4FJ9A

Rb69 dna polymerase ternary complex with dttp/dt
Total Genus 325
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
325
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title DNA mismatch synthesis complexes provide insights into base selectivity of a B family DNA polymerase.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule keywords DNA polymerase
total genus 325
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-06-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4fj9A05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4fj9A01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4fj9A02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4fj9A06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4fj9A03
3M8PA 4E3SA 5KRTA 1WSIA 1C0UA 4KI6A 1RT4A 1S1WA 4JRPA 1C0TA 2OA8A 3V6DA 4KHWA 1VK0A 3QO9A 3K5NA 3OYLA 1NK6A 4Z4FA 4NCAA 4PWDA 1TL1A 3F73A 1TV6A 5FRMA 3MXMA 1NOZA 3AVIA 3ULDA 1NK0A 2HHTA 3RTVA 4W5RA 2XO7A 4KHQA 4UQGA 4DSFA 2XY7A 4AH9A 2P51A 1GOCA 4GVMA 2E6MA 1ZBIA 4JS5A 1UA0A 3E01A 4I2QA 3D0PA 2WOMA 4KREA 3SV3A 3BGRA 1RDBA 4Q0BA 4BDPA 3H08A 4E19A 1BCOA 3NBPA 4W5TA 3IS9A 4DFKA 2EHGA 4PQUA 4LSLA 4FLYA 2IOCA 1N5YA 5JS1A 3LPTA 3DLEA 1RT2A 1A5XA 3KIOA 4HCCA 3HO1A 1TAUA 3ITHA 4DTMA 3NGYA 4F3TA 4B9NA 1CXQA 1EX4A 4O0IA 3ZT0A 4KI4A 3KK1A 3VQBA 4R5PA 4FVMA 1JLGA 5KRSA 3TARA 3C6TA 3SQ0A 4OJRA 1Z26A 1RCHA 3AVFA 2F8TA 5J1EA 3ISNC 3DI6A 3I0SA 4DTRA 4FJ9A 4FZXC 4LSNA 5HRRA 5I42A 2A1SA 2G8HA 1WSEA 1KFSA 3S9HA 4M3ZA 4CK3A 3OYJA 4E89A 1D9FA 4N47A 2RKIA 2KQ2A 4QOZB 2KTQA 2Q3SA 3LP2A 5DMRA 4CJPA 4YFUA 3SZ2A 1U45A 1KVCA 4C8OA 4KTZA 5J2NA 3K2PA 4CJVA 4KRFA 1RTIA 3VQ8A 3VQ7A 4E7KA 4DLGA 4IG3A 3V4IA 1RT7A 3JSMA 3VQPA 1LV5A 4EZ9A 1JLQA 3VQQA 4OKKA 4IDKA 3RMDA 4O4GA 3OS1A 3KKRA 1XHZA 4FXDA 2HVHA 4H4OA 3RMAA 4C8LA 3C94A 1RBVA 1RTJA 1WNSA 4MFBA 1RDDA 4OKEA 3MEEA 3PX4A 3CQ8A 4AHCA 1IO2A 4W5QA 1U4BA 4M3RA 4CEBA 3KKSA 2B6AA 2D5RA 3KLIA 4B8AB 1SKWA 1JLAA 3V9ZA 3SPZA 4GW6A 4DFJA 1NK7A 1GOBA 3WNEA 3ZT2A 2XY6A 4CJ4A 4B9UA 5D3GA 2FBYA 1T03A 2FC0A 3VQCA 1HRHA 3ZCMA 4HVJA 4CHYA 3DLGA 3CG7A 2G8VA 2HHXA 3PUFA 4DLEA 2Z1HA 1Q9YA 4M3YA 4JLHA 2KFZA 4RW6A 3VQ4A 4CEZA 4FYDA 4Z4EA 3HVRA 1KFDA 4AHTA 3U3YA 4DTUA 1QS4A 1TK8A 3SCXA 1T05A 3K57A 2O4GA 2X74A 1SV5A 2OYQA 1G15A 2HNYA 4ELUA 4BACA 4CGIA 1L3TA 2ZE2A 1VSMA 4O55A 1KCFA 1XI1A 2E6LA 1BI4B 4CIEA 3MXJA 4FCYA 1ZBUA 1L3UA 3V1RA 3TAGA 4CEDA 5KGXA 1CXUA 4CFCA 3NCIA 4DQIA 4EZ6A 4CIFA 4O5BA 1BL3A 1RT6A 4FJ5A 4IKFA 4BWJA 2OPSA 1X9SA 3NAEA 3S3NA 4OLBA 5CY4A 3QINA 4LH5A 3KTQA 2BE2A 3AO5A 2YNFA 5J2MA 1KLMA 1TKTA 2QKKA 3G0ZA 1ZBFA 3KLFA 3LP1A 4FM0A 4ELTA 3ZSXA 3CFRA 3QIPA 3CFPA 3QNOA 1VSEA 3LAKA 2OPRA 4LH4A 1F21A 1ZBLA 4FLTA 3HVTA 4Y1CA 4NCBA 2G8UA 1D5AA 1QQCA 2OZSA 5CZ2A 5FDLA 3OYFA 4O44A 4FM2A 3AO2A 2VG5A 4CEAA 1C1CA 1DLOA 5J2PA 4N76A 4K8ZA 2HHUA 2HHWA 4DU3A 1KVBA 4DS4A 1X9MA 4CJSA 2D0AA 3ZSVA 3BDPA 3ZT3A 3OYDA 4C8MA 2BGGA 1S6PA 4E1NA 4OGEA 3DLKA 1HYVA 3L2RA 4CERA 3P5JA 1SKSA 4DSEA 4FJIA 3IRXA 4OVLA 4J2DA 3VQAA 4DSKA 4F4KA 4OKJA 4MQ3A 1I39A 4JRQA 1VRTA 2G8KA 1KRPA 4KPYA 4FJ8A 2W42A 4DMNA 2KW4A 2OZMA 3VQ5A 3VQDA 1BHLA 2F96A 3KD1E 3SV4A 3V81A 4LY7A 3OYCA 3HM9A 3V9UA 1T7PA 2D0BA 3MEDA 4TSXA 4AHVA 2PYJA 3NF6A 4CK1A 4M45A 1B92A 3UIQA 4FK4A 3RWUA 2ITGA 3CM6A 3T19A 4CHPA 4DWIA 1S1VA 4H8KA 3QETA 1EKEA 3AA2A 4CHZA 4FLWA 3AA4A 3MAQA 1VSIA 3SJJA 2DFFA 3WNHA 4CJLA 1U04A 4F2SA 3NF8A 3HT3A 1NK5A 4B8CA 1XC9A 1J54A 1HMVA 3AVLA 1RBTA 1EP4A 1WSGA 3WNFA 3HSTB 4C8NA 3EYZA 3TR8A 3CFOA 1YT3A 5HLFA 4HTUA 5KI6A 4CEEA 4FW2A 3B6OA 1KSPA 4B9TA 1NKEA 1K6YA 3ZT4A 1EXQA 5HRNA 3S3OA 3NF9A 2QXFA 1S1UA 4DTOA 1C1BA 4CIGA 1CZ9A 3NF7A 3B6PA 1SL1A 4DF8A 3QESA 3ZSOA 4M3WA 1NJXA 1A5WA 4C8KA 4J2EA 3AVJA 4Z4HA 2DFEA 4DTJA 3AVGA 3QEWA 2IDOA 1QSYA 4FJNA 2G8FA 3CM5A 1J53A 1Z25A 4QAGA 2HMIA 2OPQA 3DLHA 4QCLA 4B9MA 4ZTFA 4PA1A 4KTWA 4CF8A 3QLHA 4Q5VA 1TKXA 4N41A 2EX3A 3DLBA 3QEIA 1N6QA 1RBSA 4PY5A 4B9SA 1LW0A 3MXIA 1NK9A 4DSJA 4DTSA 3AVNA 4IFVA 4FLZA 4I9LA 1QSSA 2HB5A 1WN7A 1IKWA 2P5OA 2YNIA 3HJFA 3LAMA 3V9WA 1U48A 3C95A 1ZBHA 2X6SA 3LZIA 3OYGA 1RBUA 3JYTA 4B08A 1LWFA 1FKOA 4CF9A 3LANA 3SQ2A 4J2BA 2HHSA 5DK5A 1EETA 3L2QA 4AHUA 1O1WA 4CJFA 4KO0A 2R7YA 3RRGA 4KTQA 1QHTA 3THVA 1LAWA 3KD5E 4FM1A 1WSFA 4CFDA 3NH1A 1QTMA 1IKXA 2YNHA 1HJRA 3O4QA 4CESA 3DLRA 3QEVA 3NFAA 3M8RA 1BIZA 3SQ1A 1I3AA 2XRIA 1RNHA 4FJXA 2YKNA 4CGHA 4BDYA 4CF2A 1TK5A 4M3UA 3AA5X 5C24A 3VQ6A 4E7HA 4CJ3A 2Z1GA 4NCGA 1DTTA 4NYNA 1JLFA 3MEGA 1NK4A 2GBZA 1RDCA 3OVNA 4CJ5A 1BGXT 3VQ9A 1W9HA 1NJZA 4CGGA 1KLNA 3QEXA 3ZSYA 4DSIA 1VSDA 3PV8A 3AVAA 4CEOA 3LZJA 2I5JA 3KLHA 3ZSQA 1SL0A 3L2VA 4HUEA 2IC3A 4DSLA 1S9GA 4LD0A 4OPJA 4E7JA 1L5UA 2HNZA 1IKYA 2IAJA 3TAFA 4DFMA 2ETJA 1J9AA 5T7BA 1BIUA 3OJUA 3O3FA 1S6QA 3VA3A 1U47A 2JGUA 4BWMA 4IG0A 5J2QA 3TI0A 3KLEA 1JL2A 2XY5A 1HNIA 1SKRA 3AVMA 1X1PA 5CYQA 2QK9A 1CZBA 3SQ4A 1S1XA 4RW7A 1XHXA 4DG1A 3TANA 2AJQA 3ZSRA 1Q8IA 1VSHA 4RG8A 4AHRA 4CJEA 5C25A 4Z4IA 1HQUA 2KZZA 1X9WA 1RTDA 4I2PA 2QKBA 1JL1A 3SUOA 3D45A 1DTQA 3OYEA 5HRPA 4B3OA 4RW9A 5HRSA 1ITGA 1RT1A 5I3UA 1W0HA 3CYMA 3HL8A 1WSJA 4AHSA 3QERA 5E41A 3NGIA 4M3TA 3AV9A 2YNGA 4CJTA 1TKZA 1KTQA 1GOAA 2FBVA 4F3OA 1JLEA 3HXMA 1L3SA 1ZYQA 1TAQA 4XIUA 1C1AA 2GV9A 4CJKA 3RR7A 4W5NA 1A5VA 2RPIA 3C6UA 1D9DA 2G8WA 4GMJB 4HHTA 1HQEA 2Z1IA 1ASWA 4CFAA 3HPGA 3KJVA 4ZHRA 1IH7A 4EP4A 2HHQA 1VSJA 4I7FA 3V9XA 2P5GA 1R0AA 3ZSWA 1UWBA 4FZZA 2KZMA 3SUQA 1UOCA 4F8RA 4CE9A 4M3XA 4KFBA 3OYNA 2Y1IA 2HVIA 1TVRA 5CYMA 3KLGA 3QNNA 3K5OA 4FK0A 3U6FA 1JXEA 1JKHA 2FBTA 3OYKA 3HPOA 1YTAA 3QEPA 3L3VA 5HROA 2P1JA 1FK9A 1NK8A 1WAFA 5HBMA 4IBNA 1SL2A 4DU1A 4CJQA 2VWKA 4BE1A 4E7IA 3P83D 4FZYA 2BDPA 3O4NA 2VG6A 4IFYA 3OJSA 4RW8A 3TAEA 2DTUA 3QIOA 3I0RA 3ALYA 4CGFA 3OS0A 4N5SA 1UA1A 4ELVA 3HPHA 2ATQA 1Q9XA 1BI4A 1LAVA 2YV0X 4CJWA 2X6NA 3LWMA 1JLBA 1FXXA 1BCMA 3NE6A 3SI6A 3NGZA 4ID5A 4DTNA 4KHNA 4DTPA 4I9QA 4KHYA 3G10A 3LP3A 3L2UA 4ZTJA 2HW3A 2ZQBA 1BQMA 3DRSA 3V1OA 4DTXA 3VN5A 1LW2A 4CFBA 3L8BA 3LPUA 3SYZA 4HUFA 2YHAA 3TWHA 1C6VA 2OPPA 4DQQA 1IG9A 1JXBA 3M8SA 3AA3A 3F9KA 4BE2A 1YTUA 4CGDA 3AVCA 2Y1JA 3TAQA 3FFIA 1BISA 1L3VA 3PY8A 2DFHA 3ZSZA 3PX6A 1TL3A 3LDSA 1S9EA 4ICLA 1B9FA 4HCBA 3NHGA 5JS2A 3WNGA 4E7LA 1RBRA 2RN2A 3VA0A 5SWMA 1ASVA 1KVAA 2LSNA 3AO3A 3AVKA 4CJUA 4FK2A 3DM2A 1QSLA 4O0JA 4BDZA 1QE1A 3MECA 3HP9A 1RDAA 2BANA 4Z4GA 4BE0A 4G1QA 3DYAA 1NJWA 1RT5A 2ZD1A 4Y1DA 4CEQA 3DMJA 3OY9A 4HUGA 1TK0A 1TKDA 4CHNA 1SUQA 3ZT1A 1MU2A 1S5JA 3U3GA 3DRPA 1Y97A 1VSFA 3AO1A 3OYBA 4H4MA 4KV8A 2FBXA 4FJMA 1C0MA 4DU4A 1VSLA 5CZ1A 4FLXA 2E4LA 1FKPA 4NYFA 3TAMA 4CK2A 4W5OA 4KHUA 3RRHA 3V1QA 1XWLA 1HPZA 4KB0A 3LALA 3T1AA 3A2FA 3LP0A 4WE1A 5KGWA 1ASUA 5FROA 3OYMA 3RR8A 4DQRA 3RMBA 2GUIA 5KTQA 3K5LA 4CF1A 1HNVA 2B4JA 1RT3A 2KFNA 3SPYA 3HYFA 2IS3A 4OLAA 1NOYA 2YHBA 1T8EA 3PO5A 1HYSA 4K8XA 2PZSA 4KB1A 4B9VA 1WSHA 2PYLA 4E0DA 4FJLA 4DQSA 1B9DA 2G8IA 1YVUA 3NH2A 3EY1A 4JS4A 3OYAA 2JLEA 4DF4A 1VSKA 4Z0UA 5C42A 4RW4A 1LWEA 3O3HA 1HYZA 4ID1A 4CEFA 4FJHA 1IKVA 2DY4A 3K59A 1REVA 3HP6A 3KK2A 4CHQA 2WONA 3S3MA 2D0CA 3ASMA 5FRNA 4DS5A 3IG1A 2HHVA 3VQEA 3SNNA 3PX0A 1J5OA 2Z1JA 4B9LA 2NUBA 4M41A 5EU7A 1RTHA 1WAJA 3IAYA 4DFPA 4F2RA 1S1TA 5K14A 4M42A 3L2WA 1NJYA 1TGOA 4CECA 4FJ7A 2VG7A 3DOKA 3RMCA 1NKCA 4L8RB 3L3UA 3TABA 3EZ5A 4CF0A 4PUOA 4AILC 3AVBA 3PO4A 2XY8A 1WLJA 1NKBA 3O3GA 4Z4CA 3HK2A 4N56A 5SZTA 4OGCA 3AVHA 4KAZA 2B5JA 3LWLA 1RILA 4DQPA 2HNDA 4CHOA 3OYIA 4KHSA 3KK3A 1U49A 2A1RA 2IGIA 3DRRA 2O4IA 3TAPA 2RF2A 2F8SA 1VRUA 1LWCA 2XHBA 3V9SA 2YKMA 4E1MA 4EP5A 3NH0A 3M8QA 4FJGA 1CLQA 3P1GA 4FLUA 1UAXA 4KKOA 4CGJA 3OS2A 3K58A 4YNQA 5HP1A 1BQNA 4FW1A 3NDKA 3DOLA 1JLCA 2X78A 4CJRA 4OPKA 3SUNA 4FJJA 3AO4A 2VWJA 3K5MA 3T3FA 3SUPA 4CCHA 4J2AA 4FJKA 4FLVA 3OYHA 1D8YA 2PY5A 3I8DA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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3AO2A 5J2PA 1DLOA 2HHWA 4DU3A 4G9ZA 4DV4K 4DS4A 4ADNA 1X9MA 4OPAA 3BDPA 2UXDK 4K41A 3MCAB 1HPMA 5BRHA 4J2DA 4DHYA 3AY9A 4JRQA 2G8KA 1HLUA 3VF6A 3KD1E 3IKMA 3SV4A 3A5NC 3HM9A 3V9UA 1T7PA 2YI1A 4TSXA 3CI5A 1B92A 3UIQA 2GWJA 3RWUA 3J81O 3F5TA 4DWIA 4H0OA 2P9IB 4CJLA 2DFFA 3WNHA 4F2SA 4H0PA 1YHQN 4FPAA 1HMVA 1YITN 3WNFA 3HSTB 3L6QA 3CFOA 1M90O 4QNCA 1VQLN 1KSPA 3ZT4A 4YDUA 3S3OA 3HOTA 1C1BA 2UUAK 3PSIA 4OX9K 4DR4K 2A40A 3EN9A 3AVGA 3QEWA 3CC2N 4FJNA 1TYQB 3OBWA 1Z25A 3SLCA 3VGKA 4ZTFA 4BGAA 5TKYA 3QLHA 4FWSA 5FPNA 4N41A 2EX3A 3QEIA 1N6QA 1RBSA 1U2VB 3O80A 3MXIA 1OKJA 1NK9A 3AVNA 1GLAG 2P9KB 1WN7A 4IOAL 2P5OA 1XVEE 3IDHA 1U48A 2FF3B 2NLXA 3O8MA 1RBUA 3JYTA 4B08A 4CF9A 3LANA 2HHSA 3C6NB 1EETA 5DM6L 3N1BA 4AHUA 1O1WA 4CJFA 5CHIA 5KQ8A 4KO0A 5JICA 2R7YA 4KTQA 1QHTA 3QICA 4KH6A 3GG4A 4CBXA 1X9JA 3MK6A 3NH1A 2UXBK 1QTMA 4YOYA 1IKXA 1HJRA 3O4QA 3SQ1A 2XRIA 4FWRA 2YKNA 4ISFA 4BDYA 3AA5X 4L3QA 5BRDA 1FZHE 4C23A 2UYTA 3CCRN 2P9IA 1JLFA 4C1NI 3OVNA 4CJ5A 1NJZA 3O08A 3VEXA 4CGGA 3THWB 1T44A 4AKGA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4JKE A;  1C0U A;  3V6D A;  2HHH K;  3RSE B;  2YX6 A;  4PKH A;  1TL1 A;  4EP9 A;  1E3M A;  4WFA L;  1NOZ A;  3AVI A;  2GEL A;  1NEX B;  1NK0 A;  2XO7 A;  4GVM A;  2PBD A;  4JS5 A;  3DXM B;  4QS9 A;  1HR0 K;  3D0P A;  3LDL A;  3H08 A;  2NNW A;  2V52 B;  4W5T A;  3IS9 A;  4PQU A;  2EHG A;  1ATR A;  5DM7 L;  4JKF A;  4FLY A;  2IOC A;  4X66 K;  1FZ1 E;  1N5Y A;  2P1M B;  4ISG A;  1RT2 A;  4HCC A;  3ITH A;  1XVC E;  5AQU A;  4F3T A;  5AQS A;  4GV3 A;  4FL9 A;  4BRD A;  4R5P A;  1JLG A;  2O8E B;  3ATV A;  5C0Y A;  4DKW A;  3AVF A;  5J1E A;  3DI6 A;  4DTR A;  3BUZ B;  2A1S A;  1FZ2 E;  3H1V X;  4JNE A;  4E89 A;  3SMS A;  4QOZ B;  2KTQ A;  2Q3S A;  3LP2 A;  3D6R A;  1MTY G;  3SZ2 A;  1KVC A;  1QVG M;  4C8O A;  2ZWH A;  5J2N A;  4KRF A;  2E2O A;  4E7K A;  4DLG A;  4Y0W A;  5TKW A;  3OS1 A;  2HVH A;  3RMA A;  3E9O A;  4OKE A;  3ENB A;  4W5Q A;  3E66 A;  4CEB A;  2GX9 A;  3VTH A;  3O9R A;  2D5R A;  3VOV A;  4JV5 K;  1FZ7 E;  2QM1 A;  3O9U A;  4DFJ A;  3CQY A;  3WNE A;  3ZT2 A;  1V4S A;  4CJ4 A;  2E2N A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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