4DTMA

Rb69 dna polymerase ternary complex with dctp opposite an abasic site and ddg/dc as the penultimate base-pair
Total Genus 323
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
323
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Contribution of Partial Charge Interactions and Base Stacking to the Efficiency of Primer Extension at and beyond Abasic Sites in DNA.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DNA polymerase
molecule tags Transferase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 323
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-02-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4dtmA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4dtmA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4dtmA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4dtmA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4dtmA03
3VQ4A 3V4IA 3NE6A 3VQBA 1C0MA 3THVA 4CGGA 3ISNC 1BIZA 3DLEA 4ID5A 4FJ5A 3OYLA 3EYZA 4KV8A 3SJJA 4C8NA 4HCBA 2F8SA 3CFOA 2HMIA 1EETA 4H4OA 2HHQA 1NKBA 4KHUA 4CCHA 3VQ6A 2VG5A 1JLAA 3MXMA 4FZZA 2YNGA 1VSIA 2B5JA 2QK9A 4M45A 3AO5A 4AHVA 4F2RA 3SZ2A 4KHWA 3D0PA 1FK9A 1TK8A 1JLCA 1LW0A 2HB5A 1RT5A 1TL1A 5JS2A 3TAMA 4KTWA 3VQAA 3AA2A 5KGXA 4J2BA 3AVKA 1VSDA 3VQEA 1WN7A 4FJGA 3ZSWA 4FLXA 3ZT0A 3TAFA 4CJ3A 4NYFA 4DG1A 4ZTFA 1SL1A 1N5YA 4ELUA 1NK6A 4CE9A 4Q0BA 4CGFA 4B08A 1W0HA 4KHNA 4CFCA 3OJUA 4C8OA 4F4KA 3S9HA 1NK9A 4DTNA 4FLTA 1C1BA 4FJJA 2GUIA 4LSNA 4KFBA 3K5MA 2Y1IA 1NOZA 1KVAA 3LZIA 4E19A 3G10A 3DLRA 4B8CA 4O0IA 3LZJA 4PWDA 3VQ7A 4FJ7A 3C6UA 4CFAA 3NH1A 5KRSA 3EY1A 1C1CA 3MAQA 5CYQA 4DLEA 4W5TA 3KD1E 4FJLA 4IFYA 1ASVA 1NJWA 5HRRA 4FLUA 3SYZA 3OYJA 3OS2A 4K8XA 3CG7A 1UOCA 4DSEA 4MQ3A 4DFPA 2G8FA 3QEVA 2NUBA 4GMJB 4CGJA 4F8RA 2F8TA 1RBSA 1CXQA 3HP6A 3DOKA 4NYNA 1QHTA 3AVJA 3O4NA 3NH0A 3HJFA 1ASUA 3MXJA 5HROA 1SKSA 4B9LA 3VQDA 2BDPA 3AVCA 4FZXC 1RDBA 3LWLA 2YNHA 4CJVA 1HYVA 4WE1A 3SPYA 2PYJA 3K2PA 3SQ1A 3L3UA 3ZSYA 4KREA 4TSXA 1A5XA 1S1XA 3DYAA 1T05A 1HQEA 2WOMA 1IG9A 1RT7A 3NH2A 3AO4A 3O4QA 4CF1A 1NKEA 4B9TA 1RDDA 1SL2A 4QOZB 3AVAA 1WSHA 4CEBA 4CFBA 1HMVA 4XIUA 3C94A 1RBUA 3L2WA 2G8WA 1TK0A 4YFUA 1ZBIA 3V81A 3SUQA 3RMCA 4KHQA 1EXQA 1QS4A 1VSKA 3KLIA 1KLNA 4HCCA 2PZSA 4FJIA 1TKZA 1X9WA 1TK5A 2IAJA 1YVUA 2OPRA 4B9SA 4EZ6A 1WAJA 3O3FA 2QKBA 4I9QA 3ZT4A 4C8KA 5KI6A 1L3TA 2YHAA 4GW6A 1BISA 3I0RA 3KJVA 3ZSQA 5CY4A 3VQ8A 1TV6A 4E7IA 1GOCA 5FRMA 3MECA 4E7LA 4QAGA 4FM2A 4DLGA 1JXEA 5T7BA 2G8UA 3OYIA 3PY8A 1QQCA 3LP1A 2XY7A 4F2SA 4O0JA 5J2PA 4M3TA 1T03A 3U3YA 4Z4GA 3SCXA 2DY4A 1C6VA 3F9KA 4O4GA 1JLQA 1RT6A 4RW9A 3ZSXA 3RRGA 5HBMA 1BI4A 2KTQA 3SV4A 2B4JA 1WSFA 3SQ2A 4CJEA 3S3OA 3PO4A 3RMDA 4NCAA 4DTPA 1B9DA 1JLBA 4W5QA 4O55A 3VA3A 2VG7A 4GVMA 3OY9A 2PYLA 4J2DA 2E6LA 4DSIA 3D45A 1L3UA 3CM6A 4OLBA 1HNVA 1VSHA 5FROA 4CEEA 1KCFA 4O5BA 4CJSA 4CJWA 3L2QA 5D3GA 2KZMA 1JLGA 3QNNA 1NJYA 3HSTB 3NFAA 1DTTA 1LAVA 3OYBA 2A1SA 3HYFA 3KIOA 3DMJA 4I2PA 3MEDA 1S6QA 4Z0UA 2D0BA 2D0CA 4CERA 4DQSA 3VQPA 3BGRA 4B8AB 4KI4A 4DU3A 4CIGA 3O3HA 1NK4A 1O1WA 5KRTA 4JRQA 2HNYA 1B92A 1QSSA 2XRIA 1TGOA 3M8PA 3MEEA 1TKDA 4DQPA 1SKWA 1SKRA 4DFKA 3QERA 4CECA 4PY5A 4BDPA 1RTHA 2D5RA 3V9WA 2YHBA 3K5OA 1CXUA 4AILC 4FLWA 1TL3A 3L3VA 5DMRA 4LD0A 3OYKA 4ELVA 4F3OA 4OVLA 3PV8A 5J2NA 3SUNA 3RTVA 3KLHA 2FBXA 3AA4A 1HYSA 1T7PA 4KPYA 4KB0A 3ALYA 2B6AA 4W5NA 4JS5A 4FLVA 4H4MA 4NCBA 2XHBA 3QEPA 3KLEA 4G1QA 2X6NA 1UAXA 3L2RA 1D5AA 3LANA 3MXIA 3DLKA 3KKSA 5KGWA 1RNHA 3AVNA 4CHZA 4DTXA 1IKWA 1S1UA 4FK4A 1ZBUA 4RW8A 4CF9A 4EP5A 4ZHRA 1HPZA 5I42A 2KFZA 2ZE2A 4CJTA 2FBTA 4E3SA 1YTAA 3P1GA 4E1NA 4DSKA 4H8KA 4KHSA 3KLFA 2VWJA 1SV5A 1VSEA 1RT4A 1U47A 3VA0A 4JLHA 1IKVA 2XY8A 4AHTA 4DTUA 3QESA 1BHLA 4N56A 1NK5A 1MU2A 2XY6A 3V9ZA 4HUFA 4FLZA 1F21A 3B6PA 3TARA 5FDLA 1L5UA 1J5OA 1QE1A 1TAQA 2OYQA 1KFDA 1EP4A 2IC3A 1BCOA 4LY7A 5HP1A 3RR8A 4BE2A 4E0DA 2HHWA 5HRNA 1J53A 4HTUA 3O3GA 1L3VA 4CK2A 4DSLA 2KFNA 4IG0A 1J54A 3NF6A 4BACA 4FK2A 1G15A 1VRUA 4DMNA 3OYCA 1SL0A 1S9GA 3LPUA 1R0AA 1T8EA 3HPHA 2G8KA 4CJKA 1ASWA 3DI6A 3LP2A 2R7YA 1RDCA 3QIOA 5I3UA 4NCGA 2GV9A 2LSNA 4OGEA 2X78A 4M42A 1KLMA 3DRPA 3NBPA 5J1EA 4FXDA 3OYMA 1KSPA 4FK0A 2EX3A 1IKXA 3B6OA 2A1RA 1B9FA 4CJPA 4CIEA 1A5VA 4IG3A 3NGZA 4CK3A 4FJNA 2QXFA 2ETJA 1S1TA 3UIQA 3T19A 1YT3A 1JXBA 3AO1A 3QNOA 3NHGA 4Z4HA 2HHXA 3VQCA 4HVJA 5J2MA 2P1JA 1ZBFA 4B9UA 3HM9A 1YTUA 1VRTA 3OYDA 2RPIA 4R5PA 4W5RA 4IDKA 4M3YA 4M3RA 3SV3A 3LDSA 4DTRA 1S6PA 2JGUA 3A2FA 2DFFA 1VSFA 2YV0X 4M3WA 4HUGA 1BI4B 4BE0A 2O4IA 4CGDA 2OZMA 4FJXA 5JS1A 2KW4A 1GOBA 1RDAA 4N47A 2OPPA 4J2EA 3TAGA 4C8LA 3AVLA 4ZTJA 4DSJA 4DU1A 4CK1A 4M3UA 2HNZA 4PA1A 4CEFA 4KO0A 4J2AA 4AHRA 3CYMA 1Z26A 4DTJA 4DU4A 5EU7A 3ZSRA 1J9AA 1BQMA 4PUOA 1U45A 1D9FA 3SPZA 2IOCA 1VSMA 3HVTA 2XY5A 4N41A 4IKFA 4LH4A 2WONA 1CLQA 1BIUA 1IO2A 3AVIA 3S3NA 3LALA 3SI6A 4K8ZA 1C0UA 3KK1A 4CEDA 5KTQA 1TKXA 3P5JA 4CJQA 5C42A 4B9NA 5HRPA 1HQUA 3KK2A 1HNIA 4DTMA 4KTZA 4L8RB 2XO7A 2VWKA 4BDYA 2KZZA 3L2VA 2QKKA 4LSLA 3ZCMA 4CHQA 4DQRA 3TABA 1REVA 3SUPA 3OS1A 4FW1A 3TWHA 1UWBA 3AO2A 3K5NA 1IKYA 1TAUA 2F96A 3LAKA 4KB1A 5SZTA 3HPOA 3AVMA 3EZ5A 3PX6A 1WSGA 2ZD1A 1JLFA 3AO3A 1ZBLA 1RTIA 5SWMA 4Z4EA 2P51A 3AVFA 3I8DA 4IBNA 2G8IA 1I3AA 2IDOA 2HNDA 4ID1A 3VQQA 4DF4A 4OJRA 3KLGA 3TAQA 1U49A 1U04A 3AVBA 2BE2A 1EX4A 1WSEA 4CF8A 3RR7A 1Y97A 1RT2A 4KI6A 3HO1A 3PX0A 1DTQA 4AH9A 4CEQA 2HHSA 4FYDA 3SQ0A 1RTJA 3I0SA 4ELTA 1S9EA 1Q8IA 4Z4CA 4LH5A 3VQ9A 4JS4A 2O4GA 3WNGA 2VG6A 3LP0A 4OGCA 3OYHA 3QEIA 1N6QA 4UQGA 1U48A 3SQ4A 2JLEA 3AV9A 3FFIA 4CJ5A 3V1OA 3OYFA 3OYEA 1D9DA 2G8HA 4RW7A 1I39A 3VQ5A 3F73A 1HRHA 4CEOA 3CM5A 4N5SA 1LAWA 4E7JA 3NGIA 1NK0A 3AVHA 4DTOA 2DFEA 2Y1JA 1KTQA 3LPTA 4CJ4A 3LWMA 1JKHA 2E6MA 2RF2A 2BGGA 3AVGA 1NJXA 3L8BA 4I9LA 4E7KA 1QTMA 4KRFA 3QINA 4Z4IA 5C24A 3IRXA 3BDPA 2HVIA 3HP9A 4M3XA 5J2QA 4E1MA 1VSLA 1UA0A 1VSJA 3AA5X 1NKCA 4AHCA 1XWLA 4ICLA 4DWIA 3KKRA 3WNEA 3OYGA 2Z1IA 1ITGA 3HVRA 1NOYA 3RRHA 1KRPA 2P5GA 4Y1CA 1A5WA 4CFDA 1D8YA 3IG1A 3KTQA 3G0ZA 1JL1A 2EHGA 3ITHA 4CHNA 4AHUA 3VN5A 3DOLA 1C1AA 2ITGA 1Z25A 4OKEA 3QETA 3NDKA 5K14A 3HK2A 3LAMA 1EKEA 1L3SA 3NF7A 2Z1GA 2IGIA 3PX4A 2Z1HA 3OS0A 5HRSA 3CFPA 3SNNA 2OPSA 4CJFA 2DFHA 1RTDA 2PY5A 3H08A 5CZ2A 2KQ2A 3TANA 3WNFA 3SUOA 4DFJA 1FKOA 4CHYA 4FJ9A 1QSLA 4FZYA 4Y1DA 4PQUA 1CZBA 5CZ1A 1SUQA 2RKIA 4E89A 1Q9YA 1RCHA 1C0TA 4AHSA 2GBZA 4I7FA 5DK5A 3M8RA 4BDZA 1X9MA 3K5LA 3ZSZA 2OZSA 3E01A 2IS3A 2Q3SA 3PUFA 1WAFA 2E4LA 2X74A 1JLEA 2YKMA 4DFMA 4CIFA 3OYNA 1JL2A 3TI0A 3V6DA 1WSJA 3DLHA 3DRSA 4MFBA 4RW4A 2W42A 2ATQA 3IS9A 5E41A 3AA3A 3S3MA 1HYZA 4B9VA 1CZ9A 1RILA 4KKOA 3HL8A 2OA8A 1NK8A 4FJHA 4KTQA 3QIPA 5HLFA 3L2UA 4CJUA 4OLAA 2HW3A 3HXMA 3QLHA 2AJQA 4FJ8A 4B3OA 4FM0A 1BL3A 1IH7A 3NAEA 4CHPA 3TR8A 1Q9XA 4M41A 1W9HA 4M3ZA 1LWEA 4CGIA 5C25A 3K58A 3ULDA 3TAPA 1QSYA 2P5OA 4OKJA 3QO9A 3ZT3A 4DS5A 4FJKA 4Z4FA 3CFRA 2D0AA 3CQ8A 1XC9A 3NCIA 1GOAA 3K57A 4HUEA 4DSFA 4CF2A 1RBRA 3ASMA 2HHTA 4OPJA 3JSMA 3QEXA 1KVCA 4FM1A 1RT3A 2YKNA 4OPKA 4B9MA 4FJMA 4F3TA 4JRPA 1DLOA 2FBVA 2ZQBA 3KK3A 4DQIA 4EZ9A 1ZBHA 3OYAA 5FRNA 4E7HA 4BWMA 4RG8A 4CHOA 3NGYA 1WNSA 4KAZA 3U3GA 3OJSA 4DF8A 3HT3A 1TVRA 1LWFA 1TKTA 4OKKA 3WNHA 3V9UA 3TAEA 4I2QA 1XHZA 3MEGA 3K59A 2YNIA 1FXXA 1RBVA 2HHVA 3DRRA 3RWUA 3HPGA 4CJRA 3JYTA 4CF0A 1NJZA 1LV5A 3ZT2A 4CEZA 1WSIA 1S1WA 3V9SA 1K6YA 4W5OA 2I5JA 5CYMA 4KHYA 1LW2A 2Z1JA 1U4BA 3DLGA 2G8VA 2HHUA 3V1RA 1NK7A 3NF8A 4DQQA 4QCLA 1XHXA 3ZSVA 1WLJA 3M8SA 1ZYQA 2X6SA 4DTSA 3IAYA 3OVNA 4EP4A 3QEWA 1HJRA 1FKPA 4BWJA 1XI1A 3C95A 2DTUA 4IFVA 1LWCA 1S5JA 3DLBA 1S1VA 4N76A 4CEAA 2OPQA 1UA1A 3T3FA 3PO5A 3ZSOA 3DM2A 4RW6A 4CESA 2HVHA 4O44A 3RMBA 1X1PA 3U6FA 4FW2A 3C6TA 3KD5E 2FC0A 2FBYA 4YNQA 2YNFA 3V1QA 4CGHA 1BCMA 4FLYA 1VK0A 4HHTA 3T1AA 3V9XA 4FVMA 3RMAA 2RN2A 1X9SA 3LP3A 4C8MA 2BANA 4FCYA 1RT1A 3M8QA 1KVBA 3NF9A 1BQNA 4CJLA 4BE1A 3ZT1A 4Q5VA 4DS4A 3P83D 1KFSA 1BGXT 1RBTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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