4FJHA

Rb69 dna polymerase ternary complex with dgtp/dc
Total Genus 331
100200300400500600700800900050100150200250300
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
331
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
100200300400500600700800900800600400200
050100150200250300Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transferase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
publication title DNA mismatch synthesis complexes provide insights into base selectivity of a B family DNA polymerase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DNA polymerase
total genus 331
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-06-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4fjhA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4fjhA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4fjhA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4fjhA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4fjhA03
1QSLA 1S6PA 2HNZA 3SYZA 2RPIA 3LP0A 2HHTA 1HYSA 1GOAA 3SI6A 1LAWA 4NYFA 2E6MA 1S1UA 1HYVA 3L2VA 3MXIA 2VG5A 1CXUA 3AA4A 3ZT4A 1NK0A 2G8VA 4ELUA 4FW1A 4CK3A 5JS1A 3DMJA 4C8NA 2YV0X 3AO3A 3HYFA 4LSLA 2Y1JA 2DFFA 3G0ZA 5J2NA 1QE1A 4B9LA 2KTQA 1KFSA 3NH1A 4FW2A 1ZBIA 3AA3A 1HNVA 3SV4A 1S1WA 4ZTFA 1VSJA 4ID5A 3TABA 2DFHA 3B6OA 2I5JA 4CK1A 2PYJA 1WN7A 3AVCA 2HHXA 3CFRA 1S9EA 3ZSZA 1RCHA 3NHGA 4B8CA 4KI6A 3WNEA 1A5WA 3LP1A 2IAJA 5HROA 4CJEA 4BACA 4C8LA 1XI1A 4OGCA 4LH4A 3B6PA 3SNNA 3VA0A 3NH0A 4M3UA 3VQ8A 2HB5A 3ULDA 4DLEA 1RBUA 1QQCA 3CFOA 1LWCA 3DM2A 1RDCA 3QINA 3OS0A 3C6TA 3AVAA 3ZCMA 2X6NA 2HNDA 4W5NA 1J53A 3D45A 3NGYA 4FJLA 3K5OA 1VRUA 3QO9A 1XHZA 2ZE2A 1VSIA 3U3GA 5HP1A 3AVIA 4LH5A 1TK0A 4K8XA 3NF6A 3ZSYA 2W42A 4FZYA 3O3GA 3HT3A 4DSKA 2XO7A 3NFAA 4CJLA 2G8WA 1RBVA 2P1JA 1FKPA 4CGDA 4DTUA 4FJMA 3LDSA 3DRSA 3IS9A 4ID1A 4KTZA 5T7BA 3OYHA 1ZBUA 1J9AA 1U4BA 1L3UA 4DTPA 3HP9A 4DSJA 2O4IA 4FLTA 1HRHA 3KKSA 4FM2A 4E1NA 5I42A 1C6VA 3QEWA 1SKWA 4I7FA 1UWBA 2FBYA 1KLNA 4OPKA 3SCXA 1JLEA 4HUGA 5KGXA 3D0PA 1KLMA 1CLQA 3P83D 4AHCA 1KVBA 2X78A 4FK2A 3KTQA 4B9UA 2G8KA 2DFEA 4DSEA 4W5TA 4FK0A 3QEIA 1U49A 4PY5A 4BE0A 4NCBA 2GBZA 2HHSA 2P5OA 3OY9A 1BI4A 4CF1A 4BDZA 4Z4GA 4W5QA 1RT6A 1KVCA 3C6UA 3LZJA 1F21A 3CG7A 2P51A 1RTIA 1IKXA 3AV9A 1X9WA 3OYJA 3ZT3A 3ALYA 3LP2A 4CFDA 1HNIA 3VQ5A 3HP6A 3T1AA 4IG0A 3KK3A 5J2MA 4Z4FA 4AHSA 3IAYA 1I39A 4O4GA 1NOZA 4DTJA 3ZT0A 1NK5A 1X9SA 5HRNA 4CEDA 2OZSA 1C1BA 3RRGA 3AA2A 3V1OA 1MU2A 4HCCA 3OYFA 4KAZA 3ZSWA 3AO5A 4FJ9A 4GMJB 4UQGA 1D8YA 3LAMA 3LANA 1ZBFA 2ITGA 4CF8A 1QSSA 1YVUA 3OYIA 3CYMA 1I3AA 4CF2A 4PUOA 1KVAA 4M3WA 3VN5A 4LY7A 3L2RA 3RR7A 4F3TA 3LWLA 2LSNA 1RDDA 2IGIA 4FJHA 4C8MA 4KHNA 2G8IA 4HHTA 5HLFA 5HRPA 3NDKA 4FJ8A 2ZD1A 2OPRA 3T3FA 4RW8A 1NOYA 4EZ9A 1JLCA 1C0UA 5C25A 3SV3A 4KI4A 2BANA 4DTOA 2XRIA 1UA1A 3PY8A 4H8KA 1JLQA 3P1GA 1CZBA 1TVRA 3MEGA 1O1WA 4DSLA 1RT5A 1B92A 1NJXA 4CJVA 4JRQA 3AVNA 4CIGA 1B9FA 3DLEA 4CF9A 3QETA 1TKXA 1DTQA 4DS4A 2KFZA 3KLIA 1ASWA 4OLBA 3MEEA 2HVHA 2FC0A 2OZMA 3TAMA 4Y1CA 1RT1A 1VSLA 2YKMA 2A1SA 3AVHA 3C95A 1RTJA 4N47A 4E19A 3OYGA 1LW2A 4KV8A 3L2UA 3RR8A 4F2SA 3C94A 3OVNA 3OYLA 4DQIA 4CGGA 4RW6A 4FYDA 4KO0A 4CJTA 1XC9A 1WSHA 2WONA 2OA8A 4M42A 3DLKA 1QHTA 1ASVA 3DRPA 1HQUA 1RDBA 1VK0A 3OYMA 3KK1A 4F8RA 1KTQA 1Q8IA 2B6AA 4PA1A 4OKJA 4E7HA 4FJ7A 3VQEA 4FJNA 1DLOA 3K59A 1WAFA 1WSGA 4I9LA 3RMDA 4CESA 3TAFA 4CJKA 2QKBA 4H4MA 4RG8A 4FZXC 4B3OA 1WLJA 3QLHA 1L3VA 1RBRA 5DMRA 4E7KA 3M8SA 1NJWA 5SWMA 4DF8A 3L3UA 4DWIA 4KB0A 1FKOA 1IH7A 2HNYA 2ETJA 1CZ9A 4CJUA 2VG7A 4E7IA 1NK7A 1TKDA 1Z25A 4CHOA 3DLBA 4HCBA 2XHBA 3HSTB 4DSIA 3I0SA 2QXFA 4DF4A 4CHZA 3SQ2A 1UA0A 1FK9A 1BIZA 1JXBA 2YNIA 4CJPA 3TAQA 3QEXA 3RTVA 1T7PA 3L8BA 3TWHA 1N6QA 3O4QA 4I2PA 2OYQA 4DFJA 1EXQA 2GV9A 4FLWA 1SV5A 5DK5A 5FROA 1NK4A 4O0JA 3L3VA 4RW7A 5CYQA 3L2QA 1WSIA 1RT3A 5KGWA 3L2WA 4E7JA 1TGOA 1RT7A 3AVJA 3VQ4A 4CHNA 3DI6A 3HVRA 4KKOA 4G1QA 3M8QA 1UAXA 4PQUA 4J2DA 4AHUA 4FJ5A 3KLEA 4KTWA 3CFPA 1QS4A 3ZT2A 4C8KA 4PWDA 3MEDA 3M8RA 2F96A 1SL1A 2DTUA 3V9WA 1ZBHA 1K6YA 3WNGA 4DTNA 2A1RA 1LV5A 4M3TA 3LALA 3SUPA 1IG9A 3VQBA 1BHLA 2OPSA 4CHQA 1L3TA 3SPZA 3QEVA 3S3MA 4DTRA 2OPPA 2YNHA 3WNFA 2JLEA 4B9SA 4M3YA 4CGHA 1S6QA 4DQPA 1D9FA 5K14A 1NK9A 1UOCA 5KTQA 3AVGA 4N56A 3V9UA 1SUQA 3PX0A 4B9TA 1EP4A 4Y1DA 4BWMA 1VRTA 3SZ2A 3NE6A 1JL1A 3OYKA 4KTQA 4DMNA 2Q3SA 5FRMA 1C0MA 1XWLA 3HPOA 2HHWA 3S3OA 2IOCA 3NF9A 1L3SA 1KFDA 1JLFA 1VSKA 1JXEA 3NBPA 4O55A 3VQPA 1VSFA 3OS2A 5C42A 2YHAA 4RW9A 2YNFA 4Z4EA 2QK9A 3ZSRA 3HL8A 3O3HA 1GOCA 2G8UA 1SL2A 1LAVA 3OJSA 4CGFA 3I8DA 4CEOA 1X9MA 3V6DA 4CEQA 5FRNA 2G8HA 2O4GA 1TAQA 2XY7A 1NKEA 3V9XA 2HW3A 3LWMA 2RN2A 5HBMA 3HVTA 5HRRA 4FJGA 4DTSA 1Z26A 4J2EA 2IS3A 4M3XA 2YHBA 4BE1A 1NJZA 1IKYA 3V1QA 2R7YA 4CK2A 3CM5A 4DLGA 4FLZA 3CQ8A 1EX4A 3E01A 4FCYA 1BQMA 3JYTA 3P5JA 3ZT1A 4KB1A 2KZMA 3VQCA 1HMVA 2PY5A 3AA5X 1EETA 1WSEA 4FM0A 1REVA 4KRFA 1YT3A 2BE2A 3TANA 4FLUA 1VSHA 1RDAA 3TAPA 4FJXA 1NJYA 1RNHA 4EZ6A 4IG3A 2RKIA 3TARA 4M3RA 4CJQA 3SPYA 1RILA 4FVMA 4Z4CA 2KZZA 1YTAA 2D5RA 3MECA 4HTUA 4F3OA 4CERA 4BWJA 1TL1A 3OS1A 1ITGA 4FXDA 4E3SA 4LD0A 3TR8A 2AJQA 3S9HA 4KPYA 3AVKA 2X6SA 3I0RA 4FJKA 3VQ9A 1QSYA 1A5XA 2HHVA 1IO2A 1BGXT 4CF0A 1U48A 1NK6A 1TKZA 4KHQA 5J2QA 2F8SA 1BCOA 4B9NA 3LPUA 3QIOA 1BQNA 4OKEA 3TAGA 1HYZA 3NH2A 3EZ5A 4MFBA 1XHXA 4YFUA 1IKWA 2Y1IA 1SKRA 5CZ2A 4N41A 4N76A 4KREA 3KIOA 4IDKA 1SKSA 4IFYA 4K8ZA 4LSNA 2XY5A 4CCHA 1T05A 3DLGA 4CGJA 4YNQA 4E7LA 2VWKA 4IBNA 3NF8A 2B5JA 2VWJA 4FLXA 2JGUA 4RW4A 2XY6A 2B4JA 4Z4HA 3VQ6A 5J1EA 4XIUA 2EX3A 3SQ4A 3QNNA 2NUBA 4OVLA 4HUFA 5CZ1A 3HK2A 3CM6A 3NGIA 3KD5E 4JS4A 1TAUA 3VA3A 1GOBA 1L5UA 3RWUA 4W5RA 1VSDA 1KRPA 2ATQA 4I2QA 1D9DA 3HPHA 4AHTA 3PUFA 3QESA 4GW6A 3DLHA 4DU1A 3RRHA 1ZBLA 4HVJA 3KD1E 3KLHA 3V1RA 5CYMA 3U3YA 2PYLA 2IC3A 2E4LA 4WE1A 3PO4A 4BDYA 4FK4A 1RTDA 3SQ0A 3KKRA 4CEAA 4ELTA 5KI6A 3EYZA 4CJ5A 1IKVA 3F9KA 3ZSOA 4EP4A 3V9SA 5C24A 2Z1IA 2D0BA 2X74A 3WNHA 3OYEA 1G15A 1WSFA 2D0AA 1U47A 2G8FA 3KLGA 4F4KA 3S3NA 1RBSA 3K5MA 1SL0A 1VSEA 1TV6A 2XY8A 1NK8A 4CJFA 5CY4A 4DTMA 3ISNC 1JLBA 1Y97A 4DU4A 4B08A 3NF7A 3KLFA 2ZQBA 5FDLA 2F8TA 4AH9A 1FXXA 1TKTA 3VQDA 1TL3A 1U04A 3EY1A 3PO5A 4E0DA 3BGRA 1JL2A 3ZSQA 4DFMA 1W0HA 4Q0BA 4C8OA 4F2RA 4ICLA 3U6FA 4BE2A 2P5GA 3HXMA 3K5NA 2BDPA 3O3FA 3QERA 1ZYQA 3HJFA 1LW0A 1WSJA 3DLRA 3V4IA 1TK8A 4NCAA 4DU3A 3NGZA 1JLAA 4AILC 2D0CA 2PZSA 1N5YA 1BI4B 4DQQA 4OGEA 3QIPA 1S1VA 5HRSA 4CEBA 4DSFA 3V9ZA 3QNOA 3K5LA 4JS5A 1HPZA 3NAEA 3AVMA 3OJUA 4O5BA 1A5VA 2VG6A 4GVMA 4Z4IA 4EP5A 4CIFA 3VQAA 4Z0UA 1RTHA 4CE9A 3HM9A 3AVFA 3MXJA 3A2FA 3M8PA 3TAEA 5J2PA 4B9MA 3AO1A 2IDOA 4IFVA 4M41A 3RMAA 2Z1HA 4O44A 3JSMA 5I3UA 4KHSA 4Q5VA 4CFAA 4O0IA 3K57A 3AVBA 1NKCA 3KJVA 4NYNA 3THVA 4FLVA 2DY4A 4AHVA 1C1CA 2RF2A 4CHYA 2BGGA 3SUQA 1Q9XA 2KQ2A 1RBTA 4E89A 1QTMA 1J54A 5D3GA 1JKHA 4OKKA 3OYBA 4FM1A 2Z1GA 3OYCA 3HO1A 3SJJA 1VSMA 4FJIA 1T03A 2KFNA 2OPQA 1S5JA 1YTUA 3IG1A 1T8EA 4CJRA 3QEPA 2FBVA 1ASUA 2YNGA 4E1MA 4DS5A 1S1XA 4CFBA 3TI0A 1KSPA 2KW4A 3K2PA 3F73A 3HPGA 1BL3A 3T19A 3OYAA 1WNSA 1BIUA 4NCGA 4ZTJA 3G10A 3DRRA 5JS2A 3SQ1A 4FLYA 4CHPA 2HVIA 3LPTA 1B9DA 3OYDA 1LWEA 3KK2A 3K58A 4R5PA 1HQEA 2Z1JA 4BDPA 2WOMA 4L8RB 4CIEA 4CEFA 2HMIA 2FBTA 2HHUA 1X1PA 4KHWA 4M45A 3RMCA 1W9HA 1DTTA 1R0AA 2FBXA 1U45A 1EKEA 4DFKA 1CXQA 3DYAA 4N5SA 1J5OA 1RT4A 3DOLA 3VQ7A 3MAQA 3V81A 1TK5A 3BDPA 4CJSA 3O4NA 3LP3A 5EU7A 4KHUA 5E41A 1KCFA 1S1TA 2YKNA 4B8AB 4CFCA 4CJWA 4CECA 4H4OA 1S9GA 4B9VA 4OLAA 3ASMA 4DQRA 1WAJA 4FZZA 3ZSVA 1BISA 4CJ3A 2EHGA 4QOZB 2HHQA 3SUOA 3UIQA 4JLHA 1JLGA 1Q9YA 3PV8A 3IRXA 3ZSXA 3PX4A 2E6LA 3AO4A 4QAGA 1RT2A 4KHYA 1NKBA 1HJRA 3NCIA 4DFPA 4ELVA 4AHRA 3LZIA 3VQQA 3FFIA 4CGIA 4CEEA 1D5AA 3ITHA 4DQSA 4DTXA 4QCLA 4DG1A 3PX6A 4W5OA 4J2AA 5SZTA 1C1AA 4ZHRA 3RMBA 4J2BA 4IKFA 3DOKA 4JRPA 4OPJA 5KRTA 4MQ3A 3LAKA 1LWFA 4CEZA 3MXMA 2QKKA 1BCMA 3AVLA 4OJRA 2GUIA 5KRSA 3SUNA 4FJJA 3H08A 4I9QA 4TSXA 1C0TA 4KFBA 3AO2A 4M3ZA 3OYNA 4CJ4A 4HUEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1TK5 A;  3BDP A;  4CJS A;  3O4N A;  3LP3 A;  5EU7 A;  4KHU A;  5E41 A;  1KCF A;  1S1T A;  2YKN A;  4B8A B;  4CFC A;  4CJW A;  4CEC A;  4H4O A;  1S9G A;  4B9V A;  4OLA A;  3ASM A;  4DQR A;  1WAJ A;  4FZZ A;  3ZSV A;  1BIS A;  4CJ3 A;  2EHG A;  4QOZ B;  2HHQ A;  3SUO A;  3UIQ A;  4JLH A;  1JLG A;  1Q9Y A;  3PV8 A;  3IRX A;  3ZSX A;  3PX4 A;  2E6L A;  3AO4 A;  4QAG A;  1RT2 A;  4KHY A;  1NKB A;  1HJR A;  3NCI A;  4DFP A;  4ELV A;  4AHR A;  3LZI A;  3VQQ A;  3FFI A;  4CGI A;  4CEE A;  1D5A A;  3ITH A;  4DQS A;  4DTX A;  4QCL A;  4DG1 A;  3PX6 A;  4W5O A;  4J2A A;  5SZT A;  1C1A A;  4ZHR A;  3RMB A;  4J2B A;  4IKF A;  3DOK A;  4JRP A;  4OPJ A;  5KRT A;  4MQ3 A;  3LAK A;  1LWF A;  4CEZ A;  3MXM A;  2QKK A;  1BCM A;  3AVL A;  4OJR A;  2GUI A;  5KRS A;  3SUN A;  4FJJ A;  3H08 A;  4I9Q A;  4TSX A;  1C0T A;  4KFB A;  3AO2 A;  4M3Z A;  3OYN A;  4CJ4 A;  4HUE A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3SYZ A;  2A3Z A;  2HHT A;  1MWM A;  3SI6 A;  4NYF A;  2OCE A;  4ELU A;  3MDQ A;  3DMJ A;  3J27 A;  2Y1J A;  4YOV A;  3G0Z A;  2UXC K;  3AAP A;  3SBT A;  4B9L A;  1N34 K;  4FW2 A;  3O9Q A;  2ZF5 O;  4CZJ A;  3AA3 A;  1HNV A;  4CZE A;  2Q31 A;  1G99 A;  4ID5 A;  1OH8 A;  3TAB A;  1MA9 B;  1MWK A;  2HHX A;  4FWL A;  1C0F A;  1RCH A;  1FJG K;  4B8C A;  4BR0 A;  2HBJ A;  4CJE A;  4DV5 K;  1TYQ B;  1HNW K;  4WYB A;  4NLB A;  3NH0 A;  5EXW A;  3ULD A;  1QQC A;  3VGM A;  2QWN A;  3C6T A;  2HND A;  3NGY A;  3D45 A;  2VCP A;  5AQN A;  1TK0 A;  1RFQ A;  4FZY A;  3O3G A;  4CJL A;  5AZI A;  1MHY G;  2YCH A;  2RE2 A;  4KTZ A;  4ID1 A;  1L3U A;  4HWI A;  5I42 A;  4E1N A;  3QEW A;  4I7F A;  5KGX A;  2HBM A;  3DAW A;  3KTQ A;  4B9U A;  2DFE A;  4DSE A;  2YHX A;  2P5O A;  4WQ5 A;  1KVC A;  3CG7 A;  1BOT O;  3ZT3 A;  3WXK A;  3O80 A;  3M3Z A;  3HP6 A;  1NGG A;  3KK3 A;  3HOS A;  3SAH A;  4AHS A;  3IAY A;  4X5M A;  2P1M B;  1ATS A;  4CED A;  2OZS A;  3OYF A;  1QZ6 A;  4FJ9 A;  3CJA A;  3PIO L;  1BG3 A;  1GLE G; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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