3UIQA

Rb69 dna polymerase ternary complex containing dupnpp
Total Genus 318
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
318
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFDIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIDVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transferase/dna
molecule keywords DNA polymerase
publication title Bidentate and tridentate metal-ion coordination states within ternary complexes of RB69 DNA polymerase.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 318
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-11-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3uiqA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3uiqA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3uiqA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3uiqA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3uiqA03
5KTQA 3OYKA 3KKSA 3C6UA 2W42A 4KI6A 4AHVA 2E6LA 1QE1A 1U04A 4HUGA 2G8VA 4DG1A 4I9LA 1RT6A 2RN2A 1VSLA 3K57A 2Z1IA 1WSJA 3B6OA 4B08A 4Q0BA 2X78A 3QERA 3AVHA 4LSLA 4UQGA 3M8SA 1QSSA 4NCBA 2QK9A 3PO4A 1NJXA 4CF0A 1TKDA 5HRSA 1YVUA 4DU3A 4BDYA 3AVIA 3SV3A 3VA3A 1RDBA 3HO1A 4DTSA 3LANA 3LAMA 2Y1JA 3E01A 3NBPA 4KTQA 3KLHA 1HRHA 4Z4CA 1IKWA 3TR8A 4E7KA 3VQ6A 4QOZB 2YNGA 4NYFA 4WE1A 4KB0A 1JL2A 4N41A 4ID5A 4LH5A 2DFFA 1FKOA 4CGHA 3NH1A 2G8IA 4DF8A 4F3TA 3QIPA 3KLEA 3SJJA 1UA0A 2HVHA 3VQ7A 2B4JA 3ZT0A 3KIOA 1ASWA 1S1UA 1QQCA 3SUNA 4FK0A 3DM2A 3C95A 1KVCA 1VSHA 4B9SA 2P5GA 4KTZA 1IH7A 4CJTA 2YKMA 3H08A 1BISA 4OKEA 2Z1JA 1D8YA 3K5LA 4LSNA 3LALA 3ISNC 1KCFA 4FM2A 1LWCA 1CLQA 3HPOA 4FCYA 1S9GA 4DU1A 4E7JA 4ZTJA 5FRMA 4OLAA 1W9HA 1GOCA 1RTJA 3FFIA 5HRRA 3WNGA 3V9XA 1NK7A 1X1PA 1W0HA 4I9QA 1BQMA 4B9VA 1RTIA 1VSKA 3KD5E 4CEBA 5KRTA 1UWBA 3HK2A 1YTUA 3QEWA 3OYFA 1A5XA 1C1BA 1REVA 3AA2A 1IO2A 4FJXA 3PX4A 4PUOA 1D5AA 4CF2A 4HUEA 1RNHA 4Z4GA 3NCIA 3V1OA 4JRPA 1U47A 1SV5A 4CGFA 4B9NA 4CFAA 3SQ4A 3PX0A 4CERA 2YKNA 4NYNA 3LWMA 1KRPA 4BDPA 3C6TA 3LWLA 1SKRA 3CFRA 4FLUA 1RBVA 3AO5A 3NF9A 5K14A 2G8KA 4QCLA 4HHTA 4CJ3A 4PY5A 4JRQA 4W5QA 3SUOA 2PYJA 1RT5A 2YNIA 5JS2A 1UAXA 1TK5A 1QSYA 4DLEA 4RW7A 3LP0A 4M3XA 3AVMA 3V4IA 1HNVA 2HHTA 4KI4A 3VN5A 1NK8A 1LAWA 4CJ5A 3V81A 4M41A 4KPYA 4M42A 3ITHA 4FZZA 2KW4A 2X74A 4FLVA 2XY6A 3NDKA 2F8TA 4CEOA 3I0SA 4OPJA 3THVA 4C8KA 3OYAA 3VQPA 2B5JA 1Z25A 4BDZA 4KFBA 1J54A 3SPZA 4CF1A 4DSEA 3HT3A 3QO9A 3QEXA 3SQ0A 4M3ZA 4B9UA 1QSLA 1BIZA 4C8LA 4FJ7A 1B9FA 4O5BA 4E7HA 1S5JA 3LP2A 2DFHA 3RMBA 2HHVA 2XHBA 4Z4EA 3EZ5A 3HPHA 3RWUA 5HBMA 1I3AA 1NOYA 1FK9A 3UIQA 3NE6A 4FLZA 1JLAA 4I7FA 3TAEA 3EY1A 1ZBHA 3VQEA 3EYZA 4E0DA 1BCMA 4DF4A 4N76A 4CJFA 4FJJA 1QHTA 3MECA 4NCGA 2JLEA 5JS1A 4CEFA 2GV9A 1S1TA 3L2RA 3I0RA 3SV4A 3TAPA 2G8FA 1RBRA 1JLQA 1JXBA 4LD0A 4RW4A 5T7BA 3RMCA 3AVBA 3MEGA 4Y1DA 3S3NA 1UA1A 4FYDA 1JLGA 4OLBA 3ZSWA 1RT1A 4IDKA 4K8ZA 4H8KA 1L3SA 4DQSA 2HHWA 4O0IA 3ZSOA 3VA0A 4DQQA 2P1JA 3ZSRA 4FVMA 4CF8A 3HP6A 4DQPA 3OYDA 3TARA 3O3GA 3L3VA 2X6SA 3MEDA 3TI0A 4K8XA 4BE1A 3NF7A 4CHZA 1NKBA 4IKFA 3ZSQA 1WAFA 1ASUA 1JL1A 1NJWA 2WOMA 2KQ2A 4KO0A 3OYMA 2XRIA 4FXDA 3RR7A 5E41A 1NK4A 2YHBA 3DLEA 4PA1A 3NH2A 3T1AA 3S9HA 1T8EA 1VSFA 1DTTA 1S1WA 3QIOA 1Q8IA 3QNNA 1TV6A 4DTMA 3G10A 3MXJA 1FXXA 2VG6A 4IG0A 3VQCA 2HB5A 3SZ2A 2QKBA 1JLCA 1GOBA 1C6VA 3CG7A 4OGCA 1NK0A 4FM1A 4ID1A 1X9WA 3TAGA 4AHTA 3V6DA 5KRSA 3OS2A 1T03A 1U49A 4FJ8A 4KHQA 1Q9YA 2PYLA 3O4QA 4DSLA 1JLEA 2G8HA 1VSJA 1TK0A 1U48A 2YNHA 4H4MA 3HYFA 4RG8A 3P83D 1S1VA 2ZQBA 1NJZA 3SNNA 2D0CA 4CJEA 4CJSA 3MXMA 2KZMA 2HHSA 1BIUA 2HHXA 5HRPA 4DTRA 3SCXA 2OPPA 4B8AB 4B8CA 4CJWA 4G1QA 1Y97A 3SUQA 3DLGA 4O0JA 3DRRA 3NHGA 1ZBLA 2D0BA 1J5OA 3ZSXA 1BCOA 5KGWA 3DRSA 1S9EA 5KGXA 4DFPA 3WNEA 4CEZA 4LH4A 1HQEA 4E1NA 3U3YA 2VWJA 4DTUA 2ITGA 3SUPA 4J2DA 3I8DA 1Z26A 3HVTA 4Z4HA 1HPZA 1BHLA 3LZIA 1I39A 4DSIA 5KI6A 3LP3A 4O4GA 4CIEA 1L5UA 5I3UA 4CHYA 4IFYA 4Z4FA 2ETJA 4ZHRA 4M3RA 4HCBA 1LAVA 4CJLA 4GW6A 4M3UA 3SYZA 1U45A 2RKIA 3ALYA 3DOKA 3AO4A 1X9MA 3AVNA 4CJ4A 3QEIA 1C0MA 4CFBA 3DI6A 3ASMA 3O3HA 3OYIA 4W5OA 3OS0A 4KB1A 3L2QA 2HHQA 4FM0A 4FJHA 2HNYA 4OJRA 3AVLA 1RT3A 3AVAA 1TKZA 1CXUA 2ATQA 4CHOA 1S6PA 3V9SA 2KFZA 4IBNA 1O1WA 1WLJA 3V9UA 1RTHA 1A5VA 4EP5A 3T19A 5CY4A 2LSNA 5C25A 4XIUA 4JLHA 1CZ9A 2OPQA 4FZXC 1XI1A 3CM5A 5J2PA 4J2BA 1WSGA 3QETA 1IKXA 1ZYQA 3DLRA 3V1RA 3AO1A 3KKRA 4IG3A 3C94A 1ZBFA 4FJKA 3ZCMA 3ZSVA 3IAYA 1SUQA 4BWMA 4CESA 3AVGA 1VK0A 5CYQA 1KFSA 4CHNA 3KK3A 3OS1A 3LZJA 4BACA 4FJGA 2HMIA 3OJUA 4E7IA 1BI4B 4DQRA 1TKXA 1WSFA 2OPSA 3ZT4A 4KHWA 1TL1A 1RDAA 1B92A 4OGEA 3SQ1A 1LW0A 4KV8A 5DMRA 4CGJA 3JSMA 1SKWA 2Q3SA 3LPUA 3HL8A 1X9SA 3M8PA 4AHRA 1ZBUA 4FLYA 1S1XA 2XO7A 4KHUA 5SWMA 1QTMA 2G8WA 3ZT2A 3HM9A 4C8NA 3NF8A 3K5NA 4JS5A 4DFKA 4DMNA 4TSXA 3U6FA 2OYQA 1L3VA 2BDPA 4F8RA 4BE2A 2HHUA 3V1QA 1MU2A 1LWEA 1IKYA 3S3OA 4IFVA 2IAJA 4CECA 1RILA 1C1AA 4C8MA 2BE2A 4ELUA 4F4KA 1CZBA 1RDDA 3QESA 1EP4A 4CK3A 4FLXA 3KTQA 4AHCA 1DLOA 1SKSA 3DMJA 2XY7A 1HMVA 5CYMA 1VSIA 4BWJA 2HNZA 5DK5A 4KHYA 1NOZA 4CK2A 4FLWA 3PV8A 1C0UA 2F96A 1U4BA 4W5RA 1Q9XA 3TABA 1BI4A 2YV0X 1XHXA 3K5MA 4CJQA 4CJVA 1RCHA 3WNHA 4FW1A 1C1CA 1KLNA 1WNSA 1D9DA 4FJ9A 3KLGA 1WN7A 4C8OA 2IOCA 3OYJA 3DLHA 1EETA 2IS3A 3OY9A 1BL3A 3L2WA 1BQNA 4O44A 4CGIA 3NGIA 3A2FA 3ZT3A 3TANA 1JLBA 2P51A 4FJLA 3V9WA 4DSJA 3SQ2A 4FJIA 3TAFA 3AO3A 1NK5A 4AILC 2XY8A 1K6YA 3G0ZA 4FLTA 5J2NA 2KZZA 4DFJA 4KHSA 4MQ3A 1F21A 4KHNA 4DFMA 2XY5A 4E3SA 2EHGA 3CFOA 3L3UA 1JXEA 4CFDA 4KAZA 5HROA 4FK2A 3K58A 1WAJA 2WONA 2OPRA 3CYMA 2A1RA 3TWHA 3B6PA 4DLGA 3NFAA 3JYTA 3OVNA 4ICLA 3ZT1A 1N6QA 1SL2A 2O4GA 4DTPA 4L8RB 2FBTA 4CGGA 5HP1A 2GBZA 1EKEA 1T05A 4NCAA 1LV5A 4HCCA 3D45A 4E19A 3OYBA 2D5RA 4DTNA 4Z0UA 3U3GA 1N5YA 2HVIA 2R7YA 1VRTA 2OZSA 4B9MA 1NK9A 4KREA 4AHUA 4EP4A 3F73A 2VWKA 1RT2A 1HYVA 3AA4A 2VG5A 4DTJA 1LW2A 3VQ5A 4B9TA 2F8SA 4CGDA 5FROA 3VQDA 3K2PA 2EX3A 1L3TA 1VRUA 5C24A 1EXQA 1S6QA 4E1MA 3OYNA 4B9LA 3T3FA 4ZTFA 3LPTA 1TKTA 3AVCA 3SI6A 4N47A 4DWIA 3CQ8A 4EZ6A 4HVJA 3NF6A 4Y1CA 4CEQA 1RBTA 4R5PA 4FJNA 3S3MA 3AO2A 4W5TA 4CF9A 4E7LA 4M3WA 2QKKA 2HW3A 1ZBIA 3PO5A 1HQUA 5C42A 3F9KA 1VSDA 4N56A 5J2QA 3AA3A 4CEDA 4KKOA 3RR8A 2DTUA 3DLKA 1HJRA 1TAQA 3PX6A 3PY8A 2DFEA 2FBVA 3DYAA 4QAGA 3LDSA 3TAMA 4CJPA 3OYGA 3MXIA 3L8BA 3OJSA 1SL1A 3IG1A 1WSEA 3P1GA 4AHSA 2G8UA 3BDPA 4DQIA 4KRFA 3AVKA 1FKPA 3HPGA 5SZTA 2O4IA 1RBUA 4I2PA 3O3FA 1RBSA 3V9ZA 2X6NA 1A5WA 4F2SA 1NJYA 4BE0A 3SPYA 3P5JA 2KFNA 1LWFA 2Z1HA 1T7PA 1KFDA 3VQAA 4CEEA 1NK6A 3HP9A 1IKVA 3NH0A 3QEPA 1WSHA 4JS4A 1TAUA 1C0TA 3K5OA 3RTVA 4I2QA 3K59A 4CJKA 1RT7A 3L2UA 4DSFA 4CHQA 4H4OA 5J1EA 1NKEA 2GUIA 4FJ5A 4EZ9A 1KVAA 1KSPA 3HSTB 4FW2A 3IRXA 4YNQA 4CJUA 4RW8A 5CZ1A 4DTOA 1WSIA 4MFBA 1D9FA 3VQQA 2OA8A 3RRGA 4ELTA 4F2RA 2D0AA 4J2EA 2QXFA 2VG7A 5FDLA 3NAEA 1GOAA 4CE9A 3L2VA 3ZSYA 2ZE2A 3AVFA 3HJFA 1QS4A 4FZYA 3QINA 2NUBA 3NGYA 1SL0A 1TVRA 1HYSA 4DU4A 2B6AA 3LP1A 1RDCA 4OPKA 3OYCA 1JLFA 2FBXA 4HUFA 3DLBA 4ELVA 3AVJA 4LY7A 4DTXA 2E4LA 2JGUA 1KVBA 1RTDA 3NGZA 3RMDA 1J9AA 2PZSA 2DY4A 2KTQA 2FBYA 2OZMA 4HTUA 2Y1IA 4CIGA 1HNIA 1VSMA 1R0AA 4CJRA 3VQ8A 1TGOA 2IC3A 1XC9A 4DS5A 1HYZA 1RT4A 3DOLA 4OKKA 3M8RA 4FJMA 3D0PA 4W5NA 5J2MA 4B3OA 3BGRA 2FC0A 3HVRA 4CK1A 5CZ2A 3OYHA 1BGXT 3QNOA 2YHAA 4KTWA 3KJVA 4GVMA 3RMAA 3M8QA 2IGIA 3KLFA 3VQ4A 5HRNA 1KLMA 4DSKA 4Z4IA 2A1SA 3PUFA 2BANA 3DRPA 4OKJA 1YTAA 3QLHA 1G15A 1ITGA 2YNFA 3TAQA 1L3UA 3CFPA 4CEAA 1EX4A 1J53A 1UOCA 2E6MA 3QEVA 3ULDA 3OYLA 3IS9A 3MEEA 1KTQA 1ASVA 4CFCA 3MAQA 4GMJB 1XWLA 3ZSZA 4PWDA 4RW6A 1XHZA 4OVLA 2HNDA 4N5SA 3VQ9A 4CCHA 3KK1A 2AJQA 2P5OA 4RW9A 4FK4A 3KLIA 3VQBA 3KK2A 4F3OA 5HLFA 4O55A 5EU7A 3CM6A 3RRHA 4PQUA 4M45A 5I42A 2Z1GA 4CIFA 2PY5A 1JKHA 1DTQA 3O4NA 4E89A 4DS4A 5D3GA 2BGGA 4Q5VA 3AV9A 1TK8A 2IDOA 4YFUA 1B9DA 1CXQA 4CHPA 1VSEA 3HXMA 3AA5X 1YT3A 3WNFA 4AH9A 1NKCA 1IG9A 2ZD1A 3KD1E 2I5JA 2RF2A 5FRNA 1TL3A 4J2AA 2RPIA 3LAKA 3OYEA 4M3YA 4M3TA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1KLM A;  4DSK A;  4Z4I A;  2A1S A;  3PUF A;  2BAN A;  3DRP A;  4OKJ A;  1YTA A;  3QLH A;  1G15 A;  1ITG A;  2YNF A;  3TAQ A;  1L3U A;  3CFP A;  4CEA A;  1EX4 A;  1J53 A;  1UOC A;  2E6M A;  3QEV A;  3ULD A;  3OYL A;  3IS9 A;  3MEE A;  1KTQ A;  1ASV A;  4CFC A;  3MAQ A;  4GMJ B;  1XWL A;  3ZSZ A;  4PWD A;  4RW6 A;  1XHZ A;  4OVL A;  2HND A;  4N5S A;  3VQ9 A;  4CCH A;  3KK1 A;  2AJQ A;  2P5O A;  4RW9 A;  4FK4 A;  3KLI A;  3VQB A;  3KK2 A;  4F3O A;  5HLF A;  4O55 A;  5EU7 A;  3CM6 A;  3RRH A;  4PQU A;  4M45 A;  5I42 A;  2Z1G A;  4CIF A;  2PY5 A;  1JKH A;  1DTQ A;  3O4N A;  4E89 A;  4DS4 A;  5D3G A;  2BGG A;  4Q5V A;  3AV9 A;  1TK8 A;  2IDO A;  4YFU A;  1B9D A;  1CXQ A;  4CHP A;  1VSE A;  3HXM A;  3AA5 X;  1YT3 A;  3WNF A;  4AH9 A;  1NKC A;  1IG9 A;  2ZD1 A;  3KD1 E;  2I5J A;  2RF2 A;  5FRN A;  1TL3 A;  4J2A A;  2RPI A;  3LAK A;  3OYE A;  4M3Y A;  4M3T A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3C6U A;  5M1F A;  3JAM O;  3R8E A;  3SAG A;  2DEB A;  2P9K B;  2WUS A;  4DR3 K;  3IMX A;  2RN2 A;  1VSL A;  3B6O A;  3O08 A;  4LSL A;  3TSU A;  3PO4 A;  1NJX A;  5GAH P;  3AVI A;  3QIC A;  4BRL A;  3VA3 A;  3LAM A;  2Y1J A;  3R6M A;  3TTD A;  1XMG E;  1GLF O;  4JKA A;  4WQ5 C;  5JVH L;  1IKW A;  2P9I B;  4E7K A;  4N41 A;  2O8F A;  1JL2 A;  3LDP A;  4CGH A;  3SJJ A;  3O9U A;  3VQ7 A;  3KIO A;  1ILY A;  1FZ1 E;  2KHO A;  4A5B A;  3TU5 A;  2JH9 A;  4B9S A;  1KVC A;  4CJT A;  1IH7 A;  1TUY A;  1BIS A;  1FZ3 E;  3LAL A;  1QQN A;  1KCF A;  1LWC A;  4HTL A;  3C6O B;  1CLQ A;  4KH6 A;  4FCY A;  4DU1 A;  3M5R A;  1RTJ A;  1W0H A;  1BQM A;  4G9Z A;  1E4G T;  3E66 A;  1NG9 A;  2QWL A;  3TSP A;  4NLB A;  1A5X A;  3VPZ A;  1D5A A;  5GAD P;  4HUE A;  3P4I A;  1FZ6 E;  4B9N A;  4CFA A;  3SQ4 A;  3T7Z A;  3WXK A;  5B8H A;  1KRP A;  4BDP A;  3W0L A;  3LWL A;  1SKR A;  2E2N A;  1QZ5 A;  3AO5 A;  5K14 A;  4BR2 A;  3FZM A;  4JRQ A;  2IVN A;  2PYJ A;  1RT5 A;  3OTO K;  4M7Y A;  3RSE B;  4JKH A;  4AQY K;  1NK8 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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