4DU1A

Rb69 dna polymerase ternary complex with datp opposite dt
Total Genus 320
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
320
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Probing minor groove hydrogen bonding interactions between RB69 DNA polymerase and DNA.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DNA polymerase
molecule tags Transferase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 320
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-02-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4du1A05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4du1A01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4du1A02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4du1A06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4du1A03
1NJZA 1S6PA 2GUIA 3EYZA 1S9GA 3OYGA 1TVRA 3K5MA 1TK8A 4DSJA 1RTJA 1A5WA 3O4NA 1XC9A 1D5AA 2BDPA 4HUEA 4Z4GA 2RN2A 2HVIA 2QK9A 3K59A 2R7YA 3AA3A 4FLWA 4DQRA 1CZBA 3DLHA 3OYKA 3RMDA 1KVAA 1KVBA 2IAJA 3RRGA 1MU2A 1O1WA 2FBXA 3OS2A 2XY7A 1KCFA 2JLEA 3DOKA 3PX0A 3RR7A 1U47A 3PO4A 4B9MA 4NCBA 3E01A 3F9KA 3CFPA 1RBUA 1QHTA 1RT6A 2P51A 4FJHA 2O4GA 4FW1A 3NH1A 4Z4IA 2G8VA 3V9XA 1SV5A 4JS5A 2OYQA 1IH7A 1JXBA 4CJ3A 1IKYA 3DLEA 2DFFA 3TARA 4PY5A 3SPZA 3VQ5A 3AO4A 5KTQA 4HTUA 3K5NA 4DSEA 5C24A 4ICLA 3RR8A 4CGFA 2HMIA 1NK6A 3VQCA 1KTQA 1J5OA 3TI0A 4FLTA 4F4KA 5FROA 1BQMA 3CFRA 3LPUA 3TANA 2AJQA 4FJ8A 3SQ0A 1EX4A 3LAKA 4ZTFA 2DFEA 3JYTA 4QOZB 1RTHA 3C94A 1TKDA 4B9NA 4B8AB 4O4GA 4M3YA 1HNIA 3OYBA 4DF4A 4FJ9A 2OA8A 2B4JA 2XRIA 1JL1A 3EY1A 1T03A 5FDLA 4FM2A 4FZZA 4B08A 3TAPA 5E41A 4FJIA 4N5SA 2P5OA 4FZXC 3I0SA 3SUNA 3L2QA 3HXMA 1NK7A 4KPYA 5J1EA 1U49A 4CJPA 3LP1A 4YNQA 4FCYA 1EP4A 4XIUA 4E1NA 3B6OA 1RTIA 3NBPA 1NOYA 2A1RA 1ZYQA 3NGZA 3THVA 2HHTA 4KTWA 1GOBA 3BGRA 1LAWA 4CK3A 1ASWA 4J2AA 3A2FA 4KTZA 1BIUA 1S1VA 3AA5X 3WNEA 1N5YA 3RTVA 3RWUA 3D0PA 4M3TA 4CHYA 2JGUA 3TAEA 3KK1A 3IS9A 3K58A 3QEIA 4OJRA 3BDPA 4CCHA 3HVRA 3LWLA 3SYZA 1QTMA 2HNZA 4LH4A 2D0BA 4AH9A 4DSKA 1RDDA 2KFZA 3HYFA 4CJ5A 4C8MA 1KSPA 3NH0A 1A5VA 1C0TA 3I0RA 2G8FA 4L8RB 3LALA 1U48A 2G8UA 4C8LA 1S6QA 2YNFA 3O3GA 2YKMA 1SUQA 4DSLA 4FZYA 4DFKA 4FLUA 2KQ2A 4PA1A 4F3OA 3CM5A 5J2MA 1NJXA 4N47A 1CXUA 2B5JA 3OS0A 3MXMA 1T8EA 4KHYA 4AHSA 1KFDA 4FLYA 3AVJA 4DQSA 3LAMA 1IKWA 4AHCA 4OKEA 4K8XA 3V81A 3OYNA 4CGJA 3ITHA 4WE1A 3DRSA 3KIOA 3ZCMA 1N6QA 3AVAA 2G8IA 2ZD1A 3NF9A 4FLXA 3O4QA 3O3FA 4I2PA 3DM2A 1VSJA 1VRTA 2E6MA 3FFIA 4DTNA 4DS4A 2HHQA 2G8WA 1VSIA 4FK0A 1ITGA 1GOAA 2QXFA 1VK0A 2RF2A 4C8NA 4AHTA 1WSJA 2YV0X 2YKNA 4HCBA 4M42A 1X9MA 3V1OA 4CK1A 1BI4A 1RTDA 4O44A 1TAQA 4Z4CA 1NOZA 3ASMA 3ULDA 1SL2A 3SV3A 4ID1A 1XHZA 4HUFA 4KO0A 3P5JA 4AHVA 2XO7A 2OPSA 1HYVA 1TKXA 2F8SA 1HMVA 4FJGA 1NK9A 1VRUA 4BE2A 3NH2A 3M8SA 1TV6A 3TAFA 2D0CA 1TK5A 2VWKA 4OKJA 1WLJA 3VQQA 4KV8A 4O0IA 2KW4A 4DLEA 1ZBHA 4O5BA 3DI6A 3MAQA 1I39A 5KI6A 3U6FA 1WSEA 5HRNA 4W5QA 2DTUA 1YTUA 1L3VA 1C1BA 3CQ8A 4FW2A 3P1GA 4B9UA 2IC3A 2X6SA 4FJXA 1JLCA 2G8KA 3DMJA 4O55A 3QIPA 1HYZA 1IKVA 4Y1CA 4OLAA 4OVLA 4FLVA 1S9EA 1HQUA 3AO1A 1UA0A 3LZJA 1Z26A 3U3YA 1WSIA 3ZSQA 4DLGA 3V1QA 4FJLA 3NF7A 1FXXA 4Z4FA 3K5OA 1C1AA 1X1PA 3D45A 3MEDA 3DLKA 3IG1A 4LH5A 3PX6A 1RT3A 1JLBA 4FJJA 4B8CA 4C8OA 4CJKA 1WSHA 3OYHA 4B3OA 4RW9A 4DG1A 3QERA 4HVJA 2GBZA 3K5LA 3SI6A 3NAEA 3SCXA 3NF8A 4E89A 2F8TA 4CIGA 2BGGA 4FJ5A 4BDPA 1LAVA 1BCOA 4W5TA 4CJVA 3T3FA 2ETJA 4CEBA 3OYDA 4DS5A 1QS4A 4CJLA 2D0AA 1TAUA 1HJRA 3HVTA 1CZ9A 2RPIA 4PUOA 4K8ZA 5FRNA 1BL3A 1QSYA 4ID5A 3ZSYA 4DTSA 2D5RA 1KLMA 4RW6A 3OJUA 4B9VA 1HPZA 2HHUA 4CEEA 4PWDA 4E7HA 4EZ9A 3CG7A 5C42A 4ZTJA 3KLGA 4JLHA 2PYJA 3PO5A 4RW8A 2GV9A 4DTPA 1WAJA 2IOCA 1L3SA 3ZT4A 4BACA 1D9FA 4DTMA 1B9FA 4CF1A 4IFYA 5KRSA 3OY9A 3OYLA 4DTRA 1WSFA 1Q8IA 4CJEA 3VQAA 4CFBA 2EHGA 2HHXA 4I2QA 2FC0A 4I7FA 3MXJA 1UAXA 4KFBA 4JRPA 4F2RA 2O4IA 3HM9A 1VSFA 4BWMA 4DU1A 3WNFA 3LP0A 3AVMA 3T19A 4KHWA 3VQBA 4DSFA 3SUOA 2OZSA 1UWBA 3OYJA 2Y1JA 2B6AA 4H8KA 4LSLA 5I3UA 4PQUA 3I8DA 3M8QA 2PYLA 2Z1GA 3IAYA 3VQEA 3VQ9A 1REVA 2HW3A 2HHVA 3HP9A 1KRPA 1QE1A 2OZMA 1BGXT 3ZT3A 1U04A 4J2BA 2YHBA 3V4IA 1RDAA 3KLEA 1L3UA 3TWHA 3NE6A 1DLOA 4CGHA 2VG7A 3QEWA 4E3SA 1LV5A 1RBTA 4JRQA 3EZ5A 4Z4HA 5J2NA 3AVFA 1T05A 3QEXA 5DK5A 4HHTA 3VQDA 1K6YA 4CJSA 4FJKA 3KLFA 1HYSA 3F73A 1NK0A 2OPPA 4CFDA 3KJVA 3L3UA 1BI4B 1ZBUA 2G8HA 5HROA 1FK9A 3L2WA 3KKRA 3HK2A 3HO1A 3VA3A 3OYIA 3VN5A 3VQ6A 3HPOA 4O0JA 3AVBA 4KHNA 4FM1A 1EXQA 3DLGA 2IS3A 4NCGA 2LSNA 4CESA 4NCAA 4N56A 4KRFA 3QEPA 3KD1E 4FJ7A 4KHQA 1RBVA 3H08A 3HSTB 1W9HA 5J2PA 2KZMA 1JKHA 4E7IA 2XY6A 1JLQA 1XHXA 4BWJA 1LW0A 3AO2A 4M3XA 4QAGA 3WNHA 4CF0A 3SPYA 2Q3SA 2HNYA 3AVIA 5DMRA 3ZT0A 1SL0A 1D9DA 4LY7A 4E7LA 4N41A 4DSIA 4DMNA 3S3NA 3VQPA 3SV4A 4J2DA 5HRSA 1VSLA 1HRHA 1S1UA 3LPTA 4ELVA 3QIOA 3KTQA 4KB1A 2HVHA 3QESA 4ELUA 5SZTA 2OPRA 4IG3A 3NGIA 3HJFA 4CEOA 2OPQA 4G1QA 3OVNA 3SUPA 4GVMA 4IG0A 1A5XA 4NYNA 2FBVA 2YHAA 1ZBFA 3ZSWA 5HLFA 1JL2A 3SQ1A 4DQQA 4DF8A 1RT5A 4DFMA 4KTQA 3AVCA 3TR8A 4CJTA 4DFPA 1BHLA 3NFAA 4E1MA 4OLBA 3PX4A 2Y1IA 5HP1A 3JSMA 4CHOA 4LSNA 4CIEA 3M8RA 3PY8A 2BANA 3KK3A 1TL1A 1RNHA 4GW6A 5KGWA 3ZT1A 4BDZA 1Q9XA 4E7KA 3K57A 2QKBA 2VG5A 4FXDA 4M41A 2KZZA 3SQ4A 3NF6A 4M3RA 3AVKA 3HPGA 4YFUA 4CHQA 1NKCA 3SZ2A 3RMBA 4DTXA 3IRXA 4Q5VA 2XY5A 1UA1A 3ZSOA 1HNVA 4GMJB 3KK2A 4TSXA 2HHWA 2X6NA 3C6TA 3MECA 4CEFA 4CJ4A 1S5JA 4CERA 1C0MA 3OJSA 5KGXA 1BISA 1C1CA 1VSMA 1QQCA 1IKXA 4CF8A 3OYMA 4FJNA 1D8YA 3QNNA 4FM0A 5CY4A 5CYMA 1J54A 4Z0UA 3KLIA 5EU7A 4CECA 1EETA 2F96A 4CJUA 1BQNA 4RW7A 1RBRA 1J53A 3ALYA 5JS2A 5C25A 4AHRA 1UOCA 1X9WA 1TK0A 3QLHA 3PV8A 5HRPA 4CFAA 1NJYA 3L2UA 1KVCA 1BIZA 1CLQA 3V9SA 1X9SA 2ATQA 3NGYA 4I9QA 3ISNC 4CEAA 4W5RA 3C95A 3AO3A 4JS4A 1T7PA 3KLHA 4DQIA 4KHSA 3OYCA 3AVHA 4CEDA 3LP2A 4IFVA 3B6PA 3V1RA 3L2RA 3S9HA 3S3OA 5FRMA 4CEQA 4Y1DA 3DOLA 4MQ3A 4DTUA 1TKZA 1FKOA 4DTOA 2Z1IA 4W5NA 4F3TA 3CM6A 2FBTA 4LD0A 3QETA 1IO2A 1Z25A 3KD5E 3TAGA 1DTTA 3L3VA 4Q0BA 1GOCA 3V9WA 1RT2A 4DTJA 1RDBA 1YVUA 4EP4A 5JS1A 1RT7A 4Z4EA 4CK2A 4C8KA 1B92A 3MEGA 4CGDA 4MFBA 3LWMA 4EZ6A 1VSKA 1Y97A 1B9DA 2X74A 2XY8A 3TABA 3AO5A 4BE0A 1RBSA 2Z1HA 4NYFA 5CZ1A 1WSGA 4W5OA 4B9SA 4DFJA 4OGCA 1NKEA 4FK2A 3MEEA 3V9ZA 2BE2A 1RT1A 3DRPA 4CJRA 1R0AA 1JLEA 3DLBA 3WNGA 1SKSA 2NUBA 2KFNA 1C0UA 1TL3A 2IDOA 2EX3A 1LWCA 4OKKA 4R5PA 1SL1A 3T1AA 1NKBA 2P1JA 1RCHA 2ITGA 2FBYA 4RW4A 4CHNA 3LDSA 1S1TA 4B9TA 4FYDA 3U3GA 4UQGA 3K2PA 1I3AA 2KTQA 1EKEA 4E0DA 4FVMA 3DRRA 1HQEA 4F8RA 3VQ7A 3OYFA 4CHPA 4M3ZA 3L8BA 1SKRA 4B9LA 2WOMA 3O3HA 3OS1A 1KLNA 3P83D 1ASVA 2DY4A 5K14A 3SJJA 1JLAA 5KRTA 1SKWA 3LZIA 4KHUA 5HRRA 3NCIA 3M8PA 1TGOA 2YNIA 4CGIA 4HCCA 1KFSA 4QCLA 1LW2A 4KI6A 1RDCA 4F2SA 4IBNA 1S1WA 1NK4A 3ZSZA 2VG6A 2PY5A 4FJMA 4DWIA 1TKTA 1L3TA 4EP5A 4RG8A 1W0HA 5D3GA 3OYEA 3AA4A 2QKKA 4CJFA 3RMCA 2VWJA 5T7BA 3TAMA 3CYMA 4J2EA 3VQ4A 2X78A 4CF2A 1C6VA 4H4OA 4CF9A 3ZSRA 3HP6A 3ZT2A 1FKPA 2DFHA 2I5JA 3ZSVA 1JLFA 3HT3A 2IGIA 3HPHA 3DLRA 3AVGA 3QINA 2ZQBA 3ZSXA 1NK5A 1QSSA 5J2QA 4KB0A 5CYQA 4E19A 3VA0A 3C6UA 1BCMA 1CXQA 1VSEA 4HUGA 3RMAA 1ZBLA 2PZSA 3PUFA 3TAQA 5HBMA 1WN7A 1J9AA 4ZHRA 2HHSA 3QEVA 3MXIA 1U45A 2YNHA 3CFOA 3V9UA 1G15A 3G0ZA 1ZBIA 4CJQA 4OPJA 4ELTA 3QO9A 4CE9A 1U4BA 4FK4A 2RKIA 1JXEA 3AA2A 1RT4A 5SWMA 3RRHA 2HB5A 3SQ2A 2W42A 1DTQA 3KKSA 1QSLA 1WAFA 3DYAA 1LWEA 1VSDA 3QNOA 1XI1A 1Q9YA 5I42A 3G10A 1F21A 3LANA 1RILA 4DU4A 3AVLA 4H4MA 2Z1JA 3OYAA 4BE1A 2HNDA 4CGGA 1ASUA 4M3UA 4E7JA 4N76A 3S3MA 1YT3A 4CEZA 1S1XA 1XWLA 3NHGA 1WNSA 4BDYA 2E6LA 1VSHA 3VQ8A 4AHUA 4CHZA 3L2VA 4DQPA 4KAZA 4OPKA 4CJWA 2WONA 3SNNA 4AILC 3SUQA 4CFCA 3UIQA 3AVNA 1IG9A 4OGEA 5CZ2A 4KKOA 1JLGA 4M45A 4I9LA 3LP3A 1NJWA 4IDKA 4KREA 1YTAA 2ZE2A 4FLZA 4CIFA 1LWFA 4IKFA 2A1SA 4KI4A 1NK8A 2XHBA 4M3WA 3V6DA 2E4LA 3AV9A 3HL8A 3NDKA 4DU3A 2YNGA 1L5UA 2P5GA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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3ATUA 4BE2A 3NH2A 3M8SA 1TV6A 5AQIA 1NEXB 4BRKA 2VWKA 4OKJA 1WLJA 4KV8A 3L2OB 5TKWA 2HBJA 4DB3A 4O5BA 4LF8K 4W5QA 1C1BA 3CQ8A 2YHYA 4FJXA 1JLCA 1P8ZA 4BC4A 4O55A 4GKKK 3WT0A 3LM2A 3P38A 5AQHA 1VQ7N 3MWTA 4BROA 4DLGA 3T69A 3K5OA 1C1AA 3D45A 3IG1A 3CPWM 5IWAK 2P9PB 3OYHA 1FZ3E 4M7YA 4LFBK 3SI6A 4H03B 3C7NA 4UY8O 1BCOA 4JK8A 4CJ7A 3T3FA 5F2RA 3N1EA 2E8AA 4K41A 3C6HA 4K8ZA 1OH8A 3M1FA 3VF6A 4DTSA 1HPZA 2HHUA 5C42A 4CZMA 1MWKA 3PO5A 3CJ7A 3IKMA 2IOCA 3ZT4A 3R6MA 2ZGZA 4IFYA 3VTHA 3OY9A 1NGIA 1JCFA 4NB4A 4I7FA 3AVMA 3VQBA 3SUOA 3E9OA 4LF9K 4MO4A 4PQUA 2PYLA 3ENOA 2Z1GA 4NXMK 3MCPA 4BVPA 1Q86O 2HHVA 5JVHL 2GEMA 4J2BA 4AM6A 4WQ5A 1BWFO 3NE6A 4B3TK 2VG7A 3NVKA 5J2NA 3AVFA 1GLEG 5DK5A 3VQDA 4CJSA 2V52B 5JMVA 4WFNL 1NK0A 5FPMA 3KJVA 5AQVA 2G8HA 1IJJA 5BREA 3CMEN 3RSEA 4O0JA 3FZLA 3HOTA 1EXQA 3HTVA 2CGJA 2LSNA 4KRFA 1RBVA 3R9PA 5J2PA 1JKHA 5H37A 3OW2M 2XY6A 1FZHE 4K43A 4CHOA 3ID6A 4JI7K 1D9DA 4N41A 1C0FA 4MDAA 5HRSA 3CD6N 2KHOA 1HRHA 4ELVA 3KTQA 4CZFA 3UO2A 4BQLA 3NGIA 3VEZA 4DR6K 3E9LA 1NLVA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1XMH E;  1XMF E;  3EYZ A;  1NMD A;  1S9G A;  3DXK B;  3OYG A;  1XVD E;  1YJW N;  1RTJ A;  1TK8 A;  4DSJ A;  1XC9 A;  4ADN A;  2HVI A;  2RN2 A;  4YDU A;  4DQR A;  1CZB A;  3OYK A;  1VQ6 N;  1KVB A;  4BGA A;  4DV2 K;  1MU2 A;  1N32 K;  1R59 O;  4JKH A;  3N1B A;  2JLE A;  4PKH A;  3PX0 A;  3RR7 A;  3PO4 A;  2JH9 A;  3E01 A;  5FLX O;  4A5B A;  3V9X A;  4JS5 A;  4WFB L;  1FZ8 E;  3DLE A;  4PY5 A;  5KTQ A;  4HTU A;  3W0L A;  3MX2 A;  3K5N A;  3O9R A;  1T44 A;  3RR8 A;  3R3L A;  4CGF A;  3BZC A;  4F4K A;  5IZ7 A;  1BQM A;  4IDH A;  3CFR A;  3DWL A;  1EX4 A;  3LAK A;  4IO8 A;  4ZTF A;  1MWM A;  1EWR A;  5CHI A;  2NLX A;  5F1X A;  4BRM A;  3E4W A;  5FDL A;  4FZZ A;  1X9J A;  3TAP A;  2WUS A;  3K9J A;  2OVR B;  1KAX A;  2JPN A;  3AAP A;  4O8K A;  5AQP A;  4CI6 A;  1KQS M;  4CJP A;  4FCY A;  1RTI A;  3NBP A;  5AQG A;  4ISE A;  1ZYQ A;  3NGZ A;  5KPT A;  4J2A A;  3QBW A;  3M6G A;  3D0P A;  3QEI A;  3BDP A;  3HI0 A;  1QTM A;  3H6E A;  1Y64 A;  4DUZ K;  3MK6 A;  4AH9 A;  4DSK A;  4FWQ A;  4CJ5 A;  3I55 N; 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