4E3SA

Rb69 dna polymerase ternary complex with dqtp opposite dt
Total Genus 323
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
323
sequence length
903
structure length
903
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Probing minor groove hydrogen bonding interactions between RB69 DNA polymerase and DNA.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DNA polymerase
molecule tags Transferase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 323
structure length 903
sequence length 903
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-03-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4e3sA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4e3sA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4e3sA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4e3sA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4e3sA03
4HHTA 2G8WA 2RN2A 4M3UA 1JL1A 2EX3A 2YHBA 2XO7A 4DFKA 4DFJA 1TK5A 1SL0A 4J2BA 1X9WA 1CZ9A 1U04A 2RF2A 1LWCA 2WOMA 1J54A 2YHAA 2HHXA 2HVHA 4CEFA 4E3SA 1GOCA 3QETA 3HYFA 1D9DA 4DSJA 1S9GA 1EETA 4M3XA 4Z4FA 3OYJA 4ID1A 3V9SA 1QSLA 4FZYA 1TKZA 3ZSVA 2G8FA 3DMJA 5KGWA 3OS2A 1WSGA 2KQ2A 4AHTA 2P1JA 4CF9A 1N6QA 4KTQA 4FZZA 1HPZA 3L2UA 4LSLA 4FJHA 2ETJA 4FLYA 2E6MA 3LP2A 2XY5A 2I5JA 3VQ6A 3V81A 3HXMA 1ZBLA 4DTOA 4LY7A 4BE1A 1JXBA 3QLHA 4KKOA 1TV6A 3DLHA 3SYZA 4KTZA 4LH4A 1QSSA 3V4IA 4ELUA 4J2EA 4FCYA 3HVRA 2EHGA 1D9FA 1YVUA 1I3AA 1KVBA 1KFDA 4E7LA 3NF7A 4FJGA 1U48A 3B6PA 4HUGA 4QCLA 1A5XA 3C95A 4CESA 3AVIA 3RMCA 4DTRA 4CJVA 4FJ7A 4F2SA 1JKHA 3VQDA 1ASVA 2HHSA 1C0UA 4O55A 3PO5A 4IG3A 4AH9A 3KLGA 4DQQA 1VSFA 4IG0A 4Y1CA 3AVJA 4CE9A 4FLVA 2BANA 3U3GA 1NK7A 1DLOA 4HCBA 4FXDA 3QEWA 4OLAA 4K8ZA 2PYJA 1QHTA 2ITGA 1K6YA 3HVTA 4ICLA 4CK1A 4CHOA 1C1AA 4F8RA 4DQSA 3KK3A 5FDLA 3AVAA 2ATQA 4N56A 5I3UA 4M3TA 1BHLA 4C8KA 3M8PA 3DM2A 4CF2A 3CM6A 1C1CA 4C8NA 3DYAA 1CZBA 3SQ2A 5HRPA 1RTIA 4FW1A 2R7YA 5J2QA 5C24A 1Z26A 1VSKA 4B9NA 4DTPA 4L8RB 3DLGA 3HK2A 2DFFA 4FJKA 2DTUA 1EX4A 3FFIA 1X9MA 4EP5A 3LDSA 4C8LA 2X78A 3OYLA 2HHQA 2AJQA 5HLFA 5HP1A 2HHVA 1BIUA 4B08A 5J1EA 3I8DA 2Y1IA 4CEAA 2XY8A 3TABA 4RG8A 2D0AA 3OYBA 4M3RA 5CYQA 2KZMA 4KHNA 3L2VA 1NK0A 4CJSA 1IKYA 4AHUA 4ZTJA 4CGHA 2IAJA 3K5OA 1DTQA 3VA3A 3WNEA 4BE0A 3MXIA 3KTQA 1JLQA 4FLZA 3S9HA 2OPSA 3O4QA 4DSFA 2FBXA 3B6OA 3HSTB 3L8BA 3SNNA 4CFAA 4KI6A 2WONA 4GVMA 2KW4A 2YKMA 3AVCA 4DSEA 4CEOA 2B4JA 3PO4A 1NJZA 3VQ4A 3SJJA 1FXXA 5CY4A 4GW6A 2GBZA 4CK3A 1U47A 1NJYA 4M45A 1S1VA 3AO4A 5CZ2A 3VQEA 3O3HA 4DTNA 3E01A 3TAEA 4AHVA 1C6VA 4HUFA 2KZZA 3JSMA 3RMBA 2A1SA 4E7IA 1Z25A 3QNOA 2JLEA 4HVJA 3AV9A 4O44A 3HM9A 3P5JA 5KGXA 3DRSA 3NGIA 3AVMA 1JLFA 4LH5A 4NYNA 4RW9A 4CF0A 4OPKA 1X9SA 1RCHA 1VSDA 1KCFA 4BDPA 3QIPA 3KIOA 1KFSA 1UOCA 3ISNC 4B9LA 3SUPA 3SPYA 4CFBA 3TR8A 5KRSA 3P83D 5EU7A 3MAQA 4KB0A 2Z1HA 4O0IA 3NGZA 4E7JA 1SUQA 3ASMA 4CEZA 4CIEA 4YNQA 4ZTFA 2LSNA 4NYFA 4F4KA 5K14A 2X6NA 4OKEA 2OPRA 4MQ3A 2D0BA 3DLBA 4FJ9A 2GV9A 2B5JA 4Z4GA 4N5SA 1RBUA 1WSEA 4RW6A 1BQNA 4Z0UA 1W0HA 1BI4B 3DRPA 4QAGA 3KLFA 3NBPA 4JRPA 3VA0A 2YNFA 3RR7A 3LAKA 1CLQA 2OZSA 4K8XA 1RDAA 5KTQA 3HO1A 2YNGA 3NH1A 2BGGA 4FM0A 4PA1A 4Z4CA 1HYVA 1YT3A 3AVHA 3HP9A 1WN7A 4DTSA 4PY5A 2YKNA 2DFEA 3TI0A 3H08A 2BE2A 3KJVA 4CHZA 4Y1DA 3OYKA 3V1QA 2RPIA 3CG7A 4CEEA 1SL1A 1QQCA 3S3NA 4DQIA 3RRHA 4KREA 4ELTA 5HROA 1XWLA 1LWFA 2ZQBA 3MEGA 2W42A 2F96A 1RBVA 4O4GA 3KD1E 3L2WA 3T3FA 4LD0A 1HNVA 1QSYA 4N41A 4KFBA 4FK4A 2Z1GA 3CQ8A 4DTMA 4DTJA 4XIUA 4FLUA 1ZBHA 4FJ5A 4QOZB 1B9DA 2OPPA 2OPQA 3K5LA 2HB5A 3SI6A 2QKBA 3CFOA 1WAFA 1C1BA 3RRGA 1VSEA 3L3VA 1N5YA 3PY8A 2D0CA 5SWMA 1QE1A 4CJPA 4TSXA 4BACA 1HRHA 3TAPA 4NCAA 3TARA 1HYZA 1RT5A 1S1UA 1U49A 4KHQA 4H4MA 1HNIA 3HPHA 4M3ZA 3KLIA 2YV0X 3DLEA 4AHCA 3K5NA 1Y97A 1IO2A 2KFZA 3QEIA 1WSFA 1J53A 1VSIA 5JS1A 3AVNA 4CHNA 2Y1JA 3OVNA 4CJUA 4M3YA 1CXQA 4EZ9A 4IKFA 4F2RA 3LAMA 3QERA 3IS9A 4AHRA 2IS3A 4J2DA 3OYGA 5FRMA 1S1XA 2X6SA 3ZSRA 1TKTA 1DTTA 1TL1A 2XY7A 1JL2A 1KSPA 4DTXA 4KI4A 4E7HA 3KKSA 4G1QA 3VQ9A 4CFCA 3HPOA 3S3OA 1T05A 1VSMA 4RW8A 4IFVA 4BE2A 4FM1A 4CJEA 3OYFA 3V9UA 4CGFA 3OYIA 4KHWA 4FLXA 4I2QA 3TAFA 5KI6A 4CHYA 4OVLA 3LANA 4Q0BA 4W5OA 3SPZA 1KLNA 3ZCMA 3ZT2A 1C0MA 4CFDA 4OLBA 1YTUA 4AILC 3O3FA 5I42A 4CJQA 2QKKA 1BCMA 4AHSA 3D45A 1KTQA 2VG7A 3SUOA 3G0ZA 4OPJA 3KLEA 3L2QA 3CM5A 1SL2A 4E1MA 3AA3A 3ZT4A 4BDYA 1BIZA 3NF6A 4FLTA 3ZSYA 4KRFA 4FK2A 1O1WA 3LPUA 1NKBA 1T03A 2IGIA 4JRQA 5HBMA 3U3YA 1TK0A 2HW3A 3DOLA 4CJWA 4CF8A 1NKEA 1NJWA 2G8VA 4E19A 1BI4A 5E41A 4B9VA 3OJSA 1RDCA 3NCIA 3BDPA 3TAGA 1X1PA 3V1RA 3CFPA 1T8EA 1B92A 1Q9XA 3KK1A 4GMJB 1Q8IA 1D5AA 3QEXA 4CERA 1RT4A 3AVKA 3V9XA 1RNHA 3CFRA 4M41A 1RDBA 5HRSA 1NK8A 4BDZA 3OYDA 1S9EA 1HYSA 4CK2A 1XHZA 2F8TA 3KKRA 1ITGA 1VRTA 2HHWA 1SKSA 4KO0A 1RBRA 3MECA 3PUFA 5CYMA 3UIQA 3WNFA 1S1TA 4OKKA 4N76A 1RTDA 4FJ8A 1SV5A 3AVBA 1VSJA 4EP4A 1GOBA 1VRUA 3C6TA 4CJTA 3HJFA 4CHQA 4OKJA 1CXUA 5J2PA 4B9MA 4I2PA 2P5GA 3NFAA 2E6LA 4W5QA 2XY6A 4DFPA 3ZT3A 5D3GA 1WSIA 3DOKA 1WNSA 1GOAA 2HNZA 2HHTA 1JLBA 5C25A 2IC3A 1WSJA 2E4LA 2GUIA 2XHBA 4CJ5A 3NHGA 1UA0A 1KRPA 1RBSA 3ALYA 3NF9A 3WNGA 4CF1A 4IBNA 2HMIA 3ZSZA 1BL3A 2PZSA 1QS4A 2QXFA 3AA2A 1RT3A 3AO2A 3QINA 4HUEA 3AA4A 4PWDA 3LZJA 1LAWA 5HRNA 4DFMA 4N47A 4CEQA 4DQPA 2HNYA 1G15A 4DSIA 3LZIA 1HMVA 4DS5A 3AA5X 4DU1A 3OYEA 3OS1A 3F9KA 3SV3A 2Q3SA 4DF4A 1KLMA 1WLJA 4BWJA 1BQMA 4R5PA 4Q5VA 2ZD1A 3KLHA 3K5MA 3RWUA 1UAXA 3HPGA 1RTJA 4IDKA 4C8MA 4CEBA 3RR8A 1JLGA 3F73A 2HNDA 4LSNA 4OGCA 1S6PA 3OYMA 2DY4A 3WNHA 4JS5A 1TKDA 5C42A 4WE1A 3V1OA 3ZSQA 4FJIA 2X74A 4CJKA 1QTMA 1L5UA 3DRRA 5J2NA 4B9SA 1VSHA 2NUBA 2VWKA 3LWLA 3HT3A 3VQBA 3K57A 4DMNA 1ZBFA 4H8KA 4DTUA 2PY5A 1J9AA 4H4OA 4FZXC 4PUOA 1FK9A 2D5RA 4E1NA 1XHXA 3QO9A 2FBTA 3ZSOA 3T19A 2F8SA 4BWMA 4CHPA 4CIFA 2BDPA 1TK8A 1BISA 3AO5A 3G10A 2G8UA 1ASUA 2KFNA 3P1GA 3IAYA 3QNNA 3IRXA 2G8KA 2OA8A 3O3GA 4CGGA 4W5TA 1R0AA 3A2FA 4CCHA 2KTQA 1NK4A 2QK9A 3VN5A 1ZBIA 4KTWA 4FW2A 4CGIA 4E7KA 2OYQA 3S3MA 3ITHA 4DLEA 1ASWA 4KB1A 1LW0A 3ZSXA 1RT1A 3TAMA 3NH2A 1UA1A 4CEDA 2FBVA 1VK0A 2Z1IA 3VQ7A 4KAZA 1VSLA 5KRTA 1WSHA 3K58A 1A5WA 3PX0A 4CJRA 1LV5A 3LP0A 3K59A 3VQ5A 3OYAA 2JGUA 4O0JA 3DLKA 4B9TA 4DQRA 3V9WA 2G8IA 3SUQA 3NH0A 5T7BA 4Z4EA 3SV4A 2PYLA 3SQ0A 4O5BA 1RT2A 3V6DA 3VQCA 4I9QA 3M8QA 4DSKA 4CJ3A 3SUNA 3SCXA 4KV8A 3VQ8A 4FLWA 1BGXT 4DG1A 4KHSA 4W5NA 1RBTA 2ZE2A 4FJXA 3LPTA 1L3SA 1RT7A 3KD5E 5DMRA 3EYZA 3VQPA 3LP3A 4CIGA 1KVCA 4FYDA 1XI1A 3OYHA 4Z4HA 4I7FA 3VQQA 3OY9A 4C8OA 2O4GA 5HRRA 4KHYA 1TAQA 5JS2A 4I9LA 1A5VA 3NGYA 4RW4A 4W5RA 3SQ1A 4F3TA 1EP4A 2B6AA 3RMDA 1JXEA 2VG5A 3BGRA 4J2AA 2OZMA 1HQUA 3TWHA 3THVA 4PQUA 4FJNA 5SZTA 4YFUA 3PX4A 3MEEA 4DSLA 2VWJA 1RTHA 3C94A 3KK2A 4DLGA 1C0TA 4CECA 1IKXA 5FROA 3DLRA 1NJXA 1NK9A 1L3UA 4KHUA 1MU2A 1REVA 1NOZA 4FM2A 1FKPA 1S5JA 1HJRA 4FVMA 3PX6A 3C6UA 4B9UA 5FRNA 1ZBUA 4E89A 3HP6A 4JS4A 4DU4A 1KVAA 5DK5A 3NDKA 4FJMA 1TVRA 2YNHA 3DI6A 3QIOA 4IFYA 2A1RA 4FJLA 1L3TA 4Z4IA 4OGEA 1BCOA 1UWBA 1IH7A 4MFBA 1JLCA 2DFHA 3MEDA 4OJRA 4RW7A 3EZ5A 1NKCA 4E0DA 2O4IA 3ULDA 3LWMA 3QEVA 2Z1JA 3M8SA 1TL3A 3RMAA 4FJJA 3JYTA 2XRIA 1EKEA 4UQGA 1RILA 3NAEA 4B3OA 3AO3A 3U6FA 1T7PA 5J2MA 3SQ4A 1RT6A 3AVLA 4JLHA 1F21A 3O4NA 4ELVA 5CZ1A 4FK0A 4CGJA 4HTUA 3OYCA 2HVIA 3ZSWA 1U4BA 1LW2A 1SKWA 1D8YA 2P51A 4CJFA 1EXQA 1WAJA 4NCGA 3M8RA 3CYMA 4DF8A 2FC0A 1S1WA 1LWEA 4ID5A 3TANA 4M3WA 3AVFA 4DU3A 4M42A 4F3OA 3NE6A 3AVGA 1Q9YA 1ZYQA 3EY1A 1IKWA 3K2PA 3QEPA 2RKIA 3RTVA 2IDOA 2HHUA 3ZT0A 2VG6A 1S6QA 3V9ZA 4CJ4A 1XC9A 4B8AB 1YTAA 1NOYA 1JLEA 3L3UA 1U45A 4CJLA 3L2RA 4KPYA 1L3VA 2FBYA 3I0SA 1IG9A 3D0PA 3I0RA 3NF8A 3LALA 1TAUA 3T1AA 3OYNA 2P5OA 4B8CA 4HCCA 3AO1A 1RDDA 1B9FA 2YNIA 1W9HA 1HQEA 1TKXA 1FKOA 3MXJA 1SKRA 1J5OA 4NCBA 1I39A 3ZT1A 4EZ6A 1TGOA 3SZ2A 3HL8A 4DS4A 4ZHRA 3PV8A 1JLAA 1IKVA 1LAVA 1NK6A 3OJUA 2G8HA 3QESA 4DWIA 3IG1A 3OS0A 3VQAA 2IOCA 3LP1A 1NK5A 3MXMA 3TAQA 4CGDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5AJ3K 1E4GT 1SL0A 3CD6N 1NLVA 5IT9O 5AQNA 2YHAA 5AZIA 1OH8A 3GDQA 5JVHL 4E3SA 2LF6A 3V9SA 3A5OC 1M1KO 3DMJA 3MN6A 3OS2A 3KK7A 4AHTA 2I7PA 3ENBA 4FZZA 4X64K 4KH4A 4FJHA 2JPNA 4FLYA 2XY5A 3TL8B 3W0LA 1JXBA 3CQXA 4KKOA 3T1HK 4XH4A 1YVNA 4FJGA 4HUGA 4QCLA 1YJNN 3C95A 3AVIA 1FJGK 2HHSA 4BR7A 4O55A 3KLGA 1V4TA 4DQQA 1VSFA 3LM2A 4KBOA 4CZFA 3AVJA 4LF7K 4CE9A 2BANA 1NGGA 1DLOA 3A5MC 1MWKA 2O8EB 3J80O 4BGAA 4AI6A 4ICLA 3GG4A 5FPMA 1JCEA 3VPZA 1J6ZA 3M8PA 3DM2A 4CF2A 3CM6A 3CJBA 1CZBA 4YOYA 3SQ2A 1OKJA 1VSKA 3DLGA 3N4PA 2VYPA 3U9ZA 1EX4A 3LDSA 3OYLA 3I8DA 3QBWA 2MZWB 4CEAA 2XY8A 3TABA 4RG8A 2KZMA 4CJSA 4AHUA 2IAJA 3G25A 3K5OA 1DTQA 3WNEA 1IBLK 3KTQA 1MDUB 4MLHA 4G9ZA 3O4QA 3S9HA 4DSFA 2KLAA 3B6OA 2ZJPL 5IWAK 4KI6A 2WONA 1VAZA 3EN9A 4DSEA 5B8HA 4CEOA 4M63C 4BRDA 1YXQA 1E4FT 3VQ4A 1FXXA 1H1VA 1NMDA 2GBZA 2DPNA 1BDGA 1S1VA 3VQEA 1BA0A 3E01A 4AHVA 1C6VA 1KC8O 3ENOA 1J5EK 3TU5A 1OH7A 4WFBL 4O44A 3HM9A 1YI2N 3CMEN 1JLFA 4IEEA 4OPKA 4CZEA 1RCHA 3OA9A 1VSDA 4QS7A 2OVRB 4R79A 1KFSA 2P9SA 3ISNC 3RSEB 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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