4FJIA

Rb69 dna polymerase ternary complex with dctp/dc
Total Genus 321
100200300400500600700800900050100150200250300
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
321
sequence length
903
structure length
903
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF
100200300400500600700800900800600400200
050100150200250300Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transferase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
publication title DNA mismatch synthesis complexes provide insights into base selectivity of a B family DNA polymerase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DNA polymerase
total genus 321
structure length 903
sequence length 903
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-06-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4fjiA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4fjiA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4fjiA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4fjiA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4fjiA03
1L5UA 1RT2A 2YNGA 4FZYA 1VSEA 3M8RA 2KFZA 3DOLA 1NKBA 3V9XA 3AVCA 2PZSA 3G0ZA 2OA8A 1SL0A 4I9LA 3NCIA 3DRSA 4HHTA 4BE0A 3PV8A 1HQEA 2Y1IA 3KD1E 1S5JA 4KHUA 1RTJA 1S1VA 1Z26A 2ZD1A 2HHUA 4KI4A 3HL8A 5HRNA 4DFMA 3ZSXA 2QK9A 4W5TA 4RW8A 1C1BA 3VA0A 3HP6A 2F8TA 2HVHA 2PY5A 4BE2A 3U3GA 4FZXC 4O4GA 4DTNA 4CJFA 5J2MA 4KHNA 4PQUA 1ASVA 4CJLA 4O0IA 4DSLA 5J1EA 4DSJA 3MAQA 3V1RA 3I8DA 1YVUA 4FJJA 4EP4A 3ZSOA 2FC0A 3AO2A 3AVNA 3MXJA 1BISA 3KLEA 3NF6A 4DLEA 3RMDA 2E4LA 4B9SA 4M45A 4RW7A 3RR8A 3TAGA 4CF1A 2G8IA 5K14A 2X78A 2OPSA 4CEAA 1XI1A 3KLHA 3RWUA 3NDKA 2P51A 3M8QA 3ALYA 2X6SA 4DMNA 2G8HA 4M3XA 1IKYA 3AVHA 4HUEA 1A5VA 5HRRA 4CCHA 3MEEA 5HBMA 4HUGA 2P5GA 4C8MA 1FKPA 4RG8A 3TANA 1CXUA 1IKXA 3KKSA 4CJWA 3SNNA 4FW2A 3RRGA 4OLAA 4Z4IA 4J2AA 3CFOA 3QEPA 4QOZB 1TKTA 1W9HA 1YTUA 2JLEA 3AA2A 1QHTA 1VRUA 4H8KA 1X9WA 3ZCMA 1NKEA 2BANA 1D5AA 4ELUA 3QNOA 1NK4A 1KVCA 4DU1A 3SQ2A 1RT4A 4CK2A 3OYHA 3LWLA 4Q0BA 2HHXA 2KW4A 4KHQA 1C0MA 3LPUA 4CEQA 4IBNA 1RBTA 4UQGA 3O4NA 1TK5A 4NCAA 4FCYA 5J2NA 1HJRA 2O4GA 2XY8A 4CJ4A 4HVJA 4K8ZA 3TI0A 3AO5A 3QESA 1HMVA 4CESA 3RMCA 1NK7A 1VSLA 4OKKA 3OYEA 3PX0A 3LPTA 4LY7A 2WOMA 4B9VA 4Z4CA 1UAXA 4KREA 5HRPA 3AO3A 4BWJA 1KRPA 2RN2A 1DTQA 2I5JA 1TVRA 2BE2A 4FLUA 4E19A 4DSKA 2YHBA 1BQMA 3HJFA 3OYAA 2Z1HA 4CJRA 2HHVA 3ZT2A 3ZSWA 1RDAA 3ZSQA 3VQDA 4IFVA 4DLGA 5HRSA 4FM1A 3K58A 3B6OA 2Z1JA 3K57A 1NOYA 4LH4A 4DSFA 4DF8A 3DRRA 4DG1A 3L2UA 3MECA 3TWHA 3E01A 3NE6A 3VQCA 1D9DA 1RT1A 1VSMA 1RTHA 1X1PA 3S9HA 4CHNA 3OYDA 1X9SA 3HO1A 4DTSA 1JXBA 1BGXT 3HT3A 3CQ8A 2GUIA 3CFPA 3LZJA 1CZBA 3IG1A 3ZSYA 1KCFA 3NGYA 4C8OA 1QSYA 2XHBA 4M3ZA 5CYQA 2XO7A 1U45A 2Q3SA 2XRIA 1TAQA 1XHXA 4CF0A 4FJKA 4CGIA 3RMBA 3SJJA 3NH2A 5FDLA 2QKKA 4KHYA 3K5MA 1DTTA 4OGCA 1BL3A 3ZSZA 4R5PA 1IG9A 1VSIA 3ASMA 4KFBA 4Y1DA 1NK0A 1TK0A 3TAEA 1S1XA 3LP0A 4AHUA 4FLZA 2IOCA 1EX4A 1QSSA 2ITGA 1ITGA 1ZYQA 4N56A 3RRHA 5HLFA 4BE1A 4IFYA 4CFCA 4OKEA 4AHCA 4CJUA 2VG6A 3S3OA 4W5NA 3LZIA 4CERA 4EZ6A 3KD5E 1RNHA 3V9UA 1BI4B 1S9GA 4DQIA 2X74A 1CZ9A 3VQAA 3VQQA 4CE9A 1QS4A 4JRPA 4FJHA 1TKDA 5DK5A 3TAMA 4E89A 4PUOA 3DLEA 1T7PA 4ID5A 4AHSA 1TAUA 1IH7A 2HNDA 4NYNA 3M8SA 2EHGA 3OYIA 1O1WA 1A5WA 2DFHA 4M3YA 3QEXA 3SUPA 1B9DA 5KGWA 3HPHA 1L3VA 1RBUA 3VQ5A 3OJUA 1JLAA 1UA1A 1C0TA 1UWBA 2HNYA 3I0SA 3P1GA 1UOCA 4M42A 5KRTA 1XHZA 4CHQA 3SV4A 3NGZA 3C6TA 1KLNA 4IG3A 4B9MA 2D0CA 1QSLA 2O4IA 1BHLA 1J54A 4KI6A 1RTIA 2IGIA 4O44A 1ZBIA 4C8NA 4O0JA 4CGGA 1B92A 1U04A 3DRPA 4NYFA 5KTQA 2G8UA 2KZMA 5CZ2A 1BCOA 2P1JA 2ATQA 2HHWA 3NH1A 4B9NA 4KHSA 4TSXA 1SKWA 3L3VA 1NJWA 3O3HA 1ASUA 1RDDA 5EU7A 5KI6A 5C24A 1GOAA 2XY5A 2BGGA 3AO4A 1SKRA 1LV5A 4FK0A 2XY6A 4B9LA 3DOKA 3QEIA 3QETA 3VA3A 4FM2A 4J2DA 3SQ1A 4FJMA 1SKSA 3AVJA 1S1UA 5C25A 1VSFA 4CGJA 1J9AA 3AVFA 1REVA 4CHZA 3CM5A 2HHSA 4AHVA 1LW2A 2BDPA 3AO1A 2Z1GA 3NFAA 3AA3A 1Q9XA 4E7LA 2IC3A 4CJPA 4OGEA 4N76A 2IAJA 3FFIA 3AVLA 4E7KA 4I7FA 2YV0X 4FJLA 1L3UA 3AA4A 4J2EA 4DQPA 1EETA 2RKIA 2HVIA 1WLJA 3KK2A 4FK2A 4CJVA 1VSHA 4KTZA 1LWFA 3LWMA 4CIEA 4DU3A 3VQ7A 3VQBA 1RT6A 2PYJA 4KAZA 2FBYA 3KLIA 3LP3A 1C1AA 3QIPA 1VRTA 2OPPA 1MU2A 3F9KA 5JS2A 3SZ2A 4NCBA 2HHTA 2OZSA 4N47A 3EZ5A 4M3UA 3D45A 3EY1A 4CIFA 1T8EA 3ULDA 4OPJA 3O4QA 2DFFA 3NBPA 4MFBA 3RTVA 3OYCA 4E0DA 1XWLA 1UA0A 1RBSA 1K6YA 3HVTA 3U3YA 1EKEA 3AVMA 3I0RA 1D9FA 5C42A 3QEVA 3OYGA 3DYAA 1Q8IA 2GBZA 4BWMA 4CHOA 4DQQA 3M8PA 1Y97A 3OYLA 1YTAA 3K5NA 3P83D 3TABA 2B5JA 3TAFA 4C8KA 1HNVA 1WSIA 4LD0A 4XIUA 3D0PA 2KQ2A 3DLGA 3THVA 2DFEA 3HSTB 1LWEA 2DTUA 1WSGA 3CM6A 3TR8A 1RT5A 3NAEA 3WNGA 4F4KA 4PWDA 3L8BA 1YT3A 4BACA 4FLTA 3ZT4A 1WSHA 1KTQA 2E6MA 3OS2A 2B4JA 4F2RA 4I2QA 4CJQA 1N5YA 4B9UA 1ZBHA 5I42A 1CLQA 5CYMA 4CEBA 4YNQA 3V6DA 2RPIA 3K2PA 3JYTA 1SL1A 3DMJA 4AHTA 4CEEA 4JS4A 1KSPA 4CFDA 3OS1A 4CF9A 3QEWA 1BCMA 4LSLA 3T19A 2NUBA 3V4IA 1GOCA 2YKMA 2AJQA 4OLBA 3KLFA 1HRHA 1WN7A 3AVBA 1C1CA 2F96A 3VQEA 3IRXA 4DTPA 1FKOA 3WNHA 4CJEA 3MXIA 5SZTA 1KFSA 1WSJA 4I2PA 3OYNA 1I39A 3LP2A 3HP9A 1KVAA 4F8RA 3EYZA 4HUFA 4HCCA 4CIGA 3T1AA 1EXQA 3PO5A 4KTQA 3ITHA 4K8XA 5DMRA 3SI6A 3JSMA 4DTJA 4FJIA 1S6QA 2OPQA 3OVNA 3L2VA 4Z4HA 2YNHA 2RF2A 3C95A 4FJXA 3IAYA 3H08A 4H4OA 4KTWA 2VG7A 3SUNA 4EP5A 3T3FA 4OKJA 1BIUA 2DY4A 4CJKA 1U49A 4DTUA 5FRNA 2PYLA 3VN5A 4CFAA 2HMIA 4L8RB 5CZ1A 4FK4A 4WE1A 1WAFA 4FJGA 3S3NA 3DLKA 4M41A 4DQRA 3MEGA 3SV3A 1I3AA 1TL3A 4MQ3A 4W5RA 1JKHA 1KVBA 1HYSA 3KK3A 2VG5A 3QERA 1CXQA 1SV5A 3OY9A 1NK6A 3DLHA 1LWCA 3SPYA 2A1SA 4FJ7A 5FROA 4KO0A 1NK8A 3VQ8A 3KTQA 1Q9YA 4C8LA 3KK1A 4DFJA 4DWIA 2YNFA 3V81A 3MXMA 2HB5A 3KLGA 2KTQA 4O55A 1IKWA 3ZT1A 3NF9A 3K5OA 3NF7A 3HYFA 3NHGA 2KZZA 1JLQA 4ID1A 4IG0A 3TARA 2IDOA 2Y1JA 4ZTJA 4BDPA 3C6UA 3DLBA 4M3TA 5KRSA 3O3GA 4F3TA 4FXDA 4RW9A 3VQ6A 5JS1A 4Z4FA 3ZSRA 2JGUA 4HCBA 4HTUA 1VK0A 3OS0A 1WNSA 1BI4A 3F73A 4DS4A 3KJVA 1JLEA 4LSNA 4CGHA 4CK1A 3TAPA 3O3FA 4ZHRA 1WAJA 5CY4A 3G10A 4AILC 4FLYA 5D3GA 4DTOA 4JS5A 3L2RA 3P5JA 4E1MA 4KHWA 1F21A 3DLRA 4GVMA 4YFUA 3HVRA 1R0AA 4CEFA 1TV6A 1IO2A 1JLCA 1QQCA 1RT3A 3MEDA 3LANA 2WONA 4DSIA 5T7BA 4AH9A 1DLOA 3HPOA 1W0HA 3V1QA 1NJZA 1LAVA 1S6PA 2G8KA 3OYFA 4Z4GA 1JL1A 2FBTA 3OYKA 1L3SA 4F2SA 4FW1A 2GV9A 1JL2A 1S1WA 3RR7A 2OZMA 1JLGA 4FLVA 3NF8A 2LSNA 3VQ9A 3L2QA 4CEZA 5J2QA 4KKOA 4OJRA 2FBXA 2E6LA 4FJ5A 1JXEA 1QE1A 1TGOA 1LAWA 3ZT3A 1U48A 1T03A 4KB1A 4B08A 3K59A 1WSEA 1U47A 4FJ9A 1B9FA 1TKZA 3QIOA 1LW0A 3SQ4A 4ZTFA 4CGFA 5J2PA 2D0BA 3SUOA 2B6AA 3L3UA 2YKNA 2A1RA 4FJ8A 1C0UA 3BDPA 1VSKA 4LH5A 3HK2A 5HROA 3TAQA 2OPRA 4CECA 4FYDA 3AVGA 4B8AB 3CYMA 3SCXA 2VWKA 1FK9A 4FJNA 1RBRA 4DSEA 1SUQA 2OYQA 5KGXA 3PX4A 3LDSA 4EZ9A 4FLXA 1BIZA 3QNNA 4DQSA 1XC9A 1WSFA 2XY7A 4W5QA 3C94A 3PO4A 5FRMA 1HYVA 1RILA 1ASWA 3WNFA 3AA5X 4CF8A 4W5OA 4E7IA 4ICLA 4Z0UA 3LALA 3LP1A 1S9EA 3HM9A 2G8VA 3PUFA 4B3OA 1Z25A 4JRQA 4OPKA 1HYZA 2EX3A 2HNZA 4J2BA 4OVLA 1JLBA 4M3WA 4DFPA 4QCLA 3DM2A 4CEOA 3OJSA 4DF4A 1ZBUA 1L3TA 3UIQA 3B6PA 3ZSVA 1NJXA 1QTMA 1HNIA 2KFNA 1T05A 3PY8A 3QLHA 3KIOA 1RBVA 4ELVA 3OYMA 2HW3A 2W42A 3NGIA 4KB0A 1S1TA 1BQNA 3AVKA 4N5SA 4IKFA 3U6FA 4N41A 3NH0A 3IS9A 1NJYA 2IS3A 1VSJA 4GMJB 3ZT0A 3OYBA 4BDYA 3AVAA 4DS5A 4CK3A 3PX6A 4PA1A 3OYJA 4CHYA 3V9ZA 4DTXA 4Z4EA 3LAKA 3AV9A 1NOZA 3K5LA 2F8SA 4DTRA 4E1NA 1A5XA 3VQ4A 4G1QA 4F3OA 1TK8A 1GOBA 3SQ0A 4GW6A 4CF2A 3KKRA 1RDBA 1G15A 1RDCA 4JLHA 4FLWA 5HP1A 3BGRA 4I9QA 4ELTA 5E41A 3L2WA 3A2FA 4CFBA 3AVIA 1KFDA 1KLMA 1RT7A 2D5RA 1VSDA 2YNIA 4DFKA 3CFRA 3CG7A 1X9MA 1J5OA 2ETJA 1JLFA 4B8CA 1ZBLA 4E3SA 4E7HA 3SPZA 4Y1CA 2FBVA 1ZBFA 4FM0A 2ZQBA 1RCHA 1TKXA 3RMAA 1J53A 4DU4A 2R7YA 5I3UA 1NKCA 4B9TA 4RW6A 4CGDA 4KV8A 4H4MA 4KRFA 2G8FA 4DTMA 1U4BA 3HPGA 4BDZA 4O5BA 2ZE2A 1C6VA 3V9SA 1N6QA 2D0AA 3VQPA 2G8WA 4KPYA 2VWJA 4FZZA 2YHAA 3WNEA 4CJ5A 2X6NA 1EP4A 1SL2A 3LAMA 3S3MA 4CJSA 1IKVA 4CJTA 4E7JA 4CHPA 1NK9A 1RTDA 2Z1IA 4NCGA 1D8YA 4M3RA 1NK5A 2P5OA 1TL1A 4PY5A 3QO9A 4QAGA 4CJ3A 4FVMA 1HQUA 1FXXA 4RW4A 5SWMA 3V1OA 3V9WA 3SUQA 1HPZA 3ISNC 3QINA 4AHRA 3HXMA 2HHQA 4IDKA 3SYZA 4CEDA 2QKBA 3DI6A 2QXFA 4Q5VA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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2DFHA 3SUPA 4U7BA 3OJUA 3LDQA 5H1SQ 1UWBA 5BN9A 5KQDA 4ADNA 4BRDA 4JI3K 4LF9K 4B9MA 1MWKA 1QSLA 2P9KB 5JLFA 1QQOA 2O4IA 4O44A 1ZBIA 5GADP 3DAWA 1U04A 4NYFA 2DPNA 2CH5A 3AGKA 3CQYA 2Q31A 5CZ2A 5C2FA 2HHWA 3CCVN 1OKJA 3VTIA 4TSXA 1ASUA 3O9TA 3PIOL 1BWFO 1SKRA 1VQPN 1LV5A 5I9EB 3QETA 2O8BA 1BG3A 4CD3A 1SKSA 2Q0UA 4CGJA 4DR7K 2ZJRL 4E7LA 4A61A 2NNWA 4E7KA 5BPLA 1TYQA 4FJLA 3VPZA 1L3UA 4JI8K 1EETA 3PLAA 2HVIA 1WLJA 3KK2A 1VSHA 3LWMA 1LWFA 1EQYA 4DV3K 4DQ8A 4KAZA 3GL1A 1GLJO 4H5NA 3J80O 4DB3A 1IBLK 4N47A 1VQ5N 3F2KA 3D45A 1OH5A 3ID8A 2KLAA 1T8EA 4EHUA 2YJEA 3O4QA 5F1XA 3CMEN 2DFFA 1U2VB 2QWRA 4MFBA 3TTCA 3OYCA 4E0DA 3P31A 3HVTA 4YDUC 1D9FA 1GLDG 3QEVA 3R1XA 4BR2A 4CHOA 3M8PA 2UUCK 3K5NA 3TAFA 4L3QA 1WSIA 4LD0A 3D0PA 3ATVA 2DFEA 2DTUA 3TR8A 3FZKA 4F4KA 1NGAA 1YT3A 4RWTA 3J2PA 1KTQA 2E6MA 1QVGM 1CLQA 4ILGB 3VEYA 4YOYA 3A5OC 5AQWA 3QEWA 1BCMA 4LSLA 3HI0A 3T19A 3DXKB 2AJQA 2P9PB 4B3RK 1K8KB 4FWQA 3LP2A 3HP9A 4F8RA 3EYZA 1Q18A 3HGLA 3SAGA 3H6EA 1EXQA 3PO5A 4KTQA 3JSMA 5CE3A 1NGFA 3T1HK 2YNHA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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