4FJIA

Rb69 dna polymerase ternary complex with dctp/dc
Total Genus 321
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
321
sequence length
903
structure length
903
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transferase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
publication title DNA mismatch synthesis complexes provide insights into base selectivity of a B family DNA polymerase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DNA polymerase
total genus 321
structure length 903
sequence length 903
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-06-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4fjiA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4fjiA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4fjiA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4fjiA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4fjiA03
4DTOA 3NCIA 4AILC 4FYDA 4DQRA 4E19A 3PX4A 1RTJA 2Z1HA 3SQ2A 3LZIA 1BIZA 3U3GA 1SL0A 4DFJA 2OPRA 3SNNA 4CIGA 1RILA 1NKBA 1JKHA 2P1JA 1A5WA 3G0ZA 2DFEA 4NCGA 2PYJA 2KFNA 1Q8IA 3MEDA 1NK4A 3ZT3A 1UA0A 3KLGA 4FZZA 1D8YA 3A2FA 3WNGA 4QOZB 3OYGA 4FLUA 2X6SA 4DQQA 3LZJA 1JXEA 1Q9YA 1QE1A 4KV8A 1BCOA 3ZSQA 4DWIA 4DTUA 4I2QA 3KLEA 1DTTA 3B6OA 3KLIA 4JS5A 4PWDA 4RW9A 4Y1DA 1JL1A 4GW6A 2Q3SA 2LSNA 1CXQA 3AVAA 3ZSZA 4AHUA 3AVKA 4DSKA 3SQ4A 2ATQA 2OPPA 2XRIA 4OPJA 1BQNA 4RW8A 3PX0A 1S9GA 3RRHA 1X1PA 4CJWA 4M45A 2FBXA 1L5UA 3CM6A 5SZTA 1IKXA 3ALYA 4LSNA 2E6LA 2NUBA 4I9LA 3CG7A 3CM5A 3DLBA 3RMCA 3AA5X 4DQIA 1BHLA 4DSFA 1BISA 3TAQA 3OVNA 5HBMA 4OGCA 5KI6A 3DOKA 1CZBA 3ULDA 2YKNA 4CJPA 4B8AB 1RT1A 2PYLA 1ZBIA 3OYJA 2EX3A 1SKSA 3QETA 4KRFA 1RDBA 3OS2A 1JLGA 2AJQA 4GMJB 1LV5A 1SUQA 2ZQBA 1S6QA 2P51A 4FLYA 4BE2A 3VQ5A 4CJVA 4CGFA 2HNZA 3LP2A 1ZBLA 1QTMA 4MQ3A 1TK0A 1FXXA 1LW0A 1W0HA 4JLHA 4W5QA 1B9FA 3KK1A 4CFDA 4DU1A 4NCAA 3IG1A 4M3RA 4W5RA 3U6FA 3T19A 1IO2A 4FLTA 1I3AA 1L3UA 1HMVA 4CHYA 4OVLA 2QK9A 3CYMA 3NAEA 4BE1A 1UAXA 3L2QA 4NCBA 4J2DA 2ETJA 3AVGA 4CF8A 4CJLA 1TKTA 4CESA 4Z4CA 1Z26A 1XC9A 2OA8A 1KFDA 3HL8A 3NGYA 4DU4A 3NH1A 1HYSA 2HHQA 4KFBA 4DTJA 4O0JA 1FKOA 1N5YA 4KKOA 3VQ8A 1HYVA 4FJLA 1REVA 3SV4A 1HNIA 1LWFA 3M8PA 4LH4A 4CGIA 1TK8A 3S3OA 4B9TA 4HCBA 1TKXA 3LAMA 3MAQA 4DSLA 3AVIA 4Q0BA 1U49A 5J1EA 5DMRA 4RW6A 2Y1IA 2OPSA 4ZTJA 3K2PA 1RDCA 1O1WA 3IRXA 4CFBA 4O0IA 2YNIA 1RTDA 1RBRA 5J2PA 1RDAA 2YNFA 2Y1JA 4N76A 4PUOA 3ITHA 4MFBA 4CJRA 2HHTA 3HPGA 2YNHA 1VSFA 1K6YA 1C0UA 3TWHA 4E7IA 1C1BA 2X6NA 1DTQA 3QEXA 1UOCA 2IS3A 4KTZA 1S1UA 4IDKA 1EETA 2XY6A 3TI0A 3D45A 3CFRA 1C1CA 4N5SA 1WSHA 1Y97A 4BWJA 1NJYA 1X9SA 1BGXT 4O5BA 1X9MA 4HHTA 3PO4A 3HYFA 1YT3A 1D9DA 4L8RB 4DLEA 4PA1A 1QSSA 4DTNA 1QSLA 4O4GA 4DSIA 3NBPA 3ZSYA 3KLFA 1B92A 1WLJA 4HUGA 3U3YA 2DY4A 4FLVA 3LDSA 3V81A 4F4KA 1FK9A 1YVUA 3KIOA 2B5JA 5I3UA 4DQPA 4FK4A 1A5VA 3HPHA 3BGRA 2YHAA 3VQDA 3CFOA 2IC3A 4CEZA 3WNEA 1VSEA 5CYMA 4O55A 3AA3A 3VQCA 2D0CA 4DF8A 1S6PA 4CHOA 1NK8A 3L3UA 3QINA 3T3FA 3OYEA 2F96A 5FDLA 1HNVA 4IFYA 3P1GA 2A1RA 5J2QA 3JYTA 1QS4A 2FBTA 4CHQA 3TABA 1TAUA 3NF6A 3M8RA 3ZSOA 3K5OA 3SQ0A 4CGGA 4Z0UA 4F2RA 3KLHA 1T8EA 1HQEA 4CJEA 3TR8A 1F21A 1KLNA 4EZ9A 1N6QA 1TL3A 4FJJA 4NYFA 3NF9A 4CJKA 4DG1A 4FJKA 1EXQA 1MU2A 3HP9A 1D5AA 3QIPA 4J2AA 4R5PA 1TK5A 4B9NA 3O4NA 3OYNA 5KGWA 2JGUA 3SI6A 3RWUA 1IKYA 4ELUA 4EZ6A 1LWEA 4M42A 1HPZA 4DSJA 3HJFA 1S1WA 4RW7A 4E89A 4J2BA 1C0TA 1J5OA 2G8VA 3P5JA 2YV0X 2P5OA 4AHCA 4J2EA 2XY5A 3BDPA 4FLWA 2D5RA 1RBVA 3TAMA 3LPUA 2RKIA 3QNNA 1LAVA 1NKCA 1NJZA 3QESA 4WE1A 3ZT2A 3T1AA 4AHRA 1XHZA 1Z25A 3ASMA 3AVNA 3HSTB 4W5OA 3I8DA 5C24A 3RRGA 4KHWA 1JLQA 4I2PA 3VN5A 2X74A 3ZSVA 3OYLA 1RTHA 4KB1A 4CJQA 1U48A 2GV9A 1GOBA 2FBVA 1RT7A 4EP4A 3QEIA 3PV8A 4N41A 3L8BA 4KHSA 1BL3A 3QO9A 3RMBA 3RMAA 1KTQA 1RCHA 3L3VA 4OLAA 3LP3A 4CHPA 4CEEA 4C8MA 1NK6A 3AO4A 3DRSA 2VG5A 1VSJA 4G1QA 4H4OA 4N47A 3ZSWA 4C8OA 4KI4A 4Z4EA 1J9AA 1SKWA 3HK2A 1DLOA 3OJSA 3DLEA 5KTQA 3K5NA 1KVBA 4CEQA 4ELVA 2OZSA 3NE6A 3NF8A 3OYMA 1YTUA 4AHVA 2VG6A 3NGZA 3SV3A 3ISNC 3V9SA 4CFCA 3TAPA 1BCMA 4CJ4A 3NH0A 2G8UA 2F8TA 4FM1A 1LAWA 1VSMA 2EHGA 2KTQA 3CQ8A 1WSGA 5C42A 1S1VA 3OJUA 3C6UA 4FZXC 4C8KA 1S9EA 3UIQA 4CK2A 3F73A 3SZ2A 3MEEA 3LP1A 5K14A 3NHGA 4N56A 2G8FA 1VSIA 4B08A 3SJJA 3SUNA 1JLAA 5HRNA 4M3ZA 2WONA 3OYBA 1KCFA 4CJ5A 1R0AA 4JS4A 5JS1A 4BDZA 4W5NA 5CYQA 1CZ9A 3G10A 4QCLA 2HB5A 3DI6A 4H8KA 4CE9A 5CZ1A 4CJ3A 3PO5A 4FJ5A 3O3GA 3V9UA 4DS4A 2ZD1A 3LALA 5HRRA 4KO0A 4FJGA 4BWMA 4CCHA 4FJ9A 3S9HA 2B4JA 2XO7A 3SUPA 4KI6A 4IBNA 4IFVA 4IG3A 3VQ6A 4E1MA 3VQ4A 4AHTA 4DFKA 3HO1A 2XHBA 4FCYA 2OYQA 3KK2A 1IG9A 3QEVA 1KSPA 4OLBA 2HHSA 4CGJA 2IGIA 3EZ5A 3PY8A 2HHXA 3KKRA 2BGGA 1G15A 2GUIA 1NOYA 1JL2A 3AVMA 2RPIA 1S1XA 2HNYA 3S3MA 3OS0A 4FM2A 3AVCA 3SUOA 1QHTA 4ID5A 1IH7A 2P5GA 4CEOA 1NK5A 1D9FA 3RR7A 2BDPA 1NJWA 1L3TA 4UQGA 4BDYA 4ZTFA 1WSFA 3O4QA 4OKEA 3DRRA 4DU3A 3SYZA 2JLEA 4CF1A 3NH2A 4FVMA 3OYIA 3DLHA 2G8KA 2YHBA 1SKRA 1HRHA 3EYZA 3MEGA 1ZYQA 3VQQA 4M3WA 3AO5A 5KGXA 3AA4A 3PUFA 1NJXA 4FJIA 4BE0A 4CERA 1Q9XA 4B3OA 1XWLA 5KRSA 1HJRA 3DLRA 4CJUA 3V6DA 3KKSA 2W42A 4KTQA 3KJVA 4HUEA 3HVTA 4Y1CA 2R7YA 1RBSA 1EKEA 3AVLA 2KZMA 3IAYA 5D3GA 3LWMA 2DTUA 4FJXA 4KHUA 1I39A 2G8HA 1SL2A 2B6AA 3KK3A 4DTMA 1XHXA 5DK5A 3ZT0A 5J2MA 4DTSA 1RT4A 1S5JA 4B9UA 4KAZA 1C1AA 3TAFA 1C0MA 4DQSA 4QAGA 4CJFA 1T7PA 5E41A 2O4IA 3F9KA 1KRPA 2HW3A 1BI4A 2XY7A 4B9VA 3P83D 3HVRA 4CEDA 4FK0A 4FLZA 3OY9A 1WNSA 3DYAA 3DOLA 3ZSRA 4TSXA 3OYAA 1XI1A 3RTVA 3C6TA 2DFHA 3K5LA 4OKJA 1TV6A 3B6PA 5HP1A 1VRTA 3DLGA 4NYNA 4F3TA 2HVIA 4DTRA 4E1NA 1JLBA 3MXMA 4F8RA 4K8XA 4FXDA 1EX4A 3KD1E 1NK7A 4H4MA 4CHZA 1KFSA 1LW2A 4CECA 5CY4A 1IKWA 1C6VA 3VA3A 1U4BA 4M41A 4B9LA 5T7BA 4FLXA 1W9HA 1GOCA 4LY7A 4GVMA 1WAFA 1VSKA 2BANA 4Z4FA 2VG7A 3SPYA 2BE2A 3OYDA 3AVHA 2D0BA 1WN7A 4BDPA 1KVCA 1ZBUA 1HYZA 4YNQA 3ZSXA 3C94A 3AA2A 3RR8A 4KTWA 1CLQA 3LANA 3V4IA 4HUFA 1NK0A 2OZMA 4I7FA 4CGHA 5FRNA 3ZT4A 4ZHRA 3KD5E 4ELTA 1TKDA 4M3TA 2I5JA 1HQUA 2PY5A 2HMIA 1RT3A 1LWCA 1RTIA 4KPYA 1JXBA 4E7HA 2FC0A 1UWBA 3HM9A 4YFUA 1FKPA 1RT2A 1ZBFA 3L2WA 1NOZA 1ITGA 3VQAA 3D0PA 1U47A 3CFPA 3C95A 3TAEA 4XIUA 2XY8A 1S1TA 4Q5VA 4Z4GA 4E7LA 1ASWA 1QQCA 3I0SA 4CF9A 3EY1A 1NKEA 1X9WA 1QSYA 2HNDA 3TARA 3QEPA 5J2NA 1BQMA 1RBTA 4CJTA 1NK9A 4CF2A 1WSEA 3NDKA 1SL1A 5HLFA 1T03A 3QIOA 4FJHA 1EP4A 2HHWA 3V9WA 1RDDA 2IAJA 4M3XA 2ZE2A 3HP6A 3DM2A 1ZBHA 4FW2A 4DTXA 4JRPA 3OYHA 4DFMA 3MXJA 3E01A 4B9SA 1VK0A 1TVRA 3VQPA 4CEFA 3O3HA 3MECA 1ASVA 3V1RA 2FBYA 3AO3A 4C8LA 4E0DA 4FJNA 1A5XA 4PY5A 2F8SA 4FZYA 1BIUA 1YTAA 3NFAA 2Z1GA 3HXMA 4FJMA 1ASUA 3TAGA 4FK2A 1VSHA 2YKMA 2VWJA 4ID1A 4LD0A 3VQ9A 3M8SA 4KB0A 4IKFA 1JLCA 2G8IA 4EP5A 5SWMA 3VA0A 3OS1A 3QLHA 1KVAA 4FM0A 4O44A 3L2UA 4DSEA 3MXIA 4CIEA 1SV5A 3FFIA 1RNHA 3LPTA 2RN2A 3IS9A 1J54A 4RW4A 1TAQA 1JLEA 5HRSA 2O4GA 2IDOA 4CK3A 4OKKA 4DMNA 4CFAA 4DFPA 4I9QA 3H08A 4IG0A 4Z4IA 1RT6A 2PZSA 4KHNA 4C8NA 4CEBA 4W5TA 4F2SA 2DFFA 3K58A 4E7KA 4DF4A 5HROA 2HVHA 4FJ7A 4OJRA 4K8ZA 5EU7A 3SUQA 2KZZA 3QEWA 2KQ2A 4FW1A 4M3YA 4AHSA 4CGDA 3HPOA 3OYCA 4HTUA 1U45A 3LP0A 1J53A 2G8WA 3LWLA 4CIFA 5JS2A 2OPQA 4DTPA 3WNFA 3RMDA 3DLKA 3DRPA 5HRPA 2QKKA 5FRMA 4KHYA 1U04A 4CK1A 3AVJA 3OYFA 3V9XA 4CJSA 1IKVA 3WNHA 3AV9A 3AVFA 3M8QA 1WSIA 4B9MA 2E4LA 3AO1A 2E6MA 4JRQA 3TANA 3ZCMA 3L2RA 1L3SA 2X78A 4M3UA 4CEAA 2WOMA 3THVA 3S3NA 1WAJA 3KTQA 3AO2A 1JLFA 2QXFA 4Z4HA 3JSMA 1T05A 4HVJA 1CXUA 3ZT1A 4DS5A 4CF0A 4E7JA 1TL1A 4OGEA 2Z1IA 3NGIA 4F3OA 3DMJA 4FJ8A 1UA1A 2GBZA 3O3FA 5FROA 3NF7A 1VSLA 3L2VA 3V1OA 1TGOA 2ITGA 3V9ZA 1KLMA 1WSJA 4PQUA 2IOCA 1RT5A 1B9DA 2YNGA 1L3VA 4KREA 1VSDA 4RG8A 3VQBA 4B8CA 1BI4B 4LSLA 1GOAA 3I0RA 2VWKA 2D0AA 4CHNA 3SQ1A 3OYKA 1RBUA 3K57A 2KW4A 2Z1JA 3HT3A 4E3SA 1TKZA 4ICLA 4BACA 3PX6A 4OPKA 2HHUA 2A1SA 3LAKA 4AH9A 5KRTA 3K59A 5C25A 3SPZA 2HHVA 3VQ7A 5I42A 4KHQA 3SCXA 2RF2A 2QKBA 3QNOA 3QERA 5CZ2A 3AVBA 4DLGA 3K5MA 3V1QA 4HCCA 4LH5A 3VQEA 2KFZA 1VRUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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4CJEA 1F21A 1KAZA 1GLEG 3SBGA 4B1XB 1TL3A 4NYFA 3A8YA 4AKHA 1EXQA 4R5PA 1TK5A 1K8KA 3O4NA 3THWB 2GWJA 3BP8A 1FZ0E 3HJFA 2G8VA 2VQEK 3TAMA 2RKIA 1LAVA 1NJZA 3QESA 4DUYK 3T1AA 1XHZA 2D0PA 1Z25A 3AVNA 5FPEA 3I8DA 3RRGA 1JLQA 2KKZA 1OH7A 2GV9A 4A5AA 4QS7A 4N41A 2ZWHA 4KHSA 4CZLA 3RMAA 1RCHA 4OLAA 4CHPA 4G1QA 3CJAA 1K8AO 4OPHA 3ZSWA 4KI4A 2Q31A 2F4VK 1G99A 1SKWA 3HK2A 1YUWA 4BRAA 5KTQA 4CEQA 3NF8A 1QQNA 5AQVA 2FSNA 1LAWA 2EHGA 5AQQA 4HWIA 3CQ8A 1WSGA 5C42A 3UIQA 4CK2A 1XNRK 1VSIA 1NG9A 2IVOA 2WONA 3CPWM 1NWKA 5AQIA 4DS4A 2ZD1A 3FZFA 1FZ1E 2A41A 4FJGA 1BU6O 4C1NI 2OTLN 4FJ9A 2B4JA 2MMBA 3AGKA 3TU5A 3SUPA 4IG3A 5AZJB 1VQ4N 3N4PA 4E1JA 2HHSA 4XH5A 3SLCA 4U7BA 1X9JA 3PY8A 1FZ7E 2BGGA 4CBUA 1G15A 3O4WA 2H3GX 3TL8B 3CJ1A 5AQOA 2QW9A 3AVMA 3HGLA 1S1XA 2WBNA 1NGCA 1IH7A 1D9FA 2A3ZA 3MMVA 2BDPA 4BDYA 2JLEA 4XH1A 4CF1A 4FVMA 4DR1K 1MWKA 3R1XA 5KGXA 1TYQB 2JWKA 4V19S 1Q9XA 3VF6A 4X5MA 4PL8A 5AQHA 3V6DA 3QB0A 3VEWA 3KJVA 1U2VB 5AQLA 3ZT0A 1RT4A 2JHCA 3TAFA 3O1WA 4DQSA 4JI5K 1NMDA 3F9KA 2HW3A 3AAPA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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