4KHWA

Ternary complex of rb69 mutant l415f with ribonucleotide at -2 position
Total Genus 329
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
329
sequence length
902
structure length
898
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIESREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSFYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Structure-function analysis of ribonucleotide bypass by B family DNA replicases.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DNA polymerase
molecule tags Transferase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 329
structure length 898
sequence length 902
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-05-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4khwA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4khwA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4khwA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4khwA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4khwA03
2Z1IA 4IKFA 2EHGA 4IBNA 3ASMA 4DTOA 1RDDA 1T8EA 1NK7A 2XY6A 1X9SA 3VQ4A 4CGFA 2Y1JA 2KFZA 2X6SA 3AVIA 1SKRA 4CJ5A 3LPTA 3KD1E 4CF0A 4B8CA 3L2RA 3TI0A 3VQBA 2RKIA 1SKSA 3KK1A 1KSPA 5HRRA 1S1TA 1RTJA 4ID1A 3ZSQA 3LP0A 3D0PA 4FJHA 3HP6A 3G0ZA 4EZ9A 3KLIA 1F21A 4EP5A 1HNVA 2OPPA 4KAZA 4IG3A 4CEQA 4KRFA 3OY9A 2G8KA 4FLYA 4CFCA 2IS3A 3WNEA 1HYSA 3U3GA 3T3FA 1S9EA 3K5OA 1C1AA 5HROA 1RT5A 1TK8A 3OYMA 2JLEA 3CFRA 3B6OA 4HUFA 4F8RA 1ZBIA 3CFPA 2ZE2A 1WLJA 2FC0A 3P83D 4FJMA 4OGEA 3SPZA 3NF6A 3OVNA 1JLFA 2HNYA 3TWHA 3SUQA 1HNIA 4DU3A 3M8QA 1BI4A 1S6PA 4CIGA 3L2WA 1U47A 2FBTA 1X9MA 4DSIA 2HVIA 2F8SA 1HYVA 2HHQA 3HL8A 4KTZA 5I42A 3T19A 3MXMA 3S9HA 2Z1HA 2GV9A 3OYJA 4B3OA 1NKBA 4NYFA 1J5OA 3S3MA 3RMCA 5DMRA 1C1BA 2R7YA 1A5XA 1NK4A 2D5RA 1XWLA 1TAUA 5KRTA 3PV8A 4AHVA 1ZBUA 1W9HA 1RT4A 1WNSA 1JXEA 3DRSA 4M45A 4FW2A 3TR8A 4I2PA 3B6PA 5KTQA 3LZIA 2XY7A 4FM2A 4DTUA 2GBZA 2HHTA 4N41A 3AVCA 1QQCA 2P5OA 1O1WA 4CGGA 4CF1A 4B9MA 5HRSA 4FLZA 4LH5A 4HUEA 4QCLA 3WNHA 1WSEA 2D0AA 1LWCA 1Q8IA 3K2PA 4G1QA 4CFBA 4DSEA 1YT3A 3HPOA 4DF4A 2XY5A 2BGGA 3MECA 4N47A 4R5PA 3OYLA 4E3SA 1WSIA 1XHXA 3NF7A 2WONA 5FDLA 4AH9A 1SL1A 2W42A 1RBRA 4Z4FA 4OKKA 2YNIA 1TV6A 2ZD1A 3OYHA 4I7FA 4HHTA 1RTDA 1Q9YA 2HB5A 5CZ1A 3H08A 3VQ9A 1QS4A 3VQDA 4E1MA 4KTQA 2YNHA 3QIPA 3HP9A 4CK1A 1I3AA 3V1OA 4KB0A 1EETA 4KHQA 2YHAA 3HPGA 4OKEA 2B6AA 4E7KA 3VA3A 3CQ8A 4ELUA 1RT1A 1WSJA 3HVTA 3VQPA 1T03A 3LDSA 4CJQA 1RBSA 1TKZA 5EU7A 4BE2A 3ZCMA 4F2RA 1UAXA 4W5OA 4H8KA 4Z4HA 4DFMA 4DS4A 1D9FA 1N5YA 1NJWA 4E0DA 3RRHA 4DU4A 3DI6A 3SUPA 5K14A 1RT2A 4Z0UA 3ZSRA 4DFPA 3QLHA 3RR8A 4CF9A 3NH2A 3CYMA 3DOKA 4O55A 4AHCA 2YV0X 3DM2A 1REVA 4FLUA 1NK8A 4B9LA 5FROA 3PUFA 3DLHA 3LWMA 1C1CA 1NJXA 3MXJA 2QK9A 2ATQA 4KV8A 1ASWA 4FK0A 3DLKA 2B5JA 3IS9A 4O44A 4UQGA 4J2AA 1JL2A 3SQ1A 4CHPA 4KHUA 1CZ9A 5HBMA 2B4JA 3RTVA 4FZYA 3MEGA 3OYBA 1KLNA 3RRGA 3SZ2A 1L3TA 3AVNA 4PA1A 4FJ9A 3HM9A 3OS0A 2BE2A 4CIFA 3NFAA 1NK9A 2YHBA 2YNGA 1UWBA 1VRUA 1BHLA 4RW7A 1SV5A 3ZT1A 3KD5E 2G8UA 4DSKA 1QSSA 4FJGA 2Y1IA 4KB1A 3MEEA 3T1AA 1YVUA 4W5NA 4O0IA 3OYIA 4B9SA 4BWJA 4DLEA 2FBXA 1QSLA 5KGXA 4FM1A 3SNNA 5SZTA 2G8WA 4FCYA 1L5UA 2RN2A 5DK5A 1U04A 4CJ3A 2F96A 5J2NA 1KFSA 2F8TA 3LP2A 4M3UA 5CZ2A 4I2QA 3U3YA 1YTUA 4FJIA 1WSHA 4LH4A 3CFOA 3L2QA 2HHVA 4B9UA 3AVMA 3M8PA 1FKOA 3HJFA 2A1RA 1EXQA 2RF2A 1RTIA 3OYKA 2QKKA 1YTAA 5C24A 4FW1A 3S3OA 3ZSOA 5JS2A 4AHSA 4BWMA 1UA1A 2Z1GA 4KO0A 3HPHA 2VG5A 3AVFA 3ZSVA 4CJPA 4TSXA 3KJVA 3NGZA 1VSEA 3HVRA 5JS1A 2O4GA 2DFEA 4CJSA 4DSLA 1GOAA 3C6TA 3QEWA 3SQ0A 2QXFA 3VQQA 1JLEA 1IO2A 2VG7A 2GUIA 4HCCA 4AHTA 5FRMA 4Z4GA 2KZMA 4KFBA 4IFYA 2VWKA 4IDKA 4E7HA 3OYEA 5HLFA 3AVGA 2KFNA 4FJ8A 4CK2A 3O3HA 3OS2A 4JLHA 2PYJA 1BI4B 3NHGA 1IH7A 3D45A 3ZSWA 1MU2A 4E7IA 2X78A 3DLEA 4CEBA 4N5SA 3O3GA 5C25A 4K8ZA 2OPRA 3LZJA 1B9FA 1Z26A 3OYDA 5I3UA 3ISNC 2OZMA 1NJZA 1NK5A 4Z4IA 4RG8A 4CHQA 5HRPA 1UA0A 1SKWA 2PYLA 3EY1A 1IKWA 4CEEA 3V81A 4MQ3A 3I0SA 2I5JA 3HT3A 1KVBA 4W5RA 5KRSA 1KFDA 2PY5A 1HYZA 1BL3A 1T7PA 1ASUA 1EP4A 3K59A 3JSMA 4Q0BA 2XRIA 4HVJA 2OA8A 3NBPA 1JKHA 1WAFA 3LALA 1VSMA 2PZSA 4DU1A 4OPJA 1BIZA 3O3FA 4M41A 1G15A 4BE0A 2YNFA 3A2FA 3OYFA 3K5NA 4KTWA 3S3NA 4M3WA 1C0MA 3AA4A 1SL0A 4DTSA 4CJLA 4KHSA 1DTQA 4FJ5A 3CM5A 3L2VA 1QSYA 3AVAA 4KI4A 1RBUA 3RMAA 4CEOA 4ZHRA 4Q5VA 5HP1A 4KREA 3QNNA 1BISA 3DLGA 4HTUA 3C95A 3SQ4A 4CEZA 1DLOA 2A1SA 2HMIA 2IGIA 1JL1A 3L8BA 1EX4A 4O4GA 4FVMA 2E6MA 1W0HA 1S6QA 4KHYA 4NCBA 4AHUA 4CGIA 2QKBA 3V9ZA 3HK2A 3G10A 4O0JA 3SYZA 1HJRA 4FK4A 4CIEA 1VSHA 3BGRA 3PX4A 3NF8A 1NK6A 2KW4A 5J2QA 1RILA 3NAEA 2HHSA 4DTRA 3UIQA 1TL3A 1RBVA 3LAMA 4RW4A 2KQ2A 4KHNA 3IRXA 4M3YA 4B9VA 4DTMA 3QERA 3ALYA 1XI1A 4C8KA 1SUQA 1RDCA 4LSLA 4CGHA 1KRPA 3TAPA 1LW2A 1Y97A 3SPYA 3I0RA 3OJSA 4CK3A 3SUNA 2E4LA 2DTUA 3NGYA 4CHZA 4PQUA 3U6FA 4NCAA 4FJLA 5J2MA 1L3SA 1S9GA 1C0TA 3ZT4A 3I8DA 1DTTA 4CJUA 3PO5A 4FLTA 4NYNA 4AILC 2KTQA 3AVJA 4CERA 3KLEA 4DTPA 4FM0A 4CJVA 4E7JA 3OYAA 4OGCA 4RW6A 4CESA 3MAQA 1QTMA 1J9AA 1RTHA 1HQEA 1WSFA 2P51A 4OLBA 3TAMA 3V4IA 3QIOA 3WNFA 5FRNA 1BGXT 3KK3A 1NK0A 1XC9A 1I39A 2HNDA 3NE6A 1RDAA 3KKRA 3KLFA 4CFDA 1RCHA 1TKTA 4N76A 3HYFA 3NF9A 1JLAA 3ZSYA 1KTQA 1ZBLA 4OPKA 2E6LA 4DG1A 4B9NA 4OVLA 1IKVA 3DMJA 1VK0A 3EZ5A 3V6DA 1HPZA 3AO3A 1A5WA 1FXXA 1RT3A 4CHNA 1VSKA 3THVA 1KVAA 3C94A 3KTQA 4CF2A 3TAGA 4K8XA 1TL1A 2P1JA 3PX6A 3PO4A 3HO1A 3O4NA 2VG6A 4PY5A 1B92A 1ZBFA 4C8NA 4CHYA 1RNHA 1VSLA 3SV3A 1QHTA 4BDZA 3LANA 3EYZA 3SJJA 4DTXA 1VRTA 4CHOA 4DQSA 2X6NA 1GOBA 4XIUA 4F3OA 4Y1CA 3V9WA 5KGWA 4F2SA 1J53A 4YNQA 4FK2A 3IG1A 3AA2A 3SI6A 1U48A 2JGUA 1SL2A 3CG7A 3AVKA 4LY7A 4ZTFA 3M8RA 4EP4A 1S1XA 1TAQA 4N56A 3P5JA 3VQ6A 4E19A 3V9UA 4DSJA 4ELTA 4NCGA 4FZZA 1CXQA 1VSFA 2DY4A 3K58A 4KHWA 1NOZA 1ITGA 1KLMA 3AA3A 3VN5A 4H4MA 1R0AA 3V9SA 1S1UA 1U45A 1LV5A 3AV9A 1L3VA 2O4IA 4LD0A 2DFFA 1C6VA 2KZZA 4PUOA 4CGDA 3QESA 4CFAA 1LW0A 2IDOA 4CECA 2EX3A 4CJEA 3TAFA 3C6UA 2G8FA 3AO2A 3ZT3A 1ZBHA 2HNZA 3KIOA 4JS4A 4DFJA 1WSGA 4FJKA 3DRPA 4CE9A 4GVMA 4H4OA 4WE1A 4M3TA 3VA0A 1JLQA 1KCFA 3OJUA 4CJKA 1D5AA 3TAQA 1TK5A 4ID5A 4I9LA 4E1NA 4DF8A 4M42A 3LP1A 1KVCA 4B8AB 4MFBA 2LSNA 4C8OA 3F73A 4HUGA 2HVHA 3QEXA 4DWIA 3RMDA 1FK9A 4FLVA 1TVRA 2IAJA 2IC3A 1BIUA 2YKMA 4BDYA 1NKCA 3BDPA 1EKEA 3DOLA 2ITGA 1TKDA 1JLGA 1CXUA 3QEVA 3HSTB 5CYMA 2OYQA 3TABA 4KI6A 3NDKA 2FBVA 3QINA 4GW6A 2G8HA 3K57A 3JYTA 4KKOA 4CEAA 3V1QA 3L3VA 3VQCA 1FKPA 3AO4A 2D0CA 4O5BA 1NKEA 2YKNA 1Q9XA 2AJQA 4DS5A 2ETJA 3QETA 2XO7A 3AVHA 4YFUA 3QO9A 1L3UA 4PWDA 2X74A 4FJNA 2P5GA 1K6YA 1LWFA 4C8MA 3K5MA 4CGJA 4FXDA 4LSNA 3QNOA 1TGOA 1LAVA 3MXIA 3ZT0A 4CEDA 3P1GA 4DMNA 1CLQA 3HXMA 3V9XA 5HRNA 1BCMA 4QAGA 4ICLA 3NH1A 3TARA 1RT7A 1WN7A 5SWMA 1ASVA 4JRQA 1U4BA 1D8YA 1S5JA 2BANA 2ZQBA 4B9TA 1VSJA 3LP3A 4JRPA 4CCHA 1IKXA 3DLBA 4W5QA 2G8VA 4JS5A 4C8LA 3SCXA 4B08A 4DTNA 1TK0A 3ZT2A 3TAEA 4M3XA 4DLGA 4FLWA 3ULDA 4L8RB 1CZBA 3KKSA 3PY8A 1RT6A 2WOMA 1WAJA 2IOCA 3VQAA 4W5TA 3ZSXA 5T7BA 4EZ6A 4FYDA 1U49A 3MEDA 4F3TA 1N6QA 1RBTA 3O4QA 2BDPA 1QE1A 1A5VA 1Z25A 5C42A 4CJ4A 4AHRA 4DQRA 1NOYA 1J54A 1BCOA 1B9DA 1HMVA 1BQMA 1S1WA 3OYNA 2HHUA 4I9QA 2OPSA 2NUBA 3NGIA 1C0UA 1VSDA 3FFIA 4RW8A 4FZXC 4FJ7A 2FBYA 4DTJA 3VQ8A 4CJFA 1X1PA 5J1EA 4OKJA 5CY4A 4IFVA 4RW9A 4OJRA 3L3UA 3KLGA 3K5LA 1HRHA 3ZSZA 4ZTJA 3QEIA 4IG0A 4E7LA 4F4KA 3DRRA 3RMBA 3V1RA 2Z1JA 4DFKA 3KLHA 3QEPA 1BQNA 3CM6A 3LWLA 4DQQA 3RR7A 4DQPA 4BE1A 2Q3SA 1XHZA 4BACA 1HQUA 2G8IA 2DFHA 3F9KA 3DYAA 1JXBA 2HHXA 4CJWA 3LAKA 4J2BA 3NH0A 3TANA 4M3RA 2XHBA 3AA5X 2RPIA 2XY8A 4M3ZA 4HCBA 1IKYA 3OYGA 1NJYA 4KPYA 5D3GA 3SUOA 1GOCA 1JLBA 3ITHA 1ZYQA 4DQIA 4J2EA 1LWEA 3SQ2A 1TKXA 3LPUA 4BDPA 2HW3A 4CJTA 3OYCA 1VSIA 3AVLA 5E41A 4DSFA 1IG9A 4Y1DA 3NCIA 3AVBA 4GMJB 4Z4EA 2VWJA 3M8SA 4FLXA 2D0BA 4FJJA 3PX0A 4ELVA 3VQ7A 3AO1A 3AO5A 1JLCA 1RDBA 5CYQA 4CF8A 1X9WA 2OZSA 1S1VA 3SV4A 3RWUA 3VQ5A 1UOCA 3OS1A 3VQEA 3WNGA 3L2UA 4QOZB 3KK2A 3E01A 4OLAA 4Z4CA 1D9DA 4J2DA 4FJXA 2OPQA 4CEFA 2HHWA 5J2PA 3IAYA 3DLRA 1LAWA 4E89A 1T05A 4CJRA 5KI6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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