4DTPA

Rb69 dna polymerase ternary complex with dgtp opposite an abasic site and dda/dt as the penultimate base-pair
Total Genus 325
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
325
sequence length
903
structure length
903
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Contribution of Partial Charge Interactions and Base Stacking to the Efficiency of Primer Extension at and beyond Abasic Sites in DNA.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule keywords DNA polymerase
total genus 325
structure length 903
sequence length 903
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-02-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4dtpA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4dtpA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4dtpA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4dtpA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4dtpA03
3DI6A 1S1UA 4CFCA 1QTMA 4M3RA 3I0RA 4HCBA 4ELVA 4HVJA 3TABA 1HQEA 2IC3A 2Z1IA 3MXJA 5KTQA 4FM1A 1Q9YA 4KRFA 1UWBA 2OPQA 3HVRA 4DQQA 2E6LA 3PV8A 1NK4A 3O3GA 3OYAA 3TWHA 4FCYA 1WAFA 4QOZB 1A5WA 1TK0A 4Z4HA 1N5YA 3DLBA 5HRSA 4DSJA 3CFRA 2GV9A 4B9SA 3RRHA 1QQCA 3TAFA 4M3YA 1SL1A 4L8RB 1IKVA 3S9HA 1S6QA 2YV0X 1JXEA 1SKWA 5CYMA 2XY6A 1TV6A 2YKMA 3VQBA 1WLJA 4B9NA 2F8TA 1RBUA 5HRPA 1LWFA 3AO5A 1I39A 4Z4FA 3L3UA 4ZHRA 1C1AA 4CHNA 3O4QA 2G8FA 3AVGA 1WSIA 4RW4A 2DFHA 3HXMA 4KTWA 4DF8A 4F8RA 1U45A 2XRIA 1L3TA 5FRMA 2HHTA 3T19A 3V4IA 2G8KA 4CECA 1VSDA 4FXDA 2W42A 1IKXA 3QINA 4DQPA 1ZBIA 1ASVA 1S1XA 1WSGA 3HPHA 4NYFA 1Q9XA 1XI1A 3U3GA 4BDZA 4M3ZA 4CK3A 3QNNA 4PQUA 4PWDA 4HUGA 3RTVA 3PO5A 5FDLA 1RTDA 1KRPA 1LW2A 4O5BA 1LWCA 3VQQA 1NJZA 4CFDA 4DTJA 3OYKA 4B3OA 4I9LA 2P1JA 1BL3A 3NGYA 4CHZA 4DSFA 1R0AA 4YNQA 3EZ5A 1I3AA 4CGJA 4DQRA 3L2VA 4HHTA 3AA3A 3MAQA 3V9SA 3KLFA 4FJGA 4OKJA 4JS4A 1NKCA 4CHQA 2P51A 4NCGA 1HNVA 2HHQA 3HYFA 1TK5A 4W5NA 4KHQA 3SCXA 1VSKA 1IG9A 3LAKA 3C95A 3VQ7A 2KFZA 4FM2A 4Z0UA 3VQAA 1VSMA 1N6QA 3OYDA 2YNFA 4B9VA 1VSIA 3ALYA 4O0IA 1VRTA 3M8RA 1NK5A 1JXBA 4DTRA 4KV8A 4N41A 4LSLA 2WONA 1UA1A 3HL8A 4AILC 3KJVA 2RN2A 4DWIA 1NJYA 1NKEA 2YHBA 3OYMA 3SPZA 3L2QA 4DTNA 4E7JA 4IKFA 4CJQA 2R7YA 4Y1DA 1RBTA 1RT4A 3SPYA 3ZT3A 4C8KA 3B6PA 1T05A 4HCCA 3O4NA 1EP4A 4FJXA 1C1BA 4CJEA 1F21A 3KLGA 4W5RA 2PY5A 2BANA 2QKKA 5EU7A 1NOYA 2FC0A 3KD5E 3WNFA 4DTMA 5J2PA 2GBZA 1TL1A 4CF2A 3KK1A 3I0SA 3VN5A 2FBYA 4FJNA 4FJJA 1HRHA 4CFAA 4J2AA 3V9XA 3VQCA 3ITHA 3TAGA 1KVAA 1EXQA 3AVAA 4CHOA 3PY8A 2ITGA 4PA1A 4CF1A 4CJKA 1C6VA 1WSFA 4IG3A 1HQUA 3K5MA 4DLEA 4BACA 3PX4A 4BWJA 1HYZA 2XY5A 1BQMA 3DRSA 3OJUA 3M8QA 3OS1A 3T3FA 3NGIA 4N47A 5JS2A 2G8WA 2O4GA 3NF8A 4RW6A 1S1WA 1KSPA 4E0DA 5KI6A 1NJXA 3CFPA 3JYTA 4DTSA 1L5UA 2IS3A 1QE1A 1L3UA 2GUIA 5HROA 2VG5A 4IBNA 3SUNA 4CEBA 3KKRA 4KHSA 5HBMA 4DS4A 4UQGA 3NE6A 1YTAA 2HHUA 3V9UA 1RDAA 3V81A 4FK2A 2Q3SA 3P83D 2VG6A 4E7IA 3NFAA 3DLKA 3TI0A 1VSFA 3WNGA 1ITGA 1TKTA 4DU3A 1LAVA 4LSNA 4Q5VA 4EP5A 3NF6A 1BIZA 2OPPA 3MXIA 3K59A 2VWKA 2P5OA 1WAJA 1J53A 4KREA 1HPZA 3SV4A 3AVNA 4M45A 4FLYA 3DLEA 5DMRA 4XIUA 3K5OA 3K57A 3K58A 1NJWA 1CXQA 1TKZA 3AO3A 1YTUA 1JLEA 2YNIA 4RW7A 3H08A 1S5JA 2IAJA 3S3NA 3RRGA 3KD1E 1S6PA 1Z26A 2I5JA 3QO9A 4WE1A 5CY4A 2X6NA 5C24A 1LV5A 4N5SA 1Q8IA 4O55A 3RMAA 1VSHA 2VWJA 4CEAA 1S1TA 3SQ1A 4OGEA 3C94A 1CLQA 1NK0A 3LAMA 4CF0A 3LP2A 4AHVA 2G8HA 4NCBA 3RMBA 4DG1A 3DLHA 4FJLA 4K8ZA 4MQ3A 4O44A 4CEQA 4NCAA 2HHVA 4M3UA 1NK8A 4FJ7A 1VSEA 4CFBA 2D5RA 1BI4A 3DMJA 3SUPA 1SKSA 1WNSA 4FM0A 2DFEA 3V6DA 4DMNA 3ASMA 2IGIA 4DTUA 3DOLA 4CE9A 4W5QA 2QKBA 3TAEA 3AVKA 5SWMA 4JLHA 4KI6A 4CJUA 5HRRA 3IS9A 3AA2A 1RBRA 2Z1HA 3HP6A 4JRQA 4ID1A 4Y1CA 4DFKA 4FZYA 4TSXA 4MFBA 4OPJA 3L2WA 2YNGA 4CGDA 2IOCA 3KIOA 3OVNA 4M3TA 1TGOA 1WSHA 3DYAA 1EETA 4KFBA 3AV9A 3NAEA 1KCFA 3MEEA 4DSLA 4W5OA 2G8VA 4C8LA 1ASUA 1O1WA 4CJWA 1L3VA 3KKSA 4E3SA 1RTJA 4DFPA 4GW6A 3LP3A 1Z25A 3LALA 1HJRA 4AHSA 1T03A 1TVRA 1EKEA 2Y1IA 3ZSXA 1UOCA 3NBPA 4CIFA 4E89A 1A5XA 1D9DA 3PO4A 1B9DA 1FXXA 3ULDA 3T1AA 1EX4A 1FKPA 1ZBFA 4OLAA 1HMVA 3OYNA 4BE0A 2G8UA 4J2BA 2KTQA 2X6SA 3AVBA 4KHNA 2A1SA 4KI4A 3QEXA 1IH7A 4FJKA 2LSNA 2KW4A 1WN7A 1KFSA 3NF9A 2E4LA 1T8EA 1MU2A 3L8BA 3NGZA 1J5OA 2HW3A 2B5JA 4N56A 5SZTA 2DY4A 1UA0A 3D0PA 4E1MA 3LPUA 3CQ8A 3AA4A 4O0JA 3LP0A 1JL2A 4F3TA 2PYLA 4M42A 4KHYA 1L3SA 3ZSVA 1BGXT 3NCIA 1GOCA 1WSEA 2OPRA 4KPYA 4GMJB 4EZ9A 4DTOA 2NUBA 1QHTA 2RPIA 3ISNC 3EYZA 1X9MA 4CJFA 1JL1A 3ZSOA 4CIGA 3PX6A 1NK6A 4C8OA 3B6OA 3CFOA 3LWMA 5E41A 2X74A 3UIQA 3P1GA 4BE2A 1X9SA 3TANA 1RT5A 1D5AA 3CYMA 3BDPA 1LAWA 5HLFA 4Z4IA 5I3UA 3ZSRA 3WNEA 4PUOA 3ZT0A 3NH1A 1YT3A 2BGGA 3SV3A 2F96A 3LPTA 3CM5A 1KFDA 4OJRA 3KLHA 1W9HA 3OS2A 2KZZA 3K2PA 1U04A 4LH4A 1JLQA 4CF9A 1RDCA 4K8XA 4CF8A 3OYFA 1D9FA 1C1CA 2VG7A 3OYJA 3LANA 1ZBLA 4FJ8A 4J2DA 1ASWA 2IDOA 4ID5A 2DTUA 1S1VA 2YNHA 1RT7A 5HRNA 2OA8A 1BISA 3V1RA 1KTQA 4QAGA 1UAXA 1ZBUA 4CIEA 3EY1A 3SUOA 4AH9A 1CZ9A 5KRTA 3QIOA 4FZZA 4Z4EA 3MEDA 1NK9A 3V9WA 1RT1A 1B9FA 3OYBA 1ZBHA 2D0AA 3LZJA 4DQSA 5J2MA 4E19A 1BQNA 2FBVA 4OGCA 2Z1GA 1RILA 1JLCA 3AO1A 3G0ZA 3A2FA 3WNHA 3QESA 4DU1A 3ZSYA 3OYIA 1FK9A 3OYGA 4DQIA 1S9EA 3VQ6A 3LP1A 3VQEA 3M8PA 3L2UA 1VK0A 1BI4B 3ZT4A 4CJTA 2HNDA 4B9UA 5K14A 3S3OA 4HTUA 4F3OA 5C42A 4M41A 1A5VA 1DTTA 3U3YA 1SV5A 3L2RA 1C0MA 1TKXA 1XWLA 3P5JA 4CGGA 1SUQA 4KO0A 4CEEA 3IG1A 1ZYQA 1NK7A 4J2EA 1DTQA 4CERA 1DLOA 4B8AB 4OLBA 2QXFA 4DTXA 2HB5A 4DSIA 3QERA 3OYEA 4DFJA 3TAQA 3SQ0A 2HVHA 3NF7A 2FBXA 4RW8A 4BDYA 5HP1A 3RR8A 4F2RA 3QLHA 4CGIA 2KQ2A 3NH0A 3V1OA 3VQ9A 3QIPA 4KB0A 2OYQA 3CG7A 2HNYA 2KZMA 4I9QA 4FJ9A 4M3WA 3HSTB 2HHWA 4CJ3A 2ZQBA 3DRRA 4H4MA 1CXUA 4B9TA 4CJRA 3QNOA 3QEWA 3DRPA 2ZE2A 3DLGA 4IFYA 3ZSWA 4CGHA 1XC9A 3QETA 4OPKA 1IO2A 4FZXC 3SQ2A 2RKIA 3VQ8A 3KTQA 5J2QA 2A1RA 1QSLA 4KAZA 4FLVA 2EX3A 4Q0BA 3OYCA 3AVLA 5KRSA 3AVIA 1RBVA 2E6MA 4M3XA 3ZT2A 3M8SA 3F73A 3SI6A 2B4JA 3KLIA 4DS5A 2EHGA 5CZ2A 2DFFA 4FYDA 1U49A 1RBSA 4CGFA 2HVIA 2RF2A 4LH5A 1JLGA 1SL0A 3AVCA 3SJJA 3RMCA 1BCMA 4DLGA 3MEGA 4ZTFA 2QK9A 3V9ZA 3VQ5A 4CK1A 3FFIA 4I2QA 4JRPA 2OPSA 3ZSZA 2B6AA 5T7BA 4FJHA 3K5LA 1RTHA 4OKEA 4EP4A 4ZTJA 3HK2A 4N76A 4E7KA 5KGWA 2JGUA 4GVMA 1WSJA 1TKDA 1SL2A 5C25A 4FVMA 4FLWA 1CZBA 4OVLA 1QSSA 3ZT1A 1J9AA 1KVCA 4FW1A 4C8MA 4HUEA 1T7PA 1TL3A 4IG0A 3SNNA 1LWEA 1X9WA 3QEIA 3HPGA 3AVJA 1RT2A 4AHCA 1IKYA 5FROA 3OS0A 2FBTA 3HM9A 3AO2A 1VSLA 4AHUA 3HPOA 1FKOA 4B9LA 4NYNA 1U47A 4KTQA 2XHBA 2D0BA 3AVMA 2YHAA 4RG8A 4E1NA 4CCHA 4KKOA 3SYZA 3NH2A 1RTIA 4I7FA 5J2NA 3O3HA 3OY9A 1RNHA 4DSKA 3I8DA 3TR8A 4KHWA 4EZ6A 1BCOA 4B9MA 2AJQA 4Z4CA 2X78A 3LWLA 2HHXA 1JLFA 5KGXA 3C6UA 3HO1A 4H8KA 4AHTA 3TAPA 3VQPA 1GOBA 3IRXA 2D0CA 3LZIA 3QEVA 4CJPA 4F4KA 5I42A 4FLTA 1QS4A 1RT6A 4CHYA 1YVUA 3BGRA 2HMIA 1BHLA 4DSEA 4CJ5A 3F9KA 5CZ1A 2PYJA 1XHXA 4ICLA 3QEPA 1LW0A 4CEZA 5J1EA 2G8IA 4FJIA 4CEDA 1B92A 4DF4A 3HT3A 1JLBA 4FJMA 3JSMA 2ETJA 1C0TA 3L3VA 3VA3A 1REVA 1VSJA 4CK2A 3HJFA 1K6YA 3KLEA 2O4IA 2XO7A 3NHGA 1W0HA 4E7HA 1HYSA 2Y1JA 2OZMA 4PY5A 1QSYA 5D3GA 2Z1JA 4IFVA 3KK2A 3NDKA 4FLZA 4R5PA 3TARA 3MXMA 3OJSA 4B8CA 4CESA 4Z4GA 4AHRA 4FW2A 1GOAA 3ZSQA 3K5NA 3RMDA 4HUFA 4CEOA 1NKBA 1G15A 4CHPA 3C6TA 1U48A 3RR7A 4BDPA 3PX0A 1BIUA 4DFMA 4ELUA 3IAYA 1HNIA 4ELTA 4LY7A 3HP9A 2XY7A 2BDPA 1TAQA 4KTZA 1U4BA 5FRNA 3SQ4A 4CJ4A 2F8SA 1KLNA 1J54A 1KVBA 2BE2A 4G1QA 3VQ4A 3G10A 4LD0A 4FK4A 1C0UA 4IDKA 4JS5A 2HNZA 1RDBA 3ZCMA 4CJSA 3O3FA 1JLAA 5CYQA 4QCLA 1VRUA 3DOKA 3SUQA 4FJ5A 2KFNA 3PUFA 3AA5X 2ZD1A 4I2PA 3DLRA 1SKRA 4C8NA 1RCHA 2XY8A 4YFUA 1NOZA 3D45A 4DU4A 1Y97A 1XHZA 4O4GA 1HYVA 4FK0A 5DK5A 3V1QA 1D8YA 5JS1A 4E7LA 1KLMA 2ATQA 1JKHA 2JLEA 4DTPA 3THVA 3HVTA 2WOMA 4B08A 4KHUA 4CEFA 4OKKA 4FLXA 3U6FA 3AO4A 4BWMA 3S3MA 3LDSA 4KB1A 4FLUA 1X1PA 4H4OA 1TK8A 2OZSA 2P5GA 1RT3A 3SZ2A 3E01A 4CJLA 4CJVA 3TAMA 3DM2A 4BE1A 2HHSA 3CM6A 4RW9A 2YKNA 1IKWA 3MECA 4W5TA 3OYLA 3AVHA 3VA0A 2PZSA 4F2SA 1TAUA 3OYHA 3AVFA 1S9GA 1RDDA 3VQDA 3KK3A 3RWUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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