4DTJA

Rb69 dna polymerase ternary complex with dttp opposite an abasic site and ddt/da as the penultimate base-pair
Total Genus 326
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
326
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Contribution of Partial Charge Interactions and Base Stacking to the Efficiency of Primer Extension at and beyond Abasic Sites in DNA.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule keywords DNA polymerase
total genus 326
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-02-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4dtjA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4dtjA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4dtjA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4dtjA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4dtjA03
3TABA 2FBYA 1VSKA 3BGRA 1UA0A 2YHBA 2G8WA 3V1QA 3K5LA 4FZZA 5DK5A 1DTTA 4BDPA 2QKBA 3VQDA 1SL1A 2YV0X 4CCHA 3HVTA 2PY5A 4BWMA 1IH7A 2FC0A 1GOAA 3H08A 4DLEA 1IKXA 2ETJA 2IOCA 3LP3A 3RWUA 3TI0A 1CZBA 1JXEA 1TK5A 1RT5A 4ELVA 4FZYA 1J53A 1VSHA 1B9DA 4E0DA 1K6YA 2BGGA 2GV9A 4CHNA 2GBZA 1JL1A 4FJGA 3PO5A 1MU2A 1XWLA 4H8KA 4NCAA 3THVA 4FM0A 3L2RA 2X78A 2PYJA 4DSEA 3TAFA 4B8CA 4DTSA 1C1BA 3NGIA 5JS2A 1LWFA 1B9FA 3OYCA 1TV6A 1I3AA 3ZSZA 4CEFA 5FDLA 3T1AA 2BDPA 2ZQBA 3VQ4A 1KCFA 4DF4A 1HYZA 4F3OA 3LPUA 2HHUA 3K57A 3S3NA 1NKEA 3L3VA 3OS2A 2XY5A 2B4JA 2VWKA 4C8MA 4PWDA 1YT3A 5HRNA 1A5WA 1RDCA 3E01A 4Q0BA 3CFPA 1ITGA 4DG1A 3P5JA 3V9XA 3NGYA 3HP6A 4B08A 3TAPA 4FW2A 3S3MA 3VQ9A 4XIUA 1UAXA 4FLWA 4B9UA 1ZYQA 3SNNA 3S9HA 4TSXA 4M42A 4EP5A 3SYZA 3PV8A 3V9WA 4CJVA 1NK4A 4DQIA 3QEVA 4FM2A 4FLVA 4KI6A 2X74A 4DTXA 3OJUA 4CJTA 4DFJA 1BCOA 4CFAA 3OYNA 2D5RA 3KKRA 4KB1A 4M3RA 3A2FA 3HO1A 3L2UA 3DMJA 2HVIA 4O0IA 2OPRA 2PYLA 3DOLA 3AVBA 4CEBA 2RPIA 3M8RA 4E7KA 4DLGA 4FJKA 3B6OA 1TKZA 3ITHA 5CZ1A 1D5AA 1BCMA 2YNFA 1F21A 1TK8A 1T7PA 3QIPA 3EZ5A 5J2QA 3KTQA 3KIOA 4FW1A 4CK3A 2HHWA 1TL1A 3ZSQA 3HL8A 4I9QA 5HBMA 3RR7A 1BL3A 2BANA 4OGEA 2BE2A 1HJRA 3ZT1A 3KLGA 4DTMA 2RKIA 4FCYA 5FRMA 2QKKA 4CJ4A 5C24A 4OGCA 1X9WA 3KKSA 4CHPA 3ZSOA 3NH0A 4H4MA 1SUQA 4WE1A 4KHQA 4CJPA 4Z0UA 1EP4A 4DSFA 2WONA 4BE2A 4JS5A 4CJRA 4J2DA 4EP4A 4DSJA 3AA4A 3KD5E 3QLHA 4Y1DA 4KV8A 4B8AB 3LANA 1U45A 4DS5A 4EZ6A 4IKFA 3VA3A 3PX4A 5HROA 4ICLA 3MAQA 3AVIA 2FBVA 1L5UA 4B9LA 2O4IA 4B3OA 3OVNA 2G8KA 1BHLA 4Q5VA 1VSMA 2D0CA 2LSNA 2P5OA 4DQQA 5J2MA 4IG3A 2GUIA 3NE6A 4FM1A 4CGIA 4M3ZA 1VK0A 1U47A 4M3YA 1BGXT 3B6PA 2IS3A 4I7FA 4E3SA 4LH5A 1UWBA 4E7JA 4CE9A 1NJYA 1HQUA 1RDBA 4AHSA 3NGZA 1WSIA 1KRPA 1WSEA 5KGWA 4FLTA 3ZSYA 4Z4EA 3UIQA 1JLQA 2E6LA 3VN5A 2A1SA 4CK1A 3TAEA 2D0BA 1A5XA 3RRGA 4N47A 4L8RB 2Y1JA 1FK9A 1RBRA 3SUPA 2IGIA 1BQNA 4DU1A 4HTUA 1U48A 1QSSA 3M8PA 1S1UA 3LP0A 4MQ3A 4CJLA 3OYFA 1S1XA 4BWJA 5KRSA 5CY4A 1REVA 1S1TA 4CHZA 3TWHA 1N5YA 4AHUA 1HPZA 1QHTA 1B92A 1JLAA 4C8OA 4CJEA 1IG9A 2YNIA 3AV9A 4GVMA 4DF8A 2Y1IA 4KRFA 3SV4A 2F8TA 1WLJA 1YTAA 2RF2A 1JLEA 1TL3A 4CJUA 4KHNA 3KK3A 4LSNA 4FVMA 3VQ5A 4KTQA 1TGOA 2DY4A 4K8ZA 3AVHA 4NCGA 4CGJA 1QTMA 2B6AA 4Z4FA 1WSFA 3DLGA 1UOCA 2W42A 5C25A 1S1VA 3OYMA 3LZJA 1S9EA 3HPOA 4Y1CA 1ZBHA 1QQCA 3NBPA 1RDAA 3SQ4A 3SUQA 1C6VA 1NK8A 1LAVA 1L3SA 1KLNA 4CGFA 3V9UA 3SQ2A 3VQBA 1WSGA 4RW9A 2IDOA 3MXMA 4I2QA 1S9GA 2HHVA 1RBVA 3SI6A 3K5MA 4CGGA 3HJFA 4KTWA 4CIGA 5FRNA 1C0UA 3V9ZA 4PA1A 4HUEA 4F2RA 1RTDA 2OA8A 3AVMA 3AA5X 2VG6A 3AVCA 3JSMA 3U3GA 1JKHA 3AVKA 5KGXA 4DFKA 2IAJA 2XRIA 3MXIA 3NF9A 3SZ2A 3CG7A 3SUNA 3F9KA 4LH4A 5J2PA 4ID1A 1VSFA 4LD0A 4W5TA 4DTNA 4KHSA 2HW3A 1C1CA 3NF7A 3CQ8A 2R7YA 2KZMA 5KI6A 4FJHA 4ID5A 4KFBA 3V9SA 4CF8A 1I39A 1KSPA 1KVBA 1BI4A 2YKNA 1J9AA 4CF1A 3OS1A 3IG1A 4AHRA 4N5SA 4OVLA 3RR8A 1RTHA 2YNHA 4NYFA 5HLFA 3HSTB 1IKYA 2OPPA 4RW6A 5HRRA 4CEAA 4N41A 3KK1A 4BDZA 4HUFA 1O1WA 4NCBA 2G8IA 4PUOA 3RMCA 4QCLA 3K58A 3NFAA 3PY8A 1W9HA 1QSYA 4KHYA 1RBTA 4PQUA 3IAYA 3AO2A 4IFVA 4DTOA 2DFFA 3AO1A 2XO7A 4CJ3A 4FK0A 1LW2A 4LSLA 2EHGA 3AVLA 4GW6A 3NH1A 1X9MA 4F2SA 3WNGA 4DTPA 3QEPA 4AILC 3M8QA 3MECA 2I5JA 2HHQA 3KLHA 4FJLA 1ZBUA 1WSJA 4DU4A 3HPHA 4HCBA 4OPJA 2VG7A 3RMAA 2HNDA 4KPYA 1S6PA 3QIOA 3AA2A 3CM5A 4M3WA 3KK2A 1VSJA 3L2WA 4KO0A 2O4GA 4DS4A 3MEEA 4DMNA 3AO4A 1SKWA 3DRSA 4Z4IA 4OKJA 4DTJA 2VWJA 3DLKA 4QAGA 4I9LA 4CFBA 1D9DA 1RT6A 1NK5A 4F4KA 3KLIA 1Y97A 1VSEA 4M3TA 4RG8A 4FJJA 4O44A 3LDSA 1RT7A 1WAFA 1JLFA 4AHTA 1WNSA 1JLCA 3AA3A 4CFDA 1VRTA 1TVRA 1EETA 3VQEA 1CXUA 1JXBA 3OYJA 2XY6A 2HVHA 4CHQA 3IS9A 3LWLA 3V81A 3VQCA 1BQMA 3K5NA 4BE0A 4E1NA 3DRPA 3P83D 2NUBA 4JRPA 4IG0A 4RW8A 1BI4B 2Z1JA 3DLEA 1KFSA 3V4IA 2Z1GA 4CHYA 5HRSA 4CJWA 3KLEA 2G8UA 4B9NA 2HHTA 3ULDA 3PX0A 2DFEA 3TAGA 3FFIA 3O3FA 5J1EA 3MXJA 3K59A 1IKVA 1YVUA 1TAUA 4DSIA 1S5JA 3RRHA 4AH9A 1NKCA 4CHOA 1GOBA 1R0AA 3QESA 3VQQA 3WNEA 1SL0A 1WN7A 2D0AA 4N76A 3QNOA 3KD1E 3QEXA 1BISA 5CYMA 1QS4A 3S3OA 1L3TA 2F8SA 2KTQA 2G8HA 4R5PA 4JRQA 4BE1A 5I3UA 4I2PA 3NF6A 3SPYA 2PZSA 3TANA 1VRUA 2QXFA 3NDKA 4HUGA 3QNNA 3K5OA 1J5OA 3AVNA 1RBUA 4CEQA 4N56A 3LWMA 4E7HA 2JLEA 1LWEA 3QERA 5DMRA 1T05A 4F8RA 5I42A 4AHCA 3WNHA 2WOMA 4GMJB 4KTZA 3OYGA 4CESA 1YTUA 4M41A 2OZMA 3SV3A 3NF8A 4KHWA 4B9VA 1UA1A 2KQ2A 1G15A 3NHGA 1BIZA 1LWCA 1X9SA 2HMIA 1CXQA 5K14A 1XC9A 3PO4A 4KB0A 1SKSA 3EY1A 2A1RA 1HMVA 3D45A 3G10A 3PX6A 1CZ9A 4FJ9A 4BACA 3DI6A 4CJFA 1NJXA 4CEZA 1WAJA 3CFRA 1CLQA 2OPQA 2HHXA 3BDPA 2YKMA 1VSIA 3T3FA 4ZHRA 4HHTA 1NKBA 1FKPA 4IDKA 3K2PA 1RNHA 2KFNA 4KREA 3O4QA 4Z4CA 4RW7A 4CJKA 4CERA 5E41A 4MFBA 1XHXA 3OYDA 3O3GA 2FBXA 4F3TA 1T03A 4Z4GA 3OYEA 3EYZA 2KW4A 3HK2A 3KJVA 1U04A 3C94A 3OY9A 3AVAA 5HP1A 1HRHA 1Z25A 3TAQA 3ZT2A 1KVCA 2RN2A 1QE1A 1RCHA 1D9FA 4FZXC 1HYSA 2XHBA 4OKEA 4OKKA 4G1QA 4W5OA 1A5VA 1KTQA 4HVJA 3LP2A 4RW4A 1U49A 3NCIA 4CF0A 2EX3A 4CJSA 4B9SA 1J54A 1JLBA 2OPSA 2KFZA 3QEWA 3LALA 3HYFA 3I0SA 4B9MA 3DLRA 3O3HA 2B5JA 2P1JA 4E7IA 5KRTA 4FK4A 3SJJA 4DU3A 4J2AA 4FJ5A 3OYAA 1ASVA 4O55A 3ZSXA 4JLHA 2DFHA 4CJQA 1DTQA 4FLYA 1HYVA 1FXXA 1RT4A 4FLXA 1IO2A 1ZBIA 2X6NA 3CFOA 4KHUA 3SCXA 2YNGA 1Z26A 3IRXA 3O4NA 2QK9A 3DRRA 3CYMA 4CJ5A 2F96A 1KVAA 1LAWA 4CEOA 1GOCA 4E7LA 1RT2A 3DM2A 3ZCMA 3OYBA 4CIEA 2ITGA 4CEDA 3QO9A 2HHSA 2ZD1A 2IC3A 3P1GA 3VQ8A 3D0PA 5FROA 3VQ6A 3PUFA 3RTVA 3HP9A 4QOZB 3ZSRA 3ZSWA 3NAEA 4ELUA 4C8LA 4PY5A 1SV5A 1S6QA 4E89A 4CIFA 3SQ0A 1EXQA 3MEDA 4ZTJA 4EZ9A 3C6TA 3ISNC 3SUOA 5CYQA 1TKXA 4DSLA 2VG5A 4M3UA 3LAKA 4DQSA 1C1AA 2KZZA 3V1OA 1NJZA 5D3GA 4FJ7A 3SPZA 4FJNA 1S1WA 3T19A 1JLGA 4KKOA 1RDDA 4BDYA 1Q9XA 3VQPA 4W5NA 3I8DA 4O5BA 4YFUA 1W0HA 2XY7A 4NYNA 3VQAA 1SKRA 1X1PA 2G8FA 1VSDA 4OLBA 4FK2A 3L2QA 1VSLA 3AVGA 3C6UA 3G0ZA 3QINA 1RT1A 3KLFA 4CECA 1RTIA 4K8XA 1ASUA 1IKWA 4AHVA 3M8SA 4KAZA 2HNZA 2Z1IA 3C95A 3OYLA 3LZIA 1LW0A 3OYHA 3V6DA 2G8VA 4IBNA 3DLBA 4H4OA 3VA0A 1N6QA 1U4BA 1BIUA 2YHAA 4ZTFA 4OLAA 3U3YA 3QETA 2HNYA 3DYAA 1HNIA 3MEGA 4FJMA 3TARA 3JYTA 2FBTA 2AJQA 5HRPA 4CF9A 4FLZA 2P51A 1WSHA 2JGUA 1TK0A 3L2VA 1ZBLA 4DWIA 1FKOA 1KLMA 2XY8A 3LP1A 4C8KA 3L8BA 4YNQA 1NK6A 4M3XA 4DQRA 2ATQA 4FJXA 1NJWA 2DTUA 4CGHA 3OJSA 1SL2A 1NK9A 1DLOA 3QEIA 1NOZA 1NOYA 3AVJA 3L3UA 4O0JA 3OYKA 5KTQA 4DFMA 4FXDA 1Q9YA 1L3VA 1ZBFA 3TR8A 1JL2A 4J2EA 4FJIA 4J2BA 3AVFA 1EX4A 3DOKA 4DSKA 4DTRA 4LY7A 3VQ7A 4E19A 3OYIA 1LV5A 4M45A 3AO3A 2P5GA 5SZTA 4CEEA 4CK2A 4W5RA 4DQPA 5JS1A 4C8NA 4FYDA 4B9TA 3V1RA 2OYQA 1RILA 1HQEA 3HT3A 4KI4A 3F73A 5J2NA 4OJRA 4FLUA 3LAMA 3WNFA 3OS0A 3ZT3A 1QSLA 4OPKA 3NH2A 1T8EA 1C0MA 3ASMA 1HNVA 3ZT0A 1TKDA 1EKEA 2E4LA 4UQGA 3ZSVA 4HCCA 2E6MA 5EU7A 3ALYA 4DFPA 3HM9A 4O4GA 1KFDA 4CFCA 4W5QA 4JS4A 3RMBA 3AO5A 3HXMA 1TAQA 3RMDA 1D8YA 3HVRA 4E1MA 4IFYA 1NK7A 2OZSA 2X6SA 2HB5A 3SQ1A 1XI1A 3LPTA 4CGDA 1Q8IA 5C42A 2Z1HA 4Z4HA 2ZE2A 4CF2A 5SWMA 1RBSA 5CZ2A 1L3UA 1XHZA 1ASWA 3DLHA 1RTJA 3CM6A 3ZT4A 1TKTA 3U6FA 3HPGA 1NK0A 4ELTA 1C0TA 4FJ8A 3TAMA 3I0RA 4DTUA 1RT3A 2Q3SA 5T7BA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4RCH A;  2F9W A;  2YHB A;  2G8W A;  3UKU A;  4PHT X;  2YV0 X;  4CCH A;  3HVT A;  2FC0 A;  2ETJ A;  1FZ3 E;  2IOC A;  3LP3 A;  3TI0 A;  1TK5 A;  4FZY A;  5AZI B;  3OGL B;  1B9D A;  3D2E A;  4JHD A;  1VQ8 N;  4E0D A;  4CHN A;  4H5N A;  4KBO A;  3A0I X;  3T1H K;  3L2R A;  4JD2 A;  4YDU A;  5C0Y A;  2B8I A;  2RHK A;  1C1B A;  3OYC A;  1TV6 A;  3E4W A;  1I3A A;  2E5L K;  5FDL A;  3S3N A;  3O08 A;  2OVR B;  3L3V A;  2XY5 A;  2VWK A;  4C8M A;  4PWD A;  1XMH E;  3EE8 A;  3CFP A;  4DG1 A;  3NGY A;  4FW2 A;  3TJY A;  4EIA A;  5BN9 A;  4XIU A;  4BRE A;  4H5T A;  1ZYQ A;  3SNN A;  1FZ0 E;  3HZ6 A;  4FM2 A;  2X74 A;  3ZX0 A;  1KAX A;  4DFJ A;  4WFN L;  5AQW A;  4CFA A;  2GTD A;  3KKR A;  3MMV A;  1XUP O;  2IVP A;  2OPR A;  3I8B A;  3DOL A;  2RPI A;  3W3D A;  4DLG A;  5KPZ A;  2HOE A;  1TKZ A;  3A5N C;  2JHC A;  3KIO A;  4FW1 A;  1TL1 A;  3ZSQ A;  1BDG A;  1TYQ B;  5FRM A;  1OH5 A;  4B1Z A;  1BO5 O;  4H4M A;  4QS9 A;  4DSF A;  4Z0U A;  1EP4 A;  4XH4 A;  4BE2 A;  4CJR A;  4X5M A;  4EP4 A;  4B8A B;  4DS5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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