4I9LA

Crystal structure of the d714a mutant of rb69 dna polymerase
Total Genus 308
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
308
sequence length
903
structure length
903
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWAMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title A Remote Palm Domain Residue of RB69 DNA Polymerase Is Critical for Enzyme Activity and Influences the Conformation of the Active Site.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase, transferase
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule keywords DNA polymerase
total genus 308
structure length 903
sequence length 903
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-12-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4i9lA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4i9lA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4i9lA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4i9lA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4i9lA03
1JL2A 4FJ5A 4CF1A 1L3TA 1VSDA 4Y1CA 2VWJA 1HPZA 2QXFA 3AA3A 4FZXC 3LZJA 4DSLA 3ZT2A 5CZ1A 4M45A 1UWBA 1SKRA 2YHAA 3DOLA 3L2VA 3MXIA 1U04A 4CF0A 1WN7A 1EXQA 3SZ2A 1RBVA 1KFSA 4ZTJA 3V1QA 3ZSWA 1DTQA 3ZT3A 2HVIA 3VQQA 3O3FA 4DS4A 3PO5A 1JXBA 3NBPA 3LANA 1WSGA 4PUOA 4N76A 1A5XA 4QCLA 3AO1A 1XI1A 3KK2A 4M3XA 4W5RA 4EP4A 1FKOA 4CJLA 3KD5E 3LP2A 1S6QA 3QNOA 1FK9A 4AHUA 3LWMA 1WLJA 1X9WA 4FM2A 3RTVA 4CEAA 3TARA 2I5JA 1BI4A 1IKVA 4FYDA 4NYNA 4CEOA 1RDBA 1WSEA 5D3GA 4FJLA 3SCXA 2ITGA 3NH0A 4RG8A 3AVJA 3AVHA 1KFDA 4HTUA 1TV6A 4ICLA 3SV3A 3PX4A 4FLVA 4CIEA 3KTQA 3HP9A 2D0AA 4DQIA 3WNHA 3V9ZA 4FK2A 5K14A 1J9AA 4CGIA 2FBTA 5HRRA 3HK2A 1JLQA 4IG3A 3V9XA 1NKEA 1ITGA 2ATQA 3HVTA 4FJHA 3LP0A 4HUFA 4CJRA 3QEXA 4C8MA 1IO2A 4C8NA 3M8SA 2PY5A 3QNNA 1S9EA 4E1NA 5J2MA 4CHQA 2LSNA 3ZT0A 3M8QA 4Z4IA 3C6UA 4UQGA 4ELVA 1NK4A 1F21A 3SQ1A 3NF7A 3AVBA 4KV8A 4KFBA 1QHTA 2Z1IA 4KKOA 4CESA 3TAPA 1A5VA 2A1RA 3SUNA 3K5LA 3MEGA 3K58A 4KRFA 4OLAA 2HNZA 4DTJA 5KI6A 5JS1A 4CIGA 1JLFA 3OS1A 1Z25A 4EZ6A 2D0BA 4M41A 2IAJA 4FVMA 2HHQA 3VQ9A 1C1BA 4CE9A 4DF8A 1X9SA 1B92A 4FW2A 1VK0A 3KLGA 3VQ8A 4AHRA 5J1EA 1BQNA 4DTUA 2YKMA 4DLGA 4CJFA 3LPUA 1TKZA 4WE1A 1T03A 3EZ5A 2XY5A 3KJVA 4JS4A 4FZZA 3NH1A 4DSFA 3V9UA 4CJPA 3QIOA 3NFAA 3SYZA 1UA1A 1QS4A 3BGRA 2OYQA 1EKEA 2YHBA 3CM6A 2KFZA 1NJZA 5I3UA 3TI0A 2OPRA 3VQ6A 3DLKA 3OYLA 3OYHA 1NOZA 1BIUA 3E01A 5C24A 3VA0A 4E89A 4DQQA 4FJ7A 2D0CA 3OJUA 1YTAA 2XY8A 4ZTFA 3OJSA 1VSHA 2PYLA 1JLCA 1QSSA 2FC0A 1RT4A 1UOCA 2HHXA 3JSMA 2GUIA 4B9TA 5SZTA 1TL3A 4FLWA 2FBXA 3PO4A 1FKPA 1ASUA 1CXQA 4MQ3A 4OPKA 3V6DA 1QSLA 4F4KA 3LDSA 1BCOA 4JS5A 5HP1A 3DLEA 4HHTA 1JLEA 2VG6A 4BE1A 2XRIA 2KFNA 1TKDA 1VSEA 3TANA 3A2FA 1TL1A 1W9HA 3RRHA 4E3SA 1RDCA 3SQ2A 4DU1A 2O4GA 3QERA 1CLQA 3KLIA 3TAMA 3SI6A 3WNGA 4CGDA 1C0TA 1WSHA 3IRXA 3O3HA 2G8VA 1HYZA 4DTNA 4BDYA 4ID5A 3VQDA 1FXXA 1Y97A 2IGIA 4OVLA 3SPYA 1A5WA 2RF2A 1RTIA 5KRSA 5E41A 1RT1A 2PYJA 4HUEA 2KQ2A 1S9GA 3AVKA 1KTQA 4CEFA 1VSFA 3LWLA 2X78A 3VQ4A 5HRPA 4DTXA 3AVNA 4DFPA 3AA2A 1IKYA 3KD1E 3KK3A 5KTQA 2HHWA 3K5OA 3U3GA 4FZYA 3EY1A 4KO0A 3HXMA 3CQ8A 3MEEA 3K5NA 3DLBA 1RT2A 1DLOA 3DLHA 2KW4A 4CHPA 2DTUA 4LY7A 3OYAA 2OPQA 1EP4A 1G15A 4OGCA 5J2QA 2HHVA 1WSJA 1REVA 3RMCA 3VQBA 3L2UA 3QESA 3WNFA 1NK5A 1B9DA 3HPOA 2RKIA 5JS2A 2OPSA 2Y1JA 1D9FA 4EP5A 1RILA 3LAKA 1Q9YA 3L2WA 1SKSA 3VQ5A 1L3SA 3T19A 1J5OA 4KTZA 1S1VA 4DG1A 5HBMA 4CF9A 3NE6A 2AJQA 1RT7A 4Z4FA 4Z4EA 1QE1A 4DSKA 2G8IA 2KTQA 5DK5A 4DTSA 3DMJA 1DTTA 3OS0A 4CJWA 4B8CA 4FLUA 4OGEA 3NHGA 4CECA 3VQPA 1HNVA 3HPHA 4F8RA 3MEDA 4O5BA 3EYZA 5KRTA 1NK0A 3AVMA 3DLRA 3F73A 1S1TA 2BE2A 1NK7A 1D8YA 3PX0A 3AA4A 3ZCMA 2PZSA 5FRNA 2EHGA 3SUPA 4DTPA 4O0IA 1HMVA 4JLHA 3DRSA 3OYJA 3SV4A 2IDOA 3V1RA 3L8BA 4CGFA 4CEEA 3AVIA 1XC9A 3SNNA 3K57A 2QKKA 2X74A 4N56A 1Q9XA 3O3GA 3HO1A 3CM5A 3TR8A 2HHUA 4PQUA 1VRTA 4DTRA 1GOAA 4FK0A 4YFUA 4Z4GA 4DTMA 1JXEA 1L3UA 4IBNA 3RR8A 5C25A 2A1SA 3ZSXA 4W5NA 3AVFA 4LSLA 3NCIA 3AO4A 3HL8A 3S3OA 4B9SA 4DTOA 1C0UA 3KIOA 4RW7A 3G0ZA 4CJ5A 3RMDA 1SL2A 2HW3A 4M3WA 4IDKA 4E7JA 3TAQA 1NJYA 3NGYA 4FJGA 3DM2A 4KHSA 2DFHA 5FROA 4LH4A 5T7BA 3OYDA 3TAEA 1N5YA 4BDPA 3DI6A 5CY4A 4IKFA 4F3OA 3RMBA 4C8OA 4CGGA 3KLEA 2DY4A 3OYBA 1KCFA 3FFIA 4DQSA 1SUQA 4NCGA 1VSIA 4PWDA 3PUFA 2HNDA 4CJEA 1GOBA 1RBTA 4DFJA 2WOMA 3PY8A 4KTQA 4FJ9A 1I39A 1RT3A 2OPPA 3IS9A 3NDKA 4IFYA 4CEZA 3OYFA 2OZSA 1S1XA 4C8KA 4DSJA 3CFOA 1LV5A 4CGHA 3H08A 3TAFA 4CJTA 4F3TA 1NKCA 1WSFA 5CYMA 4FLYA 2W42A 1SKWA 3KLFA 2ZQBA 4J2AA 4CHZA 4E7KA 4DQPA 2VWKA 1TGOA 1YVUA 2XY6A 4IFVA 3BDPA 4FJKA 1TKTA 4CJQA 3MXJA 1VSJA 4KTWA 1RDDA 3NGIA 3DLGA 1QQCA 3VQ7A 3ZSVA 4RW9A 3OYGA 2YKNA 1RTDA 4F2SA 3ULDA 4HCCA 3THVA 1LW0A 2QKBA 4O0JA 5CYQA 2GBZA 3VQCA 1T8EA 4CHYA 4OKJA 5J2PA 3QEWA 3V81A 4AHCA 3K5MA 2X6NA 3P83D 3PX6A 2FBVA 4BDZA 2HHSA 2B6AA 4E7IA 4ID1A 4FJIA 4NYFA 4JRQA 4B3OA 4KAZA 4KI4A 1J53A 1SV5A 3P1GA 4CJ4A 1IG9A 2QK9A 3CG7A 4CJSA 4C8LA 1T7PA 4NCAA 1RT6A 4DU3A 4AHVA 1BIZA 1RNHA 1ZBUA 4YNQA 1WAJA 4OPJA 1RBUA 3ZSOA 3DYAA 2G8HA 5EU7A 4CJ3A 1JKHA 5FRMA 4M3UA 3UIQA 2YNIA 4NCBA 4H4OA 2XHBA 4HCBA 2BANA 3NF8A 2G8KA 2F8TA 4BWJA 1HRHA 1KVAA 3ZSRA 4CEBA 2G8UA 3NF6A 1TK5A 1BI4B 1TKXA 4OJRA 4DS5A 5C42A 2WONA 1SL0A 4J2EA 4HUGA 4E1MA 1W0HA 3NAEA 1TAQA 4FLTA 3AO3A 4HVJA 1ZBFA 2XO7A 4CFBA 1ZBIA 1TAUA 1D5AA 2JGUA 4L8RB 3ZT4A 1RBRA 4CHNA 1BHLA 4AHSA 3L3UA 3L2QA 4H8KA 3LPTA 1LW2A 2JLEA 4DMNA 4E19A 3D45A 2FBYA 3O4NA 1TK0A 2GV9A 3RR7A 4RW4A 3I0RA 4DSEA 1NJXA 1B9FA 2P5OA 2B4JA 3S3MA 1U48A 3RMAA 3VQAA 3I8DA 4BACA 4CEQA 3HM9A 3ZT1A 4DQRA 2YV0X 3L2RA 1KLNA 2DFEA 4GMJB 4FJNA 1QSYA 4B9NA 4QOZB 4OLBA 3QINA 1C1AA 3KK1A 2ETJA 1S6PA 1BISA 3OYIA 4PA1A 4PY5A 4B9VA 3SPZA 3V4IA 4N47A 2IC3A 3AVGA 3S3NA 2Z1HA 4O44A 4DFKA 3NGZA 4AILC 4KHWA 3IG1A 1XWLA 1KLMA 2F96A 3C95A 3G10A 4AH9A 4AHTA 3VN5A 4Q5VA 3OYNA 1XHXA 3AVAA 4IG0A 3SUOA 4BE0A 4E7LA 1O1WA 4KREA 4ELTA 3ZSQA 2HNYA 4CGJA 2YNFA 3ZSZA 4Q0BA 5J2NA 4RW6A 1S1UA 2Z1GA 3KKSA 3C6TA 4N41A 4CF8A 5FDLA 2B5JA 4BWMA 1KVCA 4DFMA 2Y1IA 2ZE2A 1BL3A 4FLXA 3DRRA 3I0SA 1RTJA 3B6OA 3NH2A 3VA3A 1U47A 4B9MA 1HYSA 1EETA 1NK9A 4JRPA 2HVHA 3MAQA 4DF4A 3V1OA 1U49A 3AV9A 4LSNA 3O4QA 1WSIA 3M8PA 1CZ9A 4FM1A 1LWCA 4KHNA 1VSMA 4J2DA 4G1QA 1UA0A 3VQEA 3AO2A 3P5JA 1KSPA 4CFCA 1VSKA 1RBSA 1ASWA 4KI6A 2E6LA 3K59A 3D0PA 1XHZA 2BDPA 2Z1JA 1LWEA 3SQ0A 2DFFA 4M3ZA 4K8XA 1S1WA 4F2RA 1HJRA 1Q8IA 4FJJA 4FJXA 4M42A 3OYMA 1U45A 2G8WA 1HQEA 3F9KA 3AVCA 4CJKA 1HYVA 4KHUA 4EZ9A 1NK6A 4FJMA 2VG5A 4FK4A 4B08A 3OS2A 3U6FA 4W5TA 2XY7A 1WAFA 4CK2A 4TSXA 1CXUA 3HT3A 2P1JA 1LAVA 2X6SA 3LAMA 4FW1A 1NKBA 1TVRA 1TK8A 1BCMA 4Z4HA 1Z26A 1ZBLA 3SUQA 3SJJA 4I7FA 3TAGA 4J2BA 4CHOA 4KPYA 1WNSA 5DMRA 3DOKA 4LD0A 4M3RA 4KHQA 4M3TA 3HPGA 3KKRA 2OA8A 1VSLA 2O4IA 1ZBHA 1J54A 3HVRA 5I42A 3AVLA 1ZYQA 4B9LA 4CERA 4KHYA 3AA5X 3HSTB 4W5OA 5CZ2A 1T05A 4H4MA 4Z4CA 4DU4A 1R0AA 2YNHA 2G8FA 4M3YA 3OVNA 5HRSA 4RW8A 5SWMA 5HROA 4DSIA 1S5JA 1RDAA 3DRPA 1MU2A 5KGXA 3CFRA 1YT3A 3MECA 1X9MA 3IAYA 3KLHA 4XIUA 3RRGA 5KGWA 3LALA 1VRUA 2HHTA 3U3YA 1HNIA 3ALYA 3CYMA 4I2QA 4OKKA 4CJVA 4CF2A 3OYKA 5HLFA 4DWIA 3QETA 4I9QA 3OYEA 3QLHA 1BQMA 1LAWA 4B8AB 2NUBA 4LH5A 1KRPA 4CIFA 4DLEA 2ZD1A 1L3VA 3LP3A 1C6VA 3QO9A 1D9DA 3CFPA 1RT5A 1ASVA 4GVMA 4I2PA 3C94A 4ZHRA 3HYFA 3TWHA 1GOCA 3LP1A 3HP6A 4CJUA 1IH7A 3JYTA 3HJFA 2F8SA 4CFAA 4E7HA 1NOYA 4R5PA 1X1PA 1C0MA 4CK3A 3OYCA 2RN2A 1RCHA 2HB5A 4E0DA 1YTUA 3QEPA 2Q3SA 4KB1A 3NF9A 4I9LA 3TABA 4O4GA 4Y1DA 1JLBA 1JL1A 1UAXA 3ASMA 2HMIA 2D5RA 1SL1A 3LZIA 2VG7A 4FXDA 4K8ZA 2P51A 1KVBA 3ISNC 3S9HA 4CCHA 2E6MA 2YNGA 1K6YA 4OKEA 3V9SA 1U4BA 3QIPA 4FM0A 2R7YA 3OY9A 3V9WA 1CZBA 3ZSYA 1I3AA 4ELUA 2BGGA 4CEDA 4QAGA 4CK1A 1IKXA 3SQ4A 3K2PA 4B9UA 1RTHA 1BGXT 1JLAA 3ITHA 3WNEA 4N5SA 3QEIA 4W5QA 1NJWA 4BE2A 2IOCA 1JLGA 4Z0UA 3B6PA 1EX4A 4KB0A 3T3FA 2EX3A 3T1AA 1L5UA 1QTMA 2IS3A 1NK8A 3PV8A 4O55A 4FJ8A 4CFDA 1HQUA 3M8RA 3MXMA 4MFBA 4FCYA 1IKWA 2KZZA 2P5GA 2OZMA 2RPIA 2KZMA 3AO5A 4FLZA 1LWFA 3L3VA 5HRNA 2E4LA 1C1CA 3RWUA 1N6QA 3QEVA 4GW6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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2A42A 4OVLA 1A5WA 4O8UA 5AQTA 1RTIA 3OHRA 1KAXA 3PIOL 5KRSA 4RL5A 1RT1A 3CCLN 4BQLA 5KTQA 3O6WA 3K5NA 2YJEA 2E1ZA 2DTUA 5AQMA 4IJAA 1WSJA 3Q7BA 3A5OC 2I7NA 3L2UA 3J7ZO 3E4WA 1NK5A 3VGMA 4GNIA 5JS2A 2Y1JA 1VAZA 4AM6A 1NLVA 4M7YA 1RILA 2A6AA 3L2WA 4CZIA 4KTZA 1VQ8N 4X5NA 1S1VA 1DGKN 2PAVA 4Z4EA 3P31A 1DTTA 4CJWA 2IIRA 4AQYK 3OGMB 2CGKA 1S1TA 1XMOK 3ZCMA 5FRNA 3T69A 3OTOK 3SUPA 4DTPA 3SV4A 4DV0K 3E4YA 4CZMA 3SNNA 1NGAA 4FSVA 5CE3A 3K57A 1XC9A 3CPWM 4N56A 2QXLA 3CM5A 3TR8A 4PQUA 4DTRA 4Z4GA 1JXEA 4U67L 3THYB 4BVOA 3RR8A 3ZSXA 2DEBA 3NCIA 4B9SA 3G0ZA 4FWRA 1SL2A 3TAQA 3NGYA 3OYDA 3TAEA 5CY4A 4IKFA 4F3OA 4BRGA 4BGBA 3OYBA 3SBGA 1IBMK 5AQVA 3PY8A 2HNDA 2WOMA 3CCSN 4FJ9A 1I39A 3A5MC 3NDKA 2OZSA 1S1XA 3LD8A 1Y64A 1YJWN 1LV5A 4J2AA 4DQPA 5IBKB 3MXJA 4QS9A 1VSJA 4KTWA 2YJFA 1RDDA 2NRXA 3DLGA 3VQ7A 3ZSVA 3KZBA 3THVA 2QKBA 5CYQA 3ATUA 2ZGYA 3EE9A 1V4SA 4CHYA 1V4TA 5J2PA 3AGKA 3UO3A 2X6NA 3P83D 5F2RA 3M5RA 2B7MA 1FZ8E 4ID1A 4NYFA 4KI4A 3P1GA 1XNRK 3CCQN 1IG9A 2QK9A 2P9UA 1FZ6E 5AQQA 4CD1A 1RBUA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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