4J2EA

Rb69 dna polymerase l415m ternary complex
Total Genus 328
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
328
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSMYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Alteration in the cavity size adjacent to the active site of RB69 DNA polymerase changes its conformational dynamics.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DNA polymerase
molecule tags Transferase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 328
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-02-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4j2eA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4j2eA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4j2eA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4j2eA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4j2eA03
2GV9A 1VRUA 3ZSRA 3V1QA 4CJSA 3ZT4A 4IBNA 3TAPA 1L3TA 5FRNA 4CJ3A 4YNQA 1S1VA 4RW7A 4C8NA 3HM9A 4IFYA 4FK2A 1QHTA 1WSEA 2AJQA 3I0RA 4CJ4A 3QNOA 4Q5VA 3ISNC 5J2NA 1Q9XA 1BQMA 4FLZA 3VQ8A 3SUNA 2XHBA 2YV0X 1NK5A 2Z1HA 3VQ5A 2HW3A 3QEIA 4FW2A 3QIOA 1SUQA 3VQ9A 2GUIA 1IH7A 1IKVA 4Q0BA 1JLCA 4QCLA 2JLEA 2HHWA 1JLQA 3PUFA 3DRPA 5HROA 1HNIA 2WOMA 1QQCA 1ASUA 5SWMA 4F8RA 4CHPA 3DLKA 3RR8A 1NJWA 1RT3A 1S1TA 1D8YA 2LSNA 3L3UA 4QAGA 3VQCA 4AHSA 1KTQA 4CJWA 3EYZA 1ITGA 4C8KA 4KB0A 1WLJA 4Z4GA 3HVTA 4DU1A 4M3RA 1IKXA 5HRRA 4FM1A 1KLMA 1DTTA 1WSGA 1GOCA 2ZE2A 3LWMA 3ZT2A 4ZTFA 4LH5A 1VSLA 3QIPA 4K8ZA 1B9FA 1ZBUA 4CHNA 4CGGA 4FLVA 3HPGA 3KKSA 2YNHA 1VSDA 4FM2A 3LP0A 4I9QA 2RF2A 4E7KA 4KTWA 2QKKA 1BI4A 4FJLA 3VQBA 4E19A 4B9NA 3O4NA 2RKIA 4OPKA 3OYKA 3DLGA 4J2EA 2HNZA 4H4OA 1UWBA 5KRSA 4CF2A 3ULDA 3LAKA 1QSYA 1HYVA 3ZCMA 1SKSA 3K2PA 3OVNA 1RDAA 3RMAA 3WNEA 1FK9A 3VN5A 3RTVA 3OS1A 4GMJB 3NHGA 1CXUA 4CEOA 1RBUA 1JLGA 3CG7A 3NAEA 4DTSA 3I0SA 3TABA 1ZBFA 4B9UA 4C8LA 3PX4A 4N41A 1VSHA 3K5LA 4DQPA 3THVA 3S3NA 3HP9A 5HRPA 4BE2A 4ZTJA 2PYJA 3B6PA 3TR8A 4W5NA 4Z4CA 1KFDA 3IRXA 4DTNA 2FBXA 4KHUA 3AO5A 4UQGA 1EKEA 1X9MA 3WNFA 1KVCA 2IS3A 3MXMA 1I39A 4FJGA 4IG3A 4EP5A 3U6FA 3D0PA 4MFBA 4CK2A 4E0DA 1RDDA 4KTZA 3NF8A 2XY5A 1KFSA 1QS4A 2DTUA 2DFEA 5FROA 1IO2A 1LW2A 3PX6A 2D5RA 1Y97A 3V1RA 1BIZA 1HMVA 4M41A 2X6NA 3HXMA 3VA3A 4KPYA 1J53A 4KHSA 4O0IA 4FCYA 2XRIA 4DSKA 4N5SA 2Z1GA 3RMDA 2ZD1A 2Q3SA 1S9EA 5HBMA 4CIEA 3QEWA 2VG6A 1TKDA 4NCBA 2F8SA 2O4IA 4CJRA 1RILA 4DF8A 5D3GA 4DF4A 3P83D 4MQ3A 4CERA 4CFDA 4BWMA 3O3GA 5CYQA 4DSEA 3SPYA 3VQQA 2X78A 5DMRA 2F96A 4DFPA 3U3YA 1ZBIA 1SKWA 3SUOA 3V9XA 3TAGA 4FJIA 1VRTA 3ZSYA 1XWLA 3RWUA 3OYMA 4FVMA 4HTUA 4DFMA 3C95A 1NK7A 4OGEA 1TK5A 4FZZA 1BCMA 1LW0A 4Z4IA 2FC0A 1LAWA 2XY7A 2VWKA 4CFAA 3AVCA 4B8AB 4CIGA 3QINA 1XC9A 3OYEA 3LP2A 1T03A 1T05A 2RPIA 3DOLA 4OKJA 3U3GA 5HP1A 4LD0A 1C1BA 3AO1A 4ID1A 2Y1JA 4DU3A 3AVMA 3RRGA 4NCAA 5SZTA 1UAXA 1KVAA 1XI1A 1ZBHA 1NK8A 3UIQA 1O1WA 4DLEA 1C1CA 4CGIA 3SCXA 4F4KA 4J2AA 4OGCA 2D0BA 4CF8A 3OYJA 4LSNA 5HRNA 3QETA 2HVIA 1C0MA 2Z1IA 4CCHA 3L2WA 4DTMA 4B9SA 3AVGA 3LALA 3QEVA 3DI6A 3SI6A 3HP6A 1L3UA 3O4QA 3VA0A 2KW4A 1D5AA 3AV9A 1TKTA 4HUGA 4CJEA 3HPHA 4J2DA 4FLYA 3QERA 4DSFA 4IDKA 3TAMA 1HQUA 2D0AA 3AA4A 1K6YA 2G8HA 1GOAA 4TSXA 2OPSA 4B9TA 4DU4A 1WSHA 3SZ2A 1L3VA 3F9KA 3ITHA 1WNSA 3CYMA 2PYLA 2Z1JA 3VQ6A 3NBPA 3NF7A 4FLTA 3OS2A 1JL1A 4CE9A 3NF9A 1LV5A 3KLIA 4C8MA 2OZSA 3O3HA 4FJMA 4HHTA 1TK8A 1HNVA 4F3OA 1YTUA 3L2QA 3KD5E 2VG5A 3G10A 4E7LA 4DG1A 3ZSZA 3A2FA 3QLHA 3O3FA 3SQ4A 3LWLA 1NOZA 3KJVA 1NJYA 4FZYA 1NKEA 5CZ1A 2HB5A 2E6MA 1JXEA 3HSTB 3VQ7A 3MEEA 4AHUA 4FJHA 5FRMA 1RDCA 3AVNA 1ASVA 1TL1A 2OYQA 1RNHA 4GW6A 3RMBA 1NK9A 1A5WA 4F2RA 4Z4EA 1N6QA 4DQIA 4BDPA 3CQ8A 1C0UA 3IG1A 4CEDA 2VWJA 5CZ2A 3SV4A 1CZBA 2YHBA 4JRQA 3NH0A 3HT3A 1N5YA 4CECA 4BDZA 3MXIA 3SQ0A 2ITGA 3V81A 1RT5A 2YKMA 3AA3A 1IKYA 1RT2A 3OYBA 3OJSA 2DFFA 4CJTA 3ASMA 4NCGA 4CESA 2D0CA 5KGXA 3SYZA 1RCHA 1Q8IA 1YT3A 1C1AA 2FBYA 4GVMA 5DK5A 3K58A 3HJFA 3PX0A 1R0AA 2HVHA 2KFNA 2OPPA 3NE6A 3WNGA 1J5OA 3CFOA 4FJNA 1B9DA 1VSJA 3AVFA 4DTUA 2BANA 3ZSVA 4E1NA 1FKPA 2YHAA 3OYFA 4B9VA 2G8IA 4CGFA 3T3FA 3TI0A 2EX3A 1Q9YA 4M3TA 3ZT1A 3C94A 4AHRA 4AHVA 2PY5A 3P5JA 1LWCA 4Z0UA 1BI4B 4W5OA 3QEPA 4BE0A 3V9WA 2E4LA 3PV8A 2A1SA 4LSLA 4FZXC 3AVAA 3L3VA 4W5RA 3BDPA 4F3TA 1C6VA 5CY4A 1VSKA 3L2RA 4DQSA 4B9MA 3ZT3A 4KV8A 1S1WA 4FK0A 2KQ2A 4LY7A 4CJVA 5KI6A 3MECA 1S1XA 3QO9A 3TWHA 4CJLA 1WSIA 1CXQA 4XIUA 4RG8A 3OJUA 2G8VA 3K5OA 4FJXA 2HHUA 3T1AA 4CJKA 5C42A 3ZSXA 3AVIA 3VQPA 1JKHA 1YTAA 1QTMA 3ALYA 2QXFA 3WNHA 1EETA 4DSJA 1D9FA 2NUBA 1BIUA 4PWDA 3AVJA 3LANA 5CYMA 5HRSA 3CFRA 3VQAA 3V4IA 3ZSQA 4DWIA 2B4JA 4CEEA 3DMJA 5J2QA 2IAJA 4DTJA 4RW8A 1BQNA 1B92A 4ZHRA 3V1OA 3QESA 2HHXA 4O0JA 4DSLA 3AO3A 4E7IA 1SL2A 4BACA 1CLQA 1KRPA 3T19A 4CEFA 4FJ9A 3AVKA 4CEAA 4QOZB 4J2BA 4KKOA 1WN7A 2EHGA 4HCCA 3DRRA 3MEDA 3KK3A 1VSFA 1WAJA 1TKXA 4CK3A 3NDKA 1RBSA 1HYZA 3HVRA 4KTQA 4N47A 2HHVA 5E41A 1WSFA 4ELVA 3LAMA 4PY5A 4M3YA 1U04A 4M3UA 3V6DA 1WAFA 4FK4A 3H08A 5C24A 2B6AA 4CHQA 3DLRA 4M3WA 3AO2A 3OYDA 3CM5A 3KTQA 3KKRA 2KZZA 4KI6A 4H8KA 2O4GA 3L2VA 4KHQA 1Z26A 1REVA 4C8OA 4CEZA 3MEGA 3RMCA 3V9UA 4CFBA 1NOYA 3ZSOA 4DSIA 3LPTA 2XO7A 5HLFA 2ZQBA 2HNDA 2FBTA 1SL1A 2G8FA 3SV3A 4BDYA 3G0ZA 4ICLA 4FJKA 1JXBA 5EU7A 4B8CA 3C6UA 2ETJA 1ASWA 4CJFA 3KLGA 1NJZA 1SKRA 4O44A 1HYSA 2XY6A 2KTQA 1EXQA 3NGZA 1HPZA 1G15A 1SV5A 4FJ5A 4I9LA 3BGRA 4I7FA 2P5GA 4E3SA 3ZT0A 2P51A 4O4GA 1KVBA 4KHNA 1DTQA 1X9SA 1FXXA 1BGXT 3F73A 1IKWA 1TKZA 3K57A 1JLAA 3D45A 3NH1A 4RW6A 4CJUA 3DM2A 2X74A 1KLNA 4DS5A 4OLBA 3DOKA 3RRHA 2OA8A 4F2SA 3S9HA 2F8TA 5T7BA 1QE1A 4NYNA 1RT4A 4CIFA 3EZ5A 3M8PA 3NGIA 1U49A 4B3OA 3NGYA 3PO4A 1RTJA 4M3ZA 3NF6A 3AA5X 4H4MA 4M42A 4OKEA 1TL3A 4E1MA 4CHZA 2OZMA 4CGHA 1TVRA 1RT6A 1HQEA 1UA1A 2XY8A 1QSLA 4JS4A 1BL3A 1NKCA 2OPQA 4EZ9A 4BWJA 4O55A 5I3UA 4B9LA 4HCBA 5KRTA 3QNNA 4KRFA 1LWEA 3AO4A 3TAFA 3LP3A 4IG0A 3HO1A 3S3MA 3TAQA 1F21A 3OS0A 4CK1A 4JS5A 1VSEA 1CZ9A 2IOCA 1RBRA 1J9AA 4E7JA 1TAQA 2YNGA 5I42A 2BDPA 1U47A 2DY4A 1VSMA 4W5TA 3L2UA 2QKBA 3OY9A 1W9HA 3M8RA 1XHZA 1ZBLA 2X6SA 4KAZA 3DYAA 2GBZA 1RTIA 3MAQA 3I8DA 4L8RB 1VSIA 4FJ8A 4PA1A 2QK9A 3OYAA 3AVHA 3KK2A 3KLEA 5KTQA 3PY8A 1RT7A 3AA2A 3S3OA 4FM0A 1RTHA 2OPRA 3KLHA 3CFPA 3LP1A 1UOCA 3LPUA 4Y1DA 3SQ2A 3NH2A 4BE1A 4CJQA 5J2MA 4PQUA 2KZMA 1EP4A 2BGGA 2DFHA 1A5VA 4KO0A 1S6PA 1QSSA 3M8SA 3TAEA 3MXJA 1I3AA 4DMNA 1JLBA 3DLEA 3HYFA 3JYTA 2HHSA 3PO5A 4CF1A 4DFJA 1IG9A 1J54A 3HPOA 5JS1A 1YVUA 4NYFA 3L8BA 4AHTA 1FKOA 3OYIA 4Z4HA 4DLGA 4CF9A 3KLFA 3AVLA 1U4BA 4M3XA 3M8QA 4OPJA 1NK4A 4ID5A 3SUPA 3SNNA 1S1UA 4IKFA 4KREA 4YFUA 1TGOA 2IGIA 4CGJA 1UA0A 2VG7A 3NFAA 4OJRA 1TK0A 3JSMA 2YKNA 1S9GA 4HVJA 4M45A 1T8EA 3E01A 3FFIA 4HUEA 5K14A 3QEXA 1A5XA 3HK2A 3K5MA 3KIOA 4HUFA 1JLFA 4FXDA 4DTXA 1HJRA 3TARA 4CHOA 3DRSA 4DS4A 4KFBA 3KD1E 1RT1A 3P1GA 4WE1A 1W0HA 5C25A 3KK1A 3K5NA 2G8KA 5J1EA 4FJ7A 1U45A 2IDOA 4KB1A 3LZJA 2B5JA 1TV6A 2PZSA 2HNYA 4N76A 4CJ5A 4W5QA 4I2PA 3EY1A 2A1RA 1L5UA 4E7HA 4OVLA 3OYGA 2G8WA 1BISA 1KSPA 4CEQA 1HRHA 2KFZA 3VQ4A 1JLEA 2R7YA 4Z4FA 4CHYA 3TANA 4AILC 5JS2A 1NK6A 3SUQA 2RN2A 4FJJA 1WSJA 2IC3A 2WONA 3VQDA 2HHTA 2I5JA 5J2PA 3OYNA 2W42A 3VQEA 3OYLA 1SL0A 1GOBA 1S6QA 2HMIA 3SJJA 1Z25A 3CM6A 3NCIA 1ZYQA 4IFVA 4JLHA 4EP4A 3RR7A 3DLHA 1X1PA 4KHWA 4DTPA 1RDBA 1LAVA 2YNIA 4CF0A 3IS9A 4AH9A 4KI4A 2Y1IA 3HL8A 1RTDA 1NJXA 5FDLA 4PUOA 4EZ6A 2E6LA 3DLBA 3IAYA 1C0TA 4G1QA 4DTRA 4I2QA 3ZSWA 3OYHA 3SPZA 2P1JA 1NKBA 1JL2A 4CGDA 1LWFA 3AVBA 4JRPA 1RBTA 3V9ZA 4ELUA 2G8UA 1VK0A 3V9SA 2YNFA 3OYCA 3K59A 4LH4A 4DTOA 1KCFA 4CJPA 4O5BA 4DQQA 4OLAA 1BCOA 3SQ1A 3C6TA 1MU2A 2JGUA 4FLXA 4KHYA 2BE2A 1D9DA 4N56A 3LDSA 5KGWA 3LZIA 4DFKA 1NK0A 4ELTA 2HHQA 1BHLA 1RBVA 1S5JA 4R5PA 2P5OA 4DQRA 4OKKA 4RW9A 4FYDA 1U48A 4FLUA 4Y1CA 3B6OA 1L3SA 2FBVA 4RW4A 4CFCA 2ATQA 1EX4A 4B08A 4K8XA 1XHXA 4CEBA 4E89A 4FW1A 1X9WA 4FLWA 1TAUA 1DLOA 1T7PA 4AHCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 4DTP A;  1RDB A;  1LAV A;  2YNI A;  4CF0 A;  3IS9 A;  4AH9 A;  4KI4 A;  2Y1I A;  3HL8 A;  1RTD A;  1NJX A;  5FDL A;  4PUO A;  4EZ6 A;  2E6L A;  3DLB A;  3IAY A;  1C0T A;  4G1Q A;  4DTR A;  4I2Q A;  3ZSW A;  3OYH A;  3SPZ A;  2P1J A;  1NKB A;  1JL2 A;  4CGD A;  1LWF A;  3AVB A;  4JRP A;  1RBT A;  3V9Z A;  4ELU A;  2G8U A;  1VK0 A;  3V9S A;  2YNF A;  3OYC A;  3K59 A;  4LH4 A;  4DTO A;  1KCF A;  4CJP A;  4O5B A;  4DQQ A;  4OLA A;  1BCO A;  3SQ1 A;  3C6T A;  1MU2 A;  2JGU A;  4FLX A;  4KHY A;  2BE2 A;  1D9D A;  4N56 A;  3LDS A;  5KGW A;  3LZI A;  4DFK A;  1NK0 A;  4ELT A;  2HHQ A;  1BHL A;  1RBV A;  1S5J A;  4R5P A;  2P5O A;  4DQR A;  4OKK A;  4RW9 A;  4FYD A;  1U48 A;  4FLU A;  4Y1C A;  3B6O A;  1L3S A;  2FBV A;  4RW4 A;  4CFC A;  2ATQ A;  1EX4 A;  4B08 A;  4K8X A;  1XHX A;  4CEB A;  4E89 A;  4FW1 A;  1X9W A;  4FLW A;  1TAU A;  1DLO A;  1T7P A;  4AHC A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 2VWB A;  2HOE A;  4C8N A;  4RW7 A;  4DB3 A;  1QHT A;  1WSE A;  3WT0 A;  2AJQ A;  1YAG A;  1WUA A;  2Q2R A;  4LFB K;  4HWI A;  3ZEU B;  3O9T A;  3I0R A;  3QBX A;  4LF4 K;  2HBK A;  3QNO A;  1YJW N;  5M1N A;  1VQ9 N;  1BQM A;  1YXQ A;  4FLZ A;  4BC2 A;  2Z1H A;  4FW2 A;  4B1W B;  2O8D B;  1MTY G;  4CZE A;  4FWQ A;  1JLC A;  2VGM A;  4QCL A;  3G6E N;  5ADX H;  3CI5 A;  1QQC A;  1S72 N;  1DT9 A;  4F8R A;  4EFH A;  5AQJ A;  3RR8 A;  1NJW A;  1D8Y A;  3L3U A;  2A42 A;  3VQC A;  4C8K A;  4Z4G A;  5ADX A;  4QS8 A;  4DU1 A;  3H46 O;  4FM1 A;  4MDB A;  2ZE2 A;  4K8Z A;  2HMP A;  1MA9 B;  3U9D A;  4I9Q A;  3ENH A;  4KTW A;  5AZI B;  2OTJ N;  2RKI A;  4X62 K;  3LD8 A;  3DLG A;  4J2E A;  2HNZ A;  2KHO A;  3FFK B;  4CF2 A;  1QSY A;  4DV2 K;  1HYV A;  1SKS A;  3K2P A;  1VQP N;  1XVC E;  3RTV A;  4GMJ B;  3NHG A;  3CCV N;  1JLG A;  1FPO A;  4DTS A;  3P31 A;  5LJV A;  2QTD A;  3QDK A;  4FWP A;  4CBU A;  3PX4 A;  4N41 A;  1VSH A;  2KLA A;  4R79 A;  3RVC A;  2YB5 A;  3B6P A;  3TR8 A;  4W5N A;  1KFD A;  3CJC A; 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