4DTJA

Rb69 dna polymerase ternary complex with dttp opposite an abasic site and ddt/da as the penultimate base-pair
Total Genus 326
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
326
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transferase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
publication title Contribution of Partial Charge Interactions and Base Stacking to the Efficiency of Primer Extension at and beyond Abasic Sites in DNA.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DNA polymerase
total genus 326
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-02-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4dtjA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4dtjA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4dtjA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4dtjA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4dtjA03
2E6LA 1J5OA 5KTQA 3KLGA 2HHWA 4Z4HA 1NJZA 1BIZA 1JLQA 1S1XA 3L8BA 1T05A 1TAUA 1ASWA 1S1TA 5K14A 1LWCA 3QLHA 3RR8A 4OLBA 4O4GA 5KRTA 2PY5A 3VQPA 3NH0A 2FC0A 2A1SA 2Q3SA 3LP0A 3KK2A 3K57A 4DLGA 5KRSA 4CHYA 3HP6A 1U4BA 4IG0A 3B6OA 4LY7A 3V1QA 1TL1A 1W9HA 4DWIA 4CJWA 4B9MA 1TL3A 2E6MA 1Q9XA 4I2PA 4CJQA 3HPOA 4E1MA 3I0RA 4O0JA 4HVJA 1DTTA 2QKKA 1UA0A 3LPTA 4I7FA 3RRHA 3VQ8A 5EU7A 2XY6A 3V9SA 4QCLA 1WN7A 1HQUA 3QEIA 1KTQA 2RF2A 4OKKA 3V1RA 4ZHRA 4KAZA 1QE1A 4B3OA 4KKOA 4OGCA 4E7LA 1FXXA 4M3YA 4FLXA 1TGOA 4CGGA 2Y1JA 4W5NA 1UWBA 3HPGA 3NDKA 2OZMA 1LW0A 4FXDA 4KI4A 3SUNA 2Y1IA 4TSXA 3EZ5A 3AVCA 1L3VA 4N56A 4CHZA 3AO1A 1JKHA 3DMJA 3KLIA 3OS2A 1D8YA 4UQGA 4CGIA 4B9SA 2RN2A 4FCYA 1ZBIA 3UIQA 3I8DA 3SPYA 1NKEA 1S9EA 3QEXA 1RT4A 3S3OA 4HCBA 1KSPA 2VWKA 4AH9A 2FBTA 3V9ZA 2B4JA 1NK4A 3DM2A 4L8RB 4DSEA 1KVBA 2X74A 5E41A 1VRUA 3QINA 3AV9A 3O4QA 1EP4A 3ZCMA 4JRQA 2P5OA 1RT7A 1LW2A 4IDKA 5DMRA 4DFMA 3PX4A 3TABA 4KO0A 1RT5A 4CEFA 1L3UA 4C8KA 4FJIA 2GUIA 4DTRA 3TARA 2ATQA 3KD5E 1RT6A 3IRXA 3MEEA 1T7PA 4J2EA 4FJGA 4AILC 2YNHA 4FLVA 1SL2A 1IKYA 1RTJA 1DLOA 2KZMA 4E19A 3K58A 3VQBA 4E7IA 4FZXC 3TAMA 2KTQA 3WNFA 4RW8A 2A1RA 3OY9A 4OKEA 4ID1A 1WAJA 5KGXA 1O1WA 1TV6A 3BGRA 4FVMA 3TR8A 3CFPA 4FJHA 4CF2A 2QK9A 4PWDA 3L2RA 2FBYA 3PX0A 2YNGA 4CGHA 1IKVA 1T03A 1NJXA 2D0BA 1EXQA 2G8HA 4ICLA 4FK2A 3LP1A 3V6DA 1TK5A 1JL1A 1RT3A 3P1GA 1D5AA 1REVA 4CIGA 3ZSZA 3CG7A 4DTJA 4FJXA 3ZSQA 3ZSXA 3NH2A 4JLHA 3QERA 4CEOA 3VA0A 3AO3A 1VSEA 1IG9A 2D0CA 2Z1HA 4DSLA 1WSHA 1RTHA 4M3ZA 1HYZA 3ULDA 3G10A 3ASMA 3AVJA 3HM9A 3DRSA 2G8VA 3AVHA 1CXUA 4DFJA 4DQPA 1SL0A 1RILA 3ALYA 4XIUA 4Z0UA 1RBTA 1BQNA 3AVIA 4QOZB 3HVRA 1QQCA 4CHNA 2OA8A 3S9HA 1C0TA 1U49A 4FZYA 5D3GA 4RW7A 2HNDA 2HVIA 4PQUA 4RW6A 5KGWA 4F2SA 3K5NA 5J1EA 1C6VA 1C0UA 3NAEA 1FKPA 1VSHA 3V9XA 1NK9A 1SKWA 1VSKA 1ZYQA 2I5JA 2WOMA 3OYNA 2ZQBA 4DU1A 3U6FA 1NK7A 4F3TA 4E3SA 1XHZA 4KHWA 4ID5A 4CK1A 4FJMA 1MU2A 4C8MA 4CEQA 3SNNA 2LSNA 3RTVA 1VSFA 4DQQA 1NK0A 3WNGA 1KLNA 4M3WA 4DFKA 4F4KA 3DYAA 2HMIA 4CJPA 4M41A 3ZSWA 3RMDA 1U45A 3K2PA 4WE1A 4E7HA 3IAYA 1EKEA 1XI1A 1RT2A 2G8WA 4KV8A 3PY8A 3MEDA 4FW2A 5DK5A 4CGDA 4CJ5A 1JLFA 3C94A 4CFDA 3HK2A 3CQ8A 4EP4A 3O3GA 2GBZA 1RDCA 3SJJA 4M42A 3SUOA 4Q0BA 1Q8IA 4IBNA 4OGEA 2W42A 4DTPA 2F8TA 2OZSA 1W0HA 3CM6A 3VQCA 3DLKA 4LH5A 2PYLA 4DTXA 4CJVA 1ZBFA 2VG7A 3EYZA 3PUFA 4FM2A 1KRPA 1TVRA 3F73A 4OVLA 3LP3A 4Z4FA 3O4NA 3ZT4A 3AVFA 1NKCA 3AA2A 4IG3A 1SKSA 1L3SA 1LWFA 5HRRA 3PO5A 5CY4A 3ZSYA 4HUEA 3K5LA 3KTQA 1ZBUA 1B92A 3RRGA 2BDPA 4FLUA 5CYMA 3L2VA 1J9AA 3E01A 4CGFA 3VQ5A 3QEVA 1UOCA 2JGUA 5SWMA 1X9SA 4DU3A 4KRFA 1A5WA 1C0MA 3QIPA 1X9WA 4CJUA 3LANA 1FK9A 3ZT1A 1B9DA 1DTQA 4N41A 3MXJA 4NYNA 1JLGA 4DTMA 5HBMA 1WSEA 3VQDA 2DY4A 2ZE2A 3ZSRA 3HT3A 4W5TA 1WAFA 3RMBA 1WSJA 4W5RA 5CZ2A 1KLMA 4CGJA 4IKFA 2B5JA 1C1AA 1S6QA 2E4LA 4DF4A 3MXMA 3VQ7A 5HP1A 4KPYA 4Y1DA 2YHBA 2FBVA 4FM1A 2O4GA 1BCMA 1NJYA 4EZ9A 3LZIA 4M3XA 3AVGA 3L2QA 1QS4A 1S9GA 2XRIA 5FROA 3CYMA 4M3TA 4DS4A 2ETJA 4PUOA 3CFRA 3AVKA 4DTSA 3O3FA 3AVAA 3HPHA 1YT3A 1VSJA 2IGIA 1TK0A 3QESA 3JYTA 4M3RA 4FJLA 4CJEA 3HSTB 3SPZA 4YFUA 2Z1IA 5J2PA 4DLEA 4BDPA 3CFOA 1ZBLA 1YVUA 3OYIA 1S5JA 3HO1A 3VN5A 3K59A 1VK0A 3NGIA 1JLBA 1I3AA 3FFIA 1WSIA 3SCXA 3RWUA 3I0SA 3IG1A 1SV5A 4NCGA 3RMAA 4I9QA 3JSMA 4BWJA 3S3NA 3KK3A 4E7JA 1EETA 1NOZA 1HPZA 1LV5A 4CERA 5JS1A 1JLCA 4FJ7A 3NH1A 4R5PA 3SV4A 3D45A 1N5YA 5FRMA 1RDDA 2OPRA 4KTZA 4CJKA 3AVBA 4JS5A 3TAQA 1CXQA 3OYDA 3P5JA 4KI6A 4BACA 4DQIA 2G8KA 3TAGA 1BIUA 4CEZA 4DSJA 3DLGA 5CYQA 4CHPA 3OYAA 5J2NA 1KCFA 3SZ2A 1S6PA 3SYZA 1NKBA 4DTUA 3QEWA 4FJ5A 4O44A 4DTOA 2Z1GA 4LH4A 4PY5A 4I9LA 3K5MA 3S3MA 4CJLA 4O55A 1C1CA 1HMVA 1NK5A 4HTUA 4BDYA 3LPUA 2HNYA 4F3OA 3OYGA 4Y1CA 4FLYA 1U48A 5JS2A 4HCCA 1BHLA 3NHGA 1YTAA 1LAWA 2D0AA 4EZ6A 3KJVA 1IKWA 1WLJA 2KFZA 3AO2A 3MECA 3OJUA 3L3VA 2XY5A 1JL2A 4KB1A 4O0IA 1KVCA 4CJRA 3MAQA 1TKZA 3DLRA 1S1VA 3LALA 4O5BA 4M45A 1WNSA 3U3GA 3V1OA 4CJSA 2XY7A 2YKNA 3SUPA 4CE9A 4AHTA 4F8RA 2YHAA 4DSIA 2QKBA 2D5RA 4ZTFA 1CZBA 1RBSA 3LAMA 1X1PA 3K5OA 4C8LA 2DTUA 4BE0A 1YTUA 2OPQA 5C25A 3SV3A 4GW6A 4CK2A 1IH7A 4KHNA 4H4OA 2XY8A 2OPPA 3DOLA 4RW4A 5C24A 5I42A 2EX3A 3NE6A 4AHCA 1RTIA 4Q5VA 4Z4CA 2HHTA 5HRPA 3L2UA 2OPSA 2BGGA 3OS1A 4DQRA 4KFBA 3HVTA 1JLEA 3SQ2A 1G15A 4E1NA 4E7KA 1R0AA 1Q9YA 1BL3A 3KK1A 4B9LA 3DLEA 3OYJA 3HJFA 1ASUA 3OYMA 2NUBA 4CJTA 2B6AA 2IC3A 3LWLA 4NCBA 2Z1JA 4N5SA 1QSLA 3QNNA 1QHTA 5CZ1A 3P83D 4F2RA 4DS5A 1JLAA 2HHXA 2X6SA 1S1WA 3B6PA 3AO4A 3CM5A 2DFEA 2HNZA 1VRTA 4N76A 4E0DA 4FLWA 1XWLA 3VQ6A 2QXFA 4OJRA 4FJKA 1FKOA 3ISNC 1U47A 4BDZA 1VSIA 4B9UA 2IOCA 4CJ3A 1RDBA 4KTQA 2XHBA 3OYEA 4J2AA 2HHVA 3M8RA 2HVHA 4GVMA 3LAKA 3G0ZA 2XO7A 2R7YA 2GV9A 3AVNA 3MXIA 3HYFA 5KI6A 4B8CA 2KW4A 4OPKA 1F21A 1U04A 2X6NA 3NFAA 4FJ9A 4CESA 1ZBHA 3M8PA 5HLFA 1D9FA 1XHXA 4FJJA 2DFHA 1HJRA 2VG5A 4W5QA 3TI0A 3AVLA 4CFAA 4B9VA 1BQMA 1RCHA 3LDSA 3H08A 4C8OA 4AHRA 4NYFA 3ZT3A 3C6TA 4BWMA 5HROA 3BDPA 4AHSA 4FK0A 2HW3A 1X9MA 1VSMA 4KTWA 5I3UA 4NCAA 4DF8A 4IFVA 3M8SA 2G8FA 3T1AA 1ITGA 1BI4A 1GOBA 4AHUA 4B08A 2HB5A 4FW1A 3NF8A 4CEAA 4CEDA 4CF8A 3PV8A 4Z4IA 4LD0A 4CHQA 4DG1A 3WNHA 5C42A 3VQ4A 4DQSA 2YV0X 4PA1A 2YKMA 4CK3A 1BGXT 4KHQA 3VQAA 3V9WA 4FLZA 1RBVA 3QNOA 1C1BA 3M8QA 1IKXA 3OYCA 3L2WA 1L5UA 3NF9A 1NJWA 3SQ4A 1JXEA 1VSLA 4M3UA 4DSFA 4RG8A 3T19A 1UAXA 1WSFA 1BCOA 3ZT0A 3RMCA 4FM0A 1RNHA 3A2FA 2JLEA 3HP9A 3QO9A 3V9UA 4ZTJA 1BISA 4OKJA 3AVMA 2HHQA 1D9DA 1XC9A 4KHYA 1WSGA 3TAFA 3TAEA 3SQ1A 4JRPA 4B8AB 1NOYA 3LZJA 3LP2A 1A5XA 5FRNA 4FYDA 1HNVA 5T7BA 2VWJA 1QSSA 4ELVA 1GOCA 5J2MA 3DLBA 1JXBA 3OYLA 4BE1A 1RTDA 3DRPA 3THVA 2EHGA 3D0PA 2PZSA 3PO4A 2RKIA 1SKRA 2IDOA 4HHTA 3DRRA 3NBPA 4DU4A 4KHSA 3QEPA 2P51A 4J2BA 3TAPA 4CJFA 3VQQA 4E89A 1HRHA 1Z26A 4N47A 4B9TA 2IAJA 2AJQA 3AA4A 1HQEA 3V4IA 1HYSA 4CJ4A 4FJNA 3MEGA 3NGYA 5SZTA 4MFBA 1J54A 1T8EA 1CLQA 3LWMA 1SL1A 4K8ZA 1Y97A 4K8XA 1SUQA 3NF6A 3OYBA 4HUFA 1N6QA 3VA3A 3HXMA 2IS3A 2G8UA 2X78A 4FK4A 3OYHA 4RW9A 4Z4EA 1RT1A 2BE2A 4CFCA 4MQ3A 4KB0A 4DSKA 3C6UA 1TK8A 1KFSA 3NCIA 4FJ8A 4OPJA 3OJSA 1TKDA 3U3YA 4JS4A 4FLTA 2P1JA 2YNIA 4CIFA 1BI4B 4QAGA 3RR7A 3F9KA 3KD1E 1RBRA 3T3FA 3KLEA 4BE2A 4KHUA 1B9FA 4CF1A 2OYQA 5J2QA 1NK6A 1QSYA 3HL8A 4H4MA 3EY1A 2YNFA 1TKXA 4DMNA 4LSNA 5HRSA 4GMJB 4CHOA 4DFPA 2HHUA 3OYFA 2BANA 1NK8A 3VQ9A 3C95A 4AHVA 1CZ9A 3KLFA 3TWHA 2KFNA 2ZD1A 3OYKA 4KREA 3NF7A 2FBXA 4HUGA 4J2DA 3KKRA 1LWEA 4CF0A 4CECA 2ITGA 4CEBA 2F8SA 4ELUA 3L3UA 1TAQA 3DOKA 2WONA 3TANA 4B9NA 4OLAA 4CF9A 3KIOA 3VQEA 3KLHA 1RDAA 3OVNA 4I2QA 2P5GA 4C8NA 1GOAA 3KKSA 3SI6A 1IO2A 1A5VA 4CIEA 3IS9A 2G8IA 3NGZA 1EX4A 4CCHA 1KVAA 3O3HA 1ASVA 2KZZA 4YNQA 1LAVA 3QETA 3ZSVA 3ZT2A 2PYJA 2O4IA 2HHSA 3ITHA 3AA3A 3AA5X 1J53A 1TKTA 5HRNA 4ELTA 1VSDA 3QIOA 1Z25A 3DI6A 3SQ0A 4G1QA 1S1UA 1HNIA 4Z4GA 4CFBA 3AO5A 4H8KA 3DLHA 4IFYA 3ZSOA 1K6YA 3OS0A 1RBUA 3V81A 4W5OA 1QTMA 3WNEA 4FZZA 1KFDA 1HYVA 4LSLA 5FDLA 1L3TA 3SUQA 4EP5A 2VG6A 1UA1A 3PX6A 4CEEA 2KQ2A 1I39A 2DFFA 4DTNA 2RPIA 2F96A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 4HUG A;  4J2D A;  3KKR A;  1LWE A;  4CF0 A;  4CEC A;  2ITG A;  4CEB A;  2F8S A;  4ELU A;  3L3U A;  1TAQ A;  3DOK A;  2WON A;  3TAN A;  4B9N A;  4OLA A;  4CF9 A;  3KIO A;  3VQE A;  3KLH A;  1RDA A;  3OVN A;  4I2Q A;  2P5G A;  4C8N A;  1GOA A;  3KKS A;  3SI6 A;  1IO2 A;  1A5V A;  4CIE A;  3IS9 A;  2G8I A;  3NGZ A;  1EX4 A;  4CCH A;  1KVA A;  3O3H A;  1ASV A;  2KZZ A;  4YNQ A;  1LAV A;  3QET A;  3ZSV A;  3ZT2 A;  2PYJ A;  2O4I A;  2HHS A;  3ITH A;  3AA3 A;  3AA5 X;  1J53 A;  1TKT A;  5HRN A;  4ELT A;  1VSD A;  3QIO A;  1Z25 A;  3DI6 A;  3SQ0 A;  4G1Q A;  1S1U A;  1HNI A;  4Z4G A;  4CFB A;  3AO5 A;  4H8K A;  3DLH A;  4IFY A;  3ZSO A;  1K6Y A;  3OS0 A;  1RBU A;  3V81 A;  4W5O A;  1QTM A;  3WNE A;  4FZZ A;  1KFD A;  1HYV A;  4LSL A;  5FDL A;  1L3T A;  3SUQ A;  4EP5 A;  2VG6 A;  1UA1 A;  3PX6 A;  4CEE A;  2KQ2 A;  1I39 A;  2DFF A;  4DTN A;  2RPI A;  2F96 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 2E6L A;  3KZB A;  1J5O A;  5AFU A;  4Z4H A;  1NJZ A;  1TAU A;  1ASW A;  5C12 A;  1HKB A;  1YHQ N;  2FC0 A;  1JW2 A;  4DLG A;  5KRS A;  3S41 A;  1U4B A;  4IG0 A;  1BG3 A;  4IT5 A;  2QXL A;  4CJW A;  1YVN A;  1FJG K;  4B9M A;  5AQS A;  5AZJ B;  4EYW A;  4LF8 K;  1KTQ A;  1Z6R A;  4KAZ A;  3M3Z A;  4OGC A;  1FXX A;  2JH8 A;  1OVY A;  3MN7 A;  4FLX A;  3D7E O;  4BC2 A;  4CGG A;  3SAH A;  1UWB A;  3NDK A;  1KC8 O;  4Z94 A;  4YOX A;  3BP8 A;  1L3V A;  4N56 A;  4YOW A;  3AO1 A;  4F9O A;  2YHY A;  4BG9 A;  3CCE N;  5ADX H;  2RN2 A;  1ZBI A;  5E84 A;  4DHY A;  4X5N A;  4HCB A;  1NK4 A;  3V9Z A;  1C0F A;  2B4J A;  1T3V A;  3L6Q A;  1VRU A;  3LM2 A;  3QIN A;  3N1B A;  1E4F T;  3O4Q A;  4ILJ A;  2D0P A;  1RT7 A;  4CBW A;  1QZ6 A;  2W41 A;  1X3N A;  2CH6 A;  4DTR A;  2NRZ A;  2ATQ A;  1Q82 O;  3KD5 E;  3MDQ A;  3IRX A;  5AQL A;  5KQD A;  2P1O B;  4H0X B;  4I6M A;  4DB3 A;  4WQ4 A;  2A1R A;  4OKE A;  1O1W A;  3TR8 A;  3CFP A;  4JKB A;  2YCH A;  1IKV A;  4B1V A;  1TK5 A;  2GX9 A;  1NMN A;  1D5A A;  1KXP A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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