4DU3A

Rb69 dna polymerase ternary complex with ddtp opposite dt with 3-deaza-adenine at the n-1 position of template strand
Total Genus 322
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
322
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Probing minor groove hydrogen bonding interactions between RB69 DNA polymerase and DNA.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DNA polymerase
molecule tags Transferase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 322
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-02-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4du3A05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4du3A01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4du3A02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4du3A06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4du3A03
3VQEA 2XY6A 4BE0A 4DTMA 1FK9A 1S1WA 1QS4A 3QNOA 4FLTA 4WE1A 2DFEA 2Q3SA 1TVRA 4DSLA 1EXQA 3O4NA 3NH1A 3OYFA 4KAZA 4HCCA 4FJKA 4Z4EA 4DQIA 3L8BA 3ZSOA 1Q9YA 4CGGA 4CFDA 5J2QA 2FBXA 3NF9A 4N41A 4HUEA 4H8KA 1L3VA 1RBRA 2IGIA 4E3SA 4R5PA 3ZSRA 4CJFA 4N47A 1KVAA 3NHGA 1RTIA 4FJ7A 4AILC 5KGWA 4ZHRA 2AJQA 4KHNA 5C42A 2OPPA 3OYBA 3CFRA 3DOKA 3U6FA 4DFPA 1NK0A 2DTUA 1JXEA 1F21A 2RPIA 4UQGA 3OYDA 1ZBFA 1VSHA 4BDPA 1UOCA 2OZMA 3AVIA 2G8UA 4OGCA 1VSDA 4AHTA 4JS4A 1BIUA 1WSFA 3KKSA 4LY7A 2QK9A 2G8VA 2GV9A 3L3UA 3SPYA 1UA1A 3D45A 1RBVA 3THVA 1FKPA 1HYZA 3OYCA 4YFUA 1K6YA 4IKFA 1WAJA 1EP4A 3AA3A 1KRPA 4M3TA 1LAWA 2KFZA 3NH0A 1ASWA 2I5JA 2KZZA 3PUFA 3NFAA 4CF0A 4H4OA 4FJHA 4FK0A 4ZTJA 1VSFA 4OKEA 3KLGA 1SKSA 4OKJA 4M42A 3OS0A 5EU7A 2HHSA 4BE1A 3SUQA 4AHVA 4CGDA 3AVGA 1EKEA 3M8RA 1S9GA 2YHAA 3MXIA 1TL3A 3HPOA 1C1AA 3PX4A 4CHNA 3KK2A 4C8LA 3O3HA 1EX4A 1VRTA 3DLGA 4BWMA 1TK0A 2PYLA 3I0SA 3MXMA 1SV5A 4C8KA 2YKNA 1J5OA 3VQ8A 2EX3A 2P5OA 1CXQA 4FZZA 1BIZA 4DSEA 4C8MA 5KRTA 4CERA 2F96A 4I9LA 1S9EA 2HNZA 1XI1A 2HHXA 2RN2A 2KFNA 3SQ0A 1RBSA 4LD0A 3U3GA 3VN5A 3T19A 3ZSWA 4EZ6A 3VQ7A 4CE9A 3MECA 1D5AA 1KSPA 4CHOA 1RT6A 3HPHA 3HYFA 1ITGA 5FROA 4OLBA 1I3AA 1SL1A 3M8SA 4M3WA 3HK2A 5CYQA 1NK4A 3C6UA 2B6AA 1VSKA 1IG9A 1BGXT 1HYVA 2B5JA 3V1RA 4N5SA 1NKBA 1NJZA 1HNVA 3DLBA 2A1SA 2D0CA 4PA1A 3T3FA 1HYSA 4J2AA 4DS5A 1IO2A 3SPZA 4CK3A 1LWFA 4KHYA 4C8OA 1RBTA 4E1NA 3VQ4A 3OS2A 4I7FA 1NJXA 4L8RB 3WNFA 4IG0A 1B9DA 5KTQA 3HVRA 3AA2A 3VQ9A 3CM6A 2G8KA 2OA8A 3C6TA 4W5QA 2QXFA 4DMNA 4KTWA 4CJVA 5I3UA 4E19A 4KPYA 3PO4A 2KQ2A 4ZTFA 1X9MA 5SWMA 3T1AA 5CYMA 1XHXA 3HJFA 4FJ5A 3KLIA 1C1CA 1CLQA 1VSLA 3ZSZA 4NYNA 5SZTA 4E0DA 3MEGA 4RG8A 2YNFA 3OYGA 3ZSVA 4FCYA 5K14A 1YTAA 3OS1A 3G10A 2E6LA 4I2QA 3K58A 5I42A 3ZSQA 4DFKA 4B9LA 3ITHA 4HCBA 1T8EA 3DRSA 4CFBA 1W0HA 4BE2A 1TAQA 4PQUA 3ZSXA 4DTSA 3V9WA 3VQPA 3SQ2A 4KTZA 4OJRA 4CJTA 3NF8A 2OPRA 3VQ6A 4CEOA 1DLOA 1JL2A 2Y1IA 4CF9A 2HNYA 3TAQA 1WN7A 2YKMA 1RTDA 1T05A 4O0IA 2PZSA 4CJ3A 2OYQA 3KD5E 1WSJA 3KIOA 1RT1A 4QAGA 4CJKA 2BDPA 2PY5A 3M8QA 1RILA 4JRQA 3RRGA 4NCBA 3B6OA 4CJSA 4KB1A 1KLNA 1CXUA 2P51A 3DI6A 4W5NA 1X1PA 4O55A 4DFJA 3RMCA 1RDDA 1WSGA 1ZBLA 4FZXC 2B4JA 3HL8A 4DQQA 3VQ5A 1J53A 4E89A 1KCFA 3ISNC 3PX0A 4J2BA 3SNNA 3QETA 5KRSA 2ATQA 1BQMA 1WSHA 1BI4A 4E7LA 2FC0A 4DF8A 4W5TA 2BE2A 1S6QA 1FKOA 2HHWA 4MQ3A 3KJVA 4KO0A 1NKEA 2HMIA 2Z1JA 4FK2A 4KKOA 4DTOA 3NGZA 3SQ4A 1ZBUA 1RBUA 2P1JA 4W5RA 2GUIA 2HHQA 1BQNA 1VSEA 4B8CA 3QEIA 1G15A 4CJ5A 2XO7A 4CJRA 1UWBA 3LALA 3SQ1A 2WONA 4OPKA 2IOCA 4J2DA 4DS4A 2IC3A 4RW8A 1QSYA 1YTUA 1Y97A 2HVHA 1L3TA 3HP9A 1TKZA 1Z25A 3K5NA 3C95A 4RW6A 3LWLA 1TL1A 1LW2A 1KLMA 3SUOA 4CEFA 1HMVA 2Z1GA 3TAFA 1CZBA 2F8SA 1QHTA 2O4GA 3OYAA 1C0TA 4IFYA 4JRPA 1NJYA 4N76A 4DTRA 3LPUA 3CYMA 2A1RA 3P5JA 1EETA 4FW1A 1TKXA 1JLFA 4KHQA 5HBMA 1WAFA 3VQAA 4E1MA 1TK5A 2R7YA 1NOYA 2JLEA 1T03A 4CGHA 4GW6A 4BDYA 3LP2A 4E7JA 4KHWA 3AVLA 3KLFA 5JS1A 3C94A 3V4IA 1TKTA 5FDLA 1B92A 3SUNA 3AO2A 3O4QA 1NK7A 3SV3A 3NGIA 4GMJB 4FM0A 4DU1A 4F4KA 1DTTA 4CHYA 4TSXA 4CESA 1NKCA 4ICLA 3CG7A 3V81A 4EZ9A 2ITGA 1FXXA 4B08A 1LWEA 4O44A 3SZ2A 1HQUA 3ZT0A 3OYJA 3V9XA 4JS5A 4DSKA 2P5GA 3KLEA 3V9SA 3HXMA 4Z4GA 2XRIA 4PY5A 3TAPA 1TAUA 2HW3A 1JKHA 1L3SA 4O4GA 3QEVA 1YT3A 4KV8A 3ZT3A 4B9VA 2G8IA 2EHGA 2IAJA 4CEBA 4KB0A 2X6SA 4CJUA 5JS2A 4RW7A 2IS3A 3ZSYA 2YNGA 4CFAA 1RT4A 3SI6A 3E01A 1XHZA 2Z1HA 3G0ZA 1IKVA 2BGGA 2KZMA 4Z0UA 3B6PA 1RT7A 4FM2A 1QQCA 1ZBIA 4ELVA 4FJGA 3KKRA 3IRXA 5CY4A 3K5MA 4W5OA 2YV0X 1JLQA 1QTMA 2VG7A 3OYMA 1C0UA 3CFPA 4DTJA 3CQ8A 4K8ZA 3AVJA 3NF7A 4LSNA 3ULDA 2GBZA 4B9UA 2O4IA 3HSTB 1BCMA 2VG5A 4CJPA 3RTVA 2X74A 4E7KA 1LW0A 3LAKA 3VQBA 3QESA 4N56A 3KK1A 4HUGA 1U49A 4B9SA 4PUOA 4MFBA 4DTXA 1VRUA 4FJXA 4FJLA 1MU2A 5T7BA 1J54A 4ID1A 1W9HA 1JLBA 4CK1A 4AHRA 4EP5A 3DM2A 4K8XA 1UAXA 4B8AB 3L2VA 4DG1A 4FLXA 1NK9A 2OZSA 4CHPA 4F2RA 3U3YA 2JGUA 1RNHA 4CEDA 3DLHA 2DFFA 3KTQA 4DQSA 4CEEA 2FBVA 1WNSA 2Z1IA 5D3GA 4CIEA 2E4LA 1N5YA 4NYFA 3JSMA 1D9FA 1NK6A 3BGRA 2HHTA 5HRSA 1U47A 1I39A 1DTQA 3RWUA 3LZJA 5HRRA 3AVCA 3TAGA 4FLVA 4IFVA 3ZT2A 1KVCA 3TAMA 3OYKA 4KTQA 3DLKA 3K2PA 3LP0A 4G1QA 3PV8A 5FRNA 3AO3A 3V1OA 3UIQA 3S3OA 2KTQA 4F2SA 2KW4A 4FW2A 3NBPA 1YVUA 1ASUA 3SJJA 2WOMA 4YNQA 5HROA 4DWIA 1LAVA 4FJ9A 3AO1A 5HP1A 3EY1A 2G8WA 3HVTA 2Y1JA 4DSIA 4CGIA 1T7PA 3FFIA 1JXBA 1RT2A 3IG1A 4AHUA 4CIFA 3EYZA 1NK5A 4Q0BA 3D0PA 4C8NA 1WSEA 4CGFA 1NJWA 3H08A 1D9DA 3VA0A 4Z4HA 2PYJA 1J9AA 1TGOA 1S1XA 4CGJA 3LPTA 3L2WA 4DLGA 3OVNA 4M41A 3L2RA 4PWDA 1RTJA 4ELUA 1HPZA 3A2FA 4B9NA 3AVNA 4EP4A 4DQPA 3MXJA 3OYEA 1REVA 3EZ5A 3SCXA 3AVKA 3NDKA 4M45A 4CJQA 4GVMA 2X78A 2HHUA 1JLCA 3V9ZA 3DRPA 2RF2A 1QE1A 4DSFA 1C0MA 2YHBA 3AA4A 3AO4A 3NGYA 3QINA 1RDAA 1Q8IA 2RKIA 3PO5A 3QNNA 5C24A 1Z26A 4AH9A 3LWMA 3MAQA 1SL2A 4CF2A 2QKKA 4CCHA 1VSMA 4Z4CA 4O5BA 3QEWA 2X6NA 4RW4A 3LANA 4B9MA 3F9KA 5HRPA 1VSJA 3QIPA 4DQRA 3ALYA 3DLRA 1SL0A 1HNIA 3LP1A 4NCGA 2VWJA 3K5LA 1KVBA 3OYHA 3QERA 3AV9A 4CFCA 3V9UA 3NCIA 2HNDA 3SYZA 1U45A 4DF4A 4F3TA 2ETJA 3MEDA 3I0RA 3OY9A 1L3UA 1L5UA 1A5XA 1GOAA 4HVJA 3KLHA 2HVIA 4DU3A 1ASVA 1A5VA 4KHUA 4FJJA 3ZT4A 3AO5A 2NUBA 3OYLA 4DTNA 3QIOA 5KI6A 2VWKA 1RTHA 4Z4FA 1XWLA 1WSIA 4CECA 3TANA 4FJMA 4IDKA 1B9FA 1U04A 1WLJA 4QOZB 2OPSA 1SKRA 4DFMA 1Q9XA 3M8PA 1S1TA 4IBNA 3ZT1A 3VQQA 3P1GA 4LH4A 3TABA 1O1WA 3S9HA 4M3ZA 1HQEA 4BACA 2YNIA 1CZ9A 5E41A 4XIUA 1RCHA 1S1VA 2ZD1A 3CM5A 3F73A 4FM1A 4KRFA 5KGXA 4F3OA 4CJ4A 4I9QA 3WNHA 3TWHA 1NOZA 3DLEA 3AVMA 3L3VA 1N6QA 4FLWA 2HB5A 3AVAA 4DLEA 3OYIA 5FRMA 4CEAA 2D0AA 3OJSA 1HJRA 4CJLA 3VQCA 3V1QA 4CJWA 5DK5A 3PY8A 1LWCA 3HT3A 4M3XA 4OGEA 4CJEA 4NCAA 3KD1E 1IKWA 2VG6A 3AVFA 1IKXA 4FJIA 4F8RA 1C1BA 3AVBA 3QEXA 5CZ1A 3ZCMA 4CHZA 4CK2A 3JYTA 3PX6A 1R0AA 1LV5A 4CF8A 4FXDA 4HTUA 3TARA 3CFOA 1RT5A 3SUPA 4I2PA 3HPGA 4HHTA 4E7HA 3QEPA 4DSJA 3BDPA 3WNEA 1X9WA 2D5RA 1ZYQA 3AA5X 4J2EA 2ZE2A 4OLAA 1NK8A 3TI0A 1D8YA 4IG3A 5J1EA 2XY5A 3VA3A 4FZYA 1KFDA 2BANA 3IAYA 1JLAA 3DRRA 1TV6A 5CZ2A 4E7IA 4B3OA 4Y1DA 1RDCA 5HRNA 4QCLA 3OYNA 1X9SA 1RT3A 3ASMA 4DTUA 1JLGA 2D0BA 3P83D 4LSLA 4AHSA 4JLHA 5J2MA 3V6DA 3RMDA 4O0JA 2XHBA 5C25A 2IDOA 1JLEA 1TKDA 4FLZA 4LH5A 3HP6A 1A5WA 3RMAA 1ZBHA 4AHCA 1VSIA 4H4MA 4FYDA 5J2NA 1TK8A 1S1UA 1C6VA 1VK0A 3VQDA 3RRHA 2XY8A 3RR7A 3WNGA 4FJNA 1QSSA 3LAMA 4KI6A 1BCOA 3QO9A 1U48A 1KTQA 4FLYA 4CEQA 3NF6A 4HUFA 3S3MA 2QKBA 1BL3A 5J2PA 3LZIA 4B9TA 3KK3A 3K59A 4ELTA 3K57A 1QSLA 4Y1CA 3HM9A 5DMRA 3I8DA 2W42A 1GOCA 3L2UA 2XY7A 2FBTA 4CHQA 1RDBA 4CF1A 1XC9A 1BISA 4OVLA 3DMJA 4CEZA 4KHSA 4FJ8A 2LSNA 2G8FA 3LDSA 1JL1A 3TR8A 2DY4A 3NH2A 3K5OA 2HHVA 5HLFA 2FBYA 1U4BA 1KFSA 4FVMA 1IH7A 3O3GA 4FK4A 2OPQA 1GOBA 1S5JA 3QLHA 3OJUA 4DU4A 4M3UA 3LP3A 1HRHA 3O3FA 3NAEA 3IS9A 3S3NA 2DFHA 4KI4A 4DTPA 1BI4B 1IKYA 2E6MA 4Q5VA 2G8HA 4BWJA 4BDZA 4OPJA 3DOLA 3HO1A 1S6PA 3DYAA 3SV4A 4OKKA 3NE6A 1SUQA 4M3RA 4CIGA 3AVHA 4KFBA 3RMBA 4Z4IA 3L2QA 4FLUA 1UA0A 4KREA 3RR8A 4M3YA 2F8TA 3TAEA 2ZQBA 4RW9A 2YNHA 1SKWA 1BHLA 3MEEA 4ID5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4BE0 A;  5M1O A;  4DTM A;  1FK9 A;  1S1W A;  4DSL A;  1TVR A;  2WUS A;  4U7B A;  3NH1 A;  5AJ3 K;  3OYF A;  3ZSO A;  3L2O B;  1MWM A;  4H8K A;  1RBR A;  4E3S A;  2H4T A;  4R5P A;  3MWT A;  5C10 A;  3NHG A;  1XVG E;  2AJQ A;  3CME N;  4KHN A;  1R59 O;  3RVC A;  3C7N A;  1WBB A;  2NRT A;  1NK0 A;  1JXE A;  3ZEU B;  1F21 A;  3OYD A;  1VSH A;  2OZM A;  3AVI A;  2G8U A;  1NJI O;  3KKS A;  2QK9 A;  1E4G T;  3CJ1 A;  3DXM B;  1FKP A;  1HYZ A;  3OYC A;  4IKF A;  4M3T A;  5F2R A;  3Q7C A;  2KZZ A;  1IJJ A;  4H0Y B;  4FJH A;  2HBM A;  3TU5 A;  5FPN A;  4FWK A;  5M1Q A;  3J2P A;  4BE1 A;  5F0X A;  3SUQ A;  4CGD A;  1EKE A;  1MWK A;  3HOS A;  1C1A A;  5GAD P;  3T1Y K;  3PX4 A;  3U4L A;  1W2B M;  3D7E O;  1VRT A;  1TK0 A;  3I0S A;  3MXM A;  4BRD A;  2YKN A;  3J81 O;  2OTJ N;  1CXQ A;  3L4Q A;  5KRT A;  4CER A;  3SMP A;  1S9E A;  2HNZ A;  3SQ0 A;  4LD0 A;  1D5A A;  2NLX A;  4CD1 A;  1FZ3 E;  4B1Y B;  3CCU N;  5FRO A;  3HPH A;  1I3A A;  5GIO A;  3AAP A;  1S22 A;  1NK4 A;  4B3R K;  3VMF B;  1NJZ A;  3DLB A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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