4KI6A

Ternary complex of rb69 mutant l415f with ribonucleotides at -1 and -2 position
Total Genus 301
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
301
sequence length
902
structure length
902
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSFYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structure-function analysis of ribonucleotide bypass by B family DNA replicases.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DNA polymerase
molecule tags Transferase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 301
structure length 902
sequence length 902
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-05-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4ki6A05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4ki6A01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4ki6A02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4ki6A06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4ki6A03
1VSKA 4C8MA 3KLIA 4Z4EA 4CF9A 1C6VA 3OYDA 1HJRA 3TAPA 2IS3A 3I8DA 4OPKA 4IKFA 3DRRA 1RNHA 3AA3A 2PY5A 3NFAA 4CJFA 4K8ZA 3LAKA 4CJ5A 3NGYA 3O4QA 1RT6A 3A2FA 1G15A 3DM2A 3DOKA 3KLFA 4DS5A 3VQ9A 4KHSA 1JL2A 2OA8A 5KRSA 4E7LA 4N47A 4OKEA 1RTJA 4CFBA 3VQ5A 5DK5A 3OJUA 3RMCA 2XY6A 4Z0UA 4CF1A 4AHRA 3HP9A 1Q9YA 2Z1JA 4CEOA 2YNGA 4J2BA 4O4GA 3SI6A 3M8RA 4WE1A 4E7IA 3PUFA 1X9SA 2G8FA 2F8TA 2HHUA 4FJLA 3SQ4A 3QEWA 3VN5A 3NH1A 3WNHA 4CJPA 3NF6A 1R0AA 2HB5A 1RBUA 1HYVA 1KSPA 4C8KA 2GBZA 1D9FA 3TARA 3MEDA 2PYLA 3SPZA 4RW7A 4CCHA 4PQUA 2R7YA 3QIPA 4IG3A 3U3GA 3KK2A 4OLBA 5FROA 3KD1E 3LPTA 3AVAA 4OKJA 1J54A 4HUEA 3F9KA 1VSDA 3LALA 1C1CA 3V9UA 1KLNA 3C6UA 1S1VA 4OJRA 4OKKA 3HL8A 1WN7A 1HQEA 3AVMA 3LWLA 5HRSA 3S3OA 3OYLA 4B9SA 4K8XA 4CGHA 3KLGA 4LH5A 4CJTA 3O4NA 2IDOA 4FK4A 4B3OA 4FW1A 3AO1A 3HT3A 4OVLA 3BGRA 1HRHA 3M8QA 2P51A 1UA0A 4CF8A 1SKWA 2BDPA 4C8LA 4FJMA 5CY4A 2QK9A 2KFZA 3QEXA 2OPQA 1VSHA 3C95A 3I0SA 4E19A 1KLMA 1KVCA 3AO4A 4C8NA 2OPPA 3IG1A 2YNHA 4CJ4A 1N6QA 3I0RA 3SPYA 1C1AA 1BQMA 1CZ9A 5HRRA 4C8OA 3AO2A 4FM2A 2FBTA 2QXFA 1T8EA 1SKSA 1JLFA 3OYAA 3L2UA 1JL1A 4DQSA 3LP0A 4EP4A 4HVJA 2ZE2A 1UA1A 1RCHA 3OS1A 4ZTJA 1BIUA 1BQNA 3BDPA 2BGGA 4KAZA 5I42A 1IH7A 1RBSA 4M3ZA 4Z4HA 3O3FA 2ITGA 4FM0A 4NCAA 4F2SA 3SQ1A 4FLUA 4H4OA 4MFBA 4DSLA 3OYBA 4CFCA 1RT4A 3KK3A 4KHQA 3OYIA 3JSMA 3HPHA 4RG8A 4DWIA 4E89A 3TR8A 4YNQA 4DU4A 1C0MA 3H08A 2NUBA 3NAEA 3AVCA 3CG7A 3RRGA 1REVA 3AO3A 4PWDA 1VSMA 1X1PA 1BGXT 3AVJA 1NKEA 3LP1A 4CJLA 4FZYA 3V1QA 4FLZA 4CGIA 4KPYA 4DTUA 1TL3A 3OJSA 1FK9A 3ITHA 1HPZA 1J9AA 2D0BA 3DRSA 3DYAA 4DTJA 1LWFA 3VQ8A 2E4LA 4FJIA 1LAVA 3RMAA 1QS4A 3CM6A 1UWBA 4CECA 4CHPA 1LWCA 1X9MA 1QSYA 1IO2A 1BCOA 4DQQA 3SUPA 1U45A 2JGUA 3NF8A 4DSFA 3TAFA 1QSSA 4B8AB 4DU1A 2HNDA 4FYDA 4J2AA 3V6DA 4B9UA 1W0HA 5CZ1A 4OPJA 3P1GA 4CIEA 4J2DA 3AA5X 3LZJA 5KGXA 1TAQA 3LP2A 2G8IA 3MEGA 3CFOA 2VG5A 3V1RA 3HM9A 1NJYA 2ATQA 2P1JA 3S9HA 4BDYA 4FZXC 1U48A 2KZMA 1WSFA 2WONA 1S1XA 2YHAA 4GMJB 3U6FA 2D0AA 4KI4A 1XHXA 3DMJA 4RW8A 4BWMA 4AHVA 3TAQA 3RRHA 4FLVA 3QEIA 3L2VA 1ZYQA 1S1WA 3OS2A 1S5JA 4BACA 2XY7A 4KFBA 3SNNA 1KFDA 3OYEA 3NBPA 4CJRA 3HK2A 3AVHA 1RTIA 4KHUA 1ASVA 1YVUA 4CK1A 1L5UA 4NCBA 3AA4A 1QSLA 1S9GA 1GOAA 1EETA 2VG7A 4DS4A 1L3UA 4E0DA 4KB0A 3ULDA 1SUQA 1DTQA 1TKZA 4RW9A 2IOCA 4E1MA 3DLHA 4I7FA 3K5NA 4BDPA 2F96A 1RBTA 1JLAA 2XY8A 3QIOA 4B9TA 4DQIA 3VQDA 1HQUA 3DLRA 3LP3A 4M3WA 2G8UA 3L2RA 4JLHA 1QE1A 1JLQA 1TV6A 2E6MA 5I3UA 1NK7A 2DFFA 2W42A 4M42A 5C25A 3AVGA 4DU3A 3DOLA 1SL0A 2IAJA 3RR7A 4OGEA 3OYFA 1CLQA 2GV9A 2WOMA 1EXQA 3AVIA 4CJEA 3NH0A 1QQCA 4FLYA 4CIGA 3LANA 3WNGA 1B92A 3ZSRA 1LWEA 3OYHA 1TK0A 4F4KA 3K59A 1NOYA 4DG1A 3VQ7A 4E7HA 1NK4A 1N5YA 4FJJA 4CEAA 3HYFA 3ZSWA 1RBRA 2OPRA 4IFVA 4O44A 1BI4B 3SQ0A 1VSJA 1YT3A 3OYJA 4Y1CA 4DF8A 4BDZA 1RTDA 4DTSA 3CM5A 3WNFA 3ZT1A 4DLEA 1BIZA 3DRPA 4G1QA 4KHNA 3CQ8A 1B9DA 3KLEA 3V9SA 1RTHA 3SUOA 1F21A 2RN2A 1LV5A 1BHLA 3QERA 4M41A 1B9FA 1FKOA 3EZ5A 1ASUA 3K5OA 4CHOA 3DI6A 3L3VA 4CHYA 2HHTA 2HNZA 4AILC 3PO4A 1JLEA 3CFPA 2O4GA 3AVLA 4KTWA 2Q3SA 2X6NA 3PX4A 4M3TA 1TK5A 1Z26A 4R5PA 1T05A 4KHWA 4KB1A 3AVFA 1BI4A 2KTQA 2VG6A 3HPOA 1S1UA 5HRNA 4MQ3A 3WNEA 3VQAA 3C94A 3SYZA 3ZSVA 1D5AA 4BE2A 4CF0A 4E3SA 1Q8IA 2KZZA 1KFSA 3PO5A 3O3HA 4DTNA 4H4MA 4E7JA 2OZMA 4IDKA 4DTPA 1IKWA 3KLHA 1KVAA 2YV0X 2HHXA 4FJNA 4M3UA 3HSTB 1EKEA 4CERA 4LH4A 3VQQA 3L3UA 4CHNA 2IGIA 1Y97A 1UAXA 1RDDA 5HRPA 1JLBA 3SUNA 5CZ2A 5JS1A 1RDCA 5KGWA 3KK1A 4CIFA 4IFYA 1GOCA 1S9EA 2RPIA 3KKRA 4FJHA 4EZ9A 4JRPA 2B5JA 4CEZA 3V9WA 1U47A 4UQGA 1WNSA 3EY1A 1RT7A 3T1AA 4DSJA 1NK6A 1MU2A 4AHCA 1RT1A 3FFIA 5KI6A 4HCBA 1NJXA 1HYSA 3ZSZA 1FXXA 1HYZA 2X78A 4IBNA 3KTQA 1WSHA 2OZSA 1S6QA 4CE9A 3PX0A 4FLWA 4GW6A 5CYQA 3VA0A 4DTOA 3QLHA 1HNIA 3S3NA 3D0PA 2XHBA 3VQPA 2IC3A 2Z1HA 2XO7A 1EX4A 3V9XA 4Z4CA 4KV8A 1WAJA 3IS9A 4FXDA 1RT2A 2E6LA 3SJJA 1K6YA 5J2NA 2QKBA 4F2RA 1TKTA 4JS5A 1VSFA 3MEEA 3OYCA 3KD5E 4IG0A 1C0TA 4Q5VA 3OS0A 3OY9A 4DLGA 4CK3A 4RW6A 4HTUA 4LSLA 4CGFA 2G8VA 3UIQA 1A5VA 4FCYA 1SKRA 4B9VA 2AJQA 2VWKA 3K57A 1IKXA 4FJ8A 3SQ2A 5HROA 4B9NA 5EU7A 2P5GA 4Z4IA 4FM1A 4FJKA 4I2QA 1GOBA 4CHQA 2G8WA 5K14A 3RTVA 3HJFA 1SV5A 4ICLA 2X74A 2G8HA 3THVA 3QNNA 1ASWA 3LPUA 4HUFA 1QHTA 1RBVA 2FC0A 2FBXA 4PUOA 3L2QA 2DY4A 4DFJA 1RILA 2JLEA 2KQ2A 3K2PA 3LAMA 1YTAA 3JYTA 5J2MA 3CFRA 1RT3A 4RW4A 4CFDA 3OYKA 4DFKA 2XY5A 4BE0A 4M3YA 3MXIA 3AV9A 3OYGA 2BANA 1T03A 4CJ3A 4KTQA 5FRMA 1IKVA 4LD0A 2ETJA 3SV4A 4FJXA 4DMNA 3HPGA 4AHTA 1IG9A 3T3FA 2YHBA 5HP1A 3KIOA 1KRPA 4N56A 1L3SA 2Y1IA 2A1RA 1BL3A 4FK0A 3AVKA 5C42A 3QETA 4B8CA 1BISA 1TGOA 4BWJA 2G8KA 1TKXA 3ZSOA 3E01A 3VQ4A 1I39A 1U49A 3B6OA 1EP4A 3AO5A 3L8BA 1ZBFA 4Q0BA 3V4IA 1TK8A 3C6TA 1D8YA 2YKNA 2YNIA 4CESA 1XHZA 1J53A 2DFEA 3TWHA 1WSIA 4HUGA 4BE1A 4CJVA 1HMVA 3SCXA 2Z1GA 4GVMA 3NH2A 1NJWA 2P5OA 1A5XA 4Y1DA 2D5RA 4H8KA 3VQBA 1DTTA 3QINA 1WLJA 1U4BA 1VSIA 1U04A 4B08A 4W5QA 2OPSA 1ZBHA 3ZT2A 1NJZA 3LDSA 2YKMA 4ELUA 2DTUA 4O5BA 1S1TA 3B6PA 5E41A 1DLOA 1RDBA 1VK0A 3HO1A 3KKSA 4F3TA 4TSXA 4E1NA 3CYMA 2D0CA 2PYJA 3MXJA 3P83D 3VQEA 4CGDA 4CJSA 3HVRA 1JLGA 1UOCA 4CJKA 1NKCA 4B9MA 3RR8A 1WSJA 4ELTA 4W5NA 3PV8A 5HLFA 4I9LA 4F8RA 2Y1JA 3LZIA 4PA1A 2PZSA 1W9HA 1YTUA 4CEBA 2HVHA 2GUIA 1XC9A 3ZCMA 4OLAA 2LSNA 3ISNC 4DTXA 4FVMA 3VQCA 1J5OA 3VQ6A 4XIUA 4LSNA 4OGCA 1NK5A 1NK0A 5FRNA 4CEFA 4ZTFA 1C0UA 1Z25A 2X6SA 2QKKA 1IKYA 4KI6A 4NYFA 3QESA 3ZT3A 2O4IA 1WSEA 3SV3A 3LWMA 3ZSQA 4NYNA 5J1EA 4ID1A 4FZZA 5J2QA 4AHSA 5D3GA 4M3XA 1JLCA 2EX3A 4HHTA 1WSGA 1SL1A 3DLBA 3NGIA 4QAGA 4W5OA 4FJ9A 1X9WA 3NGZA 3MECA 4DSEA 1T7PA 5DMRA 3S3MA 3RWUA 4FLTA 1LW0A 3IRXA 4N41A 5HBMA 3AVNA 4LY7A 4CJWA 3TI0A 1NOZA 3P5JA 4CJQA 4O55A 3OVNA 4AH9A 4M45A 3TABA 1L3VA 4NCGA 2OYQA 2XRIA 5CYMA 3TANA 3L2WA 3QO9A 4FW2A 5JS2A 1KCFA 3V81A 5C24A 1NK9A 3DLEA 4ZHRA 2VWJA 2KFNA 1A5WA 4W5RA 4ELVA 1TVRA 3NDKA 5FDLA 5J2PA 1ZBIA 3TAGA 4N5SA 4E7KA 4F3OA 1L3TA 4CGJA 3PY8A 1CZBA 3RMDA 4J2EA 2FBYA 5SZTA 1TKDA 4CF2A 1Q9XA 2B6AA 4HCCA 3NHGA 5T7BA 3ZSXA 3RMBA 1KTQA 4YFUA 2HMIA 1KVBA 1NK8A 1ZBUA 4DF4A 1TL1A 5SWMA 3K5MA 3F73A 4B9LA 4Z4FA 4FJ7A 1VSLA 5KTQA 3TAMA 4JRQA 4FJ5A 3V1OA 1NKBA 3M8PA 4Z4GA 2ZQBA 3AA2A 4KKOA 3NCIA 1VRUA 2ZD1A 3QEPA 2B4JA 2EHGA 3HVTA 2HHWA 4I9QA 1CXQA 1FKPA 4O0IA 3HP6A 4N76A 1XWLA 4DTMA 4CEQA 4DTRA 1JXEA 1O1WA 4M3RA 1WAFA 4EP5A 2HHQA 4QCLA 3ZSYA 1JXBA 3D45A 4KRFA 3KJVA 2Z1IA 2KW4A 4KTZA 1XI1A 4CGGA 3NE6A 2HW3A 4DSKA 2FBVA 3OYMA 3ZT0A 1VRTA 3OYNA 1LW2A 5KRTA 3IAYA 4W5TA 3M8SA 2DFHA 4KREA 3QNOA 4ID5A 2YNFA 1C1BA 1CXUA 4O0JA 1VSEA 4DQPA 1BCMA 4EZ6A 1D9DA 1S6PA 3MXMA 2F8SA 3PX6A 2A1SA 2HHVA 1JKHA 3MAQA 3G0ZA 4FLXA 4QOZB 1ZBLA 2BE2A 3TAEA 2I5JA 4DFPA 3VA3A 2HHSA 4CJUA 4DFMA 1RDAA 3SZ2A 1I3AA 4L8RB 3O3GA 1LAWA 4CK2A 1ITGA 3K58A 2HNYA 3U3YA 4KHYA 3DLGA 3V9ZA 2HVIA 4FK2A 3HXMA 3AVBA 4JS4A 3ALYA 3G10A 4AHUA 4CHZA 3EYZA 3K5LA 4PY5A 4CEDA 4I2PA 3NF9A 3SUQA 4FJGA 4CEEA 2RKIA 1HNVA 3DLKA 1SL2A 1TAUA 3ASMA 1QTMA 4CFAA 4DSIA 4DQRA 3NF7A 3ZT4A 2RF2A 1RT5A 3QEVA 4KO0A 3T19A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4Z4EA 1C6VA 1HJRA 3TAPA 2IS3A 4IKFA 3DRRA 2PY5A 4U7BA 3LAKA 3NGYA 3OBWA 3A2FA 3DOKA 4DS5A 4FWNA 4CD1A 5KRSA 4YOUA 4N47A 2V7YA 4BGBA 1RTJA 4CBXA 3VQ5A 4JN4A 3OJUA 2O8FA 3THXB 3FZKA 1Q9YA 2Z1JA 3LDPA 2YNGA 3ZEUB 3HOTA 3M8RA 2G8FA 1X9SA 4FJLA 1VQ4N 3QEWA 3VN5A 4CJPA 3H1QA 3NF6A 2ASMA 1OH8A 4C8KA 1D9FA 2VIXA 3TARA 4RW7A 1V4TA 4CBWA 1FZIE 1QQMA 1YITN 3BEXA 2P1OB 4WQ4C 3V9UA 3THXA 2H3GX 4A62A 1S1VA 3ZEUA 3LWLA 4X5MA 3OYLA 4L3QA 4CGHA 2CH5A 2V52B 3AO1A 3HT3A 4FWOA 3M8QA 4NLCA 2YB5A 2PBDA 2QK9A 1VSHA 2HF3A 3AO4A 3MMVA 2OPPA 2YNHA 4CJ4A 5BPLA 1N6QA 3CQXA 3O9TA 3AO2A 4FM2A 3AARA 3LP0A 1BIUA 1IV0A 1BA0A 4M3ZA 4FM0A 3HBTA 3CI5A 4LFAK 3OYIA 1NMNA 3TR8A 4E89A 5C10A 3SAGA 3T7ZA 3MCPA 3RRGA 5AQMA 1REVA 4GKKK 4PWDA 1VSMA 3KWIA 1DKGD 4WCEL 3V1QA 4DTUA 5C2FA 3OJSA 1XMHE 2D0BA 3Q7BA 3DYAA 1QS4A 3CM6A 4CHPA 4K42A 1IO2A 4KH4A 3SUPA 4M7XA 3U9ZA 2NRTA 4BRKA 1XVGE 1NM1A 5KQ8A 1FYZE 1FZ9E 4CIEA 5KGXA 3LZJA 1TAQA 3MEGA 5AQNA 2E2PA 3L0MA 3WXMB 5M1FA 3HM9A 1U48A 1NWKA 2YHAA 4GMJB 2FF6A 2D0AA 1MWKA 3O9UA 4B3SK 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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