4CJLA 2XY8A 3QERA 4L8RB 1QS4A 3U3GA 4C8LA 4DFMA 4FLVA 3THVA 4KHWA 4FW1A 2XY5A 1ITGA 3K5LA 4KPYA 4KHNA 1HRHA 4DF8A 3PO5A 1KLNA 1B9DA 4BACA 1WSGA 1SKWA 3AVAA 3DLRA 4B9TA 1VRUA 1T8EA 3CG7A 4OJRA 2DFFA 2Z1HA 3LAMA 2A1RA 5SWMA 3SUPA 3TWHA 1IKVA 1IKYA 1S9EA 1NK5A 3PY8A 4AHVA 3K5NA 3SPYA 4Z0UA 4M3UA 2LSNA 4DLEA 4KHSA 2YKMA 2JGUA 2HNZA 1S9GA 2O4GA 4CF8A 2E6LA 1NJZA 1RT2A 4CF2A 1RT7A 2HNYA 1I39A 2X6NA 3M8RA 3P5JA 3ZSXA 1W0HA 1RT4A 1VSHA 3MEEA 1NK9A 1KTQA 4KB0A 4RW7A 4M41A 4W5QA 3SI6A 1RBUA 2BDPA 3RR8A 4DSEA 3HK2A 4JRPA 4GVMA 4OPKA 4M3RA 3HVRA 2HMIA 3CFPA 1RTIA 4M45A 1JL1A 3OYMA 2QKKA 3DI6A 1BHLA 1VSMA 3SQ2A 4AHSA 1C0MA 1REVA 1YT3A 1NJXA 4I7FA 2HVHA 1I3AA 2YNHA 4Y1CA 1JLCA 1F21A 4EP4A 4ZTJA 3I8DA 4FLZA 2VWJA 1RBSA 4N76A 5CYMA 1TAQA 2PYJA 3T19A 3AO3A 4KB1A 4Q0BA 3ASMA 3NGZA 4NCAA 3KLIA 2F8TA 3DLHA 3WNFA 1QSSA 3QINA 1S1XA 1U4BA 1WSEA 4PA1A 5KI6A 4CHPA 3KK1A 3P83D 1VSDA 4J2BA 3VQ4A 2XHBA 4Z4HA 1S6PA 1QHTA 2RKIA 5KGWA 2HHXA 4I9LA 3IG1A 1Q9YA 1BGXT 2IOCA 3SNNA 4H8KA 4DFPA 2FBTA 5KRTA 4CGHA 3V9UA 1S1UA 4AHTA 4CJPA 2DFHA 4B9SA 3QNNA 3WNHA 4RG8A 4Y1DA 4HVJA 4DFJA 1R0AA 4W5NA 4CEZA 3VQAA 4C8KA 4N41A 4BDZA 2OYQA 2JLEA 4CEFA 4OLAA 3QNOA 4LSLA 1BIZA 4E7LA 3CQ8A 2Y1IA 4MQ3A 3VA0A 3LZIA 4ELVA 4FYDA 2IDOA 1KVAA 3RMBA 1S1VA 1GOAA 1KFSA 4FLXA 1IKXA 4Z4FA 3RMDA 1KVCA 4ZTFA 3NHGA 3TR8A 2WONA 1KLMA 4F2SA 1G15A 2OA8A 3BDPA 3A2FA 2F8SA 3C95A 2BANA 4YFUA 1S1TA 1SL2A 4FJLA 3TAQA 1C1BA 4E19A 1ZBLA 1Q9XA 3LAKA 4ZHRA 4B08A 3I0RA 4DTJA 4FLYA 1UA1A 3NF8A 3HM9A 2HHSA 3OYHA 2KZMA 1QSYA 4QOZB 5JS2A 4M3YA 4CFAA 4DQRA 1BL3A 3AVLA 3RRHA 2G8UA 4LY7A 1SL0A 3K5MA 1TL3A 3HP6A 4RW9A 1ZBHA 3K59A 4NCGA 4O44A 1NOZA 2EX3A 3NGIA 1RT6A 4PWDA 4BE0A 3MAQA 2KFZA 2VWKA 1D9DA 4DTSA 1ZBFA 3AA3A 4OPJA 1RBVA 1J9AA 1FXXA 1BISA 4JLHA 1DTTA 3NFAA 5C42A 4F4KA 1CZBA 4N56A 3KIOA 5C25A 1U48A 4ICLA 4C8MA 3QEIA 4CK2A 4AHUA 4F2RA 2ZQBA 3K5OA 1JLQA 4I9QA 3P1GA 4CJ3A 4K8XA 1JXBA 4DFKA 3AO5A 3B6OA 4B8CA 4YNQA 4OKJA 3JSMA 4CGJA 4CHZA 4OGCA 2FBXA 3VQ8A 3AVBA 3CM5A 2P5OA 5CY4A 3NF9A 3ZT2A 4CGIA 3OYIA 2ATQA 4HUEA 5I3UA 1UAXA 3SQ4A 4CF0A 3EYZA 4DSIA 3K2PA 1HQEA 1WSIA 4CEAA 4AHCA 5I42A 1RT5A 1SKSA 4FM0A 4DLGA 2YHBA 3V1QA 2HHWA 5CYQA 4H4MA 3JYTA 3KLGA 3AV9A 1RT3A 5KRSA 1X9MA 4AHRA 3DRPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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