4FK0A

Rb69 dna polymerase ternary complex with dctp/dg
Total Genus 317
100200300400500600700800050100150200250300
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
317
sequence length
900
structure length
900
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDM
Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transferase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
publication title DNA mismatch synthesis complexes provide insights into base selectivity of a B family DNA polymerase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DNA polymerase
total genus 317
structure length 900
sequence length 900
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-06-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4fk0A05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4fk0A01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4fk0A02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4fk0A06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4fk0A03
4LSLA 1RBRA 1XWLA 1IKVA 4I7FA 1S9EA 4CF9A 3ISNC 2G8HA 2VWJA 4FLZA 1IKXA 3SQ0A 2OZMA 1KSPA 4C8MA 1J5OA 4N56A 1Q9YA 3VQ7A 1UAXA 1RT4A 3LP3A 2FBTA 2DY4A 1W0HA 4RW4A 5HRRA 3OY9A 5HROA 4DSEA 4PA1A 1JL2A 4Z4FA 3AVLA 3OYFA 2XO7A 3RR8A 4KB0A 3OJSA 3HPOA 5JS2A 4W5QA 4CGDA 3V9WA 1NK6A 1L3VA 4BWMA 5I3UA 5I42A 3D45A 2YKNA 4NYNA 1HYZA 5EU7A 4DMNA 1T7PA 4M3XA 3WNFA 2YNHA 1QTMA 4BDPA 1VSLA 3HSTB 1RT5A 1LWCA 3ZSRA 4AHRA 2KFNA 4CK2A 1CXUA 1RBUA 2HNDA 5KRSA 4DWIA 3DLGA 4IKFA 2OPSA 1B9FA 3H08A 4CJ5A 3DLBA 2D5RA 3AVCA 3CG7A 5CYQA 4QCLA 5J2QA 1KFDA 4KO0A 3SJJA 4CESA 5CYMA 4BACA 4PY5A 3DLKA 1FK9A 1RBSA 1L3UA 4OPJA 2JGUA 1HQUA 1KTQA 3L3VA 4CEQA 1NK0A 4FLUA 1B9DA 1C6VA 4B9UA 3AVFA 3HK2A 2D0CA 4E89A 2I5JA 4AH9A 5KRTA 2HHWA 1WAFA 3OYLA 4FXDA 1GOBA 4H4MA 4B9TA 3S3MA 2WOMA 3IRXA 3KLFA 3K5NA 4FJ7A 3SUPA 3CFRA 4FK0A 3OYIA 4BE2A 1HRHA 1RT6A 4CEEA 3V1OA 3KLIA 1S1VA 3HT3A 3T19A 2KZMA 4OPKA 4FJGA 1XHXA 1RDAA 3P1GA 4Z4HA 2QKKA 4O5BA 1HYVA 2WONA 3SNNA 3AV9A 4BWJA 3MECA 1VSEA 4DTUA 3HJFA 4CGFA 4FK4A 3VQ9A 3ITHA 3RR7A 4OKKA 1RT1A 4I2QA 4FJLA 3T1AA 4ELTA 2OPPA 3ZT3A 4J2DA 2HB5A 2F96A 3VQ8A 4DLGA 2EX3A 3WNHA 4DTPA 4H8KA 1S1TA 3RMDA 1ZBUA 2VWKA 1JL1A 3NF7A 3RWUA 4OKJA 3NGZA 4JS4A 1RDDA 3ALYA 4DFKA 2KFZA 4BE0A 1I39A 3KJVA 1J53A 4EP5A 3OVNA 1KLNA 1QE1A 4Z4EA 2IC3A 1RDBA 2ZD1A 1LW2A 4L8RB 4CJRA 4R5PA 3F73A 3LZIA 4GMJB 1SKSA 3DM2A 1TKTA 2G8FA 3CFOA 5C24A 2EHGA 4CJLA 4CECA 3OYEA 3L2UA 1ZBHA 1JLCA 1XI1A 4F2RA 1GOAA 4DQSA 5FDLA 3ZSXA 5CZ2A 2ZE2A 1WAJA 4CFBA 2RF2A 5HBMA 3SZ2A 1ZYQA 1BCOA 1Z26A 3U3YA 1RTDA 3CM5A 3K5MA 4DS4A 1VK0A 3RMCA 4CEDA 1IKWA 3ZSVA 3LDSA 4KB1A 1LAVA 3SCXA 2DFEA 2HHTA 1UWBA 1EP4A 4KTZA 4DSFA 4O0JA 3DLEA 3RMBA 1LWFA 3IS9A 4FZXC 4PWDA 4OLAA 2AJQA 4I9QA 1RDCA 2OYQA 4CF2A 1A5VA 4DS5A 1ZBLA 2B6AA 1D8YA 2RPIA 4W5OA 4IFVA 1BI4B 2OPQA 3G0ZA 3AVIA 2IOCA 2VG5A 1B92A 3ASMA 3OYHA 3ZT4A 4DTOA 3VQQA 3VN5A 3NH0A 1ASWA 1JLGA 1XHZA 1L5UA 4DG1A 4BDZA 1FKOA 3TAMA 5DK5A 3HP6A 4IFYA 3QEWA 1TK8A 1REVA 1VSJA 4CCHA 4K8ZA 3NE6A 3CQ8A 4NYFA 1SV5A 3DRRA 1XC9A 3KLEA 1J9AA 3QINA 1RTJA 4CEBA 1TVRA 2DFHA 4MQ3A 1C1BA 1WNSA 4CF8A 4C8KA 4DTNA 1BQNA 2OPRA 3AO4A 1KVCA 3AO3A 3VQ4A 4N5SA 3K58A 3HVTA 2BDPA 1BIUA 1MU2A 5HRPA 4B9VA 3OYCA 1UA1A 2JLEA 5T7BA 4NCBA 2G8IA 4FJXA 2YKMA 1WSGA 4KHYA 1SL2A 4FJ5A 4FJJA 1BISA 4RG8A 3SV4A 4GVMA 1A5WA 4E19A 3SUNA 1KRPA 2RN2A 2X6SA 3PUFA 3PY8A 2E6MA 4CK1A 3NBPA 2G8WA 3BDPA 4ELUA 5C42A 1BHLA 3L2VA 3TABA 5HRNA 3PX0A 3L8BA 2YHBA 3NF6A 3DYAA 4CF1A 1VSFA 3K5OA 2XY5A 4PQUA 3MEGA 3LAMA 5K14A 1U49A 1X9MA 1N6QA 3PO5A 1IG9A 1NK4A 4DTMA 4KFBA 1TAUA 3I0RA 3ZSZA 4WE1A 4FZZA 3QEVA 3L3UA 3BGRA 2B5JA 2A1RA 3EY1A 3OYBA 1CZ9A 2PY5A 3HYFA 4B9MA 4LH4A 3ZSOA 4CJEA 4M45A 1R0AA 1HYSA 4J2BA 4OVLA 3OYDA 4FLTA 1NJXA 4LH5A 3KKRA 2HNYA 1T05A 1BIZA 3QNNA 4CIFA 3KLGA 2YNGA 1SKWA 2P1JA 1KLMA 5KGXA 4B08A 1SL1A 3AVGA 3DLHA 4DQPA 3HXMA 4FJHA 3QIPA 3QESA 5DMRA 3VQCA 3LWLA 4OKEA 3T3FA 3D0PA 2KQ2A 2E4LA 1U04A 1JXEA 3AVMA 2QKBA 5FRMA 1KCFA 3OJUA 1NK5A 3F9KA 3HPGA 4CFDA 1RTIA 2VG7A 3DLRA 3AO2A 3V1QA 4BDYA 4DF8A 3TANA 4YNQA 5CY4A 1A5XA 2LSNA 3MXJA 4W5TA 4KAZA 1HNVA 4H4OA 4CHZA 4HVJA 1NJZA 1Q9XA 3JYTA 3KTQA 1TV6A 4DFJA 1JLQA 2IGIA 3OYGA 4DQIA 1IKYA 4I2PA 4CIGA 4CEFA 1D9DA 2PYLA 4IBNA 4CGHA 3OS2A 4JLHA 4AHUA 1HMVA 4XIUA 1SUQA 3KK1A 1YTUA 4Q0BA 3LP2A 3LZJA 1CXQA 4FLXA 3QIOA 4PUOA 3VQPA 1EX4A 2D0BA 1GOCA 2F8TA 1ITGA 1U48A 1C0MA 2YNIA 1C1AA 5J2MA 3AVAA 2VG6A 3VQAA 3L2WA 4M3YA 1T8EA 4RW6A 3K57A 2IS3A 4CHPA 4Z4CA 1T03A 2R7YA 1LAWA 4CFCA 4QAGA 3KK3A 5FROA 4CHNA 2A1SA 1FXXA 2FC0A 3NGYA 1VSHA 3TAGA 4C8NA 4KKOA 3PX4A 3HM9A 4KHQA 1Y97A 4HUGA 3NF9A 4FLVA 1S1WA 2HMIA 3CM6A 2FBXA 3O3FA 3V81A 1RBTA 1C0TA 3KD5E 3AA4A 3TWHA 2IDOA 2Y1IA 2O4IA 3DMJA 5JS1A 1WSIA 2XY8A 1UOCA 4AILC 3S9HA 3AVNA 3U6FA 3V9UA 2ITGA 1RT3A 4NCGA 4CF0A 2Z1HA 3S3NA 3I8DA 4BE1A 1RTHA 5SZTA 4KTQA 4NCAA 1IH7A 2Q3SA 3ZT0A 1LV5A 3V4IA 1TAQA 3DOKA 3TAQA 3V9ZA 3NH2A 2HW3A 4CEAA 2ETJA 4KTWA 3V9XA 4FM1A 3NFAA 1WSHA 4O4GA 1WSJA 3RTVA 5HLFA 4W5RA 1Q8IA 4ZTJA 4B9NA 3WNEA 4M3RA 3B6PA 4N47A 3HL8A 3LP0A 5KI6A 1WSEA 1EXQA 4KHNA 4OGEA 4CJPA 4CK3A 3V9SA 4ZTFA 2X78A 4F3OA 1RILA 4F8RA 3SQ2A 2KZZA 1VSMA 4AHVA 3WNGA 1NJWA 4LD0A 2G8VA 3QO9A 3MEEA 5J2NA 3TAPA 3TI0A 4DSIA 5HP1A 1RCHA 4IG0A 3PV8A 1ZBFA 1TK0A 3VA0A 1BGXT 4OJRA 3THVA 2BE2A 1D9FA 3MEDA 4CGJA 5FRNA 3DRPA 1F21A 4DU4A 4HCBA 4DU1A 3C95A 3M8QA 4CJVA 1WSFA 2Z1GA 4J2EA 1BQMA 3MXIA 3M8RA 3RMAA 3SYZA 1L3SA 4LY7A 3AVBA 4RW8A 2P51A 3VQEA 4AHTA 4CJWA 4N41A 1SKRA 3UIQA 4M3WA 3DOLA 1QS4A 5J2PA 1NKEA 3OYJA 4FM2A 4C8OA 3G10A 4OGCA 2X6NA 1EKEA 1DTQA 3B6OA 3C6UA 4HTUA 4FVMA 4CJSA 4JS5A 3QERA 3QNOA 4FJ8A 1FKPA 1JKHA 1TKXA 1SL0A 1HPZA 4CJFA 1VRUA 1N5YA 3L2QA 3LANA 1BCMA 1S1XA 3TARA 4KRFA 3NH1A 2YV0X 3HPHA 4E7KA 1QSLA 4DSKA 3SUQA 3A2FA 1G15A 1DLOA 2FBYA 3AVJA 3MAQA 4M3TA 1ASUA 4KHWA 1U47A 4DU3A 3QETA 1S6PA 3HP9A 4EZ9A 1HJRA 1Z25A 1U45A 4KI6A 4Y1DA 4RW7A 5SWMA 4G1QA 4CHOA 3JSMA 1NK9A 3DI6A 1DTTA 3QEIA 3LALA 4F2SA 4KPYA 4FW2A 1K6YA 4CFAA 3IG1A 4FCYA 1X9SA 2XRIA 5KGWA 1NOZA 4AHCA 1S1UA 1C0UA 2Z1JA 4CJ4A 5C25A 2W42A 1NK7A 1NJYA 2YNFA 3NAEA 4E0DA 4I9LA 2ZQBA 4F3TA 4FM0A 1O1WA 4M3UA 1S6QA 3AO1A 1QSYA 4FZYA 3NGIA 3KKSA 2XY7A 4EP4A 5HRSA 3RRHA 3M8PA 4FW1A 2XY6A 1EETA 3VQDA 1KVAA 1QSSA 1QQCA 1KFSA 1RNHA 4HUFA 4KREA 3ZT1A 4DFMA 3KIOA 1HQEA 2X74A 3KLHA 4ID5A 3TAEA 4AHSA 2HVIA 2HHXA 1I3AA 1VSIA 4O44A 4FJNA 4ID1A 3AO5A 2KW4A 3LPTA 3HVRA 4KV8A 3CYMA 4YFUA 3RRGA 1VSDA 2D0AA 4ELVA 3C94A 3AA5X 3VQBA 5KTQA 3HO1A 3K59A 4E1NA 4N76A 4ICLA 1ZBIA 3NHGA 3EYZA 2HHSA 3AA2A 3LP1A 3VQ6A 2BANA 5CZ1A 3QEXA 1S9GA 4GW6A 2P5GA 3K2PA 4C8LA 4HHTA 4B8CA 4EZ6A 3LAKA 2YHAA 4CERA 1JLFA 2HNZA 3S3OA 4O0IA 3U3GA 1TGOA 2E6LA 4CHQA 4DSLA 4Z4IA 2HHQA 4CJ3A 4B8AB 4DSJA 3SPYA 1NKBA 4FK2A 1BI4A 1LWEA 3FFIA 2FBVA 3AA3A 4FLWA 1LW0A 3E01A 4IG3A 2G8UA 3AVKA 4FLYA 4TSXA 4DLEA 2GBZA 4CJUA 4Z0UA 3EZ5A 3VA3A 4CEZA 4E7HA 4E7LA 4E7IA 3PX6A 3MXMA 4DTXA 3SUOA 4ZHRA 5E41A 1NK8A 1BL3A 1NKCA 3OS1A 2PYJA 3O4NA 3ZSYA 3SI6A 3OYAA 1YT3A 1WLJA 4JRQA 2F8SA 4DFPA 4E3SA 1S5JA 2Z1IA 4CJTA 2XHBA 4KHSA 3SQ4A 1D5AA 3P5JA 4UQGA 3OYMA 1U4BA 4E7JA 2KTQA 3I0SA 3OYNA 3PO4A 4DTRA 1X9WA 4B9SA 2B4JA 3CFPA 4DF4A 4K8XA 2OZSA 1CLQA 4CJQA 3IAYA 2Y1JA 1TK5A 4KI4A 3NDKA 4QOZB 5J1EA 4DTSA 2OA8A 3DRSA 4HCCA 1JXBA 3TR8A 3LPUA 4LSNA 2BGGA 3OYKA 2QXFA 3M8SA 4M3ZA 4CIEA 3V6DA 4E1MA 1VRTA 3QEPA 2GV9A 1RT7A 3QLHA 1JLBA 4Q5VA 2DFFA 4OLBA 4CGGA 5D3GA 3KD1E 1J54A 4DQQA 4Y1CA 1NOYA 1JLEA 3ZSWA 1TL3A 4MFBA 4FYDA 3P83D 3K5LA 1RBVA 1RT2A 2RKIA 4CGIA 1X1PA 4DQRA 3VQ5A 1W9HA 4KHUA 3KK2A 1VSKA 1IO2A 2PZSA 2QK9A 4J2AA 3NF8A 4CE9A 3TAFA 3C6TA 2HHUA 3AVHA 4CHYA 3ULDA 3SV3A 4W5NA 4CEOA 4DTJA 3ZT2A 3ZCMA 3LWMA 1L3TA 4JRPA 1UA0A 3O3GA 4IDKA 1HNIA 2NUBA 1WN7A 1C1CA 4HUEA 3ZSQA 4Z4GA 4FJ9A 3V1RA 3SQ1A 4B9LA 1TKZA 4FJKA 2GUIA 3O4QA 1KVBA 2IAJA 2HHVA 4FJIA 4F4KA 2ATQA 3NCIA 1YTAA 4M41A 4O55A 4B3OA 2HVHA 1ASVA 1YVUA 1QHTA 1TKDA 2G8KA 2O4GA 1TL1A 4M42A 2DTUA 3OS0A 4RW9A 4FJMA 3L2RA 4CJKA 2P5OA 3O3HA 1JLAA 3SPZA 1CZBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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