4FJ8A

Rb69 dna polymerase ternary complex with dctp/dt
Total Genus 327
100200300400500600700800900050100150200250300
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
327
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transferase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
publication title DNA mismatch synthesis complexes provide insights into base selectivity of a B family DNA polymerase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DNA polymerase
total genus 327
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-06-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4fj8A05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4fj8A01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4fj8A02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4fj8A06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4fj8A03
5HRPA 1KCFA 3PX6A 1JL2A 3V9SA 2A1RA 1SL1A 3L8BA 1NKBA 3RMAA 4CHOA 1L5UA 1KVCA 4RW4A 4FZXC 1BI4B 5FROA 4CGDA 3SQ2A 1XHZA 3M8SA 4B9LA 3SPYA 3CFOA 4BE0A 1RT2A 2WONA 3AVHA 3AVGA 2VWJA 4CJQA 4DTUA 4EZ9A 4FJMA 1JXEA 3SI6A 1NK6A 3SPZA 1LW0A 1XWLA 3VQCA 1T05A 1RCHA 4DFMA 4Q0BA 1S1UA 4B9VA 1XHXA 3O4NA 2PY5A 4RW6A 4Y1DA 3CYMA 3NCIA 4DFPA 5J2NA 1RT5A 1ZBFA 4DG1A 4PY5A 3QEIA 3QNOA 4FVMA 1HQUA 3AA4A 3ZSXA 1BGXT 4DMNA 2HNZA 4IDKA 1EETA 4CJFA 4AHCA 2PZSA 1IG9A 3NH1A 4DF4A 2DFEA 4FW2A 4HCCA 4CJRA 2XY8A 4Z4GA 2KZZA 3V1OA 1D8YA 4QAGA 1D5AA 1L3SA 1KVAA 4RG8A 1BHLA 2RF2A 4C8KA 3RR8A 3NH0A 4CHYA 4DWIA 5I42A 4DTOA 3D0PA 3T3FA 4ID5A 1D9DA 4B9MA 4M3XA 3QEVA 4YNQA 3I8DA 3PO4A 2FBTA 2JGUA 3TAFA 1RDBA 1W0HA 1VSDA 4M45A 4OGCA 3OS0A 4B9NA 3ALYA 3P5JA 2D0CA 1NJXA 1DLOA 1A5XA 3T1AA 1HJRA 4OLBA 1XI1A 1TK5A 2YNGA 2VG5A 2IDOA 4KAZA 5C42A 1NK8A 3UIQA 5CZ2A 3CFPA 3TAEA 3LP1A 4KTQA 3KKRA 2PYLA 3AVIA 1A5VA 4CJKA 1CLQA 3OYKA 3VQ6A 3AVBA 4YFUA 3F73A 4FJHA 1IKYA 3NH2A 4KTWA 3OYFA 3PV8A 3MXIA 4ZTFA 3NBPA 4O0IA 2X78A 4Z0UA 3KK3A 4KI4A 3BGRA 4CJ5A 4BE1A 3ZSOA 4K8ZA 1ASVA 1IKWA 2YKNA 3VQ9A 4ZTJA 1TKDA 4DTRA 1BIZA 2XRIA 4CHPA 1DTQA 4FJ7A 2RPIA 3HT3A 4B8CA 1QSLA 1KTQA 1HMVA 3ZSVA 3SUNA 3G0ZA 5J2PA 4DSKA 1HRHA 2HVHA 3TAQA 4DQIA 1QSYA 4NYFA 3RWUA 3HL8A 4CE9A 1O1WA 3S3MA 4FYDA 1SL2A 1L3UA 3V9WA 2BDPA 3L2UA 4DS5A 1RBSA 3K57A 3AA3A 1HYSA 3WNGA 1ZBUA 2EHGA 2RKIA 4W5NA 1UWBA 3RMDA 3KD1E 1B9DA 2P5GA 1YVUA 2O4GA 4OLAA 5HRSA 3ZT3A 3PX4A 4W5QA 1T03A 2KFNA 4DSFA 3V9ZA 3OJSA 4R5PA 4IFYA 4HUEA 2Y1IA 4CEAA 3HK2A 3MEEA 1KRPA 1VSEA 2E4LA 4M41A 4ZHRA 4FJ8A 3VQ8A 1UA0A 2XY6A 4HUGA 2G8HA 4DQPA 3C6TA 5JS2A 4HVJA 4Z4CA 3SZ2A 4Z4HA 1CXUA 1RBUA 4I2QA 2XY7A 1SKWA 1RT3A 4CEFA 1RTDA 3NF7A 1N5YA 3MXMA 1BISA 3K5MA 1RT4A 1JLFA 2BGGA 3RRGA 2KW4A 1RTHA 2I5JA 3CFRA 2QKKA 2X6NA 2YNHA 3QINA 1RT6A 4DTJA 3HP9A 4CFAA 1Z26A 4O44A 1GOAA 3HPHA 4IFVA 4CHQA 4FZYA 3L3UA 1FKOA 4L8RB 3TAPA 2B5JA 5KRSA 2OPPA 1C1BA 1JXBA 2D0BA 1LV5A 3AVJA 3OYCA 4KHYA 4CHNA 4FLZA 3T19A 1NOZA 4I9QA 4EZ6A 1WAFA 4CK3A 3DLKA 2IOCA 4DQRA 5CYQA 1J54A 2HB5A 1HNIA 3VQBA 4G1QA 4KB0A 3QETA 1B9FA 4DTXA 3QO9A 4CJWA 3P1GA 1ZBHA 4FM0A 3LWLA 4GVMA 1GOBA 1RBVA 1C6VA 3EYZA 3LZIA 3G10A 3SUPA 4I2PA 4KHWA 1Q9YA 2XO7A 3LALA 1UOCA 3QNNA 1QS4A 3M8RA 3U3YA 1WSEA 3SYZA 1TV6A 3L3VA 2W42A 4ELUA 3LAKA 4F3TA 1RILA 3PY8A 1ZBIA 1C0UA 3PO5A 1TAUA 1X9WA 3OS1A 2HHXA 2ITGA 5E41A 3DLEA 1C1CA 2EX3A 2QKBA 4PQUA 2HHUA 3ZSYA 2VG7A 4AHVA 1S1VA 4FJ5A 3ITHA 4CGGA 3DLHA 2XHBA 1ZBLA 2G8FA 4CJVA 4E1NA 1NOYA 4KFBA 2OPQA 4ID1A 4KB1A 4PUOA 3L2RA 3QIPA 3M8QA 4OJRA 3TR8A 2D5RA 1ASWA 3P83D 1RDCA 3SQ4A 3TANA 2B4JA 3HPOA 4CGIA 3SQ1A 1WSJA 3DLRA 2X6SA 1RDDA 3DOKA 4H8KA 3KJVA 3L2WA 3VQPA 5DMRA 3AO4A 3NF9A 1X9SA 3OYAA 1Y97A 4O5BA 4KPYA 4DFKA 1IO2A 3WNEA 3OYBA 3K5NA 4M3RA 3ASMA 3CM6A 3I0SA 1YTUA 5HRRA 2X74A 4PA1A 2F96A 3AVLA 3CG7A 3V1QA 1NK0A 1DTTA 1NK4A 4IBNA 3LWMA 3VQEA 2NUBA 3K5LA 4LD0A 1LAWA 3NGIA 2G8UA 4DU1A 3SNNA 1K6YA 4E7KA 4Z4IA 4JRPA 2F8SA 1TKZA 2QXFA 2P5OA 3ZT0A 5KTQA 1LAVA 1VSHA 4E1MA 4Q5VA 3KLHA 3SCXA 4E19A 5C25A 4JS5A 4FK0A 2HMIA 1WSGA 2RN2A 2ZD1A 2R7YA 4E3SA 3E01A 1QQCA 4F2SA 4EP4A 4CGHA 4B9UA 4KO0A 4FLUA 4KTZA 1S1XA 1LWFA 4JLHA 3VQ5A 4N76A 3VQ4A 3QEPA 3HXMA 3KK2A 3AVMA 4M3TA 2Q3SA 4CGJA 4KHSA 3NDKA 2ZQBA 3MXJA 2DY4A 3DYAA 1TL3A 5I3UA 4OVLA 3S9HA 4FW1A 4LSNA 1T7PA 1KFDA 1RTJA 1KVBA 1L3VA 1CXQA 2FBYA 4BE2A 2DFFA 3VA3A 4KRFA 3LP0A 4FLTA 1S9GA 4C8OA 4E7LA 4N41A 4FM1A 2IAJA 2HNDA 1U49A 1VSFA 1JL1A 3B6OA 4LH4A 4HTUA 2D0AA 4FK2A 2OYQA 3U6FA 4I7FA 1IKXA 1TGOA 4FLYA 3OYEA 4CERA 4B9SA 2HHTA 3MEDA 2P1JA 3O3GA 1RNHA 1NJZA 1S9EA 3WNHA 3OYJA 1SKSA 4F3OA 3HSTB 3S3OA 1VSKA 1REVA 4MQ3A 3HYFA 4B08A 4ELTA 4CESA 1X9MA 3LP2A 4W5TA 4QOZB 4DLEA 3VQDA 2PYJA 1J5OA 3LZJA 2YNIA 3CQ8A 2WOMA 4K8XA 4AHRA 1D9FA 3C94A 3EY1A 3NHGA 5KGXA 2YHBA 2IC3A 3D45A 4N5SA 3OYDA 4CEDA 3NE6A 3NFAA 1S6PA 3L2VA 1BI4A 4FJ9A 1FK9A 3AA2A 3OS2A 1T8EA 4ELVA 4DSIA 2BANA 3V81A 4CIEA 2FBVA 4DQSA 3VQ7A 1WNSA 1JLEA 3AV9A 4DSEA 1MU2A 3THVA 4BDYA 1U4BA 3ULDA 3ZCMA 4O0JA 2KFZA 4C8MA 1QTMA 3IRXA 5FRMA 3KKSA 2OPSA 4UQGA 4I9LA 1KLNA 1XC9A 4KHUA 4BDPA 3SV4A 3KLGA 1Q8IA 3OYHA 4JRQA 3RTVA 2JLEA 4CIGA 3DRPA 3MAQA 1RBTA 3DM2A 4CJ4A 2OZSA 4FJKA 3VA0A 4CFBA 3DLGA 1S1TA 3ZSQA 4BACA 1J53A 4DSJA 4M3YA 4AHSA 2Y1JA 4XIUA 1LWEA 4LY7A 1A5WA 3ZSWA 3RRHA 3QLHA 1QHTA 4DLGA 2GV9A 1LWCA 3DLBA 4Z4EA 2YV0X 4C8LA 3OJUA 1RT1A 2Z1IA 4FK4A 5C24A 3BDPA 3O3HA 1NK9A 3ISNC 2HHQA 2ZE2A 4CEZA 2Z1JA 3LANA 3NF6A 4CEOA 3U3GA 2A1SA 4FJJA 1QE1A 2G8VA 2QK9A 4M42A 1TK8A 2YNFA 2HHWA 4QCLA 2KQ2A 2OA8A 1S5JA 1CZ9A 3DRRA 4Y1CA 1U45A 3VQQA 4DSLA 4Z4FA 1HNVA 2G8KA 1SV5A 1I3AA 2BE2A 2GBZA 2IGIA 1WSFA 3WNFA 1NJWA 4E7JA 3HO1A 2KZMA 1VSLA 4KHNA 4RW7A 1VRTA 4E7IA 3K2PA 4FLVA 4NCGA 4J2AA 4GMJB 1SKRA 3SQ0A 1VSMA 3OYIA 1BL3A 4FJNA 3QIOA 1VSIA 3DMJA 4IG3A 3SUOA 3VN5A 3NF8A 3SV3A 4KHQA 2ETJA 5J2QA 1KFSA 4FLXA 5SZTA 1J9AA 1JLBA 2VWKA 1X1PA 1VSJA 3A2FA 3AVAA 3EZ5A 1KSPA 4FXDA 3OYMA 1U48A 4F4KA 2B6AA 4KV8A 3AVCA 1RBRA 2HHSA 4DU4A 4HUFA 1SL0A 3AO3A 2IS3A 1CZBA 3O3FA 4IKFA 1JLQA 4CEBA 4NCBA 2VG6A 3KLFA 3ZT2A 3KLIA 5HRNA 1UA1A 5SWMA 3TABA 4WE1A 4IG0A 5HROA 4CJLA 1LW2A 4DTPA 4OGEA 3HVTA 3OVNA 4LSLA 4CF9A 3QESA 1BCOA 4NYNA 4OKJA 4OPKA 4O4GA 3LPTA 3LAMA 1IH7A 4FJIA 4FJXA 1B92A 3ZT4A 3AO2A 4B8AB 1U04A 4CCHA 3JYTA 4DS4A 5D3GA 3RMBA 3DI6A 4RW8A 3FFIA 5HBMA 2G8WA 5FDLA 4E0DA 4CK1A 1TKTA 3DOLA 1FKPA 4RW9A 3ZSZA 4M3ZA 5EU7A 5FRNA 4KI6A 5KI6A 1BIUA 3TI0A 3QEXA 2OZMA 4C8NA 1JLAA 3TAMA 1Z25A 1C0MA 4DTSA 2LSNA 3QEWA 4CJEA 1NKCA 3KIOA 5HP1A 4FJLA 3KD5E 4FJGA 1WN7A 2OPRA 3LPUA 4DQQA 1JLGA 4F2RA 1HYZA 3V9UA 4CJSA 2E6MA 1TL1A 4J2DA 3C95A 2ATQA 1C0TA 3I0RA 4DTNA 5J1EA 2HNYA 3IG1A 3O4QA 4B9TA 4EP5A 4BDZA 3H08A 4HCBA 5CYMA 3OYNA 3V4IA 3TWHA 2Z1GA 1S1WA 3DRSA 3VQAA 4AHTA 1NK7A 2G8IA 1YTAA 1G15A 2Z1HA 1TAQA 1HPZA 4CJTA 4DF8A 5JS1A 3K59A 3CM5A 3AO1A 3HPGA 4DTMA 4AHUA 3B6PA 4AILC 1WSHA 4CF8A 1WSIA 3LP3A 1HQEA 3AA5X 4H4MA 1NKEA 2O4IA 4CJ3A 4BWJA 1RDAA 3TAGA 4H4OA 1JLCA 2HVIA 1UAXA 1Q9XA 1WLJA 4OKKA 4J2EA 1GOCA 3C6UA 3HM9A 1U47A 4LH5A 4PWDA 3HJFA 4J2BA 3AVFA 5K14A 3K5OA 4CFDA 3K58A 1EX4A 3IAYA 3AO5A 4CF0A 4W5RA 4CECA 1SUQA 3S3NA 3KTQA 3TARA 4AH9A 3RR7A 4TSXA 1KLMA 5T7BA 3KLEA 2E6LA 4GW6A 1IKVA 1C1AA 4MFBA 4O55A 1W9HA 4CEQA 2YKMA 3OY9A 4JS4A 1TVRA 4ICLA 4CJPA 1BCMA 4CIFA 4CJUA 4N47A 1BQNA 4HHTA 1F21A 1TKXA 4FCYA 1NK5A 3V9XA 1VK0A 1YT3A 4M3WA 1BQMA 2GUIA 3MEGA 3OYLA 1ZYQA 3SUQA 3NAEA 3RMCA 3AVNA 4FLWA 4E7HA 1N6QA 1QSSA 4CF1A 3HP6A 4B3OA 4CHZA 4M3UA 3HVRA 3V1RA 2FC0A 3AVKA 2P51A 4CFCA 4CEEA 4CK2A 4E89A 3KK1A 3F9KA 3JSMA 4KREA 3ZSRA 2DTUA 2AJQA 1RTIA 3M8PA 4OKEA 4DFJA 1TK0A 3PUFA 1VRUA 3NGYA 5DK5A 3NGZA 1NJYA 3PX0A 2HHVA 1JKHA 1FXXA 2FBXA 3IS9A 1I39A 4W5OA 3L2QA 1L3TA 1EXQA 5CZ1A 4N56A 4FZZA 1ASUA 5CY4A 5KGWA 1R0AA 1EKEA 1EP4A 4F8RA 4NCAA 1S6QA 2XY5A 4CF2A 3ZT1A 3SJJA 2DFHA 3LDSA 3MECA 4CGFA 1WAJA 2F8TA 5HLFA 4KKOA 1RT7A 4DU3A 1ITGA 3OYGA 5J2MA 2KTQA 4BWMA 4OPJA 5KRTA 3V6DA 2YHAA 2HW3A 3QERA 1HYVA 4FM2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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3LWLA 4GVMA 3G10A 4KHWA 2V7ZA 3LALA 1BO5O 3M8RA 1QS4A 2W42A 4FSVA 1RILA 3CCRN 3PY8A 3PO5A 1X9WA 3OS1A 2ITGA 2EX3A 2HHUA 2QXLA 2VG7A 3ITHA 4CGGA 3UKUA 4CJVA 1RDWX 4KB1A 3AAPA 4YOVA 3TR8A 5AQLA 5F2RA 1ASWA 5AQOA 4CGIA 2UU9K 3DLRA 3DOKA 2X6SA 1RDDA 4YY3K 4EYWA 3CC4N 4AKGA 3NF9A 3OYAA 3CM6A 2X74A 5GADP 5AZJB 1DTTA 3CCMN 2NUBA 4LD0A 4H5RA 4CD1A 2NNWA 4DR4K 4E7KA 3JXUA 2V7YA 4JRPA 4Z4IA 2QXFA 2P5OA 4MO4A 3K2OA 5KTQA 4Q5VA 4GAMC 5C25A 2HMIA 1IBLK 3OA9A 1WSGA 2YJFA 2R7YA 2FSNA 3MK6A 3VGLA 4EP4A 4KO0A 3VEWA 4N76A 3HXMA 3RSEA 2Q3SA 3NDKA 2ZQBA 5LJVA 2DY4A 1TL3A 4FW1A 4LSNA 5M1OA 3LP0A 5AQHA 3TL8B 2QI2A 2IAJA 3B6OA 3QMLA 2D0AA 4FK2A 4FLYA 3H1VX 4CERA 5IT9O 2P1JA 1NJZA 4BRGA 1FZ8E 3V7DB 3HSTB 3UO3A 1S3XA 2FW3A 1VSKA 4CESA 4LF5K 3SAHA 3LP2A 3VQDA 2UYTA 2WOMA 4K8XA 4AHRA 1D9FA 3R8EA 2ZJPL 3NHGA 3C6HA 3OYDA 3HBTA 2P1NB 4OPHA 3NE6A 2JHAA 3WXKA 1BI4A 1FK9A 3OS2A 4A57A 1T8EA 4ELVA 2FBVA 1WNSA 1JLEA 2YB5A 3U8XA 4DSEA 3L0QA 4B1YB 1QQNA 3ZCMA 2HMPA 3PLAA 3MN6A 2YX6A 4B1WB 4UQGA 1ESVA 3GBTA 4KHUA 1HJOA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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