4E3SA

Rb69 dna polymerase ternary complex with dqtp opposite dt
Total Genus 323
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
323
sequence length
903
structure length
903
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Probing minor groove hydrogen bonding interactions between RB69 DNA polymerase and DNA.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DNA polymerase
molecule tags Transferase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 323
structure length 903
sequence length 903
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-03-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4e3sA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4e3sA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4e3sA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4e3sA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4e3sA03
3L8BA 3NGYA 4NYFA 1QTMA 2KZMA 4KB1A 4CJVA 3IRXA 5FRMA 3P5JA 3NH2A 4ELUA 4KHSA 3AVJA 3V1OA 2PYJA 1FKPA 3NCIA 4M3RA 3NH1A 1VSIA 4DTOA 1BCMA 1UA0A 4FM2A 1QSYA 2OPQA 3HVTA 4B9TA 2YNHA 4KHYA 1F21A 4YNQA 3TAFA 2F96A 1TKTA 2WONA 4K8XA 3V9XA 5J2MA 4AHCA 3WNGA 3SQ4A 3NFAA 3ALYA 4RW8A 2OYQA 4JRQA 4FJ8A 4BDYA 1JLAA 1T8EA 3QETA 4KI4A 4FW2A 4F2RA 4OPJA 3D45A 4AHRA 4AHTA 4FJJA 1WSJA 4IKFA 2IGIA 2JLEA 3EY1A 1XHZA 3QEPA 4O5BA 4J2DA 1JLBA 1HNVA 3C6UA 3OS0A 3KTQA 3CQ8A 3KD1E 4CK1A 4I7FA 1BI4A 4FJKA 3CFOA 3OS1A 4FCYA 3AVNA 1SL1A 4DG1A 3RMDA 1GOBA 3SZ2A 2ZD1A 4DU3A 3KLHA 4MQ3A 4OKKA 4AILC 1RT1A 1TL1A 4CFDA 1J9AA 5FDLA 3QESA 5HLFA 1S9GA 3L2UA 4KRFA 4FJGA 3B6PA 2IS3A 4CJUA 1KFSA 4R5PA 4BDPA 3PO4A 4CFCA 3SV3A 1RDCA 4FLTA 1A5VA 4F4KA 1RTIA 2XRIA 3KLEA 3JSMA 4AHUA 4B9SA 5J2QA 5I42A 4QAGA 5CZ1A 3ZT3A 1D9DA 4W5NA 2W42A 3L2QA 4CGHA 1B9DA 1WAJA 3AA5X 3KLFA 4QOZB 4CIFA 4CJ4A 1RT2A 2E6MA 3P83D 3NBPA 4E1NA 1S1UA 3O3FA 3L2VA 3QNOA 5KI6A 5K14A 4CEFA 1VSKA 3UIQA 1RT7A 2P51A 1EX4A 4LSLA 5FRNA 4GMJB 4FLYA 4OJRA 1RCHA 4O55A 4HVJA 2VWJA 3PV8A 4DS4A 4CF8A 4CJ3A 1ZBUA 1LAVA 3PX6A 1XI1A 3ISNC 3QINA 3K5MA 3HL8A 1JL1A 4DSJA 3T19A 1JLCA 1UWBA 4FZXC 4CJWA 2HHSA 1U47A 1A5WA 4IDKA 1JXBA 2A1RA 1R0AA 4I9LA 5KTQA 2D0CA 2XY5A 4FLXA 4KAZA 3MAQA 1Q9XA 4DSEA 3OVNA 4DWIA 4QCLA 4DF8A 1WSHA 4N76A 1C1CA 3KKRA 3U3YA 4FLVA 4Y1CA 5I3UA 4DU1A 1SKSA 5SZTA 2G8HA 4DSFA 2HW3A 5HP1A 3ZSQA 1TK8A 3O3HA 4OKEA 1NKCA 1J5OA 4W5OA 4BE0A 2BDPA 1VRUA 3V4IA 4DFMA 4C8NA 3K5OA 3T1AA 1LAWA 3OYDA 2IDOA 3K5NA 4J2AA 4B9VA 1HYZA 3RTVA 1MU2A 4KHUA 1TKZA 4CK3A 4YFUA 3VA3A 2X78A 3M8PA 1WLJA 2FBYA 4DSIA 3V81A 4FZYA 2E6LA 3K58A 3M8SA 3LZIA 1D8YA 3QEIA 4CEBA 4WE1A 3VQCA 4CIEA 4BWJA 1K6YA 1IKVA 3M8RA 4KKOA 4C8KA 4E0DA 1JLQA 1T03A 4J2BA 3KLGA 4FJMA 4ID1A 1RBUA 4CJFA 3LALA 3HXMA 3S3MA 3LAMA 3VQ4A 3LZJA 1BGXT 3HPOA 4HTUA 4Y1DA 4PY5A 3SPYA 4IG3A 2DTUA 4RG8A 4K8ZA 3ZT1A 2EX3A 2P5GA 1UA1A 3QERA 2BGGA 1KVBA 3TAMA 4FJ9A 4CEQA 5HRNA 1Z25A 2X6NA 3CM5A 3F9KA 3P1GA 3H08A 4NCBA 3LPUA 3K59A 1A5XA 1JXEA 3TWHA 4JLHA 4FJNA 3SNNA 1U45A 1ZBIA 4FJLA 3T3FA 4DTUA 1KLNA 3OYIA 1HYVA 3DOKA 2GUIA 1RT5A 3LANA 1Q9YA 3AVMA 4IFVA 1BCOA 3NAEA 1S9EA 1TKXA 4PA1A 3ZSXA 4CJQA 4F3OA 4DU4A 3E01A 1HMVA 3AVIA 3TI0A 3HPGA 5CZ2A 3HP9A 4KO0A 4CGGA 4N41A 3RMAA 1GOAA 4BE1A 4LH4A 4O0JA 1J53A 1RTHA 3HSTB 4DMNA 1ASVA 3V9SA 4PQUA 4KHQA 1BISA 4DTPA 1CXUA 3TANA 1UOCA 1DTQA 1LV5A 2VWKA 1VSLA 2HNZA 3HVRA 2DY4A 3S3NA 5DK5A 4H4OA 1SV5A 3WNHA 1RT4A 4BACA 3U3GA 4CF1A 1LWFA 1S1VA 1S6QA 3NHGA 1LW2A 2DFFA 3DI6A 4OGCA 5CYQA 2ATQA 4DTXA 2A1SA 2YHAA 3LAKA 4RW9A 1B92A 5DMRA 1L3SA 4EZ9A 1VRTA 1DLOA 2YNGA 4KI6A 3AVAA 4H4MA 4RW4A 5CYMA 5EU7A 3VQDA 3ZSYA 3OYNA 3CFRA 3FFIA 1D5AA 5JS2A 1S6PA 4CJKA 4KFBA 3I8DA 3EYZA 4FM1A 1TGOA 1KVAA 1ZBLA 3KIOA 1X1PA 2KFNA 1S1WA 3G0ZA 4EP5A 3KLIA 4DQSA 3C95A 1HYSA 2AJQA 1NK0A 1RTJA 3MXMA 5SWMA 3PUFA 3SYZA 4DF4A 1EP4A 2IOCA 1G15A 4HCCA 4CGFA 4FLWA 4FW1A 4DLEA 1NJYA 2G8VA 4HUGA 3PO5A 3LDSA 4DQRA 3RWUA 4KV8A 4BE2A 4N56A 2HVIA 2RN2A 1FXXA 3QO9A 4CE9A 3SPZA 1NOYA 2I5JA 3L2RA 3QIPA 3V6DA 3AO5A 3RMCA 4GW6A 1L3UA 4H8KA 3M8QA 3AO4A 4FJHA 3MXJA 3IS9A 5T7BA 3IAYA 1ASWA 2BE2A 4ID5A 3AVGA 1X9WA 4HCBA 1L3VA 1DTTA 3VQBA 2Y1JA 4O4GA 4OGEA 4C8OA 4CIGA 1KVCA 2VG5A 3AV9A 4E7LA 1WSEA 1IO2A 1WAFA 1WSGA 4KTWA 3F73A 4Z0UA 1TK0A 4B9MA 3NE6A 1EXQA 1HRHA 1ZBFA 3OYFA 4UQGA 3OYEA 5KRTA 3RMBA 1S1XA 5E41A 3AVBA 4B9LA 3CG7A 4KPYA 3OYCA 3DLKA 1Y97A 2RF2A 4CHPA 4B9UA 4M3ZA 4L8RB 4O44A 1I39A 1Q8IA 1O1WA 1JLFA 2ZE2A 3MEDA 3VA0A 3SUNA 1NKEA 3PY8A 1ITGA 4B8CA 3ITHA 4CF0A 3HM9A 3V1RA 3TAQA 3AVLA 3SUOA 4IFYA 1CXQA 1U04A 4CEZA 3TAEA 3DM2A 4M3WA 1HPZA 1RBSA 3AA3A 1NK7A 3VQ8A 1NK4A 4PWDA 4Z4CA 3ULDA 1KFDA 1ZBHA 4E7KA 1W9HA 3KK1A 4FLUA 5CY4A 1SL2A 4J2EA 3OY9A 4F2SA 1KLMA 2PYLA 1C0TA 3SV4A 2WOMA 4CF9A 3RR8A 1XWLA 4ZTJA 1WSFA 2HHVA 1KRPA 2OPSA 1TKDA 4CCHA 4B9NA 1TAUA 4N5SA 2G8WA 1NOZA 3AVFA 1QS4A 3ZT2A 1IH7A 3SJJA 4KHNA 1QE1A 1YTAA 1QHTA 1BQMA 3HYFA 4DSKA 1T05A 4CERA 1UAXA 2ZQBA 3VQAA 4E3SA 1I3AA 4TSXA 4FJ7A 3TR8A 2YNIA 4FYDA 4Z4HA 1QSLA 4CFAA 3AVKA 3PX4A 3S9HA 2HNYA 4CF2A 1TV6A 4M45A 5FROA 3VQ6A 1ASUA 3BDPA 1BIZA 4CJSA 3VQPA 3DRPA 3VQQA 2P5OA 1RILA 4W5QA 4NCGA 1XHXA 1RT3A 1REVA 3QLHA 2ITGA 1L3TA 4CEDA 1C0UA 4FK0A 1S1TA 1SL0A 2G8FA 3ZSZA 2E4LA 4DQIA 1C6VA 3HT3A 4NYNA 4RW7A 3OYBA 4Z4GA 3I0SA 4N47A 4AHVA 3MXIA 2KW4A 2KZZA 4E7HA 4Z4FA 4XIUA 4CGIA 3DLEA 3CM6A 1TK5A 1IKYA 1HJRA 3LPTA 3A2FA 5HBMA 1RT6A 3G10A 3AVHA 4IG0A 4JRPA 2XY7A 4DTNA 4FVMA 4Q5VA 3AO1A 4E7IA 4KTZA 1VSFA 2HHXA 3K2PA 3RRGA 2ETJA 2FBXA 2PZSA 2XY6A 1LWCA 1J54A 3VQEA 4CGJA 2G8IA 2Y1IA 4LH5A 4EZ6A 4B08A 2HHQA 4DTJA 4BDZA 2DFHA 4AH9A 1NK9A 3LP0A 1S5JA 3LWLA 2Q3SA 3NF7A 2VG6A 3DYAA 4CK2A 2D0AA 3KK2A 2G8KA 4OLAA 1QQCA 4CESA 4M41A 3I0RA 5HRSA 1VSMA 3O3GA 2PY5A 1NK6A 3KD5E 2Z1GA 1NJXA 4DFJA 3QEWA 4EP4A 4DFPA 2OPPA 1WN7A 2F8SA 2B4JA 3LP2A 4DFKA 1U49A 1N5YA 3KJVA 1BIUA 1WNSA 1JLGA 2YV0X 4W5TA 1X9MA 3ZSRA 3HO1A 4B8AB 3HJFA 3O4QA 3V9UA 2HVHA 3WNFA 1EKEA 3SQ2A 1ZYQA 2VG7A 2IAJA 5KGWA 4CEOA 5J2NA 1IKWA 4CHQA 4CGDA 4HUFA 2B6AA 1NK8A 5KRSA 4W5RA 4MFBA 1SKWA 5HROA 4E7JA 2O4IA 1BL3A 2JGUA 4HHTA 3MEEA 2HB5A 5C42A 3HP6A 1SKRA 2OA8A 4KTQA 3QEXA 2YNFA 4KREA 1CLQA 4LD0A 4FLZA 2EHGA 1NKBA 1RDBA 5HRRA 4ZTFA 1NJWA 3TAGA 3DLBA 1BQNA 4HUEA 1TAQA 4CHZA 4CHOA 2HHTA 1TL3A 3L3VA 2OZSA 4ZHRA 2FC0A 2RPIA 3CYMA 1RBRA 4DTSA 1N6QA 4ELVA 1SUQA 3ZSOA 3AO2A 3SUQA 4CJTA 4F8RA 4PUOA 1RDAA 1Z26A 3WNEA 2HNDA 4CJLA 3OYGA 3B6OA 3DLGA 1IKXA 3K57A 1VSHA 4G1QA 5D3GA 4M42A 4KHWA 1VK0A 3NF9A 2FBVA 4FJ5A 2QKKA 3DMJA 2QXFA 3OJSA 2D5RA 3VQ5A 1QSSA 1EETA 2QK9A 1IG9A 3BGRA 4CJPA 4FZZA 3C6TA 3KKSA 2HHUA 4FK4A 4Z4EA 4CHNA 3SCXA 3HPHA 4M3TA 1C1AA 2Z1IA 4DS5A 4IBNA 4DQPA 2D0BA 3RRHA 1KTQA 1NJZA 2IC3A 3LP3A 3OYMA 4CJ5A 3NF6A 2XO7A 1U4BA 3AA4A 4CEEA 3CFPA 1BHLA 4O0IA 2DFEA 3OYKA 1RDDA 3JYTA 3SQ0A 1D9FA 1FK9A 4ICLA 2G8UA 3SI6A 4C8LA 1YTUA 3AVCA 1C1BA 2OPRA 4OLBA 3OYHA 2QKBA 4M3XA 2B5JA 3OYAA 1LW0A 2GBZA 4E19A 1CZBA 5C24A 1B9FA 4LSNA 2OZMA 2Z1JA 3DRSA 3L3UA 3LP1A 2XY8A 3C94A 1RBVA 4BWMA 2F8TA 1JL2A 2HMIA 4KB0A 5KGXA 2X6SA 3LWMA 1U48A 1LWEA 4DTRA 3VQ7A 4OPKA 4M3YA 1XC9A 2YKNA 1VSEA 4F3TA 3MEGA 3DRRA 1X9SA 3AA2A 1VSJA 1BI4B 3K5LA 1RTDA 1VSDA 2NUBA 4JS5A 1L5UA 2HHWA 4DSLA 3V9ZA 3SQ1A 4E1MA 1NK5A 1KCFA 3ZSWA 4OKJA 3V1QA 4E89A 2RKIA 2GV9A 3QNNA 3AO3A 4CHYA 3OYLA 4CECA 1T7PA 4I2PA 4Q0BA 2YKMA 3TAPA 3QIOA 3NF8A 2BANA 3HK2A 3ZT0A 1TVRA 4DQQA 3S3OA 2KFZA 5C25A 3QEVA 3ZT4A 2R7YA 2XHBA 4CJEA 2KTQA 4RW6A 3OS2A 4DLGA 5JS1A 4GVMA 3EZ5A 3D0PA 1KSPA 3NH0A 4JS4A 3PX0A 3THVA 4NCAA 3U6FA 1GOCA 4C8MA 3OJUA 1YVUA 4LY7A 4M3UA 1W0HA 3SUPA 2LSNA 1YT3A 2KQ2A 4AHSA 3VQ9A 3RR7A 1WSIA 3DLHA 5J2PA 3TARA 1RNHA 2Z1HA 4ELTA 3NGIA 4OVLA 3OYJA 3KK3A 3ZSVA 4CFBA 5HRPA 5J1EA 1C0MA 1JKHA 2YHBA 3ASMA 3TABA 1JLEA 4FXDA 4DTMA 4FJIA 2FBTA 1CZ9A 3NDKA 1HQUA 1RBTA 4CEAA 3DOLA 1HQEA 3DLRA 4I9QA 4I2QA 1HNIA 3ZCMA 3O4NA 4FM0A 4CJRA 3NGZA 3L2WA 3V9WA 4FK2A 4B3OA 4FJXA 2X74A 3IG1A 1FKOA 3VN5A 2O4GA 2P1JA 4Z4IA 3MECA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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2P1OB 1IKVA 1K6YA 3VEZA 4JKDA 5AQFA 1RBUA 4MLEA 5BN9A 3S3MA 3LAMA 4A62A 3LZJA 1BGXT 5KQ8A 3U8XA 4RCHA 4AF1A 2UXCK 3T7ZA 5HRNA 4FO0A 1V4SA 2X6NA 3P1GA 4NLCA 4BROA 2E32A 5EY4A 4CZKA 3SAFA 3DOKA 1TKXA 1HKGA 5BN8A 4DU4A 2OVQB 1S3XA 1NU0A 1TYQA 1N33K 3HP9A 3TTCA 2W41A 4GY2B 2NRXA 2I7NA 5KPTA 3V9SA 4JKFA 4EHUA 5F0XA 3BUZB 3L1NA 3TANA 1UOCA 3FE1A 3H3NO 1XVEE 2FLOA 4GKJK 1K8AO 3WNHA 4DCHA 4B1VA 5M1PA 3V7DB 1S1VA 1S6QA 3NHGA 5AQXA 2P9KA 5HL7L 1T44A 1VRTA 1DLOA 4YNQA 4Q5VA 3ZSYA 5F1XA 5LJVA 3AGKA 3FFIA 3M1FA 5JICA 2ZGYA 4CJKA 3CMEN 4KFBA 1Y64A 3GE1A 2P1MB 3VENA 1WBDA 3KLIA 4JD2B 2AJQA 1NK0A 3ATVA 1YJNN 3SAGA 3MXMA 3I56N 5LY3A 2QW9A 3ZETB 4RTFD 2RN2A 1FXXA 4DR7K 1KC8O 3QIPA 4GW6A 2PAVA 1NNEA 5T7BA 3IS9A 1ASWA 1GLEG 4HCBA 1HX1A 1DTTA 4BC3A 1YUWA 4CIGA 3TSPA 2VG5A 2PFUA 3AV9A 3R9PA 3J81O 2O8DA 2P9SA 4LF4K 4Z0UA 1U2VB 4YOVA 4WFAL 4B3RK 4B9LA 4KPYA 1NGJA 1Y97A 4JI3K 1I39A 2ZE2A 3VA0A 3PY8A 3SUNA 1ITGA 1ESVA 4BREA 4M7XA 2D1KA 4DV7K 3V1RA 3SUOA 1IBKK 4OO1J 2P9PA 4WQ5A 1N34K 1RBSA 4PWDA 3VQ8A 3ULDA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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