4FJHA

Rb69 dna polymerase ternary complex with dgtp/dc
Total Genus 331
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
331
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title DNA mismatch synthesis complexes provide insights into base selectivity of a B family DNA polymerase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DNA polymerase
molecule tags Transferase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 331
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-06-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4fjhA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4fjhA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4fjhA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4fjhA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4fjhA03
3MEEA 1VRTA 1JLAA 1GOCA 4H4OA 3VQBA 4CJ5A 4DSFA 1S1UA 4KV8A 4CIGA 3PX6A 2HMIA 2D0AA 1VSJA 4Z4GA 2KFZA 4DU1A 4Z4FA 5CZ2A 2P5OA 3M8PA 3WNHA 3L2WA 3WNEA 4CEBA 4B9MA 1FKPA 3ZSVA 1Z25A 1WSHA 3OYBA 4M45A 1NK7A 4PQUA 1Z26A 4CERA 3HVRA 4BE0A 3SUOA 4B9VA 2HHQA 3UIQA 2HNDA 2BGGA 2JLEA 3A2FA 2R7YA 1ZBIA 3G0ZA 3NH2A 1XHZA 4NYFA 2B6AA 2YNFA 4LD0A 1BQNA 1TL3A 1XI1A 3S3MA 2HNZA 1KCFA 4M3RA 3ITHA 2FC0A 1U48A 1BCOA 3HVTA 1HJRA 2XY8A 3AO1A 4FYDA 1L5UA 3MEGA 4O4GA 1FKOA 3ZT3A 4AHTA 1VSHA 5J2NA 2GUIA 4E3SA 1VSDA 3OJUA 4N41A 2F8SA 3O4QA 4QOZB 3NF6A 4CJKA 2HVHA 1RT4A 3AVNA 1S1XA 5KTQA 4DFJA 4E1NA 2FBVA 4FJNA 1BIUA 1WSEA 2P1JA 3KD1E 1LAVA 3OYKA 3AV9A 4KKOA 1QSSA 1KLNA 4ELTA 1KTQA 3I0SA 1QE1A 4M3UA 2LSNA 2OPQA 1ZBUA 5EU7A 4CGFA 5J1EA 2HB5A 4OPKA 4DFPA 4CEFA 4FZYA 2G8VA 4OGEA 4J2AA 1ASUA 4F2SA 2HHVA 3OYLA 2HHSA 4CFDA 3C94A 3QIPA 4OVLA 3L2QA 4AHUA 1WNSA 1LW0A 3QERA 2XRIA 3QINA 4ID1A 3VQ5A 3P1GA 4CEDA 2YNGA 2YNHA 4DQIA 2AJQA 1YT3A 1ASVA 3CG7A 2O4GA 1JL1A 2G8FA 5D3GA 1EP4A 1KVCA 4CF8A 1UWBA 4K8XA 3LZJA 3HM9A 5KGXA 4DTJA 2IDOA 2DFFA 3MECA 4FJXA 1TKTA 3DMJA 2A1RA 2HW3A 2HHTA 4BE1A 3VN5A 1TKDA 2DFEA 1JLGA 2KZMA 3QESA 4W5QA 4B8AB 2OPPA 3THVA 4CFCA 3ZSWA 3LP2A 1S1TA 2KZZA 4RW9A 1Q9YA 4B8CA 3DLKA 1VSMA 4CHYA 4FJKA 1J9AA 1JLFA 3OYCA 4DQSA 3TANA 1WSFA 1HYVA 4C8KA 3HPOA 1EXQA 4DFMA 3V9SA 3AVJA 4FZXC 2YKNA 3VQEA 3KLFA 1CXUA 4M3ZA 1SL1A 3EZ5A 1NK9A 2PZSA 3NF8A 4C8MA 1J54A 2X74A 4FJGA 1CXQA 1LWCA 2B4JA 2F96A 4CGJA 3EYZA 3RMAA 1SKRA 1L3VA 1VSFA 1BL3A 4IFVA 1BIZA 3L2RA 3BDPA 1VSKA 1BHLA 1SV5A 1RDCA 1DTQA 3F9KA 3LAKA 3SQ1A 3AO5A 1UA1A 2Z1GA 3DLBA 3ZSRA 5CYMA 2QK9A 3KLHA 1EKEA 1NK4A 3TI0A 4FVMA 1SL0A 4B9LA 1Y97A 3SZ2A 5HLFA 1WAJA 3ZSQA 1QSLA 2OPRA 1S1WA 3AVMA 4FW1A 1LWFA 5CZ1A 1JLQA 1TVRA 4JLHA 2QKKA 5FRNA 1NK6A 3HO1A 3L3VA 4CJQA 3U3GA 1NJWA 2KFNA 5HBMA 1HYSA 4DG1A 1RTIA 4FK4A 4O5BA 1A5WA 4OGCA 1GOAA 1BISA 3MXMA 3DYAA 2ZQBA 1I3AA 3CM5A 1HRHA 1YTUA 3RMDA 2X6NA 2HVIA 3QEIA 4LY7A 2DY4A 3VA0A 2G8KA 1C0TA 1VRUA 1S6PA 1RBTA 2JGUA 1LWEA 3P5JA 4OKKA 3SI6A 4CK3A 3TAPA 2XY6A 3PY8A 4FJHA 4KI4A 3IRXA 2PY5A 4Z0UA 3V9WA 4M3YA 5I3UA 3NGYA 1HNIA 3NF9A 3OYGA 4E7LA 3K59A 3LPUA 1RT6A 4ELVA 4Z4HA 3PX4A 1KFSA 4IBNA 1N6QA 1XC9A 2IC3A 3RRHA 3ZCMA 3OS0A 1NKBA 2OPSA 4E89A 3TAMA 1C0MA 3DRPA 1RCHA 4CJ3A 5C25A 3L2VA 3DOLA 3P83D 1N5YA 3H08A 2X78A 3KK1A 1K6YA 4CEAA 1TK5A 3QNNA 4J2BA 3IS9A 3M8QA 4CJFA 1KVAA 3SYZA 5FRMA 1G15A 4BDYA 1IKWA 4FK0A 1JXEA 2ETJA 1ZBLA 3HP9A 4H8KA 1FXXA 1X9SA 4C8NA 4CJTA 2VG7A 1UA0A 1TAUA 3DLEA 4G1QA 1WSJA 4KPYA 2BDPA 1A5XA 4KTZA 1BI4A 4CJPA 1R0AA 1U49A 1W0HA 3RRGA 3KTQA 2YHBA 3I0RA 3JYTA 2QKBA 1X1PA 3LWLA 4KHUA 1B9FA 1RT7A 2FBXA 2YV0X 3KD5E 3TWHA 2Y1IA 1REVA 3OY9A 4AILC 1UOCA 4ELUA 3T19A 2BANA 4FJIA 4FLWA 3KKRA 4F2RA 4Z4EA 2Q3SA 4HUGA 3RMCA 1IH7A 1S9GA 4O0IA 4E7HA 4FLZA 4DTXA 4DF8A 3ASMA 1RTHA 3ALYA 1B92A 3EY1A 3DI6A 4UQGA 2OZMA 1Q8IA 4BDPA 4B3OA 4DS5A 1HMVA 1RILA 4Y1DA 4JS5A 4B9UA 4BWJA 1C0UA 1T7PA 1TV6A 4DSKA 4FLTA 3OYFA 3VA3A 1NK0A 3VQ8A 1UAXA 3LP3A 1F21A 1JLCA 5CYQA 1RDAA 3LP1A 4CK1A 1QS4A 3CM6A 3O3HA 1NJZA 4F3OA 4HCCA 3F73A 3LAMA 1NJYA 4O44A 3PV8A 3SPZA 3QIOA 4ICLA 4CGGA 1NJXA 4GW6A 3ISNC 3SQ4A 2OA8A 4CFBA 4AHCA 4GVMA 4CJWA 3PO5A 3SJJA 4KB1A 1LAWA 1NOYA 1U4BA 1JKHA 3NAEA 4B9TA 3NF7A 3NGZA 4CGIA 3SUQA 5KI6A 4F4KA 1ZBHA 5FDLA 1BQMA 1HQUA 4CIEA 2HHUA 4CF9A 3AVFA 3QEVA 3I8DA 3HK2A 4DTUA 4FJ5A 3ZSXA 4FJ7A 1D8YA 4E1MA 4I2PA 2HHXA 3V4IA 4HUFA 2FBYA 2RPIA 1RT3A 3AA4A 1QTMA 4DTMA 4CECA 3QNOA 4ZTFA 4BDZA 4FJJA 1YVUA 1HPZA 4N76A 4FJ8A 4CJ4A 4CJRA 2Z1IA 4YNQA 3L2UA 3AVCA 4EZ6A 3LALA 3ZT0A 3TR8A 4CIFA 3O3FA 2I5JA 4B08A 4Q0BA 5FROA 5JS2A 2WOMA 3VQ6A 2X6SA 2DTUA 3AVBA 4B9NA 3S3OA 2A1SA 4LSNA 1CZ9A 4Z4IA 3B6OA 5KRTA 5DK5A 1C1AA 2B5JA 1KRPA 4NYNA 1SUQA 3G10A 4DTSA 3WNGA 1O1WA 4CF0A 2W42A 1HNVA 5SWMA 4RG8A 4AHSA 3D45A 4NCBA 3LZIA 4N47A 4CF1A 4J2DA 4YFUA 1U47A 1RNHA 4M3WA 1U04A 3KLIA 4J2EA 1BI4B 4DWIA 1NOZA 4E7IA 3QEWA 4FK2A 3QEXA 2KW4A 4CJLA 4W5RA 3OYIA 4Y1CA 3RMBA 4ZTJA 2D0BA 1IO2A 2ZD1A 3DRRA 3OS1A 3U6FA 3M8SA 1T03A 4PA1A 1CLQA 4C8LA 3OYMA 3L3UA 5HRRA 1W9HA 3U3YA 2G8WA 1I39A 4FJLA 3K2PA 4E0DA 1VSIA 1C6VA 3DLRA 4DU4A 3SNNA 1VSLA 5HRSA 4F3TA 3O3GA 5I42A 1IKVA 4RW4A 4I2QA 3AVLA 4IG3A 1RBSA 4ZHRA 5HRNA 5J2PA 3SQ0A 1JXBA 1GOBA 4FLXA 4I7FA 5DMRA 5SZTA 1WLJA 1KFDA 3HPGA 1D9DA 1TL1A 1TKZA 4DSEA 3D0PA 1NKCA 1WN7A 2IGIA 2ITGA 3AVHA 3SQ2A 4ID5A 3TARA 1SKWA 1NK5A 3FFIA 1TGOA 2PYLA 5KRSA 3MXIA 4H4MA 1T8EA 2IS3A 4QCLA 1RBRA 5HROA 2HHWA 1JLBA 4TSXA 5K14A 4N56A 2VWJA 3HYFA 1ASWA 3V9UA 1HYZA 4CJEA 1KLMA 3AA2A 3SPYA 4FLVA 3AO2A 3HT3A 3SUNA 2VWKA 3V1OA 4R5PA 1RTDA 1DLOA 4O55A 1D9FA 4Q5VA 3RR7A 1KSPA 3SUPA 3NFAA 4GMJB 5E41A 4FCYA 4CHPA 2YKMA 3HSTB 3K5NA 3TAQA 4CHZA 3NGIA 1BGXT 4M41A 4LH5A 3K5OA 4K8ZA 1TK0A 4EZ9A 4EP5A 2G8HA 4XIUA 3V1RA 2D5RA 3DM2A 4PUOA 1EX4A 3QETA 3L8BA 1BCMA 3AVKA 3O4NA 4PWDA 3E01A 4CGHA 3SV4A 3ZSYA 2HNYA 3V6DA 1U45A 3CYMA 2BE2A 4M3XA 4CJUA 5J2QA 3BGRA 4HCBA 4NCAA 3C95A 1VSEA 3DLGA 3NDKA 4N5SA 2PYJA 1XHXA 2IOCA 4CF2A 4DFKA 4KHWA 1NK8A 3TAFA 4E7KA 1C1BA 4DF4A 4KHYA 3OYEA 3NCIA 3JSMA 3HXMA 1SL2A 3OYHA 3LP0A 3LDSA 1J53A 1RT2A 2G8IA 2E4LA 4M42A 1B9DA 3VQQA 4AH9A 4OKEA 3OYDA 4DSJA 1RBVA 4MFBA 4CK2A 4FM0A 3CFRA 4FLYA 1KVBA 3C6TA 5HRPA 3OYNA 3KLEA 1TKXA 4DQQA 1NKEA 3RR8A 4FZZA 2YHAA 4CESA 4FM1A 4CE9A 4O0JA 3OJSA 2XO7A 4HHTA 2GV9A 2E6LA 4KFBA 2XY5A 1LV5A 3K5MA 3B6PA 1TAQA 4BWMA 4I9QA 3VQ9A 4OPJA 1X9MA 1DTTA 4W5NA 4JRPA 3ULDA 3NE6A 4IKFA 3NBPA 3RTVA 1SKSA 4KREA 1S9EA 3AO3A 3NH1A 1RT1A 1WSGA 4CHNA 2RF2A 3AVAA 4C8OA 4I9LA 4FLUA 1WSIA 2RN2A 1IG9A 3PO4A 4W5OA 2KTQA 2XHBA 1T05A 4OLBA 3VQ4A 2E6MA 3S3NA 3V81A 3K58A 4JS4A 2YNIA 3T1AA 3CFPA 4DTPA 4HUEA 5C24A 4KTQA 3TAEA 1ZBFA 4IFYA 4CHQA 3KK2A 4CEZA 4DLEA 3KK3A 4IDKA 1D5AA 1FK9A 2OZSA 3ZT1A 4NCGA 4DU3A 1RDDA 2VG6A 3ZT2A 2G8UA 3IAYA 4QAGA 3K57A 4FW2A 4DS4A 4DTNA 4OLAA 3IG1A 3VQCA 3AA5X 4RW6A 2ATQA 4CJSA 4KB0A 4RW8A 2ZE2A 3QO9A 4MQ3A 3NHGA 3OYAA 1RBUA 4DTRA 4CHOA 4E7JA 1S5JA 1ZYQA 2NUBA 1J5OA 4KTWA 3VQPA 2OYQA 3KJVA 4W5TA 1XWLA 3T3FA 4F8RA 4M3TA 1CZBA 3QLHA 3MXJA 3V9ZA 1QSYA 3MEDA 2XY7A 1ITGA 2VG5A 3DRSA 3K5LA 4DMNA 4PY5A 4CEEA 5T7BA 5HP1A 3ZT4A 4HVJA 3TAGA 3PUFA 3NH0A 3VQDA 1Q9XA 4KHNA 2WONA 3AO4A 3HL8A 1RDBA 2FBTA 3KLGA 3C6UA 3M8RA 3HJFA 3KKSA 3AVGA 3AVIA 4DQPA 5JS1A 4LSLA 4RW7A 4E19A 3DOKA 1RT5A 3KIOA 4CFAA 2F8TA 1JL2A 3MAQA 4L8RB 2EX3A 1L3SA 4CCHA 3S9HA 4JRQA 3V9XA 2KQ2A 1VK0A 4BACA 3VQ7A 4KAZA 3RWUA 1YTAA 2GBZA 3LWMA 1A5VA 1C1CA 4CGDA 1QHTA 3ZSOA 4CEQA 2EHGA 1EETA 3AA3A 3HPHA 1TK8A 5C42A 4FJ9A 4LH4A 4OKJA 4DSIA 4FJMA 3OYJA 4FXDA 5KGWA 3OS2A 4KRFA 1L3UA 1WAFA 2O4IA 3TABA 4KHQA 3LPTA 4AHRA 4B9SA 1LW2A 3QEPA 2IAJA 2QXFA 4IG0A 2P51A 3ZSZA 4DQRA 1X9WA 4FM2A 1S1VA 1S6QA 3CFOA 2D0CA 5J2MA 1L3TA 4OJRA 5CY4A 4DLGA 4CJVA 4KI6A 4KO0A 4BE2A 4EP4A 1HQEA 3SCXA 1QQCA 2DFHA 3DLHA 3OVNA 4CEOA 4Z4CA 4DTOA 1JLEA 1IKYA 1IKXA 3SV3A 4DSLA 1MU2A 4HTUA 1RTJA 3LANA 2RKIA 3VQAA 3HP6A 3V1QA 4AHVA 3CQ8A 3WNFA 4KHSA 2P5GA 2Y1JA 2Z1JA 3PX0A 4WE1A 2Z1HA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3VF4 A;  1JLA A;  4CJ5 A;  3PX6 A;  3MX5 A;  4Z4G A;  1S1U A;  4KV8 A;  2KFZ A;  2KZZ A;  1R59 O;  1HKG A;  5CZ2 A;  3L2W A;  3ZX2 A;  4CEB A;  2O8F B;  1Z25 A;  2P9K B;  4PQU A;  3HOT A;  2FW3 A;  2P9S B;  4GVE A;  3UIQ A;  1ESV A;  4H0T B;  2JLE A;  1ZBI A;  2NRX A;  3G0Z A;  1XHZ A;  4NYF A;  2B6A A;  4JI1 K;  2A3Z A;  1U48 A;  3O80 A;  1NMN A;  1HJR A;  4FYD A;  3MEG A;  1JW2 A;  1VSD A;  3NF6 A;  4CJK A;  3AVN A;  5KTQ A;  4E1N A;  1GLF O;  4M3U A;  5EU7 A;  4OPK A;  2W40 A;  4DFP A;  4CEF A;  4OGE A;  5A2Q O;  3J27 A;  4OVL A;  5BRF A;  1LW0 A;  3R6M A;  3QER A;  2GTD A;  4ID1 A;  3VQ5 A;  2E2N A;  2YNG A;  1ASV A;  4G9Z A;  1KVC A;  1UWB A;  3VEX A;  3LZJ A;  4WFN L;  1VQK N;  4DTJ A;  3MEC A;  2DFF A;  4FJX A;  1TKT A;  3VN5 A;  4BGB A;  5CE3 A;  1VQ5 N;  4HTL A;  3LP2 A;  4RW9 A;  4H0P A;  3WQU A;  4FJK A;  1JLF A;  4DQS A;  4BR7 A;  1P22 A;  2YKN A;  3BF3 A;  1SL1 A;  5EXW A;  4C1N K;  5ADX A;  1J54 A;  4FSV A;  2B4J A;  2F96 A;  2QEX N;  4EAH D;  3L1N A;  4NXM K;  4GV9 A;  4NO7 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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