4FK0A

Rb69 dna polymerase ternary complex with dctp/dg
Total Genus 317
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
317
sequence length
900
structure length
900
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title DNA mismatch synthesis complexes provide insights into base selectivity of a B family DNA polymerase.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule keywords DNA polymerase
total genus 317
structure length 900
sequence length 900
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-06-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4fk0A05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4fk0A01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4fk0A02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4fk0A06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4fk0A03
3TAQA 3SCXA 4RW4A 1JL2A 2DTUA 4KV8A 4KTWA 4B8CA 4KHWA 3TARA 2W42A 1RTIA 3DLEA 3V1OA 2PYJA 5DK5A 1D8YA 4CJ4A 4B9TA 1C1AA 4BDPA 4N76A 3SUQA 1L3SA 4CF8A 2QXFA 3QEVA 1A5VA 1HNIA 2HVIA 3RWUA 4RW8A 2YNHA 2FBXA 1ZBHA 3QLHA 2KZMA 4HUEA 1BI4A 1TKDA 1VSEA 3CFOA 2YKMA 1I39A 1QE1A 3NF6A 2RPIA 3NGYA 4DSJA 1KCFA 3DMJA 1TGOA 2E6LA 3D0PA 1VRTA 1ZBUA 4CJTA 3NF9A 3ZCMA 1NK8A 3TAPA 2HHWA 3SUOA 2B5JA 2HNZA 2YNGA 3DYAA 1S1WA 4MQ3A 3QEIA 4CEAA 4KB0A 1RDAA 1CZBA 1WSGA 4CJKA 5J2NA 3OYBA 3U3YA 2X78A 4CHYA 3KLGA 3LZJA 1SL2A 4HUGA 3UIQA 3SZ2A 3CQ8A 4I9QA 2KTQA 4KB1A 1WN7A 2VWKA 2PYLA 2P5OA 1RDCA 2D0AA 3L8BA 2RF2A 3KKSA 3U3GA 4CGFA 1N5YA 3OYFA 4QCLA 1NJYA 3DOKA 3P1GA 4R5PA 2HW3A 3AVIA 3V9UA 5CYMA 1QTMA 2YV0X 4F3TA 4FW2A 3VQ7A 3PV8A 2G8WA 2BE2A 4FJHA 1UWBA 3QEXA 1SUQA 3C94A 4DFPA 3G10A 1KLNA 1CXUA 5CZ2A 4OGCA 4C8KA 1TKTA 1VSKA 3CYMA 1WLJA 4DWIA 3KJVA 2KQ2A 5JS2A 4CGJA 1L3UA 4ELUA 4FJIA 4NCAA 1LWEA 4CEDA 4O0IA 3HP9A 3ISNC 3SV4A 4IFYA 3RR7A 1ZBIA 2G8IA 3NDKA 4BE2A 1VSDA 1TK0A 3CM6A 3KIOA 4HUFA 3SPZA 3QIPA 4RW7A 4C8LA 4DLEA 3TR8A 4M3RA 3HVTA 4E7JA 1KVCA 1G15A 1DTQA 1J53A 4CGGA 3HPGA 1BIZA 3RMAA 2HHVA 3HPOA 4KAZA 3AVJA 3AO3A 3MXJA 2LSNA 4I2QA 1R0AA 2IDOA 3QIOA 4KI4A 4NCGA 1QSSA 4CJLA 2KFNA 2NUBA 3OYKA 1HMVA 3DRRA 4JLHA 4I7FA 4LY7A 4Z4GA 1CLQA 4OJRA 4CFDA 3S3NA 4B9MA 1HYVA 1KVAA 1LAVA 1WSJA 2HHQA 2QKBA 4M3ZA 3G0ZA 3AA2A 3IS9A 1YT3A 4CJ5A 1VSLA 1JKHA 4CFAA 4CK3A 3WNEA 3VQ9A 4Z0UA 1TKXA 3AO1A 4LH4A 3QETA 3AA5X 4W5QA 4LD0A 5HRSA 3L3VA 4DFKA 3C6TA 1Q9YA 5KI6A 3LAKA 4CHNA 3OYIA 3C6UA 4FJ9A 2RKIA 3V1QA 4DFMA 4Q0BA 4DTSA 1JLBA 4AHSA 4Q5VA 5J2PA 1D9DA 4J2AA 3V9ZA 4G1QA 3OYDA 2Y1IA 2DY4A 3RRHA 4O55A 1J5OA 1RBRA 2E6MA 1BL3A 2OZMA 1MU2A 3K5NA 3QINA 2HHSA 4E1MA 4AILC 1RILA 1TKZA 1BISA 1C1CA 4CHQA 4DQIA 3K2PA 3AA3A 1QSLA 1VSHA 3F9KA 1IH7A 3IAYA 4N47A 4FZXC 1QSYA 3C95A 1S1TA 4CCHA 3OVNA 4OPKA 2D0BA 1U48A 4KHQA 3L2VA 4DTXA 1F21A 4DSIA 3AVMA 4LH5A 3KKRA 4B9LA 1KTQA 4OPJA 1X9MA 4BWJA 4C8OA 4KREA 1DTTA 3ZT1A 3NH0A 4CJEA 4DTRA 1C1BA 5I3UA 3LZIA 1CZ9A 4B08A 3O3HA 3TANA 1S6QA 1RCHA 2BDPA 4N5SA 1NOYA 2D0CA 4FYDA 2ZQBA 1S6PA 3NH1A 1W9HA 2IOCA 4WE1A 4HCCA 4E3SA 1BIUA 3KK3A 3ZSYA 5C42A 3NH2A 4KHNA 1RTJA 4K8ZA 4JS4A 1FKPA 1IKVA 3DRPA 1D5AA 1QHTA 2Q3SA 2PZSA 2FC0A 4K8XA 1VSMA 4C8MA 2PY5A 1JLEA 4CIGA 3SQ2A 4FK0A 4FLTA 3ZSRA 3EYZA 4DQSA 2XY6A 3QNOA 4Z4EA 1RTHA 2P5GA 1Q8IA 3VQPA 1K6YA 5HRNA 1EXQA 3VQBA 2G8KA 2XHBA 3LALA 4LSNA 1I3AA 2B6AA 1LAWA 2I5JA 4BWMA 3AVLA 1NK4A 1N6QA 2HHTA 3K57A 1HPZA 2F8TA 4HTUA 4M45A 1S9EA 4JRQA 3DOLA 1EP4A 3RMDA 4EP5A 3HT3A 3NFAA 1UA0A 2KFZA 5I42A 1UOCA 4YNQA 3QNNA 1B9FA 1NJWA 4B9VA 3OYHA 2XY8A 4DU1A 1FK9A 1NK7A 1S5JA 2HMIA 3HJFA 2KZZA 1JXEA 4CHPA 3PX0A 4O44A 3RMCA 3WNHA 3T19A 4DQPA 3OS2A 4E1NA 5KRTA 1BI4B 4ZTFA 3LDSA 3DRSA 4FJMA 3LP1A 5KRSA 5HRPA 2A1SA 2FBVA 3K5OA 3K58A 5JS1A 4DTMA 3LP0A 3S9HA 3SYZA 3MEGA 3WNFA 1T8EA 3DLBA 1BHLA 3HP6A 4ICLA 3NAEA 1HJRA 3BGRA 5EU7A 4CF1A 4CFBA 4FJJA 1SKRA 3VQCA 1T03A 1U04A 2HNYA 3OYGA 4N41A 3SUPA 1LW2A 4GW6A 1ASWA 1Y97A 4Z4FA 1HNVA 4CJ3A 3OY9A 3DM2A 5CYQA 3VQQA 3M8PA 3JYTA 3AO2A 3PO4A 1KFSA 4F2RA 4BDYA 1DLOA 2XY5A 1SL1A 3VQ8A 3QESA 4DF8A 1XHXA 3VQ6A 2OA8A 2QK9A 4CGHA 3VQDA 4NYNA 4PY5A 3LANA 4H4OA 1RTDA 5HP1A 3OYCA 4EP4A 3ZSWA 4W5RA 2XRIA 4AHUA 4CJUA 3THVA 4LSLA 4FK4A 3HK2A 4GVMA 5FDLA 1IKXA 4C8NA 3O3FA 1RNHA 3VQ5A 1L3TA 4E7HA 1B9DA 1KRPA 4DMNA 4BE0A 2IC3A 3ZSOA 4M3XA 3O4NA 2IS3A 1S1VA 4OKEA 3ASMA 3L2UA 3TI0A 3L2QA 4FJXA 3OYNA 2F8SA 3KLFA 4KI6A 1W0HA 3PUFA 1RBVA 3JSMA 4FVMA 3O3GA 4J2EA 3U6FA 3K59A 1VSJA 4IDKA 3AVHA 1LWFA 4DTUA 1T7PA 3SUNA 2X6SA 3M8SA 3DLKA 4CJFA 4DQRA 4B3OA 1KLMA 2FBTA 1HYSA 3S3MA 4DTNA 1RT1A 3I0SA 1BGXT 4J2DA 4E89A 1BQMA 3A2FA 4CJPA 4AHTA 1NK9A 4E0DA 4KHYA 3MEEA 1TAQA 4CERA 3HO1A 4QOZB 1NK6A 1LV5A 1C0TA 1WSEA 3VA3A 4DSKA 4E7LA 3SI6A 1C0MA 2GBZA 3CG7A 3DLGA 3IRXA 2VG7A 3MECA 4O5BA 3V9XA 4OKJA 1YTAA 4HHTA 4CESA 1ASVA 4F4KA 1BCOA 3AVFA 4NCBA 3AA4A 1KSPA 4FLYA 2X6NA 2VWJA 4RG8A 4FJNA 1TL1A 4AH9A 4E19A 4DTJA 1VRUA 2WOMA 4H4MA 2G8FA 2OYQA 3OYJA 3HXMA 4FK2A 1RT5A 1TVRA 4CEZA 1RBSA 1WSHA 1IKYA 1S1XA 3TAEA 1FXXA 3E01A 4OLAA 2GUIA 3NF8A 3KK2A 4CGDA 2Y1JA 1WSFA 2JGUA 3ZT2A 4M3UA 4CECA 3PX4A 3MXIA 2HNDA 4DS4A 4FZYA 4PWDA 3EZ5A 2IGIA 4DU3A 3LWMA 2Z1JA 1NK5A 4RW9A 4Y1CA 2P51A 4B9UA 3SPYA 5HLFA 5DMRA 3K5LA 5J2MA 2HHXA 1J54A 2P1JA 3RR8A 2ETJA 1D9FA 4ELTA 4AHRA 1QS4A 1O1WA 3P83D 2VG6A 4ID1A 4O4GA 3OYLA 3MAQA 3ZT4A 1TK5A 1JLAA 1EX4A 4EZ9A 3TAFA 4HCBA 1RBUA 4GMJB 1SKWA 4DSLA 2HB5A 3V4IA 3TABA 2A1RA 1NJXA 2G8UA 4ELVA 1X9WA 4IFVA 4YFUA 3KLEA 3IG1A 3OYEA 4KRFA 4FJ7A 1X9SA 3V9SA 4MFBA 5C24A 4CJWA 1T05A 1BQNA 4CIEA 3OS1A 1WSIA 2BANA 1A5WA 1A5XA 4CF0A 3ALYA 3LPUA 4Z4CA 1RDDA 3LP3A 5KGWA 5FRNA 4KHSA 3NE6A 3V9WA 1U45A 2IAJA 3M8QA 4M3TA 2Z1GA 4BDZA 3AVNA 4DTOA 4FZZA 1TL3A 2O4GA 4F2SA 2HVHA 4DFJA 1HQEA 3TWHA 3RTVA 5CZ1A 3ZSVA 3OYAA 4KHUA 1SV5A 4DSFA 3CFRA 4DS5A 2G8HA 3AO5A 3V1RA 2GV9A 3S3OA 5J2QA 2Z1IA 4I2PA 4CJQA 4IG0A 4I9LA 4CIFA 1U47A 3OJSA 4J2BA 2D5RA 4KO0A 4CEFA 1XWLA 1NKBA 1HQUA 1ZBFA 3KLHA 4F8RA 3V81A 1WAJA 4Y1DA 3HYFA 4OVLA 5KTQA 1IO2A 1BCMA 2O4IA 1ASUA 3AV9A 4O0JA 1JL1A 3M8RA 2KW4A 2OPSA 4CJRA 4N56A 1Z26A 1TAUA 4CEQA 4PQUA 3SV3A 4E7KA 1VK0A 1RT3A 5SWMA 4FLWA 5HRRA 1VSIA 1L3VA 1EKEA 2YNFA 2ZD1A 3NF7A 3ZSXA 3LP2A 4DG1A 4Z4HA 4FCYA 3RRGA 3SQ1A 1UAXA 1C0UA 3QERA 1VSFA 3HSTB 4B9SA 4IG3A 4CGIA 2XY7A 4CJSA 3AO4A 4CK1A 1ZBLA 3PO5A 2HHUA 2YHAA 5J1EA 3MXMA 1Q9XA 1RT7A 4KKOA 4FJ8A 4BE1A 3H08A 3QO9A 1UA1A 1EETA 4L8RB 4DU4A 3SQ0A 2E4LA 1NK0A 1JLQA 1HRHA 3HM9A 4JRPA 4FJ5A 3KD5E 4UQGA 1J9AA 3F73A 1RDBA 3OS0A 3NGIA 4E7IA 3BDPA 1IG9A 3EY1A 3LAMA 3SJJA 1XHZA 3VA0A 2BGGA 5FRMA 4FM1A 4FLVA 4IBNA 4DTPA 1REVA 3VQEA 4M3YA 4CEEA 1YVUA 3HVRA 3CFPA 2WONA 3NBPA 4NYFA 1ZYQA 4M41A 4B9NA 2XO7A 4CHZA 1TK8A 3I0RA 4DQQA 1SKSA 3NHGA 4PUOA 4ZTJA 4FW1A 3T3FA 4CHOA 3HL8A 5C25A 4RW6A 4QAGA 3AVAA 1LWCA 2VG5A 3AVKA 4OKKA 1XC9A 1QQCA 3SQ4A 1NKCA 4FM0A 3QEPA 4EZ6A 2DFFA 3L3UA 3T1AA 3B6PA 4FLUA 4DSEA 4M3WA 3P5JA 3VQ4A 1X1PA 1GOBA 3OYMA 4CF9A 3VN5A 3MEDA 2OPPA 3SNNA 4CEOA 3LWLA 5HROA 1GOAA 3ITHA 4W5NA 4FJKA 1RT4A 1U49A 2OPRA 3ZT0A 2R7YA 1RT2A 5SZTA 2OZSA 3V6DA 3KD1E 2FBYA 2YHBA 3L2WA 1KFDA 5K14A 3DLHA 4IKFA 2EHGA 5HBMA 2RN2A 1WAFA 1U4BA 4FJLA 4FLXA 1FKOA 5KGXA 3RMBA 3DLRA 4W5TA 3TAGA 1XI1A 3QEWA 3KTQA 4KPYA 2G8VA 2X74A 2B4JA 3ULDA 3L2RA 2F96A 3AVBA 3ZT3A 1B92A 3OJUA 3AVGA 1C6VA 3VQAA 4CF2A 4AHCA 4OGEA 1JLFA 1GOCA 3D45A 4JS5A 5FROA 4OLBA 1CXQA 2DFHA 3I8DA 4CJVA 3PY8A 3FFIA 3ZSZA 1RT6A 3K5MA 2QKKA 1S1UA 4TSXA 4B8AB 1JLGA 3B6OA 3O4QA 4DLGA 1RBTA 3NGZA 4CEBA 5CY4A 1Z25A 3DI6A 4FXDA 3ZSQA 2ATQA 5T7BA 1NKEA 4KTQA 5E41A 3KLIA 4Z4IA 4CK2A 4AHVA 1KVBA 1YTUA 4PA1A 1NOZA 4FM2A 1IKWA 3LPTA 4KTZA 3WNGA 4F3OA 3PX6A 1ITGA 3NCIA 2ITGA 4DF4A 1SL0A 2YKNA 3AVCA 4H8KA 4HVJA 5D3GA 1WNSA 1HYZA 3HPHA 4XIUA 2Z1HA 4M42A 2YNIA 1L5UA 2JLEA 1JXBA 1JLCA 4CE9A 3KK1A 3CM5A 4W5OA 1LW0A 4ZHRA 2AJQA 4ID5A 4CFCA 1NJZA 2OPQA 4KFBA 2DFEA 1S9GA 3TAMA 1TV6A 4FLZA 4BACA 2EX3A 4FJGA 2ZE2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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3BVOA 3AVMA 3KKRA 4C8OA 4BWJA 2FLOA 1DTTA 4CBWA 2D0OA 2HBKA 4DTRA 1NMDA 5I3UA 3O3HA 4RWTA 4LFCK 1S6QA 4FYDA 2ZQBA 1S6PA 4E3SA 1BIUA 2DEBA 3ZSYA 4DV4K 4JHDA 4KHNA 3WT0A 1RTJA 3ATUA 1YUWA 1GLDG 1VSMA 4X64K 2FYOA 1JLEA 3SQ2A 3ZSRA 3QNOA 1RTHA 3GBTA 4RNGA 3VQBA 3DXMB 3KHYA 2XHBA 3AAQA 3IFRA 1TYQB 4DV2K 1LAWA 4EAHD 2P9LA 4IWVA 3PSIA 1NK4A 1N6QA 2LF3A 2PBDA 2F8TA 4M45A 4JRQA 3RMDA 4Y0WA 3HT3A 3NFAA 4X5NA 1NJWA 3QNNA 4BRQA 4FWOA 2XY8A 1FK9A 1NK7A 1S5JA 4H0TB 3HJFA 3VENA 3PX0A 1QVGM 3RMCA 3T19A 5KRTA 1BI4B 3LDSA 4JKGB 5B8HA 2A1SA 5C2DA 4IXCA 4DTMA 3LP0A 2PFUA 3MEGA 3WNFA 4C1NK 3DLBA 1BHLA 4DV7K 1L3UA 4CF1A 5EU7A 3VQCA 3OYGA 3E4WA 3ZX0A 2F9TA 3JYTA 4NLBA 2YJFA 1KFSA 1DLOA 1X3NA 3VQ8A 4DF8A 3VQDA 3WXJA 1RTDA 1VHXA 4IFEA 3PLAA 4EP4A 3ZSWA 2XRIA 4CJUA 4LSLA 5C2FA 4GVMA 2JH9A 4DMNA 4PKGA 3IUCA 4M3XA 3CETA 1Q81O 1NMNA 3ASMA 1VQ7N 2YHYA 4KI6A 4QNCA 1RBVA 4BR0A 2BH1A 3U6FA 1K9MO 1LWFA 4DTUA 1XC3A 5LMUK 3M8SA 4CJFA 4B3OA 1FS1A 3S3MA 4DTNA 1KXPA 1XVBE 4O8UA 4E89A 3THXA 1QVFM 2ZM6K 3MEEA 4E7LA 1FZ7E 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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