4KHNA

Crystal structure of the ternary complex of the d714a mutant of rb69 dna polymerase
Total Genus 314
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
314
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWAMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title A Remote Palm Domain Residue of RB69 DNA Polymerase Is Critical for Enzyme Activity and Influences the Conformation of the Active Site.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DNA polymerase
molecule tags Hydrolase, transferase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 314
structure length 901
sequence length 901
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-04-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4khnA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4khnA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4khnA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4khnA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4khnA03
4J2BA 3FFIA 1Q9YA 5DK5A 4CJRA 1TAQA 1U49A 2ZE2A 1KRPA 2OA8A 1BIUA 1VSDA 3KLGA 4PUOA 4CEDA 2X78A 2OPSA 3SYZA 4CF2A 4RW7A 3PO5A 4NCBA 4CHZA 3O3HA 1NOZA 1SKSA 3MECA 2NUBA 4M3RA 3QINA 3OYFA 4FZXC 4DSJA 2KFNA 3AVLA 1UAXA 3SV4A 4RW6A 3QEXA 3ZT3A 3NH1A 1QSSA 4HCCA 4RW9A 3I0RA 4CHOA 5D3GA 4GW6A 3C95A 4QAGA 5CZ2A 3KK2A 3AO5A 4O5BA 3S3NA 1QSYA 3DLHA 3O4NA 2PYLA 4CEAA 3QNOA 2HNDA 5KRTA 1NK0A 1Q8IA 3S3OA 2BE2A 2G8VA 1JLEA 3DLKA 1Q9XA 1TAUA 4KHWA 3AVNA 3KLFA 5JS2A 3DLEA 1VSJA 4KTWA 1TKTA 3PUFA 1D9DA 1NK8A 2GUIA 1YTUA 3CFRA 4FK4A 5J1EA 4DWIA 3UIQA 4FLUA 3AVFA 4W5NA 2Z1HA 3M8QA 4KPYA 3LWLA 1VRUA 2YNHA 1HRHA 4YFUA 1VSEA 1X9SA 1S9EA 1BCOA 3ZSVA 5J2PA 5FRMA 3EY1A 3AVGA 4CEBA 4DF8A 1D9FA 3ZSWA 4F2SA 4DTOA 1BL3A 1W0HA 1RTJA 4I2QA 4CJ3A 3SZ2A 3OYDA 1HNVA 4CHQA 3DRSA 5HRRA 4M3XA 4FXDA 4CHNA 4L8RB 4DS5A 2VWJA 3AVJA 3KK3A 3CYMA 2IS3A 3AA4A 4H4OA 4KAZA 3K5OA 1ZBHA 1WSGA 4CCHA 4JS4A 1Y97A 1UWBA 4LSLA 1L3SA 4B9VA 1UOCA 1NK7A 3MXIA 4OKEA 3LP0A 3ZSZA 4W5QA 4CEEA 1SL0A 3KJVA 1SKRA 1LWCA 3QEPA 2X6NA 4H4MA 4DFJA 3PY8A 4CGIA 2HHXA 4OGEA 3OJSA 3TAFA 4DU1A 3DM2A 3CG7A 2ETJA 3TAEA 4CGHA 2YKMA 4IDKA 4FLWA 4DLEA 3RR7A 4AH9A 1RT2A 2A1RA 2YKNA 2DFFA 3V4IA 1EXQA 1RT4A 2ZD1A 4PQUA 4M41A 3VQ7A 4OKKA 4B9NA 4N41A 2OPRA 2IC3A 2VG5A 1O1WA 1IH7A 3QEWA 2P5OA 1ZBIA 3QERA 4KHQA 3B6OA 4HHTA 1XHZA 3RMBA 1NK4A 1JLCA 1LW2A 4FM2A 3AVAA 3SUPA 4FJ8A 3L3UA 1S1VA 4KTZA 3VQQA 3L2RA 4N47A 4DSEA 3SPYA 1KCFA 4KHSA 1YT3A 4NCGA 4BWMA 1RBVA 5KTQA 3MEGA 1EX4A 1RT7A 1KSPA 3OYNA 2E6MA 1C0UA 3NAEA 3TAGA 1BI4B 2XY7A 1SKWA 3BGRA 1WSEA 4OKJA 4CK2A 1RBTA 4DTNA 3SQ4A 3OYKA 1KFDA 3EZ5A 1X9MA 1ASWA 4Z4EA 2QKBA 3QO9A 5KI6A 3NH0A 5C24A 3VQBA 4M3WA 3M8RA 4BDYA 4J2EA 1T8EA 3T1AA 1VK0A 1KFSA 1BQNA 3AO3A 3MXJA 3ASMA 4IKFA 1EETA 4W5RA 1I3AA 4M45A 4KHNA 1WNSA 4B9UA 4N76A 2G8UA 4DU3A 5KRSA 3U3YA 1RDAA 1JLAA 3NDKA 2YHBA 3VQ5A 2G8KA 3D0PA 3DLBA 2BGGA 4DTUA 3M8SA 4FJHA 3NF8A 1TK5A 4LY7A 2P51A 1XC9A 1NJYA 5J2MA 3AO4A 4E1NA 5KGXA 2D5RA 4K8ZA 4E7HA 3HSTB 5FROA 4C8NA 4CIGA 4OLBA 4CJLA 3SPZA 3DLRA 3K57A 3K59A 4DTSA 2DY4A 3K58A 3HPHA 4FJIA 1LAVA 1C6VA 4FJGA 3NCIA 1HYZA 1GOBA 3L2WA 2G8HA 1TL1A 3AVHA 4CJPA 1B9DA 3SJJA 1ASVA 3KKRA 1A5VA 3NF9A 3ZCMA 3QNNA 4HVJA 3V9SA 1XHXA 3B6PA 3G10A 3HT3A 3DRPA 4CF9A 4I9LA 3AV9A 4FJ7A 4FK2A 3AVCA 1RTIA 3LP1A 3V9ZA 4RW4A 3KD5E 3LP3A 2XY6A 4MFBA 1RT5A 2R7YA 3SUQA 4FLYA 4IFVA 5JS1A 3D45A 3U6FA 3OS1A 2BANA 4FJ9A 1SUQA 3OYAA 1C1AA 3AVMA 3KK1A 4FJJA 4W5OA 2DFHA 3LDSA 1A5XA 3WNEA 1JXBA 3VQ8A 1RDBA 4JS5A 3DOLA 4BWJA 4M3YA 4EZ9A 3T19A 3K5NA 3C6TA 1JKHA 3AO2A 5HBMA 4CEQA 2YNFA 3KD1E 3V1RA 2HHWA 3L2QA 1NJWA 2W42A 4FLXA 3TABA 3LAMA 4DMNA 1CXQA 4DF4A 4J2DA 4BE1A 1RCHA 1S1XA 2E6LA 4GVMA 3SUNA 4FK0A 1TKXA 4G1QA 3PX4A 1G15A 3HP9A 3NHGA 3NH2A 3ZT2A 3SI6A 1HPZA 1Z25A 4IG3A 3RTVA 1IKYA 4IG0A 2Y1JA 4DG1A 4Z4GA 4TSXA 3BDPA 4N56A 4E7JA 4IBNA 3MEEA 1C0MA 1EKEA 3OYHA 2E4LA 3HVRA 4FJXA 2Z1GA 2WONA 3V1QA 4FLZA 4AHUA 4OVLA 1T03A 3SCXA 4CHYA 3KLEA 1IO2A 1LWFA 3OYEA 5HRNA 3ULDA 2FBYA 1WSFA 4CEFA 3IRXA 1S5JA 4Q5VA 4DSFA 4M42A 3TI0A 4C8OA 4FZYA 3TAPA 3ZSOA 3VQEA 2Z1IA 1HMVA 2PY5A 1HQEA 3HK2A 3NFAA 3L3VA 1A5WA 4KRFA 4RG8A 2QK9A 2IDOA 1NKBA 1BI4A 2I5JA 1J54A 3U3GA 3LPUA 3V9WA 4NYFA 3TR8A 3WNHA 1K6YA 1L3TA 3VQ9A 4CHPA 1UA1A 4J2AA 3JSMA 1CLQA 4JRPA 4LD0A 1R0AA 3MEDA 2KTQA 3L2UA 2D0CA 3P1GA 4CFAA 3HVTA 1HJRA 4CJVA 3AA5X 4ZTFA 2HNZA 3VQAA 4CJ4A 1RTDA 1J9AA 1FKOA 1FK9A 2IOCA 4Y1DA 3VQ6A 2EHGA 4DFMA 2P1JA 1QTMA 1KVBA 4ID5A 4BDPA 4KKOA 1QQCA 2YNIA 2OPQA 2VG7A 3KKSA 4LSNA 4HUFA 3E01A 1RDCA 5SWMA 2GBZA 4FJNA 3IG1A 2PYJA 3HXMA 3KLHA 1T05A 2FBVA 1NK5A 4NYNA 1HQUA 4DTMA 4CESA 5T7BA 4O55A 3RR8A 3ZSQA 4KREA 5C25A 5DMRA 3S9HA 5EU7A 1IG9A 2OZSA 1QS4A 3V9UA 1F21A 4DQRA 3V81A 1NK6A 3OYIA 3C6UA 4E0DA 4OGCA 4F8RA 4DTPA 3SNNA 4AHCA 4HUGA 4QCLA 5J2NA 3HO1A 1D5AA 2QXFA 3HPGA 4EP4A 4OPJA 5I3UA 4CJFA 1WSIA 3OYGA 3O3GA 1ITGA 2XO7A 5E41A 4C8KA 1ZYQA 2P5GA 1RBRA 4KO0A 1JXEA 1QSLA 4CFDA 4IFYA 1LW0A 3OYCA 3ISNC 1RBUA 3VQ4A 4ZHRA 4E7IA 4F4KA 1WAFA 1GOAA 4XIUA 2YNGA 4FCYA 3LPTA 4I2PA 1NJZA 4Z0UA 3OYBA 4FZZA 1B9FA 3QIOA 4DLGA 2O4GA 4EP5A 5C42A 1NK9A 3HYFA 4BACA 3SUOA 1VSKA 2YHAA 3OY9A 4ZTJA 2LSNA 3DOKA 4AHRA 4HCBA 4Z4HA 3QEVA 1GOCA 3LWMA 1N6QA 2VWKA 1QHTA 1DLOA 1J53A 3WNGA 3TARA 4CJEA 3O3FA 1S1UA 1U48A 3HM9A 2HHUA 2HHSA 1TK0A 4FLVA 3A2FA 3ITHA 5I42A 2XY8A 1N5YA 3VA3A 1TKZA 3PO4A 4FW1A 4CGJA 3MAQA 1RNHA 3AVIA 2D0BA 1BIZA 2OPPA 1NJXA 1HYSA 4JLHA 3M8PA 4O44A 2BDPA 3RMDA 4B8CA 1L3VA 3CFOA 4FW2A 5KGWA 2G8IA 2AJQA 3NGIA 3T3FA 4BDZA 2DFEA 3F9KA 3RRHA 1VSIA 4UQGA 5FDLA 1YTAA 4DSLA 3QESA 2DTUA 2GV9A 3AVKA 3CM5A 3HL8A 3HP6A 4CJWA 1TK8A 3RMAA 1W9HA 4F3TA 4E1MA 3O4QA 3LZIA 2RKIA 4AHSA 1XI1A 3NF7A 3OS0A 4CJSA 3SV3A 2OYQA 3NF6A 1KVAA 4PA1A 4H8KA 4M3ZA 1T7PA 2HMIA 4FYDA 4KFBA 2IGIA 1WSHA 4E89A 4KHYA 2QKKA 3H08A 4AHVA 4B9LA 4CK1A 1C1CA 4M3TA 1RTHA 3QIPA 4DQSA 1U45A 3SQ2A 3NGYA 2F8TA 1VRTA 3KTQA 3K5MA 3I0SA 4C8MA 1RT3A 2JGUA 1BISA 4E7KA 4KTQA 2OZMA 5K14A 1RILA 1IKWA 4B9SA 2FC0A 3C94A 2KZMA 3L2VA 4CK3A 3OYMA 3OS2A 4DTJA 1HNIA 4I7FA 4PWDA 2YV0X 4E19A 3TWHA 3WNFA 1BHLA 5CYQA 4C8LA 4CF8A 1KLMA 4DFKA 2D0AA 4ELTA 2HHQA 2KFZA 4GMJB 1S6PA 5CYMA 3V9XA 4FLTA 4DTXA 4DTRA 1MU2A 4O0JA 4CJ5A 4CJUA 1NOYA 3TANA 3QETA 3ALYA 3V1OA 1ZBUA 1B92A 4EZ6A 4NCAA 1DTTA 4KHUA 1FKPA 2KZZA 3EYZA 2RPIA 1JLGA 4DSKA 4KI4A 3ZT1A 3OYJA 2HHTA 1ZBFA 1S1TA 2IAJA 1L5UA 1S1WA 3ZT4A 4CGFA 3RWUA 4CGDA 1HYVA 1J5OA 2XHBA 4KV8A 1SL1A 2HNYA 5FRNA 1TL3A 1U04A 2ATQA 4F2RA 3TAQA 3K2PA 5CZ1A 2Z1JA 4WE1A 1Z26A 5HP1A 3NGZA 4CEOA 4KI6A 2B5JA 4R5PA 1KLNA 4E3SA 2O4IA 3V6DA 5HRPA 1IKXA 4CFCA 4YNQA 2X6SA 1EP4A 5HLFA 4OLAA 1IKVA 3DYAA 2RN2A 2XRIA 3IAYA 1QE1A 2JLEA 3CM6A 1CZBA 4DQPA 4CJQA 4HUEA 3DLGA 4CIEA 4DU4A 2RF2A 1C0TA 1WAJA 4CJTA 3ZSRA 1RDDA 1VSMA 3AA2A 3OJUA 1C1BA 4HTUA 2PZSA 2KQ2A 3TAMA 4FM1A 1RT6A 1SV5A 1REVA 5SZTA 3THVA 3AVBA 4LH5A 1BQMA 2FBTA 4M3UA 3LANA 4CEZA 4I9QA 4B3OA 4Z4CA 4B9TA 3K5LA 1RT1A 1U4BA 3VN5A 1U47A 2HVIA 1I39A 2F8SA 4CF0A 3LAKA 3VQPA 1JLBA 3CFPA 1S6QA 1KVCA 4CIFA 3S3MA 3PX0A 1X9WA 4BE0A 1JLFA 3SQ0A 4W5TA 1WN7A 4CJKA 5HRSA 4BE2A 4ID1A 4FJKA 1ASUA 3LALA 4O4GA 1ZBLA 1TV6A 1BGXT 1UA0A 3HJFA 2Y1IA 1NKCA 3ZT0A 3I8DA 4E7LA 2B6AA 4K8XA 1XWLA 3QLHA 4PY5A 1VSFA 4OPKA 3SQ1A 1TGOA 1RBSA 1S9GA 2HB5A 3OVNA 1JL2A 5CY4A 3P5JA 4RW8A 1NKEA 1DTQA 4DFPA 3VQCA 2KW4A 3JYTA 3AO1A 4CECA 3ZSXA 3MXMA 3F73A 4KB0A 2HHVA 3G0ZA 3ZSYA 3LZJA 2A1SA 1JL1A 1TKDA 4AILC 2B4JA 4Y1CA 3VA0A 1SL2A 1BCMA 1FXXA 4QOZB 3KIOA 4DQQA 3PX6A 3NBPA 4KB1A 1WSJA 2Q3SA 4CGGA 4B8AB 1LWEA 3IS9A 4MQ3A 4CFBA 3RRGA 3CQ8A 4ELVA 1X1PA 2G8FA 2HVHA 3NE6A 1WLJA 1JLQA 3OYLA 2G8WA 1D8YA 5HROA 3DRRA 2ITGA 4O0IA 4FJ5A 3HPOA 1CZ9A 3VQDA 5J2QA 4Z4FA 1TVRA 4B9MA 3DMJA 3RMCA 4FJLA 1L3UA 2HW3A 4CERA 1CXUA 3DI6A 4CF1A 1VSLA 4N5SA 4DQIA 3LP2A 4Z4IA 4DSIA 4JRQA 3L8BA 2EX3A 2X74A 3P83D 4ICLA 4B08A 4LH4A 2FBXA 2VG6A 3QEIA 4FVMA 3KLIA 4DS4A 2ZQBA 4FJMA 3PV8A 4AHTA 4FM0A 1YVUA 2F96A 2WOMA 3AA3A 4CE9A 2XY5A 1VSHA 4Q0BA 4OJRA 4F3OA 1LAWA 1KTQA 4ELUA 1LV5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4J2B A;  4BGA A;  5DK5 A;  4DR2 K;  2OPS A;  4EP9 A;  3QIN A;  2KKZ A;  2KFN A;  4YOY A;  3AVL A;  1UAX A;  2YI1 A;  3DLL L;  4RW6 A;  4X64 K;  3SV4 A;  4JNE A;  3THX A;  4CHO A;  1XVD E;  5CZ2 A;  5LJW A;  4GY2 B;  5KPR A;  4NLC A;  1C0G A;  4DV1 K;  2G8V A;  3DLK A;  2I7N A;  4A62 A;  5JS2 A;  5BRF A;  4FSV A;  1XNR K;  1YTU A;  1VSE A;  1X9S A;  5J2P A;  1BCO A;  4JKF A;  3Q7C A;  3T69 A;  1D9F A;  3CC2 N;  3HOS A;  4CJ3 A;  1W0H A;  1RFQ A;  4I2Q A;  3OYD A;  3NMU A;  2P9I A;  3OGM B;  1N33 K;  4FXD A;  3ULE A;  1NU0 A;  2GWJ A;  2NLX A;  3CYM A;  3O6W A;  2IS3 A;  1RDU A;  3C65 A;  4B3S K;  1U6Z A;  3AY9 A;  4BRF A;  4OKE A;  4EFH A;  3ZSZ A;  4DFJ A;  2HHX A;  4OGE A;  3TAF A;  1RDW X;  1WBD A;  4CGH A;  4DLE A;  5E84 A;  2OTL N;  4AH9 A;  2A1R A;  4EYW A;  2YKN A;  2ASP A;  1NBW A;  3PSI A;  3V4I A;  2ZD1 A;  3KWG A;  4M41 A;  4B9N A;  4N41 A;  3CMA N;  3I55 N;  2P5O A;  2O8F A;  3QER A;  5EY4 A;  3C6N B;  3CJ1 A;  2A6A A;  1NK4 A;  4FM2 A;  3AVA A;  3SUP A;  3L3U A;  2BUP A;  1S1V A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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