4DU4A

Rb69 dna polymerase ternary complex with datp opposite dt with 3-deaza-adenine at the n-3 position of primer strand
Total Genus 323
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
323
sequence length
902
structure length
902
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Probing minor groove hydrogen bonding interactions between RB69 DNA polymerase and DNA.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DNA polymerase
molecule tags Transferase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 323
structure length 902
sequence length 902
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-02-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4du4A05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4du4A01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4du4A02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4du4A06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4du4A03
4FJ7A 4CE9A 3AO1A 5I3UA 2ITGA 1ITGA 4E89A 1G15A 4CEBA 3M8QA 4KI4A 4GVMA 5CZ1A 3AA4A 3DRSA 3I8DA 2HB5A 5HRSA 2DTUA 1GOBA 1D9FA 2ZE2A 3KTQA 4EZ6A 5FDLA 3KLIA 4N76A 2BANA 4O4GA 3OYCA 3VQ4A 1C0UA 4FJ9A 1WAFA 1NKCA 4FM2A 1HYSA 1EX4A 2A1SA 4IG3A 4W5NA 3PX6A 2PZSA 3WNFA 3NF6A 1IKWA 4ID5A 2B4JA 3V6DA 3K5OA 4CEOA 3RR7A 4CF2A 3VQQA 3DLHA 3ZT4A 4FJMA 1NK0A 3TWHA 4HCCA 4PA1A 4KHNA 2HNZA 1CXUA 3MEGA 4CJTA 4BE1A 1SL1A 1TK0A 4PWDA 1FK9A 2HHWA 3K2PA 4CJEA 3RRGA 3DYAA 4J2EA 2B6AA 1TKDA 3A2FA 4BWJA 1R0AA 2BDPA 4RW8A 2HHXA 1Z26A 2VG7A 3P1GA 3V1RA 2YKMA 4DMNA 3C6UA 1QSLA 1NK7A 4DTNA 2XY7A 2FBVA 2Z1IA 1S6PA 3HPGA 4E7HA 3RMBA 3RWUA 1RDBA 4ID1A 3CFRA 4W5OA 1IKXA 4CEZA 4Z4IA 1WNSA 4FJGA 3LDSA 1LW2A 1RT7A 1BIZA 2VG5A 3DLGA 3SYZA 4PY5A 2FBYA 4DU1A 1EKEA 4GMJB 1A5XA 4OVLA 3RTVA 3LPUA 4FZXC 4Z4HA 4CJLA 5J2PA 4LH4A 3HPHA 4B9VA 4DLGA 4NYNA 2Y1JA 4F4KA 1HYVA 1HPZA 4KHUA 2ETJA 2OYQA 1Q9YA 4FLVA 3KIOA 4IFYA 3NH0A 4DLEA 4KTQA 3AA2A 3QEVA 3NGZA 1NK8A 1QTMA 4CJ5A 4Q0BA 1BL3A 4MFBA 3NF8A 1S1TA 3AVBA 1JL1A 4FW1A 1JXEA 4CERA 4BACA 4B3OA 4M3UA 5KTQA 3HL8A 1REVA 1TVRA 3G10A 4B8CA 3MECA 1BGXT 3NH1A 4B9UA 1RBTA 4NCBA 4KO0A 4FYDA 3CM6A 4HHTA 1U04A 1QQCA 3LAMA 1UOCA 1UWBA 1CZ9A 2Z1JA 2IS3A 1U45A 3S3NA 1S1VA 1HRHA 1BISA 3AO5A 3IS9A 3VQ9A 2E4LA 3I0RA 3SQ1A 4W5RA 3VQ6A 2VWKA 5J2NA 3TAMA 4FXDA 5D3GA 1S6QA 2NUBA 4FJKA 1QS4A 3IRXA 3NBPA 3TAQA 3RMAA 3TR8A 5JS1A 3DI6A 2Z1HA 1VSDA 3EZ5A 4KKOA 1B92A 3TAGA 4FLYA 4FK2A 4I2PA 2WOMA 3VQ7A 1WSGA 2F8TA 2X78A 3LP2A 4RW4A 3VQ8A 3OS0A 1RTDA 5SWMA 4LSLA 3DRRA 3DMJA 3MXMA 3QETA 1N5YA 2KTQA 2IGIA 4OPJA 4DSLA 4FZYA 3ZT3A 3VQAA 2XHBA 1TV6A 1KFDA 2OA8A 3V9SA 3ZSRA 4Z4EA 2GV9A 4DTJA 3HXMA 1RBUA 3OYFA 4BDZA 3K5NA 5HRRA 3CQ8A 3DM2A 1TGOA 1RDCA 4AHUA 4CGHA 4DG1A 4CJVA 3K58A 4FJHA 3DLKA 4CGDA 2RF2A 1JLBA 3ZSYA 3HVTA 4NYFA 3OS2A 4KB1A 1T03A 2RN2A 2JLEA 3OYAA 4M3RA 3KKRA 4I9QA 4E7LA 2KFNA 1RILA 2F96A 3AVFA 4CHOA 4HUGA 1K6YA 3LZIA 4AHRA 1RT1A 1VRUA 4RG8A 3KLFA 4DFMA 4W5TA 2XY6A 3KD5E 4J2AA 4N5SA 4DFKA 3IG1A 3L8BA 1TK8A 2HHVA 1KTQA 4N41A 2RPIA 3NHGA 3SQ0A 3BDPA 1B9FA 2I5JA 5KGXA 3TABA 4CEFA 4CHZA 4CK2A 1JL2A 4CEQA 3OJSA 1VSEA 4DSIA 3ZSWA 1QHTA 1RT4A 4FK0A 1D5AA 4CJUA 4IG0A 3D0PA 1Q8IA 1L3UA 3O3GA 1CZBA 3V9UA 4DFJA 1NK6A 2G8UA 4M3XA 4FLXA 2DFEA 4GW6A 4CJFA 5HBMA 2HHUA 1DTTA 3K59A 3VN5A 3CFOA 3IAYA 1LWCA 1UAXA 2BE2A 2IAJA 4FW2A 1N6QA 4DWIA 3KLGA 1NK4A 1J5OA 4DF8A 4CF1A 4YNQA 1SV5A 1NOYA 3KLHA 4BE0A 2AJQA 3MEEA 3LWMA 3KJVA 3HSTB 1Z25A 2OZSA 4RW6A 4FZZA 3RR8A 1RT2A 4IFVA 2X6SA 4CJRA 4J2BA 3V4IA 4BWMA 4M42A 3E01A 2HHQA 4OGEA 1RT6A 3AVHA 3SI6A 1D9DA 5HROA 3SPYA 4F2SA 1TKTA 1KLMA 3AVIA 4AILC 1LWFA 1S1UA 2LSNA 2E6MA 1XI1A 2HHSA 3AVLA 1NJWA 3OYHA 1LW0A 3QINA 3QNNA 1JXBA 5CYMA 2XO7A 4I7FA 1IH7A 4O5BA 4CJ3A 1X1PA 3V1OA 1NOZA 1SL0A 4O44A 3RMCA 4DSEA 4HUFA 1BIUA 3AVAA 2QXFA 1YTUA 1HMVA 4CJ4A 4JS5A 3SPZA 2YNIA 3AA5X 3NDKA 3TAFA 3H08A 1VSKA 3OYEA 4KPYA 3B6PA 3VQEA 1C0TA 4O55A 3DOLA 1TKXA 3THVA 1YVUA 4DTOA 2WONA 3VQPA 3K5LA 3PO5A 4CF8A 4E7KA 5HLFA 1X9WA 1U47A 4B9LA 4DSJA 2BGGA 1YT3A 4CGJA 4UQGA 4B9TA 1ZBFA 4J2DA 3RRHA 5I42A 4CK1A 3AO3A 1U48A 1KSPA 4Z4CA 3M8SA 3HYFA 4B9MA 1FKPA 4R5PA 1BI4A 2KW4A 4CGIA 5T7BA 3T3FA 3TI0A 3S3MA 3LZJA 3LP0A 4CHNA 4DQSA 2KFZA 1S9GA 2YHAA 3S3OA 3VQBA 2VWJA 4AHTA 1JLAA 3JSMA 4BE2A 1ZBIA 5CZ2A 4O0JA 3OYJA 1TAQA 3DLEA 1NK5A 5DK5A 4LD0A 2YNHA 1QSYA 2YNFA 3B6OA 1C0MA 3SJJA 3MEDA 3NF9A 4OGCA 5FRMA 1YTAA 3L2VA 3QO9A 3AVCA 3PX4A 3ZT0A 4CK3A 3K5MA 4DQQA 2G8HA 1J9AA 3PY8A 4W5QA 2YNGA 4CGFA 4Z4GA 1VSLA 3OY9A 2IOCA 4XIUA 3K57A 1BQMA 2FBTA 2PYJA 1ASWA 1ASUA 1S1XA 4FJ5A 4OKKA 3ZSZA 3ZT2A 1KCFA 2EX3A 4Y1DA 3AVKA 4CJWA 4M3WA 4YFUA 1KFSA 3TARA 3HJFA 1TL3A 1RDDA 4E7IA 3EY1A 4CEDA 2RKIA 2YKNA 1HNVA 5E41A 2X6NA 3F9KA 3ZSVA 4M45A 2JGUA 3MAQA 4CJSA 2HMIA 1WSJA 1NJZA 5EU7A 4E3SA 1W0HA 4KFBA 4DF4A 5CYQA 4FLZA 3OJUA 4E1MA 3PV8A 2QKKA 4FJIA 4I9LA 1JLFA 1WLJA 4FJNA 3HP6A 4KHSA 3BGRA 1HJRA 1IKYA 4CHQA 4B9SA 1LWEA 2FBXA 3QESA 3KKSA 1TK5A 3TAPA 4ELVA 4QOZB 3AVNA 1TL1A 3JYTA 4DQIA 3VQ5A 3VA3A 3QEIA 1S9EA 2HNDA 3HK2A 4CESA 3AA3A 3QIOA 4OKJA 4KAZA 2G8WA 4LH5A 1JLGA 1ASVA 4CEAA 4CF0A 1A5WA 3NE6A 1IKVA 2Q3SA 3V9WA 4FJ8A 2DFHA 3M8PA 2HNYA 4H4OA 1NJYA 1SKRA 1RTHA 1S5JA 1LAWA 1C1BA 3OS1A 3U6FA 2XRIA 4TSXA 4DS4A 1JLQA 4C8NA 3SUPA 3DOKA 3T19A 1X9SA 4E7JA 2HVHA 5JS2A 4JS4A 3AVMA 3KK2A 3CYMA 4OPKA 4HTUA 4QCLA 4CFCA 4F3OA 3ALYA 1XC9A 2O4IA 3U3GA 1BCOA 1RT5A 1T7PA 1L5UA 1HNIA 3V9XA 3NAEA 5C25A 4FM1A 1WAJA 3V1QA 4KHWA 2D5RA 4F3TA 4N56A 4AHSA 2IC3A 2P1JA 3ISNC 2OPRA 4DU3A 3KD1E 4FJXA 3CM5A 3QEXA 3UIQA 1BQNA 4E19A 3ITHA 3MXIA 3ASMA 2P51A 3LAKA 2PY5A 1NJXA 4KHYA 4CGGA 4CECA 2DFFA 2KQ2A 4AH9A 2QKBA 4KRFA 4DSFA 2OPSA 2W42A 2IDOA 1HQEA 3LALA 3NCIA 4EP4A 5C24A 3D45A 4CJPA 4EP5A 1KVBA 4E0DA 3OYIA 4DTPA 4DQRA 4CJQA 3L2UA 3QEPA 3SQ2A 3OYBA 4B08A 4FCYA 1TAUA 5KRTA 4FJLA 3HM9A 1SL2A 1DTQA 3DRPA 4DFPA 1GOCA 1ZYQA 4DTMA 4OKEA 1VSMA 2KZMA 1RBRA 4NCGA 4B9NA 3L3VA 3HT3A 1HQUA 1KLNA 5J2MA 3AO4A 3OYKA 2D0CA 3ZSXA 1F21A 4HCBA 3SUQA 3AVGA 3TAEA 4IKFA 5FROA 1NKEA 4F2RA 2XY8A 3OYGA 1FKOA 3SV3A 3C94A 2A1RA 4KTZA 1T8EA 4OLBA 1SUQA 4I2QA 4KV8A 5KGWA 2PYLA 3ZCMA 4HUEA 4JLHA 4Z4FA 3LANA 3L2WA 3OYLA 1B9DA 5FRNA 4M3YA 4FLTA 4CHYA 1VSHA 1DLOA 1IO2A 3I0SA 3OYMA 2O4GA 2YV0X 4DQPA 4KI6A 2B5JA 1VRTA 1WSIA 5KRSA 5HP1A 2ATQA 5C42A 2P5GA 4JRQA 4BDYA 4M41A 3LWLA 1RCHA 3L2QA 4ZTFA 1C1CA 1EP4A 3WNHA 4CIFA 2HW3A 2ZD1A 4NCAA 1VSFA 1CLQA 3F73A 1JLCA 3RMDA 4CHPA 1EETA 1IG9A 3PO4A 3DLRA 4ZTJA 3AO2A 3MXJA 3SQ4A 3HVRA 3TANA 2KZZA 3P5JA 2Y1IA 1UA0A 1BCMA 2F8SA 3WNGA 3AVJA 3O3HA 3SZ2A 4H4MA 4CFAA 3SUOA 4E1NA 1XWLA 4DSKA 4DS5A 3NFAA 5J2QA 2D0BA 4ICLA 1HYZA 1MU2A 4FLUA 3NF7A 3OYNA 3NGYA 1W9HA 3SUNA 4LY7A 1WSEA 2G8FA 2XY5A 4M3TA 4KREA 5HRPA 1Q9XA 1I3AA 2VG6A 2GBZA 2YHBA 1A5VA 4EZ9A 2HHTA 4O0IA 4CFBA 1FXXA 2OPPA 3V9ZA 1RDAA 4C8LA 4Y1CA 4KHQA 4PUOA 3CFPA 3VA0A 4DTSA 2P5OA 3HP9A 2DY4A 1VSIA 3P83D 3ZT1A 1U49A 1WSFA 4K8XA 4CIGA 2E6LA 1QE1A 1S1WA 4DTUA 1VK0A 1X9MA 1L3SA 4ELUA 3T1AA 1TKZA 2OZMA 3SV4A 3ZSQA 1BI4B 3QERA 1NK9A 1RBVA 4G1QA 3LP1A 4DU4A 2GUIA 1EXQA 3S9HA 3QIPA 4F8RA 3LP3A 1O1WA 2G8IA 2ZQBA 1J54A 1C6VA 1LAVA 1SKSA 3QNOA 1KVAA 1RNHA 1I39A 2Z1GA 1T05A 4Q5VA 4OJRA 4FLWA 4H8KA 1XHXA 4FJJA 4QAGA 5SZTA 1RTIA 1BHLA 3OYDA 4K8ZA 3AV9A 2R7YA 3U3YA 5DMRA 3PX0A 3HO1A 2FC0A 3PUFA 1ZBLA 4Z0UA 1WN7A 1KVCA 1ZBUA 4CFDA 1L3TA 1D8YA 2X74A 4L8RB 4CCHA 1C1AA 1KRPA 4CF9A 4RW7A 4C8KA 2G8VA 1J53A 4KB0A 4B8AB 4CIEA 3L3UA 3VQCA 4ZHRA 4M3ZA 3HPOA 4RW9A 4CEEA 3DLBA 5KI6A 3C95A 1CXQA 4CJKA 1JKHA 5J1EA 3SCXA 1WSHA 4DTRA 5K14A 4LSNA 2OPQA 3O4QA 1NKBA 1QSSA 4ELTA 4FK4A 4C8MA 5CY4A 3ZSOA 3VQDA 3KLEA 3O3FA 3C6TA 3CG7A 1RTJA 4KTWA 3SNNA 1U4BA 1LV5A 4BDPA 3NGIA 3ULDA 4C8OA 4IDKA 4FVMA 1RT3A 3WNEA 2G8KA 4DTXA 1ZBHA 3QLHA 3KK3A 4MQ3A 1VSJA 4IBNA 4AHVA 3QEWA 3O4NA 3FFIA 1XHZA 1SKWA 4OLAA 1Y97A 1GOAA 1JLEA 3OVNA 3G0ZA 3M8RA 4PQUA 1UA1A 4N47A 3L2RA 4WE1A 1L3VA 3KK1A 2QK9A 4AHCA 3EYZA 3NH2A 2EHGA 2HVIA 1RBSA 3LPTA 4HVJA 2D0AA 3V81A 5HRNA 4JRPA 4FM0A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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