4FK0A

Rb69 dna polymerase ternary complex with dctp/dg
Total Genus 317
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
317
sequence length
900
structure length
900
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transferase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
publication title DNA mismatch synthesis complexes provide insights into base selectivity of a B family DNA polymerase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DNA polymerase
total genus 317
structure length 900
sequence length 900
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-06-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4fk0A05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4fk0A01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4fk0A02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4fk0A06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4fk0A03
3NFAA 4B8AB 1K6YA 4M3YA 3A2FA 2G8VA 3AA4A 3RR7A 1WN7A 2HNDA 2IS3A 3ZT3A 5I42A 3QESA 3LP1A 4CHQA 1LV5A 4ELTA 4K8XA 4Y1CA 2IC3A 2G8UA 4MFBA 3PY8A 3MEEA 3S3NA 3L2WA 1Q8IA 3SUNA 1YT3A 2WOMA 3TAFA 3HXMA 3TI0A 4KHNA 4KI6A 1WLJA 5J1EA 3RR8A 1HNVA 2O4IA 1IKVA 1C1CA 3WNFA 1NK6A 4C8NA 3VQ9A 3ZT0A 2XRIA 4DSLA 1BCMA 3KLHA 1JL1A 4PY5A 1T8EA 2KW4A 4OKJA 1LWFA 1SV5A 3PV8A 1QS4A 4FLXA 1REVA 2KFZA 4O4GA 1VSLA 1YTAA 3HPHA 1NK5A 1L3UA 3P5JA 1J54A 1UAXA 3ISNC 2GUIA 1I3AA 4DTXA 2RF2A 1X9WA 1FKOA 4F3TA 1VRUA 4W5TA 3DYAA 1HQEA 3DRPA 3AVIA 3CG7A 1QSSA 3S3OA 2D0CA 3KKRA 3IS9A 3U3GA 3AV9A 5SZTA 4FLWA 1RDBA 3TARA 4DLEA 4HCCA 1WSGA 2BANA 2X6NA 4BWJA 3S9HA 2ETJA 1W0HA 4CJFA 1U48A 1CZ9A 4EZ9A 1MU2A 4F8RA 4FK0A 3OYJA 1TKTA 4BDPA 3RTVA 4DQSA 4DTSA 3DLRA 2XHBA 1WSJA 3KTQA 1RT7A 5HRPA 3NGZA 3QEPA 3SQ4A 4CEZA 3NH0A 2NUBA 4JS5A 4I7FA 1F21A 4CFBA 4DFJA 3OS1A 3QNNA 4CEFA 2DTUA 4KB0A 1NJWA 1QSLA 4B3OA 1BIZA 3OYBA 3OYFA 3PX0A 2HHXA 3NF6A 2Z1IA 3ZT2A 3K5LA 4LY7A 4EP4A 3THVA 1CXUA 1FXXA 4Z0UA 4FCYA 4FLUA 4AHSA 1RT4A 2FC0A 1ZYQA 2G8WA 4FM1A 2OZMA 3C94A 4ZTFA 4YNQA 5HP1A 1VSFA 1VSKA 2P51A 3VQCA 1NKEA 3MEGA 3M8RA 1NJZA 4GW6A 1TVRA 3E01A 1IKWA 3NCIA 4FJMA 1A5VA 1KVAA 4FJ9A 2HB5A 4EP5A 4Y1DA 1JLBA 4CEOA 1NJYA 3VQAA 1ZBIA 4FM2A 3SQ0A 1C1BA 1ZBHA 1EETA 1EX4A 4KREA 3AVKA 5KI6A 4B8CA 3HP6A 1L3SA 2EX3A 3TWHA 1UA1A 4RW4A 2HHWA 1IH7A 2JGUA 4CF9A 4DTPA 4FZYA 5T7BA 4DSIA 1TAUA 4PA1A 1B92A 5DMRA 1R0AA 4FLZA 1XWLA 4FJNA 4CHOA 3L2QA 3JYTA 3CFRA 4M3RA 3I0SA 4W5OA 1TKZA 1CZBA 3ASMA 3VQ6A 4IFVA 4HUGA 4IDKA 1RBUA 4M3UA 4CGIA 5C42A 1KSPA 4E19A 3WNGA 1KLNA 3OJUA 3H08A 3QLHA 3O3FA 2B5JA 2X78A 1BHLA 1RTJA 4FLTA 4I2PA 2A1RA 1S9EA 1Q9YA 3NHGA 5HRRA 4CGFA 4E89A 1TK8A 4NCBA 2PYLA 3KIOA 4FJJA 2KTQA 1HMVA 1KVCA 2F96A 3O4NA 3ZT1A 3SZ2A 2XO7A 4ELVA 4Q0BA 4AH9A 1WSEA 1EKEA 3UIQA 1C6VA 1W9HA 4CJPA 3AVBA 4OPJA 4IKFA 4CFCA 2Y1IA 4DSFA 3TR8A 3SV3A 3AVNA 3SCXA 4ICLA 1IKXA 1SL0A 4CJRA 3HJFA 2YNIA 4F2SA 1NK8A 1G15A 2IDOA 3OVNA 2YHAA 4CK1A 4CHZA 2OYQA 3G0ZA 4Z4HA 3KLEA 3DLBA 4E0DA 4KFBA 4W5NA 1KLMA 1X1PA 4FK4A 2D0AA 3SNNA 3HK2A 1TKXA 5HRNA 2Y1JA 3C95A 3K5MA 2VWKA 3RRHA 3DRSA 3VQ7A 1RNHA 3HO1A 3T19A 4E7IA 2PY5A 4CJLA 3VA0A 3VQBA 3AO1A 4DQRA 4MQ3A 4CJ5A 2YKNA 4L8RB 4PUOA 1RBRA 2PYJA 5D3GA 4O0IA 3ZSWA 3RMAA 3KD5E 4B9LA 4FXDA 3KKSA 1ASUA 1HRHA 5J2QA 2E4LA 4C8MA 4Z4FA 3M8PA 1VSHA 4CJKA 4M42A 3PO4A 4J2BA 2O4GA 2G8IA 3MXIA 1S1VA 3AA3A 2OPSA 3NGIA 4DTUA 3B6PA 3CYMA 3DLKA 1QQCA 3MAQA 4DS5A 4TSXA 3D45A 4CF0A 1SKRA 4PQUA 1IG9A 4I9QA 1RDAA 2HNYA 3OYAA 4BE2A 4DFPA 4KI4A 1JLAA 5C24A 4N5SA 3ALYA 1VSMA 4OGCA 2Z1GA 4CJEA 1KVBA 3ZSZA 3DOLA 1ASWA 1QTMA 1UOCA 1WAJA 2EHGA 4NCAA 3CM6A 3L8BA 4KTZA 1TKDA 2E6MA 1BL3A 2ATQA 1NK9A 3NE6A 3MXJA 3TABA 3OYIA 2ZQBA 1VSDA 4BACA 1ZBFA 4UQGA 1T03A 3C6TA 5HROA 3LWLA 1D9FA 4H4OA 1NK4A 3LP3A 3WNHA 1ASVA 1RILA 2ZD1A 4W5QA 3IAYA 3LPTA 4AHVA 4ELUA 1TAQA 1A5WA 3L2RA 4RG8A 5I3UA 3RRGA 4FJLA 1ZBLA 4CEDA 3HPOA 2VG5A 3LAMA 4FJ7A 4RW9A 3AVAA 1FK9A 2DFEA 3L3VA 2YHBA 1RBTA 1KTQA 1S1XA 2LSNA 5FDLA 3PUFA 3OYCA 1JL2A 4FW1A 1BISA 3KK2A 4N56A 2FBYA 4WE1A 4F2RA 1LW2A 4QCLA 3KLFA 1LWCA 2KFNA 1VRTA 1NKBA 3HL8A 3OJSA 5HRSA 1QE1A 4OJRA 4K8ZA 4NYNA 4DQQA 3SPZA 1BI4B 3V9ZA 1BIUA 4CEAA 3K2PA 5E41A 4HCBA 3L3UA 1LAVA 2HHTA 1D5AA 4JS4A 2Q3SA 3NGYA 3QEXA 4FYDA 4E1NA 5C25A 5CYMA 4DU4A 4BDZA 3LALA 4CJ4A 4OPKA 4M3XA 1BQMA 2JLEA 2YNGA 3O3HA 4J2DA 3V9WA 1SKSA 4RW6A 4CEQA 4CJUA 2R7YA 2FBVA 3P1GA 1KRPA 4DQPA 3MECA 4N76A 3SYZA 4RW7A 2P5GA 3QEVA 1DTQA 2D5RA 3NBPA 3VQPA 4E1MA 2OPQA 3QNOA 1S6PA 5CYQA 3OYHA 4E7LA 1DTTA 1S9GA 2RPIA 3KD1E 3LAKA 4DMNA 4AHCA 3ZSYA 4BDYA 1J5OA 4O0JA 1U49A 5KRSA 3LANA 4LH4A 1HYZA 4FJKA 1JLCA 3IRXA 1TL3A 3MXMA 1X9SA 4XIUA 4Z4EA 4CFDA 2P5OA 3BDPA 4FW2A 4CE9A 2HMIA 1NJXA 1T7PA 2KQ2A 5KGWA 3LPUA 4OGEA 2HHSA 3VQ8A 3AVLA 1KCFA 1S1WA 4OVLA 3SV4A 4PWDA 1RT6A 2KZMA 2X74A 1HYSA 4CESA 1VK0A 3HYFA 4M3WA 3DOKA 2HVHA 3KJVA 3ITHA 1S1TA 3VQ5A 4CF8A 2VG6A 1YTUA 3K59A 1NK0A 4Z4IA 3SUPA 3NF8A 3KLGA 1Q9XA 3OYNA 3V9UA 1SUQA 4DTJA 2OPPA 3B6OA 4QAGA 3ZSQA 3VQQA 4CJQA 4DS4A 3VN5A 4CHPA 3V6DA 1XHXA 5KTQA 2BDPA 4BE0A 1RCHA 1RT3A 2I5JA 2GV9A 2IGIA 4IBNA 3MEDA 4DTNA 4OKKA 1U4BA 1WNSA 4GMJB 4CK2A 4DTOA 1L3TA 2X6SA 1JLQA 1KFDA 3NF7A 4CERA 4DLGA 4B9MA 1ZBUA 4M45A 1UWBA 5EU7A 4N47A 4B9SA 3OS0A 3F73A 3CM5A 4CCHA 2E6LA 5CZ1A 4DU1A 3RMDA 1C0UA 3LZIA 2YKMA 3AVHA 3CFOA 3LWMA 1VSEA 1N6QA 2Z1JA 2KZZA 1YVUA 3K5NA 2HHVA 2DY4A 3QETA 4FJHA 5DK5A 2HHQA 3TAGA 3LDSA 3AVMA 4CIEA 3QO9A 3TANA 4F4KA 3AO4A 3OS2A 1S5JA 4C8OA 4AHUA 1LAWA 4GVMA 3ULDA 1FKPA 1IKYA 1HNIA 5JS2A 1QHTA 4HTUA 4FJGA 1RDDA 3ZCMA 3OYLA 1RTHA 1HQUA 4JRPA 4HHTA 1T05A 2XY8A 4LSLA 3OYEA 4DFKA 3QIPA 3ZSOA 1VSJA 1RTIA 1LW0A 4FLVA 1XC9A 5KRTA 1RBVA 2YNFA 4DF8A 1ITGA 2XY6A 3PO5A 4KHUA 5J2PA 4DTRA 1NOZA 1JXBA 3ZSVA 3V4IA 1BI4A 3WNEA 2F8SA 3SJJA 2VWJA 4B9UA 3TAQA 4J2EA 1U45A 2FBXA 3K58A 3HM9A 2G8HA 4B9TA 1XHZA 1BCOA 4CEBA 3S3MA 3L2VA 4KHWA 1B9DA 3P83D 3L2UA 3AO3A 3VQ4A 4EZ6A 4FZZA 3AVJA 3LP2A 3D0PA 4HUFA 1TGOA 4CF2A 1U47A 4CJWA 3LZJA 4O5BA 4DU3A 3AA2A 5SWMA 3C6UA 4CHYA 1L3VA 4OLAA 2G8KA 3U6FA 4H4MA 1JLEA 3HSTB 4M3ZA 1JLFA 1EXQA 3OYMA 4CIFA 3HT3A 1IO2A 1HPZA 3KLIA 3DLGA 3QERA 1TK0A 2AJQA 1D8YA 3K5OA 1RT2A 4C8LA 3RMBA 3K57A 4AILC 3DI6A 4CEEA 4KPYA 4NYFA 2GBZA 2RN2A 3HP9A 3DMJA 3M8QA 4CECA 3ZSXA 2HW3A 4DTMA 4DSJA 3RMCA 2IAJA 1J53A 4CHNA 4KTWA 3AVGA 4M3TA 1I39A 1TK5A 5K14A 4OKEA 1GOAA 3DM2A 4CJVA 2D0BA 1RT5A 2W42A 3U3YA 4DQIA 2FBTA 4IG0A 3EY1A 4KKOA 2VG7A 5CY4A 1UA0A 4LH5A 4RW8A 2QK9A 3DLEA 1O1WA 3PX4A 1JXEA 4M41A 4FJXA 3I0RA 1C0TA 3ZSRA 2OA8A 4KAZA 1VSIA 3AVCA 3DRRA 5J2NA 3V9XA 2HNZA 3V1OA 1L5UA 1RDCA 2YNHA 4AHRA 1GOCA 2RKIA 4Q5VA 4KHSA 2B4JA 3SUQA 4CJ3A 4DF4A 3I8DA 2QKKA 3SI6A 4DSKA 5J2MA 3HVTA 4CJTA 1N5YA 1C0MA 1Z26A 3AA5X 1Y97A 4KB1A 4KV8A 4CK3A 2QXFA 1RTDA 4G1QA 5CZ2A 4DFMA 4AHTA 2DFFA 3SUOA 1HYVA 2OZSA 2A1SA 2ITGA 3LP0A 1WSIA 3TAEA 4E7KA 5HBMA 3O4QA 3V9SA 2P1JA 1C1AA 3QIOA 1HJRA 4I9LA 1JLGA 3NH2A 4O55A 4DG1A 4CGHA 2HHUA 4CGJA 1S1UA 1D9DA 1J9AA 4H8KA 3V1QA 1CXQA 1S6QA 4HUEA 3DLHA 2BE2A 3OYGA 3OYKA 3QINA 1KFSA 4FJ8A 4I2QA 1BGXT 1WSFA 4LSNA 1EP4A 2WONA 3PX6A 3TAPA 3QEIA 1GOBA 3AO5A 3NF9A 5FRMA 1SL1A 1CLQA 1RBSA 4CF1A 3NDKA 3T3FA 3HVRA 4JLHA 3AO2A 4Z4CA 3CQ8A 2F8TA 4CGDA 4FVMA 2PZSA 2IOCA 3QEWA 4B9VA 3EZ5A 2G8FA 1QSYA 4FK2A 3RWUA 1U04A 4Z4GA 4KHQA 3V1RA 4F3OA 4FLYA 3VQEA 3V81A 4QOZB 3O3GA 1TV6A 4FJ5A 1A5XA 4NCGA 4BWMA 2B6AA 2YV0X 4E7HA 4ZTJA 1JKHA 4W5RA 2DFHA 4IFYA 4LD0A 3ZT4A 4CGGA 4C8KA 4FM0A 4YFUA 1WAFA 4FJIA 3SPYA 4JRQA 4OLBA 3G10A 1TL1A 1LWEA 3JSMA 3M8SA 5HLFA 1NK7A 1NKCA 3SQ1A 4J2AA 1Z25A 3OYDA 3VA3A 4N41A 1B9FA 1SL2A 3IG1A 4FZXC 4ZHRA 5FRNA 3HPGA 4HVJA 1X9MA 3T1AA 4O44A 1DLOA 1NOYA 3KK1A 2ZE2A 1RT1A 4B9NA 5JS1A 4KHYA 3KK3A 1XI1A 3CFPA 1SKWA 4CIGA 5KGXA 2QKBA 2HVIA 4ID1A 4CJSA 3EYZA 3BGRA 4CFAA 3NH1A 2BGGA 2XY7A 4DSEA 4DWIA 4KTQA 4E7JA 1WSHA 4E3SA 3VQDA 4BE1A 2Z1HA 5FROA 3OY9A 2XY5A 4KRFA 3TAMA 3AVFA 3SQ2A 4IG3A 3F9KA 1BQNA 3FFIA 4KO0A 3NAEA 4B08A 4R5PA 2OPRA 4ID5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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3F9MA 3T7ZA 2YNIA 3DXMA 3KK7A 3C6AA 1VQ5N 4EHUA 1WBBA 1X1PA 2D0AA 3SNNA 3HK2A 1TKXA 5HRNA 5BR9A 3VQ7A 5CHIA 4JV5K 4CZIA 4L8RB 2QWRA 4B1UB 4JI6K 4O0IA 4X65K 4AKIA 4IO9L 3KKSA 3L6QA 1ASUA 2E4LA 4C8MA 3M8PA 3ENOA 4BR2A 2O4GA 4IWVA 2G8IA 1RDWX 3B6PA 1YXQA 4DS5A 1NLVA 3THYA 4TSXA 2HNYA 1NJIO 1VHXA 3ALYA 4CJEA 4EAHD 1KAXA 3ZSZA 3DOLA 4DV2K 1YJ9N 1GLJO 1WAJA 4NCAA 2OTJN 1NK9A 1SZ2A 3NE6A 2QWPA 4FL9A 4UQGA 1D9FA 3ZEUB 4MLHA 1TAQA 3RRGA 5MLCQ 5BREA 4FWKA 3K9KA 2JQTA 4WQ5C 1OVQA 1RBTA 4LF4K 5BN9A 2OVRB 2LSNA 5FDLA 3PUFA 4CBXA 2O8EB 1BISA 3KK2A 4N56A 2FBYA 3KZBA 1LW2A 1LWCA 3D2EA 2GEMA 3OJSA 3HI0A 3SPZA 4DR7K 4CEAA 2BH1A 3RVCA 2HHTA 3NGYA 1YUWA 3QEXA 3EZWA 3H45C 1FW6A 3CC7N 1NGDA 2D1KA 4DU4A 4H5VA 5CYMA 3O4WA 1GLCG 4M3XA 1K8KA 1FZ5E 4CJUA 1BA0A 2R7YA 3OTOK 4DQPA 3MECA 1DTQA 3QEVA 3NBPA 4BR9A 4JKCA 4C23A 2OPQA 3OYHA 2QTDA 2VYPA 4E7LA 3HTVA 1J5OA 4ADNA 3ZSYA 4A2BA 3O1WA 3VESA 4Z4EA 1TL3A 2QW9A 5EY4A 4AM6A 1S1WA 4OVLA 3SV4A 2KZMA 2X74A 1ZC6A 3AGRA 4CESA 4CW7B 3KJVA 2VG6A 1YTUA 4IOCL 3K0SA 3KLGA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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