4FJJA

Rb69 dna polymerase ternary complex with dttp/dc
Total Genus 325
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
325
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title DNA mismatch synthesis complexes provide insights into base selectivity of a B family DNA polymerase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DNA polymerase
molecule tags Transferase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 325
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-06-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4fjjA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4fjjA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4fjjA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4fjjA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4fjjA03
4JRQA 4FJNA 1WN7A 1TKXA 4DTUA 1VK0A 3AO5A 4CJEA 3M8RA 3IG1A 4CJRA 3ULDA 3MEGA 4J2AA 4AILC 2IS3A 4Y1DA 4PY5A 3CG7A 1BISA 3QEVA 1HRHA 3AVJA 4DTJA 2DY4A 3ALYA 4KHYA 1GOAA 3QO9A 4UQGA 1WSHA 4FCYA 1RBVA 1L3TA 3C6UA 3ASMA 1BGXT 2HB5A 1CXUA 4DSKA 5J2PA 4CCHA 2D5RA 1LV5A 5SWMA 3AO3A 4OKEA 4DF4A 2WONA 5CZ1A 4C8NA 5E41A 4CJSA 1LW0A 3D0PA 3SPYA 3JYTA 2XY6A 2KFZA 1SL0A 4Q0BA 1ZBUA 1NKBA 1NK7A 3VQBA 4BWJA 3SQ2A 4FM2A 3RMBA 2E6LA 4CFCA 3NGZA 2XO7A 3KK3A 4QOZB 4AHSA 4FZXC 4KTQA 4I9LA 3L8BA 2PYJA 4C8LA 2ZQBA 3NF8A 4B9SA 3AVBA 4E1MA 3BDPA 4FK2A 3RMDA 2FBXA 3OJUA 2XRIA 3OYIA 1JLAA 4W5TA 3TABA 4CGJA 4NYFA 2W42A 1RT7A 3D45A 4FJHA 4FJ7A 3B6OA 3ZCMA 4HUEA 3NE6A 2ETJA 1D9DA 4DTPA 4N41A 3OYLA 1NK0A 4QAGA 3VQPA 4HCCA 1ASUA 1NK8A 4GW6A 1VSFA 4HTUA 2XY5A 1S5JA 2PY5A 3LANA 4CEQA 2EX3A 3NBPA 1ASWA 1RBRA 5FRMA 4Z4FA 4DTRA 3LDSA 1VSLA 2HNDA 2VG7A 5JS2A 3DOKA 3ZSXA 4CJ4A 4ZTJA 2GUIA 3MECA 1ZBHA 2IDOA 3LP0A 5CYQA 1TL3A 1XWLA 1YT3A 4CEBA 3VQAA 3VA3A 3RRGA 4AHVA 4BDPA 4Y1CA 4FLWA 3C6TA 3K5OA 1S1UA 2B5JA 3O4NA 4E7IA 4O4GA 3AO2A 4RW9A 1UA1A 2HHWA 5HP1A 4LH5A 3HPHA 1BCMA 3KK2A 4FJIA 5T7BA 3V9UA 3V9SA 3NH0A 4EZ9A 4DSIA 4NCBA 4CERA 5SZTA 3SQ1A 3HM9A 4FJ9A 4I9QA 4J2DA 4W5OA 1RTHA 1RNHA 4M42A 1LAWA 4IG3A 4LSNA 2HMIA 4CJ5A 4KKOA 3AA5X 1NKEA 3G0ZA 3AVKA 3PX4A 4DQPA 1Q9XA 4FJMA 3KK1A 1QS4A 3HP9A 3PY8A 1BL3A 1KLMA 4BE1A 5KGWA 1L3UA 4CEEA 4JLHA 3AA2A 3TR8A 1CLQA 4FK0A 3V9WA 4M3ZA 3KJVA 1QSYA 2YKMA 4B3OA 3IRXA 2HHXA 4CF1A 4F3TA 4E7KA 1TAUA 4FXDA 1U49A 1JXEA 4M3RA 3RMCA 3SUPA 4EP5A 1TL1A 4N5SA 3HL8A 1JL1A 3K57A 4FK4A 4DF8A 2VWKA 4B8CA 1T05A 4RG8A 3DRSA 4IFYA 5HROA 2G8KA 2G8UA 2HW3A 1VSMA 2NUBA 3NH1A 2O4GA 1XHXA 4YFUA 1S9GA 1KVBA 4MFBA 3PX6A 4ZTFA 1L3SA 4F2RA 3OYFA 2F96A 4M45A 4KHWA 1EXQA 2ZE2A 3ISNC 4I2QA 4CJLA 1G15A 3SI6A 1HMVA 1U04A 3CM5A 4OPKA 1BQMA 3KD5E 1RT6A 2JLEA 2BDPA 4KB0A 5JS1A 4DQSA 1R0AA 4DTSA 5D3GA 3DLGA 2HNYA 4IBNA 3VQDA 3KKSA 3K59A 3SJJA 4HVJA 1RCHA 1LAVA 2PZSA 4FZYA 4OJRA 1RDDA 3TI0A 4KREA 1Z26A 4O0JA 4CF0A 1TKZA 1NK5A 1IG9A 2OPRA 2YKNA 3DRPA 3AVHA 3P5JA 3LWMA 1ASVA 4F8RA 1HNVA 2KQ2A 4BDYA 3RTVA 4PQUA 4CGFA 4CECA 1JLQA 4CHZA 3DRRA 5KRSA 3KKRA 4PA1A 5HRRA 1A5VA 1YTAA 4ID1A 4CEOA 1HNIA 1KVCA 4CJFA 1NJZA 2P5OA 2KZZA 4Z4CA 2OA8A 1NJWA 5I3UA 2BGGA 2YNFA 3V1QA 3LAMA 3NF9A 4CEAA 1U4BA 2HHVA 2LSNA 4CESA 3KLIA 1FKOA 4FJKA 1S6PA 4OKKA 4ZHRA 1XI1A 1EETA 1KSPA 4W5QA 3NF7A 4CGDA 3UIQA 2D0BA 5J1EA 4FW1A 4B08A 1X9SA 3LP1A 3MEEA 1RDCA 4CHOA 3NCIA 3TANA 3OYNA 1WSEA 1CXQA 1HYZA 4DTOA 4OVLA 1JLCA 3VQ4A 4CHPA 1IO2A 4E7HA 5J2NA 3LPUA 1SL1A 3OYDA 4DQQA 2P51A 1NJYA 3RR8A 2QK9A 5C25A 1NJXA 4QCLA 4CHQA 3VQQA 1TVRA 4FM0A 1N6QA 1T8EA 4O55A 2PYLA 1Q9YA 4DSEA 2Y1IA 4BWMA 3S3MA 2YHBA 4F2SA 3DMJA 1C0UA 3QEIA 5K14A 4Z4HA 4EP4A 3DLHA 3HVRA 4CJVA 3VA0A 1C6VA 3HPGA 2Q3SA 3WNFA 2QKBA 1W0HA 3U6FA 3TARA 3ZT3A 1F21A 3MAQA 4ELUA 1VSHA 1B9FA 1HJRA 1S1TA 2D0CA 3DLRA 4ID5A 4KHQA 3AO4A 5HRNA 3O3HA 2G8HA 3G10A 3TAPA 4NCAA 1S6QA 1C1CA 1FK9A 3LP2A 4L8RB 4FZZA 3QNOA 1RTIA 4HCBA 3CM6A 2Z1GA 1CZBA 1W9HA 4H8KA 3HPOA 3VQ5A 4DFKA 3ZSRA 4E3SA 3BGRA 2Z1JA 4LY7A 1L5UA 2A1RA 3DLBA 2ZD1A 3KIOA 2XY7A 2RPIA 4JS4A 3L3UA 4DSLA 4KHSA 3SCXA 5CZ2A 2R7YA 1HYSA 3P1GA 2B6AA 4XIUA 3QIPA 3CFOA 4OGEA 1DTQA 3AVFA 3QESA 4B9VA 5J2QA 4AHCA 3LZJA 3K5LA 1LWCA 1REVA 2FBTA 4HUGA 2HHSA 2BANA 4BACA 4J2BA 2VWJA 1GOBA 1Q8IA 2KTQA 2ITGA 4HUFA 3F73A 3SQ0A 3LALA 2QXFA 4IDKA 4KO0A 4E7LA 3NGYA 3VQCA 3U3YA 3B6PA 1SUQA 3L2WA 2X6SA 3O4QA 3LPTA 4KI4A 1UWBA 3DYAA 1FXXA 4FLUA 1T03A 4ELTA 2P1JA 3AVNA 3CYMA 3C95A 4OLAA 5HLFA 1IH7A 1QE1A 3QNNA 3HSTB 4E1NA 1SKSA 1IKWA 3F9KA 2DFFA 3T1AA 4BE0A 5KTQA 4DTNA 3EY1A 2FC0A 4PUOA 4H4OA 1RT2A 4BE2A 3DOLA 3WNHA 1SL2A 4OLBA 4E89A 4W5NA 4KV8A 1VSIA 4ICLA 2VG6A 3V9ZA 1DLOA 4B9TA 2WOMA 4O0IA 3SUQA 1BQNA 1C1BA 1BIUA 3SZ2A 4C8KA 3AVCA 5KI6A 1A5WA 4BDZA 4EZ6A 1JL2A 3RR7A 1WLJA 5HBMA 4CF2A 3OJSA 3V9XA 4DS4A 3VQEA 3ZT0A 1SV5A 5I42A 2KFNA 3OYEA 3KLHA 4IKFA 1WSIA 4FLTA 3KLFA 1QHTA 3SYZA 3H08A 1U48A 1KTQA 3V81A 4O44A 3VQ9A 1TK5A 3S9HA 1BHLA 1RBUA 1MU2A 1KVAA 1HYVA 3O3FA 4RW7A 4RW4A 2E6MA 3ZSVA 2ATQA 1ITGA 1S1XA 2E4LA 1RT4A 3DLEA 2OZMA 1KFSA 3ZT2A 4DSJA 3HYFA 3LP3A 1TKDA 4DU4A 3K5MA 2HHTA 3ZSZA 3PV8A 3AV9A 3TAGA 1L3VA 4JRPA 5J2MA 4KTZA 3QEPA 2OYQA 4DFJA 4CJKA 4CGGA 1QTMA 1Y97A 3WNEA 4M41A 1J9AA 1RDAA 5C42A 4M3TA 2RKIA 4DU1A 1B9DA 2FBYA 2XY8A 4MQ3A 2X74A 2XHBA 1DTTA 4OPJA 1ZBIA 3AVAA 3OYKA 3EZ5A 4LD0A 1ZBLA 4C8MA 4M3YA 3ZT1A 1S9EA 1NK9A 1BIZA 3I0SA 1RBSA 2P5GA 1TV6A 4CJPA 4I2PA 2KW4A 4KRFA 4KI6A 3MEDA 3ZSQA 3OYHA 1UA0A 3KLEA 4DQRA 3QEWA 2Z1HA 2A1SA 3FFIA 3RMAA 3I0RA 1I3AA 3NFAA 1EP4A 3QERA 1JLFA 2X6NA 3AA3A 4NCGA 4B9MA 3SPZA 3TAFA 2G8WA 3V1OA 3K58A 1NK6A 1S1WA 4K8XA 4CJWA 3OS0A 3U3GA 4CF9A 2KZMA 2OZSA 1Z25A 4OGCA 4DQIA 4J2EA 4FLVA 1TGOA 4FLZA 1EX4A 5KRTA 4Z0UA 3QIOA 1IKYA 2EHGA 2VG5A 4DTMA 1KLNA 2QKKA 4AH9A 3QINA 1VSKA 1JLEA 3SQ4A 2D0AA 3DI6A 4CGIA 2HHQA 4AHUA 3L2RA 4E7JA 4RW6A 1NKCA 3LWLA 4Z4IA 4FJXA 4CIGA 1VSEA 1VSJA 3TAQA 2F8SA 3ZSYA 1U47A 2YNHA 4W5RA 5CY4A 1D8YA 3QETA 1TAQA 4KPYA 3IAYA 3HK2A 3L2UA 4M3XA 3VQ7A 3TAEA 4ELVA 1YVUA 2IOCA 4G1QA 3V6DA 1RDBA 2HNZA 3HT3A 3EYZA 4B8AB 1B92A 2Z1IA 4LH4A 4HHTA 2F8TA 5EU7A 4DU3A 4DS5A 1RTDA 1RT1A 4CHNA 4FLYA 4GMJB 1J5OA 2BE2A 4N47A 3MXMA 3T19A 3AVIA 1JLBA 4FJGA 1ZBFA 3P83D 1GOCA 3AVMA 1JKHA 3AVGA 3ZSWA 4CJ3A 1D9FA 5FRNA 2YNGA 3VN5A 1X1PA 2X78A 3AVLA 3HVTA 4CHYA 1A5XA 1O1WA 2FBVA 2IGIA 1XHZA 4FJLA 1VRTA 1XC9A 1BCOA 5DMRA 3NDKA 3WNGA 5HRPA 3RWUA 1N5YA 4WE1A 4B9LA 3OYMA 3JSMA 3OYCA 4AHRA 1TK8A 3K2PA 1X9WA 1WAJA 2IC3A 4K8ZA 4KB1A 5HRSA 1VSDA 1UOCA 4CFDA 1SKRA 4DWIA 4NYNA 1S1VA 1QSSA 2HHUA 1UAXA 3OYBA 1BI4A 1TKTA 1HPZA 4CJUA 1EKEA 4FYDA 3M8PA 4I7FA 3I8DA 3PO4A 3L3VA 3ZSOA 4CFAA 4F3OA 3NAEA 1RILA 4N76A 3KTQA 4DG1A 4B9NA 3QLHA 2IAJA 5FROA 3SV4A 4DTXA 3AA4A 3O3GA 3TAMA 4DSFA 3SV3A 4O5BA 2YV0X 4CEZA 3OS1A 3THVA 3L2QA 1NK4A 2Y1JA 4FLXA 4JS5A 3NHGA 4KHUA 1LW2A 1KRPA 4M3WA 4DLEA 2I5JA 1RTJA 4Z4EA 3NH2A 1NOZA 1LWEA 1VRUA 3ZT4A 3ITHA 2B4JA 2OPQA 3DLKA 1X9MA 4RW8A 1T7PA 3K5NA 1RT3A 4CJQA 4E0DA 3KD1E 1JXBA 3VQ6A 2RF2A 3V1RA 1HQUA 1C0TA 3CFPA 3QEXA 4CGHA 1WSFA 4CFBA 3SNNA 1D5AA 4CEDA 2O4IA 1BI4B 3HO1A 4AHTA 5C24A 1QQCA 1QSLA 3M8QA 1KCFA 4KTWA 1FKPA 1WSGA 3C94A 3NGIA 2HVIA 4H4MA 1WSJA 4IG0A 4FVMA 3CFRA 4FJ5A 1IKXA 3A2FA 2G8FA 2DFHA 4CK3A 2JGUA 1NOYA 4KFBA 3LAKA 4CJTA 3DM2A 1WNSA 4FW2A 3PUFA 3E01A 4CK1A 3LZIA 4F4KA 4FM1A 1J53A 2OPSA 5KGXA 3L2VA 3SUOA 1RBTA 4GVMA 3HXMA 4B9UA 3CQ8A 1I39A 3T3FA 3OS2A 3MXIA 4OKJA 2G8IA 2GBZA 4CEFA 4CF8A 3RRHA 3TWHA 1SKWA 3OYJA 3KLGA 2DTUA 4IFVA 4KHNA 1KFDA 3OYAA 3PO5A 4N56A 1U45A 4E19A 4FJJA 2OPPA 4Z4GA 2GV9A 4Q5VA 1WAFA 3HP6A 5DK5A 4DLGA 3S3NA 3NF6A 1K6YA 4CK2A 3OY9A 4KAZA 1YTUA 4LSLA 2RN2A 2HVHA 4M3UA 1LWFA 4C8OA 1ZYQA 3M8SA 2YHAA 2YNIA 4R5PA 3HJFA 3SUNA 1CZ9A 1J54A 4CIEA 5FDLA 4YNQA 4DFMA 3V4IA 1JLGA 1IKVA 3AO1A 4DFPA 4CE9A 3S3OA 4FJ8A 2AJQA 5CYMA 3PX0A 1RT5A 2G8VA 3OVNA 4DMNA 3OYGA 3MXJA 1C0MA 3VQ8A 4CIFA 4PWDA 3IS9A 1HQEA 2DFEA 1C1AA 1TK0A 4TSXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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3FZFA 3SVIA 3T1HK 4F2RA 2F96A 4M45A 4KHWA 1EXQA 4CJLA 4JKBA 3SI6A 1YJ9N 3GL1A 1BQMA 1MDUB 1RT6A 2JLEA 3O8MA 2VWBA 3I55N 2HBMA 1R0AA 3DLGA 5D3GA 1T6DA 3SJJA 4KREA 1RCHA 4OJRA 3KHYA 1IG9A 4BDYA 4PQUA 4CECA 3CJAA 4L3QA 2IIRA 4CEOA 4ID1A 3VTIA 3ENBA 3CPWM 1K8KA 2KZZA 4Z4CA 1IJJA 4MO5A 5I3UA 2YNFA 3NF9A 2HHVA 1U4BA 3IMXA 2LSNA 3E4YA 4I6MA 5M1OA 4OKKA 1YJWN 1XMOK 1KSPA 4FW1A 3EEQA 3VGKA 2QA4N 1RDCA 5AQPA 3NCIA 3TANA 1WSEA 2BUPA 3VEVA 4DTOA 1FS1A 1U2VA 5J2NA 3VOVA 3MN5A 3OHRA 5C25A 4ICGC 5JVGL 4R79A 3IUCA 3ZX3A 3CXCM 4H0YB 4O55A 2PYLA 4E1JA 4BWMA 3NVMA 1NGJA 3DMJA 5MLCQ 1K9MO 5K14A 4EP4A 4CJVA 1C6VA 4I6MB 4B1WB 2QKBA 2Q1NA 3TARA 1F21A 4OPHA 3C0BA 3DLRA 4C1NI 5BRDA 3G10A 4BRFA 1XL3C 4FZZA 3QNOA 3L6QA 4WQ4C 4HCBA 4KBOA 1CZBA 1W9HA 4H8KA 3HPOA 4E3SA 3BGRA 1U2VB 2Z1JA 1L5UA 2OCEA 4K43A 5JMVA 2A1RA 3DLBA 2XY7A 1J6ZA 4JS4A 4H0XB 2R7YA 1HYSA 3P1GA 3CFOA 3U4LA 3QESA 1VQMN 1OH7A 2F9WA 1GOBA 1VQKN 4HUFA 3U8XA 3F73A 4KO0A 3NGYA 3HOSA 3QICA 3O4QA 1FZ4E 3LPTA 3DYAA 4ELTA 1T03A 2P1JA 1P22A 3CYMA 4BRKA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4JRQ A;  4JHD A;  2JH8 A;  2QXL A;  2V51 B;  4J2A A;  4ISF A;  2FF6 A;  2MW2 A;  3J8A A;  5AQI A;  4KHY A;  1NM1 A;  1NWK A;  4FCY A;  1WSH A;  1BA1 A;  3ASM A;  1CXU A;  1TYQ A;  2P9S B;  3CF5 L;  5J2P A;  4CCH A;  2D5R A;  4GNI A;  3D6R A;  4U67 L;  4OKE A;  4DF4 A;  5FPE A;  5AQQ A;  1LW0 A;  1OH6 A;  2KFZ A;  2O8F A;  1RDU A;  3SQ2 A;  2XO7 A;  1HKB A;  4FZX C;  4I9L A;  2P9N A;  1BO5 O;  3DJC A;  2B8I A;  4C8L A;  2ZQB A;  2PFU A;  4B9S A;  4E1M A;  3BUZ B;  5AQX A;  2FBX A;  5FPM A;  4DUY K;  5TKW A;  4CGJ A;  4FJ7 A;  1D9D A;  3NE6 A;  4DTP A;  5KPR A;  4HCC A;  2FSN A;  1YHQ N;  4AKG A;  4GW6 A;  4BC4 A;  4HTL A;  4OPA A;  3NBP A;  1ASW A;  1TYQ B;  3THX A;  2VG7 A;  4G9Z A;  3JS6 A;  4ZTJ A;  1GLA G;  1GLD G;  4GAM C;  3MX5 A;  2IDO A;  3L4I A;  3LP0 A;  1XMG E;  2FSJ A;  5CYQ A;  2HBJ A;  4MLH A;  2P1P B;  1XWL A;  4H5V A;  3VQA A;  3VA3 A;  5AQT A;  2GEM A;  2O8F B;  1XVE E;  4Y1C A;  4EHT A;  3O4N A;  4O4G A;  4BY9 C;  4X5M A;  3AO2 A;  4RW9 A;  4FWO A;  2OAN A;  2PBD A;  3KK2 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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