4FK4A

Rb69 dna polymerase ternary complex with dgtp/dg
Total Genus 328
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
328
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title DNA mismatch synthesis complexes provide insights into base selectivity of a B family DNA polymerase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DNA polymerase
molecule tags Transferase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 328
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-06-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4fk4A05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4fk4A01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4fk4A02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4fk4A06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4fk4A03
2JLEA 3VQDA 3MXIA 5EU7A 3MEEA 4HCCA 2HNYA 3K57A 3M8RA 3VQ4A 4R5PA 4CHOA 3L2VA 1A5WA 4JRQA 5HROA 1WSHA 4DTJA 5DK5A 4IBNA 2Z1HA 4FXDA 2DFFA 3LZIA 2P5OA 3AVIA 4FCYA 3TAPA 4KAZA 1D9DA 5DMRA 4KREA 2HHTA 4W5NA 3B6PA 4FK0A 1ZYQA 1EX4A 4QCLA 4AHCA 4DF4A 1UAXA 4LH5A 1HQEA 3KK1A 3QERA 1WSIA 4LD0A 3ZSOA 4Z4FA 3AO5A 1S1TA 3V1QA 3QLHA 4F8RA 1X1PA 4OJRA 4B8CA 4KHNA 4Y1CA 1RDDA 1NK6A 4FJLA 1J9AA 1KVBA 4B9MA 4N47A 1S5JA 3KIOA 3PY8A 3AA2A 3L2QA 3V9SA 1U48A 1Q9XA 1LWCA 3TAFA 1DTQA 4DTPA 3MECA 3WNEA 1SKRA 2HHWA 1WAJA 4CK2A 1BL3A 4NCBA 4DFJA 3TARA 3QNNA 3OYBA 2OZSA 3VQQA 1FXXA 3AVMA 2DY4A 1S1WA 3PUFA 4CJQA 4XIUA 4BDYA 1R0AA 2HHSA 4M45A 3LP1A 3DRSA 3P1GA 3PX0A 4B9NA 4B8AB 3OYHA 1UOCA 3F9KA 4E7KA 2RF2A 4CJLA 1CZBA 1BIZA 1RDCA 3V1RA 3PX6A 3RR8A 4B9LA 4M3RA 2FBXA 2OPPA 2P1JA 3CM5A 1SKSA 4FYDA 4FM2A 3U3YA 3QESA 4AHUA 4E1MA 2F8SA 1WSEA 3OYLA 3K58A 1SL2A 2G8KA 4KV8A 3PV8A 2QK9A 3V4IA 3VQ5A 5KGXA 4I9LA 1RTDA 4CGHA 2YHAA 1KVAA 1SKWA 5C42A 3LZJA 3VQEA 3SQ1A 4IFYA 2RKIA 4AHRA 2RN2A 4K8XA 2GUIA 1IKYA 1TKDA 4KTZA 3ZT1A 5HRPA 4IG0A 1C0MA 1LW0A 3G10A 3TABA 4RW6A 3ZCMA 4CF8A 3DRRA 4CJKA 1RBTA 4FLWA 3PO4A 1XWLA 4C8NA 3VQ6A 4FLXA 2OPQA 2ATQA 1BISA 1JLAA 1TAUA 3TANA 3K5MA 3HPHA 1KFDA 4I2PA 4I7FA 3VQ9A 3QEIA 5CZ1A 3C6UA 4FJIA 4DU4A 4DTSA 4CGIA 4CJEA 3O3HA 3CG7A 4B9TA 5HP1A 4FZYA 3AO1A 1JLCA 4BE2A 4EZ9A 1D5AA 4ZTJA 2ETJA 2VWKA 3NGIA 2DFHA 3DLHA 3HVTA 4CGGA 1L3TA 2YKNA 4RG8A 3OYGA 3SUOA 1RTJA 4DSFA 2VG6A 1CLQA 2PYLA 1JL2A 3VQAA 3RRGA 3I0SA 3VQ8A 1B9DA 2KQ2A 1VSIA 1Y97A 4CJFA 5T7BA 4E7JA 1KRPA 3AVLA 4CIFA 1EP4A 4LY7A 1LAWA 1KSPA 4DSJA 5J2PA 4M3YA 3HK2A 3VN5A 4CF2A 4H8KA 1C1BA 2W42A 4NCGA 1HYSA 3AA3A 1IKWA 3AVNA 4CEFA 3EZ5A 4Y1DA 4BWJA 3RMAA 3OYNA 1T05A 2KW4A 1ZBIA 1TKTA 3THVA 4FW2A 1Z25A 4KTQA 1NKCA 1HMVA 4Q5VA 1QSYA 4JS4A 1S1XA 3ZSXA 4AHVA 4B9SA 1XC9A 2EX3A 3IRXA 3VQBA 3WNFA 3OYAA 1JL1A 2YV0X 4ID5A 3V81A 2OA8A 4ELUA 1KLMA 1JLFA 4FM1A 2GBZA 2FBYA 2I5JA 4K8ZA 3AA5X 4I9QA 4Q0BA 1XI1A 1LW2A 3E01A 3LPUA 4FK2A 1TV6A 1JXBA 2WONA 3AVKA 4RW4A 3IAYA 4KPYA 3KD5E 2ZD1A 4E19A 3SPZA 3OJUA 3KLGA 1W9HA 4IKFA 3NGZA 3O3FA 1O1WA 1S9EA 1Z26A 3K5LA 5KRTA 2OYQA 4C8KA 3AO4A 2HB5A 3OYEA 2LSNA 3V9UA 4KHQA 4OKKA 3TR8A 4KO0A 3CYMA 3ZSQA 3IG1A 3LP2A 4BE1A 4CK3A 3BDPA 3UIQA 1DTTA 4OPKA 1WN7A 3ALYA 1KCFA 2G8VA 3DLGA 1RBSA 1D8YA 1IO2A 1KTQA 4M41A 3HSTB 4DQSA 2A1RA 1VSDA 3T19A 1BHLA 4CGFA 3O4QA 2DFEA 2G8FA 4CHNA 2KZMA 4NYNA 1IH7A 3EYZA 1NJYA 3TWHA 1RT1A 4PA1A 4KB1A 2R7YA 1UWBA 1YT3A 1HPZA 3SCXA 4CGJA 4KKOA 1SV5A 3S9HA 2HVIA 1RNHA 4FVMA 1TK5A 2Y1IA 3NH0A 1FK9A 5CZ2A 4O44A 3CFOA 2Z1JA 4KI4A 3V9WA 4PUOA 4FLUA 1X9WA 3AVFA 4IDKA 2G8HA 1WSFA 4AH9A 3KKRA 4B08A 3HL8A 3RMDA 4FJ5A 1T8EA 4OGEA 1ITGA 2E4LA 2IGIA 4OPJA 3TAGA 2AJQA 3T3FA 3ZT0A 1C1CA 4CJSA 1NJXA 4FLYA 1IKXA 1KVCA 3MXJA 3DM2A 3SJJA 1QQCA 1NJWA 1C6VA 3SQ4A 4CIGA 4DQRA 5HLFA 2HHUA 4KFBA 4CHQA 3DOKA 1TGOA 2NUBA 1BIUA 2F96A 5I42A 4W5QA 4I2QA 4ID1A 2HHVA 3QIPA 4BWMA 2XY7A 4DS5A 1BI4B 1Q8IA 3OVNA 5KRSA 3PO5A 4FJ9A 1HNVA 2WOMA 3AVCA 4N5SA 4E1NA 1L3UA 2X74A 1HNIA 4F3TA 3HJFA 3C94A 5J1EA 3V9XA 1LAVA 1JKHA 3CFPA 1WAFA 3TAEA 5KGWA 1LV5A 5HRRA 1SL1A 3OYFA 4CF0A 4GVMA 3OYDA 2G8UA 3DLEA 1QSSA 4DG1A 3G0ZA 3KLIA 1GOAA 1FKOA 1UA0A 1YVUA 3NCIA 2P5GA 4CEQA 1NOYA 1IG9A 3DMJA 4OKJA 1BI4A 3AVJA 3HVRA 3NF9A 4DFKA 1NK9A 5FRNA 2QXFA 1X9SA 4DQPA 4KB0A 4PWDA 4DS4A 4DF8A 1JLBA 4CE9A 3OYJA 4DSEA 4QOZB 3OS1A 4RW9A 2BE2A 1RBVA 3DRPA 1VSHA 4M42A 3CM6A 3FFIA 4CFDA 3LP3A 4N56A 3OYKA 3EY1A 3S3MA 1RDAA 2VG7A 1G15A 3L8BA 4FJXA 1BGXT 5JS2A 1T7PA 4CEEA 4CJPA 1GOBA 5CYMA 1NK8A 2E6MA 2O4GA 1X9MA 5HBMA 2BANA 4CHYA 3TAQA 3VA3A 3TAMA 1NK7A 4DQQA 2HMIA 5D3GA 4CJVA 5C24A 2GV9A 1RT3A 2QKKA 3HP6A 1WSJA 3QNOA 4KI6A 3HPGA 2BDPA 3RMBA 2XHBA 3ITHA 1HQUA 4EP5A 4CHPA 1C1AA 4FK4A 3AO3A 1J53A 3AVHA 4F3OA 1JLGA 2FC0A 4BACA 1NKBA 4C8MA 4PY5A 2HHXA 3JSMA 1VSLA 1J5OA 3ULDA 3DLBA 3O3GA 4C8OA 4DU3A 1W0HA 2G8WA 1WNSA 4CJ4A 1J54A 1TK0A 1IKVA 4CJ3A 3SYZA 2HNZA 3RR7A 2YNGA 1MU2A 4W5OA 1VSEA 3NF7A 3P83D 3OYIA 3LALA 3H08A 4H4MA 3S3NA 4KHUA 1RDBA 3T1AA 1NK4A 4M3WA 1YTAA 3P5JA 3HM9A 4CJUA 4HTUA 5E41A 3A2FA 5K14A 3LANA 1EKEA 2B6AA 2HNDA 5CY4A 5HRSA 2KTQA 2YNIA 1BQMA 4YFUA 4OLAA 2X6NA 4CFAA 1VSKA 4FJNA 4DFMA 1CZ9A 1L3SA 4UQGA 4J2EA 3RWUA 4KRFA 1QS4A 1L3VA 3ZT2A 3OYMA 4CHZA 1TKXA 4HUGA 1SL0A 4OVLA 3F73A 4JRPA 3KK2A 3LP0A 3SNNA 4DTNA 3K5OA 2QKBA 4ICLA 1Q9YA 3D0PA 4E7IA 4B3OA 1CXUA 4O5BA 1A5VA 4EZ6A 4Z4CA 4EP4A 2XY8A 1RT2A 1RTHA 4CJRA 2YNFA 1RBRA 1VRUA 2IS3A 3NH1A 4KHWA 3KJVA 3KKSA 2D0AA 4MQ3A 1B9FA 1RCHA 4M3TA 1QTMA 3V1OA 4DTXA 1VSFA 4CGDA 3AVAA 3IS9A 2JGUA 1TL1A 2D5RA 3WNGA 2IOCA 3SUPA 4CK1A 1K6YA 2OZMA 4Z4IA 3VQCA 4O55A 2YNHA 1DLOA 4CEOA 4O0IA 3HP9A 1KLNA 4CIEA 1TAQA 3MAQA 3DLKA 1TVRA 1S1VA 1HYZA 3SV4A 3D45A 5HRNA 4M3UA 3SQ0A 1VRTA 1BCMA 2F8TA 1VSMA 4HUEA 4FZXC 2KFNA 4F2RA 4DTRA 3LAMA 3L2RA 4RW8A 4QAGA 1ASUA 4BDZA 3SUNA 4FJKA 2XY6A 1NJZA 4LSLA 3ZSVA 3MEDA 1BQNA 3SUQA 4ELVA 3DYAA 4F4KA 2HVHA 3LAKA 3MXMA 4AHTA 3KLHA 3QEVA 3HT3A 1A5XA 2BGGA 1HYVA 5SZTA 4H4OA 4J2DA 4LH4A 3OYCA 4HCBA 1RT7A 3ISNC 4CJ5A 4N41A 4DTOA 1T03A 2PY5A 2Z1GA 1RBUA 3OS0A 4F2SA 3QEWA 1XHXA 1U04A 1N5YA 2D0CA 4HVJA 4DSLA 4J2BA 1FKPA 3C6TA 3HXMA 1F21A 3M8PA 2IDOA 5I3UA 4FLVA 3QO9A 3AV9A 3MEGA 2ZQBA 3QETA 2HHQA 1RT5A 3ZSZA 4HUFA 1QE1A 4B9VA 3B6OA 3JYTA 3V9ZA 4Z4GA 2PYJA 3BGRA 2XO7A 1CXQA 2OPSA 3AVGA 4CEBA 3QEXA 3HPOA 4O4GA 1JXEA 4B9UA 4OKEA 3O4NA 4IFVA 1U49A 1N6QA 4E0DA 5FRMA 5JS1A 1KFSA 5FDLA 3ZT3A 2KZZA 4KHSA 3ASMA 4FJMA 3OJSA 3SZ2A 2X6SA 4G1QA 1TK8A 4FM0A 1I3AA 2Z1IA 3WNHA 1SUQA 3ZSRA 3ZSWA 4DMNA 4E7HA 3LWMA 3KLFA 4CF9A 4DFPA 4DLEA 3C95A 4DTUA 3V6DA 2OPRA 3L2WA 3NF6A 2IAJA 2KFZA 5FROA 2PZSA 3NAEA 4DSKA 5J2MA 3L3UA 3K5NA 4CJTA 1TKZA 1D9FA 3NBPA 5KTQA 4CEZA 3NH2A 2VWJA 4IG3A 1EXQA 4J2AA 2HW3A 3LPTA 4Z4HA 4JLHA 4FJGA 1RT6A 4Z4EA 2FBTA 4NYFA 4AHSA 4JS5A 4M3XA 4FZZA 4OLBA 3VQ7A 1L5UA 3HYFA 1LWFA 4CECA 3DLRA 1REVA 1NKEA 4TSXA 2Q3SA 2B5JA 3DOLA 5KI6A 3LDSA 4OGCA 2Y1JA 3SQ2A 1JLEA 1WSGA 3ZT4A 1VSJA 4MFBA 1NK0A 4ELTA 3RMCA 4GMJB 4FJ7A 1U47A 1QSLA 3VA0A 3VQPA 2YKMA 4AILC 1ZBLA 1S1UA 1RTIA 1TL3A 4BDPA 4DLGA 3QEPA 1S6QA 3AO2A 1ZBHA 3LWLA 5CYQA 4LSNA 1S6PA 5C25A 1S9GA 2P51A 2X78A 4CERA 4W5TA 4CF1A 2DTUA 1BCOA 1GOCA 4ZHRA 3K59A 3NGYA 3KD1E 5J2NA 2RPIA 4RW7A 1HJRA 1U4BA 3SV3A 4GW6A 1NOZA 4DU1A 1RT4A 3KTQA 1EETA 4KTWA 3DI6A 3QINA 3L3VA 3I0RA 4W5RA 1ZBFA 4DTMA 1C0UA 2XY5A 2D0BA 2ZE2A 3S3OA 1NK5A 3RRHA 3NDKA 3OY9A 1YTUA 3SPYA 2E6LA 3I8DA 3HO1A 4C8LA 4DSIA 1ZBUA 2EHGA 2A1SA 4CCHA 4L8RB 4PQUA 1ASWA 1B92A 3KK3A 3L2UA 3ZSYA 3RTVA 2O4IA 2G8IA 2ITGA 3KLEA 4CEDA 3TI0A 4FLTA 3CQ8A 1WLJA 2B4JA 5SWMA 2VG5A 3OS2A 3CFRA 3SI6A 4Z0UA 3NE6A 1QHTA 1HRHA 3NHGA 1XHZA 4NCAA 4FW1A 2XRIA 4FJJA 4KHYA 4E3SA 1RILA 3M8SA 4CFCA 4FLZA 4YNQA 3K2PA 4HHTA 3NFAA 1JLQA 1U45A 1ASVA 5J2QA 4N76A 1C0TA 4E7LA 4M3ZA 2IC3A 3QIOA 3U3GA 4CESA 4DQIA 4FJ8A 3AVBA 4WE1A 4FJHA 4CEAA 2YHBA 3M8QA 2FBVA 3U6FA 4CJWA 4E89A 3AA4A 1I39A 4DWIA 4O0JA 1LWEA 3NF8A 4BE0A 1VK0A 1UA1A 4CFBA 4ZTFA 3PX4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2JLEA 2HBMA 3MXIA 5EU7A 4HCCA 1VQPN 1NWKA 4R5PA 1XVCE 4CHOA 5DK5A 4IBNA 5AZIB 3I55N 4FCYA 3T7ZA 4KREA 2Q2RA 5DMRA 1ATRA 3IMXA 1ZYQA 5AJ3K 4L3QA 5LMNK 1HQEA 4LD0A 3ZSOA 2FLOA 5IZ7A 1SAZA 2FSJA 3HTVA 4QS9A 5FLXO 4KHNA 4Y1CA 2RE2A 3ATVA 4B9MA 1IBKK 3KIOA 4GV9A 1Q9XA 1LWCA 3WNEA 4DTPA 4B1XB 4DFJA 2P9KB 3QNNA 2V7ZA 2DY4A 3OBWA 3PUFA 4BDYA 3K2OA 1R0AA 2F9TA 3LP1A 4AI6A 5AQHA 4B9NA 4B8AB 1UOCA 1FZHE 2QWRA 1CZBA 1BIZA 3V1RA 3RR8A 4B9LA 5H37A 4NXMK 2OPPA 1SKSA 4K0KK 3U3YA 2G8KA 5KGXA 3O8MA 3J7ZO 5BPMA 2P9KA 1QZ6A 2YHAA 3H1VX 5C42A 1EQYA 3SQ1A 4AHRA 4EZ9A 2Q0RA 4KTZA 4BR0A 1LW0A 3G10A 3TABA 1O13A 4RW6A 3N4PA 4CJKA 1RBTA 2VGNA 1W7AA 1VQ9N 3VQ6A 1KFDA 4DU4A 3CG7A 4BRLA 4FZYA 1JLCA 2QWOA 2VWKA 5AQIA 3ZX3A 3HVTA 4CGGA 4JI5K 2YKNA 4DSFA 3VQAA 2A5XA 4U67L 3VQ8A 1Y97A 1KRPA 1EP4A 1LAWA 4DSJA 4CF2A 4OO1J 1IKWA 5ADXH 5GADP 3RMAA 1SS6A 2YI1A 2KW4A 1T05A 1ZBIA 3THVA 1EO1A 1NGGA 1HMVA 1S1XA 3ZSXA 3O4WA 4ID5A 4ELUA 3J80O 2RKHA 3H3OB 3RVCA 4K8ZA 3AA5X 4XEIA 4I9QA 1BG3A 1XI1A 3KVGA 4WYBA 4FK2A 1TV6A 1JXBA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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